单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-24	Recent advancement in the spatial immuno-oncology 2025-02, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.12.003 PMID:39705969	综述	本文总结了空间转录组学和空间蛋白质组学的最新进展及其在肿瘤微环境研究中的应用	强调了空间组学数据的概念框架及其在免疫肿瘤学领域的更新知识	NA	总结空间组学技术在免疫肿瘤学领域的应用和进展	肿瘤微环境中的细胞类型和细胞状态	数字病理学	肿瘤	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	空间组学数据	NA
82	2025-06-24	Single-cell and spatial characterization of plasmablast-like lymphoma cells in primary central nervous system lymphoma 2025-Feb, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2024.100058 PMID:40454408	研究论文	通过单细胞和空间多组学分析，研究原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中浆母细胞样淋巴瘤细胞的细胞和空间异质性及其微环境	首次在PCNSL中发现具有浆母细胞（PBL）特征的淋巴瘤亚群，并揭示了其与微环境的独特分子和空间相互作用	样本量相对较小，且研究结果需要进一步验证	探究PCNSL中肿瘤细胞的异质性及其与微环境的关系	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞测序、空间多组学分析、B细胞受体（BCR）分析、CD138免疫组织化学染色	NA	单细胞数据、空间数据	约40%的PCNSL患者
83	2025-06-24	Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts 2025-Jan-18, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01507-x PMID:39826027	研究论文	研究探讨了机械张力如何通过细胞培养基质硬度影响衰老细胞标志物和分泌表型	揭示了机械力如何塑造细胞衰老及其分泌表型，特别是在高硬度条件下独特的分泌蛋白谱和转录组特征	研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究物理刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型(SASP)的影响	人原代肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、蛋白质组数据	人原代肺成纤维细胞(IMR-90)在不同硬度基质(2 kPa, 50 kPa, 3 GPa)上培养
84	2025-06-24	A Monocyte-Driven Prognostic Model for Multiple Myeloma: Multi-Omics and Machine Learning Insights 2025, Blood and lymphatic cancer : targets and therapy DOI:10.2147/BLCTT.S517354 PMID:40546417	research paper	该研究通过多组学分析和机器学习算法，建立了一个与单核细胞相关的多发性骨髓瘤预后模型	结合孟德尔随机化分析、流式细胞术和单细胞RNA测序，开发了一个新的单核细胞相关基因预后特征（MGPS）模型，并验证其在预测多发性骨髓瘤患者预后和治疗反应中的价值	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证MGPS模型的临床适用性	探索多发性骨髓瘤的免疫微环境，开发预后模型以优化治疗策略	多发性骨髓瘤患者及其骨髓微环境中的单核细胞	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, flow cytometry, Mendelian Randomization	machine learning (10种算法生成的101个预测模型)	genomic data, transcriptome data	731种免疫细胞表型分析，多组转录组测序数据集
85	2025-06-24	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组学数据	RASP是一种新型的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组学数据	NA	开发一种计算高效的方法来处理高分辨率空间转录组学数据，以更好地理解组织结构和生物过程机制	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	随机两阶段主成分分析(PCA)框架	PCA	空间转录组学数据	四个公开可用的空间转录组学数据集(10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和10x Xenium)，涉及人类和小鼠组织
86	2025-06-24	Distinct Inflammatory Programs Underlie the Intramuscular Lipid Nanoparticle Response 2024-12-03, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c08490 PMID:39563529	research paper	该研究探讨了mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）在肌肉组织中的免疫原性，揭示了两种不同的炎症基因表达程序	研究发现mRNA和LNP协同作用，为有效疫苗接种提供必要的先天免疫刺激，并提出了疫苗和治疗药物的设计框架	研究仅评估了9种常见的LNP，可能无法涵盖所有可能的LNP类型	评估mRNA/LNP的佐剂性及其在肌肉组织中的免疫反应	mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）及其在肌肉组织中的免疫反应	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9种化学性质不同的LNP
87	2025-06-24	Unraveling the spatial organization and development of human thymocytes through integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics profiling 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51767-y PMID:39237503	研究论文	通过整合空间转录组学和单细胞多组学分析，揭示人类胸腺细胞的空间组织和发展	开发了TSO-his工具，整合单细胞和空间转录组学数据，首次在单细胞分辨率下重建胸腺空间结构，并发现新的共定位关系	NA	解析人类胸腺的空间组织结构和T细胞发育过程	人类胸腺细胞	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞多组学分析、VDJ测序	NA	转录组数据、空间数据	NA
