单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-20	Single-cell RNA sequencing of adult primate neocortex reveals the regulatory dynamics of neural plasticity 2025, American journal of translational research IF:1.7Q4 DOI:10.62347/ZEOR5569 PMID:40385068	研究论文	通过单细胞RNA测序研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态，揭示神经可塑性的分子基础	揭示了成年灵长类动物新皮质中抑制性神经元的基因表达动态，并识别了与神经可塑性和轴突生长相关的关键基因	研究仅关注了视觉皮层的一部分神经元，可能无法全面反映整个新皮质的基因表达动态	研究成年灵长类动物新皮质的基因表达动态及其分子基础	成年食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA velocity、scVelo算法	NA	转录组数据	食蟹猴的初级视觉皮层（V1）中的抑制性神经元
82	2025-05-20	Intra-tumoural RAMP1+ B cells promote resistance to neoadjuvant anti-PD-1-based therapy in oesophageal squamous cell carcinoma 2025, Immunotherapy advances IF:4.1Q2 DOI:10.1093/immadv/ltaf012 PMID:40385640	研究论文	本研究探讨了食管鳞状细胞癌(ESCC)中B细胞亚群及其上游信号在免疫治疗耐药中的作用	发现了一种新型的RAMP1阳性B细胞亚群，其在ESCC免疫治疗耐药中起关键作用，并提出了针对CGRP-RAMP轴的联合治疗策略	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探究ESCC对免疫治疗耐药的机制	食管鳞状细胞癌(ESCC)患者样本	肿瘤免疫学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	对免疫治疗有不同反应的ESCC标本
83	2025-05-20	Targeting Tumor Differentiation Grade-related Genes Prognostic Signature Including COL5A1 Based on Single-cell RNA-seq in Gastric Cancer 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.107509 PMID:40386054	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在胃癌中鉴定了一个新的肿瘤分化等级相关基因预后标志物，并提供了新的生物标志物	首次基于单细胞RNA测序数据构建了胃癌肿瘤分化等级相关基因预后标志物，并发现COL5A1作为潜在生物标志物	研究样本量未明确说明，且需要进一步实验验证基因标志物的临床适用性	建立胃癌肿瘤分化等级相关的基因预后标志物	胃癌组织和相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA)	NA	RNA测序数据	NA
84	2025-05-20	IL7-IL7R Interaction Mediates Fibroblast-Driven Macrophage-to-Osteoclast Differentiation in Periodontitis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S524284 PMID:40386183	研究论文	本文通过整合人类和小鼠牙周炎的单细胞RNA测序数据集，构建了全面的巨噬细胞和单核细胞图谱，并鉴定了具有成骨细胞分化潜能的IL7R+巨噬细胞亚群	发现了IL7R+巨噬细胞亚群在牙周炎中的成骨细胞分化潜能，并揭示了IL7/IL7R信号轴在这一过程中的关键作用	研究主要基于单细胞RNA测序和体外实验，需要进一步的临床验证	鉴定牙周炎中具有成骨细胞分化潜能的巨噬细胞亚群及其调控机制	人类和小鼠牙周炎中的巨噬细胞和单核细胞	生物医学	牙周炎	单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、TRAP染色、micro-CT、qPCR、流式细胞术、免疫荧光染色	机器学习模型	RNA测序数据、图像数据	人类和小鼠牙周炎样本
85	2025-05-20	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Explore Purine Metabolism-Related Prognostic Risk Model and Tumor Immune Microenvironment Modulation in Ovarian Cancer 2025, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/5530325 PMID:40386292	research paper	该研究利用单细胞和空间转录组学探索嘌呤代谢相关的预后风险模型及卵巢癌肿瘤免疫微环境调控	通过单细胞和空间转录组学技术，构建了基于12个嘌呤代谢相关基因的预后模型，并发现NME6+上皮细胞高表达组与更好的预后相关	研究依赖于公共数据集，可能受限于数据质量和样本多样性	探索嘌呤代谢在卵巢癌预后中的作用及其与肿瘤免疫微环境的关联	卵巢癌患者和细胞系	digital pathology	ovarian cancer	单细胞测序, 空间转录组学, RT-qPCR	LASSO回归模型	基因表达数据	来自不同公共数据集的单细胞和空间转录组数据
86	2025-05-20	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，可扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算高效的降维方法，以处理高分辨率空间转录组数据	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	随机两阶段主成分分析（PCA）框架	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（人类和小鼠组织）
87	2025-05-20	Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407809121 PMID:39556757	研究论文	开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微型机器人，用于增强间充质基质细胞的保留和存活率	创新的磁性软微型机器人设计，包含超软水凝胶微球和磁性纳米颗粒链，具有清除活性氧的功能	NA	提高间充质基质细胞在勃起功能障碍治疗中的保留和存活率	间充质基质细胞（MSCs）和勃起功能障碍（ED）动物模型	生物医学工程	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	大鼠和比格犬ED模型
88	2025-05-20	Single-cell transcriptome analysis reveals CD34 as a marker of human sinoatrial node pacemaker cardiomyocytes 2024-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54337-4 PMID:39604360	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了CD34作为人类窦房结起搏心肌细胞的标志物	首次报道了CD34作为窦房结起搏细胞的表面标志物，并鉴定了三种起搏细胞亚型	研究主要基于胎儿和干细胞来源的窦房结细胞，未涉及成人原代细胞	解析人类窦房结起搏细胞的分子特征并寻找其表面标志物	人类窦房结起搏心肌细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞/单核RNA测序	NA	单细胞转录组数据	胎儿和干细胞来源的窦房结细胞
89	2025-05-20	Spatially organized tumor-stroma boundary determines the efficacy of immunotherapy in colorectal cancer patients 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54710-3 PMID:39592630	研究论文	本研究通过整合空间增强分辨率组学测序、单细胞RNA测序和多路成像分析，揭示了结直肠癌患者肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法疗效的关系	首次将肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法的疗效联系起来，并识别了影响治疗反应的关键细胞类型和分子机制	研究样本可能有限，且未涉及其他类型癌症的验证	探究结直肠癌患者对免疫检查点阻断疗法不同反应的肿瘤微环境机制	结直肠癌患者的肿瘤组织和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	Stereo-seq, 单细胞RNA测序, 多路成像分析	NA	空间组学数据, 单细胞转录组数据, 成像数据	未明确提及具体样本数量，但包括治疗初治和接受ICB治疗的CRC患者样本
90	2025-05-20	HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02712-9 PMID:38762674	研究论文	本研究探讨了HLA-A阳性三级淋巴结构（TLSs）及其中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在食管鳞状细胞癌（ESCC）免疫治疗反应中的作用	首次发现HLA-A阳性TLSs及其中的TIL-T和TIL-B淋巴细胞与ESCC患者对免疫检查点阻断（ICB）治疗的临床获益相关	样本量相对有限（60例ESCC患者），且为回顾性研究	寻找ESCC免疫治疗的生物标志物并探讨其临床相关性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	NanoString GeoMx数字空间分析仪、单细胞RNA测序、多重免疫组化	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	42例初治ESCC肿瘤组织和60例ESCC患者
91	2025-05-20	Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350590 PMID:37944995	research paper	该文章揭示了标准单细胞RNA测序比对流程在杀伤免疫球蛋白样受体（KIR）转录本分配上的错误倾向，导致KIR表达量化的不准确	指出了标准单细胞RNA测序比对流程中KIR转录本错误分配的问题，特别是激活型KIR转录本被误分类为抑制型KIR表达	NA	研究单细胞RNA测序比对流程中KIR转录本错误分配的问题	杀伤免疫球蛋白样受体（KIR）转录本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
92	2025-05-20	Hepatic lipid-associated macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2023-Nov-02, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3446960/v1 PMID:37961666	研究论文	该研究揭示了减重手术通过肝脏脂质相关巨噬细胞（LAMs）改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	发现减重手术（VSG）以不依赖体重减轻的方式改善MASH，并明确了TREM2在巨噬细胞修复功能中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究减重手术改善MASH的免疫调节机制	肥胖和代谢综合征患者的肝脏脂质相关巨噬细胞	医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（小鼠实验）
93	2025-05-20	Single-cell RNA-sequencing of stria vascularis cells in the adult Slc26a4-/- mouse 2023-06-15, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-023-01549-0 PMID:37322474	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成年Slc26a4-/-小鼠耳蜗血管纹细胞的基因表达，揭示了与内淋巴pH调节相关的细胞类型和分子机制	首次在Slc26a4-/-小鼠模型中通过单细胞RNA测序鉴定了表达pendrin的梭形细胞及其pH调节相关基因表达特征	研究仅限于小鼠模型，人类Pendred综合征的病理机制可能需要进一步验证	鉴定pendrin表达细胞中的pH调节因子并阐明耳蜗内淋巴pH失调的细胞致病机制	野生型和Slc26a4-/-小鼠的耳蜗血管纹细胞	单细胞转录组学	听力损失	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	野生型和Slc26a4-/-小鼠的耳蜗血管纹细胞样本
94	2025-05-19	The Role of Omics Techniques in Diabetic Wound Healing: Recent Insights into the Application of Single-Cell RNA Sequencing, Bulk RNA Sequencing, Spatial Transcriptomics, and Proteomics 2025-May-17, Advances in therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12325-025-03212-9 PMID:40381157	review	本文综述了组学技术在糖尿病足溃疡（DFU）愈合中的最新应用，包括单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学	综述了组学技术（如scRNA-seq、bulk RNA-seq、空间转录组学和蛋白质组学）在DFU研究中的最新应用，为靶向治疗提供了新见解	未提及具体研究的样本量或实验设计的局限性	探讨组学技术在糖尿病足溃疡愈合机制研究中的应用	糖尿病足溃疡（DFUs）	digital pathology	diabetes	scRNA-seq, bulk RNA-seq, spatial transcriptomics, proteomics	NA	omics data	NA
95	2025-05-19	Anti-BCL2 therapy eliminates giant congenital melanocytic nevus by senolytic and immune induction 2025-May-16, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02247-2 PMID:40374605	research paper	该研究探讨了抗BCL2疗法通过衰老细胞清除和免疫诱导消除巨大先天性黑色素细胞痣的潜力	首次发现BCL2蛋白在GCMN的衰老和增殖细胞中表达，并证明BCL2抑制剂能有效清除GCMN细胞，同时揭示了免疫细胞在治疗中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行大规模临床试验	开发针对巨大先天性黑色素细胞痣(GCMN)的新型治疗方法	巨大先天性黑色素细胞痣(GCMN)患者细胞、异种移植模型和转基因模型	肿瘤治疗	黑色素细胞痣/皮肤肿瘤	单细胞测序、免疫染色、异种移植模型	患者来源异种移植模型(PDX)、Nras突变和Braf突变转基因模型	细胞实验数据、组织学数据、测序数据	GCMN患者细胞样本、多种动物模型
96	2025-05-19	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-May-16, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术揭示了疟原虫var基因表达的转录可塑性及其在宿主免疫逃避中的作用	发现疟原虫除了单等位基因var基因表达外，还能同时表达多个var基因或进入几乎不表达var基因的状态，这种转录灵活性增强了寄生虫的适应能力	研究仅使用了3D7和IT4两种克隆寄生虫系，可能无法完全代表自然界中的多样性	探究疟原虫var基因表达的转录可塑性及其在免疫逃避中的机制	恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)的var基因家族	基因组学	疟疾	单细胞转录组学(scRNA-seq)、富集探针和便携式微孔系统	NA	转录组数据	3D7和IT4两种克隆寄生虫系
97	2025-05-19	Identifying Key Plasma Proteins in the Onset of Parkinson's Disease: Proteome-Wide Mendelian Randomization and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025-May-16, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05041-x PMID:40380075	研究论文	通过蛋白质组范围的孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，识别帕金森病发病过程中的关键血浆蛋白	首次结合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术，系统性地研究了血浆蛋白与帕金森病的因果关系，并揭示了潜在的治疗靶点	需要进一步的实验验证来确认这些血浆蛋白作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	探索帕金森病的发病机制，寻找可及的血浆标志物和靶向治疗药物	帕金森病患者和2923种血浆蛋白	生物医学研究	帕金森病	孟德尔随机化分析、共定位分析、SMR分析、HEIDI测试、单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	UK Biobank中的2923种血浆蛋白
98	2025-05-19	Resident CD24 +LCN2 + LPCs aggravate fibrosis and inflammatory progression via the recruitment of TPPP3 +COL10A1 + macrophages in NASH 2025-May-16, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025081 PMID:40380802	研究论文	该研究探讨了驻留CD24+LCN2+肝祖细胞（LPCs）在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中通过招募TPPP3+COL10A1+巨噬细胞加重纤维化和炎症进展的机制	首次揭示了驻留CD24+LCN2+ LPCs在NASH中的激活及其通过促进促炎性COL10A1+TPPP3+巨噬细胞亚型的激活来推动纤维化进展的机制	研究主要基于小鼠模型和临床样本的验证，人类样本的直接实验证据可能有限	研究LPCs在NASH中的分子表型及其调控机制	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）患者和小鼠模型中的肝祖细胞（LPCs）和巨噬细胞	分子生物学	非酒精性脂肪性肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CellChat、NicheNet	NA	RNA测序数据、临床样本数据	NASH患者和小鼠模型（CDAHFD和HFD）的样本
99	2025-05-19	O-GlcNAcylation stabilized WTAP promotes GBM malignant progression in an N6-methyladenosine-dependent manner 2025-May-15, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae268 PMID:39671515	研究论文	本文研究了O-GlcNAcylation稳定的WTAP如何通过N6-甲基腺苷依赖的方式促进胶质母细胞瘤(GBM)的恶性进展	揭示了WTAP通过O-GlcNAcylation和USP7介导的去泛素化增强蛋白稳定性，进而通过m6A修饰调控LOXL2 mRNA的稳定性，促进GBM的间质转化和免疫逃逸	未明确提及	探究m6A在GBM肿瘤免疫抑制微环境(TIME)形成中的作用机制	间质胶质母细胞瘤干细胞(MES GSCs)和髓系来源的巨噬细胞(MDMs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱分析、RNA免疫沉淀(RIP)、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	未明确提及
100	2025-05-19	Channel synapse mediates neurotransmission of airway protective chemoreflexes 2025-May-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.007 PMID:40187347	research paper	该研究揭示了小鼠喉咙中Pou2f3化学感应细胞家族通过通道突触与迷走神经元通信的机制，这些细胞表达对有害化学物质的GPCRs受体，触发吞咽和咳嗽样反射	发现了Pou2f3上皮细胞通过CALHM1/3通道突触作为气道保护反射的化学感应终端器官及其超反应性的位点	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类中验证	研究喉咙中化学物质引发的神经反射机制，以保护气道免受吸入和感染	小鼠喉咙中的Pou2f3化学感应细胞家族和迷走神经元	神经科学	慢性咳嗽	单细胞转录组学、光遗传学刺激	Calhm3和Pou2f3敲除小鼠模型	基因表达数据、行为数据	NA