单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 28721 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-06-13 |
Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration
2025-Jun, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01955-w
PMID:40404995
|
研究论文 | 该研究探讨了衰老过程中小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进白质退化 | 揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞的机制，及其在衰老相关白质退化中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 探究衰老过程中白质退化的免疫机制 | 小鼠白质中的小胶质细胞和CD8 T细胞 | 神经退行性疾病研究 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本量（小鼠模型） |
| 82 | 2025-06-13 |
Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma
2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586
PMID:40412102
|
研究论文 | 本文报告了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例 | 首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例 | 仅为单病例报告，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效 | EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者 | 肿瘤免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 临床数据和单细胞测序数据 | 1例患者 |
| 83 | 2025-06-13 |
The transcriptomes, connections and development of submucosal neuron classes in the mouse small intestine
2025-Jun, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01962-x
PMID:40442499
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序在小鼠小肠中鉴定了两种假定的分泌运动神经元类别和一个先前未被识别的黏膜下内在初级感觉神经元类别，并揭示了它们的形态、神经投射及发育过程 | 发现了新的黏膜下神经元类别，揭示了它们的形态、连接以及与肠嗜铬细胞的意外紧密关联，并提出了肠道神经元多样化的统一发育框架 | 研究仅限于小鼠小肠，人类或其他物种的适用性尚不明确 | 探索小鼠小肠黏膜下神经丛的神经元组成、连接和发育过程 | 小鼠小肠黏膜下神经丛的神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序，病毒介导标记，谱系追踪 | NA | 转录组数据，形态学数据 | NA |
| 84 | 2025-06-13 |
Identification and Mapping of Human Lymph Node Stromal Cell Subsets by Combining Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics
2025-Jun, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202451218
PMID:40498289
|
研究论文 | 通过结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别和绘制人类淋巴结基质细胞亚群 | 首次全面定义了10种成纤维细胞亚型的基因特征，并通过整合scRNA-seq和空间转录组数据预测了这些亚型在淋巴结组织中的空间分布 | 研究仅基于有限数量的淋巴结样本（13名供体），且空间定位预测需要进一步实验验证 | 解析人类淋巴结基质细胞的异质性及其空间分布特征 | 人类淋巴结基质细胞（LNSCs） | 单细胞组学 | NA | scRNA-seq, 空间转录组学, NicheNet | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 9267个LNSCs（来自1个淋巴结），验证使用13名供体的数据集 |
| 85 | 2025-06-13 |
scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656649
PMID:40501593
|
research paper | 介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析 | scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，能够本地运行或轻松部署在服务器上，提供广泛的绘图定制选项，支持多模式数据处理，无需编程经验即可进行全面的数据分析 | 虽然scExploreR为非程序员提供了强大的分析工具，但对于高度复杂的分析任务，可能仍需要一定的编程知识 | 开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学家与计算科学家之间的沟通鸿沟 | 多模式单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | R Shiny | 单细胞数据 | NA |
| 86 | 2025-06-13 |
Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656486
PMID:40501968
|
研究论文 | 介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | Chevreul区别于其他scRNA-seq分析工具的特点在于其易用性、能够分析全长RNA测序数据以推断外显子覆盖和转录本异构体，并支持批次校正 | NA | 开发一个工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 87 | 2025-06-13 |
SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656357
PMID:40502153
|
研究论文 | 介绍了一种名为SMURF的计算工具，用于分析高分辨率空间转录组数据，能够准确地将mRNA分配给单个细胞并分析复杂组织亚结构中的细胞 | SMURF引入了新颖的“软分割”方法，能够准确地将捕获点的mRNA分配给附近的细胞，并能将复杂组织结构中的细胞“展开”并放置在标准笛卡尔坐标上 | NA | 开发一种计算工具，用于高分辨率空间转录组数据的分析，以揭示组织组织和区域变异的原理 | 小鼠小肠 | 空间转录组学 | NA | Visium HD | SMURF | 空间转录组数据 | NA |
| 88 | 2025-06-13 |
T2T-CHM13 versus hg38: accurate identification of immunoglobulin isotypes from scRNA-seq requires a genome reference matched for ancestry
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf074
PMID:40503052
|
研究论文 | 研究比较了T2T-CHM13和hg38基因组参考在单细胞RNA测序中准确识别免疫球蛋白同种型的能力 | 发现T2T-CHM13基因组参考在匹配欧洲血统样本时表现更优，但无法适用于东亚样本 | 研究结果仅适用于特定血统背景的样本，未涵盖全球多样性 | 评估不同基因组参考对免疫球蛋白同种型识别的准确性 | B细胞和抗体分泌细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA-seq数据 | 未明确说明样本数量，但涉及欧洲和东亚血统样本 |
| 89 | 2025-06-13 |
Grape-Derived Exosome-Like Nanovesicles Effectively Ameliorate Skin Photoaging by Protecting Epithelial Cells
2025-Jun, Journal of food science
IF:3.2Q2
DOI:10.1111/1750-3841.70309
PMID:40504599
|
research paper | 本研究探讨了葡萄来源的外泌体样纳米颗粒（GENs）对光老化皮肤的保护作用及其初步作用机制 | 首次发现葡萄来源的外泌体样纳米颗粒（GENs）能有效减轻紫外线对皮肤的损伤并促进皮肤修复和再生 | 研究仅初步探讨了GENs的作用机制，尚未进行大规模临床试验 | 探索新型抗光老化治疗方法 | 光老化皮肤 | 皮肤医学 | 皮肤光老化 | 单细胞测序 | NA | 体外和体内实验数据 | 未明确说明样本数量 |
| 90 | 2025-06-13 |
Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656371
PMID:40501538
|
research paper | 该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用 | 研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制 | 小鼠骨折模型中的成骨细胞 | 骨生物学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 多组转基因小鼠 |
| 91 | 2025-06-13 |
Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656393
PMID:40502193
|
research paper | 该研究通过多组学分析揭示了唐氏综合症患者肝脏代谢的广泛变化，特别是胆汁酸水平升高和肝功能异常的蛋白质特征 | 首次在人群和小鼠模型中系统揭示了唐氏综合症与肝脏代谢紊乱的关联，并发现饮食脂肪调节可显著影响相关基因表达和肝脏病理 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的病理机制验证仍需进一步研究 | 探究唐氏综合症对肝脏代谢的影响及其潜在调控机制 | 唐氏综合症患者(400+人血浆样本)和Dp16小鼠模型 | 代谢组学 | 唐氏综合症 | 多组学分析、bulk RNA测序、单细胞转录组学 | Dp16小鼠模型 | 血浆代谢组数据、RNA测序数据 | 400+人血浆样本和Dp16小鼠模型 |
| 92 | 2025-06-13 |
White and Brown Adipose Tissue Share a Common Fibro-Adipogenic Progenitor Population
2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656577
PMID:40501707
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了白色和棕色脂肪组织中存在共同的纤维脂肪祖细胞群 | 首次在棕色脂肪组织中鉴定出纤维脂肪祖细胞样细胞（FAPLs），扩展了对脂肪祖细胞群体的认识 | 研究仅基于体外培养的脂肪前体细胞，未完全反映体内微环境的影响 | 探究白色和棕色脂肪组织中祖细胞群体的异同及其功能特性 | 培养的白色和棕色脂肪前体细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量（培养的脂肪前体细胞） |
| 93 | 2025-06-13 |
Identification of Synovial Lymphatics in the TMJ and their Roles in Arthritis and Pain
2025-May-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6683299/v1
PMID:40502768
|
research paper | 该研究首次识别了颞下颌关节（TMJ）中的滑膜淋巴系统，并探讨了其在关节炎和疼痛中的作用 | 首次发现TMJ中的滑膜淋巴系统，并揭示淋巴功能障碍如何驱动TMJ关节炎和疼痛 | 研究主要基于小鼠模型和人类组织，临床应用的直接证据尚需进一步研究 | 探讨TMJ关节炎中淋巴系统的调控和功能 | 颞下颌关节（TMJ）的淋巴系统 | 生物医学研究 | 关节炎 | 遗传报告小鼠、组织透明化、3D体积成像、功能遗传学、scRNA-seq | 小鼠模型 | 组织样本、基因表达数据 | 遗传报告小鼠和人类组织样本 |
| 94 | 2025-06-13 |
Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656712
PMID:40501607
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，开发了一种通用的细胞注释方法和造血分化定量模型，揭示了不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的分子机制 | 开发了HemaScribe细胞注释方法和HemaScape造血分化定量模型，发现了多种在不同造血干细胞层级上增强骨髓生成的策略，并识别了一个跨多种炎症挑战的髓系前体细胞模块 | NA | 阐明不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的共享或独特分子机制 | 造血干细胞和前体细胞(HSPCs) | 生物医学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | HemaScribe, HemaScape | 基因表达数据 | NA |
| 95 | 2025-06-13 |
sciLaMA: A Single-Cell Representation Learning Framework to Leverage Prior Knowledge from Large Language Models
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.28.635153
PMID:40501921
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为sciLaMA的新型表示学习框架，旨在通过整合多模态大型语言模型的静态基因嵌入与单细胞RNA测序数据，提升单细胞数据分析的效果 | 提出了一种结合大型语言模型基因嵌入与单细胞RNA测序数据的表示学习框架，解决了现有方法在整合外部生物知识方面的不足 | 未明确提及具体局限性，但暗示了计算成本和表格基因表达数据适用性可能是潜在挑战 | 开发一个计算高效、统一的框架，用于全面的单细胞数据分析和生物学可解释的基因模块发现 | 单细胞RNA测序数据和基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 变分自编码器(VAE)与大型语言模型(LLM)结合 | 基因表达数据 | NA |
| 96 | 2025-06-13 |
MIC-Drop-seq: Scalable single-cell phenotyping of mutant vertebrate embryos
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656468
PMID:40502104
|
research paper | 介绍了一种名为MIC-Drop-seq的新技术，用于在斑马鱼胚胎中进行大规模单细胞表型分析 | 结合了高通量基因干扰和多重单细胞RNA测序技术，实现了在脊椎动物发育中大规模基因功能图谱的绘制 | 技术主要应用于斑马鱼胚胎，可能在其他模型生物中的应用需要进一步验证 | 开发一种可扩展的平台，用于在脊椎动物发育中以细胞分辨率绘制基因功能 | 斑马鱼胚胎 | 基因组学 | NA | Multiplexed Intermixed CRISPR Droplets, scRNAseq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1,000个斑马鱼胚胎，靶向50个转录调节因子 |
| 97 | 2025-06-13 |
Insulin-Degrading Enzyme Regulates mRNA Processing and May Interact with the CCR4-NOT Complex
2025-May-28, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14110792
PMID:40497968
|
研究论文 | 该研究探讨了胰岛素降解酶（Ide）在mRNA处理和蛋白质稳态中的潜在作用 | 发现Ide与CCR4-NOT复合物的相互作用，提出了Ide在蛋白质表达调控中的新机制 | 研究提出的模型是推测性的，需要进一步实验验证 | 阐明Ide在细胞生理学和蛋白质稳态中的更广泛功能 | 人和小鼠的胰岛细胞 | 分子生物学 | NA | 蛋白质组学、转录组学、邻近生物素化技术 | NA | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | NA |
| 98 | 2025-06-13 |
Spatiotemporal Single-Cell Analysis Reveals T Cell Clonal Dynamics and Phenotypic Plasticity in Human Graft-versus-Host Disease
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.24.655962
PMID:40501545
|
研究论文 | 该研究通过时空单细胞分析揭示了人类移植物抗宿主病（GVHD）中T细胞克隆动力学和表型可塑性 | 开发了名为DecompTCR的新型计算工具用于纵向TCR分析，并揭示了与GVHD严重程度相关的克隆扩增程序及TCR特征 | 研究样本量相对较小（27例alloHCT受者），可能限制结果的普遍性 | 解析alloHCT后GVHD中复杂的T细胞介导的病理机制 | 27例alloHCT受者的T细胞 | 免疫学 | 移植物抗宿主病 | 混合淋巴细胞反应克隆'指纹识别'、TCR克隆分型、单细胞RNA/TCR测序、空间转录组学 | DecompTCR（新型计算工具） | 单细胞RNA测序数据、TCR序列数据、空间转录组数据 | 27例alloHCT受者的血液和肠道样本 |
| 99 | 2025-06-13 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655632
PMID:40501660
|
research paper | 本研究通过多模态单细胞测序和刺激实验，定义了来自不同组织的人类巨噬细胞的转录特征 | 揭示了人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性基因和蛋白质特征，并与小鼠巨噬细胞进行了同源性比较 | 研究样本来源于器官捐献者，可能无法完全代表所有人群 | 探索人类巨噬细胞在不同组织中的转录特征及其在稳态和激活状态下的变化 | 人类巨噬细胞和单核细胞 | 免疫学 | NA | 多模态单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 来自肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结的巨噬细胞样本 |
| 100 | 2025-06-13 |
Spatiotemporal transcriptomic analysis during cold ischemic injury to the murine kidney reveals compartment-specific changes
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.25.654911
PMID:40501673
|
research paper | 利用空间转录组学技术对小鼠肾脏冷缺血损伤进行时空转录组分析，揭示特定区域的变化 | 首次使用空间转录组学技术全面表征冷缺血损伤的分子机制，并开发了一个计算工作流程来识别时空转录组变化 | 研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类 | 揭示冷缺血损伤对肾脏移植结果的负面影响及其分子机制 | 小鼠肾脏 | digital pathology | renal disease | spatial transcriptomics | murine model | transcriptomic data | 小鼠肾脏样本（冷缺血损伤0-48小时） |