单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-11	Role of Meox1 in promoting lung tumor vascularization and impairing CD8+ T cell mediated immunity 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1645671 PMID:40919158	研究论文	本研究探讨转录因子Meox1在促进肺癌血管生成和抑制CD8+ T细胞免疫中的功能作用	首次系统性地通过scRNA-seq和SCENIC框架揭示Meox1在非小细胞肺癌中的细胞类型特异性调控网络，并证明其双重功能（促血管生成和免疫抑制）	初步研究结果，需进一步验证机制；动物模型数据尚未完全展开	阐明Meox1在肺癌血管生成和免疫调节中的分子机制，为靶向治疗提供新策略	非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤组织中的内皮细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	肺癌	scRNA-seq, SCENIC, siRNA敲低	NA	单细胞RNA测序数据	NA
82	2025-09-11	Organelle stresses and energetic metabolisms promote endothelial-to-mesenchymal transition and fibrosis via upregulating FOSB and MEOX1 in Alzheimer's disease 2025, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2025.1605012 PMID:40919531	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了阿尔茨海默病中细胞器应激和能量代谢重编程通过上调FOSB和MEOX1驱动内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的分子机制	首次发现细胞器应激（线粒体、内质网、核应激）和能量代谢重编程通过FOSB和MEOX1上调促进AD病理过程，并验证PERK/FOSB/MEOX1作为潜在治疗靶点	主要基于3xTg-AD小鼠模型，人类数据验证相对有限；机制研究仍需进一步实验验证	阐明阿尔茨海默病中内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的转录组机制	3xTg-AD小鼠模型脑组织及人类AD患者脑细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-Seq, 知识驱动的转录组分析	NA	基因表达数据	3xTg-AD小鼠模型脑组织及人类AD患者scRNA-Seq数据集
83	2025-09-11	Unveiling the mechanism of Pogostemon cablin (Blanco) Benth in treating heat illnesses via network pharmacology and molecular simulation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0331401 PMID:40920657	研究论文	本研究结合网络药理学和分子模拟技术揭示广藿香治疗热病的分子机制	首次整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟多维度验证广藿香治疗热病的靶点机制	样本量较小（11例患者和14例健康志愿者），需进一步扩大验证	阐明广藿香治疗热病的药理作用机制	热病患者和健康志愿者的外周血样本	网络药理学	热病	RNA测序、WGCNA、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA测序数据、单细胞数据	25例样本（11例患者+14例健康志愿者）
84	2025-09-11	STmiR: A Novel XGBoost-based framework for spatially resolved miRNA activity prediction in cancer transcriptomics 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322082 PMID:40924781	研究论文	提出一种基于XGBoost的新框架STmiR，用于预测癌症空间转录组中的miRNA活性	首次整合bulk RNA-seq与空间转录组数据，通过非线性建模实现miRNA活性的高精度空间预测	依赖现有空间转录组技术的分辨率限制，未明确说明模型泛化能力到更多癌症类型	解析肿瘤微环境中miRNA的空间调控机制	癌症组织中的miRNA-mRNA相互作用网络	生物信息学	多癌种（乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌等）	空间转录组学（10X Visium）、bulk RNA-seq	XGBoost	基因表达数据	TCGA、CCLE数据库及9种癌症的10X Visium数据集
