单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-05	Microglial intervention in ischemic stroke: Roles and intervention strategies 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01166 PMID:39995094	综述	本文综述了小胶质细胞在缺血性卒中中的双重作用及其潜在干预策略	探讨了小胶质细胞动态激活和极化状态对卒中疾病进程的影响，并提出了多种实验性治疗方法和潜在治疗剂	NA	研究小胶质细胞在缺血性卒中中的作用及干预策略	小胶质细胞及其在缺血性卒中中的动态功能状态	神经科学	缺血性卒中	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
82	2025-07-05	Blood-brain barrier disruption and neuroinflammation in the hippocampus of a cardiac arrest porcine model: Single-cell RNA sequencing analysis 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01269 PMID:40146000	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究心脏骤停猪模型中血脑屏障破坏和海马神经炎症的细胞和分子机制	首次使用单细胞转录组分析揭示心脏骤停后海马区的细胞亚群变化、细胞通讯网络及分子机制，特别是发现了一组表达S100A8的活化小胶质细胞亚群	研究仅关注心脏骤停后6和24小时的时间点，未涵盖更长的恢复期	探索心脏骤停后脑损伤的细胞和分子机制，为神经保护和修复提供新靶点	心室颤动诱导心脏骤停的猪模型海马组织	神经科学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blotting、qRT-PCR、免疫荧光染色	猪心脏骤停模型	单细胞转录组数据	心脏骤停后6和24小时以及假手术对照猪的海马组织
83	2025-07-05	A single-cell landscape of the regenerating spinal cord of zebrafish 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01163 PMID:40326988	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了斑马鱼脊髓损伤后再生过程中的细胞和分子机制	首次在单细胞水平上解析了斑马鱼脊髓再生过程中不同细胞群体的动态变化和分子特征	研究仅聚焦于斑马鱼模型，结果向哺乳动物转化的适用性尚需进一步验证	探索斑马鱼脊髓再生的细胞和分子机制	斑马鱼脊髓损伤模型	再生医学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同损伤阶段的斑马鱼脊髓细胞群体
84	2025-07-05	Uncovering common transcriptional features shared by mature peripheral blood PMN-MDSCs and tumor-infiltrating neutrophils in humans 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2521396 PMID:40590753	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类外周血中的成熟PMN-MDSCs与肿瘤浸润中性粒细胞在转录特征上的相似性	首次通过scRNA-seq技术鉴定了PMN-MDSCs和TANs共有的转录特征，揭示了它们在免疫抑制和促肿瘤特性上的相似性	研究样本主要来自非小细胞肺癌患者和G-CSF治疗供体，可能限制了结果的普适性	探索人类循环系统中的mPMN-MDSCs与肿瘤相关中性粒细胞之间的转录相似性	人类外周血中的成熟PMN-MDSCs和肿瘤相关中性粒细胞(TANs)	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	来自NSCLC患者和G-CSF治疗供体的mPMN-MDSCs样本
85	2025-07-05	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性并鉴定了细胞和组织标记物	首次对Botrylloides diegensis整个群体进行单细胞转录组测序，鉴定了29个主要细胞簇，并揭示了组织特化和发育轨迹	研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	理解Botrylloides diegensis的发育、组织功能和再生机制	Botrylloides diegensis群体的所有细胞（包括个体、芽体和血管被膜）	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	一个完整的Botrylloides diegensis群体（包含多种细胞类型）
86	2025-07-05	Single-cell landscape of immunological responses in patients with juvenile idiopathic arthritis 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101577 PMID:40605976	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究青少年特发性关节炎（JIA）患者免疫细胞的异质性及其功能变化	揭示了JIA患者中干扰素和急性炎症反应的紊乱，特别是在系统性JIA（sJIA）患者中更为显著，并识别了sJIA中独特的配体-受体对	样本量较小（14名JIA患者和4名健康个体），可能影响结果的普遍性	理解JIA患者免疫系统的细胞异质性及其功能变化	青少年特发性关节炎（JIA）患者和健康个体的外周血免疫细胞	生物医学研究	青少年特发性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	14名JIA患者和4名健康个体的外周血样本
87	2025-07-05	Blood and urine-based biomarkers in prostate cancer: Current advances, clinical applications, and future directions 2025-Sep, The journal of liquid biopsy DOI:10.1016/j.jlb.2025.100305 PMID:40606769	综述	本文全面概述了前列腺癌（PCa）当前和新兴的诊断、预后和预测生物标志物，强调了它们的临床应用和未来前景	介绍了新兴技术如机器学习和单细胞组学在生物标志物发现中的应用，以及人工智能驱动模型在预测复发和治疗反应中的潜力	尽管介绍了多种生物标志物，但部分新兴技术如单细胞RNA测序和空间转录组学在临床实践中的应用仍处于探索阶段	探索前列腺癌更准确的生物标志物，以提高早期检测、个性化治疗和监测的能力	前列腺癌（PCa）患者	数字病理学	前列腺癌	液体活检（ctDNA和CTCs）、单细胞RNA测序、空间转录组学	人工智能驱动模型（如复制压力特征RSS）	血液和尿液样本	NA
88	2025-07-05	Scalable inference of transcriptional variability with BASiCS 2025-Aug-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2025.112157 PMID:40479909	研究论文	本文介绍了一种扩展的BASiCS模型，用于单细胞RNA测序数据的可扩展贝叶斯推断	提出了一种分治推理方案，使BASiCS能够处理大规模数据集，并在准确性和可扩展性上优于标准MCMC和变分推理方法	未提及该方法在特定生物场景或复杂细胞类型中的适用性限制	开发可扩展的贝叶斯推断方法用于单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	BASiCS（贝叶斯层次模型）	基因表达数据	未明确提及具体样本量，但针对大规模数据集
89	2025-07-05	Cellular Landscape of Synovial Chondromatosis Synovium Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500034RR PMID:40600952	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示滑膜软骨瘤病滑膜的细胞景观	首次使用单细胞RNA测序技术全面描绘了滑膜软骨瘤病（SC）的细胞组成和转录特征，发现了新的成纤维细胞亚群和巨噬细胞表型转变，以及增殖性免疫细胞群体的动态变化	研究样本量可能有限，且功能验证实验尚未进行	解析滑膜软骨瘤病的细胞基础和病理机制	健康个体和滑膜软骨瘤病患者的滑膜组织	单细胞测序	滑膜软骨瘤病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康个体和SC患者的滑膜组织（具体数量未明确说明）
90	2025-07-05	Single-cell analysis of the decidua unveils the mechanism of anti-inflammatory exosomes for chorioamnionitis in nonhuman primates 2025-Jul-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp0467 PMID:40601753	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了携带超抑制IκB的工程化外泌体在非人灵长类动物绒毛膜羊膜炎中的抗炎机制	首次在非人灵长类动物模型中验证了携带srIκB的外泌体对绒毛膜羊膜炎的治疗潜力及其作用机制	研究仅限于非人灵长类动物模型，尚未进行人体试验	探索工程化外泌体对绒毛膜羊膜炎的治疗潜力及其分子机制	怀孕的非人灵长类动物及其胎盘组织	生殖医学	绒毛膜羊膜炎	单细胞RNA测序、批量RNA测序	LPS诱导的绒毛膜羊膜炎动物模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但使用了两种给药途径（羊膜内和静脉内）
91	2025-07-05	Advances in Single-Cell Sequencing for Infectious Diseases: Progress and Perspectives 2025-Jul-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415678 PMID:40613694	综述	本文综述了单细胞测序技术在传染病研究中的最新进展和应用	总结了真核、原核（如MATQ-seq和BacDrop）和双（如PatH-Cap）单细胞测序技术的进展，及其在揭示宿主-病原体相互作用中的应用	未提及具体的技术限制或样本量限制	促进强大诊断或治疗策略的开发，推动精准医学的发展	传染病中的宿主-病原体相互作用	基因组学	传染病	单细胞测序技术（如MATQ-seq、BacDrop、PatH-Cap）	NA	基因组数据	NA
