单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-12	Large-scale single-cell profiling of stem cells uncovers redundant regulators of shoot development and yield trait variation 2025-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.04.583414 PMID:38496543	研究论文	通过大规模单细胞分析揭示植物茎尖干细胞中保守的调控因子及其与产量性状的关联	首次在玉米和拟南芥中高效捕获茎尖干细胞并进行跨物种比较，发现核糖体相关RNA结合蛋白和糖激酶基因家族等新型调控因子	NA	挖掘植物茎尖干细胞调控因子以指导作物工程化增产	玉米和拟南芥的茎尖干细胞	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个干细胞表达细胞（涵盖野生型和突变体）
82	2025-09-12	Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data 2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.12.589216 PMID:38659857	研究论文	本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精度和准确性，并提出了优化实验设计的实用指南	首次大规模系统评估sc/snRNA-Seq数据的定量精度和准确性，建立了基于数据的实验设计阈值，并开发了VICE工具来评估数据质量和预测差异表达结果的真实阳性率	研究主要基于技术重复和样本匹配数据评估，可能无法完全覆盖所有生物学变异来源	提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性	单细胞和单核RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, snRNA-Seq	NA	基因表达数据	23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本
83	2025-09-12	Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421254122 PMID:40063812	研究论文	利用空间转录组学分析RIF患者子宫内膜区域和细胞类型特异性基因表达差异，识别潜在治疗靶点	首次在RIF研究中应用空间转录组技术，揭示不同子宫内膜区域和细胞类型的特异性转录变化，并发现仅57个差异表达基因在所有区域共通	样本量较小（n=8 RIF + 8 FC），结果需在更大队列中验证	探究反复植入失败（RIF）的子宫内膜分子机制并寻找治疗靶点	人类子宫内膜组织（RIF患者与生育对照组）	生殖医学	不孕症	空间转录组学	NA	转录组数据	16例（8例RIF患者+8例生育对照组）子宫内膜活检样本
84	2025-09-12	Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.05.588321 PMID:38645054	研究论文	通过化学遗传学小鼠模型研究慢性多巴胺神经元过度激活导致帕金森病样选择性神经元退行性变的机制	首次建立慢性多巴胺神经元过度激活模型，揭示神经活动增强导致黑质致密部多巴胺神经元选择性易损性的新机制	动物模型研究，需进一步验证人类病理生理过程的相关性	探究慢性神经活动改变在多巴胺神经元退行性变中的作用机制	中脑多巴胺神经元，特别是黑质致密部多巴胺神经元	神经科学	帕金森病	化学遗传学(DREADD)、电生理学、空间转录组学	DREADD小鼠模型	电生理数据、行为数据、分子生物学数据	DREADD转基因小鼠模型及人类患者样本对照验证
85	2025-09-12	Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations 2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.20.633917 PMID:39896662	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肺免疫细胞，揭示了结节病相关的细胞组成、基因表达和细胞间互作变化	首次在结节病中鉴定出五种巨噬细胞亚群并发现其特异性基因表达谱，以及疾病进展相关的细胞互作差异	样本量有限（16例结节病患者和14例对照），且结果需进一步功能验证	识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化	结节病患者（进行性和非进行性）和健康对照的支气管肺泡灌洗细胞	单细胞组学	结节病	scRNA-seq, CellRanger, Seurat, CellChat	NA	单细胞RNA测序数据	30名参与者（16例结节病，14例对照）
86	2025-09-12	Unveiling the mechanism of Pogostemon cablin (Blanco) Benth in treating heat illnesses via network pharmacology and molecular simulation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0331401 PMID:40920657	研究论文	本研究结合网络药理学和分子模拟技术，揭示广藿香治疗热病的分子机制	首次整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，系统阐明广藿香治疗热病的作用靶点	样本量较小（11例患者和14例健康志愿者），需要更大规模研究验证	探究广藿香治疗热病的分子作用机制	热病患者和健康志愿者的外周血样本	网络药理学	热病	RNA测序、WGCNA、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA测序数据	25例样本（11例患者+14例健康志愿者）