85	2025-09-11	Updates on Parkinson's Disease 2025, Neuropsychiatric disease and treatment IF:2.5Q2 DOI:10.2147/NDT.S540718 PMID:40926796	综述	本文总结了帕金森病的最新研究进展，包括发病机制、诊断技术、治疗方法和当前挑战	结合α-突触核蛋白种子扩增检测与多模态神经影像技术，在疾病前驱期达到92%的诊断准确率；开发闭环深部脑刺激系统实现63%的优于传统方法的症状控制；利用单细胞空间转录组学识别多巴胺能神经元脆弱性特征	生物标志物在不同种族队列中存在30%的α-突触核蛋白阈值变异性；非运动症状管理仍是当前挑战	推动帕金森病从对症治疗向精准靶向干预的转变	帕金森病患者及疾病机制	神经科学	帕金森病	α-突触核蛋白种子扩增检测、多模态神经影像、单细胞空间转录组学、可穿戴设备数字表型分析	NA	生物标志物数据、神经影像数据、基因表达数据、运动数据	涉及II期临床试验数据，但具体样本量未明确说明
86	2025-09-11	Identification of Potential Targets for EGFR-Regulated Nucleus Pulposus Degeneration Using Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S530776 PMID:40927356	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和机器学习方法识别EGFR调控的椎间盘髓核细胞退变潜在靶点	首次结合scRNA-seq、多种机器学习算法及体内外实验验证，发现JAK1作为EGFR下游调控靶点在髓核退变中的关键作用	样本量有限（6例严重IVDD样本），需进一步扩大验证	识别EGFR在髓核细胞退变过程中的关键下游调控分子	人类髓核细胞和小鼠模型	生物信息学	椎间盘退行性疾病	scRNA-seq, 伪时间分析, GSEA, WGCNA, 机器学习算法(Lasso/XGBoost/Random Forest)	集成机器学习模型	单细胞RNA测序数据	6例严重IVDD患者样本
87	2025-09-11	Integrated Single-Cell and Transcriptome Analysis with Experimental Validation Reveals PANoptosis-Related Gene Signatures in the Immune Microenvironment of Autoimmune Thyroiditis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525270 PMID:40927355	研究论文	本研究通过整合单细胞和转录组分析结合实验验证，揭示了自身免疫性甲状腺炎免疫微环境中PANoptosis相关基因的特征	首次在AIT中研究PANoptosis的作用，并鉴定出5个差异表达的PANoptosis相关基因及其在免疫微环境中的功能	NA	阐明PANoptosis基因与AIT免疫微环境的关系	自身免疫性甲状腺炎患者和健康个体的样本数据及动物模型	生物信息学	自身免疫性甲状腺炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, WGCNA, RT-qPCR, 免疫组化染色, ELISA	NA	基因表达数据	公共数据库中的AIT数据及收集的临床样本
88	2025-09-11	PRMT1-Mediated PARP1 Methylation Drives Lung Metastasis and Chemoresistance via P65 Activation in Triple-Negative Breast Cancer 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0854 PMID:40927753	研究论文	本研究揭示PRMT1通过甲基化PARP1并激活P65，驱动三阴性乳腺癌的肺转移和化疗耐药	首次阐明PRMT1通过PARP1甲基化双向调控DNA损伤修复和NF-κB通路，进而促进肿瘤干细胞特性及免疫抑制微环境	机制研究主要基于体外实验，需进一步体内验证；临床样本量未明确说明	探究PRMT1在三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药中的具体作用机制	三阴性乳腺癌细胞及转移样本	癌症生物学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、质谱分析、免疫共沉淀、ELISA、CCK-8检测	NA	基因组数据、蛋白质互作数据、细胞功能实验数据	未明确说明样本数量（使用转移性TNBC样本进行单细胞测序）
89	2025-09-11	Multi-Omics and Clinical Validation Identify Key Glycolysis- and Immune-Related Genes in Sepsis 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S539158 PMID:40927774	研究论文	通过多组学分析和临床验证识别脓毒症中关键的糖酵解和免疫相关基因	整合WGCNA、孟德尔随机化和机器学习算法识别出五个与糖酵解和免疫重塑相关的关键基因，并利用单细胞RNA测序揭示细胞类型特异性转录谱	研究主要基于公共数据库和单一临床队列，需要更大样本和功能实验进一步验证	探索糖酵解重编程与免疫功能障碍在脓毒症中的分子机制	脓毒症患者和公共基因表达数据	生物信息学	脓毒症	转录组分析、ssGSEA、WGCNA、孟德尔随机化、机器学习算法（LASSO、SVM-RFE、Boruta）、RT-qPCR、CIBERSORT、scRNA-seq	LASSO、SVM-RFE、Boruta	基因表达数据、临床血液学数据	来自GEO数据库的转录组数据和独立临床脓毒症队列