92	2025-07-05	M694I variant of MEFV drives pathogenesis of familial Mediterranean fever through enhanced Th17 cell differentiation 2025-Jul-04, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf336 PMID:40613718	研究论文	本研究探讨了MEFV基因M694I变异如何通过增强Th17细胞分化促进家族性地中海热(FMF)的病理生理学	首次使用CRISPR/Cas9技术构建M694I敲入小鼠模型，全面解析该变异通过Th17细胞分化促进FMF发病的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证相关发现	阐明MEFV基因M694I变异导致家族性地中海热的发病机制	MEFV M694I/M694I基因敲入小鼠模型	分子病理学	家族性地中海热	CRISPR/Cas9基因编辑、scRNA-seq、流式细胞术、25-plex细胞因子磁珠阵列分析	基因敲入小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据、细胞因子数据	未明确说明小鼠数量，但包含多组学数据分析
93	2025-07-05	High-precision immune-related plasma proteomics profiling predicts response to immunotherapy in patients with triple-negative breast cancer 2025-Jul-04, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2025.0038 PMID:40613791	研究论文	本研究通过高精度血浆蛋白质组学分析，预测三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的响应	识别了与免疫治疗响应显著相关的血浆蛋白（ARG1、NOS3和CD28），并开发了血浆免疫预测评分系统	研究为回顾性设计，样本量有限（195例患者）	探索非侵入性生物标志物以预测三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的响应	195例接受抗PD-1免疫治疗的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	三阴性乳腺癌	高精度蛋白质组学分析、单细胞RNA测序	NA	血浆样本	195例三阴性乳腺癌患者的配对基线、治疗中和治疗后血浆样本
94	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveals hypoxia-driven iCAF_PLAU is associated with stemness and immunosuppression in anorectal malignant melanoma 2025-Jul-04, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02273-5 PMID:40613916	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了缺氧驱动的iCAF_PLAU在肛门直肠恶性黑色素瘤(ARMM)中与干性和免疫抑制相关	首次在ARMM中鉴定出独特的PLAU+成纤维细胞群(iCAF_PLAU)，并揭示了其通过WNT5A_FZD3_LRP6和NRG1_ERBB3配体-受体对增强癌细胞干性和侵袭性的机制	样本量较小(仅3例ARMM患者)，需要更大规模的研究验证发现	探究肛门直肠恶性黑色素瘤(ARMM)的肿瘤微环境特征及其治疗抵抗机制	肛门直肠恶性黑色素瘤(ARMM)患者肿瘤组织和血液样本	数字病理学	肛门直肠恶性黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	3例ARMM患者样本，结合GEO数据库皮肤黑色素瘤数据集
95	2025-07-05	Molecular mechanism and biological pathway of high-expressed RAD51 in regulating cell adhesion and potentially affecting oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-04, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03085-y PMID:40613957	研究论文	本研究探讨了RAD51在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中通过调节细胞粘附相关机制促进癌症进展的分子机制和生物学通路	首次全面验证了RAD51在OSCC中的多平台表达模式及其在细胞粘附中的功能作用，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	阐明RAD51在OSCC中的表达模式及其通过调节细胞粘附促进癌症进展的分子机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织和细胞	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, 微阵列, 免疫组化(IHC), 单细胞测序(scRNA-seq), CRISPR基因敲除	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞数据	1006个OSCC样本(批量RNA), 162个OSCC组织(IHC), 9693个恶性上皮细胞(scRNA-seq)
