单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-07	Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534 PMID:40527241	研究论文	该研究提出了一种名为'genomap'的图像表示方法，通过空间编码转录组相互作用来揭示与衰老相关的相互作用模式变化，并构建了一个高精度的组织特异性炎症衰老时钟	创新性地将scRNA-seq数据转换为语义丰富的图像表示（genomap），并利用这种表示揭示衰老相关的相互作用模式变化，而非仅关注基因表达谱的变化	未明确提及具体样本量或实验验证的局限性	开发有效的方法从高维转录组数据中识别精确的免疫遗传衰老标志物	衰老过程中的基因-基因相互作用模式	生物信息学	衰老相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
82	2025-07-07	Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653 PMID:40543274	研究论文	本研究通过整合多组学和机器学习方法，揭示了胃癌发展中与癌症相关成纤维细胞相关的新型代谢特征	首次整合多种数据类型（微阵列、批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）并结合机器学习策略，识别出与癌症相关成纤维细胞（CAF_6）相关的代谢特征，该特征与胃癌患者预后显著相关	研究主要基于公开数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	探索胃癌发展中癌症相关成纤维细胞的分子和功能异质性，并开发预后相关的代谢特征	胃癌组织和相关细胞类型（特别是癌症相关成纤维细胞）	数字病理学	胃癌	微阵列、批量RNA-seq、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因表达数据	使用GSE15459、GSE26253和GSE183904数据集，具体样本数量未明确说明
83	2025-07-07	Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662 PMID:40580616	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性	整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，识别了胃癌中的三种主要上皮成分，并揭示了胃峡部干细胞在胃癌中的三种不同状态	研究样本量有限，未涉及不同胃癌亚型的比较	探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹	胃癌患者的配对肿瘤和邻近组织样本	单细胞多组学	胃癌	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	胃癌患者的配对肿瘤和邻近组织样本（具体数量未提及）
84	2025-07-07	Cmpk2 Protects Against Acute Lung Injury in Mice 2025-Jul-05, Lung IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s00408-025-00829-z PMID:40616692	research paper	该研究探讨了线粒体代谢酶Cmpk2在急性肺损伤（ALI）中的作用及其保护机制	首次揭示了Cmpk2通过STING依赖的机制调节中性粒细胞募集和细菌吞噬功能，从而对抗肺炎	研究主要基于小鼠模型和斑马鱼胚胎，人类样本验证有限	阐明Cmpk2在细菌性肺炎诱发的急性肺损伤中的保护作用机制	Cmpk2基因敲除小鼠、斑马鱼胚胎、ARDS患者样本	分子生物学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	scRNA-seq、流式细胞术、ELISA、GO/KEGG分析	基因敲除动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确样本量（使用基因敲除小鼠模型和斑马鱼胚胎）
85	2025-07-07	Modulation of mitochondrial dysfunction: Mechanisms and strategies for the use of natural products to treat stroke 2025-Jul-05, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-25-00016 PMID:40618255	research paper	本文探讨了线粒体功能障碍的调节机制及天然产物在治疗中风中的应用	提出了天然产物通过多靶点调节线粒体功能障碍来治疗中风的新策略	天然产物的临床转化面临成分复杂难以标准化、跨区域临床数据不足以及缺乏长期安全性评估等挑战	研究中风治疗中线粒体功能障碍的调节机制及天然产物的应用	线粒体功能障碍及天然产物	NA	心血管疾病	单细胞测序、类器官模型	NA	NA	NA
86	2025-07-07	Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model 2025-Jul-04, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02063-3 PMID:40615895	research paper	该研究探讨了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在低髓鞘化模型中对炎症的促进作用	揭示了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在慢性炎症和神经功能缺损中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中验证	了解难治性神经系统疾病中慢性进行性神经功能缺损的机制	Pdgfra条件性敲除小鼠的脑皮质	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序，组织学分析	小鼠模型	RNA测序数据，组织学图像	NA
87	2025-07-07	Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids 2025-Jul-04, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930 PMID:40616840	研究论文	本文提出了一种将头颈鳞状细胞癌患者来源的类器官（PDOs）解离为适合下游应用（如药物筛选和单细胞RNA测序）的活单细胞悬液的方案	通过使用0.05%胰蛋白酶和温和的机械解离步骤最大化单细胞产量，同时避免高浓度胰蛋白酶和长时间孵育以减少细胞聚集和提高细胞存活率	未提及该方案是否适用于其他类型的癌症类器官或非癌症类器官	开发一种高效的头颈鳞状细胞癌患者来源类器官单细胞解离方案	头颈鳞状细胞癌患者来源的类器官（PDOs）	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、活细胞成像	NA	细胞悬液	未明确说明样本数量
