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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-05-28 |
B cell heterogeneity in cancer comes of age
2024-Oct-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.013
PMID:39406185
|
评论 | 本文评论了三项最新研究,这些研究利用单细胞RNA测序技术描绘了肿瘤浸润B细胞亚群的泛癌图谱,为理解B细胞依赖性抗肿瘤免疫的深层机制铺平了道路 | 综合多项研究,首次定义了泛癌层面肿瘤浸润B细胞亚群的异质性,揭示了B细胞在癌症免疫中的潜在新功能 | 仅基于现有研究成果进行评述,未提供新的实验数据或验证结果 | 总结并强调近期关于B细胞异质性在癌症中作用的研究进展 | 肿瘤浸润B细胞亚群 | 机器学习和数字病理学交叉领域 | 癌症(泛癌) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个研究中的肿瘤样本,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 82 | 2026-05-28 |
Low protein diet protects the liver from Salmonella Typhimurium-mediated injury by modulating the mTOR/autophagy axis in macrophages
2024-09-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06932-w
PMID:39349819
|
研究论文 | 研究低蛋白饮食对小鼠肝脏抵抗鼠伤寒沙门氏菌感染的保护作用及其机制 | 首次揭示低蛋白饮食通过调控巨噬细胞中mTOR/自噬轴来保护肝脏免受细菌感染损伤 | NA | 探究低蛋白饮食对先天免疫系统的影响及其在肝脏细菌感染中的保护机制 | 小鼠肝脏细胞及人类外周血单核细胞衍生的巨噬细胞 | NA | 感染性疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 小鼠肝脏细胞及人外周血单核细胞衍生的巨噬细胞 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-05-28 |
Full-length single-cell BCR sequencing paired with RNA sequencing reveals convergent responses to pneumococcal vaccination
2024-09-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06823-0
PMID:39341987
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研究论文 | 提出一种从3'条形码单细胞RNA测序文库中恢复全长配对BCR可变区序列的方法,并应用于分析肺炎球菌疫苗诱导的B细胞应答 | 首次实现从广泛使用的3'条形码单细胞RNA测序文库中恢复全长配对BCR可变区序列,能够同时获取转录组和BCR信息,并揭示疫苗诱导的趋同应答 | 方法在婴儿恒河猴模型中验证,尚需在更大样本和更广泛疫苗接种场景中进一步验证 | 开发并验证从3'条形码单细胞RNA测序文库中恢复全长BCR序列的方法,以解析疫苗诱导的B细胞应答特征 | 5只婴儿恒河猴的B细胞(针对肺炎球菌血清型3荚膜多糖的糖缀合疫苗应答) | 单细胞测序、免疫学 | 肺炎球菌感染 | 单细胞RNA测序、BCR测序 | NA | 单细胞转录组数据、BCR序列数据 | 5只婴儿恒河猴 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 3'条形码单细胞RNA测序文库(具体版本未提及) |
| 84 | 2026-05-28 |
Historic obstacles and emerging opportunities in the field of developmental metabolism - lessons from Heidelberg
2024-06-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202937
PMID:38912552
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评论 | 本文总结了2023年EMBO研讨会“发育代谢:能量、物质和信息的流动”中的关键讨论,强调了现代发育生物学面临的挑战和机遇 | 提出了代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序和计算建模等新技术在发育代谢领域中的应用,为探索细胞和组织特异性代谢网络、器官间代谢通信以及基因与代谢物在时空上的交互作用提供了新机会 | 本文为研讨会总结,未提供具体实验数据或验证,属于观点性文章 | 总结发育代谢领域的最新进展和未来研究方向 | 发育代谢中的代谢网络、器官间通信和基因-代谢物相互作用 | 其他 | NA | 代谢组学, 单细胞RNA测序, 计算建模 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-05-28 |
A new dawn for the study of cell type evolution
2024-05-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200884
PMID:38722217
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综述 | 探讨新技术如何促进细胞类型进化研究,强调发育同源性在识别同源细胞中的重要性,并总结单细胞转录组学在细胞类型进化研究中的最新发现和未来方向 | 结合基因编辑和单细胞基因组学等技术突破,系统分析细胞类型进化研究的新方法,并特别关注发育同源性对鉴定同源细胞的意义 | 未涉及实际实验数据或模型验证,仅基于文献综述提出观点,对同源性判断的潜在误区缺乏系统性量化分析 | 综述细胞类型进化研究的当前进展,指出关键问题和未来探索领域 | 细胞类型及其进化机制,涵盖多种研究生物体的同源细胞比较 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2026-05-28 |
