单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-26	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶EZH2在记忆B细胞（MBC）形成和功能中的作用	揭示了EZH2在记忆B细胞分化和功能中的关键作用，特别是在流感感染模型中	EZH2敲除不完全，可能影响结果的解释	研究EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的作用	小鼠（Mus musculus）的记忆B细胞	免疫学	流感感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EZH2敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了EZH2敲除小鼠和野生型小鼠
82	2025-07-26	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-04, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4减少驱动的RAB7A泛素化如何破坏自噬体-溶酶体融合，从而加剧牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎发病机制中的关键作用，并提出了USP4上调作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本分析可能受到样本量和异质性的限制	阐明自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子病理学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序(ScRNA-seq)	NA	基因组数据、组织学数据、蛋白质组数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠(具体数量未明确说明)
83	2025-07-26	Individualized therapy guided by single-cell sequencing in anti-GABAAR encephalitis 2025-Mar-08, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-025-03300-y PMID:40057475	研究论文	本研究通过单细胞测序技术指导抗GABAAR脑炎的个体化治疗	首次在抗GABAAR脑炎患者中应用单细胞测序技术，并发现CD8 T细胞单克隆群和异常JAK-STAT信号通路在疾病中的作用	研究仅基于一个病例，样本量有限	探索抗GABAAR脑炎的发病机制并开发个体化治疗方案	一名难治性抗GABAAR脑炎患者及四名健康志愿者的外周血单核细胞和脑脊液细胞	数字病理学	脑炎	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	1名患者和4名健康志愿者的PBMCs及患者的脑脊液细胞
84	2025-07-26	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631842 PMID:39829792	研究论文	一项为期三年的纵向研究，探讨了多次COVID-19加强疫苗接种对T细胞和抗体反应的长期影响	首次全面分析了多次疫苗接种后T细胞反应的动态变化，揭示了无症状感染者的独特免疫特征	样本量相对较小（78人），且仅针对未报告有症状感染的接种者	了解重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名接种疫苗且未报告有症状感染的个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	78名接种疫苗的个体
85	2025-07-26	Reversal of inflammatory reprogramming by vasodilator agents in pulmonary hypertension 2025-Jan, ERJ open research IF:4.3Q1 DOI:10.1183/23120541.00486-2024 PMID:39811555	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了血管扩张剂对肺动脉高压（PAH）患者外周血单个核细胞（PBMCs）炎症反应的逆转作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了血管扩张剂治疗对PAH患者PBMCs炎症转录组和信号通路的逆转作用，并发现单核细胞中'代谢调节中的胰高血糖素信号'通路在治疗后发生逆转	样本量较小（对照组3例，治疗前PAH患者4例，PDE5i治疗组7例，PDE5i+macitentan治疗组6例），且仅观察了3个月的治疗效果	阐明血管扩张剂是否逆转PAH的炎症激活机制，并开发基于血液的诊断和预后工具	特发性PAH（iPAH）和系统性硬化相关PAH（sscPAH）患者及非PAH对照的外周血单个核细胞	单细胞组学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	对照组3例，治疗前PAH患者4例，PDE5i治疗组7例，PDE5i+macitentan治疗组6例
86	2025-07-26	Integrated Multi-Omics Profiling Identifies PDZ-Binding Kinase (PBK) as a Novel Prognostic Biomarker in Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S493907 PMID:40697330	研究论文	该研究通过整合多组学分析，鉴定出PDZ结合激酶（PBK）作为肝细胞癌（HCC）的新型预后生物标志物	首次发现PBK通过三种协同机制驱动HCC进展，并作为预后分层和免疫治疗抵抗预测的双功能生物标志物	研究主要基于TCGA-LIHC队列数据，需进一步临床样本验证	寻找肝细胞癌的新型免疫治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者肿瘤样本及Huh7细胞系	肿瘤基因组学	肝细胞癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、siRNA敲低	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	TCGA-LIHC队列样本及Huh7细胞系
87	2025-07-26	Integrated Transcriptomic Analysis Provided Diagnostic and Pathophysiological Insights for Epilepsy 2025, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/jimr/5925485 PMID:40697415	研究论文	通过整合转录组分析，为癫痫的诊断和病理生理学提供新见解	鉴定了与癫痫密切相关的四个关键基因（CD3D、CD3G、CTSW和JCHAIN），并构建了一个具有强区分能力的诊断模型	研究依赖于公开的转录组数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	揭示癫痫的病理生理学基础并改进潜在诊断和治疗策略	癫痫相关的差异表达基因（DEGs）和枢纽基因	生物信息学	癫痫	转录组分析、单细胞测序、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析	诊断模型	基因表达数据	两个癫痫数据集（GSE143272和GSE32534）及单细胞测序数据（GSE201048）
88	2025-07-26	Mechanistic Insights into Shenzhuo Formula for Diabetic Retinopathy: Integrating UPLC-Q-TOF-MS/MS, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing Data, and Experimental Validation 2025, Drug design, development and therapy DOI:10.2147/DDDT.S505055 PMID:40698062	研究论文	本研究通过整合UPLC-Q-TOF-MS/MS、网络药理学、单细胞RNA测序数据和实验验证，探讨了参竹配方(SZF)在糖尿病视网膜病变(DR)治疗中的潜在机制	首次结合多种先进技术手段全面解析SZF的作用机制，并发现HIF-1α-VEGFA信号通路可能是其核心作用靶点	需要进一步的实验验证来确认这些机制	开发更安全有效的早期糖尿病视网膜病变治疗策略	糖尿病视网膜病变(DR)	生物医学研究	糖尿病视网膜病变	UPLC-Q-TOF-MS/MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接	Db/db小鼠模型	质谱数据, 测序数据, 影像数据	Db/db小鼠(未明确数量)和GSE245561数据集中的临床样本
89	2025-07-26	Mapping the immunological landscape and emerging immunotherapeutic strategies in cervical cancer: a comprehensive review 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1620501 PMID:40708940	综述	本文全面回顾了宫颈癌的免疫学景观及新兴免疫治疗策略	整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和多路成像等先进技术来理解免疫异质性并发现新治疗靶点	缺乏可靠的生物标志物来预测哪些患者能从免疫治疗中获益，且患者间免疫景观的异质性增加了复杂性	开发针对宫颈癌的有效、个性化免疫治疗策略	宫颈癌的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多路成像	NA	NA	NA
90	2025-07-26	Gut-tropic α4β7+CD8+ T cells contribute to pancreatic β cell destruction in type 1 diabetes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1623428 PMID:40709181	研究论文	本文探讨了肠道趋向性α4β7+CD8+ T细胞在1型糖尿病中对胰腺β细胞的破坏作用	揭示了肠道趋向性CD8+ T细胞在1型糖尿病发病机制中的新作用，并发现整合素α4β7是其致病性的关键介质	研究样本量相对较小，且主要基于观察性数据，需要进一步实验验证	阐明非特异性T细胞向胰岛迁移的机制及其在1型糖尿病中的潜在致病作用	1型糖尿病患者、健康对照者及NOD小鼠	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、相关性分析、细胞因子分析	NA	临床数据、单细胞RNA测序数据	99名1型糖尿病患者、57名健康对照者、10名1型糖尿病供体、11名自身抗体阳性供体、15名非糖尿病对照及NOD小鼠
91	2025-07-26	Elucidating ferroptosis mechanisms in heart failure through transcriptomics, single-cell sequencing, and experimental validation 2024-12, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111416 PMID:39293745	研究论文	本研究通过转录组学、单细胞测序和实验验证，阐明了铁死亡在心力衰竭中的机制	识别并验证了在心力衰竭中表现出差异表达的与铁死亡相关的基因，特别是SLC39A14和QSOX1，为心力衰竭的靶向治疗提供了新见解	研究结果需要进一步的实验验证以确认这些基因在心力衰竭中的具体作用机制	阐明铁死亡在心力衰竭中的机制	心力衰竭数据集、心力衰竭细胞和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	转录组学、单细胞测序、LASSO回归、SVM-RFE机器学习技术	LASSO回归、SVM-RFE	基因表达数据	127个差异表达的与铁死亡相关的基因（DFRGs），包括83个下调基因和44个上调基因
92	2025-07-26	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了来自74名捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞的异质性及其在不同神经系统疾病中的特异性亚群	发现了小胶质细胞在氧化代谢和杂环代谢之间的核心分化，并鉴定了与抗原呈递、运动性和增殖相关的亚群，同时验证了诱导多能干细胞模型系统能够捕捉体内异质性	研究样本来自已故捐赠者，可能无法完全反映活体小胶质细胞的动态变化	探索人类小胶质细胞的异质性及其在神经系统疾病中的作用，以促进靶向治疗的发展	人类小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNAscope-免疫荧光, MERFISH	NA	单细胞转录组数据, 图像数据	215,680个小胶质细胞来自74名捐赠者
93	2025-07-26	Identification of transcriptional signature change and critical transcription factors involved during the differentiation of mouse trophoblast stem cell into maternal blood vessel associated trophoblast giant cell 2024-11, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111359 PMID:39179089	研究论文	本研究通过RNA测序技术，探索了小鼠滋养层干细胞分化为母体血管相关滋养层巨细胞的转录特征变化及关键转录因子	首次比较了体外分化的滋养层巨细胞与体内不同亚型的转录组特征，并鉴定了ZMAT1、EGR1和MITF等关键转录因子在分化过程中的作用	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索滋养层干细胞分化的分子机制及其与胎盘功能的关系	小鼠滋养层干细胞及其分化产物滋养层巨细胞	发育生物学	胎盘功能异常相关疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
94	2025-07-26	A prognostic biomarker of disulfidptosis constructed by machine learning framework model as potential reporters of pancreatic adenocarcinoma 2024-11, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111371 PMID:39209222	研究论文	本研究通过机器学习框架模型构建了一种预测胰腺腺癌（PAAD）预后的生物标志物，探索了双硫死亡（disulfidptosis）与PAAD的关联及其在免疫浸润和药物敏感性中的作用	首次在PAAD中系统研究了双硫死亡的遗传和机制层面，并构建了基于双硫死亡的预后模型，同时验证了基因MET在双硫死亡中的关键作用	样本量较小（仅16个PAAD样本），且研究结果需要更大规模的临床验证	探索双硫死亡在PAAD中的作用机制及其作为预后标志物的潜力	胰腺腺癌（PAAD）患者样本和PAAD细胞系	机器学习	胰腺癌	scRNA-seq, LASSO回归, WGCNA	LASSO回归模型	单细胞RNA测序数据	16个PAAD样本（来自GSE154778数据集）和TCGA-PAAD数据库数据
95	2025-07-26	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619910 PMID:39554174	研究论文	本研究探讨了细胞因子混合物对人类THP-1巨噬细胞重编程的能力，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型	首次使用IL4、CSF1/MCSF、IL34和TGFβ等细胞因子混合物诱导人类巨噬细胞向疾病相关状态重编程，模拟了疾病相关小胶质细胞（DAM）和脂质相关巨噬细胞（LAM）的转录状态	研究仅在体外THP-1巨噬细胞系中进行，未在体内或原代细胞中验证	探索巨噬细胞在神经退行性疾病中的作用及其治疗潜力	人类THP-1巨噬细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	体外培养的THP-1巨噬细胞系
96	2025-07-26	Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.612147 PMID:39314271	研究论文	利用原代人呼吸道上皮细胞（hAECs）模拟肺部环境，研究两种临床重要真菌病原体的细胞特异性反应	首次报道了对感染曲霉和球孢子菌的hAECs进行单细胞转录分析，提供了关键的疾病机制数据集	动物模型不能完全模拟人类疾病，研究依赖于体外模型	研究呼吸系统真菌感染的早期发病机制	原代人呼吸道上皮细胞（hAECs）	单细胞分析	呼吸系统真菌感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
97	2025-07-26	Multi-omics integration reveals the oncogenic role of eccDNAs in diffuse large B-cell lymphoma through STING signalling 2024-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1815 PMID:39183480	研究论文	该研究通过多组学整合揭示了eccDNAs通过STING信号通路在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的致癌作用	首次报道了eccDNAs在DLBCL中的表达谱及其通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路的机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步开展	探究eccDNAs在DLBCL发生发展中的作用机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)及其相关分子机制	肿瘤分子生物学	淋巴瘤	circular DNA测序(circle-seq)、原子力显微镜、CCK-8、scRNA-seq	动物模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及GEO数据库分析和动物实验
98	2025-07-26	Generating Neuroimmune Assembloids Using Human Induced Pluripotent Stem Cell (iPSC)-Derived Cortical Organoids and Microglia 2024-Jul-09, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2024_554 PMID:38976205	research paper	本文提出了一种使用人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官和小胶质细胞生成神经免疫组装体的新方法	创新点在于将小胶质细胞整合到皮质类器官中，确保其长期存活和成熟，为研究神经细胞类型与免疫细胞在神经系统疾病中的相互作用提供了新工具	传统类器官协议常忽视小胶质细胞的作用，而本文方法弥补了这一不足，但未提及可能的技术挑战或局限性	研究目的是开发一种能够模拟神经发育和神经系统疾病的体外模型系统	研究对象是人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官和小胶质细胞	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色	神经免疫组装体	RNA-seq数据、图像数据	NA
99	2025-07-26	Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.599011 PMID:38948840	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和表观遗传图谱，揭示了年龄相关的基因调控程序差异及其与表型和功能的关系	发现了从发育早期就随年龄分化的基因模块，揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育中具有更开放的染色质状态，并利用CRISPR扰动方法结合单细胞RNA测序发现了一个保守的转录调节因子	研究仅限于小鼠模型，人类T细胞发育的年龄相关差异仍需进一步验证	探究T细胞发育过程中年龄相关的基因调控程序差异	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR扰动	NA	转录组数据, 表观遗传数据	新生和成年小鼠的T细胞样本
100	2025-07-26	High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation 2024-Apr, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01815-7 PMID:37291427	research paper	介绍了一种名为MAS-ISO-seq的高通量RNA异构体测序技术，通过编程方式连接cDNA以提高长读长测序的通量	提出了一种新的技术MAS-ISO-seq，能够将cDNA编程连接成适合长读长测序的分子，使通量提高了15倍以上	未提及具体的技术限制或潜在问题	提高RNA异构体测序的通量，以更高效地捕获完整的转录异构体	肿瘤浸润T细胞的单细胞RNA测序	基因组学	肿瘤	MAS-ISO-seq, 长读长测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量，但提到每个测序运行可产生近4000万cDNA读长