88	2025-07-07	Interleukin-32-expressing CD4+ T cells are a potentially pathogenic subset in systemic sclerosis with interstitial lung disease 2025-Jul-04, Respiratory investigation IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.resinv.2025.06.008 PMID:40617174	研究论文	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据集，揭示了表达IL-32的CD4+ T细胞在系统性硬化症伴间质性肺病(SSc-ILD)中的潜在致病作用	首次发现IL32基因在SSc-ILD患者CD4+ T细胞中的高表达，并确定了其在Th1、Th2和Th17细胞以及记忆T细胞中的表达模式	需要进一步研究IL-32的具体作用机制和治疗潜力	阐明CD4+ T细胞亚群在SSc-ILD发病机制中的异常细胞因子产生	系统性硬化症伴间质性肺病患者的CD4+ T细胞	免疫学	系统性硬化症/间质性肺病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、微阵列分析	NA	基因表达数据	13例SSc和11例健康对照的肺活检样本，18例SSc-ILD和16例健康对照的外周血样本
89	2025-07-07	Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection 2025-Jul-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013 PMID:40513559	研究论文	本研究利用长期培养的器官模型，分别从表面气道上皮（SAE）和黏膜下腺体（SMGs）中提取，以研究它们在呼吸道炎症和感染中的独特生理特性	首次利用SMG器官模型研究呼吸道炎症和感染，揭示了SMG分泌细胞对特定冠状病毒的选择性易感性	研究仅关注了SMG和SAE的器官模型，未涉及其他呼吸道组织或更广泛的病原体	研究呼吸道炎症和感染的生理机制	人类气道上皮和黏膜下腺体的器官模型	生物医学研究	呼吸道感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	器官模型	基因表达数据	NA
90	2025-07-07	Ensemblex: an accuracy-weighted ensemble genetic demultiplexing framework for population-scale scRNAseq sample pooling 2025-Jul-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03643-1 PMID:40611203	研究论文	介绍Ensemblex，一种基于精度加权的集成遗传解复用框架，用于人口规模单细胞RNA测序样本池	整合四种不同算法以识别最可能的样本标签，提高高度复用实验中的准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序样本池中个体遗传解复用的准确性	单细胞RNA测序样本池	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成框架（Ensemblex）	RNA测序数据	计算和实验池化样本
91	2025-07-07	Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering 2025-Jul-03, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.06.018 PMID:40617259	研究论文	该研究通过克隆追踪、单细胞和空间转录组学技术，探索了小鼠肝脏生长过程中肝细胞异质性的演变及其对体内基因工程的影响	揭示了新生肝脏中克隆形成性肝细胞的空间定位及其在肝脏生长中的关键作用，并阐明了肝细胞异质性对慢病毒基因传递效率的影响	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索肝脏生长过程中肝细胞异质性的动态变化及其对基因治疗的影响	小鼠肝脏不同发育阶段的肝细胞	基因治疗	单基因疾病	克隆追踪、单细胞转录组学、空间转录组学、慢病毒基因转移、靶向基因编辑	NA	转录组数据	不同年龄阶段的小鼠肝脏样本
92	2025-07-07	Single-cell RNA Sequencing Reveals the Role of Heat Shock Protein 90AA1 in Müller Cell Proliferation via the Necroptosis/MAPK Pathway in Diabetic Retinopathy 2025-Jul-03, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110508 PMID:40617280	研究论文	本研究探讨了热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）在糖尿病视网膜病变（DR）中Müller细胞增殖中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了HSP90AA1在糖尿病视网膜病变中通过坏死性凋亡/MAPK通路调控Müller细胞增殖的机制	样本量较小（4名糖尿病患者和2名非糖尿病患者）	阐明糖尿病视网膜病变的细胞和分子机制	Müller细胞	生物医学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4名糖尿病患者和2名非糖尿病患者的视网膜样本
93	2025-07-07	Identification of hemocyte types and characterization of their immune function in the house fly based on morphological observation and single-cell RNA sequencing 2025-Jul-03, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104358 PMID:40617446	研究论文	本研究结合形态学观察和单细胞RNA测序技术，对家蝇幼虫的血细胞类型及其免疫功能进行了分类和功能分析	首次在家蝇幼虫中鉴定出五种血细胞类型，并基于形态学、流式细胞术和基因表达谱分析了它们的免疫功能	研究仅针对家蝇幼虫，结果可能不适用于其他发育阶段或其他昆虫物种	深入了解家蝇的免疫机制	家蝇幼虫的血细胞	昆虫免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、形态学观察、流式细胞术	NA	基因表达数据、显微镜图像	家蝇幼虫血细胞
