单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-04-27	Gene module reconstruction identifies cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion in zebrafish 2025-Feb-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.015 PMID:39591963	research paper	该研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）重建斑马鱼分泌组织的分化过程，揭示了基因模块在细胞分化中的作用	提出了通过多源整合识别模块的方法（MIMIR），揭示了转录因子如何调控一般和特化的细胞功能	研究仅基于斑马鱼的两种分泌组织，可能不适用于其他生物或组织类型	研究细胞分化过程中基因模块的重建及其调控机制	斑马鱼的脊索和孵化腺	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	斑马鱼胚胎
82	2025-04-27	Mapping of the T-cell Landscape of Biliary Tract Cancer Unravels Anatomic Subtype-Specific Heterogeneity 2025-Feb-17, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1173 PMID:39570809	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了胆道癌不同解剖亚型中T细胞的特异性分布及其异质性	首次在单细胞和空间水平上详细描绘了胆道癌不同亚型的T细胞多样性，并发现了与免疫治疗相关的特异性免疫特征	样本量相对较小（16名患者的36个样本），可能影响结果的普遍性	探索胆道癌不同亚型中T细胞的特异性分布，以发现潜在的精准免疫治疗策略	胆道癌患者的CD3+ T细胞	数字病理学	胆道癌	单细胞RNA测序, T细胞受体测序	NA	RNA测序数据, 病理切片图像	16名患者的36个样本和355张病理切片
83	2025-04-27	A platform for multimodal in vivo pooled genetic screens reveals regulators of liver function 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.624217 PMID:39605605	研究论文	开发了一种结合成像和测序的多模态方法，用于构建大规模基因型-表型图谱，以研究小鼠肝脏中数百种基因扰动的影响	结合成像和单细胞测序技术，构建多模态基因型-表型图谱，揭示肝脏功能的遗传调控机制	研究仅针对小鼠肝脏，结果可能不直接适用于其他器官或人类	解析复杂细胞和组织表型的遗传调控基础	小鼠肝脏中的数百种基因扰动	机器学习	NA	成像和单细胞测序	NA	图像和基因表达数据	小鼠肝脏中的数百种基因扰动
84	2025-04-27	IL-4 induces CD22 expression to restrain the effector program of virtual memory T cells 2025-02-07, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk4841 PMID:39919198	研究论文	本文研究了IL-4如何通过诱导CD22表达来调控虚拟记忆T细胞的效应程序	首次发现CD22作为IL-4诱导的T细胞选择性表面标记物，并揭示其调控T细胞效应程序的内在机制	未明确CD22调控T细胞效应的具体分子通路	阐明IL-4依赖性T细胞活化和扩增的调控机制	虚拟记忆CD8 T细胞	免疫学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
85	2025-04-27	CAF-macrophage crosstalk in tumour microenvironments governs the response to immune checkpoint blockade in gastric cancer peritoneal metastases 2025-Feb-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333617 PMID:39537239	研究论文	本研究探讨了胃癌腹膜转移（GCPM）中肿瘤相关成纤维细胞（CAF）与巨噬细胞的相互作用如何影响免疫检查点阻断（ICB）的治疗效果	揭示了GCPM中独特的免疫抑制模式，主要由SPP1+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和THBS2+基质相关成纤维细胞（mCAFs）组成的基质-髓系生态位驱动，并发现C3-C3AR1轴是ICB耐药的关键机制	研究样本量可能有限，且结果主要基于单细胞测序和体内模型，需要进一步临床验证	阐明GCPM患者对ICB治疗的耐药机制并寻找潜在的治疗靶点	胃癌腹膜转移患者的原发肿瘤、腹膜转移灶及外周血样本	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	涉及接受ICB（信迪利单抗）联合化疗治疗的GCPM患者的II期临床试验样本
86	2025-04-27	Epitope Tagging with Genome Editing in Mice Reveals That the Proton Channel OTOP1 Is Apically Localized and Not Restricted to Type III "Sour" Taste Receptor Cells 2025-Feb-05, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1560-24.2024 PMID:39592233	research paper	通过在小鼠中进行基因组编辑和表位标记，揭示了质子通道OTOP1的顶端定位及其在味觉受体细胞中的广泛分布	首次通过基因组编辑和表位标记技术揭示了OTOP1在味觉受体细胞中的顶端定位，并发现其不仅限于III型味觉受体细胞	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	探究质子通道OTOP1在味觉受体细胞中的定位和分布	小鼠的味觉受体细胞	分子生物学	NA	基因组编辑、表位标记、高分辨率成像、scRNA-seq	NA	图像数据、基因表达数据	雄性和雌性HA-OTOP1小鼠
87	2025-04-27	Characteristics of a CCL21 Gene-Modified Dendritic Cell Vaccine Utilized for a Clinical Trial in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Feb-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0435 PMID:39559833	research paper	本文报道了一种CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗在非小细胞肺癌临床试验中的特性研究	首次全面表征了CCL21-DC疫苗，并探究了制造过程中多种因素的影响	研究样本量较小，仅为I期临床试验数据	评估CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗在非小细胞肺癌治疗中的潜力	非小细胞肺癌患者	肿瘤免疫治疗	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	I期临床试验样本（具体数量未提及）
88	2025-04-27	Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility 2025-Feb-03, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021 PMID:39579769	research paper	该研究阐明了Frizzled5（Fzd5）在小鼠肠道上皮细胞命运决定中的关键作用	揭示了Fzd5通过调控染色质可及性来协调肠道上皮细胞可塑性的新机制	研究仅限于小鼠模型，人类肠道上皮细胞中的类似机制尚未验证	探究Fzd5在肠道上皮细胞可塑性调控中的作用	小鼠肠道上皮细胞（特别是Lgr5标记的肠道干细胞和Krt19标记的细胞）	分子生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	NA
89	2025-04-27	Single-cell sequencing applications in acute myeloid leukemia 2025-Feb, Leukemia & lymphoma IF:2.2Q3 DOI:10.1080/10428194.2024.2422833 PMID:39496597	综述	本文综述了单细胞测序技术在急性髓系白血病（AML）研究中的应用及其对理解疾病异质性的贡献	探讨了单细胞测序技术如何揭示AML的遗传和功能异质性，特别是在白血病干细胞、克隆演变和可测量残留病（MRD）监测方面的应用	未提及具体的技术实施难点或数据解读的局限性	提高对急性髓系白血病（AML）异质性的理解，并探讨单细胞测序技术在临床实践中的应用潜力	急性髓系白血病（AML）及其相关的白血病干细胞、克隆演变和可测量残留病（MRD）	数字病理	白血病	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
90	2025-04-27	CD137 Protein Expression Pattern Determines the Functional Role of Galectin-9 in Colorectal Cancer 2025-Feb, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23838 PMID:39503215	研究论文	本研究通过分析结直肠癌单细胞测序数据，开发了一种新的临床预后工具，并探索了LGALS9基因作为潜在治疗靶点的作用	基于13个关键基因构建了结直肠癌预后评分系统（SDRS），并发现LGALS9在结直肠癌中的作用可能依赖于CD137的表达	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发结直肠癌的预后工具并探索LGALS9基因的治疗潜力	结直肠癌患者和小鼠模型	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序技术	Scissor算法	单细胞测序数据	NA