Identification of a myofibroblast differentiation program during neonatal lung development
2024-05-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202659
PMID:38602479
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研究论文 | 通过Fgf18CreER谱系追踪小鼠、单细胞RNA测序等技术,鉴定新生小鼠肺部肌成纤维细胞分化程序及其在肺泡发育中的作用 | 首次利用Fgf18CreER谱系追踪小鼠结合单细胞RNA测序,揭示新生肺间充质细胞中一个不成熟祖细胞向成熟肌成纤维细胞分化的独特程序,并发现内源性ROSA26位点可作为肌成纤维细胞成熟的敏感报告基因 | 未详细说明 | 探究肺泡发育过程中间充质细胞亚型及其分化机制 | 新生小鼠肺部间充质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, Fgf18CreER谱系追踪, 细胞分选, 原代细胞培养 | NA | 单细胞转录组数据 | 新生小鼠(具体数量未说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 87 | 2026-05-28 |
Semi-supervised integration of single-cell transcriptomics data
2024-01-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45240-z
PMID:38287014
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研究论文 | 提出一种名为STACAS的半监督单细胞转录组数据整合方法,利用先验细胞类型知识在批量校正中保留生物变异性 | 首次将先验细胞类型信息纳入单细胞数据的半监督批量效应校正,在开放基准测试中优于现有无监督和完全监督方法 | 对不完整或不精确的输入细胞类型标签具有一定鲁棒性,但极端情况下的性能边界未明确讨论 | 开发一种能保留生物变异性的半监督单细胞RNA-seq批量效应校正方法 | 单细胞RNA-seq数据中的批量效应和细胞类型标签 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | STACAS(基于先验细胞类型的半监督整合模型) | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-05-28 |
RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis
2024-01-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45177-3
PMID:38287033
|
研究论文 | 利用稳态、新生和单细胞RNA测序策略全面表征雄性生殖细胞群体的基因表达,揭示RNA聚合酶II暂停在精子发生和减数分裂中的关键作用 | 首次发现RNA聚合酶II暂停在精子分化早期建立基因活性景观的必要性,并揭示其在减数分裂中调控双链断裂形成和修复的新功能 | 未提供具体实验限制信息 | 解析雄性生殖细胞发育中基因表达的调控机制,为男性不育症治疗提供新见解 | 雄性小鼠生殖细胞群体 | 机器学习和基因组学 | 男性不育症 | RNA-seq | NA | RNA表达数据(稳态、新生和单细胞) | NA | NA | RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-05-28 |
Cebp1 and Cebpβ transcriptional axis controls eosinophilopoiesis in zebrafish
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45029-0
PMID:38280871
|
研究论文 | 利用斑马鱼模型研究嗜酸性粒细胞的发育模式与调控机制 | 首次鉴定eslec为嗜酸性粒细胞谱系特异性标志物,建立Tg(eslec:eGFP)报告品系;通过单细胞RNA测序揭示嗜酸性粒细胞从祖细胞到成熟细胞的发育轨迹;发现Cebp1-Cebpβ转录轴调控嗜酸性粒细胞谱系决定和分化,并证明斑马鱼Cebp1是人C/EBPε的功能直系同源物 | 主要基于斑马鱼模型,结论向哺乳动物和人类的推广需进一步验证 | 解析嗜酸性粒细胞的发育模式、分布及转录调控机制 | 斑马鱼嗜酸性粒细胞谱系细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 90 | 2026-05-28 |
The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45028-1
PMID:38280868
|
研究论文 | 本研究结合高质量全基因组比对和计算结构建模,分析了果蝇中新生基因的起源、进化及蛋白质结构变化,鉴定出555个新生基因候选。 | 首次系统性结合全基因组比对与计算结构建模,揭示果蝇亚科特异性新生基因的起源与蛋白质结构演化,并发现早期精原细胞在新生基因起源中的潜在重要角色 | 可能受限于基因组比对质量和结构预测准确性,部分候选基因的结构变化未充分捕捉 | 研究新生基因的起源、进化及蛋白质结构变化 | 果蝇(D. melanogaster)中果蝇亚科特异性新生基因 | 计算生物学, 基因组学 | NA | 全基因组比对, 计算结构建模, 祖先序列重建, 单细胞RNA-seq | 计算结构模型 | 基因组序列, 蛋白质结构数据, 单细胞转录组数据 | 果蝇属多个物种的基因组比对数据及果蝇睾丸单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2026-05-28 |
Trajectory inference across multiple conditions with condiments
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44823-0
PMID:38280860
|
研究论文 | 提出condiments方法,用于跨多个条件的单细胞RNA测序数据轨迹推断与比较 | 首次提出一种统一框架,整合多条件下细胞轨迹的推断、比较及基因表达差异分析,支持大规模发育进程变化及细微基因行为改变的检测 | NA | 开发一种跨多个生物条件(如野生型与基因敲除)进行单细胞RNA测序轨迹推断与比较的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹,特别是干细胞分化过程中的细胞状态连续体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2026-05-28 |
A potential defensive role of TIM-3 on T lymphocytes in the inflammatory involvement of diabetic kidney disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1365226
PMID:38812511
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研究论文 | 探讨T淋巴细胞上TIM-3分子在糖尿病肾病炎症发展中的潜在保护作用 | 首次发现外周血CD3+TIM-3+ T细胞比例与糖尿病肾病严重间质单核细胞浸润呈显著负相关,提示TIM-3可能具有保护性免疫调节功能 | 未明确TIM-3保护作用的具体分子机制,且研究仅基于糖尿病患者和动物模型数据,缺乏干预实验验证 | 阐明TIM-3在T淋巴细胞上对糖尿病肾病炎症进展的调控作用及其作为生物标志物的潜力 | 糖尿病肾病患者及糖尿病肾病小鼠模型 | 免疫学 | 糖尿病肾病 | 流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞测序 | NA | 外周血样本、肾组织样本、单细胞测序数据 | 360例成人糖尿病肾病患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 93 | 2026-05-28 |
Single-cell RNA-seq reveals T cell exhaustion and immune response landscape in osteosarcoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1362970
PMID:38629071
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤中T细胞耗竭和免疫反应景观 | 首次系统性地利用单细胞RNA-seq数据分析骨肉瘤微环境中CD8+ T细胞的耗竭情况,并基于三个耗竭相关基因(RAD23A, SAC3D1, PSIP1)构建预后模型,该模型在多个数据集中验证了其预测骨肉瘤预后的能力 | 研究主要依赖公共数据库数据,可能受限于数据质量和样本代表性,且T细胞耗竭模型需在更大规模前瞻性队列中进一步验证 | 探究骨肉瘤中T细胞耗竭与免疫抑制及肿瘤进展的关系,并构建预后模型 | 骨肉瘤患者肿瘤微环境中的CD8+ T细胞及其耗竭相关基因 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | GEO数据库中的骨肉瘤单细胞RNA-seq数据,以及TARGETs和Meta队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 来自GEO数据库的单细胞RNA-seq数据 |
| 94 | 2026-05-28 |
Cell-Specific Targeting of the Endothelium in the Cardiorenal Syndrome
2024, Cardiorenal medicine
IF:2.4Q2
DOI:10.1159/000537764
PMID:38342088
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综述 | 本文探讨了心肾综合征中血管内皮的细胞特异性靶向策略,包括基于基因、细胞和纳米技术的新型疗法,以及空间转录组学等技术在靶向治疗中的应用 | 提出通过细胞特异性内皮靶向的病毒载体进行基因治疗,可避免脱靶效应并改善治疗耐药性 | 未提及具体实验数据或临床验证,缺乏对靶向技术实际应用中的安全性及长期效果的深入讨论 | 阐述心肾综合征中内皮细胞作为治疗靶点的潜力,并介绍新兴的靶向治疗方法 | 血管内皮细胞及心肾疾病模型 | 机器学习 | 心血管疾病, 肾脏疾病 | 测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 95 | 2026-05-28 |
Coupled scRNA-seq and Bulk-seq reveal the role of HMMR in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1363834
PMID:38633247
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序揭示HMMR在肝细胞癌中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序全面分析HMMR在肝细胞癌中的诊断、预后和治疗价值 | 未提及在动物模型或临床样本中验证HMMR的功能 | 探究HMMR在肝细胞癌中的作用及其作为分子标志物的潜力 | 肝细胞癌患者组织样本及细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 多个队列研究及组织微阵列中的肝细胞癌样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-05-28 |
Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569445
PMID:38077070
