单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-14	In situ profiling of plasma cell clonality with image-based single-cell transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653118 PMID:40463110	研究论文	本文介绍了一种名为BCR-MERFISH的图像单细胞转录组学方法，用于在组织中分析浆细胞的克隆性	开发了BCR-MERFISH技术，结合V基因使用和转录组分析，首次在组织原位区分浆细胞克隆	目前仅在细胞培养和小鼠模型中验证，尚未应用于人类样本	研究浆细胞在组织中的克隆多样性和分布模式	小鼠肠道中的浆细胞	数字病理学	NA	BCR-MERFISH（B细胞受体多重误差鲁棒荧光原位杂交）	NA	图像和转录组数据	细胞培养和小鼠肠道组织样本
82	2025-06-14	Din Oversees Mesenchymal Stem Cell Homeostasis in Mouse Incisors 2025-May-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6568233/v1 PMID:40470223	研究论文	本研究通过新开发的基因敲除小鼠模型，揭示了基因Din在小鼠门齿间充质干细胞（MSCs）稳态中的关键作用	首次发现基因Din在MSCs稳态中的多功能调控作用，并通过单细胞RNA测序等技术揭示了其表达模式及对MSCs特性的影响	研究仅局限于小鼠门齿模型，尚未验证在其他组织或物种中的普适性	探究基因Din在小鼠门齿干细胞稳态调控中的作用机制	小鼠门齿中的间充质干细胞（MSCs）和上皮干细胞（ESCs）	干细胞生物学	NA	基因敲除模型、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学、蛋白质组学、GLISA分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	基因敲除小鼠及其对照组的门齿组织样本
83	2025-06-14	Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification 2025-May-07, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008 PMID:40339790	research paper	研究PRMT5在皮肤发育中的作用及其缺失对表皮分层和角质形成细胞的影响	首次揭示了PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中验证	探究PRMT5在表皮发育和角质形成细胞维持中的作用	PRMT5条件性敲除小鼠的表皮组织和角质形成细胞	developmental biology	ectodermal dysplasia, harlequin ichthyosis	single-cell RNA sequencing, ATAC-seq	conditional knockout mouse model	genomic data, transcriptomic data	PRMT5条件性敲除小鼠的表皮组织
84	2025-06-14	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者的4次肾活检样本进行空间转录组学分析，探究急性抗体介导排斥反应（AMR）中肾小球的分子特征	首次在AMR中定位了天然免疫细胞（如NK细胞和巨噬细胞）的分子特征，并揭示了HLA II类抗原在肾小球中的上调表达	样本量较小（仅1名患者的4次活检），且治疗后足细胞转录本未恢复的机制尚不明确	探究急性抗体介导排斥反应中肾小球的分子变化特征	肾移植患者的活检样本（特别是肾小球）	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling（数字空间分析）	NA	空间转录组数据	1名患者的4次肾活检样本
85	2025-06-14	GAEDGRN: reconstruction of gene regulatory networks based on gravity-inspired graph autoencoders 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf232 PMID:40415678	研究论文	提出了一种基于重力启发图自编码器的新型框架GAEDGRN，用于从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络	GAEDGRN通过重力启发图自编码器(GIGAE)捕捉基因调控网络中的复杂有向网络拓扑结构，并设计了基因重要性评分计算方法	未明确提及具体局限性	从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络以深入了解疾病发病机制	基因调控网络(GRNs)	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图自编码器(GIGAE)	基因表达数据	三种GRN类型的七种细胞类型
86	2025-06-14	Showcasing the Comprehensive Understanding of Cellular Profiling and Human Neurophysiology 2025-May, Journal of pharmacy & bioallied sciences DOI:10.4103/jpbs.jpbs_46_25 PMID:40511047	研究论文	本文系统性地探讨了细胞分析与人类神经生理学的交叉领域，旨在揭示这两个领域在理解神经过程、细胞反应和疾病中的相互作用	采用单细胞RNA测序和电生理学方法探索人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型，提供了一种横断面研究方法	未提及具体的研究样本数量或范围限制	理解细胞分析与人类神经生理学的相互作用及其在疾病治疗中的应用	人类神经系统的细胞和神经生理学功能	分子生物学与神经科学交叉领域	NA	单细胞RNA测序, 电生理学方法	NA	分子数据, 电生理数据	NA
87	2025-06-14	The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95496-8 PMID:40210990	研究论文	本研究通过空间转录组分析探索了小鼠大脑发育过程中的时空基因表达调控	发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记物，以及能够确定发育阶段背侧内梨状核(DEn)的新分子标记物	研究主要集中在小鼠模型，人类大脑发育的适用性尚需验证	理解大脑发育过程中细胞和分子水平的基因表达调控	胚胎晚期和出生后小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了公开可用的小鼠数据集
88	2025-06-14	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在治疗应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以提高重编程效率并扩大从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型范围	NA	探讨哺乳动物神经祖细胞时间身份的调控机制及其在神经再生治疗中的潜在应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
89	2025-06-14	Cancer-associated fibroblasts in breast cancer in the single-cell era: Opportunities and challenges 2025-04, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189291 PMID:40024607	综述	本文探讨了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）在单细胞时代的机遇与挑战	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术对CAFs进行高分辨率分析，揭示其异质性及不同亚群的特异性表型和功能	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探索CAFs在乳腺癌中的分群及其相关生物标志物，强调它们在疾病进展中的作用和靶向治疗的潜力	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
90	2025-06-14	CAD manipulates tumor intrinsic DHO/UBE4B/NF-κB pathway and fuels macrophage cross-talk, promoting HCC metastasis 2025-Mar-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001304 PMID:40073276	研究论文	本研究揭示了CAD通过操纵肿瘤内在的DHO/UBE4B/NF-κB通路并促进巨噬细胞交互作用，从而推动HCC转移的机制	首次发现CAD通过调控DHO/UBE4B/NF-κB通路及巨噬细胞重编程促进HCC转移的新机制	研究样本量相对有限（159例HCC患者，其中37例伴有PVTT），且机制验证主要依赖体外和体内实验	阐明PVTT形成和肿瘤转移的机制，并寻找临床干预的潜在靶点	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	肝癌	多组学分析、代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	159例HCC患者（含37例PVTT病例）
91	2025-06-14	The Society for Immunotherapy of Cancer Perspective on Tissue-Based Technologies for Immuno-Oncology Biomarker Discovery and Application 2025-Feb-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2469 PMID:39625818	综述	本文总结了免疫疗法在癌症治疗中的应用及生物标志物技术的最新进展	评估了多参数、多组学和计算平台在生物标志物发现中的应用，并提出了改进方向	技术依赖性强，数据碎片化问题尚未完全解决	提高免疫疗法在癌症治疗中的精准性和个性化	癌症患者	数字病理学	癌症	多重免疫组化、免疫荧光、单细胞转录组学、质谱定量和空间分辨蛋白质组学成像技术	NA	多组学数据	NA
92	2025-06-14	Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis 2025-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81110-w PMID:39848950	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征(PCOS)的分子特征	整合多个数据集进行生物信息学分析，识别PCOS的复杂分子网络，并通过伪时间轨迹分析揭示细胞亚群的潜在发育轨迹	未提及样本量是否足够大以代表更广泛的人群，且仅通过RT-qPCR验证部分基因表达	揭示多囊卵巢综合征(PCOS)的潜在分子机制	多囊卵巢综合征(PCOS)患者	生物信息学	多囊卵巢综合征	scRNA-seq, RT-qPCR, 生物信息学分析	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	数据集GSE138518, GSE155489和PRJNA600740中的样本
93	2025-06-14	Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks 2025-01-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78502-3 PMID:39843498	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了脓毒症的预后生物标志物并构建了ceRNA调控网络	发现了与脓毒症预后相关的核心基因GSPT1和NPRL3，并构建了一个由4个circRNA、26个miRNA和2个mRNA组成的ceRNA调控网络	样本量较小（幸存组26例，非幸存组6例），可能影响结果的普遍性	识别脓毒症的预后生物标志物并探索其调控机制	脓毒症患者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序（mRNA/circRNA）、10×单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	32例脓毒症患者（幸存组26例，非幸存组6例）
94	2025-06-14	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	research paper	研究探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的改善作用，并通过单细胞测序技术分析了近端肾小管细胞、巨噬细胞和T细胞之间的相互作用	首次利用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节免疫细胞和减少纤维化相关基因表达的潜在机制	需要进一步的实验验证以确定其临床应用	探索Chaga在肾纤维化治疗中的潜在作用及其分子机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	digital pathology	renal fibrosis	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、UPLC-MS	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、组织学图像	82,496个肾脏细胞，分为30个不同的细胞簇和8种细胞类型
