单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-10-05	Inflammation-induced epigenetic imprinting regulates intestinal stem cells 2024-Oct-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.006 PMID:39232559	研究论文	本研究揭示了炎症通过代谢和表观遗传重编程影响肠道干细胞功能的机制	首次发现炎症诱导的琥珀酸积累会重编程肠道干细胞的表观基因组，并持续影响其再生能力	研究主要基于急性胃肠道移植物抗宿主病模型，其他炎症模型的影响尚需验证	探究炎症暴露对肠道干细胞的适应性影响及其持久性效应	Lgr5肠道干细胞	表观遗传学	胃肠道移植物抗宿主病	单细胞转录组学、类器官培养、代谢分析、表观基因组学	NA	转录组数据、表观遗传数据、代谢数据	基于临床相关疾病模型的实验样本
82	2025-10-05	Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.10.602909 PMID:39026715	研究论文	评估Element Aviti测序仪在单细胞RNA-seq中通过同聚物引物区域的能力及其对多聚腺苷酸化位点分析的影响	首次利用亲和性碱基化学测序技术准确测序通过同聚胸腺嘧啶引物区域，实现直接独立分配reads到多聚腺苷酸化位点	与单端比对相比并未持续提高reads比对率，且存在低水平人工假象	评估新型测序技术在单细胞RNA-seq中的应用效果	单细胞RNA-seq文库	基因组学	NA	单细胞RNA-seq、亲和性碱基化学测序、配对末端测序	NA	RNA测序数据	NA
83	2025-10-05	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	研究论文	提出一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个转录组研究时检测多类生物标志物	首次从信息论角度提出能够处理多类别设计的生物标志物检测方法，突破了现有方法仅适用于二分类场景的限制	NA	开发一种能够整合多个组学研究并检测具有一致多类表达模式的生物标志物的统计方法	转录组数据中的生物标志物	生物信息学	三阴性乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	互信息一致性分析(MICA)	转录组数据	多个研究队列（包括小鼠代谢相关转录组研究的四种组织和雌激素处理表达谱的三种来源）
84	2025-10-04	Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma and ganglioglioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations 2025-Nov, Brain pathology (Zurich, Switzerland) DOI:10.1111/bpa.70023 PMID:40588233	研究论文	通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析，揭示儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境特征及其与BRAF基因改变的关系	首次采用多组学方法系统分析儿童低级别胶质瘤的肿瘤微环境，发现不同BRAF突变类型（KIAA1549-BRAF与BRAF V600E）具有不同的免疫特征	需要进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用的机制	深入理解儿童低级别胶质瘤的生物学特性，为开发更有效、毒性更低的治疗方法提供依据	儿童毛细胞星形细胞瘤（PA）和神经节胶质瘤（GG）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、细胞因子分析	NA	基因表达数据、空间转录组数据、细胞因子数据	未明确说明具体样本数量，但包含多种儿童低级别胶质瘤样本
85	2025-10-04	Prognostic model for predicting recurrence-free survival in hepatocellular carcinoma using integrated analysis of single-cell RNA-sequencing and bulk RNA-sequencing 2025-Nov, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2025.15283 PMID:41040911	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据构建了肝细胞癌复发风险预测模型	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据构建肝细胞癌预后模型，识别出6个与复发相关的关键基因	未明确说明样本的具体数量和数据来源的详细信息	开发可靠的肝细胞癌复发风险预测模型以满足临床需求	肝细胞癌患者及其基因表达数据	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、RT-qPCR、LASSO Cox回归分析	预后预测模型	基因表达数据	从批量RNA测序数据获得5,586个差异表达基因，从单细胞RNA测序数据获得2,320个差异表达基因
86	2025-10-04	Antibiotic treatment limits survival of peripheral and bone marrow B-cell populations 2025-Oct-14, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024013694 PMID:40668665	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示广谱抗生素治疗通过破坏细胞生存信号导致骨髓B细胞耗竭的机制	首次发现抗生素治疗导致骨髓B细胞发育各阶段的显著耗竭，并证明这与MYC生存信号通路受损相关，而非干扰素信号通路	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类中验证；体外实验可能无法完全模拟体内复杂环境	探究抗生素治疗对骨髓造血系统中B细胞群体的影响机制	小鼠骨髓造血系统，特别是B细胞发育各阶段群体	免疫学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术，粪便微生物移植	NA	基因表达数据，细胞计数数据	小鼠模型（具体数量未在摘要中说明）
87	2025-10-04	Single Cell and Spatial Transcriptomics Define a Proinflammatory and Profibrotic Niche After Kidney Injury 2025-Oct-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503691 PMID:41042124	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了肾脏损伤后促炎和促纤维化微环境的形成机制	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术系统描绘了肾脏纤维化过程中的细胞异质性、空间组织和分子相互作用，并发现TNC通过TLR4/NF-κB信号通路激活巨噬细胞的关键机制	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏疾病中的适用性需要进一步验证	探究肾脏损伤后促炎和促纤维化微环境的形成机制及其在肾脏纤维化中的作用	小鼠肾脏组织、骨髓来源巨噬细胞、脱细胞肾脏组织支架	空间转录组学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、骨髓移植、基因敲除	NA	基因表达数据、空间定位数据	正常和纤维化小鼠肾脏组织样本
88	2025-10-04	Integration of Elemental Imaging and Spatial Transcriptomic Profiling for Proof-of-Concept Metals-Based Pathway Analysis of Colon Tumor Microenvironment 2025-Oct-03, Metallomics : integrated biometal science IF:2.9Q3 DOI:10.1093/mtomcs/mfaf034 PMID:41042257	研究论文	本研究开发了一种整合元素成像和空间转录组学的多模态工作流程，用于探索结肠癌肿瘤微环境中金属元素与基因表达的相互作用	首次将元素成像与空间转录组学整合，实现组织范围内金属-基因相互作用的全面探索，突破了传统研究中基因和金属孤立研究的局限	仅为概念验证研究，仅基于单个结直肠癌肿瘤样本，样本量有限	探索肿瘤微环境中金属依赖性信号传导机制，识别金属相关的基因表达通路	结直肠癌肿瘤微环境	数字病理	结直肠癌	元素成像、空间转录组学、多模态整合分析	空间多模态工作流程	元素成像数据、基因表达数据、细胞组成数据、组织病理学特征	1个结直肠癌肿瘤样本
89	2025-10-04	Lung epithelial injury impairs early host immune responses to Mycobacterium tuberculosis 2025-Oct-03, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-025-02106-4 PMID:41042276	研究论文	本研究通过建立肺上皮损伤与结核分枝杆菌感染的小鼠模型，揭示了肺上皮完整性对早期宿主免疫反应的重要影响	首次结合萘诱导的肺上皮损伤与结核分枝杆菌感染模型，通过单细胞RNA测序系统描绘肺细胞景观，发现巨噬细胞从抗菌表型向抗原呈递表型的转变	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究肺上皮屏障受损时宿主对结核分枝杆菌的免疫防御机制变化	小鼠肺上皮细胞和免疫细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、体外刺激实验	小鼠感染模型	转录组数据、实验数据	未明确说明具体样本数量
90	2025-10-04	scRNA-seq deciphers molecular mechanisms of endocrine disruptor 4-nonylphenol impairing spermatogenesis in mice 2025-Oct-03, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10095-7 PMID:41042295	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示环境内分泌干扰物4-壬基酚通过影响睾丸细胞间通讯和氧化磷酸化通路损害小鼠精子发生的分子机制	首次报道了NP暴露下青春期小鼠睾丸单细胞的转录组特征，揭示了NECTIN3-NECTIN2等受体-配体相互作用在生殖细胞-支持细胞-间质细胞通讯中的关键作用	研究仅针对小鼠模型，未在人类样本中验证；暴露时间固定为3个月，缺乏不同暴露时长的比较	阐明环境内分泌干扰物4-壬基酚损害精子发生的毒性机制	青春期小鼠睾丸细胞	单细胞基因组学	男性生殖功能障碍	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	空白对照组和NP暴露组小鼠睾丸细胞（识别出10种细胞群体）
91	2025-10-04	Renal denervation alleviates neuroinflammation by suppressing the microglial Ifi27l2a/cGAS-STING signaling axis 2025-Oct-03, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-025-02103-7 PMID:41042329	研究论文	本研究揭示肾脏去神经术通过抑制小胶质细胞Ifi27l2a/cGAS-STING信号轴缓解神经炎症的机制	首次发现Ifi27l2a作为肾脏去神经术与神经炎症缓解之间的关键连接分子，并阐明其通过调控cGAS-STING通路发挥作用	机制研究主要基于细胞实验，需要更多体内实验验证；临床转化潜力尚未评估	探究肾脏去神经术治疗抵抗性高血压的作用机制	小胶质细胞、BV2细胞系、单细胞RNA测序数据集	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、siRNA敲低、体内实验验证	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，包含单细胞RNA测序数据集和细胞实验
92	2025-10-04	Microfluidic Device Type Improves Heart mRNA Delivery In Vivo 2025-Oct-02, Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acs.langmuir.5c02612 PMID:41037471	研究论文	本研究通过改变脂质纳米颗粒的制备工艺，发现使用人字形混合器相比分叉混合器能显著提高心脏mRNA递送效率	首次发现脂质纳米颗粒的制备设备类型（混合器类型）能显著影响其在体内的器官靶向递送效率，这一机制通过蛋白质冠差异实现	研究仅在小鼠动脉粥样硬化模型中验证，尚未在更大动物模型或人体中进行验证	提高脂质纳米颗粒对非肝脏组织（特别是心脏）的mRNA递送效率	脂质纳米颗粒（LNP）在小鼠心脏组织中的递送效率	纳米医学	心血管疾病	空间转录组学、微流控技术	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠动脉粥样硬化模型
93	2025-10-04	Platelet activation plays a pro-inflammatory role in myasthenia gravis 2025-Oct-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63750-2 PMID:41038808	研究论文	本研究通过分析重症肌无力患者的血小板转录组特征，揭示了血小板活化在疾病中的促炎作用	首次在AChR+免疫治疗初治的重症肌无力患者中，通过单细胞和批量RNA测序系统分析血小板与免疫系统的相互作用	样本量相对有限，且主要关注AChR+亚型的重症肌无力患者	探讨血小板活化在重症肌无力发病机制中的作用	AChR+免疫治疗初治的重症肌无力患者	免疫学	重症肌无力	批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、血液样本	AChR+免疫治疗初治的重症肌无力患者队列
94	2025-10-04	Crotonate enhances intestinal regeneration after injury via HBO1-mediated H3K14 crotonylation 2025-Oct-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63869-2 PMID:41038843	研究论文	本研究揭示了巴豆酸盐通过HBO1介导的H3K14巴豆酰化促进肠道损伤后再生的分子机制	首次发现巴豆酸盐和H3K14cr在再生隐窝中增加，并证明HBO1介导的H3K14巴豆酰化在肠道再生中的关键作用	未明确说明研究局限性	探究组蛋白巴豆酰化特别是H3K14cr在肠道再生中的作用机制	肠道上皮细胞、Lgr5肠道干细胞、再生隐窝	分子生物学	肠道疾病	单细胞RNA测序、染色质可及性分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
95	2025-10-04	Benchmarking scRNA-seq copy number variation callers 2025-Oct-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62359-9 PMID:41038850	研究论文	对六种单细胞RNA测序拷贝数变异检测工具进行系统性性能评估	首次对scRNA-seq CNV检测方法进行独立基准测试，揭示了影响性能的数据集特异性因素并提供了优化方法选择的流程	仅评估了21个scRNA-seq数据集，可能无法覆盖所有应用场景	评估单细胞RNA测序数据中拷贝数变异检测工具的性能	六种常用的scRNA-seq CNV检测计算方法	生物信息学	癌症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	21个scRNA-seq数据集
96	2025-10-04	Androgen receptor interacts with c-Myc to regulate macrophage-osteoclast axis and drive bone metastasis in triple negative breast cancer 2025-Oct-02, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03202-2 PMID:41039017	研究论文	本研究揭示雄激素受体与c-Myc相互作用通过调控巨噬细胞-破骨细胞轴驱动三阴性乳腺癌骨转移的机制	首次发现AR与c-Myc相互作用在TNBC骨转移中的关键作用，并阐明其通过调控巨噬细胞-破骨细胞轴促进骨转移的具体机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步临床验证	探究三阴性乳腺癌骨转移的分子机制和调控通路	三阴性乳腺癌细胞、小鼠模型、巨噬细胞-破骨细胞轴	癌症生物学	乳腺癌	单细胞测序、免疫共沉淀(CoIP)、CUT&TAG测序、破骨细胞分化实验	小鼠模型	基因组数据、蛋白质相互作用数据	公共数据库回顾性分析结合小鼠模型实验
97	2025-10-04	Identification and expression analysis of papain-like cysteine proteases gene family and response to B. cinerea stress in F. vesca 2025-Oct-02, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-07291-2 PMID:41039302	研究论文	本研究通过系统分析森林草莓中木瓜样半胱氨酸蛋白酶基因家族，揭示其在灰葡萄孢胁迫响应中的功能	首次在森林草莓中系统鉴定出44个FvPLCP基因，并通过单细胞转录组和双转录组分析揭示其在不同细胞类型和感染阶段的特异性表达模式	研究主要基于生物信息学分析和初步实验验证，需要进一步的功能实验确认具体作用机制	探究森林草莓中PLCP基因家族的特征及其在灰葡萄孢胁迫响应中的作用	森林草莓(Fragaria vesca)的PLCP基因家族	植物分子生物学	植物真菌病害	系统发育树分析、染色体定位、Ka/Ks分析、基序分析、顺式元件分析、单细胞转录组测序、双转录组测序、RT-qPCR、瞬时表达实验	NA	基因组数据、转录组数据、基因表达数据	涉及44个FvPLCP基因的分析，覆盖7条染色体
98	2025-10-04	Single-cell sequencing and mass spectrometry imaging reveal the multicellular compartmentalization map of plant triterpenes: A ginsenoside in Panax ginseng example 2025-Oct, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.70198 PMID:40626415	研究论文	本研究通过单细胞测序和质谱成像技术揭示了人参中三萜类化合物（以人参皂苷为例）的多细胞区室化分布图谱	首次报道了三萜类化合物的生物合成多细胞定位图谱，构建了植物三萜类化合物的多细胞区室化图谱	NA	揭示植物三萜类化合物的多细胞区室化分布规律	人参（Panax ginseng）及其三萜类化合物人参皂苷	植物代谢组学	NA	单细胞测序、质谱成像、假时序分析	NA	基因表达数据、代谢物分布图像	NA
99	2025-10-04	Single-Cell Transcription Reveals the Fibroblast Heterogeneity and Neural Cells' Significance in Desmoid Fibromatosis 2025-Oct, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70160 PMID:40706632	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了硬纤维瘤中成纤维细胞的异质性及神经细胞在肿瘤微环境中的重要作用	首次揭示硬纤维瘤中成纤维细胞的异质性，鉴定出LAMP5+ SULF1+成纤维细胞亚型促进肿瘤骨化，发现ADAM12和CREB3L1作为特异性标志物和转录因子，以及神经细胞在维持促纤维化微环境中的主导作用	NA	揭示硬纤维瘤的细胞特征和肿瘤微环境机制	硬纤维瘤组织样本，并与瘢痕疙瘩成纤维细胞和正常成纤维细胞进行对比	单细胞测序分析	硬纤维瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	使用公共数据库GSE163973中的硬纤维瘤、瘢痕疙瘩成纤维细胞和正常成纤维细胞数据
100	2025-10-04	Pan-Cancer Analyses Refine the Single-Cell Portrait of Tumor-Infiltrating Dendritic Cells 2025-Oct-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3595 PMID:40742316	研究论文	通过整合33种癌症类型的单细胞RNA测序数据，构建了人类树突状细胞的全面图谱并揭示了肿瘤浸润树突状细胞的异质性	发现了AXL+SIGLEC6+ DCs和朗格汉斯细胞样DCs等罕见树突状细胞亚群，揭示了LAMP3+ DCs的多重细胞起源及其功能多样性	NA	探索肿瘤微环境中树突状细胞的异质性，为基于树突状细胞的免疫治疗开发提供见解	人类肿瘤浸润树突状细胞	生物信息学	泛癌症	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	超过2,500个样本，涵盖33种癌症类型