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间表达分析,揭示了EN1/2转录因子在兴奋性小脑神经元多样性和存活中的保守作用 | 首次定义胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元的分子亚域,并揭示EN1/2在三种小脑兴奋性神经元类型中调控TBR2表达、神经元分化和存活的保守功能 | NA | 阐明EN1/2转录因子在小脑兴奋性神经元多样性和存活中的功能机制 | 小鼠胚胎期小脑核兴奋性神经元 | 分子神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间表达分析 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 97 | 2026-05-28 |
The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila
2023-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.13.532420
PMID:37425675
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研究论文 | 结合全基因组比对、生物信息学和计算结构建模,系统性研究了果蝇属新基因的起源、演化及蛋白质结构特征 | 首次系统揭示果蝇谱系特异性新基因的蛋白质结构起源与演化规律,发现大多数潜在折叠良好的蛋白质在诞生时即已折叠,并观察到少数无序蛋白在短时间内转变为有序结构 | 基于计算预测的蛋白质结构缺乏实验验证,且研究局限于果蝇属,结论的普适性有待验证 | 解析新基因在果蝇属中的起源机制、演化过程及蛋白质结构变化规律 | 果蝇属(Drosophila)中555个谱系特异性新基因候选者 | 机器学习和生物信息学交叉 | NA | 全基因组比对、生物信息学分析、Alphafold2、ESMFold、分子动力学模拟、祖先序列重构、单细胞RNA-seq | Alphafold2, ESMFold | 基因组序列、蛋白质结构预测数据、单细胞转录组数据 | 果蝇属555个新基因候选者,以及睾丸单细胞RNA-seq数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 用于果蝇睾丸组织的单细胞RNA-seq分析 |
| 98 | 2026-05-28 |
RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis
2023-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.08.539879
PMID:37215034
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研究论文 | 本研究利用稳态、新生和单细胞RNA测序策略全面分析雄性生殖细胞群体的基因表达,揭示RNA聚合酶II暂停在精子发生过程中对基因表达调控和减数分裂完成的关键作用 | 首次发现RNA聚合酶II暂停在精子分化的早期阶段对建立基因活性图谱至关重要,并揭示了Pol II暂停在减数分裂过程中对SPO11介导的双链断裂形成的新调控作用 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 阐明RNA聚合酶II暂停在雄性生殖细胞分化和减数分裂中的调控机制 | 雄性生殖细胞(包括未成熟和成熟精子细胞) | 机器学习 | 不育症 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 新生RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-05-28 |
Astroglial toxicity promotes synaptic degeneration in the thalamocortical circuit in frontotemporal dementia with GRN mutations
2023-03-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164919
PMID:36602862
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研究论文 | 通过比较单细胞转录组学揭示星形胶质细胞毒性在GRN突变导致的额颞叶痴呆丘脑皮质回路突触变性中的关键作用 | 首次发现并验证GRN突变引起的星形胶质细胞病理特征(GJA1、AQP4、APOE上调及SLC1A2下调)是跨物种突触变性的保守机制 | 未明确星形胶质细胞毒性与TDP-43蛋白病之间的上下游因果关系 | 阐明GRN突变导致额颞叶痴呆的丘脑皮质回路神经退行性机制 | Grn-/-小鼠及FTLD-GRN患者的丘脑和额叶皮层 | 数字病理学 | 额颞叶痴呆 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | Grn-/-小鼠及FTLD-GRN患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 100 | 2026-05-28 |
Mechanical tension mobilizes Lgr6+ epidermal stem cells to drive skin growth
2022-04-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abl8698
PMID:35476447
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研究论文 | 使用受控组织扩张系统结合机器学习辅助三维重建和单细胞RNA测序,揭示机械张力通过Hippo通路激活Lgr6+表皮干细胞驱动小鼠皮肤生长的细胞与分子机制 | 首次在哺乳动物中系统揭示机械张力通过优先激活Lgr6+表皮干细胞驱动皮肤生长的机制,并利用机器学习三维重建和单细胞RNA测序技术构建器官大小动态变化的平台 | 主要基于小鼠模型,在人体中的适用性需要进一步验证;部分机制如Hippo通路的具体作用细节尚待阐明 | 阐明成年哺乳动物皮肤显著尺寸变化的细胞与分子基础 | 小鼠皮肤组织及Lgr6+表皮干细胞 | 机器学习, 数字病理学 | NA | RNA-seq | CNN | 图像, 文本 | 小鼠皮肤样本,具体数量未在摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |