单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-03	Characterizing the diabetes-induced pathological changes of the mouse lung by single-cell RNA sequencing 2025-Feb-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123408 PMID:39832739	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究糖尿病对小鼠肺部病理变化的影响	首次揭示了糖尿病晚期小鼠肺部免疫细胞数量显著增加，且主要为未成熟的多形核髓系来源的抑制细胞（PMN-MDSCs），并发现肺泡细胞在糖尿病早期表现出间质表型及关键细胞因子表达减少	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究糖尿病对肺部病理变化的影响及其机制	糖尿病小鼠的肺部细胞	digital pathology	diabetes	single-cell RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	糖尿病小鼠的肺部细胞样本
82	2025-05-03	A unified framework for cell-type-specific eQTL prioritization by integrating bulk and scRNA-seq data 2025-Feb-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2024.12.018 PMID:39824189	research paper	提出了一种整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据的统计框架IBSEP，用于增强细胞类型特异性eQTL的优先排序	IBSEP框架通过分层线性模型整合两种数据类型的汇总统计，克服了各自技术的局限性并利用了各自的优势	scRNA-seq数据样本量较小且存在技术限制	提高细胞类型特异性eQTL的识别精度，以更深入地理解复杂疾病的遗传基础	外周血单核细胞和大脑皮层数据集	基因组学	复杂疾病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	分层线性模型	RNA-seq数据	未明确说明具体样本数量，但包括外周血单核细胞和大脑皮层数据集
83	2025-05-03	Spatiotemporal and genetic cell lineage tracing of endodermal organogenesis at single-cell resolution 2025-Feb-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.12.012 PMID:39824184	研究论文	本研究通过创新的遗传追踪技术和单细胞RNA测序，详细描绘了内胚层在单细胞分辨率下的时空和遗传谱系分化	引入了创新的遗传追踪代码，揭示了早期内胚层区域的多潜能性，挑战了传统的分化模型	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类发育的复杂性	揭示内胚层器官发生的复杂机制，为发育生物学和再生医学提供新见解	小鼠内胚层发育	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、高级成像技术	NA	单细胞RNA测序数据、成像数据	使用新型小鼠品系对14个不同内胚层区域进行追踪
84	2025-05-03	Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states 2025-Feb-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002 PMID:39818203	研究论文	通过单细胞转录组学和谱系追踪技术，研究小鼠肺部在流感损伤后的再生过程，揭示了不同细胞区室的异步响应和损伤相关的持久细胞状态	首次提供了损伤后肺部再生的纵向单细胞图谱，并鉴定出一种损伤诱导的毛细血管内皮细胞（iCAP），该细胞在损伤后持续存在，并与人类肺部疾病中的内皮异常相似	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	理解肺部损伤后的细胞和分子响应机制，以及与人类发育和疾病中的响应相关性	小鼠肺部细胞	单细胞转录组学	肺部疾病	单细胞转录组学、谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠肺部细胞样本
85	2025-05-03	Regulation of fibroblast phenotype in osteoarthritis using CDKN1A-loaded copper sulfide nanoparticles delivered by mesenchymal stem cells 2025-Feb-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00573.2024 PMID:39819042	research paper	本研究探讨了通过间充质干细胞(MSCs)递送载有CDKN1A质粒的硫化铜(CuS)纳米颗粒(NPs)对骨关节炎(OA)中纤维母细胞表型的调控及其在软骨修复中的作用	引入了MSCs@CuS@CDKN1A这一纳米工程MSC平台，通过调节CDKN1A表达，不仅增强软骨修复，还能有效减轻纤维母细胞驱动的炎症，标志着OA治疗领域的重大进展	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索纳米工程MSC平台在骨关节炎治疗中的应用	纤维母细胞表型、软骨修复	生物医学工程	骨关节炎	单细胞RNA测序、微CT扫描、免疫荧光	小鼠OA模型	转录组数据、影像数据	小鼠OA模型
86	2025-05-03	Applications and emerging challenges of single-cell RNA sequencing technology in tumor drug discovery 2025-Feb, Drug discovery today IF:6.5Q1 DOI:10.1016/j.drudis.2025.104290 PMID:39828052	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肿瘤药物发现中的应用及其面临的挑战	探讨了scRNA-seq技术在肿瘤药物发现各阶段的应用，包括阐明肿瘤机制、识别靶点、筛选药物及理解药物作用和耐药性	讨论了scRNA-seq在药物开发中的挑战和未来展望	为推进肿瘤治疗提供科学基础	肿瘤药物发现	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
87	2025-05-03	Dynamic analysis of intrahepatic T cells reveals a unique group of restorative Cxcr3+ tissue-resident CD4 T cells in acute liver injury 2025-Feb, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154058 PMID:39828240	research paper	该研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序数据，揭示了在急性肝损伤中Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞的独特修复作用	发现了一组独特的修复性Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞，并揭示了其在减轻APAP诱导的急性肝损伤中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究急性肝损伤中T细胞动态变化及其在肝损伤修复中的作用	APAP诱导的急性肝损伤小鼠模型	免疫学	急性肝损伤	流式细胞术, scRNA-seq	NA	流式细胞数据, scRNA-seq数据	NA
88	2025-05-03	Exosome-based targeted delivery of NF-κB ameliorates age-related neuroinflammation in the aged mouse brain 2025-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01388-8 PMID:39833561	研究论文	本研究评估了装载不可降解IκB的外泌体（Exo-srIκB）在抑制老年小鼠脑部神经炎症中的治疗效果	首次使用Exo-srIκB外泌体靶向抑制NF-κB核转位，从而缓解老年相关神经炎症	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的效果	开发治疗老年相关神经炎症的有效方法	老年小鼠脑部的巨噬细胞和小胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	老年小鼠脑部样本
89	2025-05-03	Variants and vaccines impact nasal immunity over three waves of SARS-CoV-2 2025-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02052-z PMID:39833605	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2病毒变种和宿主疫苗接种状态对鼻黏膜细胞反应的影响	首次描述了Delta和Omicron变种在鼻黏膜中的细胞反应差异，并揭示了疫苗接种对鼻巨噬细胞的影响	研究样本可能不足以代表所有人群，且仅分析了特定时间点的急性感染	了解SARS-CoV-2不同变种和疫苗接种状态对鼻黏膜免疫反应的影响	接种和未接种疫苗的成年人感染Delta和Omicron变种的鼻咽拭子样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自Delta和Omicron感染患者的鼻咽拭子样本，并与祖先病毒株数据整合
90	2025-05-03	Progressive natural killer cell dysfunction in advanced-stage clear-cell renal cell carcinoma and association with clinical outcomes 2025-Feb, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104105 PMID:39813824	研究论文	研究探讨了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中自然杀伤（NK）细胞的功能障碍及其与临床结果的关联	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ccRCC中NK细胞的亚群及其功能障碍特征，并发现这些特征与疾病进展和患者生存率相关	样本量较小（13例患者），且仅针对ccRCC，结果可能不适用于其他癌症类型	探究ccRCC中NK细胞的表型、功能及其与临床结果的关系	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和正常肾脏组织	肿瘤免疫学	肾细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	13例ccRCC患者的肿瘤和正常肾脏组织，共21,139个NK细胞
91	2025-05-03	Spatiotemporal landscape of kidney in a mouse model of hyperuricemia at single-cell level 2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401801RR PMID:39817712	研究论文	通过单细胞RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学和空间代谢组学技术，研究了高尿酸血症肾病小鼠模型的时空图谱	首次在高尿酸血症肾病中应用单细胞和空间组学技术，发现了与尿酸排泄相关的核糖体和代谢途径等新靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索高尿酸血症肾病的病理生理过程和潜在治疗靶点	尿酸氧化酶敲除小鼠模型的肾脏组织	空间组学	肾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学	尿酸氧化酶敲除小鼠模型	单细胞RNA序列、空间转录组、蛋白质组和代谢组数据	NA
92	2025-05-03	Differential transcriptomic profiling of lipid metabolism and collagen remodeling in fast- and slow-twitch skeletal muscles in aging 2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402294R PMID:39831549	research paper	该研究通过比较分析快肌和慢肌在衰老过程中的差异，揭示了脂质代谢和胶原重塑的转录组学特征	整合了小鼠批量RNA测序和人类单细胞RNA测序数据，提供了跨物种的比较分析，揭示了衰老过程中快肌和慢肌的分子变化	研究仅基于20个月大的小鼠，未涵盖更广泛的年龄范围，且人类数据来源于单细胞RNA测序，样本量有限	探究衰老对快肌和慢肌结构和功能的影响，特别是脂质代谢和胶原重塑的分子机制	20个月大的小鼠的快肌和慢肌，以及人类单细胞RNA测序数据	转录组学	衰老相关疾病	bulk RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	20个月大的小鼠的快肌和慢肌样本，以及人类单细胞RNA测序数据集
93	2025-05-03	TRAF6 promotes abdominal aortic aneurysm development by activating macrophage pyroptosis via the NLRP3/Caspase1/GSDMD pathway 2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402873R PMID:39831511	研究论文	本研究探讨了TRAF6在腹主动脉瘤(AAA)形成中的作用及其机制，发现TRAF6通过NLRP3/Caspase1/GSDMD信号通路调节巨噬细胞焦亡，从而促进AAA的发展	首次揭示了TRAF6通过NLRP3/Caspase1/GSDMD信号通路调节巨噬细胞焦亡在AAA发展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究TRAF6在腹主动脉瘤形成中的作用机制	腹主动脉瘤(AAA)患者组织和弹性蛋白酶诱导的C57BL/6小鼠	心血管疾病研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	人类AAA组织和弹性蛋白酶诱导的C57BL/6小鼠
94	2025-05-03	The GhANT-GoPGF module regulates pigment gland development in cotton leaves 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115112 PMID:39721026	research paper	研究揭示了GhANT-GoPGF模块在棉花叶片色素腺体发育中的调控作用	首次发现GhANT作为GoPGF的上游结合蛋白，调控棉花色素腺体的组织特异性形态发生	研究主要关注棉花叶片色素腺体，对其他组织或植物的适用性尚需验证	探究棉花色素腺体发育的分子调控机制	棉花色素腺体细胞（PGCs）	植物分子生物学	NA	酵母单杂交测序、单细胞RNA测序、CRISPR基因编辑	NA	基因表达数据	NA
95	2025-05-03	Cross-species comparative single-cell transcriptomics highlights the molecular evolution and genetic basis of male infertility 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115118 PMID:39739532	研究论文	通过跨物种比较单细胞转录组学，研究雄性不育的分子进化和遗传基础	首次比较人类、小鼠和果蝇睾丸的单细胞RNA测序数据，识别出参与精子发生的关键保守基因，并通过基因敲除实验验证了三个基因的功能保守性	研究仅涉及三种模式生物，可能无法完全代表所有物种的精子发生机制	探索强选择压力下精子发生的遗传基础	人类、小鼠和果蝇的睾丸细胞	单细胞转录组学	雄性不育	scRNA-seq	深度学习	单细胞RNA测序数据	人类、小鼠和果蝇的睾丸单细胞数据，涉及20个候选基因的敲除实验
96	2025-05-03	Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175 PMID:39792551	研究论文	研究通过双光子钙成像和空间转录组学技术，探讨了海马旁回皮层在任务学习中的转录决定因素及表征漂移现象	揭示了由即刻早期基因定义的跨亚型网络在刺激-结果关联形成中的作用，以及脑源性神经营养因子在该过程中的关键调控功能	研究仅聚焦于海马旁回皮层，未涉及其他可能参与学习记忆的脑区	阐明目标导向学习中表征漂移的分子机制及其对学习记忆的影响	海马旁回皮层的兴奋性和抑制性神经元亚型	神经科学	NA	双光子钙成像, 空间转录组学	NA	钙成像数据, 基因表达数据	未明确说明实验动物数量
97	2025-05-03	Conserved patterns of transcriptional dysregulation, heterogeneity, and cell states in clear cell kidney cancer 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115169 PMID:39792555	research paper	该研究通过单细胞转录组学分析透明细胞肾癌的转录失调模式和细胞状态	揭示了肿瘤和血管中保守的转录失调模式及其上游调控因子，描述了与转移潜力相关的Chr14q缺失的亚克隆转录后果，并鉴定了具有预后意义的肿瘤内转录异质性模式	样本量相对较小（75个多区域活检），且仅针对透明细胞肾癌	理解透明细胞肾癌中的转录程序及其对肿瘤进展和治疗抵抗的影响	透明细胞肾癌肿瘤组织和正常肾脏组织的多区域活检样本	digital pathology	kidney cancer	single-cell transcriptomics	NA	transcriptomic data	75 multi-regional biopsies from kidney tumors and normal kidney
98	2025-05-03	Single cell approaches define neural stem cell niches and identify microglial ligands that can enhance precursor-mediated oligodendrogenesis 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115194 PMID:39823226	研究论文	使用单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学技术，研究了稳态和损伤条件下前脑神经干细胞（NSC）微环境，并发现两种与髓鞘再生相关的微胶质细胞配体	首次定义了背侧和外侧脑室-脑室下区（V-SVZ）为两个不同的微环境，并发现损伤后NSC在背侧激活以产生少突胶质细胞用于髓鞘再生	研究主要基于体外培养和侧脑室注射实验，体内复杂环境的影响可能未被完全模拟	探究神经干细胞微环境在稳态和损伤条件下的变化及其对细胞分化的影响	前脑神经干细胞及其微环境	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	NA
99	2025-05-03	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100938 PMID:39814026	research paper	介绍了一种名为MMoCHi的多模态分类器层次结构，用于准确分类多种单细胞模态数据中的细胞类型	提出了一种不依赖参考图谱的基于标记的多模态分类方法，能够识别不易分辨的免疫细胞亚群并揭示亚群标记	未提及具体的技术限制或应用范围限制	开发一种能够整合多种单细胞模态数据的细胞类型分类方法	免疫细胞亚群	生物信息学	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	分选的T淋巴细胞亚群和跨组织人类免疫细胞数据集
100	2025-05-03	Stimulating the regenerative capacity of the human retina with proneural transcription factors in 3D cultures 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417228122 PMID:39823300	research paper	研究通过3D培养中前神经转录因子刺激人类视网膜再生能力	在更完整的视网膜环境中改进Müller胶质细胞重编程策略，并证明成人MG能生成新神经元	2D培养中的神经发生效果有限，新生儿神经元分析受限	探索视网膜退行性疾病的再生医学方法	人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜	再生医学	视网膜退行性疾病	慢病毒载体传递构建体、免疫组化、单细胞RNA测序、电生理学	NA	生物组织	人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜样本