单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-25	Genetic Associations of Clonal Hematopoiesis With Cardioembolic Stroke: Insights From Genome-Wide Mendelian Randomization, Bulk RNA, Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70515 PMID:40702735	研究论文	本研究通过基因组范围的孟德尔随机化、批量RNA和单细胞RNA测序，探索了克隆造血与心源性栓塞性中风的遗传关联	首次通过多组学整合方法揭示了CHIP与心源性栓塞性中风的因果关系，并鉴定了关键治疗靶点PARP1和CD3G	样本量相对有限，且机制研究主要基于生物信息学分析	阐明克隆造血与缺血性中风之间的机制联系	克隆造血(CHIP)患者与心源性栓塞性中风(CES)患者	基因组学	心血管疾病	GWAS, RNA-seq, scRNA-seq, 孟德尔随机化	机器学习	基因组数据	GWAS队列数据(具体数量未明确说明)
82	2025-07-25	S-Propargyl-Cysteine Attenuates Stroke Heterogeneity via Promoting Protective Autophagy Across Multiple Neural Cell Types: Insights From Single-Cell Sequencing 2025-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70399 PMID:40702904	research paper	本研究探讨了S-炔丙基半胱氨酸（SPRC）在缺血性中风中的神经保护作用及其机制，重点关注H2S与自噬在中风后脑微环境调控中的相互作用	首次揭示了SPRC在脑缺血再灌注损伤中以不依赖经典酶CBS/3-MST的方式提供神经保护，并发现其可能通过激活保护性自噬发挥作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探究SPRC在缺血性中风中的神经保护机制	缺血性脑组织、神经元、大鼠和小鼠模型	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序、脑缺血再灌注损伤模型构建、基因敲除技术	动物模型（大鼠和小鼠）	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	未明确说明具体样本数量，但使用了GSE174574数据集和大鼠/小鼠模型
83	2025-07-25	APOBEC3C-Mediated NF-κB Activation Promotes Malignant Progression of Gliomas 2025-Jul, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70224 PMID:40704619	研究论文	分析APOBEC3C在胶质瘤中的临床病理特征、免疫学特性及预后价值，并验证其介导胶质瘤恶性进展的具体机制	发现APOBEC3C是胶质瘤间质亚型的潜在生物标志物，并通过NF-κB信号通路抑制胶质瘤细胞的EMT过程	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索APOBEC3C在胶质瘤恶性进展中的作用及其潜在机制	胶质瘤患者及胶质瘤细胞	肿瘤学	胶质瘤	mRNA-seq、单细胞测序、Western blot、Transwell实验、细胞划痕实验	NA	测序数据、蛋白质数据、细胞实验数据	来自CGGA数据库的693例胶质瘤患者和TCGA数据库的697例胶质瘤患者，以及CGGA数据库的单细胞测序数据
84	2025-07-25	GPC2-targeted CAR T cells engineered with NFAT-inducible membrane-tethered IL-15/IL-21 exhibit enhanced activity against neuroblastoma 2025-Jun-26, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0975 PMID:40569285	研究论文	该研究评估了靶向GPC2的CAR T细胞在表达IL-15和IL-21时对高负荷神经母细胞瘤的疗效	通过NFAT诱导型膜锚定IL-15/IL-21的表达增强CAR T细胞功能，同时降低系统性毒性	需要在进一步研究中验证这些发现	优化CAR T细胞疗法以治疗高负荷神经母细胞瘤	神经母细胞瘤	免疫治疗	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	CAR T细胞	体外和体内实验数据	高负荷神经母细胞瘤异种移植模型
85	2025-07-25	Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.21.660851 PMID:40667360	研究论文	本研究通过整合高plex循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学方法，探讨了早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭的相关因素	揭示了早期黑色素瘤中肿瘤可塑性和空间异质性的早期出现及其与微环境局部特征的关联	早期疾病的详细空间分析仍然有限	揭示黑色素瘤起始、进展和免疫监视的基本机制	原发性皮肤黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	高plex循环免疫荧光成像(CyCIF)、空间转录组学、传统组织学	NA	图像、转录组数据	多个原发性癌症样本，每个癌症中的100-300细胞微区域
86	2025-07-25	Transcriptomic analysis reveals novel targets in benign schwannoma using machine learning 2025-Jun-21, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.048 PMID:40550384	研究论文	本研究通过机器学习辅助的转录组和单细胞分析，识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物，并构建疾病评估预测模型	识别了五个新的免疫相关生物标志物，并验证了它们在神经鞘瘤进展中的生物学意义	预测模型的AUC值为0.67，可能还需要进一步优化以提高准确性	识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物并构建预测模型	良性神经鞘瘤的转录组数据和单细胞数据	机器学习	神经鞘瘤	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、LASSO、SVM、随机森林算法	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据、单细胞数据	GSE108524数据集中的样本，以及NF2敲除小鼠模型
87	2025-07-25	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Jun-19, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究探讨了胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤生长的机制	首次揭示了中脑胆碱能神经元活动通过特定神经环路调控弥漫性中线胶质瘤增殖的机制，并发现毒蕈碱受体M1/M3在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类患者的临床相关性需要进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的调控机制	弥漫性中线胶质瘤(DMG)和少突胶质前体细胞(OPCs)	神经肿瘤学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	未明确说明具体样本数量，使用DMG小鼠模型和原代DMG样本
88	2025-07-25	Integrating Artificial Intelligence in Next-Generation Sequencing: Advances, Challenges, and Future Directions 2025-Jun-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47060470 PMID:40699869	综述	本文探讨了人工智能（AI）与下一代测序（NGS）的协同关系，及其在基因组研究和临床应用中的变革性影响	AI驱动的工具（如机器学习和深度学习）优化了NGS工作流程的各个方面，从实验设计到生物信息学分析，并在变异检测、表观基因组分析等领域超越了传统方法	存在数据异质性、模型可解释性及伦理问题等挑战	探索AI在NGS中的应用及其对基因组学和精准医学的推动作用	基因组数据及其在癌症研究和药物发现中的应用	机器学习	癌症	NGS, TGS	CNN, RNN, 混合架构	基因组数据	NA
89	2025-07-25	IDENTIFICATION OF DISEASE-SPECIFIC VULNERABILITY STATES AT THE SINGLE-CELL LEVEL 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626873 PMID:40661457	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组数据和功能缺失筛选，识别了胶质母细胞瘤中的疾病特异性脆弱状态	开发了一种新的计算流程，结合单细胞RNA测序和空间转录组数据，识别了三种单细胞脆弱状态，并发现这些状态对癌症药物的敏感性不同	研究仅基于体外实验数据，未在体内模型中验证	识别胶质母细胞瘤中的关键细胞靶点，以改善治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, CRISPR筛选	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	49个GBM肿瘤
90	2025-07-25	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Jun-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	通过时空转录组学揭示R6/2亨廷顿病小鼠脑中的分子模式	整合了10× Genomics Visium空间转录组学和单核RNA测序（snRNA-seq）技术，提供了区域、时间和细胞类型特异性的调控通路信息	研究仅针对R6/2小鼠模型，可能无法完全反映人类亨廷顿病的复杂性	理解亨廷顿病的分子机制	R6/2亨廷顿病小鼠脑组织	生物信息学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑组织（出生后0天[P0]、4周和12周）
91	2025-07-25	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术快速推断形态合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法开发Proseg，显著提升了细胞分割的准确性和计算效率，特别是在肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）的检测中表现优异	研究主要基于三种商业平台生成的数据集，可能在其他平台或数据集上的适用性有待验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性，以更精确地分析细胞的转录状态和微环境	单细胞空间转录组数据，特别是肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割模型（Proseg）	空间转录组数据	来自肾细胞癌患者样本的数据集
92	2025-07-25	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-Jun, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	研究论文	本研究通过建立老年小鼠COVID-19模型，揭示了衰老过程中efferocytosis功能受损与COVID-19严重程度的关系	首次在老年小鼠模型中揭示了efferocytosis功能受损与COVID-19严重程度之间的关联，并发现肺泡巨噬细胞功能下降是重要机制	研究仅在小鼠模型中进行，需要进一步在人类样本中验证	探究衰老个体中COVID-19病情加重的免疫学机制	老年和年轻小鼠的肺部免疫反应	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	老年和年轻小鼠的肺部组织样本
93	2025-07-25	Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions 2025-Jun, Best practice & research. Clinical haematology DOI:10.1016/j.beha.2025.101634 PMID:40701740	review	本文综述了异基因造血细胞移植（allo-HCT）和CAR-T疗法后免疫重建的动态过程、影响因素及优化策略	总结了当前关于免疫重建动力学的知识，并评估了不同移植和CAR-T设置的影响，讨论了优化免疫监测和治疗方法的个性化策略	未提及具体研究样本量或实验设计的局限性	探讨异基因造血细胞移植和CAR-T疗法后的免疫重建过程及其临床意义	接受异基因造血细胞移植和CAR-T疗法的患者	免疫学	白血病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
