单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-05	Single cell sequencing and computational findings reveal anti-estrogen receptor-positive breast cancer roles of formononetin 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06133-3 PMID:40594685	研究论文	本研究通过单细胞测序和计算生物学方法揭示了福莫特宁在抗雌激素受体阳性乳腺癌中的作用	首次在单细胞水平上使用系统生物学方法研究福莫特宁的作用靶点及其抗ER阳性乳腺癌机制	缺乏单细胞水平的药物发现研究	研究福莫特宁在ER阳性乳腺癌中的靶点和分子机制	ER阳性乳腺癌细胞	计算生物学	乳腺癌	单细胞测序	网络药理学	基因表达数据	多种ER阳性乳腺癌细胞类型（基质细胞、上皮细胞、成纤维细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和巨噬细胞）
82	2025-07-05	Causal effects of brain subregion gene expression on inflammatory bowel diseases revealed by Mendelian randomization and single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08633-8 PMID:40594700	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和单细胞分析揭示了脑部亚区基因表达对炎症性肠病(IBD)的因果影响	整合多组学数据(脑部、结肠eQTLs、单细胞RNA测序)揭示脑-肠轴在IBD发病机制中的作用，并识别出关键候选基因	eQTL样本量对显著关联检测有显著影响(r=0.53-0.90)，跨组织直接定量比较需谨慎解释	探究脑-肠轴在炎症性肠病发病机制中的作用	13个脑部亚区和结肠表达数量性状位点(eQTLs)	基因组学	炎症性肠病(包括溃疡性结肠炎和克罗恩病)	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、表型全基因组关联研究(PheWAS)	NA	基因组eQTLs数据、单细胞RNA测序数据	多个独立队列(IIBDGC、UKB和FinnGen)
83	2025-07-05	Single-cell RNA-seq analysis of mouse carotid artery under disturbed flow and human carotid plaques identifies key cell populations in atherosclerosis development 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07395-7 PMID:40594772	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠颈动脉在扰动血流和人类颈动脉斑块中的细胞群，揭示动脉粥样硬化发展的关键细胞群	首次系统地阐明了扰动血流下细胞群的功能变化，并识别了CD36阳性内皮细胞、VEGFA巨噬细胞和外膜成纤维细胞在动脉粥样硬化中的关键作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和处理方法的限制	探索扰动血流如何通过影响特定细胞群加剧动脉粥样硬化	小鼠颈动脉和人类颈动脉斑块	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, GSEA, GO, scFEA, CellChat, Cytosig	NA	单细胞RNA测序数据	来自GEO和SRA数据库的多个数据集（GSE159677, GSE43292, GSE163154, GSE41571, PRJNA722117）
84	2025-07-05	Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06241-0 PMID:40594834	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的破坏	首次在肝转移癌中详细描述了NK-T细胞的相互作用网络及其功能影响，特别是通过CD48-CD244和TNF-TNFR信号通路激活NK细胞的抗肿瘤活性	研究样本来自多种癌症类型，可能限制了特定癌症类型中NK-T细胞相互作用的深入分析	揭示肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的功能及其在肿瘤微环境中的作用	肝转移癌组织及邻近组织中的NK细胞、T细胞及其亚群	单细胞转录组学	肝转移癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	来自鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌的肝转移及邻近组织样本
85	2025-07-05	Identification of clusters related to programmed cell death and potential prognostic biomarkers for immunotherapy response in endometrial cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06672-9 PMID:40595063	research paper	该研究通过整合多种程序性细胞死亡（PCD）通路和多组学数据，识别了子宫内膜癌（EC）中与免疫治疗反应相关的潜在预后生物标志物	发现了两个具有不同预后、肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的EC亚组，并基于七个关键PCD相关基因构建了新的预后评分系统（RS）	当前预测免疫治疗反应和预后的方法和生物标志物仍然有限	探索子宫内膜癌中程序性细胞死亡通路的作用，并寻找预测免疫治疗反应和预后的生物标志物	子宫内膜癌（EC）患者	digital pathology	endometrial cancer	单细胞RNA测序分析，多组学数据分析	NA	multi-omics数据，单细胞RNA测序数据	来自TCGA-EC和GEO数据库的综合数据集
86	2025-07-05	Potential role of TNFRSF12A in linking glioblastoma and alzheimer's disease via shared tumour suppressor pathways 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08000-7 PMID:40595248	研究论文	该研究通过整合分析发现TNFRSF12A基因在胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病中均存在失调，并可能通过共同的肿瘤抑制通路连接这两种疾病	首次发现TNFRSF12A基因在胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病中的共同作用，并验证其与免疫相关通路及疾病相关转录程序的关联	仅进行了部分功能验证，需要进一步的机制研究	探索肿瘤抑制基因在神经退行性疾病和癌症中的共同分子机制	胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病	生物医学	胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病	孟德尔随机化、转录组分析（bulk和单细胞RNA-seq）、细胞间通讯推断和体外验证	NA	转录组数据	1,217个肿瘤抑制基因筛选
87	2025-07-05	Reprogramming of human urine cells into cardiomyocytes via a small molecule cocktail in xeno-free conditions 2025-Jul-01, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00963-y PMID:40595290	研究论文	该研究展示了在无外源条件下，使用小分子混合物将人类尿液细胞重编程为功能性心肌细胞样细胞（hCiCMs）的成功案例	首次在无外源条件下使用15种小分子混合物将人类尿液细胞直接重编程为心肌细胞样细胞，并展示了其在心肌梗死模型中的治疗潜力	重编程效率仍有提升空间（30天时达到15.08%），且需要进一步验证长期安全性和有效性	开发一种可扩展的自体细胞来源，用于心脏修复和再生治疗	人类尿液来源细胞（hUCs）及其重编程产物心肌细胞样细胞（hCiCMs）	再生医学	心肌梗死	免疫荧光、透射电子显微镜（TEM）、qPCR、单细胞RNA测序、膜片钳记录、细胞内Ca²+测量	NA	细胞生物学数据、电生理数据、基因表达数据	人类尿液细胞样本及小鼠和猪的心肌梗死模型
88	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveals BMP4-BMPR2 signaling promotes radiation resistance in hematopoietic stem cells following injury 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60557-z PMID:40595466	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了BMP4-BMPR2信号通路在造血干细胞辐射抗性中的作用	揭示了BMP4-BMPR2信号通路在造血干细胞辐射抗性中的新机制，并发现BMPR2 HSCs具有独特的表观遗传特征	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究造血干细胞在辐射损伤后的异质性及其抗性机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及骨髓微环境	单细胞转录组学	辐射损伤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠模型
89	2025-07-05	Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60882-3 PMID:40595535	研究论文	本文介绍了一种名为spatial FFPE-ATAC-seq的新方法，用于在存档的FFPE组织中原位分析染色质可及性	克服了福尔马林诱导的交联挑战，实现了在保存组织结构的同时进行高分辨率的染色质景观映射	NA	开发一种新的分子工具，用于深入分析FFPE样本中的染色质可及性，以研究基因调控和疾病机制	小鼠和人类组织（包括脑和胸腺）以及人类黑色素瘤	表观基因组学	黑色素瘤	spatial FFPE-ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	染色质可及性数据, RNA测序数据	小鼠和人类组织样本，包括脑、胸腺和人类黑色素瘤
90	2025-07-05	Facilitate integrated analysis of single cell multiomic data by binarizing gene expression values 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60899-8 PMID:40595539	研究论文	本文提出了一种通过二值化基因表达值来促进单细胞多组学数据整合分析的方法	直接拼接二值化的scRNA-seq数据和标准scATAC-seq数据，结合TF-IDF和LSI算法进行垂直整合聚类分析，避免了将scATAC-seq数据转换为基因活性评分的需求	该方法仅适用于使用配对多组学技术收集的两种数据模态	促进单细胞多组学数据的整合分析	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, TF-IDF, LSI	NA	基因表达数据	NA
91	2025-07-05	Single cell transcriptomics of human kidney organoid endothelium reveals vessel growth processes and arterial maturation upon transplantation 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00418-x PMID:40595660	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析人类肾脏类器官内皮细胞，揭示了移植后血管生长过程和动脉成熟的变化	首次在移植后的肾脏类器官内皮细胞中观察到显著的静脉到动脉表型转变，并鉴定了与血流和Notch信号相关的特定动脉内皮细胞群体	研究仅使用了鸡胚胎作为移植模型，可能无法完全模拟人体内的血管化过程	探索人类肾脏类器官内皮细胞在移植后的分子变化和血管化机制	人类诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官内皮细胞	单细胞转录组学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	约12,000个类器官内皮细胞
92	2025-07-05	Unraveling the role of HIF2α in melanoma progression and epithelial-mesenchymal transition 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02384-2 PMID:40595758	研究论文	本研究探讨了缺氧诱导因子2α（HIF2α）在黑色素瘤进展和上皮-间质转化（EMT）中的作用	揭示了HIF2α在黑色素瘤中的关键作用，特别是在调控肿瘤微环境和相关代谢途径方面	研究主要基于体外实验和转录组分析，缺乏体内实验验证	阐明HIF2α在黑色素瘤进展和EMT中的分子机制	黑色素瘤患者样本和A375细胞系	肿瘤生物学	黑色素瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、实时PCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	黑色素瘤患者样本和A375细胞系
93	2025-07-05	Modulating immune-stem cell crosstalk enables robust bone regeneration via tuning compositions of macroporous scaffolds 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00421-2 PMID:40595820	研究论文	研究通过调节巨噬细胞和间充质干细胞之间的相互作用，利用可调比例的明胶和硫酸软骨素大孔支架促进骨再生	首次报道了一种可调节明胶和硫酸软骨素比例的大孔微带支架，无需外源生长因子或细胞即可实现内源性骨再生	研究仅在小鼠临界尺寸骨缺损模型中进行，未涉及人类或其他大型动物模型	探索通过调节免疫-干细胞相互作用增强骨再生的潜力	巨噬细胞(Mφ)和间充质干细胞(MSC)	生物材料	骨缺损	单细胞测序(scRNAseq)和CellChat分析	3D MSC/Mφ共培养模型	基因表达数据	小鼠临界尺寸骨缺损模型
94	2025-07-05	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of Postn(+) fibroblasts in promoting the progression of myocardial fibrosis after myocardial infarction 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04990-6 PMID:40595870	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了Postn(+)成纤维细胞在心肌梗死后心肌纤维化进展中的潜在作用	发现了一个高度增殖的成纤维细胞亚群C1 Postn+ Fibroblasts，并揭示了其通过特定信号通路与其他细胞相互作用促进心肌纤维化的机制	需要进一步的实验验证Tead1和Hdac2作为抑制心肌纤维化的潜在靶点	探究心肌梗死后心肌纤维化的细胞机制及其与心力衰竭的关系	心肌梗死后心脏中的成纤维细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
95	2025-07-05	Leveraging autoencoder models and data augmentation to uncover transcriptomic diversity of gingival keratinocytes in single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08027-w PMID:40596529	研究论文	本研究利用自编码器模型和数据增强技术探索牙龈角质形成细胞在单细胞水平上的转录组多样性	采用自编码器模型和数据增强技术揭示牙龈角质形成细胞的转录组多样性，发现其亚群和差异基因表达谱	仅使用GSE266897数据集，样本来源有限	深入了解牙龈角质形成细胞的转录组多样性及其在牙周健康和炎症反应中的作用	牙龈角质形成细胞	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序	自编码器（AE）、变分自编码器（VAE）、去噪自编码器（DAE）	RNA-seq数据	GSE266897数据集中的单细胞RNA测序数据
96	2025-07-05	A novel necroptosis related prognostic signature for skin cutaneous melanoma based on transcriptome and single cell sequencing analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07829-2 PMID:40596554	研究论文	基于转录组和单细胞测序分析，构建了一种新的与坏死性凋亡相关的皮肤黑色素瘤预后特征模型	首次在皮肤黑色素瘤中构建了基于坏死性凋亡相关基因的预后模型，并验证了其预测能力	研究样本量有限，且仅基于公开数据库数据，需要进一步实验验证	研究坏死性凋亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其预后价值	皮肤黑色素瘤(SKCM)患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	转录组测序, 单细胞测序, WGCNA, 实时PCR	COX和LASSO回归模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的多个数据集(SKCM-TCGA, GSE65904, GSE215120)
97	2025-07-05	The Key Role of COA6 in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: Metabolic Reprogramming and Regulation of the Immune Microenvironment 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70685 PMID:40596639	研究论文	本文探讨了COA6在胰腺导管腺癌(PDAC)中的关键作用，特别是在代谢重编程和免疫微环境调控方面	首次揭示了COA6通过调节OXPHOS途径影响PDAC的肿瘤微环境并促进药物抵抗的新机制	需要进一步研究开发针对COA6的靶向治疗方法	探索COA6在PDAC代谢重编程和免疫微环境调控中的作用	胰腺导管腺癌细胞系SW1990和PANC-1	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、药物预测和分子对接	NA	基因表达数据、空间转录组数据	两种PDAC细胞系(SW1990和PANC-1)
98	2025-07-05	Global Thyroid Cancer Patterns and Predictive Analytics: Integrating Machine Learning for Advanced Diagnostic Modelling 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70676 PMID:40596746	研究论文	本研究通过整合机器学习技术，分析了甲状腺癌的分子特征和诊断标志物，以提高早期检测和靶向治疗开发的效率	揭示了甲状腺癌中独特的基因模块和细胞通讯网络，特别是以髓系细胞为中心的MIF和GALECTIN信号通路，并验证了惩罚回归模型在诊断中的高效性	需要在更广泛和异质性患者群体中进行前瞻性验证以确认临床效用和优化实施策略	提高甲状腺癌的分子病理学理解和诊断能力	甲状腺癌标本	机器学习	甲状腺癌	定量PCR、ELISA、单细胞转录组学	Ridge、Lasso回归模型	基因表达数据、细胞通讯数据	NA
99	2025-07-05	Ensemble machine learning-based pre-trained annotation approach for scRNA-seq data using gradient boosting with genetic optimizer 2025-Jul-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06151-y PMID:40596854	research paper	提出一种基于集成机器学习的预训练注释框架，用于scRNA-seq数据的细胞类型注释	结合梯度提升和遗传优化进行稳健特征选择，利用集成学习提高数据稀缺情况下的注释准确性	未明确说明方法在特定细胞类型或复杂组织中的表现	提高scRNA-seq数据中细胞类型注释的准确性和泛化能力	scRNA-seq数据集中的单个细胞	machine learning	NA	scRNA-seq	ensemble learning, gradient boosting, genetic optimizer	gene expression data	多个注释数据集（具体数量未提及）
100	2025-07-05	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing reveals a cuproptosis-related LncRNA prognostic signature in neuroblastoma 2025-Jul-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14463-8 PMID:40596995	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铜死亡相关LncRNA在神经母细胞瘤中的预后特征	首次构建了基于铜死亡相关LncRNA的神经母细胞瘤预后模型，并通过单细胞分析揭示了高风险患者的恶性细胞特征	未观察到风险亚组间肿瘤突变负荷的显著差异，且样本量可能限制模型的泛化能力	探索铜死亡相关LncRNA在神经母细胞瘤预后中的作用机制	神经母细胞瘤患者的RNA测序数据	生物信息学	神经母细胞瘤	RNA-seq, scRNA-seq, Lasso回归, CIBERSORT, inferCNV	预后风险评分模型	转录组数据	神经母细胞瘤患者队列（具体数量未明确说明）