单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30148 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-07-29 |
Taurine Transporter SLC6A6 Expression Promotes Mesenchymal Stromal Cell Function
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661367
PMID:40667251
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研究论文 | 该研究探讨了牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞（MSC）功能中的作用及其对骨组织发育和修复的影响 | 首次揭示了牛磺酸转运蛋白TauT在MSC中的关键作用，及其通过Wnt/β-catenin信号通路和氧化磷酸化影响MSC的成骨分化能力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类MSC的研究样本量有限 | 探究牛磺酸转运蛋白SLC6A6对间充质基质细胞功能及骨组织稳态的调控机制 | 小鼠和人类的间充质基质细胞（MSC） | 细胞生物学 | 骨疾病 | 单细胞RNA测序、shRNA敲低、RNA测序分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 小鼠模型和原代人类MSC |
| 82 | 2025-07-29 |
Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies
2025-Jun-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26136163
PMID:40649940
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综述 | 本文综述了空间转录组学在兽医医学中的应用，包括研究、诊断和治疗策略 | 系统梳理了空间转录组学在兽医医学中的应用现状，并指出了该领域的研究空白和未来方向 | 兽医医学领域的相关研究数量有限，且存在疾病、物种、器官和地理上的偏差 | 评估空间转录组学在兽医医学中的研究、诊断和治疗应用 | 人类和动物健康相关研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学（10× Visium, Slide-seq, Nanostring, MERFISH） | NA | 基因表达数据 | 1398项符合纳入标准的研究 |
| 83 | 2025-07-29 |
Spatial Proofreading Amplification of in situ Transcript and Protein Signals
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.659176
PMID:40661487
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research paper | 介绍了一种基于动力学校对原理的无酶信号放大方法，用于增强空间转录组学实验中的信号亮度 | 提出了一种新型的无酶信号放大方法，利用短寡核苷酸探针在目标位点迭代沉积并通过光交联形成稳定的DNA组装体，实现超过500倍的信号放大 | NA | 提高空间转录组学实验中的信号亮度，以提升检测效率和缩短成像时间 | 空间转录组学实验中的转录和蛋白质信号 | 生物技术 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录和蛋白质信号数据 | NA |
| 84 | 2025-07-29 |
Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation
2025-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.09.658650
PMID:40661601
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研究论文 | 提出了一种新方法MERLIN+P+TFA，通过先验知识引导的稀疏正则化来稳健准确地估计转录因子活性(TFA)和下游基因调控网络(GRN) | 使用先验知识引导的稀疏正则化方法，提高了TFA估计和GRN推断的准确性，并在酵母和哺乳动物系统的模拟和真实表达数据中验证了其效果 | 需要生成特定背景的金标准以提高推断网络的精确度 | 重建基因组规模的基因调控网络(GRN) | 酵母和哺乳动物系统的基因表达数据，包括批量数据和单细胞数据 | 系统生物学 | NA | MERLIN+P+TFA方法，稀疏正则化 | NA | 基因表达数据 | 模拟和真实表达数据，包括58个小鼠胚胎干细胞(mESC)状态的关键调控因子 |
| 85 | 2025-07-29 |
Single cell immunophenotyping identifies CD8+ GZMK+ IFNG+ T cells as a key immune population in cutaneous Lyme disease
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.09.658661
PMID:40661371
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学技术，首次全面解析了皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应 | 首次使用单细胞转录组学结合适应性免疫受体测序技术，全面解析了皮肤莱姆病中的T细胞反应，并鉴定了CD8+ GZMK+ IFNG+ T细胞作为关键的免疫群体 | 研究主要聚焦于皮肤病变中的T细胞反应，未涉及其他可能的免疫细胞或全身性免疫反应 | 探究皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应及其在疾病中的作用 | 皮肤莱姆病患者的EM病灶和自体未受累皮肤组织 | 免疫学 | 莱姆病 | scRNA-Seq, 适应性免疫受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 扩大的样本量（具体数量未提及） |
| 86 | 2025-07-29 |
Single-cell transcriptomics yield insights into the stress-immune interplay and inform disease risk
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658150
PMID:40661381
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研究论文 | 通过单细胞转录组学探索应激与免疫的相互作用及其对疾病风险的影响 | 首次在单细胞分辨率下研究了皮质醇和去甲肾上腺素对免疫细胞的转录组影响，并鉴定了应激激素依赖性和细胞类型特异性的转录变化 | 研究基于体外模型，可能无法完全模拟体内应激环境 | 探索应激激素如何通过单细胞机制调节免疫功能，以理解应激相关疾病的发病机制 | 外周血单个核细胞和中性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病, 精神疾病, 自身免疫性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 两个独立的人类队列 |
| 87 | 2025-07-29 |
Diminished and altered cellular senescence response in delayed wound healing of aging
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.658533
PMID:40661498
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研究论文 | 本文研究了衰老个体中细胞衰老反应的减弱和改变如何导致伤口愈合延迟 | 揭示了衰老伤口中衰老细胞数量减少及其功能转变（从有益的细胞外基质重塑转向促炎状态）的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究衰老个体伤口愈合延迟的细胞衰老机制 | 年轻和年老小鼠的皮肤伤口及人类年轻供体的伤口组织 | 细胞生物学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和年老小鼠的伤口组织及人类年轻供体的伤口组织 |
| 88 | 2025-07-29 |
Uncovering Heterogeneous Effects via Localized Feature Selection
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657761
PMID:40661389
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研究论文 | 提出一种利用局部测试统计量识别疾病相关特征的新框架，以解决现有方法在个体水平异质性上的不足 | 采用局部化测试统计量和knockoffs方法控制选择集的噪声水平，并发现数据中的隐藏异质性效应 | 未明确说明方法在更大规模数据集上的适用性或计算效率 | 开发精准医学研究工具，识别与疾病相关的特征并考虑人群异质性 | 单细胞RNA测序数据中的疾病相关特征 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | knockoffs方法 | 基因表达数据 | NA |
| 89 | 2025-07-29 |
Reconstructing Dynamic Gene Regulatory Networks Using f-Divergence from Time-Series scRNA-Seq Data
2025-May-30, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47060408
PMID:40699807
|
研究论文 | 提出了一种基于f-散度的动态基因调控网络推断方法(f-DyGRN)，用于从时间序列单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中重建动态基因调控网络 | 首次将f-散度应用于量化单个单细胞中基因表达的时间变化，并结合Granger因果关系模型和正则化技术来重建基因调控网络 | 未明确说明方法在更大规模或更复杂数据集上的适用性 | 从时间序列scRNA-seq数据中推断动态基因调控网络 | THP-1人类髓系单核细胞白血病细胞的scRNA-seq数据 | 生物信息学 | 白血病 | scRNA-seq | f-DyGRN（基于f-散度的动态基因调控网络模型） | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据和THP-1细胞的真实scRNA-seq数据（具体样本量未明确说明） |
| 90 | 2025-07-29 |
Immune cell type divergence in a basal chordate
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.20.655184
PMID:40661343
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术，对一种原始脊索动物的血细胞状态进行了定义，揭示了其免疫细胞类型的多样性 | 首次在原始脊索动物中定义了血细胞状态的分化层次，扩展了脊索动物免疫细胞的已知种类 | 无脊椎动物免疫细胞分子特征的研究仍然有限，且与脊椎动物免疫细胞的同源性尚不明确 | 研究原始脊索动物免疫细胞类型的进化与功能 | 原始脊索动物的血细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序、杂交、活体报告基因 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 91 | 2025-07-29 |
NPAS4 Depletion in POMC Neurons Protects From Obesity and Alters the Feeding-regulated Transcriptome in Male Mice
2025-May-19, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqaf083
PMID:40296822
|
研究论文 | 本研究探讨了NPAS4在POMC神经元中的作用及其对肥胖和摄食行为的调控机制 | 首次研究了NPAS4在调节摄食行为中的作用，并揭示了其在ARC中的具体作用位点 | 研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性或其他动物模型 | 探究NPAS4在POMC神经元中对摄食行为和肥胖的调控作用 | 雄性小鼠的POMC神经元 | 神经科学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | 条件性敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 雄性小鼠（具体数量未提及） |
| 92 | 2025-07-29 |
Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain
2025-Apr-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt5915
PMID:40279436
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研究论文 | 探讨脂肪分泌的瘦素和补体因子D在骨关节炎严重程度和疼痛中的作用 | 揭示了瘦素通过调控补体因子D影响骨关节炎的结构和疼痛表型，证实了脂肪与关节之间的系统性交互作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 阐明肥胖相关脂肪因子在骨关节炎发病机制中的具体作用 | 脂肪组织分泌的瘦素和补体因子D | 骨关节炎研究 | 骨关节炎 | 空间转录组学、全球无监督多组学分析 | 小鼠模型（脂肪营养不良小鼠） | 分子生物学数据、行为学数据 | 脂肪营养不良小鼠模型及脂肪移植实验 |
| 93 | 2025-07-29 |
Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review
2025-Apr-08, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-025-04103-5
PMID:40200175
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在肾脏疾病研究中的应用与发展 | 结合scRNA-seq和ST技术，以前所未有的分辨率解析肾脏疾病中的细胞异质性，识别新的细胞亚群及其在肾脏微环境中的动态相互作用 | NA | 探讨scRNA-seq和ST技术在肾脏疾病研究中的应用及其对理解肾脏发育、稳态和疾病进展的细胞和分子机制的贡献 | 肾脏疾病中的细胞异质性和空间组织 | 生物医学研究 | 肾脏疾病 | scRNA-seq, 空间转录组学（ST） | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA |
| 94 | 2025-07-29 |
Transcriptional regulatory network analysis identifies GRN as a key regulator bridging chemotherapy and immunotherapy response in small cell lung cancer
2025-Feb-05, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01667-5
PMID:39910394
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研究论文 | 本研究通过构建小细胞肺癌的调控网络，识别出GRN作为化疗和免疫治疗反应的关键调节因子 | 首次将GRN确定为连接小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应的关键调控因子，并揭示了其在治疗抵抗中的机制 | 研究主要基于基因组学和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探索小细胞肺癌对化疗和免疫治疗抵抗的分子机制 | 小细胞肺癌患者和肿瘤细胞 | 肿瘤基因组学 | 小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，调控网络分析 | NA | 基因组数据，单细胞RNA测序数据 | 未明确说明样本数量，涉及小细胞肺癌患者和肿瘤细胞 |
| 95 | 2025-07-29 |
High Glucose Promotes the Ferroptosis and Dysfunction of Endothelial Cells by Downregulating SLC3A2 and Promoting the Development of Nephropathy
2025, International journal of endocrinology
IF:2.3Q3
DOI:10.1155/ije/1186113
PMID:40703306
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研究论文 | 本文研究了高糖环境下内皮细胞的铁死亡和功能障碍，及其在糖尿病肾病中的作用 | 发现SLC3A2作为关键调节因子，揭示了其在糖尿病肾病中的新机制，并探索了STAT1抑制剂的潜在治疗效果 | 需要进一步研究机制和策略以改善患者预后 | 探讨高糖环境下内皮细胞功能障碍和铁死亡在糖尿病肾病中的作用 | 高糖暴露的内皮细胞和STZ处理的糖尿病小鼠 | 生物医学研究 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序、qPCR、western blotting、铁测量、TUNEL检测、生物信息学分析 | NA | RNA-seq数据、蛋白质表达数据 | GSE13535数据集中的单细胞RNA-seq数据、HUVECs细胞、STZ处理的糖尿病小鼠 |
| 96 | 2025-07-29 |
Integrative multi-omics analysis reveals the interaction mechanisms between gut microbiota metabolites and ferroptosis in rheumatoid arthritis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1608262
PMID:40703513
|
研究论文 | 本研究采用多组学整合分析方法，结合机器学习算法和单细胞转录组数据，揭示了类风湿性关节炎(RA)中铁死亡关键基因与肠道代谢物的调控关系 | 首次系统研究了RA中铁死亡基因与肠道代谢物的相互作用机制，并发现GPX3和MYC作为关键调控因子 | 研究结果需要进一步的体内外实验验证 | 探索RA中铁死亡与肠道菌群代谢物的调控机制 | 类风湿性关节炎患者 | 生物信息学 | 类风湿性关节炎 | 多组学分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟 | LASSO、SVM、RFE-RF | 转录组数据、单细胞数据 | NA |
| 97 | 2025-07-29 |
A novel mast cell marker gene-related prognostic signature to predict prognosis and reveal the immune landscape in head and neck squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1538641
PMID:40703522
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于14个肥大细胞标记基因的预后模型，用于预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后并揭示其免疫景观 | 结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据构建预后模型，首次系统评估肥大细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用 | 研究结果需要进一步实验验证，且样本来源仅限于公开数据库 | 预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后并揭示其免疫微环境特征 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，批量RNA测序 | Cox回归，LASSO回归 | RNA测序数据 | 来自GSE103322和TCGA数据库的头颈部鳞状细胞癌样本 |
| 98 | 2025-07-29 |
Identification of lactylation-associated immune and metabolic regulators in bladder cancer via integrated bulk and single-cell transcriptomics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1604758
PMID:40703521
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研究论文 | 本研究通过整合批量转录组和单细胞转录组数据，鉴定了膀胱癌中与乳酸化相关的免疫和代谢调控因子 | 发现了FASN和RUNX2作为乳酸化相关枢纽基因在膀胱癌中的关键作用，并揭示了非组蛋白乳酸化的潜在功能 | 研究主要基于转录组数据，需要更多实验验证乳酸化修饰的具体分子机制 | 探索乳酸代谢重编程和组蛋白乳酸化在膀胱癌进展中的作用机制 | 膀胱癌细胞系和肿瘤组织 | 肿瘤代谢 | 膀胱癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、生物信息学分析 | NA | 转录组数据 | TCGA数据库中的膀胱癌样本及体外培养的膀胱癌细胞系 |
| 99 | 2025-07-29 |
Multi-Target Synergy Against Acute Lung Injury: Systems Pharmacology Decoding Dahuang-Huangqin Herb Pair's Therapeutic Mechanism
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S527378
PMID:40703642
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研究论文 | 本研究通过整合网络药理学和多组学方法，探讨了大黄-黄芩药对治疗急性肺损伤(ALI)的治疗机制 | 首次结合生物活性化合物筛选、转录组学、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接和体内ALI模型，系统解析了大黄-黄芩药对的多靶点协同作用机制 | 临床应用需要进一步的药效学优化 | 揭示大黄-黄芩药对治疗急性肺损伤的多靶点协同作用机制 | 大黄-黄芩药对的活性成分及其与ALI相关靶点的相互作用 | 系统药理学 | 急性肺损伤 | 网络药理学、多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 转录组数据、蛋白质相互作用数据、分子对接数据、体内实验数据 | 207种活性成分和93个治疗靶点 |
| 100 | 2025-07-29 |
A comprehensive characterization of metabolic signatures-hypoxia, glycolysis, and lactylation-in non-healing diabetic foot ulcers
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1593390
PMID:40703704
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，全面分析了糖尿病足溃疡（DFUs）中的代谢特征，包括缺氧、糖酵解和乳酰化，并鉴定了潜在的诊断和治疗生物标志物 | 首次在DFUs中系统研究了缺氧、糖酵解和乳酰化的代谢特征，并利用单细胞RNA测序和机器学习方法鉴定了新的生物标志物 | 研究样本量可能有限，且外部数据集的验证仍需进一步扩大 | 探究糖尿病足溃疡（DFUs）中代谢失调的机制，并寻找潜在的诊断和治疗靶点 | 糖尿病足溃疡（DFUs）患者样本 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq） | LASSO、支持向量机（SVM）、随机森林（Random Forest） | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |