单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-17	Single-cell RNA profiling identifies immune cell population shifts in diabetes associated mucosal inflammation 2025-Jun-27, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.06.008 PMID:40582570	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究糖尿病相关牙周炎中免疫细胞群体的变化	首次在糖尿病牙周组织中识别出γ T细胞的增加、Tregs的减少以及中性粒细胞极化的增强作为糖尿病加重牙周炎的关键介质	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证相对有限	探索糖尿病如何加剧牙周炎的分子机制	糖尿病牙周组织中的免疫细胞群体	单细胞RNA测序	糖尿病和牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据和流式细胞数据	糖尿病小鼠和人类糖尿病牙周组织样本
82	2025-07-17	Identification of Potential Therapeutic Targets for Coronary Atherosclerosis from an Inflammatory Perspective Through Integrated Proteomics and Single-Cell Omics 2025-Jun-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136201 PMID:40649979	研究论文	通过整合蛋白质组学和单细胞组学数据，从炎症角度识别冠状动脉粥样硬化的潜在治疗靶点	首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析结合单细胞RNA测序，识别出与冠状动脉粥样硬化相关的11种蛋白质，并确认其中5种基因在平滑肌细胞中的特异性表达	研究主要基于欧洲人群数据，可能不适用于其他种族群体	识别冠状动脉粥样硬化的炎症相关治疗靶点	冠状动脉粥样硬化患者	生物医学	心血管疾病	孟德尔随机化分析(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白质组学	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	UK-PPP队列(54,219名参与者，2,923种蛋白质)和冰岛队列(35,559名参与者，4,907种蛋白质)
83	2025-07-17	A pre-menopausal single-cell atlas for ovarian drug discovery 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.20.660779 PMID:40666883	research paper	该研究构建了一个绝经前女性的单细胞图谱（PreMeno Atlas），用于卵巢生物学研究和避孕靶点发现	首次整合了绝经前女性的单细胞数据集，包括卵巢在内的14种组织的511,365个细胞，为卵巢生物学研究提供了新的资源	研究主要关注绝经前女性，可能不适用于其他年龄段的人群	构建绝经前女性的单细胞图谱，以促进对卵巢生物学的理解和支持卵巢基因靶点的识别	绝经前女性的卵巢及其他13种组织	生物信息学	生育管理	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	511,365个细胞来自14种组织
84	2025-07-17	Strain-Specific Tropism and Transcriptional Responses of Enterovirus D68 Infection in Human Spinal Cord Organoids 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661907 PMID:40666885	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了人类脊髓类器官中肠道病毒D68（EV-D68）感染的细胞趋向性和转录反应	首次在人类脊髓类器官模型中揭示了EV-D68不同毒株的细胞趋向性差异及其宿主转录反应	研究仅使用了体外类器官模型，可能无法完全模拟体内感染情况	探究EV-D68感染导致急性弛缓性脊髓炎（AFM）的潜在机制	人类脊髓类器官（hSCOs）	神经生物学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的脊髓类器官模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了两种EV-D68毒株（B2和B3）感染的人类脊髓类器官
85	2025-07-17	EVscope: A Comprehensive Bioinformatics Pipeline for Accurate and Robust Analysis of Total RNA Sequencing from Extracellular Vesicles 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.660984 PMID:40666973	研究论文	介绍了一个名为EVscope的开源生物信息学流程，专门用于处理EV RNA-seq数据集，以提高RNA生物标志物和细胞间通讯研究的准确性和鲁棒性	EVscope采用优化的全基因组期望最大化（EM）算法，显著提高了单碱基分辨率下的多映射读取分配，并首次生成基于EM的BigWig文件用于下游分析	未明确提及具体限制，但可能涉及对特定RNA类型的分析能力或对参考数据集的依赖	开发一个标准化的计算工作流程，以确保EV RNA测序数据的质量控制和特征分析	细胞外囊泡（EV）RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	EM算法	RNA测序数据	NA
86	2025-07-17	Uncovering the Regional and Cell Specific Bioactivity of Injectable Extracellular Matrix Biomaterials in Myocardial Infarction through Spatial and Single Nucleus Transcriptomics 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661525 PMID:40667036	研究论文	通过空间转录组学和单核RNA测序技术，研究可注射细胞外基质生物材料在心肌梗死中的区域和细胞特异性生物活性	首次将单细胞和空间分辨转录组学应用于探究生物材料支架在心脏中的治疗活性	未提及具体样本量或实验设计的详细限制	揭示ECM水凝胶在心肌梗死治疗中的区域和细胞特异性生物活性	心肌梗死模型中的细胞外基质生物材料	生物医学工程	心血管疾病	空间转录组学、单核RNA测序	NA	转录组数据	NA
87	2025-07-17	Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.661157 PMID:40667113	研究论文	本文研究了HSV-2感染对宫颈阴道道免疫的影响，通过流式细胞术、免疫荧光成像、可溶性免疫因子分析和空间转录组学等方法，分析了232名HSV-2血清阳性和阴性参与者的样本	首次利用空间转录组学技术定义了HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞亚群的空间分布和局部基因表达变化	研究样本量相对有限，且未探讨长期HSV-2感染对免疫系统的累积影响	探究HSV-2感染对宫颈阴道道免疫系统的影响	HSV-2血清阳性和阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本	免疫学	生殖器疱疹	流式细胞术, 免疫荧光成像, 可溶性免疫因子分析, 空间转录组学	NA	组织样本, 血液样本, 基因表达数据	232名HSV-2血清阳性和阴性参与者
88	2025-07-17	Personalized Gut-Liver Microphysiological System Maps Donor-Specific Tissue-Resident Immunity and Reveals a Conserved Metabolic Crosstalk 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.05.652244 PMID:40667172	研究论文	本研究构建了一个个性化的肠道-肝脏微生理系统（MPS），用于模拟个体特异的组织驻留免疫（TRI）特征，并揭示了一种保守的代谢互作	首次构建了个性化的肠道-肝脏微生理系统，结合原代结肠上皮细胞、肝细胞和自体CD45⁺ TRI细胞，揭示了TRI的个体差异和保守的代谢互作	研究仅涉及两名供体的样本，样本量较小	探索个体特异的组织驻留免疫特征及其在免疫代谢疾病中的作用	肠道和肝脏的组织驻留免疫细胞及其代谢互作	免疫代谢	免疫代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	微生理系统（MPS）	单细胞转录组数据	两名供体的原代结肠上皮细胞、肝细胞和自体CD45⁺ TRI细胞
89	2025-07-17	Taurine Transporter SLC6A6 Expression Promotes Mesenchymal Stromal Cell Function 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.661367 PMID:40667251	研究论文	本文研究了牛磺酸转运体SLC6A6在间充质基质细胞（MSC）功能中的作用	发现SLC6A6表达在MSC中富集，并揭示了牛磺酸摄取通过Wnt/β-catenin信号通路调控MSC的维持和成骨命运决定	研究主要基于小鼠模型，人类MSC的研究样本量较小	探究牛磺酸转运体SLC6A6对间充质基质细胞功能的影响	小鼠和人类的间充质基质细胞（MSC）	细胞生物学	骨缺陷	单细胞RNA测序、shRNA敲低、RNA测序分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和原代人类MSCs
90	2025-07-17	Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies 2025-Jun-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136163 PMID:40649940	综述	本文综述了空间转录组学在兽医医学中的应用，包括研究、诊断和治疗策略	首次全面评估空间转录组学在兽医医学中的应用现状与研究缺口	兽医医学领域的相关研究数量有限，存在疾病、物种、器官和地理偏见	评估空间转录组学在人类和动物健康研究、诊断和治疗中的应用现状	人类和动物健康研究	数字病理学	NA	空间转录组学（10× Visium, Slide-seq, Nanostring, MERFISH）	NA	基因表达数据	1398项符合纳入标准的研究
91	2025-07-17	Stiffness sensing fuels matrix-driven metabolic reboot for kidney repair and regeneration 2025-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.22.660927 PMID:40667238	研究论文	该研究揭示了Mfap2在肾脏修复过程中作为细胞外基质动态和机械信号传导的关键调节因子，连接组织硬度与代谢重编程	首次将Mfap2定位为ECM动态和机械信号传导的关键调节因子，并揭示了其通过Esr2介导的转录抑制影响肾脏代谢和修复的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人类肾脏损伤中进行验证	探索急性肾损伤后肾脏修复的细胞外基质驱动机制	肾脏修复过程中的成纤维细胞、周细胞和肾小管细胞	组织工程与再生医学	急性肾损伤	组织工程、遗传和药理学模型、多组学分析、全局蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	NA
92	2025-07-17	A pair-rule-like transcription network coordinates neural tube closure in a proto-vertebrate 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.18.660479 PMID:40666853	研究论文	本研究揭示了在原始脊椎动物中，一种类似于对偶规则的转录网络如何协调神经管闭合的过程	发现了一个涉及特定基因的转录回路，该回路通过动态表达模式调控神经管闭合过程中的细胞行为	研究主要基于原始脊椎动物模型，结果在高等脊椎动物中的普适性尚待验证	探究神经管闭合过程中转录程序如何协调细胞行为	原始脊椎动物（被囊动物）的神经管闭合过程	发育生物学	NA	HCR杂交、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
93	2025-07-17	Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661563 PMID:40667010	研究论文	本文开发了一种名为Spl-ISO-Seq2的空间长读技术及其配套软件，用于在亚微米单细胞分辨率下研究小鼠大脑中空间异构体的变异性	开发了220nm点大小和500nm分辨率的Spl-ISO-Seq2技术及其配套软件Spl-IsoQuant-2和Spl-IsoFind，首次在单细胞水平揭示了大脑细胞类型中空间异构体的新变异性模式	技术尚未达到纳米级分辨率，可能影响对更细微空间变异的检测	研究大脑细胞类型中空间异构体的变异性模式	成年小鼠大脑中的细胞类型，特别是少突胶质细胞和兴奋性神经元	空间转录组学	NA	Spl-ISO-Seq2, 空间长读技术	NA	空间转录组数据	成年小鼠大脑样本
94	2025-07-17	MYD88 mutations in clonal hematopoiesis promote inflammation and hematopoietic stem cell expansion 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.19.660202 PMID:40667002	研究论文	该研究探讨了MYD88突变在克隆造血中的作用及其对炎症和造血干细胞扩增的影响	揭示了MYD88突变在克隆造血中的功能增益作用及其通过激活先天免疫通路促进造血干细胞扩增的机制	未明确MYD88突变在不同类型癌症中的具体作用机制	研究MYD88突变在克隆造血中的作用及其与炎症和造血干细胞扩增的关系	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	血液学	血液系统疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据	普通人群和新诊断的实体癌患者血液样本
95	2025-07-17	Tumor Cells Enriched for Interferon and Inflammatory Programs Pre-Exist in High Grade Serous Ovarian Cancer and are Proportionately Significantly Increased Post Chemotherapy 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.661404 PMID:40667229	研究论文	通过单细胞RNA测序分析化疗前后高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）肿瘤细胞的转录组变化，揭示了干扰素和炎症基因特征在化疗后的显著增加	首次在HGSOC中发现了化疗前后干扰素和炎症基因特征的变化，并揭示了这些变化与内源性逆转录转座子LINE1的去抑制和先天免疫激活相关	样本量较小（7对匹配肿瘤），且仅关注了HGSOC，未涉及其他类型的卵巢癌	探索化疗后HGSOC肿瘤细胞的转录组变化及其潜在的生物学机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）肿瘤细胞	癌症生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光成像	NA	单细胞转录组数据、图像数据	7对匹配的化疗前后肿瘤样本，以及超过130个未经治疗的肿瘤样本
96	2025-07-17	A scalable, all-optical method for mapping synaptic connectivity with cell-type specificity 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661552 PMID:40667305	研究论文	本文提出了一种可扩展的全光学方法，用于以细胞类型特异性映射突触连接	利用光学工具和空间转录组学技术，实现了高灵敏度、高通量和细胞类型特异性的突触连接映射	目前仅在小鼠运动皮层中进行了验证，尚未在其他脑区或物种中应用	开发一种高通量的光学方法，用于研究哺乳动物大脑中细胞类型特异性突触连接的功能性回路	小鼠运动皮层中的神经元	神经科学	NA	光学工具、空间转录组学	NA	光学成像数据、基因表达数据	超过1000个运动皮层神经元
97	2025-07-17	A spatial atlas of chemoradiation therapy in pancreatic cancer identifies cellular and microenvironmental determinants of persister populations 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.20.660757 PMID:40667350	研究论文	本研究构建了胰腺导管腺癌（PDAC）在放射治疗（RT）下的转录组景观，揭示了细胞亚型和空间解析的微环境，并开发了一种新的统计方法SpaCCI来分析细胞间相互作用	开发了SpaCCI方法用于空间数据中细胞类型混合物的分析，揭示了CXCL12/TGFβ驱动的持久性细胞生态位及其对RT的适应性机制	样本量相对较小（50例患者样本），且研究结果需要在更大的队列中进行验证	阐明PDAC对RT的适应性机制和细胞间相互作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	SpaCCI	转录组数据	50例患者样本（16例纵向匹配的单细胞RNA测序样本和34例空间转录组样本）
98	2025-07-17	The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782 PMID:40478737	研究论文	本研究探讨了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并发现抑制性神经元在这一性别差异中起主要作用	首次揭示了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并确定抑制性神经元是驱动这一差异的关键因素	研究仅在大鼠中进行，结果是否适用于其他物种尚不清楚	探索玩耍行为性别差异的分子机制	幼年大鼠的内侧杏仁核	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为幼年大鼠
99	2025-07-17	Immunosuppressive Tumor Microenvironment of Osteosarcoma 2025-Jun-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132117 PMID:40647416	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了骨肉瘤的免疫抑制微环境及其关键细胞类型和相互作用	首次在骨肉瘤中系统描述了免疫抑制微环境的细胞组成和相互作用机制，特别是MDSCs与其他细胞的相互作用导致NF-κB上调	样本量较小（12个活检样本），可能需要更大规模的研究验证发现	深入理解骨肉瘤的免疫微环境特征及其在肿瘤进展中的作用	骨肉瘤肿瘤活检样本	肿瘤免疫学	骨肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	细胞-细胞通讯模型	RNA测序数据	12个骨肉瘤活检样本（6个新测序+6个已发表）
100	2025-07-17	Developmental Plasticity and Stromal Co-option Shape a Pituitary Neuroendocrine Tumor Transcriptional Continuum 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.18.659743 PMID:40666832	research paper	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的细胞起源、分子异质性和微环境相互作用	发现了正常和肿瘤组织中多激素神经内分泌细胞的存在，揭示了垂体神经内分泌肿瘤的转录连续性和细胞起源的多样性，挑战了传统的分类方法	研究样本量虽大，但可能仍不足以涵盖所有类型的PitNETs，且空间转录组学的分辨率有限	解析垂体神经内分泌肿瘤的细胞起源、分子异质性和微环境相互作用	人类正常垂体和垂体神经内分泌肿瘤	digital pathology	pituitary neuroendocrine tumors	单核RNA测序（snRNA-seq）, 空间转录组学	NA	RNA序列数据, 空间转录组数据	419,874个细胞来自人类正常垂体和PitNETs