90	2025-09-11	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文综述了炎症和机械力诱导的骨重塑机制，重点关注牙周炎和正畸牙齿移动中的细胞作用	整合单细胞RNA测序新发现，系统分析不同细胞类型在炎症与机械力协同作用下的骨重塑功能	NA	深入理解炎症和机械力驱动的骨重塑过程及其细胞机制	角质形成细胞、白细胞、基质细胞、骨细胞、成骨细胞和破骨细胞等关键细胞类型	骨生物学	牙周病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
91	2025-09-11	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.630532 PMID:39763898	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统绘制小鼠前列腺各叶的细胞图谱，鉴定出叶特异性管腔上皮细胞类型及其与人类前列腺癌亚型的对应关系	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析前列腺癌去势治疗抵抗的细胞和分子机制	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌meta分析数据
92	2025-09-11	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	综述	本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，并基于单细胞和空间转录组学研究总结了主要发现	整合了最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术对神经退行性疾病模型的新见解	承认没有完美的动物模型存在	研究神经退行性疾病的病因和测试潜在治疗方法	阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型	生物医学研究	阿尔茨海默病和额颞叶痴呆	单细胞转录组学、多组学、空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
93	2025-09-11	Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response 2024-10-04, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843 PMID:39365874	研究论文	利用LIPSTIC技术识别在肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中驱动CD4+ T细胞特异性免疫应答的树突状细胞亚群	首次应用LIPSTIC单细胞转录组技术精确鉴定介导肿瘤抗原呈递的特定树突状细胞群体，并揭示检查点阻断药物通过增强CD40信号通路激活这些细胞	NA	探究树突状细胞在肿瘤免疫应答中的作用机制	树突状细胞与CD4+ T细胞的相互作用	免疫学	肿瘤	LIPSTIC单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
94	2025-09-11	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-09-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	利用SNCA基因三倍体iPSC来源的皮质类器官模拟路易体病并筛选潜在治疗药物	首次建立人源皮质类器官模型模拟路易体病α-突触核蛋白病理，并通过高通量药物筛选发现四种FDA批准药物可抑制α-突触核蛋白聚集	研究基于特定基因突变（SNCA三倍体）模型，可能无法完全代表所有路易体病亚型的病理机制	探究路易体病皮质神经元中α-突触核蛋白病理机制并筛选治疗药物	人诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	神经退行性疾病研究	路易体病	单细胞RNA测序、实时震动诱导转化检测（RT-QuIC）、高通量药物筛选	类器官模型	基因表达数据、分子功能验证数据	1280种FDA批准药物筛选，使用患者来源iPSC类器官和人脑组织样本
95	2025-09-11	A pheromone receptor in cichlid fish mediates attraction to females but inhibits male parental care 2024-Sep-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.07.029 PMID:39094572	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和CRISPR基因编辑技术，揭示了慈鲷鱼中信息素受体Or113a在介导雄性对雌性吸引行为及抑制雄性亲代抚育中的双重作用	发现信息素受体Or113a能够感知非PGF配体，并首次证明单个信息素受体在行为调控中获得新功能，驱动雄性避免亲代抚育	研究聚焦于特定慈鲷鱼谱系，结论在其他鱼类中的普适性尚未验证	探究脊椎动物信息素信号演化如何导致新生殖行为策略的产生	慈鲷鱼（特别是雌性繁殖信号感知及雄性行为调控）	NA	NA	单细胞转录组学, CRISPR基因编辑	NA	基因表达数据, 行为观测数据	NA（未明确说明样本数量，但使用慈鲷鱼模型进行研究）
