单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-10	Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083 PMID:38781077	研究论文	提出了一种基于单细胞RNA测序的熵评分协议，用于量化干细胞衍生的心肌细胞成熟度	首次使用单细胞RNA测序的熵评分来量化心肌细胞的成熟度	未提及样本量或实验验证的详细结果	量化干细胞衍生的心肌细胞的成熟度	干细胞衍生的心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
82	2025-06-10	A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067 PMID:38748883	research paper	提出了一种名为动态批处理对抗自编码器（DB-AAE）的深度学习框架，用于去噪单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	采用动态批处理的对抗自编码器（DB-AAE）进行scRNA-seq数据的去噪和排序	未提及具体的数据集大小或实验验证的详细结果	解决scRNA-seq数据中的技术噪声问题，如低捕获率和丢失事件	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	machine learning	NA	scRNA-seq	对抗自编码器（AAE）	基因表达数据	NA
83	2025-06-10	Hybrid Oncocytic Tumors (HOTs) in Birt-Hogg-Dubé Syndrome Patients-A Tale of Two Cities: Sequencing Analysis Reveals Dual Lineage Markers Capturing the 2 Cellular Populations of HOT 2024-Feb-01, The American journal of surgical pathology DOI:10.1097/PAS.0000000000002152 PMID:37994665	研究论文	本研究通过整合分析和单细胞RNA测序数据，鉴定出Birt-Hogg-Dubé综合征患者中混合嗜酸细胞肿瘤（HOT）的候选生物标志物L1CAM和LINC01187	发现L1CAM和LINC01187作为HOT的独特标志物，能够以棋盘格模式相互排斥地表达，区分HOT与其他肾癌亚型	研究样本可能有限，未涉及大规模临床验证	探索Birt-Hogg-Dubé综合征相关肾肿瘤的诊断标志物	Birt-Hogg-Dubé综合征患者的混合嗜酸细胞肿瘤（HOT）和正常肾组织	数字病理学	肾癌	RNA测序（包括批量测序和单细胞测序）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
84	2025-06-10	Demultiplexing of single-cell RNA-sequencing data using interindividual variation in gene expression 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae085 PMID:38911824	研究论文	本研究提出了一种名为EAD的计算方法，利用个体间基因表达的差异共表达模式来解复用单细胞RNA测序数据，无需额外实验步骤	EAD方法首次利用个体间差异共表达模式进行解复用，结合遗传信息可提高分配准确性，并可识别同一供体不同激活状态的细胞	方法在非免疫细胞中的应用效果需进一步验证	开发无需额外实验步骤的单细胞RNA测序数据解复用方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6只同基因近交系小鼠、30份脓毒症和健康个体样本、脑单核转录组图谱
85	2025-06-10	Analysis of community connectivity in spatial transcriptomics data 2024, Frontiers in applied mathematics and statistics IF:1.3Q3 DOI:10.3389/fams.2024.1403901 PMID:40475302	research paper	本文介绍了一种名为BANYAN的贝叶斯多层网络模型，用于分析空间转录组数据中的社区连通性	提出了社区连通性分析（ACC）方法，填补了现有工具在分析细胞群落内部及之间相对相似性方面的空白	NA	开发一种计算工具来表征空间转录组数据中细胞群落的连通性	空间转录组数据中的细胞群落	空间转录组学	黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌、小细胞肺癌	空间转录组技术（10× Visium、NanoString CosMx）	贝叶斯多层网络模型（BANYAN）	空间转录组数据	包括小鼠脑部HST数据、黑色素瘤脑转移和浸润性导管癌的10× Visium数据、人类小细胞肺癌的NanoString CosMx数据
86	2025-06-09	Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes 2025-Sep-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723 PMID:40404118	研究论文	通过比较人类肝脏转录组，全面研究小鼠MASH模型的适用性	建立了三种小鼠MASH模型，并通过转录组分析比较其与人类MASH的相似性，提出了模型选择的新策略	研究仅基于转录组数据，未考虑其他层面的生物学差异	评估不同小鼠MASH模型在模拟人类MASH方面的适用性	小鼠MASH模型和人类MASH转录组数据	生物医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)	RNA测序（bulk和single-cell RNA sequencing）	NA	转录组数据	三种小鼠MASH模型（HFD、MCD和CDA-HFD）及人类MASH数据集
87	2025-06-09	mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data 2025-Aug-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004 PMID:40133780	研究论文	介绍了一个名为mitoXplorer 3.0的网页工具，用于在单细胞RNA测序数据中探索线粒体动态	mitoXplorer 3.0新增了针对单细胞测序数据的分析功能，包括生成仅包含线粒体相关基因的单细胞表达矩阵，以及基于线粒体基因的细胞亚群分析	未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度	探索线粒体在不同细胞类型及同一细胞类型内的动态变化	线粒体在单细胞水平上的功能和动态	生物信息学	脊髓小脑共济失调1型(SCA1)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括SCA1研究中的单细胞转录组数据
88	2025-06-09	TCREMP: A Bioinformatic Pipeline for Efficient Embedding of T-cell Receptor Sequences from Immune Repertoire and Single-cell Sequencing Data 2025-Aug-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205 PMID:40368275	研究论文	介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于从免疫库和单细胞测序数据中高效嵌入T细胞受体序列	开发了TCREMP流程，通过原型对TCR氨基酸序列进行数字化，为比较分析提供参考点，并有助于解码抗原特异性预测	NA	改进TCR测序数据的处理，并利用其追踪抗原特异性	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	序列数据	NA
89	2025-06-09	Delivery of Itgb1-siRNA by triptolide-modified and anti-Flt1 peptide-guided ionizable cationic LNPs for targeted therapy of corneal neovascularization 2025-Jul-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113811 PMID:40324532	研究论文	本研究开发了一种新型的离子化阳离子脂质纳米颗粒（icLNPs），用于递送Itgb1-siRNA，以靶向治疗角膜新生血管（CoNV）	通过结合抗Flt1肽引导和雷公藤甲素修饰，提高了icLNPs的靶向性和抗炎性能，有效抑制血管内皮细胞增殖和迁移	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型的非侵入性治疗方法，用于治疗角膜新生血管	角膜新生血管（CoNV）及其相关血管内皮细胞和周细胞	生物医学工程	眼科疾病	单细胞测序、siRNA递送技术	NA	NA	小鼠模型
90	2025-06-09	Intercellular communication after myocardial infarction: Macrophage as the centerpiece 2025-Jul, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102757 PMID:40320153	综述	本文综述了心肌梗死后巨噬细胞作为核心的细胞间通讯及其在损伤修复中的作用	总结了巨噬细胞亚群动态变化及以巨噬细胞为中心的细胞间通讯，提出了新的靶向治疗策略和免疫代谢调控潜力	NA	探讨心肌梗死后巨噬细胞在损伤修复中的核心作用及其治疗潜力	心肌梗死后巨噬细胞及其与其他心脏细胞的相互作用	心血管疾病	心肌梗死	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
91	2025-06-09	Single-cell transcriptomic analyses provide insights into the tumor microenvironment heterogeneity and invasion phenotype in retinoblastoma 2025-Jul, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156009 PMID:40378583	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜母细胞瘤（RB）肿瘤微环境（TME）的异质性及其与侵袭表型的关系	首次系统描绘了RB中TME的细胞亚群特征及细胞间通讯网络，并发现特定TME亚群（如MG1巨噬细胞和AC1星形胶质样细胞）与RB眼外侵袭的相关性	研究样本量有限，且机制研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证	探究视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其在肿瘤侵袭中的作用机制	视网膜母细胞瘤组织样本及其肿瘤微环境细胞	数字病理	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CellChat细胞通讯分析、Monocle拟时序分析、CIBERSORT免疫细胞浸润分析	NA	单细胞转录组数据、微阵列数据	未明确说明样本数量（包含侵袭性和非侵袭性RB样本）
92	2025-06-09	Crosstalk between kidney and bones: New perspective for modulating osteoporosis 2025-Jul, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102776 PMID:40389172	review	探讨肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调节作用	从分子生物学到临床视角综合分析肾脏与骨骼的相互作用，并提出新的体外模型和潜在治疗策略	NA	研究肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调节作用	肾脏、骨骼及其相互作用	NA	骨质疏松症	细胞共培养、器官芯片、单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
93	2025-06-09	stDGAC: A novel identifying spatial domains method via graph attention contrastive network for spatial transcriptomics data 2025-Jul, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110280 PMID:40403639	研究论文	提出了一种名为stDGAC的新方法，通过结合使用去噪自编码器和图注意力对比网络，更准确地识别空间转录组数据中的空间域	stDGAC方法首次联合使用去噪自编码器和图注意力对比网络，有效利用高维且噪声较多的空间转录组数据，提高了空间域识别的准确性	未提及具体的样本量或数据来源限制	开发一种更准确识别空间转录组数据中空间域的方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	去噪自编码器（denoising autoencoder）和图注意力对比网络（graph attention contrastive network）	空间转录组数据	NA
94	2025-06-09	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-Jul, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	本研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在靶点	结合深度学习驱动的QSAR建模、单细胞空间转录组学和ceRNA网络分析，首次提出TNFRSF10A作为胰腺癌治疗靶点，并通过虚拟筛选发现潜在药物	研究主要基于计算模型和体外实验，缺乏临床验证	探索胰腺导管腺癌(PDAC)的新型治疗靶点和药物	胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境	数字病理学	胰腺癌	多组学分析(基因组学、单细胞空间转录组学、蛋白质组学)、QSAR建模、分子动力学模拟	SELFormer(基于Transformer的深度学习模型)	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据	NA
95	2025-06-09	Integrating multi-omics data with artificial intelligence to decipher the role of tumor-infiltrating lymphocytes in tumor immunotherapy 2025-Jul, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156035 PMID:40435910	综述	本文综述了人工智能在评估肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的应用进展，包括自动化定量、亚群识别和空间分布模式分析	整合多组学数据与人工智能技术，探索TILs在肿瘤免疫治疗中的作用，并探讨AI与其他新兴技术（如单细胞测序、多重免疫荧光等）的结合	未提及具体AI模型的性能比较或临床验证结果	阐明TILs在各种癌症中的预后价值及其对免疫治疗和新辅助治疗反应的预测能力	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	癌症	单细胞测序、多重免疫荧光、空间转录组学	CNN	图像	NA
96	2025-06-09	Multi-omic analyses of the development of obesity-related depression linked to the gut microbe Anaerotruncus colihominis and its metabolite glutamate 2025-Jun-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.04.010 PMID:40274437	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了与肥胖相关抑郁症（OD）相关的肠道微生物Anaerotruncus colihominis及其代谢产物谷氨酸的作用机制	首次发现A. colihominis通过谷氨酸代谢影响肠道屏障功能和海马神经元亚型间的细胞通讯，从而加剧抑郁样行为	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究肥胖相关抑郁症的肠道微生物机制	肥胖相关抑郁症患者和健康个体的微生物及转录组特征，高脂饮食小鼠模型	微生物组学	肥胖相关抑郁症	粪便微生物移植（FMT）、单细胞RNA测序、工程菌验证	高脂饮食小鼠模型	微生物组数据、转录组数据、行为学数据	临床患者与健康对照样本（具体数量未说明）、高脂饮食小鼠模型
97	2025-06-09	Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify RNA-Metabolite Correlations 2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202502028 PMID:40216587	研究论文	提出了一种结合解吸电喷雾电离质谱成像（DESI-MSI）空间代谢组学和Visium空间转录组学的新方法，用于同一组织切片上的RNA-代谢物相关性研究	首次在同一组织切片上整合DESI-MSI和Visium空间转录组学技术，克服了传统相邻切片间变异性的问题	研究仅应用于人类乳腺癌和肺癌组织，尚未验证在其他癌症类型中的适用性	开发整合空间代谢组学和空间转录组学的方法，以更全面地理解生物问题	人类乳腺癌和肺癌组织	空间组学	乳腺癌, 肺癌	DESI-MSI, Visium空间转录组学	NA	质谱成像数据, 转录组数据	人类乳腺癌和肺癌组织样本（具体数量未提及）
98	2025-06-09	SERPINA1 is a new frontier in cancer immunotherapy and drug targeting by pan-cancer analysis 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02832-5 PMID:40483643	研究论文	本文通过泛癌分析探讨了SERPINA1在癌症免疫治疗和药物靶向中的新作用	揭示了SERPINA1作为自噬相关蛋白和丝氨酸蛋白酶抑制剂在癌症免疫治疗和靶向药物疗法中的潜在作用	研究主要基于数据库分析，需要进一步实验验证	探索SERPINA1在癌症免疫治疗和药物靶向中的潜在作用	SERPINA1基因及其在多种癌症中的表达和功能	癌症研究	多种癌症（包括乳腺癌和胶质瘤）	多组学数据库分析、单细胞测序	NA	mRNA和蛋白质表达数据、甲基化和突变数据	基于多组学数据库的多种癌症样本
99	2025-06-09	Establishment of M2 macrophage-related prognostic signature in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02838-z PMID:40483657	研究论文	本研究探索了M2巨噬细胞在胰腺导管腺癌(PDAC)中的潜在通讯和临床意义，并构建了与M2标志基因相关的预后特征	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析M2巨噬细胞的分化路径及其与恶性PDAC细胞的相互作用，并构建了基于M2标志基因的预后模型	研究结果尚属初步，未来需要通过体外/体内实验敲除这些特征基因或巨噬细胞中的配体-受体基因对来验证它们在巨噬细胞发育中的作用	探索M2巨噬细胞在PDAC微环境中的功能意义及其临床价值	胰腺导管腺癌(PDAC)中的M2巨噬细胞	肿瘤微环境	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, LASSO算法	预后模型	RNA测序数据	NA
100	2025-06-09	Glutamate transporter SLC1A6 promotes resistance to immunotherapy in cancer 2025-Jun-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04074-4 PMID:40481876	研究论文	本研究探讨了谷氨酸转运体SLC1A6在癌症免疫治疗耐药性中的作用及其机制	首次揭示了SLC1A6在膀胱癌和肺癌中对免疫检查点抑制剂耐药性的关键作用，并提出了靶向SLC1A6作为改善免疫治疗反应的潜在策略	研究主要基于膀胱癌和肺癌数据，其他癌症类型的普适性需要进一步验证	探究SLC1A6在癌症免疫治疗耐药性中的作用机制	膀胱癌和肺癌患者样本	肿瘤免疫学	膀胱癌, 肺癌	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光染色	体内肿瘤模型	转录组数据, 单细胞数据	膀胱癌和肺癌患者队列数据