95	2025-06-14	Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension 2025, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004 PMID:40502298	研究论文	本文提出了一种高分辨率空间转录组学协议，用于分析小鼠肺组织中的细胞特异性基因表达变化，特别是在肺动脉高压模型中	开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的方法，结合多路荧光原位杂交和高通量成像技术，保留了组织完整性并最大化成像区域，提供了高保真的空间转录组数据	研究仅使用了预设计的379个基因的小鼠面板，可能未涵盖所有相关基因表达变化	探索肺动脉高压（PH）模型中肺组织的细胞特异性基因表达变化	小鼠肺组织	数字病理学	肺动脉高压	空间转录组学，多路荧光原位杂交（FISH），高通量成像	NA	空间转录组数据，图像	未明确说明样本数量，但使用了固定冷冻和新鲜冷冻两种组织制备方法的小鼠肺组织切片
96	2025-06-14	DiabetesOmic: A comprehensive multi-omics diabetes database 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.008 PMID:40502930	research paper	介绍了一个名为DiabetesOmic的综合多组学糖尿病数据库，旨在收集和分析五种高通量测序模式的转录调控信息	提供了一个全面的多组学数据库，整合了五种高通量测序数据，并手动整理了临床并发症注释	数据库目前仅包含487个样本，可能不足以覆盖所有糖尿病亚型和组织类型	为糖尿病研究提供分子资源，促进对糖尿病病理和进展的深入研究	1型和2型糖尿病患者的多种组织样本	生物信息学	糖尿病	ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq, scATAC-seq, scRNA-seq	NA	多组学测序数据	487个样本，涵盖1型和2型糖尿病患者的多种组织
97	2025-06-14	Exosomal BMPR2 Macromolecule Facilitates Alveolar Epithelial Cell Repair Through Functional Complex Formation with BMPR1B in Acute Lung Injury 2025, International journal of nanomedicine IF:6.6Q1 DOI:10.2147/IJN.S519393 PMID:40502982	research paper	该研究揭示了巨噬细胞来源的外泌体通过BMPR2-BMPR1B复合物激活SMAD1信号通路，促进急性肺损伤中肺泡上皮细胞的修复	首次发现外泌体BMPR2通过特异性分子识别和信号激活促进肺修复，为急性肺损伤治疗提供了新策略	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究巨噬细胞-上皮细胞互作在急性肺损伤修复中的分子机制	巨噬细胞来源的外泌体和肺泡上皮细胞	分子生物学	急性肺损伤	动态光散射、透射电镜、免疫印迹、蛋白质组学、分子对接、单细胞RNA测序、近红外成像	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、成像数据	NA
98	2025-06-14	Exploring the role of neutrophils in inflammatory pain hypersensitivity via single-cell transcriptome profiling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1552993 PMID:40503232	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了中性粒细胞在炎症性疼痛超敏反应中的作用及其机制	首次使用scRNA-seq技术分析术后和CFA诱导炎症中CD11b+细胞的组成，并发现CXCR2抑制剂NAMO通过抑制中性粒细胞分化成熟缓解疼痛	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索中性粒细胞在炎症性疼痛中的作用及潜在治疗靶点	小鼠术后和CFA诱导的炎症模型中的CD11b+细胞	单细胞转录组学	炎症性疼痛	scRNA-seq, 蛋白质组学分析	小鼠炎症模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本量，但使用小鼠模型
99	2025-06-14	Identification of mitophagy-related biomarkers in severe acute pancreatitis: integration of WGCNA, machine learning algorithms and scRNA-seq 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1594085 PMID:40503237	研究论文	本研究通过整合WGCNA、机器学习算法和scRNA-seq技术，识别了严重急性胰腺炎(SAP)中与线粒体自噬相关的关键基因MAPK14，并初步验证了其在SAP炎症调控中的作用	首次将WGCNA、机器学习算法和scRNA-seq技术相结合，系统性地识别SAP中与线粒体自噬相关的关键基因MAPK14，并阐明其通过调控巨噬细胞介导炎症的潜在机制	研究主要基于生物信息学分析，动物模型验证尚属初步阶段，需要进一步实验验证MAPK14的具体作用机制	探究线粒体自噬在严重急性胰腺炎发病机制中的作用，寻找潜在治疗靶点	严重急性胰腺炎患者和小鼠模型	生物信息学	胰腺炎	WGCNA, 机器学习算法, scRNA-seq, ssGSEA	机器学习算法(未指定具体模型)	基因表达数据	GSE194331和GSE279876数据集(未明确样本数量)，SAP小鼠模型
100	2025-06-14	From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311458 PMID:40504785	research paper	本文提出了一种基于均值漂移的新方法BOMS，用于空间转录组学中的细胞分割，无需辅助图像	BOMS方法仅依赖mRNA点的空间位置和基因标签进行细胞分割，无需DAPI/Poly(A)染色等辅助图像	未明确提及方法在特定组织类型或复杂微环境中的性能局限	改进空间转录组学中的细胞分割准确性	空间转录组学数据中的细胞	digital pathology	NA	空间转录组学	mean shift	空间基因表达数据	多个公开数据集（未明确数量）