单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-04-29	Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors 2025-Apr-11, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316 PMID:40222423	综述	本文总结了乳腺癌患者样本和小鼠模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最新研究，重点关注通过单细胞RNA测序鉴定的CAF亚型及其对癌症预后的预测价值	揭示了Snail1在CAFs中的表达与恶性肿瘤的关联，并提出了一个未描述的与Snail1相关的基因特征，具有乳腺癌和其他实体瘤的预后潜力	主要基于患者样本和小鼠模型的研究，可能不完全反映人类肿瘤的复杂性	探讨CAFs在肿瘤进展中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	乳腺癌患者样本和小鼠模型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
82	2025-04-29	SIRPα + CD209 + cell: a specialized antigen-presenting cell that contributes to anti-SIRPα/RT therapy in colorectal cancer 2025-Apr-10, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04025-z PMID:40208335	研究论文	本研究探讨了SIRPα + CD209 + 细胞在结直肠癌免疫调节中的作用及其与放疗的潜在协同效应	发现SIRPα + CD209 + 细胞是一种特殊的抗原呈递细胞，在结直肠癌中具有免疫调节作用，并与放疗有协同效应	研究主要基于单细胞测序和体外实验，需要更多体内实验和临床验证	探索结直肠癌中抗原呈递细胞的作用及其与放疗的协同效应	结直肠癌患者肿瘤微环境中的SIRPα + CD209 + 细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明患者数量，但包括治疗前后肿瘤微环境和外周血样本
83	2025-04-29	distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647121 PMID:40291679	research paper	该研究提出了一种名为distQTL的新方法，利用群体规模的单细胞RNA测序数据识别分布定量性状位点（distQTLs）	利用Fréchet回归方法，将完整的经验分布作为响应对象，而非简单的均值统计量，从而更精细地解析转录调控	NA	研究遗传变异如何影响基因表达，特别是在单细胞水平上的调控异质性	外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Fréchet回归	单细胞RNA测序数据	来自982名捐赠者的外周血单个核细胞
84	2025-04-29	Tff2 marks gastric corpus progenitors that give rise to pyloric metaplasia/SPEM following injury 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.09.647847 PMID:40291734	research paper	该研究揭示了Tff2标记的胃体祖细胞在损伤后产生幽门化生/SPEM的机制	发现Tff2+祖细胞而非主细胞是SPEM的主要来源，并揭示Kras突变使这些祖细胞直接进展为不典型增生	研究主要基于小鼠模型，人类组织样本验证有限	探究胃体祖细胞在幽门化生和胃癌发生中的作用	Tff2+胃体祖细胞和主细胞	分子生物学	胃癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	Tff2-CreERT敲入小鼠模型	基因表达数据、组织学数据	小鼠模型和人类组织样本（具体数量未明确说明）
85	2025-04-29	Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.02.621562 PMID:40291654	研究论文	探讨人类基因组中高度多态性的串联重复序列（TRs）对血液细胞类型特异性基因表达的影响	首次大规模分析超过170万个多态性TR位点对血液细胞类型特异性基因表达的影响，并识别出62,000多个单细胞表达数量性状TR位点（sc-eTRs）	研究主要基于血液来源的细胞，可能无法完全代表其他组织或细胞类型的TR影响	理解串联重复序列在细胞类型特异性基因表达中的作用及其与免疫介导和血液学特征的关联	人类基因组中的串联重复序列及其对基因表达的调控	基因组学	免疫介导疾病和血液学特征	全基因组测序和单细胞RNA测序	NA	基因组和转录组数据	1,925名个体的超过540万个血液来源细胞
86	2025-04-29	Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647286 PMID:40291684	研究论文	本研究揭示了黏膜组织NK细胞在阴道组织中的独特功能，即在抗病原体活性和组织保护之间进行平衡	发现了阴道组织中NK细胞的独特特征，包括减少的效应表型和增加的与组织驻留及免疫调节相关的因子，以及在稳态和炎症状态下的不同反应能力	研究主要基于人类阴道组织和小鼠模型，可能不适用于其他黏膜组织	探究黏膜组织NK细胞在抗病原体活性和组织保护之间的平衡机制	人类阴道组织和小鼠模型中的NK细胞	免疫学	HSV-2感染	scRNA-seq和高参数流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	人类阴道组织和小鼠模型样本
87	2025-04-29	Integration of Microarray and Single-Cell RNA-Seq Data and Machine Learning Allows the Identification of Key Histone Modification Gene Changes in Spermatogonial Stem Cells 2025-Apr-08, Biology DOI:10.3390/biology14040387 PMID:40282252	研究论文	通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法，识别了精原干细胞中关键的组蛋白修饰基因变化	首次整合微阵列和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法，识别了与精原干细胞功能和衰老相关的关键组蛋白修饰基因变化	研究主要基于基因表达数据，缺乏对组蛋白修饰功能验证的实验数据	探索精原干细胞中组蛋白修饰基因的变化及其在男性生育力维持中的作用	精原干细胞(SSCs)和成纤维细胞	生物信息学	男性不育	微阵列、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、WGCNA、PPI网络分析	机器学习	基因表达数据	2509个差异表达基因(DEGs)
88	2025-04-29	High-resolution reconstruction of cell-type specific transcriptional regulatory processes from bulk sequencing samples 2025-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.02.646189 PMID:40291712	研究论文	介绍了一种名为DeepDETAILS的新型准监督框架，用于从批量测序样本中高分辨率重建细胞类型特异的转录调控过程	DeepDETAILS能够利用scATAC-seq参考库对其他批量数据集进行跨模态反卷积，实现了基对精度的细胞类型特异性基因组信号重建	NA	解决从批量基因组学数据中实现单细胞分辨率的技术挑战，以解析细胞类型特异的调控过程	人类39种不同组织和86种不同细胞类型	基因组学	原发性硬化性胆管炎(PSC)	scRNA-seq, scATAC-seq, PRO-cap, PRO-seq, ChIP-seq	深度学习	基因组测序数据	39种人类组织和86种细胞类型
89	2025-04-29	Advances in Microfluidic Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics 2025-Apr-02, Micromachines IF:3.0Q2 DOI:10.3390/mi16040426 PMID:40283301	综述	本文综述了微流控技术在单细胞RNA测序和空间转录组学领域的进展及其在多组学中的应用	强调了微流控技术在单细胞和空间多组学中的整合与改进，为组织基因表达谱的分子特征提供了新见解	讨论了微流控方法的相对优势和局限性，但未具体说明技术细节或实验验证	探讨微流控技术在单细胞和空间多组学领域的应用及其在发育、神经科学和疾病机制中的贡献	单细胞和空间多组学技术，特别是微流控芯片的应用	生物技术	NA	微流控技术，单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	分子特征数据，基因表达谱	NA
90	2025-04-29	Elucidating the Role of Trem2 in Lipid Metabolism and Neuroinflammation 2025-Apr, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70338 PMID:40205810	研究论文	本研究探讨了Trem2在阿尔茨海默病（AD）中脂质代谢和神经炎症中的作用	首次整合单细胞RNA测序、转录组学和高通量代谢组学分析Trem2在星形胶质细胞中的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类AD中的直接相关性需要进一步验证	阐明Trem2在AD中调控脂质代谢和神经炎症的分子机制	AD小鼠模型中的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, 转录组学, 高通量代谢组学	AD小鼠模型	基因表达数据, 代谢组数据	未明确说明样本数量
91	2025-04-29	Microglia-Derived IL-6 Promotes Müller Glia Reprogramming and Proliferation in Zebrafish Retina Regeneration 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.67 PMID:40266594	研究论文	本研究探讨了斑马鱼视网膜再生中微胶质细胞衍生的IL-6在Müller胶质细胞重编程和增殖中的作用	揭示了IL-6通过Jak1-Stat3信号通路促进Müller胶质细胞状态转变和增殖的新机制	研究结果主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性尚需验证	探索斑马鱼视网膜再生中Stat3激活因子IL-6的表达和功能	斑马鱼视网膜中的微胶质细胞和Müller胶质细胞	神经再生	视网膜损伤	单细胞RNA测序(scRNAseq)、PCR、EdU标记、谱系追踪和免疫染色	斑马鱼模型	基因表达数据、细胞增殖数据	使用mpeg1:nsfb-mcherry转基因斑马鱼进行微胶质细胞消融实验
92	2025-04-29	Emerging targets for advancing endometrial therapeutics 2025-Apr, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104785 PMID:40287196	review	本文综述了子宫内膜研究的最新靶点及其在妇科病理学中的作用	介绍了单细胞RNA测序、空间转录组学、微生物组、类器官模型等新兴技术和方法在子宫内膜研究中的应用	未提及具体研究数据的局限性和样本量的不足	促进子宫内膜治疗的研究进展	子宫内膜及其在妇科病理学中的作用	妇科病理学	子宫内膜/子宫疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微生物组分析, 类器官模型	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 微生物组数据	NA
93	2025-04-29	Machine learning analysis of FOSL2 and RHoBTB1 as central immunological regulators in knee osteoarthritis synovium 2025-Apr, The Journal of international medical research IF:1.4Q4 DOI:10.1177/03000605251333646 PMID:40287984	研究论文	通过机器学习分析FOSL2和RHoBTB1作为膝关节骨关节炎滑膜中的核心免疫调节因子	使用多种机器学习算法识别关键基因，并通过外部数据集和动物模型验证，揭示了这些基因与免疫细胞浸润水平的关联	需要进一步的研究和验证以确认这些基因在膝关节骨关节炎中的确切作用和治疗潜力	理解膝关节骨关节炎的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	膝关节骨关节炎滑膜组织	机器学习	膝关节骨关节炎	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	GSE55235和GSE51588数据集，膝关节骨关节炎小鼠模型
94	2025-04-29	Targeting Hepatic Stellate Cells for the Prevention and Treatment of Liver Cirrhosis and Hepatocellular Carcinoma: Strategies and Clinical Translation 2025-Mar-31, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18040507 PMID:40283943	研究论文	本文探讨了靶向肝星状细胞（HSC）在预防和治疗肝硬化及肝细胞癌（HCC）中的策略及其临床转化	利用HSC特异性表面标记物和受体进行靶向治疗，以及单细胞测序和空间转录组学等新技术在识别新靶点中的应用	未提及具体临床试验结果或治疗效果的具体数据	研究肝星状细胞在肝纤维化和肝细胞癌发病机制中的作用，并探索靶向治疗策略	肝星状细胞（HSC）、肝纤维化、肝硬化、肝细胞癌（HCC）	NA	肝细胞癌、肝硬化	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
95	2025-04-29	A Single-Cell Transcriptome Atlas of Epithelial Subpopulations in HPV-Positive and HPV-Negative Head and Neck Cancers 2025-Mar-24, Viruses DOI:10.3390/v17040461 PMID:40284904	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了HPV阳性和HPV阴性头颈癌中的上皮亚群转录组图谱	首次利用单细胞RNA测序技术系统比较HPV阳性和HPV阴性头颈癌中上皮细胞亚群的差异，并鉴定新的生物标志物	研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，未进行实验验证	优化头颈鳞状细胞癌的治疗方案，减少治疗毒性	HPV阳性和HPV阴性头颈鳞状细胞癌的上皮细胞亚群	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	已发表的HPV+和HPV-头颈鳞癌单细胞RNA测序数据集
96	2025-04-29	Enhancer RNA in cancer: identification, expression, resources, relationship with immunity, drugs, and prognosis 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaf007 PMID:40285345	综述	本文综述了增强子RNA（eRNA）在癌症中的识别、表达、资源、与免疫、药物及预后的关系	强调了eRNA在免疫细胞互作和肿瘤微环境重编程中的关键作用，以及其作为免疫治疗反应和化疗耐药性监测的预测生物标志物的潜力	未提及具体实验数据或样本量的限制	探讨eRNA在癌症生物学中的调控作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用	增强子RNA（eRNA）及其在癌症中的功能	癌症生物学	多种恶性肿瘤	RNA-seq、单细胞转录组学、表观基因组整合方法	NA	RNA序列数据、表观遗传数据	NA
97	2025-04-29	The Potential Biological Roles and Clinical Significance of Anaphase-Promoting Complex Subunit 1 in Colorectal Cancer 2025 Jan-Dec, Cancer control : journal of the Moffitt Cancer Center IF:2.5Q3 DOI:10.1177/10732748251330059 PMID:40229946	research paper	该研究全面评估了ANAPC1在结直肠癌中的异常表达模式及其生物学行为和临床意义	首次整合大量mRNA表达数据、单细胞RNA测序和免疫组化数据，全面评估ANAPC1在结直肠癌中的作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨ANAPC1在结直肠癌中的生物学角色和临床意义	结直肠癌组织和细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	scRNA-seq, RT-PCR, WB, CCK-8, 伤口愈合实验, 细胞周期分析, 凋亡实验	NA	mRNA表达数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫组化数据	2329例mRNA表达数据, 416例组织样本
98	2025-04-29	scRSSL: Residual semi-supervised learning with deep generative models to automatically identify cell types 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12107 PMID:40261690	研究论文	提出了一种基于半监督学习的深度残差生成模型（scRSSL），用于自动识别单细胞转录组数据中的细胞类型	创新性地将残差网络引入半监督生成模型，解决了单细胞数据样本不平衡的问题	未提及具体局限性	解决单细胞转录组数据分析中细胞类型识别的挑战	单细胞转录组数据	数字病理	NA	scRNA-seq	深度残差生成模型（scRSSL）	单细胞转录组数据	未提及具体样本数量
99	2025-04-29	Macrophages and cardiac lesion in zebrafish: what can single-cell RNA sequencing reveal? 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1570582 PMID:40290186	review	本文综述了单细胞RNA测序在斑马鱼心脏损伤后巨噬细胞研究中的应用	利用单细胞RNA测序技术揭示斑马鱼心脏损伤后巨噬细胞的表型可塑性及其在再生过程中的作用	需要更多关于损伤后更长时间点的基因表达研究以理解胶原瘢痕吸收的动态	探讨斑马鱼心脏损伤后巨噬细胞的表型变化及其在心脏再生中的作用	斑马鱼心脏损伤后的巨噬细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNAseq	NA	RNA sequencing data	斑马鱼心脏损伤后1至14天的巨噬细胞样本
100	2025-04-29	Integrating multi-omics and experimental techniques to decode ubiquitinated protein modifications in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545472 PMID:40290433	研究论文	本研究通过整合多组学数据和实验技术，系统探索了泛素化在肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境（TME）中的作用及其对癌症进展和免疫调节的影响	揭示了泛素化在HCC中的多面性调控作用，特别是UBE2C基因在免疫逃逸和肿瘤进展中的关键作用，并提出了UBE2C作为HCC潜在预后生物标志物和治疗靶点的新方向	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	系统探索泛素化在HCC肿瘤微环境中的作用及其对癌症进展和免疫调节的影响	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的各种细胞类型（浆细胞、成纤维细胞、内皮细胞和上皮-间质转化细胞）	生物信息学	肝细胞癌	多组学数据分析、空间转录组学、体外实验（transwell、CCK8、伤口愈合实验）	NA	多组学数据、转录组数据、实验数据	多个公共HCC数据集