单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-04	Single-cell transcriptome analyses of PBMCs reveal the immunological characteristics of individuals with phlegm-dampness constitution 2025-Apr, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1113-3 PMID:40126771	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示痰湿体质个体的免疫特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析痰湿体质个体的外周血单个核细胞，揭示了其免疫系统的分子特征	样本量较小，仅为初步研究	探索中医体质分类的分子免疫学基础	痰湿体质个体的外周血单个核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	代谢性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	痰湿体质个体的PBMCs样本
82	2025-05-04	SLC27A2 marks lipid peroxidation in nasal epithelial cells driven by type 2 inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Apr, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01440-1 PMID:40195539	研究论文	该研究揭示了SLC27A2/FATP2在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中通过脂质过氧化驱动上皮细胞功能障碍和炎症的分子机制	首次发现SLC27A2/FATP2在CRSwNP鼻息肉上皮细胞中的上调与脂质过氧化增加相关，并证实其通过IL-4/IL-13信号通路加剧疾病	研究主要基于RNA测序数据和体外细胞模型，缺乏在体动物模型的验证	阐明CRSwNP中上皮细胞功能障碍的分子机制并寻找潜在治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻息肉上皮细胞	分子病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 气液界面培养	NA	RNA测序数据	未明确样本数量（CRSwNP患者鼻息肉组织）
83	2025-05-04	Resolving spatiotemporal dynamics in bacterial multicellular populations: approaches and challenges 2025-Mar-27, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR IF:8.0Q1 DOI:10.1128/mmbr.00138-24 PMID:39853129	综述	本文综述了研究细菌多细胞群体时空动态的方法与挑战	强调了单细胞技术在细菌多细胞性研究中的创新应用，包括新型显微技术、质谱成像、流式细胞术、空间转录组学等	未提及具体技术的操作限制或数据解释的潜在偏差	探索细菌多细胞群体的组装与动态，理解个体细胞对集体功能的贡献	分化的细菌生物膜（菌落）中的个体细胞	微生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、显微技术、质谱成像、流式细胞术、微流体培养系统	NA	单细胞时空转录组数据、显微图像	未明确样本量，聚焦于技术方法而非具体实验样本
84	2025-05-04	Identify and analyze ferroptosis-related molecular modules and immune signatures in epilepsy using microarray-based transcriptome profiling and single-cell sequencing 2025-Mar-20, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149227 PMID:39848347	research paper	通过微阵列转录组分析和单细胞测序技术，研究癫痫中铁死亡相关分子模块和免疫特征的识别与分析	首次结合两种机器学习算法识别出癫痫中铁死亡相关的三个Hub基因（RELA、TFRC、QSOX1），并通过单细胞分析揭示了SPP1信号通路在星形胶质细胞和小胶质细胞中的过度激活	研究主要基于公开数据库的数据，可能需要进一步实验验证	探索癫痫中铁死亡相关基因的分子机制和免疫学特征	癫痫患者的血液和脑组织样本	生物信息学	癫痫	微阵列转录组分析、单细胞测序、RT-qPCR、Western Blot	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的癫痫血液和脑组织数据集
85	2025-05-04	The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity 2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240776 PMID:39841133	研究论文	研究XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留记忆T细胞（TRM）形成和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了XCL1-XCR1轴在指导肠道CD8+ TRM空间分化和肿瘤控制中的非细胞自主作用	未明确XCL1-XCR1轴在其他组织或疾病模型中的作用	探究TRM分化和功能的细胞间相互作用机制	小鼠遗传模型、人类肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和TRM	免疫学	肿瘤	靶向空间转录组学	NA	转录组数据	NA
86	2025-05-04	Novel Meningoencephalomyelitis Associated With Vimentin IgG Autoantibodies 2025-Mar-01, JAMA neurology IF:20.4Q1 DOI:10.1001/jamaneurol.2024.4763 PMID:39836414	研究论文	本研究描述了一种与抗波形蛋白IgG自身抗体相关的新型脑膜脑脊髓炎综合征	首次在未分型的脑膜脑脊髓炎患者中发现针对星形胶质细胞中间丝蛋白波形蛋白的自身抗体	样本量较小（14例患者），且为回顾性研究	鉴定中枢神经系统自身免疫性疾病中未知的星形胶质细胞自身抗体	未分型中枢神经系统自身免疫性疾病患者	神经免疫学	脑膜脑脊髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于细胞的检测、基于组织的检测	NA	临床数据、影像学数据、实验室检测数据	14例患者（10例女性，中位年龄33岁）
87	2025-05-04	Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009 PMID:39837466	review	本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点介绍了数据处理和分析方法	通过保留细胞的空间定位信息，空间转录组学技术提供了传统转录组学方法无法获得的组织结构和细胞相互作用的关键见解	NA	探讨空间转录组学技术在过敏和炎症研究中的应用及其对疾病机制理解的贡献	过敏和炎症相关疾病（如特应性皮炎和慢性阻塞性肺病）中的细胞网络和相互作用	digital pathology	allergy and inflammation	spatial transcriptomics	NA	gene-level expression data with spatial localization	NA
88	2025-05-04	Targeting MAPK14 by Lobeline Upregulates Slurp1-Mediated Inhibition of Alternative Activation of TAM and Retards Colorectal Cancer Growth 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407900 PMID:39840525	research paper	该研究探讨了洛贝林通过靶向MAPK14上调Slurp1介导的TAM替代激活抑制，从而延缓结直肠癌生长的机制	发现洛贝林通过Slurp1依赖性方式发挥抗肿瘤作用，并揭示其通过抑制MAPK14核转位增强SLURP1转录和分泌的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索结直肠癌免疫抑制微环境的调控机制及潜在治疗策略	结直肠癌小鼠模型、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、Slurp1蛋白	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	scRNA-seq分析、靶向响应可及性分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠肿瘤模型进行研究
89	2025-05-04	Syringin inhibits the crosstalk between macrophages and fibroblast-like synoviocytes to treat rheumatoid arthritis via PDE4 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156401 PMID:39842374	研究论文	研究探讨了丁香苷（SRG）通过抑制巨噬细胞和成纤维样滑膜细胞（FLS）之间的相互作用，以及调节PDE4来治疗类风湿性关节炎（RA）的机制	首次整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析和体内外验证，揭示了SRG通过阻断巨噬细胞与RA-FLS的相互作用发挥抗RA作用，并确定了PDE4在其中的核心作用	SRG在体外对RA-FLS无直接影响，其作用依赖于巨噬细胞的调节	探究SRG抗RA的药理机制	胶原诱导性关节炎（CIA）大鼠模型、THP-1细胞、RA-FLS	药理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CIA大鼠模型	基因表达数据、细胞培养数据	NA
90	2025-05-04	Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08466-x PMID:39843748	研究论文	本研究探讨了小肠组织中组织驻留记忆CD8 T细胞的多样性及其空间和时间印记	利用空间转录组学和小鼠模型揭示了小肠不同组织微环境如何驱动T细胞表型异质性	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能不完全反映人类T细胞多样性的全部情况	揭示组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的起源和调控机制	小肠组织中的组织驻留记忆CD8 T细胞	免疫学	NA	空间转录组学、单转录本分辨率分析、光学编码基因扰动策略	NA	转录组数据、空间定位数据	人类样本和小鼠模型
91	2025-05-04	Monocyte-Derived cxcl12 Guides a Directional Migration of Blood Vessels in Zebrafish 2025-Mar, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321588 PMID:39846165	研究论文	本研究揭示了斑马鱼胸鳍血管定向迁移的分子机制，发现单核细胞来源的Cxcl12a引导血管定向生长	首次发现gata1阳性单核细胞表达Cxcl12a，并证实其引导斑马鱼胸鳍血管与节间血管的长距离迁移和吻合	研究仅针对斑马鱼模型，尚未在高等脊椎动物中验证	探索血管定向生长的分子调控机制	斑马鱼胸鳍血管系统	发育生物学	NA	活体成像分析、全标本原位杂交、荧光原位杂交、单细胞测序	NA	影像数据、基因表达数据、单细胞测序数据	斑马鱼胚胎模型
92	2025-05-04	Assessing spatial sequencing and imaging approaches to capture the molecular and pathological heterogeneity of archived cancer tissues 2025-Mar, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6383 PMID:39846232	研究论文	评估空间转录组学和成像方法在捕捉存档癌症组织分子和病理异质性方面的应用	优化了两种基于测序的空间转录组学协议，使其适用于具有挑战性的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织，并评估了多种成像方法在量化肿瘤异质性方面的表现	研究的组织样本存储时间跨度较大（4至14年），RNA质量不一，可能影响结果的稳定性	探索空间转录组学在解密存档癌症组织异质性中的应用	存档的皮肤福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织	数字病理学	癌症	空间转录组学（ST）、RNAScope单分子成像、CODEX多重蛋白成像	NA	RNA表达谱、蛋白质成像数据	覆盖存储时间4至14年的FFPE组织样本，RNA质量不一
93	2025-05-04	Key glycometabolism during oocyte maturation and early embryonic development 2025-Mar-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-24-0275 PMID:39846956	综述	该综述探讨了葡萄糖代谢在卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的关键作用及其对辅助生殖技术的潜在影响	揭示了葡萄糖、脂肪酸、氨基酸和核苷酸之间复杂的相互作用及其在早期胚胎发育中的关键作用，提出了非侵入性代谢监测在胚胎选择和个性化辅助生殖技术中的革命性应用	NA	探讨代谢过程在卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的作用，以推动生殖医学和胚胎学的发展	哺乳动物配子和早期胚胎	生殖医学	NA	单细胞测序、代谢组学、生物信息学	NA	代谢数据	NA
94	2025-05-04	Tiaogeng decoction improves mild cognitive impairment in menopausal APP/PS1 mice through the ERs/NF-κ b/AQP1 signaling pathway 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156391 PMID:39848022	研究论文	探讨调羹汤通过ERs/NF-κb/AQP1信号通路改善更年期APP/PS1小鼠轻度认知障碍的潜在药理机制	首次揭示调羹汤可能通过调节ERs/NF-κb/AQP1信号通路预防和改善更年期轻度认知障碍	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究调羹汤在预防更年期轻度认知障碍中的药理机制	更年期APP/PS1小鼠	神经科学	轻度认知障碍	RNA-seq, 单细胞测序, Western blotting, RT-qPCR, 透射电子显微镜	APP/PS1小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	不同组别的小鼠海马组织
95	2025-05-04	Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine 2025-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00194.2024 PMID:39853303	研究论文	通过单细胞转录组学预测缺血损伤肠道中急性上皮修复的新潜在调节因子	利用单细胞转录组学技术识别了与年龄相关的肠道修复反应中的新上游调节因子CSF-1	研究结果基于猪模型，尚未在人类中进行验证	探索缺血损伤肠道中上皮修复的年龄依赖性机制，并寻找潜在的治疗靶点	幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞	单细胞转录组学	肠道缺血损伤	单细胞转录组学	猪模型	基因表达数据	幼年和新生猪的缺血损伤肠道组织样本
96	2025-05-04	CD271high cancer stem cells regulate macrophage polarization in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Mar, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107181 PMID:39854870	research paper	该研究探讨了CD271高表达的头颈鳞状细胞癌（HNSCC）干细胞如何调节肿瘤免疫微环境中的巨噬细胞极化	首次揭示了CD271作为HNSCC干细胞标志物的作用及其对巨噬细胞极化的调控机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本量有限	阐明CD271高表达HNSCC细胞的干细胞特性及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）组织和细胞	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	scRNA-seq, 流式细胞术, qPCR	小鼠模型	基因表达数据, 流式细胞数据	未明确说明临床样本数量，使用C57BL/6小鼠模型
97	2025-05-04	Desflurane attenuates renal ischemia-reperfusion injury by modulating ITGB1/CD9 and reducing oxidative stress in tubular epithelial cells 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103490 PMID:39854938	研究论文	本研究探讨了地氟烷通过调节ITGB1/CD9信号通路和减轻氧化损伤在肾缺血再灌注损伤中的保护作用	首次揭示了地氟烷通过调控ITGB1/CD9轴减轻肾缺血再灌注损伤的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索地氟烷对肾缺血再灌注损伤的保护作用及其机制	肾小管上皮细胞和小鼠模型	肾脏病学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-qPCR、Western blot、TUNEL检测	小鼠肾缺血再灌注模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、生化指标数据	未明确说明具体样本量，但包含体外细胞实验和体内小鼠模型
98	2025-05-04	Single-cell transcriptome reveals three types of adipocytes associated with intramuscular fat content in pigs 2025-Mar, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110998 PMID:39855485	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了与猪肌肉内脂肪含量相关的三种脂肪细胞类型	首次鉴定出三种未表征的脂肪细胞类型（Adipocyte 1、Adipocyte 2和Aregs），并揭示了它们的基因表达特征和转录因子调控机制	研究仅针对成年猪的肌肉组织，未涉及其他发育阶段或物种	探究肌肉内脂肪的细胞类型组成及其基因调控机制	猪肌肉组织中的脂肪细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组分析、ATAC-seq、RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据、ATAC-seq数据	成年猪肌肉组织样本
99	2025-05-04	Automated Laser-Assisted Single-Cell Sorting for Cell Functional and RNA Sequencing 2025-Feb-28, ACS sensors IF:8.2Q1 DOI:10.1021/acssensors.4c02417 PMID:39843241	研究论文	本文介绍了一种自动化、高效的激光辅助单细胞分选技术，用于细胞功能和RNA测序	结合激光诱导正向转移（LIFT）和高通量皮升微孔阵列，实现了高效（>80%）和精确（约100%）的单细胞分选，同时保持高细胞活力（约80%）	未提及大规模临床应用验证	开发一种高效、精确的单细胞分选技术，以支持下游单细胞分析	单细胞，特别是稀有转染的PC-9细胞	单细胞分析	NA	激光诱导正向转移（LIFT），单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量，但展示了稀有转染PC-9细胞的分选
100	2025-05-04	NFE2-driven neutrophil polarization promotes pancreatic cancer liver metastasis progression 2025-02-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115226 PMID:39827463	研究论文	该研究揭示了NFE2驱动的中性粒细胞极化在胰腺癌肝转移进展中的关键作用	首次发现NFE2是调节中性粒细胞表型极化的关键转录因子，并阐明了其在转移性肿瘤微环境中的作用机制	研究主要基于单细胞测序和空间转录组学结果，需要进一步的体内外实验验证	探究胰腺癌肝转移过程中适应性免疫重塑的机制，特别是中性粒细胞的作用	胰腺癌肝转移患者样本中的中性粒细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量