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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-05-12 |
RPS26 Expression as a Predictive Biomarker and Functional Modulator in Sublingual Immunotherapy for Japanese Cedar Pollinosis
2026-Mar-06, International archives of allergy and immunology
IF:2.5Q3
DOI:10.1159/000551442
PMID:41790586
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研究论文 | 研究核糖体蛋白基因RPS26表达作为日本柳杉花粉症舌下特异性免疫治疗疗效的预测性生物标志物及功能调节因子 | 首次通过单细胞RNA测序发现RPS26表达与SLIT临床应答密切相关,并揭示其通过调控IL-10表达和Treg细胞稳定性参与免疫耐受 | 样本量较小(35例患者),且RPS26并非普遍适用的预测性生物标志物,需更大规模前瞻性研究验证其临床效用 | 确定RPS26表达是否有助于SLIT疗效,并明确其在T细胞动力学、细胞因子产生和表观遗传调控通路中的作用 | 日本柳杉花粉症患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 35例患者(治疗前),其中26例配对样本(治疗1年后) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'端测序 |
| 82 | 2026-05-12 |
Transcriptional factor ZMYM3 promotes hepatocellular carcinoma metastasis by upregulating CTTN and inducing invadopodia formation
2026-Mar-03, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08506-6
PMID:41775697
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研究论文 | 研究发现转录因子ZMYM3通过上调CTTN并诱导侵足形成促进肝细胞癌转移 | 首次揭示ZMYM3在肝细胞癌中上调并通过直接结合CTTN启动子促进侵足形成和上皮间质转化,从而增强肿瘤侵袭和转移能力 | 研究仅限于体外实验和生物信息学分析,缺乏体内模型验证及ZMYM3作为治疗靶点的直接证据 | 探究ZMYM3在肝细胞癌侵袭和转移中的分子机制,以寻找有效治疗策略 | 肝细胞癌组织样本、门静脉癌栓样本以及HCC细胞系 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序、染色质免疫沉淀测序、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、测序数据 | TCGA和GEO数据集中的肝细胞癌样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2026-05-12 |
PlantscRNAdb 4.0: Improved marker identification and annotation under a cell-type uniformity for plants
2026-03-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.12.026
PMID:41449796
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研究论文 | PlantscRNAdb 4.0数据库更新,引入新的植物细胞类型本体(POCT)和HCMarker工具,覆盖33个植物物种,提供标准化和精确的细胞类型注释 | 引入植物细胞类型本体(POCT)以实现统一的细胞类型命名,开发HCMarker多指标评分系统用于高置信度标记基因鉴定,并推出PCmaster_anno深度学习工具以自动注释植物细胞类型 | 未提及具体局限性 | 改善植物单细胞RNA-seq数据的标记基因鉴定和细胞类型注释标准化 | 33种植物物种的107个单细胞RNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 深度学习 | 基因表达数据 | 33种植物物种的107个单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2026-05-12 |
Predictive modeling of molecular activity underlying physical cell-cell interactions
2026-Feb-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101301
PMID:41672069
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研究论文 | 提出Gloss框架,通过组套索回归结合LIPSTIC和单细胞RNA测序数据,预测细胞间物理相互作用的分子特征 | 首次将组套索回归应用于scRNA-seq数据,系统性关联基因和通路活性与物理细胞间相互作用强度,优于传统相关性分析和标准回归方法 | 未说明具体局限性 | 建立可解释的预测模型框架,分析细胞间物理相互作用的分子驱动因素 | 小鼠肿瘤中髓系-T细胞相互作用及病毒感染中T细胞亚群间相互作用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, LIPSTIC | 组套索回归 | 基因表达数据, 细胞相互作用数据 | 多数据集及基准测试,包括小鼠肿瘤和病毒感染样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-05-12 |
Single-cell and spatial transcriptomics define 20E-driven developmental reprogramming in silkworm wing disc
2026-Feb-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69518-6
PMID:41730863
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学构建家蚕翅盘的时空图谱,揭示20E驱动的发育重编程机制 | 首次构建了家蚕翅盘10个时间点的单细胞时空图谱,鉴定出12种主要细胞类型及其发育转变,并提出了激素驱动的基因转变模型 | 未提及明确的局限性信息 | 阐明家蚕翅盘发育的时空逻辑,揭示20-羟基蜕皮酮(20E)驱动的激素信号对翅发育的调控机制 | 家蚕(Bombyx mori)翅盘组织 | 数字病理学, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学 | CNN | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据 | 10个时间点的家蚕翅盘样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒用于snRNA-seq, 10x Visium FFPE用于空间转录组学 |
| 86 | 2026-05-12 |
Regulatory network architecture constrains inflammatory responses in tissue-resident alveolar macrophages
2026-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.16.706134
PMID:41757068
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA-seq、ATAC-seq和深度学习染色质可及性建模,揭示组织驻留肺泡巨噬细胞中炎症反应的调控网络架构 | 首次揭示组织驻留巨噬细胞与招募巨噬细胞在炎症应激下基因调控网络架构的差异,并发现PU.1和CEBP/β构成的稳定网络约束炎症反应 | 未在摘要中明确说明局限性 | 解析组织驻留巨噬细胞身份维持和炎症反应调控的高阶调控网络机制 | 组织驻留肺泡巨噬细胞和招募的单核细胞来源巨噬细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 深度学习染色质可及性建模 | 深度学习模型 | 单细胞基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-05-12 |
A single-cell-resolution spatial transcriptomic atlas decodes wheat spike development and yield potential
2026-02-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.12.020
PMID:41437568
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研究论文 | 利用单细胞分辨率的空间转录组学技术,绘制小麦穗发育的时空转录组图谱,揭示其分子调控机制并构建基因调控网络 | 首次构建了小麦穗发育五个关键阶段的高分辨率空间转录组图谱,鉴定了9种细胞类型,发现了一种新的控制每穗粒数的基因模块,并开发了在线数据查询平台 | 信息未提 | 解析小麦穗发育的分子调控机制以提升产量潜力 | 小麦穗发育过程中的细胞类型及基因表达模式 | 新一代测序 | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 | 小麦穗发育的五个关键阶段样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单核RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium 空间转录组, 10x Chromium 单核RNA测序 |
| 88 | 2026-05-12 |
Cytoplasm-nucleus shuttling of TET2: an intrinsic brake in colorectal cancer progression
2026-Jan-28, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08418-5
PMID:41605908
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研究论文 | 本研究揭示了TET2蛋白在结直肠癌进展中的细胞质-细胞核穿梭机制,其作为内在刹车抑制肿瘤转移 | 首次发现TET2核增加仅在转移初期肿瘤中观察到,并阐明其与EMT/WNT通路形成的负反馈环路作为肿瘤抑制机制 | 未提及具体局限性 | 阐明TET2核质穿梭在结直肠癌进展中的作用及其分子机制 | 结直肠癌细胞和组织样本 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x 铬 | 10x 铬单细胞3' |
| 89 | 2026-05-12 |
Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages
2026-Jan-19, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101728
PMID:41565157
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研究论文 | 探究门静脉高压中肝动脉血流诱导的门脉束纤维化机制,聚焦VCAM-1和骨桥蛋白表达巨噬细胞的作用 | 首次揭示肝动脉血流增加通过VCAM-1和Spp1+巨噬细胞驱动门脉束纤维化的分子机制 | 仅限于大鼠模型,缺乏临床样本验证;单细胞RNA测序数据来自公共数据库,实验验证可能受限于体外条件 | 阐明门静脉高压中肝动脉缓冲反应诱导门脉束纤维化的分子机制 | Sprague-Dawley大鼠(经部分门静脉结扎诱导门静脉高压)及巨噬细胞 | 机器学习 | 门静脉高压 | 微CT, 免疫细胞分型, 血流动力学测量, 转录组分析, 单细胞RNA测序, RNA荧光原位杂交 | NA | 图像, 文本 | Sprague-Dawley大鼠(部分门静脉结扎组和假手术组),具体数量未提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序,数据来自GSE171904 |
| 90 | 2026-05-12 |
Benchmarking cell type deconvolution in spatial transcriptomics and application to cancer immunotherapy
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699379
PMID:41648323
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研究论文 | 在空间转录组学中基准测试细胞类型反卷积方法并应用于癌症免疫治疗研究 | 通过结合空间和转录复杂性的逼真模拟构建了基准测试框架,发现简单的标记基因特征评分方法在稀有细胞类型反卷积中优于复杂模型 | 可能缺乏对真实生物场景中方法泛化能力的全面验证 | 评估现有细胞类型反卷积方法在空间转录组学数据中的准确性和一致性,并探索其在癌症免疫治疗中的应用 | 小鼠癌症模型中对单次抗PD1检查点阻断免疫治疗的早期应答 | 机器学习和空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞参考数据 | 标记基因特征评分模型 | 空间转录组数据 | 小鼠癌症模型肿瘤和引流淋巴结的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 91 | 2026-05-12 |