88	2025-06-24	Spatial transcriptomics defines injury specific microenvironments and cellular interactions in kidney regeneration and disease 2024-09-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51186-z PMID:39237549	research paper	利用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示损伤特异性和空间依赖的基因表达模式	应用空间转录组学技术揭示了肾脏损伤后不同细胞微环境中的基因表达模式及细胞间相互作用，特别是Clcf1-Crfl1在近端小管细胞和成纤维细胞间的分子互作	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类肾脏损伤中进行验证	解析肾脏损伤后分子通路和细胞互作，以增进对损伤、修复和疾病的理解	小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型	digital pathology	kidney disease	single cell spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	小鼠肾脏样本
89	2025-06-24	Symbiotic symphony: Understanding host-microbiota dialogues in a spatial context 2024 Sep-Oct, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.03.001 PMID:38564842	综述	本文探讨了在空间背景下理解宿主与微生物群对话的重要性及其潜在的临床意义	强调了同时分析微生物和宿主遗传信息并保持其空间完整性的重要性，以及空间转录组学在此领域的应用潜力	在早期生命微生物影响的研究中，由于群落数量有限，需要在减少的生物量框架内进行分析	研究宿主与微生物群之间的相互作用及其对人类健康的影响	人类宿主及其微生物群	微生物组学	局部感染和炎症	空间转录组学	NA	遗传信息	NA
90	2025-06-24	CilioGenics: an integrated method and database for predicting novel ciliary genes 2024-Aug-12, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae554 PMID:38989623	研究论文	开发了一种名为CilioGenics的综合方法，用于预测新的纤毛基因，并建立了一个相关数据库	结合了单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用、比较基因组学、转录因子网络分析和文本挖掘等多种方法，提高了预测纤毛基因的准确性	虽然预测了新的纤毛候选基因，但仍有部分基因需要实验验证	预测人类纤毛基因，以促进纤毛病（ciliopathies）的诊断	人类基因	基因组学	纤毛病	单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析、比较基因组学、转录因子网络分析、文本挖掘	NA	基因组数据、蛋白质相互作用数据、文本数据	全人类基因列表
91	2025-06-24	Dominant dystrophic epidermolysis bullosa is associated with glycolytically active GATA3+ T helper 2 cells which may contribute to pruritus in lesional skin 2024-Jul-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae110 PMID:38477474	研究论文	本研究通过RNA测序分析显性营养不良性大疱性表皮松解症(DDEB)患者的皮肤转录组，以寻找减轻瘙痒的治疗靶点	首次在DDEB病变皮肤中发现糖酵解活性增强的GATA3+ Th2细胞，并验证了抗Th2药物dupilumab对缓解瘙痒的疗效	样本量较小(6例患者)，且仅针对瘙痒严重的pruriginosa亚型	寻找减轻DDEB患者皮肤瘙痒的治疗靶点	显性营养不良性大疱性表皮松解症(DDEB)患者的皮肤组织	转录组学	皮肤病/大疱性表皮松解症	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、定量PCR	NA	RNA测序数据	6例DDEB患者+4例健康对照的皮肤活检样本
92	2025-06-24	N-MYC impairs innate immune signaling in high-grade serous ovarian carcinoma 2024-05-17, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj5428 PMID:38748789	研究论文	本文研究了N-MYC在高级别浆液性卵巢癌(HGSC)中对先天免疫信号的抑制作用	发现N-MYC通过抑制STING寡聚化和MAVS聚集定位，抑制HGSC中的I型干扰素信号通路	研究主要基于细胞系和单细胞RNA测序，需要更多体内实验验证	探究N-MYC在HGSC免疫抑制中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌细胞系和临床样本	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用HGSC细胞系和临床样本
93	2025-06-24	Toolkit for mapping the clonal landscape of tumor-infiltrating B cells 2024-03, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2024.101864 PMID:38301345	review	本文综述了现有技术，总结了它们在B细胞研究中的应用，并提出了推进B细胞探索的未来方向	提出了一个工具包，用于绘制肿瘤浸润B细胞的克隆景观，并概述了现有技术在B细胞研究中的应用	未提及具体的实验验证或样本量，可能缺乏实证支持	理解和区分B细胞在肿瘤微环境中的不同作用	肿瘤浸润B细胞	digital pathology	NA	单细胞和空间转录组学、基因组学、蛋白质组学、B细胞受体库深度无错误分析	NA	转录组、基因组、蛋白质组数据	NA
94	2025-06-24	Spatial transcriptomics defines injury-specific microenvironments in the adult mouse kidney and novel cellular interactions in regeneration and disease 2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568217 PMID:38045285	研究论文	应用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示损伤特异性和空间依赖性基因表达模式	首次在肾脏损伤研究中应用空间转录组学技术，揭示了损伤特异性微环境及细胞间相互作用	研究仅针对小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	解析肾脏损伤后修复和疾病的分子机制	成年小鼠肾脏	空间转录组学	肾脏疾病	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
