单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-20	Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101498 PMID:40107450	研究论文	该研究揭示了periakin（PPL）通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝祖细胞（LPCs）来减轻肝纤维化的机制	发现PPL在肝纤维化中上调，并证明PPL通过促进LPC扩增和CD44Low细胞向CD44High LPCs的重编程来减轻肝纤维化	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能不足	探索PPL在肝纤维化中的作用机制及其潜在治疗应用	肝纤维化患者和小鼠模型中的肝祖细胞（LPCs）	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞测序、腺病毒基因过表达、细胞移植	3,5-diethoxycarbonyl-1,4-dihydrocollidine诱导的小鼠肝纤维化模型	基因表达数据、单细胞测序数据	人类和小鼠肝纤维化样本
82	2025-06-20	Copper Metabolism-Related Genes as Biomarkers in Colon Adenoma and Cancer 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S521512 PMID:40524750	研究论文	通过生物信息学分析探讨铜代谢在结肠腺瘤进展中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	首次将铜代谢相关基因与结肠腺瘤进展至结直肠癌的过程联系起来，并利用多种机器学习算法和单细胞RNA测序技术识别生物标志物	需要进一步的临床验证	阐明铜代谢在结肠腺瘤进展至结直肠癌中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	结肠腺瘤和结直肠癌样本	生物信息学	结直肠癌	生物信息学分析、单样本基因集富集分析(ssGSEA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量聚合酶链反应(qPCR)	五种机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的结肠腺瘤样本和正常对照样本
83	2025-06-20	Cancer-Derived Exosomal LINC01615 Induces M2 Polarization of Tumor-Associated Macrophages via RBMX-EZH2 Axis to Promote Colorectal Cancer Progression 2025, International journal of nanomedicine IF:6.6Q1 DOI:10.2147/IJN.S499381 PMID:40529536	research paper	该研究探讨了癌症来源的外泌体LINC01615通过RBMX-EZH2轴诱导肿瘤相关巨噬细胞M2极化，从而促进结直肠癌进展的机制	首次揭示了外泌体LINC01615在巨噬细胞M2极化中的具体作用机制，并发现其通过RBMX-EZH2轴促进结直肠癌进展	研究主要集中于体外和动物模型，临床样本验证相对有限	探究外泌体lncRNA在肿瘤相关巨噬细胞极化中的作用及其对结直肠癌进展的影响	结直肠癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和外泌体LINC01615	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、RNA免疫沉淀、RNA pull-down、双荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀、qRT-PCR、Western blot	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但包括体外和体内实验
84	2025-06-20	Integrated machine learning and single-cell analysis reveal the prognostic and therapeutic potential of SUMOylation-related genes in ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1577781 PMID:40534859	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞分析，揭示了SUMO化相关基因在卵巢癌中的预后和治疗潜力	首次整合机器学习和单细胞RNA测序数据分析SUMO化相关基因在卵巢癌中的作用，并鉴定出5个关键基因作为潜在的预后标志物和治疗靶点	研究样本主要来自TCGA-OV队列和213名患者，可能存在样本选择偏差	探索SUMO化相关基因在卵巢癌中的预后价值和治疗靶点潜力	卵巢癌患者样本和ID8小鼠模型	精准医学	卵巢癌	单细胞RNA测序、机器学习	机器学习框架	多组学数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-OV队列和213名卵巢癌患者样本
85	2025-06-20	Cancer-associated fibroblasts in clear cell renal cell carcinoma: functional heterogeneity, tumor microenvironment crosstalk, and therapeutic opportunities 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1617968 PMID:40534854	research paper	该研究探讨了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中癌症相关成纤维细胞(CAFs)的功能异质性、与肿瘤微环境(TME)的相互作用及治疗机会	揭示了CAFs通过多种机制促进ccRCC进展，包括代谢重编程、免疫抑制网络构建及治疗抵抗，并提出了针对CAFs的新型治疗策略	CAFs的异质性和双重功能角色阻碍了临床转化，且缺乏特异性生物标志物	解析CAFs在ccRCC中的作用机制并探索靶向治疗策略	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤微环境研究	肾癌	单细胞测序、空间多组学技术	NA	分子互作数据、临床数据	NA
86	2025-06-20	Role of CD28+ PD-1+ Tc cells in immune response and prognosis prediction in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1576193 PMID:40534863	研究论文	本研究探讨了CD28+PD-1+ Tc细胞在肝细胞癌（HCC）中的免疫反应作用和预后预测价值	首次建立了单细胞HCC转录图谱，聚焦于CD28+PD-1+ Tc细胞的细胞间通讯和轨迹分析，揭示了其在HCC中的预后意义和分子特征	样本量较小（仅10例HCC样本），可能影响结果的普遍性	阐明CD28+PD-1+ Tc细胞在HCC中的预后意义和分子特征	肝细胞癌（HCC）患者组织样本中的CD28+PD-1+ Tc细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、富集分析	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据	10例HCC样本及对应正常样本，共鉴定25,644个T细胞
87	2025-06-20	Integrated transcriptomics and machine learning reveal REN as a dual regulator of tumor stemness and NK cell evasion in Wilms tumor progression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612987 PMID:40534868	研究论文	该研究通过整合转录组学和机器学习技术，揭示了REN基因在Wilms肿瘤进展中作为肿瘤干性和NK细胞逃逸的双重调节因子的作用	开发了新的癌症干性预后指数(CSPI)，并首次发现REN基因在促进肿瘤干性和抑制NK细胞免疫监视中的双重作用	研究主要基于体外实验和计算模拟，需要进一步的体内实验验证	探索Wilms肿瘤中肿瘤干性和免疫逃逸的分子机制	Wilms肿瘤(WT)患者样本	数字病理学	Wilms肿瘤(儿童肾癌)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、批量RNA测序、分子对接模拟	机器学习算法	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但包含多种WT患者样本
88	2025-06-20	Aging induces T cells with distinct transcriptomic profiles and functions in brain-associated tissues 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1619196 PMID:40534878	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了年轻和老年小鼠脑相关组织中CD4+和CD8+ T细胞的转录组和功能变化	揭示了衰老诱导的CD153+ CD4+ T细胞在脑相关组织中的积累及其潜在的脑保护作用	研究仅在小鼠模型中进行，人类样本的验证尚未开展	探究衰老对非淋巴组织中T细胞转录组和功能的影响	年轻和老年小鼠的脑相关组织（脑膜、脉络丛和海马体）中的CD4+和CD8+ T细胞	免疫学	老年疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、抗体耗竭实验	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	年轻和老年小鼠的脑相关组织样本
89	2025-06-20	Role of ADME genes in breast cancer prognosis: an analysis of risk scoring models based on multi-omics data 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1582862 PMID:40535120	研究论文	本研究通过多组学数据分析ADME基因在乳腺癌预后中的作用，并构建了一个基于ADME相关基因的风险评分模型	首次构建了基于ADME相关基因的预后特征(ARPS)，并结合临床参数提高了预后准确性	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证	探索ADME基因在乳腺癌预后中的作用并构建预后模型	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组数据	Cox回归和stepAIC分析	多组学数据	TCGA-BRCA、METABRIC和GSE58812队列
90	2025-06-20	Current status, hotspots and frontiers of ion channel-related research in glioblastoma: a bibliometric analysis from 2005 to 2024 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1588598 PMID:40535121	研究论文	本研究通过文献计量分析系统梳理了2005年至2024年间胶质母细胞瘤离子通道相关研究的知识结构和研究热点	整合单细胞空间转录组学和纳米颗粒技术，显著提高离子通道靶向治疗的疗效	研究仅基于Web of Science核心合集的数据，可能未涵盖所有相关文献	系统分析胶质母细胞瘤离子通道研究领域的知识结构和研究热点	胶质母细胞瘤离子通道相关研究	文献计量学	胶质母细胞瘤	文献计量分析	NA	文献数据	764篇文章和234篇综述
91	2025-06-20	Identifying a prognostic signature for clear cell renal cell carcinoma: the convergence of single-cell and bulk sequencing with machine learning 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1560095 PMID:40535574	研究论文	通过单细胞和批量测序与机器学习的结合，构建了一个预测透明细胞肾细胞癌预后的共识机器学习相关特征（MLRS）	使用了一种新颖的计算框架构建MLRS，能够有效预测预后并筛选适合免疫治疗的患者	未明确说明样本量的具体大小以及研究是否进行了外部验证	构建一个预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）预后的机器学习特征，并探索其在免疫治疗和药物敏感性中的应用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序分析、qRT-PCR、CCK-8检测	机器学习	测序数据	NA
92	2025-06-20	Revealing Potential Therapeutic Targets in Gastric Cancer through Inflammation and Protein-Protein Interaction Hub Networks 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.112218 PMID:40535808	research paper	通过炎症和蛋白质-蛋白质相互作用枢纽网络揭示胃癌的潜在治疗靶点	发现SPP1-CD44配体-受体轴作为新的炎症信号通路驱动肿瘤进展，并提供了潜在的治疗靶点	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证	探索胃癌的潜在治疗靶点	胃癌相关基因和免疫细胞	生物信息学	胃癌	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集
93	2025-06-20	A Comprehensive Analysis of the Role of DSN1 in Pan-Cancer Prognosis and Immunotherapy 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.111585 PMID:40535813	研究论文	本研究通过公共数据库分析了DSN1在多种癌症中的表达模式及其与预后的关系，并探讨了其在免疫治疗中的作用	首次全面评估DSN1在泛癌预后和免疫治疗中的作用，揭示了其与DNA甲基化、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和免疫浸润的关联	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证	探索DSN1在癌症发生发展中的作用及其在免疫治疗中的潜在应用	多种癌症类型中的DSN1基因	癌症基因组学	泛癌研究(包括COAD、LUAD、UCEC等)	生物信息学分析(包括生存分析、基因集富集分析、单细胞测序数据分析)	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	多种癌症类型的公共数据库样本
