单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-28	Glioblastoma exploits ATP from leading-edge astrocytes to fuel its infiltrative growth revealed by spatially resolved chimeric analysis 2025-Sep-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv5673 PMID:40991701	研究论文	本研究开发了空间分辨嵌合分析工具SCAR，揭示了胶质母细胞瘤通过利用前沿星形胶质细胞的ATP促进浸润性生长的代谢机制	首次开发SCAR计算工具解析人鼠嵌合模型中肿瘤与微环境的空间转录组互作，发现胶质母细胞瘤在浸润前沿通过CKB介导的代谢重编程利用星形胶质细胞的ATP	研究基于嵌合动物模型，与人类真实肿瘤微环境存在差异；空间转录组分辨率有限	解析胶质母细胞瘤浸润性生长的空间代谢机制	胶质母细胞瘤细胞与星形胶质细胞的相互作用	空间转录组学	胶质母细胞瘤	空间转录组学、嵌合癌症模型	SCAR计算工具	空间基因表达数据	人鼠嵌合模型样本（具体数量未明确说明）
82	2025-09-28	Integrating 3D imaging, GWAS and single-cell transcriptome approaches to elucidate root system architecture in Populus 2025-Sep-26, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiaf432 PMID:41004703	研究论文	本研究通过整合3D成像、GWAS和单细胞转录组技术，揭示了毛白杨根系构型的遗传调控机制	首次在木本植物中建立结合自动三维空间成像、多组学分析和单细胞测序的综合研究框架，发现PsiSKP2B通过非毛细胞依赖的调控机制控制侧根发育	研究仅针对毛白杨特定种质资源，结论在其他树种中的普适性需进一步验证	解析毛白杨根系构型的遗传架构和调控网络	303份来自中国不同地理区域的毛白杨种质资源	植物遗传学	NA	3D空间成像、GWAS、单细胞RNA测序、遗传转化	NA	基因组数据、转录组数据、图像数据	303份毛白杨种质资源，包含96个根系构型性状
83	2025-09-28	CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease 2025-Sep-26, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00082.2025 PMID:41005986	研究论文	通过单细胞RNA测序发现肠道BEST4+细胞是表达CFTR的pH感应神经足细胞，并探讨其在囊性纤维化疾病中的作用	首次将BEST4+细胞鉴定为CFTR高表达细胞，揭示其pH感应功能和与神经元的连接，以及在囊性纤维化病理中的新机制	研究主要基于大鼠模型，人类肠道组织的直接证据有限	探究肠道BEST4+细胞的特性及其在囊性纤维化疾病中的病理生理作用	人类和大鼠肠道上皮细胞，特别是BEST4+细胞亚群	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序、蛋白质免疫定位	NA	基因表达数据、蛋白质定位数据	野生型和ΔF508囊性纤维化大鼠空肠组织
84	2025-09-28	Distinct cell state ecosystems for nodular lymphocyte-predominant Hodgkin lymphoma 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63339-9 PMID:41006203	研究论文	本研究通过构建NLPHL特异性淋巴细胞为主生态型模型，揭示了结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤的免疫微环境特征	首次开发了NLPHL特异性LPE模型，识别出34种细胞状态和3种生态型，并通过空间转录组学验证了细胞状态的共现和共定位	样本量相对有限（总171例），且为罕见疾病研究	建立NLPHL的临床相关生物学分类系统	结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤患者组织样本	数字病理学	霍奇金淋巴瘤	空间转录组学、免疫组化	LPE生态型分类模型	转录组数据、空间定位数据、蛋白质表达数据	171例NLPHL病例（训练队列109例，验证队列62例）
85	2025-09-28	Spatially-restricted inflammation-induced senescent-like glia in multiple sclerosis and patient-derived organoids 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63371-9 PMID:41006208	研究论文	本研究通过单细胞转录组和空间转录组技术揭示了多发性硬化症中炎症诱导的衰老样胶质细胞的空间分布特征及其与疾病进展的关联	首次在人类脑组织中系统证实慢性活动性病灶周围存在衰老样胶质细胞梯度分布，并利用患者来源的类器官模型验证了小胶质细胞对炎症诱导衰老的特殊敏感性	样本来源有限，类器官模型不能完全模拟体内复杂微环境，MRI脑年龄估计存在技术局限性	探究多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的因果关系及其对疾病进展的贡献	多发性硬化症患者脑组织样本（n=466）和hiPSC来源的神经类器官	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组测序、空间转录组学、hiPSC类器官培养、3T MRI脑年龄估计	患者来源的神经类器官模型	转录组数据、影像数据、类器官实验数据	466例患者脑组织样本及hiPSC来源类器官