91	2025-04-27	COMPREHENSIVE CHARACTERIZATION OF CYTOKINES IN PATIENTS UNDER EXTRACORPOREAL MEMBRANE OXYGENATION: EVIDENCE FROM INTEGRATED BULK AND SINGLE-CELL RNA SEQUENCING DATA USING MULTIPLE MACHINE LEARNING APPROACHES 2025-Feb-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002425 PMID:39503329	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合多种机器学习方法，全面表征了接受体外膜氧合（ECMO）治疗患者中细胞因子的表达模式及其潜在生物学过程	首次整合批量与单细胞RNA测序数据，应用多种机器学习算法构建了细胞因子相关基因（CRG）分类器，并揭示了关键细胞因子与免疫细胞及分子通路的关联机制	研究依赖于公共数据库和医院队列数据，可能存在样本选择偏差，且未进行实验验证	探究ECMO治疗期间细胞因子的表达特征及其对患者的潜在影响	接受ECMO治疗的患者	机器学习	心血管疾病	批量RNA测序, 单细胞RNA测序	SVM, RF, Lasso, XGBoost, ANN	RNA测序数据	三个ECMO支持数据集（两个批量RNA测序和一个单细胞RNA测序）
92	2025-04-27	Inorganic pyrophosphatase 1: a key player in immune and metabolic reprogramming in ankylosing spondylitis 2025-Feb, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00308-0 PMID:39511317	研究论文	本文通过孟德尔随机化和单细胞测序技术，探讨了无机焦磷酸酶1（PPA1）在强直性脊柱炎（AS）免疫和代谢重编程中的关键作用	首次通过孟德尔随机化和单细胞测序技术，揭示了PPA1在AS中通过影响CD8+记忆T细胞和阿魏酸硫酸盐代谢参与细胞免疫的新机制	样本量较小（仅3例AS患者和3例对照），需要更大规模的研究验证	探索强直性脊柱炎的免疫和代谢重编程机制	强直性脊柱炎患者的免疫细胞和代谢物	免疫代谢	强直性脊柱炎	孟德尔随机化（MR）、10×单细胞测序、表达数量性状位点（eQTL）分析	NA	单细胞测序数据、代谢组数据	3例AS患者和3例对照的椎体骨髓血样本
93	2025-04-27	Mouse Bladder Smooth Muscle Lack the Functional Active NMDAR 2025-Feb, Neurourology and urodynamics IF:1.8Q3 DOI:10.1002/nau.25631 PMID:39552551	研究论文	本研究探讨了N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDARs）在膀胱平滑肌（BSM）功能中的作用及其作为治疗膀胱过度活动症潜在靶点的可能性	首次通过多方法验证了膀胱平滑肌中缺乏功能性NMDARs，挑战了现有关于NMDAR抑制治疗膀胱过度活动症的作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类膀胱平滑肌的发现需要进一步验证	探究NMDARs在膀胱平滑肌功能中的作用及其治疗潜力	小鼠和人类的膀胱平滑肌	NA	膀胱过度活动症	肌动描记术、钙成像、单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	生理数据、基因表达数据、影像数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠和人类膀胱组织
94	2025-04-27	PD-L1 promotes tumor metastasis by regulating the infiltration of FGFBP2(+)Tm cells in colorectal cancer 2025-Feb, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03223-w PMID:39558101	研究论文	本研究探讨了PD-L1通过调节FGFBP2(+)Tm细胞的浸润促进结直肠癌肿瘤转移的机制	首次揭示了PD-L1通过减少CXCL9和CXCL10的分泌抑制记忆T细胞浸润，并发现FGFBP2(+)Tm细胞在肿瘤转移中的作用	研究主要基于小鼠模型和临床样本，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究PD-L1在结直肠癌转移中的作用机制	结直肠癌患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、小鼠转移模型	小鼠转移模型	临床样本数据、实验数据	包括外周血、淋巴结、结肠息肉、原发肿瘤和肝转移样本
95	2025-04-27	E2F1 Promotes the Occurrence of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma and Serves as a Prognostic Biomarker 2025-Feb, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-024-05097-w PMID:39565537	research paper	本研究探讨了E2F转录因子1（E2F1）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的生物学功能及预后价值	通过结合转录组和单细胞测序数据，构建了基于E2F1表达水平的风险模型，并探索了高表达细胞群与其他细胞群的相互作用通路	研究主要依赖于公共数据库数据，缺乏独立验证队列	探索E2F1在HNSCC中的生物学功能及其作为预后生物标志物的潜力	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	转录组测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Lasso-Cox回归模型，nomogram模型	基因表达数据，单细胞数据	TCGA和GEO数据库中的HNSCC患者样本
96	2025-04-27	The critical role of endoplasmic reticulum stress and the stimulator of interferon genes (STING) pathway in kidney fibrosis 2025-Feb, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2024.10.021 PMID:39566842	研究论文	本研究探讨了内质网应激和STING通路在肾脏纤维化中的关键作用	发现STING是肾小管细胞内质网应激的重要上游激活因子，并揭示了STING与PERK的物理相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限	阐明内质网应激在肾脏疾病中的激活机制和作用	慢性肾脏病患者和小鼠模型的肾脏组织	肾脏病学	肾脏疾病	转录组学分析	小鼠模型	转录组数据	慢性肾脏病患者样本和多种小鼠模型（顺铂、单侧输尿管梗阻、叶酸和TFAM敲除小鼠）
97	2025-04-27	Integrated analysis and systematic characterization of the regulatory network for human germline development 2025-Feb, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.11.005 PMID:39571792	研究论文	通过整合多组学数据，研究人类原始生殖细胞（PGCs）发育的调控网络	构建了人类PGC数据库（hPGCdb），鉴定了调控生殖细胞命运的关键转录因子和调控网络，并验证了部分关键因子在生殖细胞发育中的重要作用	由于人类PGC发育过程的复杂性，部分调控机制仍未被完全揭示	揭示人类原始生殖细胞发育的调控机制	人类原始生殖细胞（PGCs）	生物信息学	NA	RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, CRISPRi敲低	NA	多组学数据	581个RNA-seq样本、54个ATAC-seq样本、45个ChIP-seq样本和69个单细胞RNA-seq样本
98	2025-04-27	TRAIL induces podocyte PANoptosis via death receptor 5 in diabetic kidney disease 2025-Feb, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2024.10.026 PMID:39571905	研究论文	该研究揭示了TRAIL通过死亡受体5（DR5）诱导足细胞PANoptosis（凋亡、焦亡和坏死性凋亡）在糖尿病肾病（DKD）中的作用机制	首次发现TRAIL/DR5信号通路在DKD足细胞PANoptosis中的关键自分泌作用，并验证了DR5抑制剂在缓解DKD中的潜在治疗价值	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床样本数量有限（仅3例正常和3例DKD样本）	探究TRAIL/DR5信号通路在糖尿病肾病足细胞损伤中的作用机制	糖尿病肾病患者的足细胞、培养的人足细胞、高脂饮食和链脲佐菌素诱导的肥胖糖尿病小鼠	肾脏病学	糖尿病肾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、siRNA沉默、重组蛋白处理、基因过表达	动物模型（小鼠）和细胞模型	基因表达数据、病理学数据	3例正常人肾脏样本和3例DKD患者肾脏样本（人类）；未明确说明小鼠数量
99	2025-04-27	A Study on the Inflammatory Response of the Brain in Neurosyphilis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406971 PMID:39574316	研究论文	本研究通过蛋白质组学和单细胞转录组学的整合分析，揭示了神经梅毒中Toll样/NF-κB信号通路在CNS损伤中的作用	首次发现单核细胞来源的巨噬细胞是神经梅毒患者CNS中对Tp炎症反应的关键细胞，并验证了外周血炎症细胞可能通过破坏血脑屏障导致神经损伤	研究样本量未明确说明，体外脑类器官模型的临床相关性有待进一步验证	探究梅毒螺旋体诱导的神经梅毒中炎症介导脑损伤的机制	神经梅毒患者的CNS组织、外周血及体外培养的脑类器官	神经免疫学	神经梅毒	蛋白质组学、单细胞转录组学	体外脑类器官模型	蛋白质组数据、转录组数据	NA
100	2025-04-27	High CD44 expression and enhanced E-selectin binding identified as biomarkers of chemoresistant leukemic cells in human T-ALL 2025-Feb, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02473-7 PMID:39580584	研究论文	本文研究了T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）中化疗耐药细胞的生物标志物，重点关注CD44高表达和E-选择素结合增强的特性	首次在人类T-ALL中鉴定出Ki67CD44化疗耐药白血病细胞（CLCs），并发现其与E-选择素结合的关联	样本量相对较小（39例人类T-ALL样本），需要更大规模研究验证	探索T-ALL化疗耐药机制，寻找预后分层和治疗新靶点	人类T-ALL细胞，特别是化疗耐药的白血病细胞（CLCs）	血液肿瘤学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	39例人类T-ALL样本