94	2025-07-07	An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis 2025-Jul-02, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03306-6 PMID:40604997	研究论文	研究口服生物可利用的BRD4抑制剂在博来霉素诱导的纤维化中破坏致病性上皮-间充质生态位扩展的作用	设计并合成了一种高效、选择性、口服生物可利用的BRD4抑制剂（ZL0969），并验证其在减少肌成纤维细胞形成和致病性肺泡祖细胞群扩展中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨BRD4信号在博来霉素诱导的肺损伤中祖细胞扩展中的作用	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型及人类IPF样本	病理学	肺纤维化	scRNA-seq	NA	基因表达数据	C57BL6小鼠及人类IPF样本
95	2025-07-07	α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61167-5 PMID:40593693	研究论文	本研究阐明了烟碱型乙酰胆碱受体（nAChRs）在人类皮质发育过程中对祖细胞和放射状胶质细胞（RG）的作用	发现CHRNA7和人类特有的CHRFAM7A在SOX2+祖细胞和神经元中的表达，以及CHRFAM7A在RG末端的富集，揭示了YAP1作为nAChR信号的关键下游效应物	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探究烟碱型乙酰胆碱受体在人类皮质发育中的具体作用机制	人类皮质发育中的祖细胞和放射状胶质细胞	神经生物学	神经发育疾病	单细胞RNA测序、器官型切片培养、分散培养	NA	基因表达数据	NA
96	2025-07-07	Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61375-z PMID:40593761	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，对代谢RNA标记技术进行了基准测试，以优化基因表达动态的测量	首次对十种化学转化方法进行了全面比较，并优化了在斑马鱼胚胎细胞中的应用，提高了合子基因的检测能力	研究仅基于Drop-seq平台和斑马鱼胚胎细胞，可能不适用于其他平台或生物系统	优化代谢RNA标记技术在高通量单细胞RNA测序中的应用，以提高基因表达动态的测量精度	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）	单细胞RNA测序	NA	代谢RNA标记技术、高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）
97	2025-07-07	Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06241-0 PMID:40594834	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的破坏	首次在肝转移癌中详细描述了NK-T细胞的相互作用网络及其功能影响	研究样本来自多种癌症类型，可能影响结果的普遍性	揭示NK-T细胞在肝转移癌中的相互作用及其功能	肝转移癌患者的NK和T细胞	数字病理学	肝转移癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌的肝转移及邻近组织样本
98	2025-07-07	Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60882-3 PMID:40595535	研究论文	介绍了一种名为spatial FFPE-ATAC-seq的新方法，用于在原位分析存档组织中的染色质可及性	克服了福尔马林诱导的交联挑战，实现了高分辨率的染色质景观映射，同时保留了组织结构	NA	开发一种新方法以利用FFPE样本进行表观基因组研究，研究基因调控和疾病机制	小鼠和人类组织（包括脑和胸腺）以及人类黑色素瘤	表观基因组学	黑色素瘤	spatial FFPE-ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	染色质可及性数据	小鼠和人类组织样本，包括脑、胸腺和人类黑色素瘤样本
99	2025-07-07	Prediction and validation based on scRNA-seq: ETS2 targets CEBPB to mediate osteoclast differentiation in osteoarthritis progression 2025-Jun-30, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145639 PMID:40602581	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析发现ETS2是促进骨关节炎（OA）进展中破骨细胞（OC）分化的关键基因，并揭示了ETS2通过靶向CEBPB调控OC分化的机制	首次发现ETS2通过靶向CEBPB调控破骨细胞分化，并验证了ETS2敲低可缓解OA进展	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	揭示骨关节炎进展中破骨细胞分化的分子机制	破骨细胞（OC）和骨关节炎（OA）	生物医学	骨关节炎	scRNA-seq, ATAC-seq, Cut&Tag	DMM小鼠模型	基因表达数据	DMM模型小鼠
100	2025-07-07	Spatial Transcriptomics Unveils Regional Heterogeneity and Subclonal Dynamics in the Lung Adenocarcinoma Microenvironment 2025-Jun-30, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108929 PMID:40617150	研究论文	本研究利用空间转录组学揭示了肺腺癌微环境中的区域异质性和亚克隆动态	通过空间转录组学技术，克服了单细胞转录组学缺乏空间信息的局限，全面解析了肺腺癌的细胞景观	研究仅基于一个空间转录组学样本，样本量较小，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌微环境的空间功能和异质性	肺腺癌组织及其微环境	数字病理学	肺腺癌	空间转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	125,203个单细胞和3,990个空间转录组学spots