单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-24	Single-cell RNA sequencing and traditional RNA sequencing reveals the role of cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinomas cohort 2025-May-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02507-1 PMID:40407978	研究论文	通过单细胞RNA测序和传统RNA测序研究癌症相关成纤维细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用	构建了一个基于CAF的预后预测模型和列线图，强调了CAF在肿瘤微环境中的重要性及其作为治疗和预后生物标志物的潜力	研究基于TCGA HNSC队列，可能无法完全代表所有HNSC患者的情况	研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的潜在作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、差异表达分析、Cox回归、LASSO回归、通路富集分析	LASSO回归、多变量Cox回归	RNA测序数据	TCGA HNSC队列中的患者样本
82	2025-05-24	GCNLA: Inferring Cell-Cell Interactions From Spatial Transcriptomics With Long Short-Term Memory and Graph Convolutional Networks 2025-May-22, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3572383 PMID:40402695	research paper	提出了一种基于图卷积网络和长短期记忆注意力模块的网络架构GCNLA，用于从空间转录组数据推断细胞间相互作用	GCNLA不仅学习细胞的空间结构，还捕获远端细胞间的相互作用信息，注意力模块进一步提取和增强与细胞间相互作用相关的特征	现有方法仅考虑邻近细胞的基因表达信息和空间位置信息，存在一定局限性	推断细胞间相互作用，理解细胞活动	细胞间相互作用	digital pathology	NA	空间转录组分析	GCN, LSTM	空间转录组数据	seqFISH和MERFISH数据集
83	2025-05-24	Machine learning using scRNA-seq Combined with bulk-seq to identify lactylation-related hub genes in carotid arteriosclerosis 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00834-5 PMID:40404675	研究论文	本研究通过结合scRNA-seq和bulk-seq数据，识别了与颈动脉粥样硬化中乳酰化相关的关键基因，并构建了诊断模型	首次结合scRNA-seq和bulk-seq数据识别乳酰化相关基因，并构建诊断模型	研究样本来源单一，仅来自GEO数据库，未涉及其他独立验证队列	探索颈动脉粥样硬化斑块形成中的免疫景观及乳酰化相关基因的诊断标志物	颈动脉粥样硬化样本	机器学习	心血管疾病	scRNA-seq, bulk-seq	10种机器学习算法组合	转录组数据	来自GEO数据库的颈动脉粥样硬化样本
84	2025-05-24	Single-cell sequencing and transcriptomic data reveal that P65 activation significantly promotes microglia-mediated neuroinflammation after ischemic stroke 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00524-2 PMID:40404711	研究论文	该研究通过单细胞测序和转录组数据分析，揭示了P65激活在缺血性中风后小胶质细胞介导的神经炎症中的关键作用	识别了与脑缺血再灌注损伤相关的关键调控基因P65和两种小胶质细胞亚型Cx3cr1+和Cdk1+，并证实抑制P65磷酸化可有效减轻炎症反应	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在人类临床样本中验证	探究脑缺血再灌注损伤的病理生理机制，特别是小胶质细胞介导的神经炎症反应	MCAO小鼠模型和OGD/R处理的BV2细胞	神经科学	缺血性中风	单细胞测序、qPCR、Western blotting、免疫荧光染色	MCAO动物模型和OGD/R细胞模型	转录组数据	五个数据集(GSE227651, GSE104036, GSE116878, GSE249957, GSE22255)和实验模型
85	2025-05-24	Elucidating the tumor microenvironment interactions in breast, cervical, and ovarian cancer through single-cell RNA sequencing 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03017-4 PMID:40404741	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌中肿瘤微环境的关键细胞类型及其相互作用	识别了四种癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型，并揭示了它们与肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在肿瘤进展中的关键作用	研究依赖于GEO数据库中的样本，可能受到数据来源的限制	阐明妇科肿瘤（乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌）中肿瘤微环境的细胞组成和相互作用	乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌, 宫颈癌, 卵巢癌	单细胞RNA测序	SingleR, CellChat	RNA测序数据	来自GEO数据库的妇科肿瘤样本
86	2025-05-24	Single cell analysis of diverse immune cell in pneumococcal meningitis 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02258-7 PMID:40404806	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺炎球菌性脑膜炎患者和健康个体的外周血单个核细胞，揭示了免疫细胞亚群的组成变化及其功能特征	首次在单细胞分辨率下详细描述了肺炎球菌性脑膜炎中的免疫细胞亚群变化及其功能特征，发现了中性粒细胞过度激活和适应性免疫反应相对抑制的新现象	样本量可能有限，且仅分析了外周血单个核细胞，未涉及中枢神经系统内的免疫反应	探究肺炎球菌性脑膜炎中免疫反应的细胞和分子特征	肺炎球菌性脑膜炎患者和健康个体的外周血单个核细胞	单细胞转录组学	肺炎球菌性脑膜炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	肺炎球菌性脑膜炎患者和健康个体的外周血单个核细胞（具体数量未明确说明）
87	2025-05-24	Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration 2025-May-22, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01955-w PMID:40404995	研究论文	该研究探讨了小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进衰老相关的白质退化	揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞导致白质退化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究衰老过程中小胶质细胞功能失调与白质退化的关系	衰老小鼠的白质组织和小胶质细胞	神经退行性疾病研究	神经退行性疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
88	2025-05-24	Integrating Mendelian randomization and multi-transcriptomic analyses to unveil the genetic association risk of regulatory T cell-mediated free cholesterol and gastric cancer 2025-May-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02739-1 PMID:40405007	research paper	该研究通过整合孟德尔随机化和多转录组分析，揭示了调节性T细胞介导的游离胆固醇与胃癌的遗传关联风险	首次结合孟德尔随机化和多转录组分析，揭示了调节性T细胞在游离胆固醇与胃癌因果关系中的中介作用	研究结果主要基于遗传数据分析，需要进一步实验验证	探究游离胆固醇与胃癌的因果关系及其免疫调节机制	游离胆固醇、调节性T细胞和胃癌	生物信息学	胃癌	孟德尔随机化(MR)、GWAS、单细胞测序	NA	遗传数据、转录组数据	233种代谢物、731种免疫细胞的GWAS数据，以及TCGA数据库和单细胞测序数据
89	2025-05-24	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-May-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:40401698	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进单核细胞迁移至肾小球及巨噬细胞产生IL-1β等机制加剧肾小球肾炎的新机制	研究仅基于小鼠模型，人类疾病中的TLR7机制仍需进一步验证	阐明巨噬细胞TLR7信号在狼疮性肾炎发病中的作用机制	NZBWF1小鼠模型及肾小球巨噬细胞	免疫学	系统性红斑狼疮/狼疮性肾炎	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	TLR7缺陷型NZBWF1小鼠及其对照
90	2025-05-24	stDGAC: A novel identifying spatial domains method via graph attention contrastive network for spatial transcriptomics data 2025-May-21, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110280 PMID:40403639	研究论文	提出了一种名为stDGAC的新方法，通过结合去噪自编码器和图注意力对比网络，更准确地识别空间转录组数据中的空间域	结合去噪自编码器和图注意力对比网络，有效利用高维和噪声空间转录组数据，提高空间域识别的准确性	NA	提高空间转录组数据中空间域识别的准确性	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学	去噪自编码器, 图注意力对比网络	空间转录组数据	NA
91	2025-05-24	Single-cell RNA sequencing identifies cellular heterogeneity in endothelial and epithelial cells associated with nitrogen dioxide-induced acute lung injury 2025-May-21, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118385 PMID:40403690	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究二氧化氮诱导的急性肺损伤中内皮细胞和上皮细胞的异质性	首次使用scRNA-seq技术揭示了NO-ALI中内皮细胞和上皮细胞的异质性变化，并发现Lrg1和Ucp2在内皮细胞中的上调以及Ly6a肺泡细胞的新亚群	研究仅关注了内皮细胞和上皮细胞，未涉及其他可能参与NO-ALI的细胞类型	探究二氧化氮诱导的急性肺损伤的分子机制	内皮细胞和上皮细胞	生物医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
92	2025-05-24	Characterizing microglial heterogeneity in autophagy impairment of Paraquat-induced Parkinson's disease-like neurodegeneration 2025-May-21, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118364 PMID:40403688	研究论文	本研究通过建立百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变模型，利用单细胞RNA测序技术揭示了小胶质细胞在自噬相关转录组景观中的核心作用及其亚型异质性	首次在百草枯暴露背景下生成自噬相关的单细胞RNA测序图谱，发现并验证了一个特定的自噬相关小胶质细胞亚型	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，人类样本验证不足	探究百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变中自噬障碍的细胞异质性机制	百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变模型中的小胶质细胞	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	动物模型和体外细胞模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量，使用动物模型和BV2细胞系
93	2025-05-24	High-Sensitivity PD-L1 Staining Using Clone 73-10 Antibody and Spatial Transcriptomics for Precise Expression Analysis in Non-Tumorous, Intraepithelial Neoplasia, and Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck 2025-May-20, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01798-8 PMID:40392349	研究论文	本研究使用高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术，评估头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中PD-L1的表达，以扩大免疫检查点抑制剂治疗的适用患者范围	采用高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术，首次在HNSCC中系统评估PD-L1表达及其与免疫微环境和临床预后的关系	样本量相对有限，特别是空间转录组学分析仅涉及6对样本	评估PD-L1在HNSCC中的表达模式及其临床意义	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）、鳞状上皮内瘤变（SIN）和正常口腔黏膜（NOM）样本	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组织化学染色（IHC）、空间转录组学（ST）	NA	组织样本、基因表达数据	94例HNSCC临床样本及配对的SIN和NOM样本，其中6对样本进行ST分析
94	2025-05-24	Neuron-like macrophage differentiation via the APOE-TREM2 axis contributes to chronic pain in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-20, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10035-5 PMID:40392335	研究论文	本研究探讨了APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中通过巨噬细胞神经元样分化所起的作用	揭示了APOE-TREM2轴调控巨噬细胞向神经元样细胞分化的新机制及其在鼻咽癌慢性疼痛中的作用	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	阐明APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中的作用机制	鼻咽癌患者和小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、TCGA转录组数据分析、体外共培养系统	小鼠疼痛模型	转录组数据、单细胞测序数据	TCGA-NPC数据集和单细胞测序样本（具体数量未明确说明）
95	2025-05-24	ACSS2 mediates an epigenetic pathway to regulate β-cell adaptation during gestation in mice 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58322-3 PMID:40393969	研究论文	本研究揭示了小鼠妊娠期间β细胞适应的表观遗传调控机制，特别是ACSS2在其中的作用	首次在单细胞水平揭示了妊娠期β细胞适应的精确过程，并确定了ACSS2介导的特异性表观遗传通路	研究主要基于小鼠模型，在人类妊娠期β细胞适应中的直接应用仍需验证	探究妊娠期胰腺β细胞适应性变化的分子机制	妊娠期小鼠的胰腺β细胞	表观遗传学	妊娠糖尿病	单细胞转录组分析、遗传分析	小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量（小鼠β细胞）
96	2025-05-24	CellFM: a large-scale foundation model pre-trained on transcriptomics of 100 million human cells 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59926-5 PMID:40393991	研究论文	本文介绍了一个基于1000万人类细胞转录组数据预训练的大规模基础模型CellFM	使用1000万人类细胞的多样化数据集训练了一个包含8亿参数的模型，采用改进的RetNet框架在MindSpore上进行训练	未提及具体局限性	解决单细胞数据分析中的噪声、批次效应和稀疏性问题，建立一个统一的细胞状态表示模型	人类单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	RetNet框架改进模型	转录组数据	1000万人类细胞
97	2025-05-24	TGF-β signaling redirects Sox11 gene regulatory activity to promote partial EMT and collective invasion of oncogenically transformed intestinal organoids 2025-May-20, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-025-00560-7 PMID:40393982	research paper	该研究探讨了TGF-β信号如何通过调控Sox11基因的活性，促进部分上皮-间质转化（pEMT）和癌变肠道类器官的集体侵袭	发现Sox11在TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭中的关键作用，并揭示其在肠道组织稳态、肿瘤抑制和癌细胞侵袭中的多重调控功能	Sox11对于TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭是必要但不充分的条件，其具体机制仍需进一步研究	探究TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭的分子机制	携带结直肠癌驱动突变的肠道类器官	癌症研究	结直肠癌	scRNA-seq, 免疫荧光染色, 功能丧失和过表达实验	肠道类器官模型	基因表达数据, 影像数据	人类结直肠癌样本和肠道类器官
98	2025-05-24	The unique hypertrophic and fibrotic features of neonatal right ventricle in response to pressure overload 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01427-y PMID:40394014	研究论文	本研究介绍了一种新生儿大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，并揭示了压力超负荷诱导的右心室肥厚和纤维化的分子特征	首次建立了新生儿大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，并通过单细胞RNA测序揭示了新生儿右心室对压力超负荷反应的独特特征	研究仅关注了新生儿期右心室对压力超负荷的反应，未涉及其他发育阶段	研究儿科心力衰竭的发病机制，特别是右心室压力超负荷导致的肥厚和纤维化	新生儿大鼠/小鼠的右心室组织	心血管疾病研究	心血管疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 组织学染色	NA	RNA测序数据	新生儿大鼠/小鼠右心室组织
99	2025-05-24	Sphingolipid metabolism-related genes as diagnostic markers in pneumonia-induced sepsis: the AUG model 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01150-8 PMID:40394027	研究论文	本研究鉴定了一个与鞘脂代谢相关的新基因标志物（AUG模型），用于肺炎诱发的脓毒症的诊断和预后评估	首次提出由ACER3、UGCG和GBA组成的鞘脂代谢相关基因标志物（AUG模型），并验证其在脓毒症诊断中的性能	临床队列样本量较小（20例PIS患者），需要更大规模的验证研究	鉴定肺炎诱发脓毒症（PIS）的生物标志物和治疗靶点	肺炎诱发脓毒症患者、肺炎患者和健康对照者的外周血样本	生物标志物研究	脓毒症	转录组分析（bulk和单细胞）、细胞通讯分析	AUG模型（基于ACER3、UGCG和GBA基因）	mRNA和蛋白质表达数据、转录组数据	训练集（GSE65682）、验证集（E-MTAB-1548和E-MTAB-5273）、临床队列（20例PIS患者、31例肺炎患者、11例健康对照）
100	2025-05-24	Decoding the impact of MMP1+ malignant subsets on tumor-immune interactions: insights from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02503-y PMID:40394037	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了MMP1在肿瘤生物学和免疫调节中的作用及其对肿瘤进展的影响	揭示了MMP1+恶性细胞与免疫细胞（特别是巨噬细胞和CD8+ T细胞）之间的显著相互作用，并确定了CXCL16-CXCR6和ANXA1-FPR3信号轴作为这些相互作用的关键介质	研究主要基于体外实验和转录组学数据，缺乏体内实验验证和临床样本的直接证据	探讨MMP1在肿瘤进展和免疫调节中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力	MMP1表达的恶性细胞及其与免疫细胞的相互作用	肿瘤生物学	肿瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	大规模单细胞RNA测序和空间转录组学数据