单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-02	PcoCas12a: A novel CRISPR enzyme from Prevotella copri enhancing TCR-T-cell tumor suppression 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139740 PMID:39800033	研究论文	本研究鉴定了一种新型基因编辑酶CRISPR/PcoCas12a，源自Prevotella copri，并展示了其在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制的能力	发现了一种新型CRISPR酶PcoCas12a，具有更广泛的编辑位点和更高的编辑效率，特别是在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制效果	未提及具体局限性	寻找并验证一种高效的基因编辑酶用于免疫细胞编辑，特别是T细胞治疗	CRISPR/PcoCas12a酶及其在TCR-T细胞中的应用	基因编辑	肿瘤	CRISPR基因编辑技术	NA	基因序列数据	未提及具体样本数量
82	2025-05-02	Update on mast cell biology 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1092 PMID:39800266	review	本文综述了2022年至2024年间关于肥大细胞（MCs）生物学的重要研究进展	揭示了肥大细胞亚群与免疫细胞、神经元和组织结构细胞的新相互作用，改变了对其在驱动和帮助解决组织炎症、重塑组织微环境及影响宿主行为中作用的理解	NA	探讨肥大细胞在健康和疾病中的表型及其作用	肥大细胞（MCs）	NA	过敏炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
83	2025-05-02	Characterization of NK Cells Using Single-Cell RNA Sequencing in Patients With Acute-On-Chronic Liver Failure 2025-Apr, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16870 PMID:39800654	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究急性慢性肝衰竭患者中NK细胞的特性及其在炎症反应中的作用	首次在急性慢性肝衰竭患者中通过单细胞RNA测序揭示了NK细胞亚群的异质性及其与疾病进展的关系，并发现CEMIP2作为疾病进展的潜在分子标志物	研究样本量相对较小，且仅关注了外周血中的NK细胞，未涉及其他免疫细胞或组织中的NK细胞	探究急性慢性肝衰竭患者中NK细胞亚群的特征及其在炎症反应中的作用	急性慢性肝衰竭患者和健康对照者的外周血NK细胞	免疫学	急性慢性肝衰竭	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	RNA测序数据	14,751个NK细胞，来自急性慢性肝衰竭患者和健康对照者
84	2025-05-02	ODSEI Chip: An Open 3D Microfluidic Platform for Studying Tumor Spheroid-Endothelial Interactions 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410659 PMID:39805002	研究论文	介绍了一种新型开放式3D微阵列平台ODSEI芯片，用于研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用	开发了一种能够阵列超过1000个肿瘤球体并允许单球体水平药物抗性分析的新型3D微流控平台	未明确提及研究的局限性	研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用及其在药物抗性中的作用	乳腺癌肿瘤球体和血管内皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、蛋白质阵列	3D微流控芯片	基因表达数据、蛋白质数据	超过1000个肿瘤球体
85	2025-05-02	Unleashing the Power of Multiomics: Unraveling the Molecular Landscape of Peripheral Neuropathy 2025-Apr, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.70019 PMID:40126913	review	本文回顾了基因组技术在周围神经病变（PN）研究中的演变，强调了NGS在揭示遗传复杂性中的关键作用，并探讨了多组学技术在PN病理生理学中的潜在应用	强调了下一代测序（NGS）和新兴多组学技术在PN研究中的革命性作用，挑战了以往关于致病性的假设	讨论了将这些技术标准化用于临床的挑战和问题，指出需要制定强有力的指南以最大化其临床效用	旨在通过基因组和多组学技术深入了解周围神经病变的病理生理学，以改善诊断、预后评估和个性化治疗策略	周围神经病变（PN）及其相关的分子机制	基因组学	周围神经病变	NGS, 长读长/单细胞测序, RNA测序, 蛋白质组学	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据	NA
86	2025-05-02	Flow-Cytometric Quantification of Urine Kidney Epithelial Cells Specifically Reflects Tubular Damage in Acute Kidney Diseases 2025-Apr, Kidney international reports IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.ekir.2025.01.037 PMID:40303202	研究论文	本研究通过流式细胞术量化尿液中的肾脏上皮细胞，特别反映了急性肾脏疾病中的肾小管损伤	利用单细胞测序和流式细胞术结合CITE-Seq技术，开发了一种非侵入性检测肾小管损伤的标记物	样本量相对较小，且仅针对特定类型的急性肾脏疾病进行了验证	建立尿液中的肾小管上皮细胞作为肾小管损伤的临床标记物	急性肾损伤（AKI）、COVID-19感染、ANCA相关性血管炎（AAV）患者及健康对照	数字病理学	急性肾损伤	单细胞测序、流式细胞术、CITE-Seq	NA	尿液样本、肾脏活检样本	243名患者（包括8名用于测序的AKI和肾小球疾病患者，235名用于验证的患者）
87	2025-05-02	Investigating the Prognostic Role of Telomerase-Related Cellular Senescence Gene Signatures in Breast Cancer Using Machine Learning 2025-Mar-30, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040826 PMID:40299459	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，建立了一个与端粒维持和细胞衰老相关的基因特征，用于乳腺癌的预后预测	提出了一个包含19个关键端粒和衰老相关基因的新型预后特征，并验证了其在多个独立队列中的预测准确性	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究端粒酶相关细胞衰老基因特征在乳腺癌预后中的作用	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 免疫组织化学 (IHC)	随机生存森林, 岭回归	RNA测序数据, 单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的多个独立队列
88	2025-05-02	A multi-view graph convolutional network framework based on adaptive adjacency matrix and multi-strategy fusion mechanism for identifying spatial domains 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf172 PMID:40233119	research paper	提出了一种基于自适应邻接矩阵和多策略融合机制的多视图图卷积网络框架STMGAMF，用于识别空间转录组数据中的空间域	STMGAMF通过自适应邻接矩阵动态调整边权重以捕捉复杂空间结构，并通过多策略融合机制优化嵌入特征	未明确提及具体局限性	解决空间转录组数据中高噪声和数据稀疏性带来的空间域识别难题	空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组技术	多视图图卷积网络(GCN)	基因表达与空间位置信息	多个空间转录组数据集（未明确数量）
89	2025-05-02	Migrasome-Related Genes as Potential Prognosis and Immunotherapy Response Predictors for Colorectal Cancer 2025-Mar-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040799 PMID:40299331	research paper	该研究通过生物信息学分析迁移体相关基因，识别出T1MP1、CXCL8和MGP作为结直肠癌预后和免疫治疗反应的潜在生物标志物	首次探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的作用，并识别出关键基因和细胞类型	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的作用	结直肠癌患者和迁移体相关基因	digital pathology	colorectal cancer	RNA-seq, WGCNA, 单细胞RNA-seq	风险模型	基因表达数据	TCGA-CRC数据集和GSE231559单细胞RNA-seq数据集
90	2025-05-02	Migrasome Marker Epidermal Growth Factor Domain-Specific O-GlcNAc Transferase: Pan-Cancer Angiogenesis Biomarker and the Potential Role of circ_0058189/miR-130a-3p/EOGT Axis in Hepatocellular Carcinoma Progression and Sorafenib Resistance 2025-Mar-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040773 PMID:40299340	research paper	本研究系统性地探讨了EOGT在多种癌症中的致癌机制，特别是在肝细胞癌（HCC）进展和索拉非尼耐药性中的作用	首次将EOGT确立为泛癌血管生成生物标志物，并揭示了其通过外泌体circRNA介导的调控在治疗耐药性中的作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究EOGT在癌症生物学中的功能及其治疗意义	33种癌症类型的TCGA/GTEx数据、10个HCC队列、Huh7细胞模型	cancer biology	hepatocellular carcinoma	multi-omics analysis, RNA sequencing, ceRNA network construction, drug sensitivity analysis, immune microenvironment assessment	NA	genomic data, transcriptomics data, exosomal RNA	33种癌症类型的TCGA/GTEx数据、10个HCC队列