96	2025-07-05	Hyperactivated Interferon-gamma Pathways in Perianal Fistulizing Crohn's Disease by Single-Cell and Spatial Multi-omics 2025-Jul-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI193413 PMID:40608410	研究论文	通过单细胞和空间多组学技术研究肛周瘘管型克罗恩病中干扰素-γ通路的过度激活	首次在肛周瘘管型克罗恩病中发现了干扰素-γ通路的全局性过度激活，并揭示了其由致病性Th17细胞和过度表达LPS特征的髓系细胞驱动的机制	样本量相对较小（PCD患者24例），且未探讨干扰素-γ阻断治疗的实际效果	阐明肛周瘘管型克罗恩病的免疫学发病机制并寻找潜在治疗靶点	肛周瘘管型克罗恩病患者（PCD）、无肛周病变的克罗恩病患者（NPCD）和特发性/隐窝腺性肛周瘘管患者（IPF）	免疫学	克罗恩病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术（CyTOF）、空间转录组学（ST）	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据	63例患者（PCD 24例，NPCD 10例，IPF 29例）
97	2025-07-05	Rationale, design and baseline characteristics of REMODEL, a mechanism-of-action trial with semaglutide in people with type 2 diabetes and chronic kidney disease 2025-Jul-03, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfaf114 PMID:40608494	研究论文	REMODEL试验旨在研究GLP-1受体激动剂semaglutide在2型糖尿病和慢性肾病患者中的肾脏特异性效应及其作用机制	采用多模态MRI评估肾脏氧合、灌注和炎症变化，并结合单核及空间转录组学等先进组织学分析技术探索semaglutide的作用机制	样本量较小（总样本106例，其中活检亚组33例），且随访时间较短（52周）	阐明semaglutide在2型糖尿病合并慢性肾病患者中的肾脏保护作用机制	2型糖尿病合并慢性肾病的成年患者（HbA1c≤9%，eGFR 30-75 mL/min/1.73m²，UACR≥20mg/g）	临床医学	2型糖尿病/慢性肾病	MRI功能成像/单核转录组学/空间转录组学/组织病理学分析	随机双盲安慰剂对照试验	临床指标/影像学数据/组织学数据	106例患者（来自8个国家），其中33例完成肾脏活检
98	2025-07-05	scVDM: A Diffusion Model Integrated with Conditional VAE for Generative Single-cell Tasks 2025-Jul-03, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3585960 PMID:40608883	研究论文	本文提出了一种名为scVDM的潜在扩散模型，结合了基于transformer的条件去噪器，用于学习单细胞数据中的三种生成任务	scVDM模型整合了条件VAE和transformer，能够处理单细胞RNA-seq数据中的高维非线性关系，并在条件数据生成、批次效应校正和药物扰动预测等任务中表现出色	未提及模型在更大规模数据集上的泛化能力或计算资源需求	开发一种能够处理单细胞RNA-seq数据中复杂关系的生成模型	单细胞RNA-seq数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	扩散模型(结合条件VAE和transformer)	基因表达数据	五个真实世界数据集(未提供具体样本数量)
99	2025-07-05	Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction 2025-Jul-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253 PMID:40609069	研究论文	本研究通过构建首个结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，探索了结肠上皮细胞在健康和疾病状态下的代谢特征	首次构建了结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，并用于预测炎症性肠病相关的代谢特征	模型预测结果需要进一步实验验证，且目前仅针对特定疾病状态进行了分析	探索结肠上皮细胞在健康和疾病状态下的代谢特征及其与肠道微生物组的相互作用	人类结肠上皮细胞	代谢组学	炎症性肠病（包括克罗恩病和溃疡性结肠炎）	基因组尺度代谢模型（GEM），单细胞RNA测序	iColonEpithelium代谢网络模型	单细胞RNA测序数据	克罗恩病和溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序样本
100	2025-07-05	Discovering molecular signatures in kidney transplant biopsies with borderline changes and isolated V-lesions: single-cell RNA-sequencing analysis of human blood and tissue Spatial transcriptomics 2025-Jul-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05191-x PMID:40610502	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，研究肾移植活检中边缘性变化和孤立V病变的分子特征	整合单细胞RNA测序和空间转录组学两种方法，鉴定了CD8效应记忆T细胞的表达谱和关键上调基因，特别是STAT1作为枢纽基因的发现	样本量较小，仅包括4名边缘性排斥或活检证实的TCMR患者和2名无TCMR证据的患者	深入分析肾移植排斥反应中的分子特征和免疫学过程	肾移植活检样本和外周血单核细胞	生物医学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	4名边缘性排斥或活检证实的TCMR患者和2名无TCMR证据的患者