单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27241 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-04-25 |
Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence
2025-Apr-09, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101260
PMID:40215972
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research paper | 该研究利用单细胞测序技术分析CAR信号传导，揭示了影响体内持久性的关键因素 | 首次系统性地研究了不同ICD结构如何指导T细胞功能，特别是在分子水平上，并发现了一种与特定ICD结构相关的独特持续信号特征 | 研究发现这种持续信号特征在液体肿瘤中有效，但在实体瘤中无效 | 解码CAR信号传导的设计原则，为下一代ICD结构的合理设计提供依据 | 表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞 | 生物医学工程 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 82 | 2025-04-25 |
Spatial dissection of tumour microenvironments in gastric cancers reveals the immunosuppressive crosstalk between CCL2+ fibroblasts and STAT3-activated macrophages
2025-Apr-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332901
PMID:39580151
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研究论文 | 通过空间转录组学分析胃癌微环境，揭示了CCL2+成纤维细胞与STAT3激活的巨噬细胞之间的免疫抑制性互作 | 首次在胃癌中利用空间转录组学技术解析了肿瘤微环境中不同细胞类型的空间分布和功能互作，特别是CCL2+成纤维细胞通过JAK-STAT3信号通路促进肿瘤进展的机制 | 样本量较小（仅9例原发胃癌样本），需要在更大队列中验证发现 | 将胃癌生态系统的空间组织转化为涉及恶性、间质和免疫细胞的功能性细胞互作图谱 | 胃癌组织中的恶性细胞、间质细胞和免疫细胞 | 空间转录组学 | 胃癌 | Visium空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 9例原发胃癌样本 |
| 83 | 2025-04-25 |
Genetic variation at 11q23.1 confers colorectal cancer risk by dysregulation of colonic tuft cell transcriptional activator POU2AF2
2025-Apr-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332121
PMID:39609081
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研究论文 | 本研究通过多学科方法揭示了11q23.1位点的遗传变异如何通过调控POU2AF2基因影响结直肠癌风险 | 首次将11q23.1位点的遗传变异与结直肠癌风险联系起来，并揭示了POU2AF2作为簇细胞特异性转录激活因子的肿瘤抑制功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步扩大样本量 | 阐明11q23.1位点遗传变异导致结直肠癌风险的分子机制 | 结直肠癌相关遗传变异和POU2AF2基因 | 遗传学 | 结直肠癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、单细胞ATAC测序、CRISPR基因编辑 | ApcMin/+小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、表观基因组数据 | 未明确说明人类样本量，使用ApcMin/+小鼠模型 |
| 84 | 2025-04-25 |
Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control
2025-Apr-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492
PMID:39788719
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research paper | 研究探讨了通过抑制PI3Kγ和放疗联合治疗胰腺癌，促进巨噬细胞对凋亡细胞的清除，从而增强抗肿瘤免疫 | 揭示了PI3Kγ抑制与放疗联合治疗胰腺癌的新机制，即通过促进巨噬细胞的抗原呈递和CD8+ T细胞激活来增强抗肿瘤免疫 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探索胰腺导管腺癌(PDAC)中免疫抑制机制，并开发新的免疫治疗策略 | 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型和肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 流式细胞术、多重免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序 | LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre小鼠模型 | 基因表达数据、免疫细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型和新鲜肿瘤样本 |
| 85 | 2025-04-25 |
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2025-Apr-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.102819
PMID:40192104
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠胚胎颅神经管闭合六个连续阶段的基因表达图谱 | 首次系统性地分析了颅神经板在闭合过程中的空间和时间基因表达变化，并揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录调控程序 | 研究仅针对小鼠模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 研究哺乳动物大脑形成过程中颅神经板的区域化和形态发生机制 | 小鼠胚胎颅神经板 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本 |
| 86 | 2025-04-25 |
CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data
2025-Apr-07, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02148-8
PMID:40195561
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research paper | 介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于从单细胞数据中统计显著地检测细胞类型和状态 | 提出CHOIR方法，通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树中统计确定代表不同细胞群的簇，解决了现有聚类工具缺乏统计推断测试的问题 | NA | 开发一种能够统计显著地识别单细胞数据中生物相关细胞群的方法 | 单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学 | 随机森林 | 单细胞数据 | 230个模拟数据集和5个真实数据集 |
| 87 | 2025-04-25 |
scRNA-seq uncovers the transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages
2025-Apr-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57837-z
PMID:40188181
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示了E. intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的转录变化及其发育轨迹 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的寄生虫-宿主相互作用 | 探究E. intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的转录动态及其与宿主的相互作用 | Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞 | 基因组学 | 机会性感染疾病 | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 88 | 2025-04-25 |
Revealing NAPSA's role in ccRCC: Insights from single-cell RNA sequencing
2025-Apr-05, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149478
PMID:40194687
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了NAPSA在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的表达特征及其潜在作用 | 首次在单细胞水平分析了NAPSA在ccRCC中的表达模式，并发现其与EMT过程及肿瘤微环境细胞间通讯的关联 | 样本量较小(7个肿瘤和2个正常样本)，且机制研究仍需进一步深入 | 探究NAPSA在ccRCC中的分子特征及其临床意义 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和细胞系 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), TCGA数据分析, 体外siRNA转染实验 | Seurat分析流程 | 单细胞转录组数据 | 7个肿瘤样本和2个正常样本(来自GSE210042数据集)，以及OS-RC-2和Caki-1细胞系 |
| 89 | 2025-04-25 |
Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis
2025-Apr-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.90596
PMID:40184163
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研究论文 | 通过单细胞表达分析对肠嗜铬细胞进行分层 | 整合单细胞转录组学和空间图像分析，识别了14个沿肠道拓扑组织的EC细胞簇，并发现具有不同转录因子和激素表达的亚型 | EC细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未充分定义 | 研究肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道动态平衡中的作用 | 肠嗜铬细胞(EC细胞) | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学、空间图像分析、遗传学、化学遗传学和药理学方法 | NA | 单细胞转录组数据和空间图像数据 | NA |
| 90 | 2025-04-25 |
Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2025-Apr-03, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204346
PMID:40177910
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research paper | 本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制 | 发现了鸡肺特有的第三种肺泡细胞类型（KRT14表达的腔细胞），并揭示了其与肺泡类型2和1细胞在空间上的分布模式 | 研究仅针对鸡肺发育过程，未涉及其他鸟类物种的比较分析 | 探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异 | 鸡肺发育过程中的形态发生、分子和细胞特征 | 发育生物学 | NA | 多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学 | NA | 3D图像数据、转录组数据 | 鸡肺发育关键阶段样本 |
| 91 | 2025-04-25 |
Airway Spatial Transcriptomics in Smoking
2025-Apr-03, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.04.01.25325047
PMID:40236402
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组数据，预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变 | 创建了一个框架，通过虚拟单细胞分辨率的空间转录组数据预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变 | 样本量较小（3名吸烟者和3名非吸烟者），可能影响结果的普遍性 | 研究吸烟对肺部细胞间通讯的影响 | 吸烟者和非吸烟者的肺部组织样本 | 空间转录组学 | 肺部疾病 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq）和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 3名吸烟者和3名非吸烟者的肺部组织样本 |
| 92 | 2025-04-25 |
Single-cell analysis of the epigenome and 3D chromatin architecture in the human retina
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.28.630634
PMID:39764062
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析研究人类视网膜的基因表达、染色质可及性、DNA甲基化组和3D染色质结构 | 首次在23种视网膜细胞亚类中鉴定了420,824个独特的候选调控元件，并比较了人类和小鼠视网膜细胞的染色质景观 | 未提及具体样本量限制或技术局限性 | 解析人类视网膜的基因调控程序及相关疾病的非编码风险变异 | 人类视网膜、黄斑区和视网膜色素上皮(RPE)/脉络膜 | 表观基因组学 | 眼科疾病 | 单细胞多组学测序 | 深度学习模型 | 单细胞多组学数据 | NA |
| 93 | 2025-04-25 |
scIDPMs: Single-Cell RNA-Seq Imputation Using Diffusion Probabilistic Models
2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3430554
PMID:39093668
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研究论文 | 提出了一种名为scIDPMs的新方法，利用条件扩散概率模型对单细胞RNA测序数据进行缺失值填补 | 首次将条件扩散概率模型应用于单细胞RNA测序数据的缺失值填补，并采用带有注意力机制的深度神经网络优化填补过程 | 未具体说明方法在超大规模数据集上的计算效率 | 解决单细胞RNA测序数据中假零值(丢失事件)导致的基因表达水平被掩盖问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 条件扩散概率模型(conditional diffusion probabilistic models)和带有注意力机制的深度神经网络 | 基因表达数据 | 模拟和真实scRNA-seq数据集(未明确具体数量) |
| 94 | 2025-04-25 |
The Effect of Cuproptosis-Related Proteins on Macrophage Polarization in Mesothelioma is Revealed by scRNA-seq
2025-Apr, Biological trace element research
IF:3.4Q2
DOI:10.1007/s12011-024-04333-y
PMID:39177724
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了铜死亡相关蛋白对间皮瘤中巨噬细胞极化的影响 | 首次发现铜死亡相关基因在间皮瘤中的表达差异，并构建了3基因特征预测模型 | 研究样本量有限，需要进一步临床验证 | 探究铜死亡相关蛋白对间皮瘤进展的影响机制 | 间皮瘤患者样本和细胞系 | digital pathology | mesothelioma | scRNA-seq, LASSO回归分析 | 多基因预测模型 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的间皮瘤样本 |
| 95 | 2025-04-25 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia
2025-Apr-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001064
PMID:39178365
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研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组分析，识别了胆道闭锁中的致病性胆管细胞生态位，并发现TNFRSF12A作为潜在治疗靶点 | 首次通过单细胞和空间转录组技术全面描绘了胆道闭锁的肝脏细胞图谱，并揭示了TNFRSF12A在疾病中的关键作用 | 样本量相对较小（12例单细胞测序和4例空间转录组样本），且主要在动物模型和类器官中验证发现 | 阐明胆道闭锁中胆管细胞的致病机制并寻找治疗靶点 | 胆道闭锁患者的肝脏组织和小鼠疾病模型 | 数字病理 | 胆道闭锁 | 单细胞RNA测序、空间转录组分析 | 小鼠疾病模型、人类胆道类器官 | RNA测序数据、空间转录组数据 | 12例肝脏组织（9例BA患者和3例对照）的单细胞测序，4例肝脏切片（2例BA患者和2例对照）的空间转录组分析 |
| 96 | 2025-04-25 |
Chronic Rejection After Kidney Transplantation
2025-Apr-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000005187
PMID:39192468
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research paper | 该文章探讨了肾移植后慢性排斥反应的机制及潜在治疗方法 | 揭示了自然杀伤细胞（NK细胞）在抗体介导的排斥反应（AMR）中的关键作用，并探索了靶向CD38的单克隆抗体felzartamab的治疗潜力 | 目前的研究仍处于探索性阶段，许多试验结果尚未明确，且缺乏批准的排斥治疗方案 | 研究肾移植后慢性排斥反应的免疫机制及开发有效治疗方法 | 肾移植患者及相关的免疫机制 | 医学研究 | 肾移植排斥反应 | 免疫组织化学、批量转录组学、空间转录组学和功能遗传学 | NA | 分子和形态学数据 | NA |
| 97 | 2025-04-25 |
Male preference for TERT alterations and HBV integration in young-age HBV-related HCC: implications for sex disparity
2025-Apr, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0545
PMID:39743888
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research paper | 该研究探讨了端粒酶逆转录酶（TERT）基因改变和乙型肝炎病毒（HBV）整合在性别特异性HBV相关肝细胞癌（HCC）风险中的作用 | 揭示了年轻男性HBV携带者中TERT改变和HBV整合模式的性别差异，为HCC发病率的男性优势提供了分子机制解释 | 研究样本量有限（310例HBV相关HCC组织），且主要关注HBV相关HCC，结果可能不适用于其他病因的HCC | 探索HCC发病率性别差异的分子机制，特别是TERT基因改变和HBV整合的作用 | 310例HBV相关HCC组织 | 分子生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因测序数据 | 310例HBV相关HCC组织 |
| 98 | 2025-02-15 |
A single approach, multiple insights: Harnessing spatial transcriptomics and proteomics to identify novel therapeutic targets of alcohol-associated hepatitis
2025-Apr, Alcohol, clinical & experimental research
DOI:10.1111/acer.70007
PMID:39948688
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 99 | 2025-04-25 |
Programs, origins and immunomodulatory functions of myeloid cells in glioma
2025-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08633-8
PMID:40011771
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research paper | 该研究通过整合单细胞RNA测序、染色质可及性、空间转录组学和胶质瘤类器官外植系统，系统地研究了胶质瘤中髓系细胞的免疫调节表型 | 发现了四种免疫调节表达程序，揭示了这些程序不受髓系细胞类型、发育起源或肿瘤突变状态的影响，而是由微环境信号驱动 | 研究主要关注胶质瘤，未涉及其他类型的肿瘤 | 理解胶质瘤中髓系细胞的免疫调节机制，为开发更有效的免疫疗法奠定基础 | 胶质瘤中的髓系细胞 | digital pathology | glioma | single-cell RNA sequencing, chromatin accessibility, spatial transcriptomics, glioma organoid explant systems | NA | RNA sequencing data, chromatin accessibility data, spatial transcriptomics data | NA |
| 100 | 2025-04-25 |
The dynamic and diverse nature of parenchyma cells in the Arabidopsis root during secondary growth
2025-Apr, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-01938-6
PMID:40140531
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析和谱系追踪技术，揭示了拟南芥根在次生生长过程中薄壁细胞多样性和功能的动态变化 | 首次结合单细胞RNA测序与谱系追踪技术，重建了拟南芥根次生生长过程中细胞类型的发育轨迹，并发现了20种以前未被描述的细胞类型或状态 | 研究仅针对拟南芥根系统，结果在其他植物系统中的普适性尚待验证 | 探究拟南芥根次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能 | 拟南芥根次生生长过程中的薄壁细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序分析, 谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | 93个报告基因系 |