91	2025-05-02	Protocol for transcriptomic and epigenomic analyses of tip-like endothelial cells using scRNA-seq and ChIP-seq 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103326 PMID:39799578	研究论文	本文介绍了一种用于分析培养的内皮细胞中尖端样细胞的转录组和表观基因组分析的实验方案	提出了一种可扩展的实验方案，适用于包括蛋白质组学和代谢组学在内的多种组学研究	实验方案的具体执行细节需要参考Miyamura等人的完整说明	研究内皮细胞在血管生成过程中的转录组和表观基因组变化	人类脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物信息学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA
92	2025-05-02	Protocol for the isolation of silk glands from silkworms for snRNA-seq and spatial transcriptomics 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103581 PMID:39804771	研究论文	本文提出了一种从蚕中分离丝腺细胞核并进行空间转录组学分析的实验方案	开发了一种能够以单细胞分辨率探索丝腺细胞空间分布的新实验方法	未提及该方法在其他昆虫或组织中的适用性	建立蚕丝腺细胞分离和空间转录组学分析的标准实验流程	蚕的丝腺组织	空间转录组学	NA	snRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量
93	2025-05-02	Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases 2025-Mar-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025598 PMID:39791596	研究论文	通过群体动力学建模揭示髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖偏倚	研究发现髓系偏倚不仅由造血干细胞分化偏倚引起，还包括早期髓系祖细胞的增殖增加，这一发现在不同髓系偏倚模型中具有保守性	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类样本中验证	探究髓系偏倚的潜在机制及其在不同条件下的表现	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	计算生物学	髓系肿瘤	scRNA-seq, 微分方程模型	微分方程模型	单细胞RNA测序数据	IκB-小鼠模型、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者的HSPCs
94	2025-05-02	Study on DNA Damage Gene in Spermatogonial Stem Cells from Idiopathic Nonobstructive Azoospermia: A Bioinformatics Investigation Based on scRNA-seq Data 2025-Mar-18, Cytogenetic and genome research IF:1.7Q3 DOI:10.1159/000545275 PMID:40101697	研究论文	基于scRNA-seq数据，研究特发性非梗阻性无精子症中精原干细胞DNA损伤基因的生物信息学分析	揭示了PTN信号通路在精原干细胞发育中的重要性，并通过LASSO回归和Cytoscape中的MNC计算算法确定了ATRX、DOT1L和RUVBL2作为关键诊断基因	需要进一步研究以确认预测的潜在机制、通路和治疗靶点	探究DNA损伤与男性不育的详细关系及其在精原干细胞中的机制	特发性非梗阻性无精子症（NOA）和正常睾丸的精原干细胞	生物信息学	男性不育	scRNA-seq, WGCNA分析, LASSO回归, MNC计算算法	NA	单细胞RNA测序数据	特发性非梗阻性无精子症和正常睾丸的scRNA-seq数据集
95	2025-05-02	Developing and experimental validating a T cell senescence-related gene signature to predict prognosis and immunotherapeutic sensitivity in non-small cell lung cancer 2025-Mar-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149233 PMID:39800199	研究论文	开发并实验验证了一个与T细胞衰老相关的基因特征，用于预测非小细胞肺癌的预后和免疫治疗敏感性	首次整合了SLC2A1、TNS4和GGTLC1基因构建风险模型，用于预测NSCLC的预后和免疫治疗反应	研究样本量有限，且仅针对NSCLC患者	预测非小细胞肺癌的预后和免疫治疗敏感性	非小细胞肺癌患者及其T细胞	数字病理学	肺癌	scRNA-seq、机器学习算法、多变量Cox回归	风险模型	基因表达数据	TCGA-NSCLC数据集用于训练，8个独立NSCLC队列用于验证，10对癌旁和NSCLC组织用于实验验证
96	2025-05-02	Comparative Single-Cell Transcriptomics of Human Neuroblastoma and Preclinical Models Reveals Conservation of an Adrenergic Cell State 2025-Mar-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1507 PMID:39808065	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序比较人类神经母细胞瘤与临床前模型的转录组，揭示了肾上腺素能细胞状态的保守性	首次通过单细胞RNA测序验证了转基因小鼠和体外肿瘤模型在重现神经母细胞瘤细胞特性方面的准确性，并提出了将交感母细胞推向嗜铬细胞样状态的治疗策略	研究主要基于TH-MYCN小鼠模型，可能无法完全代表人类神经母细胞瘤的所有亚型	验证临床前模型在重现神经母细胞瘤细胞特性方面的准确性，并探索潜在治疗策略	人类神经母细胞瘤患者样本、TH-MYCN转基因小鼠肿瘤、体外培养的肿瘤球	癌症研究	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	TH-MYCN转基因小鼠模型、体外肿瘤球模型	转录组数据	人类神经母细胞瘤患者样本和TH-MYCN小鼠肿瘤样本
97	2025-05-02	An augmented GSNMF model for complete deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-14, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2025036 PMID:40296800	研究论文	本文提出了一种增强的GSNMF模型，用于解决批量RNA-seq数据的完全解卷积问题，以获得细胞类型特异性基因表达谱和相对细胞丰度	开发了一种新的GSNMF+模型，通过生成伪批量组织数据并结合几何结构引导的NMF，解决了NMF理论中的不适定问题，并提高了解决方案的准确性	虽然在某些数据集上表现出色，但对于所有类型的细胞组成可能不适用，特别是在奇异细胞组成的情况下	改进批量RNA-seq数据的完全解卷积方法，以获得更准确的细胞类型特异性基因表达谱和相对细胞丰度	批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	GSNMF+, NMF	基因表达数据	多个真实的批量组织数据集
98	2025-05-02	DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Mar-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026085 PMID:39791601	研究论文	研究揭示了DNA核苷酸转移酶（DNTT）在B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）中对伊珠单抗奥佐米星（InO）耐药性的关键作用	通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT缺失是InO耐药的主要驱动因素，并揭示了DNTT在调节DNA损伤反应和细胞凋亡中的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本数量有限，需进一步验证	探索B-ALL患者对InO治疗反应差异的遗传基础	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）细胞	癌症生物学	B细胞急性淋巴细胞白血病	全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序、患者来源异种移植模型	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自儿童肿瘤学组AALL1621试验的B-ALL患者样本及患者来源异种移植模型
99	2025-05-02	Identification of Pathogenic PD-1+CD8+ T Cells for Effective Chimeric Antigen Receptor Therapy in a Murine Model of Sjögren Disease 2025-Mar-03, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43144 PMID:40026078	research paper	该研究通过识别Sjögren病中的致病性PD-1+CD8+ T细胞，并开发靶向治疗策略，展示了PD-1靶向CAR-T细胞疗法在小鼠模型中的疗效	首次将PD-1识别为Sjögren病中致病性CD8+ T细胞的全面标记物，并验证了PD-1靶向CAR-T细胞疗法的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床试验	开发针对Sjögren病的靶向治疗策略	Sjögren病患者和小鼠模型中的CD8+ T细胞	免疫疗法	Sjögren病	单细胞RNA测序、流式细胞术、共享T细胞受体分析	CAR-T细胞疗法	基因表达数据、流式细胞数据	Sjögren病患者和小鼠模型的样本
100	2025-05-02	Novel biallelic MCMDC2 variants were associated with meiotic arrest and nonobstructive azoospermia 2025-Mar-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202495 PMID:39789727	研究论文	本研究通过全外显子测序在768名非梗阻性无精子症患者中发现了与减数分裂停滞相关的MCMDC2基因双等位基因变异	首次发现MCMDC2基因的四种有害变异与非梗阻性无精子症相关，并证实这些变异导致减数分裂停滞	样本量相对有限(768例)，且仅针对MCMDC2基因进行了研究	探索非梗阻性无精子症的遗传病因	768名非梗阻性无精子症患者	生殖遗传学	男性不育症	全外显子测序(WES)、苏木精-伊红染色(H&E)、免疫荧光染色(IF)、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、组织学图像、单细胞转录组数据	768名NOA患者