Identification and Validation of Mitophagy-Related Biomarkers in Colorectal Cancer: An Integrated Analysis of Single-Cell Transcriptome and Mendelian Randomization
2026, Genetics research
IF:1.4Q4
DOI:10.1155/genr/5579542
PMID:42108926
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组和孟德尔随机化分析,鉴定并验证结直肠癌中线粒体自噬相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法,从遗传因果角度鉴定结直肠癌中线粒体自噬相关的生物标志物 | 研究主要依赖公共数据库数据,临床样本验证规模有限,未深入探讨生物标志物的功能机制 | 鉴定结直肠癌中线粒体自噬相关的生物标志物,为诊断和治疗提供新见解 | 结直肠癌患者与对照组的临床样本及公共测序数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 加权基因共表达网络分析, 机器学习, 定量PCR | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA(未明确说明数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2026-05-12 |
Exploring the role of adenosine deaminase in esophageal cancer and its potential for traditional Chinese medicine intervention
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1798177
PMID:42109526
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研究论文 | 通过多水平整合分析探索腺苷脱氨酶在食管癌中的遗传关联及其中医药干预潜力 | 首次从遗传学角度系统阐明腺苷脱氨酶与食管癌的关联,并结合中医药成分筛选进行分子对接 | 未提及具体局限性 | 探究腺苷脱氨酶在食管癌发生中的潜在作用机制及干预策略 | 食管癌患者和对照人群的血清样本及肿瘤组织 | 机器学习 | 食管癌 | 孟德尔随机化分析、转录组分析、单细胞RNA测序、分子对接模拟 | NA | 基因表达数据、血清样本数据 | 独立病例对照队列血清样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 93 | 2026-05-12 |
DoTools: a cross platform framework to streamline common single cell workflows
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbag098
PMID:42109579
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研究论文 | 开发了一个跨平台框架DoTools,用于简化常见的单细胞分析流程 | 提供了一个统一的R/Bioconductor和Python/PyPI框架,整合了scVI、CellTypist和CellBender等第三方工具到标准流程如Seurat、SingleCellExperiment和Scanpy中,并提供了跨语言包装器和可视化工具 | 未提及 | 简化单细胞RNA测序数据分析中集成多个工具的复杂性,减少学习时间和编程技能需求 | 单细胞RNA测序数据分析流程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-05-12 |
SPC24 boosts tumor progression and correlates with immune infiltrates in pancreatic adenocarcinoma
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1558646
PMID:42109651
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研究论文 | 本研究系统揭示了SPC24在胰腺腺癌中的促癌作用及其与免疫浸润的相关性 | 首次系统阐明SPC24通过调控有丝分裂异常、代谢重编程和免疫微环境促进胰腺导管腺癌进展,并构建基于SPC24的预后风险模型 | 未来研究需进一步探索其分子机制及联合治疗潜力 | 探索SPC24在胰腺腺癌中的表达、功能及其作为预后标志物的价值 | 胰腺导管腺癌组织和细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据 | 基于TCGA、GEO和单细胞RNA测序数据,体外和裸鼠异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2026-05-12 |
Digital pathology and artificial intelligence in breast and gynecologic oncology: from molecular prediction to multimodal integration
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1833926
PMID:42109656
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综述 | 综述数字病理学与人工智能在乳腺癌及妇科肿瘤中的应用,涵盖从分子预测到多模态数据整合的最新进展 | 系统整合了形态学与分子数据,结合空间转录组学和蛋白组学深入解析肿瘤异质性和微环境相互作用 | 面临标准化、可重复性、监管和工作流整合等挑战 | 探讨数字病理学与分子病理学在乳腺癌和妇科肿瘤中的临床整合应用 | 乳腺癌、子宫内膜癌、卵巢癌和宫颈癌 | 数字病理学 | 乳腺癌, 妇科癌症 | 下一代测序, 空间图谱分析, 数字病理学, 人工智能, 机器学习 | NA | 图像, 分子数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 蛋白组学 | NA | NA |
| 96 | 2026-05-12 |
Clofoctol as a novel senolytic drug eliminating therapy-induced senescent glioma cells
2026 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdag102
PMID:42109835
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研究论文 | 本研究揭示了氯福克酚作为新型衰老细胞清除药物,通过P53靶向消除治疗诱导的衰老胶质瘤细胞 | 首次发现氯福克酚具有清除衰老胶质瘤细胞的作用,并揭示其通过P53诱导凋亡和铁死亡的双重机制 | 尚需进一步验证氯福克酚在人体中的安全性和有效性,以及其与替莫唑胺联合治疗的临床转化潜力 | 评估氯福克酚对胶质母细胞瘤的治疗潜力,特别是其清除衰老肿瘤细胞的能力 | 氯福克酚在胶质瘤细胞和动物模型中的作用机制 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | GL261细胞系和原位患者来源异种移植小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于肿瘤组织的单细胞RNA测序 |
| 97 | 2026-05-12 |
PRDM1 Is Associated with Chemoradiotherapy-Associated Enrichment of Adaptive NK Cells in Cervical Cancer
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0092
PMID:42110212
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研究论文 | 分析宫颈癌患者在放化疗前后适应性自然杀伤细胞的动态变化,发现转录因子PRDM1在适应性自然杀伤细胞中上调,并通过计算模拟预测其可能维持适应性自然杀伤细胞的特性和功能 | 首次揭示放化疗可显著富集适应性自然杀伤细胞并增强其细胞毒性和抗病毒程序,发现PRDM1作为关键调控因子在适应性自然杀伤细胞的活化和轨迹维持中发挥重要作用 | 仅基于计算模拟分析PRDM1的扰动效应,缺乏体内或体外实验验证其调控机制 | 探究放化疗诱导宫颈癌患者适应性自然杀伤细胞富集的动态变化及其背后的调控机制 | 宫颈癌患者 | 自然语言处理 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | scTenifoldKnk, CellOracle | 单细胞转录组数据 | 放化疗前、第一次放化疗后、第二次放化疗后的宫颈癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2026-05-12 |
Integrative Transcriptomic and Single-Cell Analysis Reveals the Role of Autophagy-Related Genes in Psoriasis Pathogenesis
2026, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S592553
PMID:42111235
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research paper | 整合转录组学和单细胞分析揭示自噬相关基因在银屑病发病机制中的作用 | 首次通过整合单细胞RNA测序和mRNA测序数据,结合伪时间轨迹分析和细胞通讯分析,系统揭示了自噬相关基因在银屑病角质形成细胞功能障碍和炎症进展中的潜在调控机制,并鉴定出PKP3、SPRR2B和KRT6B三个关键基因作为新的治疗靶点 | 本研究主要依赖于公开数据库和有限的临床样本,需要更大规模的多中心队列验证,且自噬相关基因在银屑病中的具体功能机制仍需进一步的体内外实验阐明 | 探索自噬相关基因在银屑病发病机制中的潜在调控机制和关键基因 | 银屑病患者和正常对照的皮肤样本 | digital pathology | chronic inflammatory skin disease | single-cell RNA sequencing, mRNA sequencing, RT-qPCR | NA | gene expression data, sequencing data | 银屑病及正常样本(具体数量未提及),临床队列样本及小鼠模型样本 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-05-12 |
Correction: Spatial transcriptomics reveals Inhba/Smad2/E2f4 axis in Lrp2high thecal cell proliferation in androgen-induced PCOS mice
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1855846
PMID:42111260
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更正 | 对先前关于空间转录组学揭示Lrp2高表达内膜细胞在雄激素诱导的PCOS小鼠中增殖的Inhba/Smad2/E2f4轴的文章进行更正 | NA | NA | 更正先前研究中的错误 | 先前研究中涉及的研究对象 | NA | 多囊卵巢综合征 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 100 | 2026-05-12 |
A POSTN+ CAF/APOE+ TAM Axis is Associated with Tumor Progression and Potential Immunotherapy Resistance in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma
2026, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S583478
PMID:42111396
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研究论文 | 通过多组学整合分析揭示喉鳞状细胞癌中POSTN+ CAF与APOE+ TAM的相互作用及其与肿瘤进展和免疫治疗耐药的相关性 | 首次在喉鳞状细胞癌中通过单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA-seq多组学整合分析,揭示了POSTN+ CAF和APOE+ TAM之间的双向信号传导和空间共定位,并发现其与免疫治疗耐药相关 | 研究主要基于公共数据库数据,缺乏独立的前瞻性临床队列验证;POSTN与APOE之间的分子对接结果需进一步实验验证其直接相互作用 | 探究POSTN+ CAF和APOE+ TAM在喉鳞状细胞癌肿瘤微环境中的特征、相互作用及临床意义 | 喉鳞状细胞癌肿瘤组织和正常组织中的POSTN+ 癌症相关成纤维细胞和APOE+ 肿瘤相关巨噬细胞 | 机器学习 | 喉鳞状细胞癌 | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, bulk RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、bulk RNA-seq数据 | 29例喉鳞状细胞癌单细胞样本(肿瘤16例,正常13例),共206,399个细胞 | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, bulk RNA-seq | NA | NA |