87	2025-09-12	STmiR: A Novel XGBoost-based framework for spatially resolved miRNA activity prediction in cancer transcriptomics 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322082 PMID:40924781	研究论文	提出一种基于XGBoost的空间解析miRNA活性预测框架STmiR，用于癌症转录组学研究	首次整合bulk RNA-seq与空间转录组数据，通过非线性建模实现miRNA-mRNA相互作用的精准空间预测	依赖现有空间转录组技术的分辨率限制，未明确说明模型泛化能力到其他癌症类型的验证	解析肿瘤微环境中miRNA的空间调控机制	癌症组织中的miRNA及其靶基因调控网络	生物信息学	多癌种（乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌等）	空间转录组学（10X Visium）、bulk RNA-seq	XGBoost	基因表达数据	TCGA、CCLE数据库及9种癌症的10X Visium数据集
88	2025-09-12	An improved nuclei isolation protocol from leaf tissue for single-cell transcriptomics 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0302118 PMID:40929130	研究论文	本研究提出了一种改进的玉米叶片细胞核分离方法，用于单细胞转录组学研究	利用叶绿体自发荧光特性，在FACS步骤中有效去除叶绿体污染，提高测序数据与基因组的比对效率	方法目前仅针对玉米叶片进行验证，尚未在其他高叶绿体含量植物组织中测试	开发适用于高叶绿体含量植物组织的单核RNA测序细胞核分离方案	玉米叶片组织	植物生物学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS), DAPI染色	NA	转录组数据	NA
89	2025-09-12	NAD + activates renal metabolism and protects from chronic kidney disease in a model of Alport syndrome 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.580911 PMID:38464264	研究论文	本研究通过Alport综合征小鼠模型，揭示了NAD+补充通过激活肾脏代谢和恢复近端肾小管脂肪酸氧化来延缓慢性肾病进展的机制	首次在Alport模型中应用单核RNA测序和空间转录组学技术，并首次报道该模型中转录水平的性别差异	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究NAD+补充保护慢性肾病的分子机制和主要作用细胞类型	Alport综合征小鼠模型（两性）	肾脏病学	慢性肾病	RNA测序（bulk和单核）、空间转录组学、正交成像技术、生化检测	NA	转录组数据、图像数据、生化数据	Alport综合征小鼠模型（未明确具体数量，包含两性个体）
90	2025-09-12	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	利用人类神经干细胞和祖细胞建立胶质瘤模型，研究肿瘤内异质性	首次使用从胎儿脑组织纯化的同源神经干细胞和祖细胞系，结合scRNA-seq技术量化细胞起源对胶质瘤异质性的影响	研究基于免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全模拟人体免疫环境	探究细胞起源如何塑造胶质瘤的肿瘤内异质性	人类神经干细胞(NSCs)、胶质祖细胞(GPCs)和少突胶质前体细胞(OPCs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因敲减, 细胞移植	NA	基因表达数据	三种同源人类神经细胞系移植到免疫缺陷小鼠大脑
91	2025-09-12	Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response 2024-10-04, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843 PMID:39365874	研究论文	利用LIPSTIC技术识别驱动肿瘤特异性CD4+ T细胞反应的树突状细胞	首次应用LIPSTIC单细胞转录组学技术精准定位在肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中呈递抗原给CD4 T细胞的特定树突状细胞亚群	NA	探究树突状细胞在介导抗肿瘤免疫及检查点阻断免疫治疗反应中的作用机制	树突状细胞与CD4+ T细胞的免疫相互作用	免疫学	肿瘤	LIPSTIC单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
92	2025-09-12	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	提出一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合跨时间的多条件和多模态单细胞数据	能够同时处理多条件和多模态单细胞时间序列数据，实现时间剖面推断、数据对齐和模态外推	基于破坏性单细胞测量，无法捕获特定细胞的完整时间轨迹	开发单细胞时间序列数据的整合与推断方法	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	计算生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	联合建模框架	单细胞时间序列数据	未明确说明样本数量
93	2025-09-12	Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling 2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610447 PMID:39257811	研究论文	研究发现慢性社交挫败应激通过I型干扰素信号通路诱导小鼠脑膜中性粒细胞增多	首次揭示I型干扰素信号通路在脑膜中性粒细胞招募中的介导作用，并证明阻断该通路可缓解应激相关行为症状	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性尚需验证	探究慢性应激诱导脑膜免疫反应的机制及其与应激相关障碍的关联	小鼠模型	神经免疫学	应激相关障碍	细胞计数术、免疫组化、全组织透明化、单细胞测序	NA	细胞图像、基因表达数据	NA
