单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
81	2026-03-17	Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr9995 PMID:40408478	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了2至3岁儿童鼻气道上皮细胞的发育表型，探讨了喘息表型和婴儿期呼吸道合胞病毒感染对气道上皮发育的联合影响	首次在预先设计的嵌套出生队列中，结合喘息表型和RSV感染状态，使用单细胞RNA测序技术系统表征了儿童气道上皮的发育异常和免疫反应变化	研究样本局限于特定年龄段的儿童，且为观察性研究，难以确定因果关系	阐明哮喘儿童气道上皮的发育机制，特别是喘息表型和早期RSV感染对其的影响	2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自四个互斥组的儿童（喘息/非喘息与RSV感染/未感染组合）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
82	2026-03-17	Single-cell transcriptomics reveals targeted modulation of inflammatory repertoire by SOCE blockers 2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.28.651042 PMID:40654653	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了SOCE阻断剂BTP2和CM4620对人类外周血单个核细胞中免疫细胞炎症反应的靶向调节作用	首次利用多重单细胞RNA测序揭示SOCE阻断剂对CD8效应T细胞、NK细胞和CD4调节性T细胞炎症基因表达的差异性调控，显示其比传统免疫抑制剂更具选择性	研究仅基于体外多克隆刺激的正常人PBMCs，未涉及体内模型或疾病状态，且SOCE阻断剂的作用机制仍需进一步探索	探究SOCE阻断剂对免疫细胞功能的调控机制及其治疗潜力	正常人外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	免疫介导性疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量，使用正常人PBMCs	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
83	2026-03-17	Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.628020 PMID:39763850	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病疾病进展中的关键驱动作用	首次在ACM中结合单核RNA测序和空间转录组学，识别了炎症-纤维化空间微环境，并验证了靶向IL-1β的治疗潜力	研究样本量有限，且动物模型可能无法完全模拟人类疾病的所有方面	探究致心律失常性心肌病的疾病进展机制并寻找潜在治疗靶点	ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型	数字病理学	心血管疾病	单核RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	ACM患者和对照捐赠者的心肌样本	NA	单核RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
84	2026-03-17	Multi-sample non-negative spatial factorization 2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.599554 PMID:39005356	研究论文	本文提出了一种用于分析多样本空间转录组数据的无对齐框架mNSF，通过模拟和真实数据验证了其有效性	将单样本空间因子分解扩展至多样本数据集，无需空间对齐，并整合了样本特异性空间相关性建模	未明确提及具体局限性，但暗示在空间对齐可行时性能与基于对齐的方法相当	开发一种用于多样本空间转录组数据分析的稳健方法	多样本空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	非负空间因子分解	空间转录组数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
85	2026-03-17	ADAMTS7 Promotes Smooth Muscle Foam Cell Expansion in Atherosclerosis 2024-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582156 PMID:38463994	研究论文	本研究探讨了ADAMTS7在动脉粥样硬化中促进平滑肌泡沫细胞扩增的机制	揭示了ADAMTS7通过上调PU.1和CD36表达促进平滑肌细胞氧化低密度脂蛋白摄取的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明ADAMTS7在动脉粥样硬化中的细胞特异性促动脉粥样硬化机制	平滑肌细胞、内皮细胞、小鼠模型、人类颈动脉粥样硬化组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、RNA测序	条件性基因敲除小鼠、转基因小鼠	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
86	2026-03-17	Endothelial-adipocyte Cx43 Mediated Gap Junctions Can Regulate Adiposity 2024-09-10, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqae029 PMID:38984993	研究论文	本研究探讨了内皮细胞与脂肪细胞间通过Cx43介导的间隙连接在调节脂肪组织功能和肥胖中的作用	首次通过单细胞RNA测序和透射电镜揭示了脂肪毛细血管内皮细胞与脂肪细胞间的直接异细胞接触，并发现Cx43介导的间隙连接在调节脂肪堆积和脂质代谢中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；体外共培养系统可能无法完全模拟体内复杂微环境	研究脂肪毛细血管内皮细胞与脂肪细胞相互作用的机制及其对代谢功能的影响	高脂饮食小鼠的脂肪组织、内皮细胞和脂肪细胞	单细胞组学	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、透射电镜（TEM）	NA	单细胞转录组数据、图像数据	高脂饮食小鼠模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
87	2026-03-17	Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness 2024-07-11, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqae015 PMID:38985000	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析细胞因子处理的人胰岛，揭示了细胞应激与细胞因子反应性受损之间的关联	首次在单细胞水平上比较人胰岛与小鼠胰岛对细胞因子的基因表达响应差异，并发现核糖体蛋白高表达与应激反应相关，限制了细胞因子响应	研究未详细探讨供体死亡原因和胰岛分离方法对细胞应激的具体影响，样本来源和处理可能引入偏差	研究细胞因子对人胰岛基因表达的影响，特别是细胞应激如何调节细胞因子响应	人胰岛细胞，包括β细胞等内分泌细胞	单细胞转录组学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确指定样本数量，但涉及人胰岛细胞群体	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
88	2026-03-17	The Absence of Intra-Tumoral Tertiary Lymphoid Structures is Associated with a Worse Prognosis and mTOR Signaling Activation in Hepatocellular Carcinoma with Liver Transplantation: A Multicenter Retrospective Study 2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202309348 PMID:38498682	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌肝移植患者肿瘤内三级淋巴结构的缺失与预后不良及mTOR信号通路激活的关系，并构建了基于影像组学的非侵入性预测模型	首次在肝细胞癌肝移植患者中系统研究肿瘤内三级淋巴结构与预后的关系，并利用大规模影像组学数据构建了首个非侵入性预测三级淋巴结构丰度的分类器	这是一项多中心回顾性研究，可能存在选择偏倚，且需要前瞻性研究进一步验证影像组学模型的临床适用性	探究肝细胞癌肝移植患者肿瘤内三级淋巴结构的临床意义及其与非侵入性预测方法的关联	肝细胞癌肝移植患者的肿瘤组织及影像数据	数字病理学	肝细胞癌	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 影像组学	分类器	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 影像数据	最大规模的具有可用影像组学数据的肝细胞癌患者队列	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
89	2026-03-16	PPRC1 is a prognostic biomarker and key regulator of mitochondrial oxidative phosphorylation in multiple myeloma 2026-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2026.2639658 PMID:41814677	研究论文	本研究探讨了PPRC1在多发性骨髓瘤中的临床和生物学意义，发现其作为预后生物标志物和线粒体氧化磷酸化的关键调节因子	首次将PPRC1鉴定为多发性骨髓瘤的独立预后因子，并揭示其通过维持线粒体氧化磷酸化促进肿瘤进展的机制	研究主要基于公共数据库和细胞系实验，缺乏体内动物模型验证和临床样本的功能性验证	探索PPRC1在多发性骨髓瘤中的预后价值和生物学功能	多发性骨髓瘤患者样本和细胞系	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，siRNA沉默，Kaplan-Meier分析，Cox回归分析	NA	基因表达数据，临床数据	公共数据库和独立本地队列的多发性骨髓瘤样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
90	2026-03-16	Gut-brain axis-mediated mechanisms and immune regulatory pathways in vascular dementia: Insights into microbiota-derived metabolites and novel therapeutic strategies 2026-May-08, Behavioural brain research IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.bbr.2026.116113 PMID:41722735	研究论文	本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，识别了血管性痴呆的关键致病基因PIK3CG，并探索了肠道微生物代谢物通过肠脑轴调控神经炎症的潜在治疗策略	首次结合单细胞RNA测序、机器学习优先排序和孟德尔随机化分析，系统揭示了PIK3CG在血管性痴呆中的关键作用，并发现六种具有药物相似性的肠道微生物代谢物可能通过靶向PIK3CG发挥治疗潜力	研究主要基于生物信息学分析和体外分子对接，缺乏体内实验验证；样本来源和规模未明确说明，可能影响结果的普适性	阐明血管性痴呆的分子机制，探索基于肠脑轴的微生物代谢物干预策略	血管性痴呆相关基因、肠道微生物代谢物、神经炎症通路	生物信息学	血管性痴呆	单细胞RNA测序、机器学习（LASSO、神经网络、SVM-RFE）、孟德尔随机化、分子对接	LASSO、神经网络、SVM	基因表达数据、单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
91	2026-03-16	MICALL2 promotes angiogenesis of colorectal cancer by regulating the EGFR/PI3K/AKT/KLF5/VEGFA axis 2026-May, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2026.117757 PMID:41617093	研究论文	本研究揭示了MICALL2通过调控EGFR/PI3K/AKT/KLF5/VEGFA轴促进结直肠癌血管生成的新机制	首次发现MICALL2在结直肠癌血管生成中的关键作用，并阐明其通过稳定EGFR激活下游信号通路的具体分子机制	研究主要基于细胞系和动物模型，缺乏临床患者样本的验证，且未探讨MICALL2在其他癌症类型中的普适性	探索结直肠癌血管生成的新机制和潜在治疗靶点	结直肠癌细胞、人脐静脉内皮细胞、鸡胚绒毛尿囊膜、异种移植模型	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、免疫组织化学、体外功能实验、体内动物模型	NA	基因表达数据、图像数据	未明确说明具体样本数量	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
92	2026-03-16	Single-cell RNA sequencing of human embryonic stem cells reveals immediate and deferred transcriptomic responses to retinoic acid-mediated effects across cell subpopulations 2026-May, Toxicology in vitro : an international journal published in association with BIBRA IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.tiv.2026.106213 PMID:41679446	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了H9人胚胎干细胞在视黄酸处理下的转录组响应，揭示了其在多能性和分化过程中的即时与延迟效应	首次在单细胞分辨率下，系统描绘了视黄酸对人胚胎干细胞转录组的动态影响，并关联了发育轨迹的改变	研究仅基于H9细胞系，可能无法完全代表所有人类胚胎干细胞；样本量相对有限；未深入验证功能机制	探索视黄酸作为发育毒性物质或形态发生素，在人胚胎干细胞中的分子签名，以支持未来发育毒性化学筛选的转录组生物标志物开发	H9人胚胎干细胞系	单细胞组学	发育毒性	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	H9细胞系在多种处理条件下的样本（具体数量未明确）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
93	2026-03-16	Deciphering the single-cell transcriptomic atlas of donkey (Equus asinus) gonad development in early gestation 2026-May, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2026.02.003 PMID:41690667	研究论文	本研究构建了妊娠早期（4周和8周）驴胚胎性腺的单细胞转录组图谱，揭示了卵巢发育过程中的细胞类型组成、生殖细胞动态分化及相关信号网络的差异	首次构建了驴早期妊娠期性腺发育的单细胞转录组图谱，系统揭示了卵巢形态变化、细胞类型异质性、生殖细胞相关基因表达动态以及TGF-β等信号通路的差异，并提出了颗粒细胞可能起源于卵巢上皮细胞的新见解	研究仅聚焦于妊娠早期（4周和8周）两个时间点，未能覆盖更完整的发育周期；样本量有限；功能验证实验不足	解析驴早期妊娠期性腺发育的分子机制，以探究其低繁殖率的成因	妊娠4周和8周的驴胚胎性腺组织	单细胞转录组学	生殖障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	妊娠4周和8周的驴胚胎性腺组织（具体样本数量未明确说明）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
94	2026-03-16	High-sensitivity in situ detection of Sox21 reveals transcript asymmetry from the zygote stage 2026-May, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2026.02.002 PMID:41692143	研究论文	本研究通过高灵敏度原位检测技术揭示了Sox21转录本在哺乳动物早期胚胎发育中的不对称表达，最早出现在2细胞阶段	首次使用杂交链式反应结合共聚焦成像技术，在单分子水平上检测到Sox21 mRNA在2细胞阶段的异质性表达，并发现其优先从雄性原核表达	研究主要基于小鼠模型，人类胚胎中的类似现象尚未验证；技术方法虽然灵敏，但可能无法全面反映所有基因的表达异质性	探究哺乳动物早期胚胎发育中谱系决定的起始时间及分子机制	小鼠早期胚胎（从受精卵到4细胞阶段）	发育生物学	NA	杂交链式反应（HCR），共聚焦成像，单细胞RNA-seq	NA	图像，转录组数据	未明确指定样本数量，但涉及小鼠早期胚胎多个发育阶段	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
95	2026-03-16	Machine learning derived proliferating T cell-related signature: a novel biomarker for prognosis and treatment efficacy in clear cell renal cell carcinoma 2026-Apr-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2026.116361 PMID:41740344	研究论文	本研究开发了一种基于增殖T细胞相关基因的机器学习评分模型（TRRS），用于预测透明细胞肾细胞癌的预后和治疗效果	首次利用增殖T细胞相关特征构建了ccRCC的预后和治疗反应预测模型，并通过多组学分析鉴定了关键介质CST3	模型基于回顾性数据开发，需要前瞻性研究进一步验证其临床实用性	开发可靠的生物标志物以预测ccRCC患者的临床结局和治疗反应	透明细胞肾细胞癌患者	机器学习	肾癌	转录组学、空间转录组学、单细胞转录组学	机器学习框架	转录组数据	多个独立队列（CheckMate025、IMmotion151、JAVELIN Renal 101、TCGA-KIRC、华西医院队列）	NA	单细胞RNA-seq、空间转录组学	NA	NA
96	2026-03-16	Targeting macrophage-mediated clearance of apoptotic cells overcomes anti-VEGF resistance in choroidal neovascularization 2026-Apr-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2026.116410 PMID:41740341	研究论文	本研究利用Stereo-seq空间转录组技术，揭示了脉络膜新生血管（CNV）微环境中巨噬细胞清除凋亡细胞的功能障碍是抗VEGF治疗抵抗的关键机制，并提出联合抗CD47治疗可克服此抵抗	首次在单细胞分辨率下构建了视网膜-脉络膜-巩膜复合体的空间转录组图谱，并发现巨噬细胞介导的凋亡内皮细胞清除障碍是抗VEGF治疗抵抗的新机制	研究基于小鼠激光诱导的CNV模型，其结果在人类nAMD患者中的普适性有待验证	探究脉络膜新生血管（CNV）微环境中导致抗VEGF治疗不完全应答（IRT）的细胞与分子机制	健康对照小鼠及激光诱导CNV模型小鼠的视网膜-脉络膜-巩膜（RCS）复合体	空间转录组学	年龄相关性黄斑变性	空间转录组学	NA	空间转录组数据	健康对照、未治疗CNV及抗VEGF治疗CNV三组小鼠的RCS复合体样本	华大基因（BGI）	空间转录组学	Stereo-seq	Stereo-seq技术（用于构建单细胞分辨率空间转录组图谱）
97	2026-03-16	Inhibition of LRRK2 alleviates LPS-induced hippocampal pericyte loss and depressive-like behaviors through suppressing the RIPK1-mediated necroptosis pathway 2026-Apr-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2026.116414 PMID:41740343	研究论文	本研究揭示了LRRK2抑制剂通过抑制RIPK1介导的坏死性凋亡通路，减轻LPS诱导的海马周细胞丢失和抑郁样行为	首次将LRRK2激活与RIPK1介导的坏死性凋亡通路联系起来，并证明LRRK2抑制剂能通过该机制保护周细胞、改善血脑屏障功能和抑郁样行为	研究主要基于LPS诱导的炎症模型，在人类临床样本中的验证尚不充分	探究LPS诱导的抑郁样行为发病机制中周细胞丢失的作用及分子机制	小鼠海马组织、人脑血管周细胞	神经科学	抑郁症	单细胞RNA测序、微阵列分析、免疫共沉淀	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 微阵列	NA	NA
98	2026-03-16	CXCL9 as a key feature for deep learning-based immune subtyping and prediction of immune checkpoint blockade response in triple-negative breast cancer 2026-Apr-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2026.116439 PMID:41759266	研究论文	本研究开发了一种基于深度学习的免疫亚型分类系统，用于三阴性乳腺癌，并识别CXCL9作为与免疫检查点阻断反应正相关的关键生物标志物	使用深度学习驱动的无监督聚类方法识别TNBC的潜在免疫亚型，并通过单细胞测序验证关键特征在免疫细胞中的表达，揭示了IDO1对CXCL9的调控机制	研究基于公共数据集（GEO、TCGA、GTEx）的整合分析，可能受数据异质性和样本量的限制，且体外实验初步验证了假设机制，但需进一步体内验证	开发一种新的免疫分类系统以预测三阴性乳腺癌患者对免疫检查点阻断疗法的反应，并探索相关生物标志物和调控机制	三阴性乳腺癌患者的多组学数据和单细胞测序数据	机器学习	乳腺癌	多组学数据分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting、免疫荧光、ELISA	AE-K-means、NMF、ConsensusClusterPlus、VAE-GMM、随机森林	多组学数据（包括基因表达、生存数据等）、单细胞测序数据	来自GEO、TCGA和GTEx数据集的整合样本，具体数量未在摘要中明确说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
99	2026-03-16	Tumor-Educated Extracellular Vesicle-Derived LINC01116 Drives Non-Small Cell Lung Cancer Progression and Immunosuppression by Sponging miR-3614-5p to Upregulate ARHGAP1 2026-Apr-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2026.116347 PMID:41764827	研究论文	本研究探讨了细胞外囊泡来源的长链非编码RNA LINC01116在非小细胞肺癌进展和肿瘤免疫微环境中的作用	揭示了EV来源的LINC01116通过海绵吸附miR-3614-5p上调ARHGAP1，从而促进NSCLC进展和免疫抑制的新机制	NA	研究细胞外囊泡来源的lncRNA在非小细胞肺癌进展和肿瘤免疫微环境中的作用	非小细胞肺癌组织、患者血液中的细胞外囊泡、体外细胞模型和体内小鼠模型	生物信息学	肺癌	生物信息学分析、RNA pull-down、RIP、荧光素酶报告基因检测、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、单细胞RNA-seq数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
100	2026-03-07	The ZNF737-CXCL10 axis drives immune exclusion and resistance to anti-PD-1 therapy in bladder cancer 2026-Apr-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2026.116443 PMID:41785601	研究论文	本研究揭示了转录因子ZNF737通过抑制CXCL10的表达，驱动膀胱癌免疫排斥和对PD-1抑制剂耐药的新机制	首次鉴定出ZNF737是膀胱癌免疫逃逸的关键驱动因子，并阐明其通过转录抑制CXCL10导致CD8+ T细胞募集受损和抗原特异性细胞毒性减弱的机制	研究主要基于体外实验和人源化小鼠模型，临床转化仍需进一步验证；ZNF737在其他癌症类型中的作用未充分探索	探究膀胱癌免疫检查点抑制剂耐药的肿瘤内在分子机制，寻找预测生物标志物和联合治疗新靶点	膀胱癌肿瘤细胞、CD8+ T细胞、患者组织样本、人源化小鼠模型	癌症免疫学	膀胱癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、细胞迁移/侵袭实验、T细胞趋化实验、双荧光素酶报告基因实验、MHC-I限制性细胞毒性实验	人源化小鼠模型（huPBMC-NOG）	RNA测序数据、单细胞转录组数据、免疫荧光图像、临床预后数据	多个独立患者队列的组织样本和临床数据	NA	单细胞RNA测序	NA	NA