单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-08-07	Analysis of histone modifications in key cellular subpopulations in the context of azoospermia using spermatogenic single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1626153 PMID:40756901	研究论文	通过单细胞RNA测序数据分析非梗阻性无精子症中关键细胞亚群的组蛋白修饰作用	揭示了特定睾丸细胞亚群中组蛋白修饰在非梗阻性无精子症中的关键作用，并发现了HDAC2等关键基因的上调	研究依赖于公开数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	探究非梗阻性无精子症的分子机制	非梗阻性无精子症患者的睾丸组织细胞亚群	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	AUCell, CellChat	RNA-seq数据	来自GEO数据库的GSE149512数据集
82	2025-08-07	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomic data reveals altered cellular composition and predictive cell types in ectopic endometriosis 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1641982 PMID:40757199	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了异位子宫内膜异位症的细胞组成变化及预测性细胞类型	首次利用单细胞RNA测序图谱和CIBERSORTx算法对子宫内膜异位症进行细胞亚型比例估计，并构建随机森林模型进行诊断预测	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	研究子宫内膜异位症的诊断和治疗方法	子宫内膜异位症患者的细胞组成	数字病理学	子宫内膜异位症	scRNA-seq, CIBERSORTx算法, 随机森林模型, 免疫组化验证	随机森林	转录组数据	GEO公共数据库中的样本（具体数量未提及）
83	2025-08-07	Integrated Bioinformatics and Experimental Validation Reveal Macrophage Polarization-Related Biomarkers for Osteoarthritis Diagnosis 2025, Journal of multidisciplinary healthcare IF:2.7Q2 DOI:10.2147/JMDH.S537507 PMID:40765736	研究论文	通过整合生物信息学分析和实验验证，识别与巨噬细胞极化相关的骨关节炎诊断生物标志物并构建诊断模型	首次结合WGCNA、差异表达分析和多种机器学习算法（LASSO、RF、SVM-RFE）筛选巨噬细胞极化相关枢纽基因，并构建具有高诊断效能的模型	样本量较小（临床验证部分OA:Control=10:5），需进一步临床研究和实验评估验证结果	开发骨关节炎的早期诊断生物标志物和治疗策略	骨关节炎患者的滑膜组织和基因表达数据	生物信息学	骨关节炎	WGCNA、差异表达分析、LASSO、RF、SVM-RFE、RT-qPCR、IHC	诊断模型（基于MYC、SIK1、NFIL3枢纽基因）	RNA-seq数据（包括bulk和单细胞）、临床样本数据	内部数据集（GSE55235和GSE55457）、外部验证数据集、临床样本（RT-qPCR:15例，IHC:11例）
84	2025-08-07	The novel diagnostic markers for systemic lupus erythematosus and periodontal disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1614044 PMID:40766309	研究论文	本研究通过生物信息学方法探索系统性红斑狼疮（SLE）和牙周病（PD）的共同遗传标记，并构建诊断模型	首次发现LY96和TMEM140作为SLE和PD的共同诊断和治疗标记	研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索SLE和PD的共同致病机制及诊断标记	系统性红斑狼疮和牙周病患者	生物信息学	系统性红斑狼疮和牙周病	WGCNA, 随机森林, scRNA-seq, IHC	Random Forest	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE61635、GSE16134、GSE10334、GSE50772）
85	2025-08-07	Integrating proteomics and machine learning reveals characteristics and risks of lymph node-independent distant metastasis in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1622528 PMID:40766310	research paper	该研究通过整合蛋白质组学和机器学习，揭示了结直肠癌中不依赖淋巴结的远处转移的特征和风险	开发了不依赖淋巴结转移基因（LIMGs）特征，用于预测I-II期结直肠癌患者的同步远处转移风险，并验证了ITGA11在转移中的关键作用	样本量较小（12例患者），需要在更大规模的队列中进行验证	研究结直肠癌中不依赖淋巴结的远处转移的生物学特征和预测方法	结直肠癌患者样本	digital pathology	colorectal cancer	DIA-MS, scRNA-seq, IHC, wound healing assay, transwell assay	machine learning	proteomics, multi-omics, RNA-seq	12例结直肠癌患者样本