86	2025-09-28	Comparison of imaging based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed paraffin-embedded tumor samples 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63414-1 PMID:41006245	研究论文	本研究使用FFPE肿瘤样本系统比较了三种成像空间转录组学平台的性能差异	首次通过严格对照实验系统评估商业空间转录组平台在细胞分割和表型分析方面的性能	研究仅针对肺癌和间皮瘤样本，未涵盖其他肿瘤类型	比较不同成像空间转录组技术平台在肿瘤研究中的性能表现	福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术样本	数字病理学	肺癌	空间转录组学（CosMx、MERFISH、Xenium）、RNA测序、多重免疫荧光	NA	组织切片图像、基因表达数据	组织微阵列中的肺腺癌和间皮瘤FFPE样本
87	2025-09-28	Aging in mice alters regionally enriched striatal astrocytes 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63429-8 PMID:41006292	研究论文	通过单细胞RNA测序研究小鼠纹状体星形胶质细胞在衰老过程中的分子变化	首次在单细胞分辨率下揭示纹状体不同区域星形胶质细胞亚型对衰老的异质性响应	研究仅限于小鼠模型，未验证人类相关性	探究衰老对纹状体星形胶质细胞分子特征的影响	年轻和年老小鼠的纹状体星形胶质细胞	神经科学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和年老小鼠的纹状体星形胶质细胞样本
88	2025-09-28	Data-driven inference of Boolean networks from transcriptomes to predict cellular differentiation and reprogramming 2025-Sep-26, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00569-z PMID:41006334	研究论文	提出一种从转录组数据自动推断布尔网络的方法，用于预测细胞分化和重编程	开发了将转录组数据转化为布尔网络定性规范的一般性方法，并利用BoNesis软件自动生成能够再现定性行为的布尔网络集合	模型不确定性可能受实验重复和二值化方法选择的影响	建立数据驱动的布尔网络推断方法以模拟细胞动态过程	基因调控网络、细胞分化过程、细胞重编程靶点	计算生物学	NA	RNA-seq、单细胞RNA测序、布尔网络建模	布尔网络	转录组数据	涉及造血系统单细胞RNA-seq数据和骨髓基质细胞批量RNA-seq时间序列数据
89	2025-09-28	Integrative analysis of molecular mechanisms in prostate cancer via single-cell RNA sequencing and weighted gene co-expression network analysis 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-15682-6 PMID:41006377	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析，探索前列腺癌肿瘤微环境中的关键分子机制和潜在治疗靶点	首次结合scRNA-seq和hdWGCNA方法分析前列腺癌肿瘤微环境，识别出6个新的关键基因（CNPY2、CPE、DPP4、IDH1、NIPSNAP3A、WNK4）并构建预后预测模型	需要进一步的临床验证来确认治疗靶点的有效性	揭示前列腺癌进展的分子机制并开发个性化治疗策略	前列腺癌组织样本中的细胞亚群	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、PCA降维、Louvain聚类、t-SNE可视化、Cox回归、lasso回归	预后预测模型	基因表达数据、临床数据	来自前列腺癌组织样本的9,809个高质量细胞
90	2025-09-28	Intramuscular enteric glia persist in Hirschsprung disease and undergo neurogenesis in response to GDNF-NCAM1 signaling 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17734-3 PMID:41006492	研究论文	本研究探讨了赫希施普龙病无神经节肠段中肠胶质细胞的分子特征、起源及神经发生潜能	首次发现无神经节肠段存在CAMK2b+细胞外胶质细胞和施万样细胞，并揭示GDNF通过NCAM1依赖性非经典通路促进其神经发生	研究主要基于Ednrb基因敲除小鼠模型，人类组织验证样本量有限	解析HSCR疾病中肠胶质细胞的生物学特性及神经再生潜力	Ednrb缺失小鼠的肠段组织及人类HSCR手术标本	神经发育疾病研究	赫希施普龙病	单细胞RNA测序、免疫组织化学、体外细胞培养	NA	基因表达数据、组织影像数据	Ednrb-null小鼠模型及人类HSCR组织样本
91	2025-09-28	Hypersonic levitation and spinning: paving the way for enhanced single-cell analysis via contactless tissue dissociation 2025-Sep-26, Communications engineering DOI:10.1038/s44172-025-00497-0 PMID:41006575	研究论文	本文提出了一种基于三声学谐振器探针的超音速悬浮旋转技术，用于实现无接触式组织解离以提升单细胞分析效果	首创利用超音速悬浮旋转技术实现非接触式组织解离，通过微尺度'液体射流'产生精确流体动力，显著提高解离效率同时保护细胞完整性	NA	开发一种高效、温和的组织解离方法以改善单细胞分析	人类肾癌组织	生物医学工程	肾癌	流式细胞术、原代细胞培养、免疫荧光、单细胞RNA测序	NA	实验数据	NA
92	2025-09-28	Comprehensive characterization of lysosome-dependent cell death reveals prognostic significance and immune landscape in colon adenocarcinoma 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18267-5 PMID:41006689	研究论文	本研究通过综合分析溶酶体依赖性细胞死亡相关基因在结肠腺癌中的表达特征，建立了预后模型并验证了关键基因SLC11A1的生物学功能	首次系统揭示LDCD相关基因在结肠癌中的预后价值和免疫调控作用，并发现SLC11A1通过调控细胞凋亡和ROS水平影响肿瘤进展	研究主要基于公共数据库回顾性分析，需要更多前瞻性临床验证	探索溶酶体依赖性细胞死亡相关基因在结肠腺癌中的预后意义和免疫调控机制	结肠腺癌患者组织样本和细胞系	生物信息学	结肠癌	转录组分析、单细胞RNA测序、LASSO回归、Cox回归、细胞功能实验	预后特征模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据库的结肠腺癌转录组数据
93	2025-09-28	Integrating pathology genomics and single-cell genomics to identify lactate metabolism-related prognostic features and therapeutic strategies for melanoma 2025-Sep-26, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02190-1 PMID:41006685	研究论文	本研究整合病理基因组学和单细胞基因组学，构建了基于乳酸代谢的黑色素瘤预后模型并探索治疗策略	首次将定量病理特征与深度学习特征结合，构建多组学整合的乳酸代谢特征预后模型，并发现RAB32在代谢重编程中的核心作用	模型验证主要基于TCGA队列，需要更多独立队列验证临床适用性	系统表征黑色素瘤乳酸代谢分子特征，构建预后模型并探索治疗靶点	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者组织和细胞系	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集变异分析（GSVA）、机器学习算法	ResNet50 CNN、10种机器学习算法组合	病理图像、基因组数据、转录组数据	TCGA队列训练和验证，包含443个病理影像特征和11个基因特征
94	2025-09-28	Endothelial SPRY1 deficiency associates with angiogenic-metabolic reprogramming in pulmonary arterial hypertension: a multi-omics analysis of bulk and single-cell transcriptomic profiles 2025-Sep-26, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02175-0 PMID:41006686	研究论文	通过单细胞RNA测序和多组学分析揭示肺动脉高压中内皮细胞SPRY1缺失与血管代谢重编程的关联	首次整合单细胞转录组与hdWGCNA机器学习方法鉴定SPRY1为PAH新型关键生物标志物	研究样本量有限，机制验证主要依赖动物模型	探究肺动脉高压血管重构的内皮细胞分子机制	肺动脉高压患者肺组织样本和MCT诱导的大鼠模型	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、hdWGCNA、机器学习	机器学习模型	转录组数据	PAH患者与正常对照的肺组织样本（具体数量未明确）
95	2025-09-28	Mechanism of sepsis regulation by ELANE via macrophage polarization 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18848-4 PMID:41006720	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证揭示了ELANE基因通过调控巨噬细胞极化加重脓毒症的机制	首次将ELANE鉴定为脓毒症的核心免疫调控基因，并通过单细胞测序技术精确定位其在巨噬细胞中的表达，结合体外实验证实了ELANE促进M1型巨噬细胞极化的新机制	样本量较小（20例患者），缺乏动物模型验证，临床转化价值需进一步评估	鉴定脓毒症的核心免疫调控基因并探索其通过巨噬细胞极化调控脓毒症的分子机制	脓毒症患者外周血样本和LPS刺激的巨噬细胞	免疫学	脓毒症	RNA测序、生物信息学分析、单细胞测序、流式细胞术、ELISA	LPS刺激的巨噬细胞模型	RNA测序数据、单细胞测序数据、实验数据	20例脓毒症患者和10例健康对照
96	2025-09-28	HIV infection reprogrammes CD4+ T cells for quiescence and entry into proviral latency 2025-Sep-26, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02128-y PMID:41006834	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示HIV感染通过激活p53通路和KLF2介导的静息程序促使CD4+ T细胞进入潜伏状态的机制	首次发现HIV感染通过KLF2/p53信号通路驱动病毒潜伏库形成，揭示了病毒劫持宿主细胞静息程序的新策略	主要基于体外原代CD4+ T细胞模型，需进一步在体内验证该机制	探究HIV潜伏库形成的分子机制	人类原代CD4+ T细胞和HIV感染者捐献的细胞	病毒学/免疫学	HIV感染/艾滋病	单细胞RNA-seq、shRNA筛选、功能获得/缺失实验	NA	转录组数据、功能实验数据	人类原代CD4+ T细胞模型及HIV+供体细胞（具体数量未明确说明）
97	2025-09-28	BiAEImpute: a robust bidirectional autoencoder framework for High-fidelity dropout imputation in single-cell transcriptomics 2025-Sep-26, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11988-x PMID:41013245	研究论文	提出基于双向自编码器的单细胞转录组数据缺失值插补方法BiAEImpute	通过行向和列向自编码器的协同整合，分别学习细胞和基因特征进行缺失值插补	NA	解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件对下游分析的影响	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	双向自编码器(Bidirectional Autoencoder)	基因表达数据	四个真实scRNA-seq数据集
98	2025-09-28	Single-cell RNA sequencing of endometrium uncovers dynamic characteristics and dysregulation of perivascular CD9+SUSD2+ cells in thin endometrium 2025-Sep-26, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04658-y PMID:41013639	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示薄型子宫内膜中血管周CD9+SUSD2+细胞的动态特征与功能失调	首次在单细胞水平系统鉴定子宫内膜血管周CD9+SUSD2+细胞作为祖干细胞的特征，并揭示其在薄型子宫内膜中细胞外基质重塑异常的新机制	样本量较小（正常组与薄型子宫内膜组各3例），需扩大样本验证结论的普适性	探究薄型子宫内膜发病过程中血管周CD9+SUSD2+细胞的分子调控机制	人类子宫内膜组织（正常组与薄型子宫内膜组）中的CD9+SUSD2+细胞	单细胞组学	妇科疾病	scRNA-seq、流式细胞术、Western blot、多重免疫荧光	伪时间轨迹分析、CellChat细胞通讯分析	单细胞转录组数据、蛋白质印迹数据、成像数据	6例子宫内膜样本（3例正常对照+3例薄型子宫内膜），共59,770个细胞
99	2025-09-28	Adenine base editing rescues disrupted BCKDH function and reduces BCAAs toxic accumulation in maple syrup urine disease patient iPSC-hepatic organoids 2025-Sep-26, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04630-w PMID:41013826	研究论文	本研究利用腺嘌呤碱基编辑器ABE8e修复MSUD患者iPSC来源肝类器官中的BCKDHB基因突变，成功恢复BCKDH酶功能并降低支链氨基酸毒性积累	首次在MSUD患者iPSC来源肝类器官中应用ABE8e进行基因校正，并通过单细胞RNA测序全面验证编辑效果	研究仅限于体外类器官模型，尚未进行体内动物实验验证	开发基于碱基编辑的MSUD基因治疗方法	MSUD患者诱导多能干细胞来源的肝类器官	基因编辑与干细胞研究	枫糖尿症（遗传性代谢疾病）	腺嘌呤碱基编辑(ABE8e)、qRT-PCR、Western blot、批量RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、全基因组测序(WGS)	iPSC来源肝类器官模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	MSUD患者iPSC来源肝类器官与对照肝类器官
100	2025-09-28	Metabolic heterogeneity and survival outcomes in papillary renal cell carcinoma: insights from multi-datasets and machine learning analyses 2025-Sep-26, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00571-9 PMID:41013841	研究论文	通过多数据集和机器学习分析揭示肾乳头状细胞癌的代谢异质性及其与生存结局的关联	整合90种机器学习算法构建代谢相关特征，首次在单细胞水平验证关键基因并建立四基因列线图预测模型	研究依赖公共数据库数据，需进一步实验验证临床适用性	探索肾乳头状细胞癌代谢相关分子特征并鉴定预后生物标志物	肾乳头状细胞癌患者及其基因表达数据	机器学习	肾癌	加权基因共表达网络分析、差异表达分析、单细胞RNA测序、定量PCR、免疫组化染色	随机生存森林、Cox回归	基因表达数据	TCGA-KIRP和GSE2748队列数据集