94	2025-06-20	Integration of Machine Learning and Experimental Validation to Identify Anoikis-Related Prognostic Signature for Predicting the Breast Cancer Tumor Microenvironment and Treatment Response 2024-Nov-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15111458 PMID:39596658	research paper	该研究通过整合机器学习和实验验证，识别与失巢凋亡相关的预后标志物，用于预测乳腺癌肿瘤微环境和治疗反应	首次构建了基于失巢凋亡相关基因的预后特征（ANRS），并验证其作为独立预后指标的潜力，同时发现PLK1作为潜在的血液诊断标志物	研究样本量未明确说明，且需要进一步临床验证	探索失巢凋亡相关基因在乳腺癌预后中的作用，并开发预测模型	乳腺癌患者及其肿瘤微环境	digital pathology	breast cancer	RT-PCR, Western blot, ELISA, 单细胞分析, 空间转录组	machine learning	基因表达数据, 临床数据	NA
95	2025-06-20	Genomic and immune heterogeneity of multiple synchronous lung adenocarcinoma at different developmental stages 2024-09-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52139-2 PMID:39256403	研究论文	探讨多发性同步性肺癌（MSLCs）在不同病理阶段的基因组和免疫异质性	揭示了MSLCs在从非侵袭性向侵袭性腺癌转变过程中T细胞表型的转变以及基因组和免疫特征的异质性	样本量较小（16个MSLCs来自8名患者），可能影响结果的普遍性	探索MSLCs在不同发育阶段的基因组和免疫异质性	多发性同步性肺癌（MSLCs）	基因组学与免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞TCR测序、全外显子测序	NA	基因组数据、免疫数据	16个MSLCs来自8名患者
96	2025-06-20	Glioblastoma cells increase expression of notch signaling and synaptic genes within infiltrated brain tissue 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52167-y PMID:39251578	研究论文	该研究利用空间转录组学技术，揭示了胶质母细胞瘤恶性细胞在浸润脑组织中基因表达的差异及其与神经发育途径和胶质细胞分化的关联	首次使用空间转录组学技术对胶质母细胞瘤浸润脑组织中的恶性细胞进行基因表达分析，揭示了这些细胞在神经发育途径和胶质细胞分化相关基因表达上的变化	样本量较小（n=11），且仅针对特定亚型的胶质母细胞瘤（间充质型和前神经型）进行研究	探索胶质母细胞瘤恶性细胞在浸润脑组织中的基因表达特征及其潜在治疗靶点	胶质母细胞瘤患者中的恶性细胞及其浸润的脑组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	11例胶质母细胞瘤患者样本
97	2025-06-20	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	该研究探讨了MerlinS13磷酸化如何调节脑膜瘤的Wnt信号传导及MRI特征	揭示了Merlin丝氨酸13（S13）去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤生长，并发现高表观扩散系数（ADC）与Merlin完整脑膜瘤的良好临床结果相关	未明确提及研究的局限性	阐明Merlin完整脑膜瘤生长的生化机制，并寻找可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物	脑膜瘤异种移植模型和患者样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI影像数据	未明确提及具体样本数量，但包括脑膜瘤异种移植模型和患者样本
98	2025-06-20	ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51935-0 PMID:39242563	研究论文	提出ST-GEARS系统，通过精确恢复空间信息，解决现有三维空间转录组学方法在空间信息或实验诱导失真方面的不足	引入创新的分布式约束优化方案，通过锚点精确连接切片，并利用弹性场校正失真，恢复原始空间轮廓	未提及具体的技术实现细节或在不同组织类型中的适用性验证	提高三维空间转录组学数据的空间信息恢复精度，以支持更可靠的下游分析	三维空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	ST-GEARS	空间转录组数据	NA
99	2025-06-20	Intracellular spatial transcriptomic analysis toolkit (InSTAnT) 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49457-w PMID:39242579	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从单分子分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，通过专门的统计测试和算法检测基因对和模块的共定位模式，揭示了细胞内和细胞间的分子关系	未提及具体的技术限制或数据集大小的限制	开发一种计算工具包，用于分析空间转录组数据，以发现亚细胞生物模式	空间转录组数据，特别是来自MERFISH等成像技术的数据	digital pathology	NA	MERFISH, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	五个不同的数据集，代表两种细胞系、两个脑结构、两个物种和三种不同技术
100	2025-06-20	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-06-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	research paper	该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并形成组织驻留记忆细胞的能力	发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)虽然不能分化为其他循环记忆亚群，但仍保留进入组织并建立驻留的灵活性	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证仍需进一步研究	探究KLRG1+长寿命效应记忆T细胞的分化潜能和组织驻留能力	KLRG1+ CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA