单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-24	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40402791	research paper	构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类	首次通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性	技术限制和缺乏全面的数据可能影响对TcEV异质性的深入理解	探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）在免疫调节和肿瘤微环境调控中的作用	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	277,265个EV液滴，来自21个项目中的221个样本，涵盖51种T细胞类型
82	2025-05-24	Gene module reconstruction identifies cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion in zebrafish 2025-Feb-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.015 PMID:39591963	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术重建斑马鱼分泌组织的分化过程，揭示了基因模块在细胞分化中的作用及其调控机制	提出了通过多源整合识别模块的方法（MIMIR），并揭示了转录因子如何赋予细胞一般和特化的分泌功能	研究仅基于斑马鱼的两种分泌组织，可能无法完全代表其他生物或组织的分化过程	研究细胞分化过程中基因模块的重建及其调控逻辑	斑马鱼的脊索和孵化腺	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
83	2025-05-24	CAF-macrophage crosstalk in tumour microenvironments governs the response to immune checkpoint blockade in gastric cancer peritoneal metastases 2025-Feb-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333617 PMID:39537239	研究论文	本研究探讨了胃癌腹膜转移（GCPM）中肿瘤微环境内CAF-巨噬细胞间的相互作用如何影响免疫检查点阻断（ICB）治疗的响应	揭示了GCPM中独特的免疫抑制模式，主要由SPP1+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和THBS2+基质癌相关成纤维细胞（mCAFs）构成的基质-髓系生态位介导ICB耐药性	研究样本量有限，且为单中心II期临床试验，需要更大规模的多中心研究验证	阐明GCPM患者对ICB治疗产生耐药性的机制，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌腹膜转移患者	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	II期临床试验患者样本（具体数量未明确说明）
84	2025-05-24	Changes in border-associated macrophages after stroke: single-cell sequencing analysis 2025-Jan-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01092 PMID:39927762	研究论文	通过单细胞测序分析探讨中风后边界相关巨噬细胞的变化	首次全面分析了中风后边界相关巨噬细胞的动态转录变化及其在炎症相关通路中的作用，并提出了Stat3抑制作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究中风后边界相关巨噬细胞的变化及其在神经炎症中的作用	小鼠边界相关巨噬细胞	生物医学	中风	单细胞测序、CellChat分析、pySCENIC工具	动物模型	基因表达数据	来自GEO数据库的数据集GSE174574和GSE225948
85	2025-05-24	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-Jan-27, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:39868591	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进单核细胞迁移至肾小球及巨噬细胞产生IL-1β等机制加剧肾小球肾炎的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎进展中的作用机制	NZBWF1小鼠模型中的肾小球巨噬细胞	免疫学	系统性红斑狼疮/肾小球肾炎	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量的NZBWF1小鼠
86	2025-05-24	Plasticity in metastatic colorectal cancer 2025-01-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.018 PMID:39837278	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术，探索了结直肠癌（CRC）进展过程中癌细胞状态的变化	使用单细胞转录组测序技术绘制了CRC进展过程中癌细胞状态变化的图谱	NA	研究结直肠癌（CRC）进展和耐药性中癌细胞状态的变化	结直肠癌细胞	digital pathology	colorectal cancer	single-cell transcriptome sequencing	NA	transcriptomic data	NA
87	2025-05-24	Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6 PMID:39240518	research paper	本文描述了从斑马鱼胚胎视网膜中分离和制备单细胞用于单细胞RNA测序的方法	提供了一种可重复生成高质量单细胞悬浮液的方法，适用于斑马鱼眼睛及其他发育或再生组织的scRNA-Seq实验	方法主要针对斑马鱼胚胎视网膜细胞，可能不直接适用于其他物种或组织类型	开发适用于斑马鱼眼睛单细胞RNA测序的高质量单细胞悬浮液制备方法	斑马鱼胚胎视网膜细胞	单细胞测序技术	NA	scRNA-Seq, 10× Genomics v3.1系统	NA	单细胞RNA测序数据	斑马鱼胚胎眼睛细胞
88	2025-05-24	Comprehensive analysis of autophagy-related prognostic genes in breast cancer using bulk and single-cell RNA sequencing 2025, American journal of clinical and experimental immunology IF:1.4Q4 DOI:10.62347/XPCM9169 PMID:40401006	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和传统高通量RNA测序（bulk RNA-seq）分析了乳腺癌中的自噬相关基因（ARGs），并开发了一个基于3个自噬相关基因的预后模型	首次在乳腺癌中结合单细胞和批量RNA测序数据构建自噬相关基因的预后模型，并识别出FEZ1、STX11和ADAMTSL1这三个关键基因	研究样本量有限，外部验证数据集较少，且未进行功能实验验证基因的生物学机制	阐明乳腺癌中的自噬景观并开发预后模型	乳腺癌患者和肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	Cox比例风险回归模型	RNA测序数据	TCGA数据集、GSE75688、GSE20685和GSE48390数据集中的样本
89	2025-05-24	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2025, BMC methods DOI:10.1186/s44330-025-00029-4 PMID:40401145	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够利用单细胞数据中的450万个祖先信息性SNP，准确推断供体的祖先组成	依赖于1000 Genomes Project数据集中的SNP信息，可能不覆盖所有人群的遗传多样性	提高单细胞图谱的人类遗传多样性代表性	单细胞基因组数据	genomics	NA	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq	NA	genomic data	3201 individuals from 26 population groups
90	2025-05-24	Insights into early acne pathogenesis: Exploring intercellular dynamics and key dysregulated genes 2025, Cell signaling DOI:10.46439/signaling.3.053 PMID:40401196	评论	探讨早期痤疮发病机制中的细胞间动态和关键失调基因	利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据集分析痤疮患者的细胞通讯，识别与炎症反应和角化过度相关的失调基因	早期痤疮的综合变化和共享失调信号通路尚未充分探索	研究早期痤疮的发病机制，寻找新的治疗靶点	痤疮患者的主要皮肤细胞类型，包括内皮细胞、成纤维细胞、淋巴细胞、髓样细胞、角质形成细胞和平滑肌细胞	生物医学研究	痤疮	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
91	2025-05-24	Single cell RNA-sequencing identified CCR7+/RELB+/IRF1+ T cell responding for juvenile idiopathic arthritis pathogenesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528446 PMID:40406113	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究青少年特发性关节炎（JIA）不同亚型的疾病异质性及其发病机制	首次在单细胞水平上鉴定了CCR7+/RELB+/IRF1+三重阳性T细胞在JIA发病机制中的关键作用，并揭示了其在HLA-B27阳性和阴性JIA患者中的差异	研究样本仅限于外周血单个核细胞，未涉及关节组织中的免疫细胞	探索青少年特发性关节炎的疾病异质性和发病机制	青少年特发性关节炎患者的免疫细胞	免疫学	青少年特发性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	JIA患者的外周血单个核细胞（PBMCs）
92	2025-05-24	Decoding multiple myeloma: single-cell insights into tumor heterogeneity, immune dynamics, and disease progression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1584350 PMID:40406148	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了多发性骨髓瘤（MM）和高风险冒烟型多发性骨髓瘤（SMMh）样本，揭示了肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展的新见解	首次利用单细胞RNA测序技术系统分析了MM和SMMh样本中的细胞多样性，并揭示了神经免疫调控在肿瘤进展中的关键作用	样本量相对有限，且未进行功能验证实验	探索多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展机制	多发性骨髓瘤（MM）和高风险冒烟型多发性骨髓瘤（SMMh）患者样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CytoTRACE, Monocle2, Slingshot	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量（MM和SMMh样本）
93	2025-05-24	Identification of common hub genes and construction of immune regulatory networks in aplastic anemia, myelodysplastic syndromes, and acute myeloid leukemia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1547289 PMID:40406144	研究论文	本研究旨在识别再生障碍性贫血(AA)、骨髓增生异常综合征(MDS)和急性髓系白血病(AML)的共同枢纽基因，并构建免疫调控网络	首次发现POLG和MAP2K7作为AA、MDS和AML的共同枢纽基因，并揭示了它们通过MIF介导的细胞通讯调控20多条免疫调控通路的作用机制	枢纽基因对细胞增殖和迁移的影响不显著，体外验证结果有限	探索AA、MDS和AML的共同发病机制，为预防疾病进展提供理论基础	再生障碍性贫血(AA)、骨髓增生异常综合征(MDS)和急性髓系白血病(AML)患者样本	生物信息学	血液系统疾病	基因表达差异分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析、免疫浸润分析、单细胞测序、细胞通讯分析、孟德尔随机化、RT-qPCR、ELISA、细胞增殖实验	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的相关数据集（具体数量未说明）
94	2025-05-24	Single-cell RNA sequencing reveals adrb1 as a sympathetic nerve-regulated immune checkpoint driving T cell exhaustion and impacting immunotherapy in esophageal squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1520766 PMID:40406147	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示ADRB1作为交感神经调节的免疫检查点，驱动T细胞耗竭并影响食管鳞状细胞癌的免疫治疗	首次发现ADRB1在T细胞中的表达与免疫治疗后的预后相关，并提出了ADRB1作为潜在的预后生物标志物和治疗靶点	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA数据分析，需要进一步的实验验证和临床研究	探索肾上腺素受体信号在食管鳞状细胞癌中的作用，特别是对T细胞耗竭和免疫治疗的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本中的T细胞和其他免疫细胞	数字病理	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS）、拷贝数变异（CNV）分析	NA	RNA测序数据、免疫荧光数据	未明确提及具体样本数量，但使用了TCGA数据和患者样本
95	2025-05-24	Single-Cell RNA-Seq Recognized Key Genes for Metastasis and Macrophage Infiltration in Colorectal Cancer 2025, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/9488531 PMID:40406545	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因	利用单细胞RNA测序数据识别了结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因ZFAND2A，并验证了其在癌细胞活动和巨噬细胞极化中的功能	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索结直肠癌转移和免疫细胞浸润的分子机制	结直肠癌组织和巨噬细胞	数字病理	结直肠癌	scRNA-seq, qRT-PCR, WB分析, CCK-8, transwell实验, ELISA, 流式细胞术	lasso回归	基因表达数据	GSE261012和GSE234804数据集中的样本，具体数量未明确说明
96	2025-05-24	Erratum: Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Combined with Multiple Machine Learning Identified a Novel Immune Signature in Diabetic Nephropathy [Corrigendum] 2025, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S540734 PMID:40406633	correction	该文章是对先前发表的一篇关于糖尿病肾病免疫特征的论文的更正	NA	NA	NA	NA	NA	diabetic nephropathy	NA	NA	NA	NA
97	2025-05-24	CD9 expression rivals IDH mutation as a prognostic marker in glioma: a novel nomogram approach 2025, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2025.1507443 PMID:40406701	research paper	本研究评估了四跨膜蛋白CD9在胶质瘤中的预后意义和功能机制，以确立其临床相关性并确定治疗策略	开发了一个基于CD9的列线图，显示出高预后准确性，并通过单细胞RNA测序揭示了CD9驱动的NPC-to-OPC转分化	研究依赖于TCGA和CGGA队列的数据，可能受到样本选择和批次效应的影响	评估CD9在胶质瘤中的预后意义和功能机制，以确立其临床相关性并确定治疗策略	1,033个胶质瘤样本	digital pathology	glioma	multi-omics analyses, single-cell RNA sequencing, Mendelian randomization, KEGG enrichment analysis, PPI networks	nomogram, Cox regression	genomic data, RNA-seq data	1,033 glioma samples from TCGA and CGGA cohorts, 20 glioblastoma cases for single-cell RNA sequencing
98	2025-05-24	Microglial polarization pathways and therapeutic drugs targeting activated microglia in traumatic brain injury 2024-Dec-07, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00810 PMID:39665832	综述	本文综述了创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及靶向活化微胶质细胞的治疗药物	阐明了促炎和抗炎微胶质细胞涉及的信号通路，并综述了基于这些通路的药物和细胞替代治疗策略	药物和间充质干细胞治疗策略的应用仍面临许多挑战	探讨创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及治疗策略	微胶质细胞及其在创伤性脑损伤中的作用	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	NA	NA
99	2025-05-24	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了来自74名捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞的异质性及其在不同神经系统疾病中的作用	首次大规模跨疾病分析人类小胶质细胞异质性，发现与神经退行性疾病相关的特定亚群，并验证了能够模拟这些亚群状态的化合物	研究主要基于转录组数据，可能未能完全捕捉小胶质细胞的功能状态	揭示人类小胶质细胞的异质性及其在神经系统疾病中的作用，为靶向治疗开发提供依据	人类小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNAscope免疫荧光, MERFISH	NA	单细胞转录组数据	215,680个活体人类小胶质细胞，来自74名捐赠者
100	2025-05-24	SPI1+CD68+ macrophages as a biomarker for gastric cancer metastasis: a rationale for combined antiangiogenic and immunotherapy strategies 2024-Oct-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009983 PMID:39455096	研究论文	本研究探讨了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌转移中的作用及其作为生物标志物的潜力	首次揭示了SPI1+CD68+巨噬细胞亚群在胃癌中的特异性作用机制及其与抗血管生成和免疫治疗联合策略的相关性	研究主要基于实验室模型和小鼠腹膜转移模型，临床样本验证仍需进一步扩大	评估SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的作用及其临床意义	胃癌组织和相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胃癌	免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、单细胞转录组分析、染色质免疫沉淀	小鼠腹膜转移模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，包含体外实验、动物模型和临床组织样本