单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-15	Immune Regulation and Disulfidptosis in Atherosclerosis Influence Disease Progression and Therapy 2025-Apr-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040926 PMID:40299531	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，探讨了免疫调节和二硫键凋亡在动脉粥样硬化中的作用及其对疾病进展和治疗的影响	首次将二硫键凋亡与动脉粥样硬化联系起来，并确定了CTSC、TGFBI和GMFG作为关键生物标志物，开发了高精度的诊断风险评分模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和测序深度的限制	探究动脉粥样硬化的分子机制，寻找新的治疗靶点和诊断方法	动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和平滑肌细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	诊断风险评分模型	单细胞RNA测序数据	NA
82	2025-05-15	Exploring Immune-Related Ferroptosis Genes in Thyroid Cancer: A Comprehensive Analysis 2025-Apr-08, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040903 PMID:40299520	研究论文	本研究探索甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因（IRFGs），以发现新的治疗靶点	整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个稳健的预后模型，并鉴定了与免疫细胞浸润和免疫反应密切相关的IRFGs	研究样本可能不足以代表所有甲状腺癌亚型，且需要进一步的实验验证	发现甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因（IRFGs）作为新的治疗靶点，并改进预后评估	甲状腺癌患者及其肿瘤微环境（TME）中的免疫相关铁死亡基因	生物信息学	甲状腺癌	CIBERSORTx, WGCNA, LASSO Cox回归, Pearson相关性分析, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, qRT-PCR	预后风险评分模型	RNA测序数据	TCGA-THCA数据集中的甲状腺癌样本，具体数量未明确说明
83	2025-05-15	Exploring Human Brain Metabolism via Genome-Scale Metabolic Modeling with Highlights on Multiple Sclerosis 2025-Apr-02, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.5c00006 PMID:40091499	研究论文	本研究通过基因组尺度代谢模型（GEMs）探索人脑代谢，特别关注多发性硬化症（MS）	整合单细胞RNA-seq数据和全局Human1，通过tINIT算法重建脑细胞特异性GEMs，并生成组合脑模型iHumanBrain2690	NA	理解脑生理和疾病状态下的复杂代谢	神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞及其前体细胞	系统生物学	多发性硬化症	单细胞RNA-seq, tINIT算法	GEMs	RNA-seq数据	NA
84	2025-05-15	A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and innovations 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108362 PMID:39919386	综述	本文系统回顾了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的应用和创新，特别是在胰岛细胞研究中的进展	强调了scRNA-seq在解析细胞类型、基因活性和细胞间相互作用方面的创新应用，为理解复杂生物过程和疾病提供了新视角	讨论了scRNA-seq在样本制备、测序和计算分析方面的挑战和限制	回顾scRNA-seq技术在胰岛细胞研究中的应用及其对理解复杂生物过程和疾病的贡献	胰岛细胞及其在葡萄糖稳态中的作用	基因组学	糖尿病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
85	2025-05-15	Characterization of shell field populations in gastropods and their autonomous specification mechanism independent of inter-quartet interactions 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204538 PMID:40105679	research paper	本研究重新调查了帽贝壳场规范的诱导假说，并识别了发育壳场中的三个细胞群体	发现壳场早期规范在2q来源细胞中基本独立于其他四分体的相互作用	研究仅针对帽贝，可能不适用于其他软体动物	探究软体动物壳场规范的自主性	帽贝的胚胎壳场细胞群体	developmental biology	NA	two-color in situ hybridization, single-cell transcriptome analysis	NA	gene expression data	16-cell embryos of limpets
86	2025-05-15	Deletion of hepcidin disrupts iron homeostasis and hematopoiesis in zebrafish embryogenesis 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204307 PMID:40110772	research paper	研究通过CRISPR/Cas9系统创建稳定的hamp敲除斑马鱼模型，揭示了hamp在铁调节和造血中的关键作用	首次在斑马鱼模型中揭示了hamp缺失导致母体铁过载，并影响血红蛋白基因表达和血液祖细胞发育	研究仅局限于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物或人类中进行验证	探索hamp在斑马鱼造血过程中的作用及其对铁稳态的影响	斑马鱼胚胎及其血液祖细胞	developmental biology	blood disorders	CRISPR/Cas9系统, 单细胞RNA测序	CRISPR knockout model	genetic and RNA sequencing data	斑马鱼胚胎及其血液祖细胞样本
87	2025-05-15	Microvascular aberrations found in human polycystic kidneys are an early feature in a Pkd1 mutant mouse model 2025-Apr-01, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.052024 PMID:40114603	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、三维成像及多模态磁共振成像技术，探讨了人类多囊肾中微血管异常的特征及其在小鼠模型中的早期表现	首次在人类ADPKD肾脏中鉴定出一种分子特征独特的微血管亚群，并在Pkd1突变小鼠模型中发现了类似的早期血管异常	研究主要关注ADPKD的血管异常，未涉及其他类型肾脏疾病的比较	探究ADPKD肾脏血管异常的起始时间和特征，为靶向血管治疗提供依据	人类ADPKD肾脏及Pkd1突变小鼠模型	数字病理学	多囊肾病	单细胞转录组学、三维成像、多模态磁共振成像	Pkd1突变小鼠模型	图像、转录组数据	人类ADPKD肾脏样本及Pkd1突变小鼠肾脏样本
88	2025-05-15	Insights into the single-cell transcriptome characteristics of porcine endometrium with embryo loss 2025-Mar-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402212RR PMID:40105155	研究论文	本研究通过构建单细胞转录组图谱，揭示了猪子宫内膜在胚胎丢失和成功妊娠状态下的分子特征和细胞亚群差异	首次在猪模型中系统比较胚胎丢失与成功妊娠子宫内膜的单细胞转录组特征，发现纤毛细胞在胚胎丢失组织中更活跃，并揭示了与胚胎附着相关的信号网络差异	研究仅聚焦于围植入期，未涵盖整个妊娠过程；样本量可能有限	探究猪生殖障碍的子宫内膜微环境分子机制	猪子宫内膜组织（胚胎丢失组与成功妊娠组）	单细胞转录组学	生殖障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（包含胚胎丢失和成功妊娠两组子宫内膜组织）
89	2025-05-15	Investigating the Prognostic Role of Telomerase-Related Cellular Senescence Gene Signatures in Breast Cancer Using Machine Learning 2025-Mar-30, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040826 PMID:40299459	research paper	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，建立了一个与端粒维持和细胞衰老相关的基因特征，用于乳腺癌的预后预测	提出了一个包含19个关键端粒和衰老相关基因的新型预后特征，并通过多独立队列验证了其预测准确性	研究依赖于公共数据库数据，可能受到样本选择和批次效应的影响	研究端粒和细胞衰老相关基因特征在乳腺癌预后中的作用	乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, scRNA-seq, IHC	random survival forests, ridge regression	RNA sequencing data, protein expression data	来自TCGA和GEO数据库的多个独立队列数据
90	2025-05-15	Migrasome-Related Genes as Potential Prognosis and Immunotherapy Response Predictors for Colorectal Cancer 2025-Mar-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040799 PMID:40299331	research paper	该研究通过生物信息学分析迁移体相关基因，识别出T1MP1、CXCL8和MGP在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的重要作用	首次探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的潜在作用，并识别出三个关键基因作为预后生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的作用	结直肠癌患者和迁移体相关基因	生物信息学	结直肠癌	WGCNA, 单细胞RNA-seq, 回归分析	风险模型	基因表达数据	TCGA-CRC数据集和GSE231559单细胞RNA-seq数据集
91	2025-05-15	Adhesion-Assisted Antioxidant-Engineered Mesenchymal Stromal Cells for Enhanced Cardiac Repair in Myocardial Infarction 2025-03-25, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c00820 PMID:40073336	research paper	本研究通过化学修饰间充质基质细胞（MSCs）增强其在心肌梗死（MI）中的存活和修复能力	使用抗VCAM1和聚多巴胺（PD）化学修饰MSCs，显著提高细胞存活率并促进心脏修复	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	提高MSCs在心肌梗死治疗中的疗效	间充质基质细胞（MSCs）和心肌梗死（MI）模型	再生医学	心血管疾病	化学修饰、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠模型
92	2025-05-15	An atlas of early human mandibular endochondral and osteogenic paracrine signaling regions of Meckel's cartilage 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2420466122 PMID:40096606	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学分析，建立了人类胎儿7至15周后受孕的Meckel软骨时空图谱，揭示了其在下颌骨骨化中的作用	揭示了Meckel软骨通过两种不同机制参与下颌骨骨化，前部MC可分化为成骨细胞，中间MC通过细胞间通讯促进膜内骨化	研究主要基于人类胎儿样本，可能无法完全反映成人或疾病状态下的情况	探究Meckel软骨在下颌骨骨化中的作用机制	人类胎儿7至15周后受孕的Meckel软骨	发育生物学	口腔颅面疾病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学分析	小鼠体内谱系追踪模型	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	人类胎儿7至15周后受孕的样本
93	2025-05-15	Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418023122 PMID:40106360	研究论文	本研究揭示了Dnmt3a介导的FoxO3高甲基化在破骨细胞生成过程中促进氧化还原失衡的作用机制	首次发现Dnmt3a通过调控FoxO3启动子甲基化影响破骨细胞生成，为骨质疏松治疗提供了新的表观遗传靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用机制	FoxO3转录因子、Dnmt3a甲基转移酶、破骨细胞	表观遗传学	骨质疏松症	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型	基因表达数据、甲基化数据	人类股骨头样本和小鼠模型
94	2025-05-15	IGF1 Signaling Regulates Neuropeptide Expression in Hypothalamic Neurons Under Physiological and Pathological Conditions 2025-Mar-24, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf051 PMID:40105689	研究论文	本研究探讨了胰岛素样生长因子1（IGF1）在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	揭示了IGF1信号在生理和病理条件下对下丘脑神经元神经肽表达的调控作用，并发现高胰岛素血症是导致细胞IGF1抵抗的新机制	研究主要基于小鼠和人类模型，可能无法完全反映人体内的复杂情况	探究IGF1在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	下丘脑神经元，特别是NPY/AgRP和POMC神经元	神经科学	代谢性疾病	RT-qPCR, 单细胞RNA测序	小鼠和人类模型	基因表达数据	NA
95	2025-05-15	Constructing a disease-specific ceRNA coregulatory network for keratoconus diagnosis and landscape of the immune environment 2025-Mar-22, International ophthalmology IF:1.4Q3 DOI:10.1007/s10792-025-03488-4 PMID:40119981	research paper	该研究构建了圆锥角膜(KC)的疾病特异性ceRNA共调控网络，用于KC的早期诊断和免疫环境分析	首次构建了KC的疾病特异性PPI和ceRNA网络，开发了基于ElasticNet算法的诊断模型和列线图，并揭示了KC患者的免疫微环境特征	研究依赖于公共数据库的转录组数据，样本量可能有限	确定KC的潜在疾病特异性基因标志物并分析其免疫环境	圆锥角膜(KC)患者	digital pathology	keratoconus	RNA-seq, 单细胞测序分析	ElasticNet	转录组数据	来自GEO和ArrayExpress数据库的KC患者和对照组数据
96	2025-05-15	Inhibition of stromal MAOA leading activation of WNT5A enhance prostate cancer immunotherapy by involving the transition of cancer-associated fibroblasts 2025-Mar-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010555 PMID:40121032	研究论文	该研究探讨了基质细胞中MAOA抑制通过激活WNT5A增强前列腺癌免疫治疗的机制	揭示了MAOA在基质细胞中通过WNT5A-Ca2+-NFATC1信号通路调节CD8+ T细胞活性的新机制，并提出了MAOA抑制剂与免疫检查点抑制剂联合治疗的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	阐明MAOA在前列腺癌免疫微环境中的作用并探索其治疗潜力	前列腺癌基质细胞和免疫微环境	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞测序、体外共培养、小鼠移植瘤模型、双人源化小鼠模型	动物模型（C57BL/6J小鼠）	基因表达数据、免疫细胞活性数据	未明确说明具体样本量，涉及小鼠模型和体外细胞实验
97	2025-05-15	EGFR-mediated local invasiveness and response to Cetuximab in head and neck cancer 2025-Mar-22, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02290-1 PMID:40121428	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了EGFR介导的头颈癌局部侵袭的基因调控网络，并探讨了其对西妥昔单抗治疗的响应	发现了一个由INHBA和SNAI2等基因组成的局部侵袭基因调控网络（invGRN），并验证了其与西妥昔单抗治疗响应的关联	研究主要基于细胞3D模型和公共数据集，尚未在大量临床样本中验证	探索EGFR驱动的头颈癌局部侵袭的分子网络，以寻找潜在的治疗靶点和预测标志物	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的局部侵袭机制	癌症生物学	头颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	3D细胞模型	基因表达数据	NA
98	2025-05-15	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data to characterize the heterogeneity of glycan-lipid metabolism polarization in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06347-z PMID:40121455	research paper	该研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了肝细胞癌（HCC）中糖脂代谢极化的异质性	识别了两种具有不同多组学特征和预后的HCC代谢亚型（glycan-HCC和lipid-HCC），并开发了用于亚型确定的基因特征、放射组学、CEUS和血清生物标志物	未明确指出研究的局限性	揭示肝细胞癌的代谢异质性并开发临床转化策略	肝细胞癌（HCC）患者	digital pathology	liver cancer	RNA sequencing, single-cell RNA sequencing, radiomics, contrast-enhanced ultrasound (CEUS)	NA	RNA sequencing data, single-cell RNA sequencing data, radiomics data, serum biomarkers	内部队列和公共HCC队列的RNA测序数据
99	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing reveals a new mechanism of endothelial cell heterogeneity and healing in diabetic foot ulcers 2025-Mar-22, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00628-9 PMID:40121493	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示糖尿病足溃疡内皮细胞异质性和愈合的新机制	首次通过单细胞RNA测序技术深入分析了糖尿病足溃疡患者足部皮肤的细胞异质性和内皮细胞的转录组特征，并验证了SH3BGRL3基因在高糖条件下对内皮细胞增殖、迁移和血管生成能力的促进作用	未提及样本量是否足够大以覆盖所有可能的异质性，也未讨论其他潜在影响因素	探索糖尿病足溃疡的发病机制并寻找新的治疗靶点	糖尿病足溃疡患者的足部皮肤细胞，特别是内皮细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
100	2025-05-15	Migrasome Marker Epidermal Growth Factor Domain-Specific O-GlcNAc Transferase: Pan-Cancer Angiogenesis Biomarker and the Potential Role of circ_0058189/miR-130a-3p/EOGT Axis in Hepatocellular Carcinoma Progression and Sorafenib Resistance 2025-Mar-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040773 PMID:40299340	研究论文	本研究系统性地探讨了EOGT在多种癌症中的致癌机制，特别是在肝细胞癌（HCC）进展和索拉非尼耐药中的作用	首次将EOGT确立为泛癌血管生成生物标志物，并揭示了外泌体circRNA介导的调控机制在治疗耐药中的作用	研究主要基于TCGA/GTEx数据和Huh7细胞模型，可能无法完全代表所有癌症类型的生物学特性	探索EOGT在癌症生物学中的作用及其治疗潜力	33种癌症类型，特别是肝细胞癌（HCC）	癌症生物学	肝细胞癌	多组学分析、RNA测序、ceRNA网络构建、药物敏感性分析	Huh7细胞模型	转录组数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	33种癌症类型的TCGA/GTEx数据，10个HCC队列