单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-09	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Jul-07, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	review	本文综述了空间转录组学在HIV组织持久性研究中的应用及其技术流程	空间转录组学以高分辨率（<1μm）捕获RNA分子，实现近单细胞水平的全基因组分析，揭示HIV感染细胞与周围微环境的相互作用	靶向RNA捕获在增加目标数量的同时可能降低灵敏度，且需验证发现的生物学意义	探讨空间转录组学在HIV组织持久性机制研究中的应用	HIV感染细胞及其周围微环境	空间转录组学	HIV感染	空间转录组学、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	RNA分子数据	NA
82	2025-07-09	Systematic assessment of microenvironment-dependent transcriptional patterns and intercellular communication 2025-Jul-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03677-5 PMID:40619422	research paper	该研究整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST），系统评估空间微环境如何影响基因表达和细胞间通讯	首次系统评估空间微环境对基因表达和细胞间通讯的影响，结合scRNA-seq和ST技术	使用scRNA-seq数据捕捉微环境特异性分子相互作用存在局限性，即使利用空间信息	揭示空间组织对细胞间通讯和基因表达的影响	乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	多个乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集
83	2025-07-09	Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jul-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10456-6 PMID:40617965	研究论文	本研究通过识别与乳酸相关的关键基因，预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后和免疫特征	识别了六个与ESCC相关的乳酸关键基因，并分析了它们在免疫细胞亚群中的表达差异	研究仅基于基因表达数据，未进行实验验证	探索乳酸相关基因在ESCC中的预后和免疫特征	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本	癌症研究	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, CellChat分析	NA	基因表达数据	两个ESCC细胞系及正常样本
84	2025-07-09	Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery 2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01261-y PMID:40618046	研究论文	本研究探讨了PFKFB3在急性胰腺炎中调节葡萄糖代谢的作用，并评估了通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以缓解代谢功能障碍的潜力	首次将PFKFB3确定为急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的关键治疗靶点，并创新性地采用纳米囊泡递送技术进行干预	研究主要基于动物和体外模型，尚未进行临床验证	探索急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的分子机制并开发新型治疗方法	急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢过程	生物医学工程	急性胰腺炎	scRNA-seq, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术	体内和体外AP模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及GEO数据库中的测序数据和实验模型
85	2025-07-09	CEMIP2 sensitizes PDAC to chemotherapy through extracellular matrix remodeling by hyaluronan degradation 2025-Jul-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217898 PMID:40623543	研究论文	本文探讨了CEMIP2通过降解透明质酸（HA）和重塑细胞外基质（ECM）来增强胰腺导管腺癌（PDAC）对化疗的敏感性	揭示了CEMIP2作为预测PDAC化疗反应的生物标志物及其通过HA降解机制增强化疗效果的分子机制	CEMIP2的具体作用机制仍需进一步研究	研究CEMIP2在PDAC化疗敏感性中的作用及其分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	PDAC小鼠模型	临床样本数据、单细胞RNA测序数据	临床PDAC样本和小鼠模型
86	2025-07-09	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	通过单细胞和单核RNA测序技术，研究dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子机制	首次在胎儿期器官样体和青少年-成人死后脑样本中，揭示了dup15q综合征的细胞类型特异性分子变化及其与特发性自闭症的共享模式	研究依赖于死后脑样本和体外培养的器官样体，可能无法完全反映活体大脑的动态变化	探索dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子机制	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官样体和死后脑样本	分子生物学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官样体和死后脑样本
87	2025-07-09	Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes 2025-Jul-04, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00436-x PMID:40615376	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病小鼠模型中体感神经支配减少对骨骼转录组的单细胞水平影响	首次结合单细胞RNA测序和体外实验，揭示了糖尿病神经病变与骨代谢异常的神经-骨骼信号传导机制	研究仅使用小鼠模型，结果需在人类样本中进一步验证	探究糖尿病外周神经病变对骨代谢的影响机制	高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	动物模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但包含多组织单细胞测序数据
88	2025-07-09	Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03068-z PMID:40608205	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了TMEM71作为预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物	首次将TMEM71鉴定为与乳腺癌免疫治疗反应相关的新型免疫相关基因，并探索其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证TMEM71的功能机制	探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ssGSEA, CIBERSORT, GO, KEGG, GSEA分析	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	整合TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集
89	2025-07-09	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02909-1 PMID:40608217	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示雌激素在TSC-AML中的性别差异及其对肿瘤微环境和肿瘤细胞特性的影响	样本量较小（仅4例患者），可能影响结果的普遍性	探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用	结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者的肿瘤组织	数字病理学	结节性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4例患者（2名女性，2名男性）
90	2025-07-09	Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction 2025-Jul-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253 PMID:40609069	研究论文	本研究构建了首个特定于人类结肠上皮细胞的基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，用于探索疾病相关的代谢变化	首次构建了人类结肠上皮细胞的基因组尺度代谢模型，并模拟了与肠道微生物组的代谢相互作用	研究仅初步验证了模型在炎症性肠病中的应用，需要更多实验验证	探索人类结肠上皮细胞的代谢活动及其在疾病中的变化	人类结肠上皮细胞	代谢组学	炎症性肠病（包括克罗恩病和溃疡性结肠炎）	基因组尺度代谢模型(GEM), 单细胞RNA测序	iColonEpithelium	基因表达数据	克罗恩病和溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序数据
91	2025-07-09	Discovering molecular signatures in kidney transplant biopsies with borderline changes and isolated V-lesions: single-cell RNA-sequencing analysis of human blood and tissue Spatial transcriptomics 2025-Jul-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05191-x PMID:40610502	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，研究肾脏移植活检中边缘性变化和孤立V病变的分子特征	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别了CD8效应记忆T细胞的表达谱和关键上调基因，特别是STAT1作为枢纽基因	样本量较小，仅包括4名边缘性排斥或活检证实的TCMR患者和2名无TCMR证据的患者	深入了解肾脏移植排斥反应的分子机制	肾脏移植活检样本和外周血单核细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	6名患者（4名边缘性排斥或TCMR，2名无TCMR）
92	2025-07-09	Machine learning-assisted multi-dimensional transcriptomic analysis of cytoskeleton-related molecules and their relationship with prognosis in hepatocellular carcinoma 2025-Jul-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10056-4 PMID:40610613	研究论文	本研究通过机器学习辅助的多维转录组分析，探讨了细胞骨架相关分子与肝细胞癌预后的关系	开发了一个基于五种细胞骨架相关基因（ARPC1A、CCNB2、CKAP5、DCTN2、TTK）的预后模型，并通过单细胞测序和空间转录组学揭示了这些基因在恶性组织中的表达及其与免疫抑制微环境的关联	研究依赖于公开数据集，可能受到样本选择和数据的限制	探索细胞骨架相关基因在肝细胞癌中的预后和治疗潜力	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理	肝细胞癌	转录组分析、单细胞测序（scRNA-seq）、空间转录组学、药物筛选、分子对接	LASSO回归、随机森林	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	TCGA-LIHC数据集、ICGC LIRI-JP和CHCC-HBV两个独立队列
93	2025-07-09	The role of JPT1 in hepatocellular carcinoma: tumor progression, microtubule dynamics regulation, and potential mechanisms within the immune microenvironment 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03066-1 PMID:40610765	研究论文	本研究探讨了JPT1在肝细胞癌（HCC）中的表达、功能及其与预后的关系	首次系统性地研究了JPT1在HCC中的表达模式、功能机制及其与免疫微环境的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明JPT1在HCC进展中的作用及其潜在机制	肝细胞癌（HCC）患者和癌细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	生物信息学分析（包括差异表达基因分析、功能富集分析、空间转录组学）	Cox比例风险模型	基因表达数据和临床数据	来自TCGA-LIHC和GEO（GSE14520）数据库的HCC患者样本
