单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-29	Dual roles of IRE1α inhibition in reversing mitochondrial ROS-induced CD8+ T-cell senescence and exerting direct antitumor effects in multiple myeloma 2025-May-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011044 PMID:40425229	研究论文	研究探讨了IRE1α抑制在逆转线粒体ROS诱导的CD8+ T细胞衰老及在多发性骨髓瘤中发挥直接抗肿瘤作用的双重角色	揭示了IRE1α抑制通过减少mtROS产生逆转CD8+ T细胞衰老的双重机制，并提出了一种新的多发性骨髓瘤治疗策略	T细胞衰老的具体机制尚未完全阐明	探索IRE1α抑制对CD8+ T细胞衰老和多发性骨髓瘤细胞的直接影响	多发性骨髓瘤患者的CD8+ T细胞及多发性骨髓瘤细胞	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、RNA测序	Vk*MYC小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	多发性骨髓瘤患者的骨髓CD8+ T细胞及健康供体的外周血单个核细胞
82	2025-05-29	[New technologies serve as accelerators for breakthroughs in modern acupuncture research] 2025-May-25, Zhen ci yan jiu = Acupuncture research DOI:10.13702/j.1000-0607.20250380 PMID:40390610	综述	本文系统回顾了现代针灸研究的历史，强调了早期电生理和生化技术对针灸客观效应的验证，以及自20世纪50年代以来研究对针灸镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联和穴位功效模式的阐明	强调了当代技术从系统、有机方法到细胞、分子和遗传方法在推动现代针灸研究中的作用，并展望了单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能和医工交叉等新兴技术在针灸研究中的潜在应用	未具体说明当前研究的局限性	探讨现代针灸研究的发展历程及未来技术应用方向	针灸-艾灸的客观效应、镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联和穴位功效模式	医学工程交叉	NA	电生理、生化技术、单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能	NA	NA	NA
83	2025-05-29	Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia 2025-May-25, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814 PMID:40425139	research paper	本文探讨了转录因子如何定义小胶质细胞的表观基因组结构和转录组	识别了PU.1、IRF8、SALL1和SMAD4等关键转录因子作为小胶质细胞的决定性因素，并揭示了它们在调控小胶质细胞特性中的作用	NA	研究小胶质细胞中转录因子的作用及其在神经炎症和神经退行性疾病中的角色	小胶质细胞	表观遗传学	神经退行性疾病	ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, single-cell RNA-seq	NA	基因组数据	NA
84	2025-05-29	Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment 2025-May-22, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.030 PMID:40425012	研究论文	通过增强子驱动的基因调控网络揭示转录因子在肿瘤微环境中调控T细胞适应和分化的机制	利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的多组学数据，揭示了KLF2和BATF转录因子在调控Trm样TIL形成中的关键作用	研究基于模型和小样本数据，可能无法完全反映人类肿瘤微环境的复杂性	探究肿瘤微环境中T细胞适应和分化的调控机制	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的CD8 T细胞	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据、表观遗传数据	模型中的T细胞受体（TCR）匹配的CD8 T细胞
85	2025-05-29	SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes 2025-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf431 PMID:40433981	research paper	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	NA	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和疾病中的细胞身份失调	单细胞中的细胞身份基因	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	NA	genetic sequence, gene expression	NA
86	2025-05-29	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-05-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:40401698	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进肾小球巨噬细胞中IL-1β的产生和狼疮相关基因的表达，加速肾小球肾炎的进展	研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未在人类患者中验证	探究巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎中的作用机制	NZBWF1小鼠的肾小球巨噬细胞	免疫学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NZBWF1小鼠模型
87	2025-05-29	Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes 2025-May-20, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723 PMID:40404118	研究论文	通过比较人类肝脏转录组，全面研究小鼠MASH模型的适用性	首次详细比较多种小鼠MASH模型的转录组特征，并提出结合CDA-HFD与HFD或WD模型的实用策略	研究仅基于转录组数据，未考虑其他分子层面的差异	评估不同小鼠MASH模型在模拟人类MASH疾病特征方面的适用性	小鼠MASH模型（HFD、MCD、CDA-HFD）和人类MASH数据集	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三种小鼠MASH模型及人类MASH数据集
88	2025-05-29	Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Regional Differences in the Prefrontal and Entorhinal Cortex of Alzheimer's Disease Brain 2025-May-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104841 PMID:40429980	研究论文	通过单细胞转录组分析比较阿尔茨海默病患者前额叶皮层和内嗅皮层的细胞和转录变化	揭示了内嗅皮层比前额叶皮层在阿尔茨海默病中表现出更显著的转录改变，并鉴定了与疾病进展相关的LINC01099调控网络	研究仅基于三个单细胞RNA测序数据集，样本量可能不足以涵盖所有可能的细胞类型和转录变化	比较阿尔茨海默病患者不同脑区的细胞和转录差异，以寻找有效的生物标志物和治疗策略	阿尔茨海默病患者的前额叶皮层和内嗅皮层	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	124,658个细胞核，31个细胞簇
89	2025-05-29	Human and Mouse Bone Marrow CD45+ Erythroid Cells Have a Constitutive Expression of Antibacterial Immune Response Signature Genes 2025-May-17, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051218 PMID:40427045	research paper	该研究通过蛋白质相互作用网络分析、细胞因子分泌分析、流式细胞术的单细胞免疫蛋白质组学分析，以及公开的人类和小鼠骨髓红细胞转录组数据的重新分析，全面探索了人类骨髓红细胞的特性	研究发现人类和小鼠骨髓CD45+红细胞具有组成型表达抗菌免疫反应特征基因的能力，揭示了它们在先天抗菌免疫中的潜在作用	研究主要基于体外实验和公开数据的分析，需要进一步的体内实验验证	探索人类骨髓红细胞的免疫调节特性和抗菌免疫反应	人类和小鼠骨髓CD45+红细胞	免疫学	NA	蛋白质相互作用网络分析、流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、蛋白质组数据	公开的人类和小鼠骨髓红细胞转录组数据
90	2025-05-29	High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas 2025-May-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17101681 PMID:40427178	研究论文	研究发现KYNU高表达与肺腺癌患者预后不良、KEAP1/STK11突变及免疫抑制代谢相关，但在小鼠模型中未观察到类似关联	揭示了KYNU作为肺腺癌预后生物标志物的潜力及其在免疫抑制代谢中的作用，同时指出了小鼠模型与人类肿瘤在KYNU表达上的差异	研究结果在小鼠模型中未能重现，提示物种特异性表达模式对临床前建模构成挑战	探索与肺腺癌患者预后相关的双峰表达基因，以揭示潜在的致癌基因型和新的治疗见解	肺腺癌患者及小鼠模型	肿瘤学	肺腺癌	meta分析、批量及单细胞转录组学、代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	多个肺腺癌数据集及临床前模型数据
91	2025-05-29	GSNCASCR: An R Package to Identify Differentially Co-Expressed Curated Gene Sets with Single-Cell RNA-Seq Data 2025-May-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104771 PMID:40429912	research paper	介绍了一个名为GSNCASCR的R包，用于识别单细胞RNA-Seq数据中差异共表达的基因集	结合了CSCORE和GSNCA两种算法的优势，能够量化并检查通路内细胞类型特异性的共表达变化	未提及具体的数据处理速度或计算资源需求	开发一个生物信息学工具，用于分析单细胞RNA测序数据中的差异共表达通路	单细胞RNA-Seq数据中的基因集	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA-Seq数据	模拟数据集和真实数据集（包括COVID-19数据集）
92	2025-05-29	Mapping Inherited Genetic Variation with Opposite Effects on Autoimmune Disease and Four Cancer Types Identifies Candidate Drug Targets Associated with the Anti-Tumor Immune Response 2025-May-14, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050575 PMID:40428397	research paper	该研究通过基因组关联研究（GWAS）和功能基因组学分析，识别出与自身免疫性疾病和四种癌症风险相反的遗传变异，并提出了五个可能的癌症免疫治疗靶点	系统性地识别出与自身免疫性疾病和癌症风险相反的遗传变异，并提出了五个新的潜在癌症免疫治疗靶点	研究依赖于GWAS数据，可能存在未检测到的遗传变异或功能机制	识别与自身免疫性疾病和癌症风险相反的遗传变异，以发现潜在的癌症免疫治疗靶点	乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者（240,540例）及七种自身免疫/自身炎症性疾病患者（112,631例）	基因组学	乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、自身免疫性疾病	GWAS、RNA-Seq、单细胞RNA-Seq	NA	基因组数据、RNA-Seq数据	240,540例癌症患者和112,631例自身免疫/自身炎症性疾病患者
93	2025-05-29	Constructing a Prognostic Model for Non-Small-Cell Lung Cancer Risk Based on Genes Characterising the Differentiation of Myeloid-Derived Suppressor Cells 2025-May-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104679 PMID:40429821	research paper	该研究构建了一个基于髓源性抑制细胞（MDSCs）分化特征的基因的非小细胞肺癌（NSCLC）预后风险模型	整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-seq）数据，识别MDSCs分化过程中的关键基因，并构建预后风险模型，同时筛选靶向这些基因的小分子化合物作为潜在治疗策略	未提及具体样本量，且模型的泛化能力需进一步验证	阐明MDSCs、免疫细胞和肿瘤在NSCLC肿瘤微环境（TME）中的复杂相互作用，并构建预后风险模型	非小细胞肺癌（NSCLC）患者及其肿瘤微环境中的髓源性抑制细胞（MDSCs）	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, Bulk RNA-seq	Elastic Net回归, 多元Cox回归分析	RNA测序数据	NA
94	2025-05-29	Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomics with Machine Learning Reveals a Heme Metabolism-Based Panel for Lung Adenocarcinoma Chemotherapy Resistance 2025-May-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104685 PMID:40429829	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞转录组学数据，结合机器学习方法，揭示了基于血红素代谢的肺腺癌化疗耐药性评估面板	首次将血红素代谢与肺腺癌化疗耐药性联系起来，开发了HMRS预后面板，并发现ABCC2作为克服顺铂耐药的关键调控因子	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证	探索血红素代谢在肺腺癌化疗耐药中的作用，并开发预后评估工具	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，多组学数据分析	LASSO回归，多变量Cox回归	转录组数据	来自TCGA-LUAD、GEO数据库和单细胞RNA测序队列的数据
95	2025-05-29	Elucidating the Prognostic and Therapeutic Implications of Insulin Resistance Genes in Breast Cancer: A Machine Learning-Powered Analysis 2025-May-13, Biology DOI:10.3390/biology14050539 PMID:40427728	research paper	本研究利用机器学习算法和统计方法，基于胰岛素抵抗相关基因构建了一个稳健的乳腺癌预后模型，并在多个独立验证队列中验证了其预测价值	首次构建了一个基于胰岛素抵抗相关基因的乳腺癌预后模型，并发现该模型能有效预测患者总体生存率和对新辅助治疗的反应	研究结果需要在前瞻性临床研究中进一步验证	阐明胰岛素抵抗基因在乳腺癌中的预后和治疗意义	乳腺癌患者	machine learning	breast cancer	单细胞RNA测序	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	四个独立验证队列（包括METABRIC和三个GSE数据集）
96	2025-05-29	Arhgap29 Deficiency Directly Leads to Systemic and Craniofacial Skeletal Abnormalities 2025-May-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104647 PMID:40429791	research paper	该研究揭示了Arhgap29基因缺失如何导致小鼠出现系统性及颅面骨骼异常，特别是与综合征性唇腭裂相关的特征	首次阐明Arhgap29通过调节钙和MAPK信号通路影响骨骼发育，并确定其在成骨细胞和破骨细胞中的双重作用	骨骼异常的具体分子机制尚未完全阐明	探究Arhgap29基因在骨骼发育中的作用及其与综合征性唇腭裂的关联	Arhgap29基因敲除小鼠模型	发育生物学	唇腭裂	micro-CT成像、组织学分析、转录组学方法、免疫组织化学分析、空间转录组学	基因敲除小鼠模型	影像数据、基因表达数据、组织学数据	未明确说明小鼠数量
97	2025-05-29	Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore 2025-May-11, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15050701 PMID:40427594	综述	本文综述了当前关于细胞休眠分子机制的知识，特别关注两种主要的酵母模型	利用单细胞RNA-seq、蛋白质组分析和活细胞成像等多方面方法揭示了基因表达、蛋白质组组成和活力的动态变化，并对细胞质的生物物理特性提供了新的理解	NA	阐明休眠和休眠打破的分子和生物物理原理	酵母细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据, 图像数据	NA
98	2025-05-29	NetLnc: A Network-Based Computational Framework to Identify Immune Checkpoint-Related lncRNAs for Immunotherapy Response in Melanoma 2025-May-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104557 PMID:40429702	research paper	该研究开发了一个基于网络的计算框架NetLnc，用于识别与免疫检查点相关的长链非编码RNA（lncRNA），以预测黑色素瘤的免疫治疗反应	提出了一个多步骤的计算框架，结合网络分析和大规模RNA测序数据，识别与免疫检查点和免疫细胞浸润相关的lncRNA	研究仅基于RNA测序数据，未涉及实验验证	识别与免疫检查点相关的lncRNA，以预测免疫检查点抑制剂（ICI）的治疗反应	黑色素瘤中的长链非编码RNA（lncRNA）	生物信息学	黑色素瘤	bulk和single-cell RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了独立数据集进行验证
99	2025-05-29	Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-May-08, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	研究论文	本研究探讨了CTNNB1外显子3突变在子宫内膜样子宫内膜癌(EECs)中β-连环蛋白(β-catenin)蛋白不同定位对下游基因表达的影响	首次揭示了β-连环蛋白在细胞核内或膜/细胞质中的不同定位会导致EECs中产生不同的转录谱，并发现了一个新的治疗靶点TROP2	研究仅关注CTNNB1外显子3突变的EECs，未涉及其他突变类型或其他类型子宫内膜癌	探究β-连环蛋白不同亚细胞定位对EECs转录谱的影响	携带CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌(EECs)	肿瘤分子生物学	子宫内膜癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但研究了肿瘤内具有核和非核β-连环蛋白定位的不同区域
100	2025-05-29	Long Non-Coding RNAs and RNA-Binding Proteins in Pancreatic Cancer Development and Progression 2025-May-08, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17101601 PMID:40427100	review	本文综述了长链非编码RNA（lncRNAs）和RNA结合蛋白（RBPs）在胰腺导管腺癌（PDAC）的发展和进展中的作用	强调了lncRNAs和RBPs作为非基因组生物标志物和替代分子靶点在PDAC临床管理中的潜力	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探讨lncRNAs和RBPs在PDAC发展和治疗中的作用，以推动个性化治疗策略的发展	胰腺导管腺癌（PDAC）	分子生物学	胰腺癌	基因表达分析和单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA