单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-01	Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses 2025-May-01, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002 PMID:40273915	研究论文	开发了一种新方法，通过内源性标记蛋白质生成复杂细胞池，用于高通量可视化和扰动，以研究蛋白质组的组织、调控和功能	提出了一种结合混合成像和原位条形码测序的新方法，能够系统地研究蛋白质错误折叠的空间限制响应，并揭示了蛋白质质量控制的新机制	NA	实现蛋白质组组织、调控和功能的系统级理解	内源性标记的蛋白质	蛋白质组学	NA	混合成像、原位条形码测序、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	复杂细胞池
82	2025-06-01	Mas Signaling Potentiates Neutrophil Extracellular Traps Formation Induced by Endothelial Cells Derived S1P in Mice with Acute Liver Failure 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411428 PMID:40285622	研究论文	本研究探讨了Mas信号在急性肝衰竭（ALF）中对中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）形成的影响及其机制	首次揭示了Mas信号通过调节FXR-S1P-NETs轴和抑制SHP2来影响NETs形成的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	阐明Mas信号和NETs在急性肝衰竭中的相互作用机制	雄性Mas1基因敲除小鼠和野生型小鼠	免疫学	急性肝衰竭	单细胞测序、代谢组学分析	小鼠模型	实验数据	6-8周龄雄性小鼠
83	2025-06-01	MEA-seqX: High-Resolution Profiling of Large-Scale Electrophysiological and Transcriptional Network Dynamics 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412373 PMID:40304297	研究论文	MEA-seqX平台整合高密度微电极阵列、空间转录组学、光学成像和先进计算策略，用于同时记录和分析分子和电网络活动	首次在分子和功能水平上观察到协调的海马回路动态，并通过机器学习算法从空间基因表达准确预测网络范围内的电生理活动特征	NA	解码分子事件和神经元活动之间的相互影响，研究经验依赖性可塑性	小鼠海马模型	神经科学	NA	高密度微电极阵列、空间转录组学、光学成像	机器学习算法	分子和电网络活动数据	NA
84	2025-06-01	Lactylation-Driven NUPR1 Promotes Immunosuppression of Tumor-Infiltrating Macrophages in Hepatocellular Carcinoma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413095 PMID:40305758	研究论文	本研究探讨了核蛋白1（NUPR1）在肝细胞癌（HCC）肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的免疫抑制作用及其对免疫治疗结果的影响	首次揭示了NUPR1通过抑制ERK和JNK信号通路促进M2巨噬细胞极化及免疫检查点PD-L1和SIRPA的表达，从而形成免疫抑制微环境	研究主要基于临床前模型，尚未在临床患者中验证NUPR1靶向治疗的效果	探究NUPR1在HCC肿瘤微环境中免疫抑制的作用机制及其作为免疫治疗生物标志物和靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外和体内功能实验	NA	基因表达数据、功能实验数据	NA
85	2025-06-01	Single-Cell RNA Sequencing of the Primary Visual Cortex in Mice With Optic Nerve Injury 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.31 PMID:40408096	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究小鼠视神经损伤后初级视皮层(V1区)的损伤变化及神经胶质细胞的异质性	首次使用scRNA-seq技术揭示视神经损伤后V1区神经胶质细胞的异质性及伪时间轨迹，并鉴定出Ptgds和Cryab作为潜在的神经炎症调控靶点	研究仅使用小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需要进一步验证	探究视神经挤压损伤(ONC)后V1区的损伤机制及神经胶质细胞的作用	视神经损伤小鼠模型的初级视皮层(V1区)组织	单细胞组学	视神经损伤	scRNA-seq, H&E染色, 免疫荧光, qPCR, Western blot	Seurat, cellchat, CytoTRACE	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量，但包含双侧V1区组织的单细胞分析
86	2025-06-01	STExplore: An Integrated Online Platform for Comprehensive Analysis and Visualization of Spatial Transcriptomics Data 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401272 PMID:40045664	research paper	介绍了一个名为STExplore的在线平台，用于全面分析和可视化空间转录组数据	STExplore平台支持多种技术，包括基于测序和基于图像的方法，并提供完整的分析工作流程，具有动态参数调整和交互式可视化功能	NA	解决现有空间转录组分析平台在适应多样技术、整合多组学数据和提供全面分析工作流程方面的挑战	空间转录组数据	digital pathology	Alzheimer's disease	sequencing-based and image-based methods, scRNA-seq	NA	spatial transcriptomics data	案例研究涉及胚胎脑发育中的神经发生、阿尔茨海默病和脑组织结构
87	2025-06-01	A Robust Kernel-Based Workflow for Niche Trajectory Analysis 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401199 PMID:40411819	研究论文	本文提出了一种基于核的稳健工作流程，用于分析组织微环境的空间连续变化	提出了一种新的基于核的策略，无需细胞类型注释即可建模生态位的结构组成，并通过与细胞类型去卷积分析的集成扩展了其应用范围	NA	克服现有生态位轨迹分析方法需要细胞类型注释的限制，提高空间转录组数据分析的稳健性和准确性	组织微环境的空间连续变化	空间转录组学	NA	核方法，细胞类型去卷积分析	NA	空间转录组数据	NA
88	2025-06-01	Evaluation of out-of-distribution detection methods for data shifts in single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf239 PMID:40439669	研究论文	评估了六种用于单细胞转录组学数据偏移的分布外检测方法，以提高细胞类型注释的准确性和可信度	首次将计算机视觉领域的分布外检测方法应用于单细胞转录组学中的新型细胞类型注释和数据偏移检测	研究主要关注方法评估，未深入探讨不同方法在特定生物场景下的适用性	提高单细胞转录组数据中细胞类型自动注释的可靠性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	RNA-seq	LogitNorm, MC dropout, Deep Ensembles, Energy-based OOD, Deep NN, Posterior networks	单细胞转录组数据	合成数据集和真实应用场景数据集
89	2025-06-01	scaLR: a low-resource deep neural network-based platform for single cell analysis and biomarker discovery 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf243 PMID:40439670	research paper	介绍了一个名为scaLR的低资源深度神经网络平台，用于单细胞分析和生物标志物发现	开发了一个低资源消耗的平台scaLR，能够高效处理大规模单细胞RNA测序数据，并减少计算资源需求	未提及具体的样本量或实验验证结果	解决单细胞RNA测序数据分析中的高计算资源需求问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DNN	RNA测序数据	NA
90	2025-06-01	Natural Killer Cell Activation Signature Identifies Cyclin B1/CDK1 as a Druggable Target to Overcome Natural Killer Cell Dysfunction and Tumor Invasiveness in Melanoma 2025-Apr-30, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18050666 PMID:40430484	研究论文	本研究通过建立自然杀伤（NK）细胞激活相关的预后特征，识别了CCNB1/CDK1作为克服NK细胞功能障碍和黑色素瘤侵袭性的潜在药物靶点	首次将CCNB1/CDK1复合物鉴定为增强NK细胞功能和抑制黑色素瘤进展的新型免疫治疗靶点，并揭示了CDK1抑制剂的新作用	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	克服NK细胞功能障碍并抑制黑色素瘤进展	黑色素瘤细胞和NK细胞	免疫治疗	黑色素瘤	流式细胞术、Western blotting、共免疫沉淀、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、蛋白质数据	TCGA-SKCM队列及五个独立黑色素瘤数据集
91	2025-06-01	Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptome to Reveal an Endothelial Transition Signature Predicting Bladder Cancer Prognosis 2025-Apr-28, Biology DOI:10.3390/biology14050486 PMID:40427675	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了一种预测膀胱癌预后的内皮细胞过渡特征	发现了一种新的内皮细胞过渡特征，并构建了一个优于现有模型的膀胱癌预后预测模型	研究主要基于TCGA数据，可能需要更多独立队列验证	探索内皮细胞在肿瘤进展中的作用，并开发膀胱癌预后预测模型	内皮细胞（特别是tip-to-capillary ECs亚群）和膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序，机器学习	多种机器学习技术整合模型	转录组数据	TCGA-BLCA、GSE32894、GSE32548和GSE70691队列数据
92	2025-06-01	Construction of Diagnostic Model for Regulatory T Cell-Related Genes in Sepsis Based on Machine Learning 2025-Apr-27, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051060 PMID:40426888	research paper	该研究基于机器学习构建了与调节性T细胞（Tregs）相关的脓毒症诊断模型	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和多种机器学习算法筛选与脓毒症诊断相关的Tregs基因，构建高准确度的诊断模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	识别与脓毒症诊断相关的调节性T细胞（Tregs）基因，构建诊断模型	脓毒症患者和对照组的转录数据	machine learning	sepsis	scRNA-seq, qPCR	machine learning algorithms	transcriptional data, scRNA-seq data	NA
93	2025-06-01	Development and Experimental Validation of Machine Learning-Based Disulfidptosis-Related Ferroptosis Biomarkers in Inflammatory Bowel Disease 2025-Apr-27, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050496 PMID:40428318	研究论文	本研究通过机器学习方法识别与炎症性肠病(IBD)相关的二硫键死亡相关铁死亡基因(DRFGs)，并验证其诊断价值和机制作用	首次整合二硫键死亡和铁死亡基因分析，结合机器学习筛选核心DRFGs，并在单细胞水平和动物模型中验证其功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型	鉴定IBD诊断标志物并阐明DRFGs在疾病进展中的机制	炎症性肠病(IBD)患者样本和小鼠结肠炎模型	生物信息学	炎症性肠病	RNA-seq, qRT-PCR, 单细胞测序	LASSO, 随机森林(RF)	基因表达数据	4个GEO数据集(GSE65114, GSE87473, GSE102133, GSE186582)和单细胞数据集GSE217695
94	2025-06-01	Exploring the Molecular Mechanism and Role of Glutathione S-Transferase P in Prostate Cancer 2025-Apr-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051051 PMID:40426879	研究论文	探讨谷胱甘肽S-转移酶P在前列腺癌中的分子机制和作用	使用双向孟德尔随机化分析谷胱甘肽代谢酶与前列腺癌风险的因果关系，并结合单细胞RNA测序数据揭示GSTP1在前列腺癌细胞中的特异性表达模式	研究主要基于公共数据库的转录组数据，缺乏实验验证	探究谷胱甘肽代谢在前列腺癌发病机制中的作用	前列腺癌组织与正常组织的差异表达基因及谷胱甘肽代谢酶	生物信息学	前列腺癌	转录组分析、双向孟德尔随机化(MR)、LASSO回归、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO回归模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据	来自GEO数据库的转录组数据集
95	2025-06-01	FPCAM: A Weighted Dictionary-Driven Model for Single-Cell Annotation in Pulmonary Fibrosis 2025-Apr-26, Biology DOI:10.3390/biology14050479 PMID:40427668	research paper	介绍了一种名为FPCAM的全自动肺纤维化细胞类型注释模型，旨在解决现有注释工具的局限性	FPCAM利用上调标记基因矩阵和手动整理的肺纤维化特异性基因-细胞关联词典，通过相似矩阵构建和优化匹配算法实现高效准确的细胞类型注释	NA	开发一种高效、灵活且准确的细胞类型识别工具，以支持肺纤维化及其他相关疾病的scRNA-seq研究	肺纤维化细胞类型	digital pathology	pulmonary fibrosis	scRNA-seq	FPCAM	gene expression data	外部验证数据集GSE135893
96	2025-06-01	Prognostic Significance of CLDN1, INHBA, and CXCL12 in Colon Adenocarcinoma: A Multi-Omics and Single-Cell Approach 2025-Apr-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051035 PMID:40426863	研究论文	通过多组学和单细胞方法研究CLDN1、INHBA和CXCL12在结肠腺癌中的预后意义	结合多组学分析和单细胞RNA测序技术，识别了新的潜在生物标志物CLDN1、INHBA和CXCL12，并验证了它们在结肠腺癌中的预后价值	需要进一步的实验验证才能将这些发现转化为精准医疗应用	识别结肠腺癌的潜在生物标志物，以推动个性化治疗策略	结肠腺癌(COAD)患者	生物信息学	结肠癌	多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、miRNA干扰、DNA甲基化分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、DNA甲基化数据	涉及多个结肠腺癌基因表达数据集，具体样本数量未明确说明
97	2025-06-01	Exploring Therapeutic Potential of Bi-Qi Capsules in Treatment of Gout by Discovering Crucial Drug Targets 2025-Apr-24, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18050618 PMID:40430440	研究论文	本研究通过多维数据分析策略，探索痹祺胶囊在治疗痛风中的治疗潜力，并识别关键药物靶点	采用多维数据分析策略（包括Mendelian randomization分析、单细胞RNA测序等）识别痹祺胶囊治疗痛风的关键靶点，并验证其作用机制	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和完整性	探索痹祺胶囊在治疗痛风中的治疗潜力及机制	痹祺胶囊的药物靶点和痛风的差异表达基因	生物信息学	痛风	Mendelian randomization分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、分子对接	NA	基因表达数据	46个候选靶点
98	2025-06-01	Targeting Redox Signaling Through Exosomal MicroRNA: Insights into Tumor Microenvironment and Precision Oncology 2025-Apr-22, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox14050501 PMID:40427384	综述	本文系统探讨了ROS-miRNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用	揭示了氧化应激通过RNA结合蛋白选择性包装氧化还原敏感miRNA的新机制，并探讨了天然产物调节该轴的潜力	NA	探索ROS-miRNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控机制及其治疗潜力	肿瘤微环境中的ROS、miRNA和外泌体	精准肿瘤学	癌症	空间转录组学、单细胞分析	NA	NA	NA
99	2025-06-01	Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq 2025-Apr-09, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01157-5 PMID:40204970	研究论文	本文介绍了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法，该方法具有高细胞保留率和适用于有限输入材料的实验	该方法整合了索引分选、随机引物和rRNA去除技术，显著提高了细胞保留率（95%），并在每个细胞中检测到300-600个基因，优于现有其他方法	NA	开发一种高效的细菌单细胞转录组测序方法，以研究细菌群体内的细胞间变异和复杂微生物群落中的基因表达谱	细菌单细胞（以鼠伤寒沙门氏菌为例）	微生物组学	NA	MATQ-seq, scRNA-seq, FACS, rRNA去除	NA	转录组数据	NA
100	2025-06-01	Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease 2025-Apr-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58321-4 PMID:40169559	研究论文	该研究探讨了在镰状细胞病（SCD）患者中，基因改造的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）移植的治疗效果及其与炎症和谱系偏斜的关系	首次通过单细胞转录组分析揭示了移植效果不佳的患者中最不成熟的造血干细胞（HSCs）存在加剧的炎症特征和谱系偏斜	研究样本量较小，且长期疗效和安全性仍需进一步观察	评估基于DREPAGLOBE的基因疗法在镰状细胞病患者中的安全性和有效性	镰状细胞病患者	基因治疗	镰状细胞病	慢病毒载体（DREPAGLOBE）基因疗法，单细胞转录组分析	NA	临床数据，转录组数据	NA（未明确提及具体样本数量，但涉及多个患者）