单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-10-02	Perturb-seq reveals distinct responses to pluripotency regulator dosages underlying the control of self-renewal and differentiation 2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.07.669196 PMID:41031011	研究论文	通过Perturb-seq技术研究转录因子剂量对人类胚胎干细胞自我更新和分化的调控机制	首次系统性地定量分析关键转录因子剂量梯度对细胞表型的影响，发现谱系特异性基因的非单调响应模式	研究仅限于人类胚胎干细胞模型，未在其他细胞类型中验证	探究转录因子表达水平梯度如何调控细胞身份维持和分化命运	人类胚胎干细胞	单细胞基因组学	NA	CRISPR干扰、单细胞RNA测序、Perturb-seq	定量建模	单细胞转录组数据	人类胚胎干细胞在不同转录因子剂量梯度下的单细胞样本
82	2025-10-02	Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.21.660851 PMID:40667360	研究论文	通过整合多重循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学技术，揭示早期皮肤黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭的空间决定因素	首次在早期黑色素瘤中系统分析肿瘤细胞可塑性和空间异质性，发现微环境特征对肿瘤异质性的影响	早期疾病的空间分析仍然有限，样本量相对较小	揭示黑色素瘤早期发展过程中肿瘤细胞去分化和可塑性的空间决定机制	原发性皮肤黑色素瘤早期阶段肿瘤组织	数字病理学	黑色素瘤	多重循环免疫荧光成像(CyCIF)、空间转录组学、常规组织学	NA	图像、空间转录组数据	多个原发性癌症样本，包含100-300个细胞的微区域分析
83	2025-10-02	Deep learning inference of cell type-specific gene expression from breast tumor histopathology 2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.04.652089 PMID:41030996	研究论文	开发了一种直接从乳腺癌组织病理学全切片图像推断细胞类型特异性基因表达的深度学习工具	首次实现直接从常规组织病理学图像预测细胞类型特异性基因表达，无需进行RNA测序	在TCGA乳腺癌队列上训练，需要在其他癌症类型中进一步验证	开发低成本、快速的细胞类型特异性基因表达推断方法	乳腺癌肿瘤组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	深度学习	图像	TCGA乳腺癌队列和160例独立队列
84	2025-10-02	Niche Macrophages Recycle Iron to Tumor Cells and Foster Erythroblast Mimicry to Promote Bone Metastasis and Anemia 2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.23.650120 PMID:41031013	研究论文	本研究揭示了骨转移微环境中巨噬细胞通过铁循环促进肿瘤生长并导致贫血的新机制	首次发现VCAM1+CD163+CCR3+巨噬细胞在骨转移微环境中被肿瘤细胞劫持用于铁获取，并发现肿瘤细胞通过GATA1调控产生血红蛋白的类红细胞拟态现象	NA	探究骨转移与贫血之间的机制联系及肿瘤细胞在骨髓微环境中的适应策略	骨髓微环境中的巨噬细胞、肿瘤细胞和红细胞前体细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌骨转移	生态位标记、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
85	2025-10-02	The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion 2025-Apr-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6248794/v1 PMID:40321776	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现转录因子HHEX在肾上腺糖皮质激素生成细胞中高度富集，并揭示其在维持糖皮质激素水平和保护肾上腺免受雄激素诱导脂质耗竭中的关键作用	首次发现HHEX是雄激素受体靶基因，在青春期抑制雌性转录程序并维持肾上腺皮质胆固醇酯含量，保护脂滴免受雄激素诱导的自噬降解	研究主要基于小鼠模型，在雄性动物中观察到糖皮质激素不足的表型	探究维持肾上腺皮质细胞差异反应性的分子机制	小鼠肾上腺皮质糖皮质激素生成细胞	分子生物学	肾上腺功能障碍	scRNA-seq，遗传小鼠模型	NA	基因表达数据	使用报告基因小鼠进行单细胞RNA测序分析
86	2025-10-02	Single-cell multi-omics analysis reveals the mechanism of action of a novel antioxidant polyphenol nanoparticle loaded with STAT3 agonist in mediating cardiomyocyte ferroptosis to ameliorate age-related heart failure 2025-Mar-29, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03317-x PMID:40158134	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析开发了一种装载STAT3激动剂的抗氧化多酚纳米颗粒(PN@Col)，用于改善年龄相关性心力衰竭	首次结合单细胞多组学分析和纳米技术，开发新型STAT3激动剂纳米颗粒靶向心肌细胞铁死亡机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探索新型纳米颗粒疗法对年龄相关性心力衰竭的治疗机制	心肌细胞和老年心力衰竭小鼠模型	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、AUCell分析、体外细胞实验	NA	基因表达数据、实验数据	基于GEO数据库分析和老年心力衰竭小鼠模型
87	2025-10-02	Chronic inflammation deters natural killer cell fitness and cytotoxicity in myeloid leukemia 2025-Feb-25, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014592 PMID:39571169	研究论文	本研究探讨慢性炎症如何通过TNFα信号通路损害自然杀伤细胞在髓系白血病中的功能	首次在CML小鼠模型中揭示TNFα诱导的炎症信号通过上调Cish等检查点基因抑制NK细胞功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩大	阐明髓系白血病微环境中NK细胞功能受损的机制	CML小鼠模型、健康供体NK细胞、CML患者血浆和NK细胞	肿瘤免疫学	髓系白血病	单细胞RNA测序、体外功能实验	嵌合BCR::ABL1+ CML小鼠模型	基因表达数据、功能实验数据	CML小鼠模型、健康供体NK细胞、未治疗CML患者血浆和新诊断患者NK细胞
88	2025-10-02	Identifying differentiation markers between dermal fibroblasts and adipose-derived mesenchymal stromal cells (AD-MSCs) in human visceral and subcutaneous tissues using single-cell transcriptomics 2025-Feb-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04185-w PMID:39934849	研究论文	通过单细胞转录组学鉴定人类内脏和皮下组织中脂肪来源间充质基质细胞与真皮成纤维细胞的分化标志物	首次使用单细胞RNA测序技术从同一供体的不同组织中比较AD-MSCs和成纤维细胞，以高分辨率揭示细胞类型特异性标志物	样本来源仅限于人类特定组织类型，需要进一步验证在其他物种或组织中的适用性	识别能够区分脂肪来源间充质基质细胞和成纤维细胞的分子标志物	人类皮下和内脏脂肪组织来源的AD-MSCs以及皮肤成纤维细胞	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、定量PCR	NA	基因表达数据	来自同一供体的多种组织样本（具体数量未明确说明）
89	2025-01-23	Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics 2025-Jan-22, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000632 PMID:39836482	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
90	2025-10-02	Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101881 PMID:39730001	研究论文	本研究探讨了帕立骨化醇和羟氯喹联合治疗增强胰腺导管腺癌化疗效果的分子机制	首次系统阐明帕立骨化醇和羟氯喹联合治疗通过调节自噬和内质网应激通路增强吉西他滨对胰腺癌的疗效	研究样本量有限，需要更大规模的临床试验验证	阐明帕立骨化醇和羟氯喹联合治疗的分子机制及其在胰腺癌化疗增敏中的作用	胰腺导管腺癌细胞系、原位小鼠模型、患者来源的异种移植模型	肿瘤治疗学	胰腺癌	蛋白质组学分析、单细胞RNA测序	NA	分子生物学数据、测序数据、临床样本数据	体外实验、小鼠模型和患者来源异种移植模型，包含临床试验配对活检样本
91	2025-10-02	Integrative Analysis of TLS-Associated Gene Signatures, Immune Infiltration and Drug Sensitivity in Pancreatic Cancer 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70038 PMID:41016829	研究论文	本研究通过整合分析胰腺癌中三级淋巴结构相关基因特征、免疫浸润和药物敏感性，开发个性化治疗策略	首次系统鉴定9个TLS相关基因并建立TLS评分系统，结合TMB改善生存预测，发现TLS_H组对多种化疗药物敏感性增强	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于Mia PaCa2和Jurkat细胞系，需要更多临床样本验证	开发胰腺癌个性化化疗选择策略，改善临床疗效	胰腺腺癌患者和细胞系	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序、实时荧光定量PCR	NA	基因表达数据、临床数据	未明确具体样本数量，包含胰腺癌患者数据和Mia PaCa2、Jurkat细胞系
