单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-18	Unveiling the Immune Landscape: Single-Cell Sequencing of Infectious Mononucleosis Patients 2025-Jul, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70491 PMID:40673701	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了儿童传染性单核细胞增多症（IM）中的免疫动态，重点关注EB病毒与宿主的相互作用	揭示了EB病毒在B细胞亚群中的特异性感染模式，以及NK细胞亚群的不同反应，为EBV相关疾病的靶向治疗提供了新思路	研究主要针对儿科IM患者，结果可能不适用于其他年龄段或其他EBV相关疾病	阐明传染性单核细胞增多症的免疫病理学机制，探索EBV持久性与免疫逃逸的关系	儿童传染性单核细胞增多症患者	免疫学	传染性单核细胞增多症	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为儿科IM患者
82	2025-07-18	Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies 2025-Jun-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136163 PMID:40649940	综述	本文综述了空间转录组学在兽医医学中的应用，包括研究、诊断和治疗策略	全面梳理了空间转录组学在兽医医学中的应用现状，并指出了该领域的研究空白和未来方向	兽医医学中的应用研究相对有限，存在物种、器官和地理偏见	评估空间转录组学在兽医医学中的研究、诊断和治疗应用	人类和动物健康研究	数字病理学	NA	空间转录组学（10× Visium, Slide-seq, Nanostring, MERFISH）	NA	基因表达数据	1398项符合纳入标准的研究
83	2025-07-18	Decoding Cellular Communication Networks and Signaling Pathways in Bone, Skeletal Muscle, and Bone-Muscle Crosstalk Through Spatial Transcriptomics 2025-Jun-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6701121/v1 PMID:40585205	研究论文	通过空间转录组学解码骨骼、骨骼肌及骨肌互作中的细胞通讯网络和信号通路	首次提供了骨骼和骨骼肌之间细胞通讯的空间解析图谱，揭示了新的分子互作机制	研究仅限于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	研究骨骼和骨骼肌之间的分子互作机制及其在疾病中的作用	小鼠的股骨和邻近骨骼肌	空间转录组学	骨质疏松症、肌肉减少症、代谢综合征	10X Genomics Visium 空间转录组分析	NA	空间转录组数据	小鼠的股骨和邻近骨骼肌样本
84	2025-07-18	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠原始生殖细胞（PGCs）在迁移过程中的转录异质性及其与不同体细胞微环境的相互作用	揭示了前后迁移PGCs在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路上的差异，并发现这些差异与迁移速度、细胞状态转变及表观遗传重编程相关	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仅通过重新分析已发表数据集进行，缺乏直接实验验证	探究迁移过程中PGCs的转录异质性及其与微环境的相互作用机制	小鼠原始生殖细胞（PGCs）及其周围体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全胚胎免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个周围体细胞，采集时间点为E9.5、E10.5和E11.5
85	2025-07-18	Interpretable Trajectory Inference with Single Cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) Testing 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.19.572477 PMID:38187622	研究论文	本文提出了一种名为scLANE的可解释轨迹推断方法，用于单细胞RNA-seq数据分析	提出基于可解释广义线性模型的scLANE测试方法，通过经验选择的基础样条处理基因表达的非线性变化	未明确提及具体局限性	开发更可靠且可解释的单细胞轨迹差异表达分析方法	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	多个生物数据集（未明确样本量）
86	2025-07-18	Variational inference of single cell time series 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610389 PMID:39257806	研究论文	提出了一种名为SNOW的深度学习算法，用于解析单细胞时间序列数据	SNOW算法能够将单细胞时间序列数据分解为时间依赖和时间独立的贡献，构建具有生物学意义的潜在空间，并去除批次效应	未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性	解决单细胞RNA测序数据中基因表达受时间和细胞身份共同影响的问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度学习算法	基因表达数据	合成和真实的scRNA-seq数据（未提及具体数量）
87	2025-07-18	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	研究论文	本文研究了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹和重编程在癌症中的作用	揭示了干扰素-γ依赖的免疫刺激编程在肿瘤微环境中的作用，并发现D基因失活可阻止TAMs向免疫抑制和促肿瘤状态的转变	研究主要基于小鼠模型，人类癌症中的验证仍需进一步研究	探索TAMs的发育轨迹及其在癌症免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠癌症模型和人类癌症患者样本
88	2025-07-18	Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels 2025-May-15, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100 PMID:40371469	研究论文	本研究探讨了TRPV4通道在收集淋巴管收缩功能调节中的作用及其在淋巴系统疾病中的病理生理学意义	揭示了TRPV4表达髓系细胞（包括LYVE1+巨噬细胞）与淋巴肌肉细胞或淋巴内皮细胞之间相互作用介导的淋巴收缩失调新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本仅限于乳腺癌相关淋巴水肿患者	阐明TRPV4通道在淋巴管功能调节中的分子机制及其在淋巴系统疾病中的作用	小鼠收集淋巴管及周围组织、乳腺癌相关淋巴水肿患者活检样本	分子生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序、Cre-loxP系统、共聚焦显微镜、细胞内钙活性测量	Trpv4fx/fx转基因小鼠	基因表达数据、显微图像、功能实验数据	小鼠模型及数量未明确说明，人类样本为乳腺癌相关淋巴水肿患者活检
89	2025-07-18	Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026 PMID:40220759	research paper	提出了一种基于超图变分自编码器（HyperG-VAE）的贝叶斯深度生成模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的基因调控网络（GRN）推断	利用超图表示和结构方程模型处理细胞异质性，结合超图自注意力机制识别基因模块，协同优化编码器以提高GRN推断、单细胞聚类和数据可视化	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据分析及基因调控网络构建	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	machine learning	NA	scRNA-seq	HyperG-VAE (超图变分自编码器)	单细胞RNA测序数据	骨髓B细胞发育数据（未明确样本数量）
90	2025-07-18	A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023 PMID:40262526	研究论文	本文介绍了一种高效、低成本的高通量冷冻处理和组织分析方法，使用多路复用组织模具（MTMs）	引入了多路复用组织模具（MTMs），显著降低了冷冻处理的成本和工作量，同时允许处理不同大小和来源的组织	未提及该方法在临床应用中的具体效果或潜在问题	开发一种高效、低成本的冷冻处理和组织分析方法，以促进常规和诊断使用	不同大小和来源的组织，包括19种不同的成年小鼠组织和约110个不同年龄和大小的神经类器官	组织病理学	NA	冷冻切片技术	NA	组织样本	19种成年小鼠组织和约110个神经类器官
91	2025-07-18	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Apr-16, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	该研究探讨了急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成和转录变化之间的关系	首次将ALAD的进展与小气道细胞组成和转录变化联系起来，并提出了分子表型分析作为识别高风险个体的新方法	样本量较小（共20例），属于初步研究	开发新的诊断工具以识别可能进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的ALAD患者	肺移植受者	数字病理学	肺移植相关并发症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	20例（8例对照组，4例恢复组，5例持续组，3例进展组）
92	2025-07-18	CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.06.535943 PMID:37383947	研究论文	提出了一种名为CellCover的新方法，用于通过组合优化选择标记基因面板，以更准确地定义细胞类型	将标记基因面板选择视为组合优化中的'最小集合覆盖问题'，克服了传统差异表达方法的局限性，减少了基因冗余并捕获了细胞类型特异性信号	方法依赖于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度，可能受到数据零膨胀问题的影响	开发一种更有效的方法来定义细胞类型的标记基因面板，以分析单细胞RNA测序数据	血液和脑组织中的细胞，特别是新皮质神经干细胞	生物医学信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	组合优化模型	基因表达数据	多个公共数据集，包括小鼠、灵长类和人类数据
93	2025-07-18	Exploration of M2 macrophage-related biomarkers and a candidate drug for glioblastoma using high-dimensional weighted gene co-expression network analysis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1587258 PMID:40661076	研究论文	本研究通过高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)探索了与M2巨噬细胞相关的基因生物标志物，并预测了一种用于胶质母细胞瘤(GBM)的候选药物	利用hdWGCNA方法筛选M2巨噬细胞相关基因模块，并预测候选药物沙利度胺	研究依赖于公开数据库数据，未进行实验验证	识别M2巨噬细胞相关基因标志物并寻找GBM潜在治疗药物	胶质母细胞瘤(GBM)中的M2巨噬细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA), 分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE162631和GSE4290数据集
94	2025-07-18	Silencing NEDD4L Effectively Inhibits the Malignant Behaviors of Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S511466 PMID:40661237	研究论文	本研究探讨了NEDD4L在肝细胞癌（HCC）中的表达、生存影响及其调控机制，并验证了沉默NEDD4L对HCC恶性行为的抑制作用	首次全面揭示了NEDD4L在HCC中的表达模式及其通过泛素化调控细胞周期和免疫检查点的双重作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探究NEDD4L在HCC发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝癌	RNA-seq、微阵列分析、单细胞测序、Edu、CCK-8、Transwell、伤口愈合实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	多个数据库的HCC患者数据及体外培养的HCC细胞系
95	2025-07-18	Single-cell RNA-sequencing highlights a curtailed NK cell function in convalescent COVID-19 pregnant women 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560391 PMID:40661959	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了COVID-19康复孕妇中NK细胞功能的持续减弱	首次在COVID-19康复孕妇中发现NK细胞功能持续减弱，并揭示了SARS-CoV-2感染对免疫细胞基因表达谱的重编程作用	研究样本量相对较小，且仅针对孕妇群体，结果可能无法推广到其他人群	研究SARS-CoV-2感染如何改变孕妇在感染期间和康复后的免疫景观	COVID-19康复孕妇的免疫细胞（特别是NK细胞）	免疫学	COVID-19	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞数据	两个独立地理队列的孕妇样本（具体数量未明确说明）
96	2025-07-18	Development of a Starvation Response-Based Model and Its Application in Prognostic Assessment of Liver Hepatocellular Carcinoma 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/8828435 PMID:40662145	研究论文	基于饥饿反应相关基因构建风险模型，用于肝细胞癌的预后评估	首次构建基于饥饿反应相关基因的风险模型，用于肝细胞癌的预后预测	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	开发肝细胞癌预后评估模型	肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, MCP-Counter, ESTIMATE, TIMER	RiskScore模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的肝细胞癌样本
97	2025-07-18	Single-cell technologies and spatial transcriptomics: decoding immune low - response states in endometrial cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1636483 PMID:40672944	research paper	本文探讨了单细胞技术和空间转录组学在解码子宫内膜癌免疫低反应状态中的应用	结合单细胞测序和空间转录组学技术，进行整合多组学分析，以开发免疫疗法、预后和诊断方法	仍存在道德和法律问题	解决子宫内膜癌免疫治疗中缺乏可靠预测生物标志物的问题	子宫内膜癌，特别是无特定分子谱（NSMP）亚型伴随p53突变的宫颈癌	digital pathology	endometrial cancer	single-cell sequencing, spatial transcriptomics (ST)	NA	genomic data, spatial transcriptomic data	NA
98	2025-07-18	Multi-omics analysis reveals glutathione metabolism-related immune suppression and constructs a prognostic model in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608407 PMID:40672941	研究论文	通过多组学分析揭示了谷胱甘肽代谢相关的免疫抑制，并构建了肺腺癌的预后模型	揭示了谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的关系，构建了预测免疫治疗反应和药物敏感性的预后模型	研究结果需要在更多独立数据集中进行验证	探究谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的关系及其临床意义	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	GWAS, scRNA-seq, WGCNA, LASSO-Cox回归, qRT-PCR	预后风险模型	基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据	TCGA数据库和两个独立的GEO数据集
99	2025-07-18	Integrated single-cell chromatin and transcriptomic analyses of peripheral immune cells in patients with alopecia areata 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565241 PMID:40672948	研究论文	通过整合单细胞染色质和转录组分析，研究斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调	首次整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，全面分析斑秃患者外周免疫细胞的转录和表观遗传变化	研究样本量相对有限，且仅关注外周血单个核细胞，未涉及病变皮肤组织	探究斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调机制	斑秃患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	斑秃	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据	32,453个高质量细胞，涵盖36种免疫细胞亚型
100	2025-07-18	Prediction and immune landscape study of potentially key autophagy-related biomarkers in preeclampsia with gestational diabetes mellitus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571795 PMID:40672961	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了妊娠期糖尿病合并子痫前期中自噬相关基因的变化，并鉴定了潜在的生物标志物	整合多组学方法揭示了妊娠期糖尿病合并子痫前期的分子机制，并确定了新的生物标志物和治疗靶点	研究样本量未明确说明，可能需要进一步实验验证	探讨妊娠期糖尿病合并子痫前期的自噬相关基因表达变化及其分子机制	妊娠期糖尿病合并子痫前期患者的胎盘样本	生物信息学	妊娠期糖尿病和子痫前期	基因表达谱分析、WGCNA、GO和KEGG富集分析、机器学习建模、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、RT-qPCR	机器学习模型（未明确说明具体类型）	基因表达数据	NA