94	2025-07-25	Reconstructing Dynamic Gene Regulatory Networks Using f-Divergence from Time-Series scRNA-Seq Data 2025-May-30, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47060408 PMID:40699807	研究论文	提出了一种基于f-散度的动态基因调控网络推断方法f-DyGRN，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中重建动态基因调控网络	首次将f-散度应用于量化单细胞基因表达的时间变化，结合Granger因果关系模型和正则化技术，能够捕捉单细胞水平的动态调控变化	方法性能依赖于选择合适的f-散度度量，且未明确说明在更复杂细胞类型或更大规模数据集上的适用性	从时间序列单细胞RNA测序数据中推断动态基因调控网络	THP-1人类髓系单核细胞白血病细胞的模拟和真实scRNA-seq数据	生物信息学	白血病	scRNA-seq	f-DyGRN（基于f-散度的动态基因调控网络模型）	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及THP-1细胞的模拟和真实数据
95	2025-07-25	High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex-expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652433 PMID:40654601	研究论文	通过高分辨率单细胞转录组学比较研究不同果蝇物种中表达doublesex基因的神经元，揭示性行为神经回路在进化中的保守性和多样性	首次系统性比较多个果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型，揭示了细胞类型在进化中的高度独立性以及神经调节信号通路的物种差异	研究仅关注表达doublesex基因的神经元，可能忽略了其他参与性行为调控的神经元群体	探究神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为多样性	多种果蝇物种中表达doublesex基因的神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个果蝇物种的雄性个体（具体数量未明确说明），并包括一个雌性果蝇数据集
96	2025-07-25	GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652497 PMID:40654835	研究论文	本文提出了一种使用平均重叠度量来比较单细胞RNA测序中差异表达基因排名的方法，以改进细胞类型的聚类和注释	引入了平均重叠度量来评估单细胞聚类结果，提高了对高度相似但不同细胞群体的识别能力	方法在高度异质性细胞群体中的表现未充分验证	改进单细胞RNA测序数据中细胞类型的聚类和注释方法	T细胞群体和小鼠胸腺细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	无监督聚类算法	基因表达数据	包含已知T细胞群体和未分类小鼠胸腺细胞的数据集
97	2025-07-25	A human and mouse subpopulation of senescent β-cells induces pathologic dysfunction through targetable paracrine signaling 2025-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.07.648438 PMID:40654723	研究论文	本研究揭示了人类和小鼠衰老β细胞亚群通过可靶向的旁分泌信号导致病理功能障碍的机制	首次通过单细胞RNA测序等技术鉴定了表达特定基因的衰老β细胞亚群，并揭示了其独特的转录和功能特征	研究主要基于小鼠模型和体外人类胰岛实验，需要进一步验证在完整人体内的效果	探究衰老β细胞亚群在糖尿病进展中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	人类和小鼠的胰腺β细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	高脂饮食喂养的小鼠和来自有无2型糖尿病供体的人类胰岛
98	2025-07-25	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	研究论文	本文研究了组蛋白H3赖氨酸27甲基转移酶EZH2在记忆B细胞（MBC）形成和功能中的作用	揭示了EZH2在记忆B细胞分化和功能中的关键表观遗传调控作用，特别是在流感感染反应中	EZH2敲除在MBC中并不完全有效，表明存在维持EZH2甲基转移酶活性的强烈选择压力	探讨EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的调控机制	小鼠（Mus musculus）中的记忆B细胞	免疫学	流感感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型中的记忆B细胞
99	2025-07-25	Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review 2025-Apr-08, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-025-04103-5 PMID:40200175	文献综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST）在肾脏疾病研究中的应用与发展	通过结合scRNA-seq和ST技术，以前所未有的分辨率解析细胞异质性，识别新的细胞亚群及其在肾脏微环境中的动态相互作用	NA	探讨scRNA-seq与ST技术在肾脏疾病研究中的应用及其对肾脏发育、稳态和疾病进展的细胞和分子机制的理解	肾脏疾病中的细胞异质性和空间组织	生物医学研究	肾脏疾病	scRNA-seq, 空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
100	2025-07-25	Mapping Small Extracellular Vesicle Secretion Potential in Healthy Human Gingiva Using Spatial Transcriptomics 2025-Apr-07, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47040256 PMID:40699655	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，对健康人类牙龈组织中小细胞外囊泡（sEVs）的分泌潜力进行了定位分析	首次在sEVs生物发生的特定背景下对牙龈转录组数据进行荟萃分析，揭示了牙龈组织中不同结构在sEVs生物发生中的作用	研究仅基于公开可用的转录组数据，未进行实验验证	探索健康人类牙龈组织中sEVs的生物发生机制	健康人类牙龈组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	公开可用的牙龈转录组数据