92	2025-10-02	Function value of basement membrane-related genes in odontogenic keratocyst by bioinformatics analysis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1658125 PMID:41018070	研究论文	通过生物信息学分析基底膜相关基因在牙源性角化囊肿中的功能价值	首次将基底膜相关基因与牙源性角化囊肿发病机制联系起来，并确定SPARC为关键枢纽基因	样本量较小（12个OKC和4个正常样本），需要更大规模研究验证	探讨基底膜相关基因在牙源性角化囊肿发病机制中的作用	牙源性角化囊肿组织和正常口腔黏膜组织	生物信息学	牙源性角化囊肿	转录组分析，单细胞RNA测序，免疫组织化学，免疫荧光	NA	基因表达数据，单细胞测序数据，免疫染色数据	12个非综合征性OKC样本和4个正常口腔黏膜样本
93	2025-10-02	GADD45G as a novel prognostic biomarker and therapeutic target in glioma: integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1608710 PMID:41018072	研究论文	通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，研究GADD45G在胶质瘤中的预后价值及其作为治疗靶点的潜力	首次在胶质瘤中系统研究GADD45G的预后价值，并通过单细胞RNA测序揭示其在胶质母细胞瘤细胞亚群中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限	探索GADD45G在胶质瘤中的预后价值和治疗潜力	胶质瘤患者样本和细胞系	生物信息学	胶质瘤	RNA测序（bulk和单细胞RNA-seq）、Western blot	Cox回归模型、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自TCGA、TARGET、GTEx、CGGA和GEO（GSE108476、GSE103224、GSE138794、GSE173278）等多个数据库的胶质瘤样本
94	2025-10-02	Single-cell RNA profiling of colorectal granular-type laterally spreading tumor uncovers progression trajectory toward carcinoma and transcriptional signatures favoring lateral morphogenesis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1552841 PMID:41018078	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤的转录特征及其向癌进展的轨迹	首次在单细胞水平揭示LST-G的化生分化特征及其与肿瘤进展的关联，发现Arp2/3复合物在细胞迁移中的关键作用	未明确说明样本数量和研究队列的详细信息	阐明结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤的形态发生机制和向癌进展的演化轨迹	结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤、隆起型腺瘤和正常黏膜组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
95	2025-10-02	Predicting the prognosis of hepatocellular carcinoma based on genes related to polyamine metabolism 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19985 PMID:41018906	研究论文	本研究基于多胺代谢相关基因构建肝细胞癌预后预测模型	首次基于多胺代谢相关基因对肝细胞癌进行分子分型，并鉴定出G6PD、ADH4、S100A9、AKR1B15四个关键生物标志物	研究主要基于公共数据库数据，需要更多临床样本验证	探索多胺代谢相关基因在肝细胞癌预后预测中的临床意义	肝细胞癌患者和HuH-7细胞系	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq、scRNA-seq、CCK8、伤口愈合实验、Transwell实验	Cox回归模型、Lasso回归模型、列线图	基因表达数据、单细胞数据	公共数据库中的肝细胞癌样本和HuH-7细胞系