95	2025-06-23	KHDC3 affects the lineage differentiation of early embryo by regulating the differential distribution of YAP signal 2025-Oct-01, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2025.117527 PMID:40493978	research paper	研究揭示了KHDC3通过调节YAP信号通路在早期胚胎细胞谱系分化中的作用	首次发现KHDC3通过影响YAP信号通路和皮层肌动蛋白帽的形成来调控早期胚胎细胞的内外分布和谱系分化	KHDC3如何通过肌动蛋白细胞骨架影响YAP信号通路的具体机制尚未完全阐明	探究KHDC3在早期胚胎发育中的作用机制	早期胚胎细胞	发育生物学	妊娠滋养细胞疾病	单细胞转录组分析、基因敲除	NA	基因表达数据	早期胚胎细胞（从2细胞期到囊胚期）
96	2025-06-23	Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition 2025-Jul, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025 PMID:40268163	研究论文	通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞，揭示其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	发现不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞具有独特的转录组特征，特别是多倍体细胞在促纤维化和促炎症簇中的富集，以及SPP1在促进肾纤维化中的关键作用	研究仅关注了缺血再灌注损伤后的特定时间点（第3天和第14天），可能未涵盖AKI-to-CKD转变的所有阶段	探究不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变中的异质性和功能	近端肾小管上皮细胞	单细胞分析	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	缺血再灌注损伤后第3天和第14天的近端肾小管上皮细胞
97	2025-06-23	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	研究论文	本研究通过蛋白质组学方法比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病捐赠者的胰岛蛋白质变化，揭示了胰岛功能障碍的潜在机制	首次在人类胰岛素分泌β细胞中发现了1型糖尿病前期阶段的分子变化，包括免疫反应增强和内质网应激及蛋白质翻译减少	样本量较小（mAAb+组n=3，ND组n=3），且存在较大的个体间差异	识别1型糖尿病前期阶段胰岛β细胞功能障碍的分子通路	胰岛自身抗体阳性的器官捐赠者（AAb+）与非糖尿病（ND）对照捐赠者的胰岛组织	蛋白质组学	1型糖尿病	激光显微切割、质谱（MS）蛋白质组学、无标记定量分析	NA	蛋白质组数据	AAb+组5例（其中mAAb+亚组3例），ND对照组5例（匹配分析用3例）
98	2025-06-23	TSC22 domain family member 3 links natural killer cells to CD8+ T cell-mediated drug hypersensitivity 2025-Jun-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02300-0 PMID:40544157	research paper	该研究探讨了TSC22D3在自然杀伤细胞（NK细胞）与CD8+ T细胞介导的药物过敏反应中的关键作用	揭示了TSC22D3通过调控NK细胞功能，影响CD8+ T细胞介导的免疫反应，为药物过敏反应提供了新的机制解释	研究主要基于DHS患者和小鼠模型，结果在其他类型的SCARs中的普适性尚待验证	探索药物过敏反应（特别是DHS）的免疫学机制	DHS患者、dapsone耐受个体及小鼠模型	免疫学	药物过敏反应	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	DHS患者与dapsone耐受个体的比较研究
99	2025-06-23	Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases 2025-Jun-20, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.065 PMID:40516911	研究论文	本研究构建了一个跨物种整合模型，研究血管平滑肌细胞（VSMC）在动脉疾病中的表型转换，并验证了细胞骨架相关基因在维持VSMC收缩表型及防止病理重塑中的关键作用	首次揭示了细胞骨架相关基因（Fblim1、Tns1和Synpo2）作为VSMC表型转换的检查点，在动脉病理重塑中的关键作用	研究主要依赖于公共单细胞RNA-seq数据集和动物模型，尚未在人类临床样本中进行验证	探究VSMC表型转换的分子机制，为动脉疾病提供新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMC）	分子生物学	动脉疾病（包括动脉粥样硬化和主动脉瘤）	单细胞RNA-seq、siRNA介导的基因敲除、腺病毒介导的基因过表达	跨物种整合模型	RNA-seq数据	公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本和PDGF-BB处理的VSMCs
100	2025-06-23	SOX11 and GLIS2: Novel Biomarkers for Understanding the Progression of Oral Leukoplakia 2025-Jun-20, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100872 PMID:40543136	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，探讨口腔白斑病（LP）的转录调控机制，并鉴定SOX11和GLIS2作为LP特异性分子标记物	首次发现SOX11和GLIS2作为LP特异性分子标记物，并揭示其通过调节EMT和血管生成影响病变发展的机制	研究样本量有限，且未进行功能性实验验证SOX11和GLIS2的具体作用机制	探究口腔白斑病进展的分子机制并寻找潜在生物标志物	口腔白斑病组织和口腔鳞状细胞癌（OSCC）样本	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序, 大块RNA测序, 免疫组化染色	NA	RNA测序数据, 临床生存数据	口腔白斑病组织和TCGA数据库中的OSCC样本