单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-19	Maf expression in B cells restricts reactive plasmablast and germinal center B cell expansion 2024-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52224-6 PMID:39266537	研究论文	本研究探讨了Maf在B细胞中对浆母细胞和生发中心B细胞扩增的调控作用	揭示了Maf作为B细胞内在负调节因子，在浆母细胞增殖和生发中心B细胞形成中的新作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类B细胞	探究Maf在B细胞分化中的调控机制	B细胞（特别是边缘区B细胞、生发中心B细胞和浆母细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	野生型对照和Maf缺陷型小鼠
82	2025-06-19	3D reconstruction of the mouse cochlea from scRNA-seq data suggests morphogen-based principles in apex-to-base specification 2024-06-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.028 PMID:38593801	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，研究小鼠耳蜗从顶端到基底端的形态发生素调控机制	首次从小鼠耳蜗的单细胞RNA测序数据中重建3D模型，揭示了视黄酸和hedgehog信号通路在耳蜗纵向轴形成中的共同作用	研究仅基于E12.5和E14.5两个时间点的数据，未覆盖耳蜗发育全过程	探索小鼠耳蜗顶端到基底端特异性基因表达的分子调控机制	小鼠耳蜗发育过程中的细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq	3D重建模型	单细胞RNA测序数据	E12.5和E14.5两个发育时间点的小鼠耳蜗细胞
83	2025-06-19	Cellular atlas of the human ovary using morphologically guided spatial transcriptomics and single-cell sequencing 2024-04-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm7506 PMID:38578993	research paper	该研究通过形态学引导的空间转录组学和单细胞测序技术，构建了人类卵巢的细胞图谱	结合空间转录组学和单细胞测序技术，首次全面描绘了人类卵巢中不同细胞类型的基因表达特征和空间分布	样本量较小(仅5名供体)，且均为绝经前女性，可能无法完全代表卵巢细胞的全貌	解析卵巢中不同细胞类型的空间分布和功能特征	人类卵巢组织	空间转录组学	生殖系统疾病	空间转录组学，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	257个卵巢区域(来自2名供体)和21,198个单细胞(来自另外3名供体)
84	2025-06-19	col1a2+ fibroblasts/muscle progenitors finetune xanthophore countershading by differentially expressing csf1a/1b in embryonic zebrafish 2024-04-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj9637 PMID:38578990	research paper	研究揭示了斑马鱼胚胎中调控黄色素细胞反阴影的机制，通过成纤维细胞和肌肉祖细胞差异表达csf1a/1b来调节黄色素细胞模式	首次发现成纤维细胞和肌肉祖细胞通过差异表达csf1a/1b调控黄色素细胞的反阴影模式	研究仅限于斑马鱼胚胎，未在其他生物或发育阶段验证	探索脊椎动物反阴影色素模式的调控机制	斑马鱼胚胎中的黄色素细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马鱼胚胎
85	2025-06-19	Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells 2024-Apr, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2024.2402191 PMID:39299930	研究论文	通过多组学分析揭示羟基氯喹耐药性的非自噬相关转录机制	研究发现羟基氯喹耐药性主要通过转录可塑性实现，而非自噬或溶酶体途径	研究仅针对OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞，可能不适用于其他癌症类型	探究羟基氯喹耐药性的分子机制	OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞	癌症研究	卵巢癌, 结直肠癌	RNA-seq, exome-seq, scRNA-seq, CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据, 转录组数据	两种癌细胞系（OVCAR3和CCL218）
86	2025-06-19	Spatial transcriptomics identifies candidate stromal drivers of benign prostatic hyperplasia 2024-01-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176479 PMID:37971878	研究论文	通过空间转录组学技术识别良性前列腺增生（BPH）中潜在的基质驱动因子	首次利用激光显微切割和转录组分析技术，识别出BPH基质中可能介导前列腺腺上皮诱导的分泌因子IGF1和CXCL13，并验证了它们在BPH成纤维细胞中的共表达	研究仅部分支持历史关于BPH病因的推测，且未全面验证所有潜在分子靶点的治疗潜力	探究良性前列腺增生（BPH）的基质驱动因子及其分子机制	良性前列腺增生（BPH）的基质组织及腺上皮	数字病理学	前列腺癌	激光显微切割、转录组分析、RNA原位杂交、3D培养	NA	转录组数据、组织样本	患者来源的BPH细胞类器官和BPH-1细胞球体
87	2025-06-19	Integrin β1-rich extracellular vesicles of kidney recruit Fn1+ macrophages to aggravate ischemia-reperfusion-induced inflammation 2024-01-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169885 PMID:38258908	研究论文	本文研究了肾脏缺血再灌注损伤（IRI）中细胞外囊泡（EV）携带的蛋白质如何介导近端小管细胞（PTs）与单核吞噬细胞（MP）之间的细胞间通讯	通过多组学分析结合单细胞RNA测序和肾脏EV蛋白质谱，揭示了整合素β1富集的EV在招募Fn1+巨噬细胞并加剧炎症反应中的作用	缺乏对EV分泌阻断剂GW4869作用机制的详细探讨	阐明肾脏IRI中PTs与MP之间的细胞间通讯机制	近端小管细胞（PTs）和单核吞噬细胞（MP）	细胞生物学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、蛋白质谱分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	NA
88	2025-06-19	Multiomics characterization of breast angiosarcoma from an Asian cohort reveals enrichment for angiogenesis signaling pathway and tumor-infiltrating macrophages 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1515935 PMID:39872529	研究论文	该研究通过多组学方法分析了亚洲人群中的乳腺血管肉瘤（AS-B），揭示了其与头颈部血管肉瘤（AS-HN）在分子和免疫特征上的差异	首次在亚洲人群中系统描述了AS-B的临床和分子特征，并发现其与血管生成信号通路和肿瘤浸润巨噬细胞的富集相关	样本量较小（AS-B仅16例），可能影响统计效力	阐明亚洲人群中AS-B的疾病特征及其潜在治疗靶点	176例血管肉瘤患者（其中AS-B 16例）	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序（WGS）、NanoString基因表达谱分析、10x Genomics Visium空间转录组学	NA	基因组数据、基因表达数据、空间转录组数据	176例血管肉瘤患者（AS-B 16例，AS-HN 104例）
89	2025-06-18	Roles of central nervous system resident and recruited macrophages in the brain barrier system 2026-Mar-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00986 PMID:39885670	综述	本文综述了脑屏障系统中巨噬细胞的起源、发育、重要分子及功能，重点关注小胶质细胞和边界相关巨噬细胞	强调了单细胞测序技术和重要细胞标志物的最新进展	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有文献进行综述	探讨脑屏障系统中驻留和招募巨噬细胞的作用	脑屏障系统中的巨噬细胞（包括小胶质细胞、边界相关巨噬细胞和招募的巨噬细胞）	神经免疫学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
90	2025-06-18	Molecular mechanisms after optic nerve injury: Neurorepair strategies from a transcriptomic perspective 2026-Mar-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00794 PMID:40313107	综述	本文综述了视神经损伤后的分子机制，以及通过转录组学视角探讨神经修复策略	利用单细胞转录组学技术揭示了视神经损伤和青光眼模型中视网膜神经节细胞损伤的分子机制，并鉴定了与神经保护和轴突再生相关的关键基因和转录因子	未来研究需要整合先进的单细胞测序与多组学方法，以更全面地研究视网膜神经节细胞损伤和再生的细胞特异性反应	探讨视神经损伤后的分子机制，并寻找神经修复的新策略	视网膜神经节细胞	神经科学	青光眼	微阵列分析、RNA测序、单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9筛选、ATAC-seq分析	视神经挤压模型和青光眼模型	转录组数据	NA
91	2025-06-17	Data-informed insights into sex differences in peripheral blood mononuclear cells from single-cell transcriptomics 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101525 PMID:40520998	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
92	2025-06-17	Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing reveals epithelial cell alterations in benign prostatic hyperplasia following finasteride treatment 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101526 PMID:40520997	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
93	2025-06-18	Suppression of the Prostaglandin I2-Type 1 Interferon Axis Induces Extramedullary Hematopoiesis to Promote Cardiac Repair After Myocardial Infarction 2025-Jun-17, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.069420 PMID:40289806	research paper	本研究探讨了脾脏髓外造血（EMH）在心肌梗死（MI）后心脏修复中的作用及其机制	揭示了PGI2-IFN轴在MI后脾脏EMH中的作用，为缺血性心脏损伤提供了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究脾脏EMH在MI后心脏修复中的作用及其调控机制	小鼠模型中的脾脏造血干细胞/祖细胞（HSPCs）	心血管疾病	心肌梗死	流式细胞术、液相色谱-串联质谱、单细胞RNA测序	Tcf21CreER Scfflox/flox MI小鼠模型	转录组数据、脂质组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GFP+造血干细胞和Tcf21CreER Scfflox/flox小鼠
94	2025-06-18	Single-Cell RNA Sequencing Delineates Renal Anti-Fibrotic Mechanisms Mediated by TRPC6 Inhibition 2025-Jun-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501175 PMID:40525246	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了TRPC6通道抑制在慢性肾脏病中的抗纤维化机制	发现了一种新型内皮细胞亚群ECRIN，并揭示了TRPC6抑制通过Prnp转录因子调控网络减轻肾纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类CKD样本，临床转化需要进一步验证	探究TRPC6通道抑制在慢性肾脏病中的治疗潜力及其分子机制	小鼠UUO模型、2个月慢性缺血再灌注损伤模型及人类CKD患者的肾脏样本	digital pathology	chronic kidney disease	scRNA-Seq, immunofluorescence, western blot	NA	RNA-seq数据	小鼠模型和人类CKD患者的肾脏样本（具体数量未明确说明）
95	2025-06-18	Endothelial Cell Phenotypic Plasticity in Cardiovascular Physiology and Disease: Mechanisms and Therapeutic Prospects 2025-Jun-16, American journal of hypertension IF:3.2Q2 DOI:10.1093/ajh/hpaf027 PMID:39989120	research paper	本文探讨了内皮细胞在心血管生理和疾病中的表型可塑性及其机制与治疗前景	利用单细胞RNA测序技术揭示了内皮细胞的分子多样性和转录异质性，并探讨了内皮细胞重编程等新型治疗策略	未具体说明研究中使用的样本数量或实验模型的局限性	研究内皮细胞的表型可塑性在心血管疾病中的作用及其治疗潜力	内皮细胞及其在心血管疾病中的表型转变	心血管生物学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
96	2025-06-18	LARP7 Protects Vascular Smooth Muscle Cell Contractile Phenotype in CKD by Coupling with P300 2025-Jun-16, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000761 PMID:40522739	研究论文	本研究探讨了LARP7在维持血管平滑肌细胞（VSMC）收缩表型及缓解慢性肾病（CKD）相关血管病变中的作用	发现了LARP7作为内源性正调节因子通过其与P300的相互作用维持VSMC收缩表型的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有限	探究LARP7在CKD相关血管病变中的作用机制	血管平滑肌细胞（VSMC）	分子生物学	慢性肾病（CKD）	单细胞RNA测序、免疫染色分析	NA	RNA测序数据、免疫染色图像	CKD患者及小鼠模型样本
97	2025-06-18	RIDDEN: Data-driven inference of receptor activity from transcriptomic data 2025-Jun-16, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013188 PMID:40522999	研究论文	开发了一种名为RIDDEN的计算工具，用于从受体调控的基因表达谱中预测受体活性，而非基于配体和受体基因的表达	RIDDEN是首个直接关注受体活性而非配体-受体相互作用的计算方法，且不依赖配体和受体的共表达来推断活性	NA	开发一种能够从转录组数据中推断受体活性的计算工具，以促进细胞间通讯的研究	受体活性的系统水平分析	生物信息学	NA	转录组数据分析	RIDDEN	转录组数据	229种不同受体的14463个扰动基因表达谱
98	2025-06-18	Spatial Transcriptomics to Study Virus-Host Interactions 2025-Jun-16, Annual review of virology IF:8.1Q1 DOI:10.1146/annurev-virology-092623-104926 PMID:40523107	review	本文探讨了空间转录组学在研究病毒-宿主相互作用中的潜力及其技术细节	强调了空间转录组学在病毒致病机制研究中的变革性潜力	未提及具体的技术实施难点或数据解读的限制	开发新的抗病毒治疗方法和诱导保护性免疫的策略	植物、动物和人类中的病毒疾病	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	NA	transcriptomic data	NA
99	2025-06-18	Comprehensive identification of crucial biomarkers and therapeutic targets in cholestasis via integrated single-cell RNA and transcriptome sequencing analysis 2025-Jun-16, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10146-8 PMID:40523982	研究论文	通过整合单细胞RNA和转录组测序分析，全面鉴定胆汁淤积症的关键生物标志物和治疗靶点	利用单细胞和转录组测序技术揭示了IL32、CRIP2、ANXA2和VWF作为胆汁淤积症的关键基因，并通过药物重定位分析提出了潜在的治疗药物	样本量较小（13例胆汁淤积性肝病患者和10例对照），且研究结果需要进一步验证	探究胆汁淤积症的细胞通讯网络和分子机制，寻找生物标志物和治疗靶点	胆汁淤积性肝病（CLD）患者和对照组的肝组织	数字病理学	胆汁淤积症	单细胞RNA测序、转录组测序	Lasso回归	RNA测序数据	13例胆汁淤积性肝病患者和10例对照
100	2025-06-18	Single-cell and bulk RNA sequencing reveals specific Trem2 positive B cell subtype niche after myocardial infarction in mice 2025-Jun-16, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10144-w PMID:40523981	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，揭示了小鼠心肌梗死后特定Trem2阳性B细胞亚型的生态位	发现了一种具有调节性B细胞特征的特定B细胞亚型B_Trem2，其过表达Spp1，并揭示了Apoe可能通过结合Lrp1、Sdc4和Sdc3受体促进Spp1表达的机制	仅比较了心肌梗死后不同时间点及稳态条件下梗死区域免疫细胞群的变化，未涉及其他区域或其他时间点的分析	鉴定心肌梗死后小鼠B细胞亚型并寻找不良重塑的潜在治疗靶点	心肌梗死后小鼠的B细胞亚型	数字病理	心血管疾病	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的scRNA-seq数据(GSE163129)和批量RNA测序数据(GSE19322)