96	2025-10-02	Characterization of cancer-related fibroblasts in bladder cancer and construction of CAFs-based bladder cancer classification: insights from single-cell and multi-omics analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1580986 PMID:41019085	研究论文	通过单细胞和多组学分析表征膀胱癌中癌症相关成纤维细胞并构建基于CAFs的膀胱癌分型	首次在膀胱癌中系统鉴定10种不同的CAF亚群，并建立基于pCAFs的四种膀胱癌分子分型，揭示各亚型的免疫特征和临床预后差异	样本量有限，部分亚型患者数量较少，需要更大规模验证	探索膀胱癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在膀胱癌发展和治疗抵抗中的作用	膀胱癌患者组织样本中的癌症相关成纤维细胞	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、机器学习算法	机器学习算法	基因表达数据	NA
97	2025-10-02	PLK2 as a key regulator of glycolysis and immune dysregulation in polycystic ovary syndrome 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610713 PMID:41019094	研究论文	本研究揭示了PLK2作为多囊卵巢综合征中糖酵解和免疫失调的关键调控因子	首次通过单细胞测序发现卵巢基质内皮细胞在PCOS中具有最高糖酵解活性，并鉴定PLK2为内皮细胞糖酵解的核心调控基因	研究主要基于动物模型和生物信息学分析，需要进一步临床验证	探讨PCOS中卵巢基质细胞糖酵解失调的分子机制	多囊卵巢综合征患者和DHEA诱导的PCOS大鼠模型	生物信息学	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	三个独立的批量RNA-seq数据集和DHEA诱导的PCOS大鼠模型
98	2025-10-02	A splicing-based multitissue association study of joint transcriptomes identified susceptibility genes for osteoarthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590008 PMID:41019096	研究论文	本研究通过跨组织和单组织转录组关联分析结合单细胞测序技术，鉴定出骨关节炎的关键易感基因LTBP1	首次整合跨组织与单组织TWAS分析及单细胞测序数据，系统揭示LTBP1基因在骨关节炎中的调控机制	未明确说明样本规模及具体验证实验设计	探索骨关节炎的遗传基础并鉴定关键易感基因	骨关节炎相关基因和细胞亚型	生物信息学	骨关节炎	转录组关联分析(TWAS)、单细胞测序、UTMOST、FUSION、MAGMA方法	NA	基因表达数据、GWAS数据、单细胞测序数据	NA
99	2025-10-02	Spatial and single-cell transcriptomics capture two distinct cell states in soybean defense response to Phakopsora pachyrhizi infection 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1637176 PMID:41019740	研究论文	本研究通过空间和单细胞转录组技术揭示大豆对锈病感染的两种不同细胞状态及其空间分布模式	首次结合空间转录组和单核转录组技术揭示植物免疫反应的空间协调性，发现感染区周边区域存在细胞非自主防御反应	仅针对大豆-锈病互作系统，未验证其他植物-病原体系统	解析植物对病原体感染的免疫反应空间协调机制	大豆植株及其对亚洲大豆锈病的防御反应	植物病理学	植物病害	空间转录组、单核RNA-seq、基因共表达网络分析	NA	转录组数据	未明确样本数量
100	2025-10-02	Dissecting and validation the biomarker of heart failure progression in patients with atherosclerosis by single-cell sequencing, bioinformatics, and machine learning 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1587274 PMID:41019764	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习方法识别了从动脉粥样硬化向心力衰竭进展的早期生物标志物CD48	首次通过整合单细胞测序、转录组数据和多种机器学习算法系统筛选动脉粥样硬化向心力衰竭进展的生物标志物	研究基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证CD48的生物学机制	识别动脉粥样硬化向心力衰竭进展的早期生物标志物并探索潜在机制	动脉粥样硬化患者和心力衰竭患者	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组测序、WGCNA、差异表达基因分析	LASSO、随机森林、SVM-RFE	基因表达数据	使用多个GEO数据集(GSE28829、GSE57345、GSE53274、GSE5406、GSE59867)和人类细胞图谱平台数据