96	2025-09-11	Glioblastoma induces the recruitment and differentiation of dendritic-like "hybrid" neutrophils from skull bone marrow 2024-Sep-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.008 PMID:39255776	研究论文	本文揭示了胶质母细胞瘤通过招募和分化颅骨骨髓中的树突状“杂交”中性粒细胞来抑制肿瘤生长的机制	首次发现具有树突状特征的中性粒细胞亚群来源于颅骨骨髓而非循环系统，并证实其通过抗原呈递激活T细胞抗肿瘤免疫	NA	探究肿瘤相关中性粒细胞在胶质母细胞瘤中的生物学作用及来源机制	胶质母细胞瘤患者和小鼠模型中的中性粒细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、标记颅骨移植、靶向消融	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	患者和小鼠胶质母细胞瘤样本（具体数量未明确说明）
97	2025-09-11	Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell-specific gene in atherosclerosis 2024-07-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae028 PMID:38289873	研究论文	本研究利用翻译核糖体亲和纯化测序技术鉴定动脉粥样硬化中平滑肌细胞特异性基因表达，发现Itih4作为新型标志基因	首次建立SMC特异性TRAP小鼠模型（SMCTRAP-AS），并发现Itih4等多个既往未报道与动脉粥样硬化SMCs相关的基因	研究基于转基因小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性需进一步验证	解析动脉粥样硬化中血管平滑肌细胞的基因表达特征	SMCTRAP和SMCTRAP-AS转基因小鼠的胸主动脉样本	分子生物学	心血管疾病	TRAP-seq（翻译核糖体亲和纯化测序）、免疫荧光染色、空间转录组学	NA	测序数据、图像数据	15月龄SMCTRAP和SMCTRAP-AS小鼠的主动脉样本
98	2025-09-11	Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction 2024-07-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae075 PMID:38666458	研究论文	本研究探讨丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的调控作用	首次揭示SerpinA3n通过调节基质功能和炎症反应影响心肌梗死后心脏修复的因果机制	研究基于小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证	理解Serpins在心肌梗死后瘢痕形成调控中的作用	心肌梗死小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	条件性基因敲除、单细胞转录组学、蛋白质组学、组织学分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据	使用SerpinA3n条件性敲除小鼠模型进行研究
99	2025-09-11	Small nucleolar RNA host gene 18 controls vascular smooth muscle cell contractile phenotype and neointimal hyperplasia 2024-05-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae055 PMID:38498586	研究论文	本研究揭示长链非编码RNA SNHG18通过调控miR-22-3p维持血管平滑肌细胞收缩表型并抑制损伤诱导的新内膜增生	首次发现SNHG18在血管疾病中的功能作用，并阐明其通过竞争性结合ADAR2调控miR-22生物合成的新机制	NA	探索SNHG18在血管平滑肌细胞表型调控和血管损伤修复中的作用	小鼠和人类血管平滑肌细胞及动脉组织	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能获得/缺失实验	NA	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠和人类动脉样本（具体数量未明确说明）
100	2025-09-11	Interleukin-1 receptor accessory protein blockade limits the development of atherosclerosis and reduces plaque inflammation 2024-05-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae046 PMID:38563353	研究论文	研究使用新型抗IL1RAP阻断抗体探究其在动脉粥样硬化中的作用，发现阻断IL1RAP可减小斑块大小并减轻炎症	首次使用非消耗性IL1RAP阻断抗体，并揭示其通过抑制趋化因子产生减少斑块炎症和负担的机制	研究基于小鼠模型，人类应用需进一步验证；样本量未明确说明	探究IL1RAP在动脉粥样硬化发展中的作用及治疗潜力	载脂蛋白E缺陷小鼠（Apoe-/-）和人类动脉粥样硬化斑块样本	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、组织学分析、体外细胞实验	NA	基因表达数据、细胞表型数据、组织图像数据	NA（具体数量未在摘要中说明）