94	2025-07-09	Hypoxia-induced cellular responses in the gills of juvenile Eleutheronema tetradactylum: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jul-03, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145749 PMID:40617425	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究四指马鲅幼鱼鳃部在低氧条件下的细胞和分子反应	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和形态学评估，揭示了四指马鲅鳃部细胞在低氧应激下的异质性，并鉴定出潜在的细胞生物标志物	研究仅针对幼鱼鳃部，未涉及其他组织或发育阶段	探究四指马鲅对低氧环境的细胞和分子响应机制	四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)幼鱼的鳃组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), 苏木精-伊红(HE)染色, 透射电子显微镜(TEM)	NA	RNA测序数据, 形态学图像数据	未明确说明样本数量，研究使用四指马鲅幼鱼鳃组织在常氧和低氧条件下的样本
95	2025-07-09	TCGAimmunosurv: An R package to identify genes associated with patient survival and immune cell state transitions using TCGA and single-cell RNA-seq data 2025-Jul-03, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108568 PMID:40623343	研究论文	开发了一个名为TCGAimmunosurv的R包，用于结合TCGA和单细胞RNA-seq数据识别与患者生存和免疫细胞状态转换相关的基因	整合了批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，进行突变特异性免疫动态分析，填补了批量与单细胞分析之间的空白	未提及具体的技术验证或实验验证步骤	识别与癌症进展相关的驱动基因，并研究其与患者生存和免疫细胞状态的关系	癌症患者基因组数据和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据, 单细胞RNA-seq数据	TCGA数据库中的癌症样本及用户提供的单细胞数据集
96	2025-07-09	Spatial histology and gene-expression representation and generative learning via online self-distillation contrastive learning 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf317 PMID:40618351	研究论文	本文介绍了一种名为Magic的自训练对比学习模型，用于从组织学图像预测空间基因表达分布	提出了结合对比学习和基于动量的伪目标生成模块，以减少噪声影响，并利用基于transformer的解码器预测基因表达	未提及具体的技术实现细节和计算资源需求	开发一种能够从组织学图像预测空间基因表达的计算方法	乳腺癌和结直肠癌的组织切片及TCGA数据集	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	对比学习模型（Magic）	图像和基因表达数据	训练集包含56个乳腺癌切片的75,760个点，验证集包含5个独立切片的11,026个点
97	2025-07-09	Inference of gene coexpression networks from single-cell transcriptome data based on variance decomposition analysis 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf309 PMID:40618350	研究论文	提出了一种基于方差分解分析的单细胞转录组数据基因共表达网络推断方法GCNVDA，用于探索基因调控机制	GCNVDA方法通过整合多种变异源（包括基因水平方差和残差误差）来推断基因共表达网络，优于现有算法	未提及具体的数据稀疏性和噪声处理能力限制	探索细胞类型特异性基因共表达网络，以理解基因功能和疾病病理学	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	GCNVDA	转录组数据	三个真实世界的单细胞数据集
98	2025-07-09	Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5352 PMID:40620806	研究论文	提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织解离的优化方案，以提高单细胞RNA测序的质量	使用深共晶溶剂（Vivophix, Rapid Labs）在组织解离前稳定RNA，避免了解离过程中由温度和酶处理引起的转录变化及RNase活性	仅针对蚊子和沙蝇的中肠组织进行了验证，未涉及其他组织或物种	优化非模式生物组织解离方案，以提高单细胞RNA测序的质量	蚊子和沙蝇的中肠组织	分子细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种医学上重要的昆虫载体
99	2025-07-09	Single-cell transcriptomic insights into endosulfan-induced liver injury: Key pathways and inflammatory responses 2025-Jun, Liver research (Beijing, China) DOI:10.1016/j.livres.2025.05.002 PMID:40620502	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了硫丹（ENDO）诱导肝损伤的细胞和分子机制	首次在单细胞水平上解析硫丹诱导肝损伤的关键通路和炎症反应，揭示了细胞间通讯和炎症微环境的变化	研究仅使用小鼠模型，未验证人类样本中的发现	阐明硫丹诱导肝毒性的细胞和分子机制	C57BL/6小鼠的肝脏细胞	单细胞转录组学	肝损伤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量
100	2025-07-09	[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia] 2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi DOI:10.3760/cma.j.cn121090-20241125-00479 PMID:40623905	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）的免疫谱系变化及其致病机制	首次在单细胞水平上揭示了T-LGLL患者的免疫谱系特征，包括效应CD8+ T细胞的异常激活和扩增、Treg细胞数量减少及功能受损，以及APCs和NK细胞对T淋巴细胞的正向调节作用	样本量较小（5例患者和3例健康对照），且仅分析了外周血样本	探究T-LGLL的免疫谱系变化及其致病机制	T-LGLL患者和健康对照者的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（10× Genomics）	NA	单细胞转录组数据	5例T-LGLL患者（治疗前后）和3例健康对照者