86	2025-08-07	Single-cell and multi-omics analysis reveals the role of stem cells in prognosis and immunotherapy of lung adenocarcinoma patients 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1634830 PMID:40766320	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了干细胞在肺腺癌患者预后和免疫治疗中的作用	构建了一个基于干细胞的预后模型（SCPM），能够准确预测肺腺癌患者的生存和免疫治疗反应，并识别出免疫学上的'冷'肿瘤患者	研究结果需要在更大规模的患者队列中进行进一步验证	探究干细胞在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用	肺腺癌患者	数字病理	肺腺癌	单细胞RNA测序, 多组学分析	CoxBoost+Enet	RNA测序数据, 临床数据	七个独立的肺腺癌队列和免疫治疗数据集，以及一个内部医院队列
87	2025-08-07	Targeting PDCD4 in cancer and atrial fibrillation: mechanistic insights from integrated multi-omics and single-cell analysis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1593815 PMID:40766329	研究论文	本研究通过整合多组学和单细胞分析，探讨了PDCD4在癌症和心房颤动中的机制作用	首次揭示了PDCD4通过调控关键基因和通路在心房颤动进展中的作用，并提出了PDCD4作为潜在治疗靶点	研究样本量有限，且主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证	阐明PDCD4在心房颤动中的分子机制及其潜在治疗价值	心房颤动患者和健康对照者的外周血单个核细胞(PBMCs)	生物信息学	心血管疾病	转录组分析、单细胞RNA测序(SCRNA-SEQ)、qRT-PCR、分子对接	蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI网络)	RNA-seq数据、单细胞数据	心房颤动患者和健康对照者的PBMCs样本
88	2025-08-07	Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01890-9 PMID:39227743	研究论文	利用单细胞空间转录组学解析胰腺癌肿瘤微环境在化疗和放疗后的重塑过程	开发了SCOTIA模型，结合空间距离和配体-受体基因表达分析细胞间相互作用，揭示了治疗相关的肿瘤微环境重塑	研究结果需要更多独立数据集验证，且实验主要基于体外模型	探究胰腺癌治疗过程中肿瘤微环境的重塑机制	人类胰腺癌组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞空间转录组学	SCOTIA（空间约束最优运输交互分析）	空间转录组数据	NA
89	2025-08-07	Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process 2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00479-4 PMID:39449067	研究论文	本研究构建了涵盖人类生命周期的首个免疫细胞转录组图谱，并开发了一个新的生物年龄预测模型PHARE，用于揭示健康和疾病中与衰老相关的免疫细胞比例和功能变化	首次构建涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发新的生物年龄预测模型PHARE	未明确提及样本的具体数量及多样性限制	研究衰老如何影响免疫细胞功能，以精确治疗不同生命阶段的患者	从新生儿到超百岁老人的免疫细胞	机器学习	COVID-19、川崎病、冠状动脉疾病	scRNA-seq、bulk RNA-seq	PHARE	转录组数据	涵盖从新生儿到超百岁老人，未明确具体数量
90	2025-08-07	Multi-omics analysis unveils the predictive value of IGF2BP3/SPHK1 signaling in cancer stem cells for prognosis and immunotherapeutic response in muscle-invasive bladder cancer 2024-Oct-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05685-8 PMID:39367493	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）癌症干细胞中的预测价值	首次发现IGF2BP3/SPHK1信号通路在MIBC癌症干细胞中的关键作用，并验证其作为免疫治疗反应预测生物标志物的潜力	样本量相对有限（38例MIBC组织），需要更大规模队列验证	探索MIBC中癌症干细胞特征与免疫治疗反应的关系	肌肉浸润性膀胱癌组织和患者来源的类器官	数字病理学	膀胱癌	单细胞质谱流式(CyTOF)、RNA测序(bulk RNA-seq)、甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、CODEX多重成像	NA	单细胞数据、转录组数据、空间分布数据	38例MIBC组织（179,483个单细胞）、25例MIBC组织（67,988个细胞）
91	2025-08-07	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	该研究探讨了MerlinS13磷酸化如何调节脑膜瘤的Wnt信号传导和MRI特征	发现了Merlin丝氨酸13（S13）去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤的生长，并提出了一个潜在的MRI生物标志物	研究样本可能有限，且需要进一步验证MRI生物标志物的临床应用价值	揭示Merlin完整的脑膜瘤生长的生化机制，并寻找非侵入性生物标志物以指导治疗或影像监测	脑膜瘤异种移植模型和患者样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI图像	脑膜瘤异种移植模型和患者样本（具体数量未提及）
92	2025-08-07	Cardiac Development at a Single-Cell Resolution 2024, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-44087-8_14 PMID:38884716	research paper	该论文利用单细胞RNA测序技术研究哺乳动物心脏发育的复杂过程	利用单细胞RNA测序技术揭示心脏发育过程中的细胞异质性和时空转录组景观	NA	探索哺乳动物心脏发育的分子机制及其与先天性心脏病的关联	人类和小鼠心脏发育过程中的心肌细胞和非心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
93	2025-08-07	Defining the Teratoma as a Model for Multi-lineage Human Development 2020-11-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.10.018 PMID:33152263	research paper	该研究提出畸胎瘤作为研究人类多谱系发育过程的潜在平台	利用畸胎瘤作为研究人类发育过程的模型，展示了其在多谱系发育建模、全组织功能遗传筛选和组织工程中的应用潜力	NA	探索畸胎瘤作为研究人类多谱系发育和组织工程的模型	畸胎瘤中的细胞类型及其在人类发育过程中的作用	developmental biology	NA	single-cell RNA sequencing (RNA-seq), CRISPR-Cas9 knockout screens, miRNA-regulated suicide gene expression	NA	RNA-seq data	179,632 cells across 23 teratomas from 4 cell lines
94	2025-08-06	Multi-omics profiling of acute Pseudomonas aeruginosa pneumonia unmasks conventional NK cell depletion and stage-specific therapeutic targets 2025-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2025.2490206 PMID:40216004	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了急性铜绿假单胞菌肺炎中常规自然杀伤细胞（cNK）的耗竭及其阶段特异性治疗靶点	揭示了cNK细胞在感染早期阶段的耗竭现象，并提出了针对cNK细胞的免疫治疗概念	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需进一步验证	阐明吸入性铜绿假单胞菌感染后宿主先天免疫反应的特征	铜绿假单胞菌感染的小鼠模型	免疫学	肺炎	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠感染模型	蛋白质组数据、细胞数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和公共数据库中的scRNA-seq数据集
95	2025-08-06	Spatial Transcriptomics Unveils Regional Heterogeneity and Subclonal Dynamics in the Lung Adenocarcinoma Microenvironment 2025-Oct, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108929 PMID:40617150	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，深入分析了肺腺癌及其微环境的空间功能异质性	通过空间转录组学揭示了肺腺癌微环境中的区域异质性和亚克隆动态，弥补了单细胞转录组学缺乏空间信息的不足	研究仅基于一个空间转录组学样本，样本量较小	探索肺腺癌微环境的空间功能异质性和肿瘤动态	肺腺癌组织及其微环境	数字病理学	肺腺癌	空间转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	125,203个单细胞和3,990个空间转录组学spots
96	2025-08-06	Integrative Analysis of Bulk Multiomics and Single-Cell Transcriptomics Elucidates Age-Related Molecular Landscape Alterations in Cervical Cancer 2025-Sep, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-17464-w PMID:40415156	research paper	通过整合批量多组学和单细胞转录组学数据，研究宫颈癌中与年龄相关的分子景观变化	首次系统地比较了不同年龄段宫颈癌患者的分子特征，包括转录组、免疫微环境、基因组和表观遗传特征，并利用单细胞RNA测序技术鉴定了与年龄相关的上皮细胞亚群	样本量相对有限，尤其是单细胞RNA测序数据仅来自11个样本，可能影响结果的普遍性	探究宫颈癌患者中与年龄相关的分子特征差异，为年龄特异性治疗策略提供依据	307名宫颈癌患者的批量多组学数据和11个宫颈癌样本的单细胞RNA测序数据	digital pathology	cervical cancer	bulk multiomics, scRNA-seq	NA	genomic data, transcriptomic data, epigenetic data	307名患者（TCGA数据集）和11个样本（GEO数据集）
97	2025-08-06	Multi-omics characterization of prognostic signature and novel molecular subtypes associated with anoikis and in vitro validation of CDKN2A in thyroid carcinoma 2025-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156956 PMID:40527061	研究论文	本研究通过多组学分析甲状腺癌中与失巢凋亡相关的基因特征，并验证了CDKN2A在其中的关键作用	首次建立了甲状腺癌的多组学分子亚型，并提供了失巢凋亡在甲状腺癌中的全面调控框架	研究主要基于TCGA数据库，缺乏外部独立队列验证	探索甲状腺癌中失巢凋亡相关基因的调控机制及其临床意义	甲状腺癌患者	数字病理	甲状腺癌	多组学分析（转录组、甲基化、miRNA）、单细胞测序	风险评分模型、无监督聚类	多组学数据	TCGA数据库中的甲状腺癌患者样本
98	2025-08-06	Glial cell crosstalk in the local microenvironment following spinal cord injury 2025-Sep, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111436 PMID:40540843	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了脊髓损伤后局部微环境中胶质细胞的相互作用及其在病理过程中的作用	首次在脊髓损伤微环境中鉴定出三种胶质细胞（小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞）的多个亚型，并揭示了它们之间的复杂互作网络	研究主要基于小鼠模型，人类脊髓损伤中的胶质细胞互作可能有所不同	阐明脊髓损伤后胶质细胞在局部微环境中的互作机制	脊髓损伤后局部微环境中的胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据	未明确说明样本数量（小鼠脊髓损伤模型）
99	2025-08-06	Formononetin enhances cisplatin chemotherapy sensitivity in osteosarcoma by inducing ferroptosis and reconstructing the immune microenvironment 2025-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156960 PMID:40543234	研究论文	本研究探讨了生物活性化合物芒柄花素通过诱导铁死亡和重建免疫微环境来增强骨肉瘤对顺铂化疗的敏感性	首次证明芒柄花素能通过抑制MAZ/GPX4轴诱导铁死亡，并重构肿瘤免疫微环境来增强骨肉瘤对顺铂的敏感性	研究仅基于PDX模型，尚未进行临床试验验证	探索增强骨肉瘤对顺铂敏感性的新策略	骨肉瘤PDX模型中的肿瘤细胞和免疫微环境	肿瘤学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	PDX模型	单细胞测序数据	7216个人源骨肉瘤细胞和89,558个小鼠源细胞
100	2025-08-06	Eriodictyol from Scutellariae Barbata alleviates inflammation and necrosis via ZBP1-dependent signaling in acute pancreatitis 2025-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156926 PMID:40544733	研究论文	本研究探讨了半枝莲中的圣草酚通过ZBP1依赖的信号通路缓解急性胰腺炎的炎症和坏死	首次揭示了圣草酚作为半枝莲活性成分，通过ZBP1依赖的信号通路缓解急性胰腺炎的炎症和坏死的机制	研究主要基于动物实验和体外细胞实验，临床疗效尚需进一步验证	探究半枝莲及其活性成分圣草酚对急性胰腺炎的治疗作用及其机制	急性胰腺炎模型动物和266-6细胞	药理学	急性胰腺炎	转录组分析、单细胞RNA测序、分子对接、动态分子模拟、细胞热转移实验、药物亲和响应靶标稳定性实验、mtDNA分析	NA	RNA-seq数据、蛋白质相互作用网络数据	未明确说明样本数量