94	2025-09-12	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590194 PMID:38712147	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因	提出NS-Forest v4.0版本，增强了对紧密相关细胞类型中高选择性表达模式标记基因的选择能力，并引入On-Target Fraction指标量化标记特异性	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型分类的最大准确度	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据
95	2025-09-12	Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions 2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.03.592310 PMID:38746317	研究论文	开发并验证了T-CellAnnoTator（TCAT）流程，用于单细胞水平上量化T细胞的基因表达程序，揭示其亚群、激活状态和功能	提出了TCAT分析框架，能够同时量化预定义的基因表达程序，克服传统离散分类限制，发现46个可重复的T细胞功能程序	NA	改进T细胞特征描述方法，建立可重复的单细胞注释流程	T细胞及其基因表达程序	生物信息学	传染病（Covid-19）和癌症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	来自700名个体、38种组织的1,700,000个T细胞，涵盖五种疾病背景
96	2025-09-12	Defining the T cell transcriptional landscape in pediatric liver transplant rejection at single cell resolution 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582173 PMID:38464256	研究论文	本研究利用单细胞测序技术描绘了儿童肝移植排斥反应中T细胞的转录组特征	首次在单细胞分辨率下定义了晚期急性细胞排斥反应中CD8+ T细胞的克隆扩增、基因表达谱及其与库普弗细胞的互作机制	样本量较小（14名患者），且为回顾性研究	探究儿童肝移植后晚期急性细胞排斥反应的免疫机制	儿童肝移植受者的肝活检组织	单细胞生物学	肝移植排斥反应	单细胞测序（10X Genomics）、免疫受体谱分析	NA	单细胞转录组数据	14名患者的30份冷冻肝活检样本（5份无排斥，9份有排斥）
97	2025-09-12	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.21.537881 PMID:37162914	研究论文	提出一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM	开发了使用泊松双线性模型的快速估计算法，能扩展到百万级细胞数据集并量化潜在位置的不确定性	NA	解决单细胞RNA测序数据降维中虚假异质性掩盖和计算不可行性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	广义双线性模型（GBM），泊松双线性模型	基因表达计数数据	能处理百万级细胞的大型数据集
98	2025-09-12	Single-cell transcriptome sequencing of plant leaf expressing anti-HER2 VHH-FcK cancer therapeutic protein 2023-12-19, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02833-5 PMID:38114492	研究论文	利用单细胞转录组测序分析转基因烟草叶片中抗HER2 VHH-FcK癌症治疗蛋白的表达模式	首次在植物组织中应用scRNA-seq技术解析重组治疗蛋白的细胞类型特异性表达	仅针对烟草叶片进行研究，未涉及其他植物组织或物种	优化植物生物量中重组治疗蛋白的生产策略	转基因烟草（Nicotiana tabacum）叶片细胞	植物生物技术	乳腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	转基因烟草叶片细胞
99	2025-09-12	Autologous Airway Basal Cell Transplantation Alleviates Airway Epithelium Defect in Recurrent Benign Tracheal Stenosis 2023-12-18, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad062 PMID:37804518	研究论文	本研究探索自体气道基底细胞移植联合生物凝胶在犬模型中治疗复发性良性气管狭窄的效果	首次将自体气道基底细胞移植与生物凝胶涂层结合，显著提高生存率并促进气道再上皮化	研究仅在犬模型中进行，尚未进行人体临床试验	评估自体基底细胞移植对气道稳态恢复和上皮缺损修复的治疗潜力	犬模型及人类复发性气管狭窄患者的气道黏膜	再生医学	气管狭窄	单细胞RNA测序（scRNA-seq），支气管镜治疗	NA	基因表达数据，病理学观察数据	犬模型分组研究（具体数量未明确），人类患者气道黏膜样本
100	2025-09-12	Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Angiotensinogen and Galanin as Unique Molecular Markers of Acinar Cells in Murine Salivary Glands 2023-12, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2023.0125 PMID:37823745	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别出小鼠唾液腺腺泡细胞中血管紧张素原和甘丙肽作为独特分子标志物	首次系统揭示SMG和SLG腺泡细胞的异质性，并发现两种腺体特有的分子标志物	研究仅针对4周龄小鼠，未涵盖其他发育阶段或物种	鉴定小鼠颌下腺和舌下腺腺泡细胞的分子标志物	小鼠颌下腺(SMG)和舌下腺(SLG)的腺泡细胞	单细胞组学	NA	ScRNA-seq (10×平台), RT-qPCR, 免疫组化, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	4周龄小鼠