单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-27	NOTCH3 Drives Fatty Acid Oxidation and Ferroptosis Resistance in Aggressive Meningiomas 2025-Jun-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6779386/v1 PMID:40502769	研究论文	本研究揭示了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中通过驱动脂肪酸氧化和铁死亡抵抗的代谢重编程机制	首次发现NOTCH3通过调控脂肪酸氧化代谢途径导致铁死亡抵抗，为侵袭性脑膜瘤的恶性行为提供了新解释	研究主要基于细胞系模型，需要进一步在动物模型和临床样本中验证	探究NOTCH3在脑膜瘤代谢重编程中的作用机制	NOTCH3阳性人脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞	肿瘤代谢	脑膜瘤	单细胞RNA测序、非靶向代谢组学、脂质组学、批量RNA测序	细胞模型	转录组数据、代谢组数据、脂质组数据	人类脑膜瘤细胞系和患者来源的原代细胞系
82	2025-06-27	Integrative Analysis of Plasma Proteomics and Transcriptomics Reveals Potential Therapeutic Targets for Psoriasis 2025-Jun-04, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13061380 PMID:40564099	研究论文	通过整合血浆蛋白质组学和转录组学分析，揭示了银屑病潜在的治疗靶点	首次采用蛋白质组范围的孟德尔随机化(MR)分析结合单细胞RNA测序技术，鉴定出与银屑病风险显著相关的13种蛋白质，并发现IFNLR1和IFNGR2等干扰素家族蛋白具有成药潜力	研究主要基于欧洲人群数据，可能限制结果在其他种族的普适性	探索银屑病的新型治疗靶点	银屑病患者与健康对照组的血浆蛋白质和转录组数据	生物医学研究	银屑病	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、分子对接	NA	蛋白质组数据、转录组数据	发现阶段：UK Biobank 54,219人(2923种蛋白质)+FinnGen 10,312病例/397,564对照；验证阶段：冰岛和诺福克队列蛋白质数据+多数据库表型数据
83	2025-06-27	Novel mouse model reveals neurodevelopmental origin of PMM2-CDG brain pathology 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.01.657261 PMID:40501776	研究论文	该研究通过新型小鼠模型揭示了PMM2-CDG脑病理的神经发育起源	通过配对flox等位基因和催化失活的敲入等位基因，克服了胚胎致死性，并模拟了患者相关的复合杂合致病变异	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性仍需进一步验证	探究PMM2-CDG脑病理的神经发育机制	小鼠模型和PMM2-CDG患者	神经遗传学	先天性糖基化障碍(PMM2-CDG)	多组学分析(代谢组学、糖组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、糖蛋白组学)	基因修饰小鼠模型	多组学数据	小鼠模型和患者死后小脑组织
84	2025-06-27	Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.31.657193 PMID:40502011	研究论文	通过单细胞RNA测序数据集和转基因驱动线，研究果蝇嗅觉电路中Beat和Side基因家族的空间表达模式及其遗传调控机制	揭示了ORNs和PNs中Beat和Side基因家族的类特异性组合表达模式，并探索了其在嗅觉电路组装中的潜在作用	虽然扰动了Beat-IIa-Side-IV的相互作用，但在两个检查的肾小球中未观察到显著的错靶现象	探究Beat和Side基因家族在果蝇嗅觉电路组装中的组合表达模式和遗传调控机制	果蝇的嗅觉受体神经元（ORNs）及其突触目标投射神经元（PNs）	神经生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转基因驱动线	NA	RNA-seq数据	公开可用的单细胞RNA-seq数据集和新生成的转基因驱动线
85	2025-06-27	Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657034 PMID:40502161	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了益生菌逆转新生儿吗啡暴露引起的青少年疼痛过敏的基因表达变化	首次提供了新生儿吗啡暴露和益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对转录组变化的缓解作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究新生儿吗啡暴露对青少年疼痛通路的长期神经发育影响及益生菌的干预效果	青少年小鼠的中脑细胞	神经科学	疼痛过敏	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	107,427个中脑单细胞
86	2025-06-27	Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657070 PMID:40502055	研究论文	介绍了一种轻量级工具Synthbar，用于在测序读取中添加合成条形码，以便与期望存在细胞条形码的计算工具兼容	填补了现有工具无法轻松添加合成细胞条形码的空白，支持用户自定义条形码并修改读取结构	未提及具体性能指标或与其他工具的对比结果	开发一种工具，使不包含细胞条形码的单细胞测序数据能够与需要细胞条形码的计算工具兼容	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	测序数据	NA
87	2025-06-27	Plin2 Coordinates Immune and Metabolic Reprogramming in Lacrimal Gland Aging 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.79 PMID:40569117	研究论文	本研究通过转录组分析和单细胞RNA测序技术，识别了泪腺衰老的核心分子调控因子Plin2，并阐明了其在免疫失衡和代谢功能障碍中的作用	首次将Plin2确定为泪腺免疫代谢衰老的主调控因子，揭示了其与炎症衰老和代谢重编程的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	识别泪腺衰老的核心分子调控因子并阐明其作用机制	年轻和老年C57BL/6小鼠的泪腺组织	生物医学研究	老年性疾病	批量转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CIBERSORT算法	最小绝对收缩和选择算子回归、支持向量机-递归特征消除	RNA测序数据	年轻和老年C57BL/6小鼠的泪腺组织样本
88	2025-06-27	Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008 PMID:40057307	研究论文	本文研究了炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞（PMNs）的功能差异	首次揭示了结肠黏膜中不同空间位置的中性粒细胞（LPNs和EANs）具有不同的功能特性，并指出EANs可能是疾病驱动的关键因素	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类IBD的复杂性	探讨IBD中不同空间位置中性粒细胞的功能特性和临床意义	结肠黏膜中的中性粒细胞（LPNs和EANs）	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、空间RNA转录组学、实时活体成像	NA	RNA测序数据、影像数据	UC缓解期患者和小鼠结肠炎模型
89	2025-06-27	NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial 2025-Jun, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO-24-01818 PMID:40179324	research paper	该研究通过基因组分析和转录组测序，探索了NOTCH1突变作为替雷利珠单抗在晚期或转移性食管鳞状细胞癌中生存获益的预测生物标志物	首次发现NOTCH1突变与替雷利珠单抗治疗的长期生存显著相关，并揭示了其潜在的分子机制	研究样本来源于单一临床试验，需进一步验证	寻找食管鳞状细胞癌免疫治疗的预测生物标志物	晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	肿瘤基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	RATIONALE-302研究中的患者样本
90	2025-06-27	RIDDEN: Data-driven inference of receptor activity from transcriptomic data 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013188 PMID:40522999	研究论文	本文介绍了一种名为RIDDEN的计算工具，用于从受体调节的基因表达谱中预测受体活性，而非基于配体和受体基因的表达	RIDDEN是首个直接从受体调节的基因表达谱预测受体活性的计算工具，避免了传统方法依赖配体和受体基因共表达的局限性	NA	开发一种能够准确推断受体活性的计算工具，以促进细胞间通讯的研究	受体活性的系统水平分析	生物信息学	NA	转录组数据分析	RIDDEN模型	转录组数据	14463个扰动基因表达谱，涉及229种不同受体
91	2025-06-27	Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal a Novel Mechanism of Oligodendrocyte-Neuron Interaction in Cognitive Decline After High-Altitude Cerebral Edema 2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70485 PMID:40546220	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了高原脑水肿后认知下降中少突胶质细胞与神经元相互作用的新机制	发现了PI3K/mTOR动态变化、Rps29-bax轴和Tnfrsf21-App作为新型调节因子，为潜在治疗靶点提供了新见解	研究仅基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究高原脑水肿导致认知下降的细胞和分子机制	高原脑水肿小鼠模型中的海马组织	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq, ST	mouse model	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	未明确说明样本数量，但包含3天和7天两个时间点的分析
92	2025-06-27	MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013090 PMID:40549685	research paper	介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于准确识别克隆信息性线粒体突变并从单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中推断进化谱系	MitoTracer算法能够自动识别信息性线粒体突变，并在多种单细胞测序平台上表现出优于现有方法的性能	未提及具体局限性	开发一种工具，用于精确识别信息性线粒体突变并进行细胞谱系重建	单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中的线粒体突变	computational biology	cancer	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	genomic sequencing data	未提及具体样本数量
93	2025-06-27	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2025-Jun, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003204 PMID:40550000	research paper	该研究通过先进的成像技术和转录组分析，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞（MNGCs）的独特免疫和降解相关分子特征	首次定义了卵巢MNGCs在不同年龄和物种中的存在，并揭示了其独特的转录组特征以及与免疫细胞类型的紧密互动	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术的分离和分析	研究卵巢衰老过程中MNGCs的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢	生物医学	卵巢衰老	激光捕获显微切割和转录组分析	NA	图像和转录组数据	小鼠和非人灵长类动物的卵巢样本
94	2025-06-27	Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary 2025-Jun, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003193 PMID:40554460	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了小鼠卵巢排卵过程的时空动态图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了排卵过程的精确时间窗口，并鉴定了排卵依赖性细胞状态的基因标记	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	揭示卵巢排卵过程的时空动态变化和细胞间相互作用	小鼠卵巢细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA-seq数据, 空间转录组数据	配对小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明）
95	2025-06-27	A Temporal Single-Cell Multi-Omics Atlas of Murine Pancreatic Islet Remodeling During Hyperglycaemia Progression 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.29.656754 PMID:40568114	研究论文	该研究通过纵向单细胞RNA测序和ATAC测序技术，揭示了高脂饮食诱导的小鼠胰岛重塑过程中的细胞组成和转录状态动态变化	首次构建了高血糖进展过程中小鼠胰岛细胞重塑的时序单细胞多组学图谱，揭示了β细胞的应激重编程和免疫细胞扩增等关键发现	研究仅使用C57BL/6小鼠模型，可能无法完全反映人类糖尿病病理变化的复杂性	探究肥胖诱导的胰岛素抵抗过程中胰岛细胞重塑的分子机制	C57BL/6小鼠的胰岛细胞	单细胞组学	2型糖尿病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	高脂饮食喂养8、16和24周的C57BL/6小鼠胰岛细胞，以及年龄匹配的对照组
96	2025-06-27	Divergent Plastid Genomes in the Deepest-Branching Apicomplexan Parasites 2025-May-30, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf117 PMID:40476362	研究论文	该研究通过单细胞测序技术，对最深分支的顶复门寄生虫——古簇虫的质体基因组进行了特征分析，填补了顶复门质体基因组多样性中的关键空白	首次对古簇虫的质体基因组进行了测序和特征分析，揭示了其与其他顶复门质体基因组的显著差异	研究仅针对4种已知古簇虫谱系的未培养代表进行分析，样本范围有限	探究顶复门寄生虫质体基因组的起源和进化	顶复门寄生虫中最深分支的古簇虫	寄生虫学	寄生虫感染	单细胞测序	NA	基因组数据	4种已知古簇虫谱系的未培养代表
97	2025-06-27	Multi-Omics and Experimental Validation Identify GPX7 and Glutathione-Associated Oxidative Stress as Potential Biomarkers in Ischemic Stroke 2025-May-30, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox14060665 PMID:40563300	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，确定了GPX7和谷胱甘肽相关氧化应激作为缺血性卒中的潜在生物标志物	首次通过多组学方法结合实验验证，系统分析了氧化应激相关基因在缺血性卒中中的功能和意义，并确定了GPX7作为特征基因	研究结果仍需在更大规模的临床样本中进一步验证	系统分析氧化应激相关基因在缺血性卒中中的功能和意义	缺血性卒中相关的基因表达数据集和氧化应激相关基因	生物信息学	缺血性卒中	多组学分析、单细胞RNA测序、分子对接分析	机器学习算法	基因表达数据	Wistar大鼠大脑中动脉闭塞模型
98	2025-06-27	Advances in Genitourinary Tumor Genomics and Immunotherapy 2025-May-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16060667 PMID:40565559	综述	本文全面概述了当前用于免疫监测的技术和前沿的免疫调节方法，并探讨了个性化治疗、实时监测系统和人工智能如何塑造免疫治疗的未来	探讨了生物材料激活免疫细胞和基因工程细胞疗法等前沿免疫调节方法，以及人工智能在免疫治疗中的应用	需要进一步研究以克服现有技术的局限性	推动更安全、更有效的癌症治疗	泌尿生殖系统肿瘤的基因组学和免疫治疗	免疫学与生物工程	泌尿生殖系统肿瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序、多重细胞因子分析	NA	NA	NA
99	2025-06-27	Beyond Transposons: TIGD1 as a Pan-Cancer Biomarker and Immune Modulator 2025-May-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16060674 PMID:40565566	研究论文	本研究对TIGD1进行了全面的泛癌分析，评估了其表达模式、诊断效用、预后价值以及与免疫治疗反应和耐药性的关联	首次将TIGD1作为泛癌生物标志物和免疫调节因子进行系统性分析，揭示了其在肿瘤免疫微环境中的关键作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	评估TIGD1作为癌症生物标志物的潜力及其在免疫调节中的作用	多种癌症类型	生物信息学	泛癌(包括结肠癌、胃癌、肝癌和肺癌等)	转录组分析、单细胞测序、基因集富集分析	NA	转录组数据和临床数据	来自TCGA和GTEx数据库的大量样本
100	2025-06-27	Single-Cell Transcriptomics Unveils the Mechanistic Role of FOSL1 in Cutaneous Wound Healing 2025-May-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13061330 PMID:40564048	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了转录因子FOSL1在皮肤伤口愈合中的机制作用	首次将FOSL1确定为皮肤伤口愈合的关键调节因子，并揭示了其通过MAPK和EGFR信号通路调控的分子机制	研究主要基于生物信息学分析和动物模型，尚未进行临床验证	探究FOSL1在皮肤伤口愈合中的作用及其作为治疗靶点的潜力	皮肤伤口愈合过程及相关分子机制	生物信息学	皮肤损伤	单细胞转录组学、Western blot分析、机器学习算法	机器学习算法	基因表达数据	GEO数据库数据集及动物组织样本