单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-04	Axon targeting of transcriptionally distinct pioneer neurons is regulated by retinoic acid signaling 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61044-1 PMID:40593691	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼后侧线感觉神经元中先驱神经元和跟随神经元在转录水平上的差异，并探讨了视黄酸信号在先驱神经元轴突靶向中的调控作用	首次发现先驱神经元和跟随神经元在转录水平上存在差异，并揭示了视黄酸信号下调对先驱神经元轴突正确靶向的必要性	研究仅针对斑马鱼后侧线感觉神经元，结果在其他神经系统中的普适性需要进一步验证	探索神经系统发育过程中先驱神经元和跟随神经元的转录差异及其调控机制	斑马鱼后侧线感觉神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	斑马鱼后侧线感觉神经元群体
82	2025-07-04	α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61167-5 PMID:40593693	研究论文	本研究探讨了尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）在人类皮层发育过程中对祖细胞和放射状胶质细胞（RG）的作用	揭示了CHRNA7和人类特有的CHRFAM7A在SOX2+祖细胞和神经元中的表达模式，以及它们在RG增殖和神经元分化中的调控作用	研究主要基于体外实验，如器官型切片和分散培养，可能无法完全反映体内复杂环境	阐明尼古丁暴露对人类皮层发育中RG命运调控的分子机制	人类皮层发育中的祖细胞和放射状胶质细胞	神经生物学	神经发育障碍	单细胞RNA测序，器官型切片培养，分散培养	NA	基因表达数据，细胞培养数据	NA
83	2025-07-04	Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61375-z PMID:40593761	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，对代谢RNA标记技术进行了基准测试，以优化基因表达动态的精确测量	首次对十种化学转化方法进行了全面比较，并优化了在斑马鱼胚胎细胞中的应用，提高了合子基因的检测能力	研究仅基于Drop-seq平台和斑马鱼胚胎细胞，可能不适用于其他平台或生物系统	优化代谢RNA标记技术，以提高单细胞RNA测序中基因表达动态的测量精度	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用评估）	单细胞RNA测序	NA	代谢RNA标记、高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用评估）
84	2025-07-04	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61149-7 PMID:40593827	研究论文	介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯诱导的调控网络	首次提出通过量化信号保真度和特异性来分析细胞间通讯途径之间的串扰	方法依赖于scRNA-seq数据的质量和完整性，可能受到数据噪声的影响	研究细胞间通讯途径之间的串扰及其对下游靶标的影响	细胞间通讯途径、受体、转录因子和靶基因	生物信息学	NA	scRNA-seq	超图学习	单细胞RNA测序数据	NA
85	2025-07-04	GPerturb: Gaussian process modelling of single-cell perturbation data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61165-7 PMID:40593897	研究论文	介绍了一种基于高斯过程的稀疏扰动回归模型GPerturb，用于估计单细胞分辨率下基因水平的扰动效应	GPerturb采用加性结构分离信号与噪声，能够从离散和连续响应中捕获稀疏且可解释的效应，并提供扰动效应存在及强度的不确定性估计	NA	揭示基因表达与扰动之间的复杂依赖关系，增进对单细胞水平基因调控的理解	单细胞RNA测序和CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，CRISPR筛选	高斯过程模型	基因表达数据	模拟和真实数据集
86	2025-07-04	Systematic screening of metabolic pathways to identify two breast cancer subtypes with divergent immune characteristics 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05179-7 PMID:40594370	研究论文	通过系统筛选代谢途径，识别出两种具有不同免疫特征的乳腺癌亚型	建立了一个基于代谢途径分析的乳腺癌代谢亚型系统（BCMSS），揭示了乳腺癌在代谢特征、免疫特性、临床预后和药物敏感性方面的异质性	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有代谢活动的复杂性	识别乳腺癌的代谢亚型，并探索其与免疫特征、临床预后和药物敏感性的关联	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, spRNA-seq	随机森林分类	转录组数据	TCGA BRCA发现队列（n=1094）和9个独立批量转录组队列（总n>4000）
87	2025-07-04	Causal effects of brain subregion gene expression on inflammatory bowel diseases revealed by Mendelian randomization and single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08633-8 PMID:40594700	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞分析揭示了大脑亚区基因表达对炎症性肠病(IBD)的因果影响	整合多组学数据识别关键基因的细胞来源，并验证了大脑-肠道轴在IBD发病机制中的参与	跨组织直接定量比较需谨慎解释，eQTL样本量显著影响显著关联的检测	探究大脑-肠道轴在炎症性肠病发病机制中的作用	炎症性肠病(包括溃疡性结肠炎和克罗恩病)患者	生物医学	炎症性肠病	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、表型全基因组关联研究(PheWAS)	NA	基因组eQTL数据、单细胞RNA测序数据	多个独立队列(IIBDGC、UKB和FinnGen)
88	2025-07-04	Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06241-0 PMID:40594834	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的破坏	首次在肝转移癌中详细描绘了NK-T细胞的相互作用网络及其功能影响	研究样本仅涵盖特定类型的癌症（如鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌），可能无法推广到其他癌症类型	探索肝转移癌中NK细胞和T细胞的相互作用网络及其功能意义	肝转移癌患者的肝转移组织和邻近组织的单细胞转录组数据	癌症免疫学	肝转移癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	来自鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌患者的肝转移和邻近组织样本
89	2025-07-04	Identification of clusters related to programmed cell death and potential prognostic biomarkers for immunotherapy response in endometrial cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06672-9 PMID:40595063	研究论文	该研究通过整合多种程序性细胞死亡（PCD）通路和多组学数据，识别了子宫内膜癌（EC）中与免疫治疗反应相关的预后生物标志物	发现了两个具有不同预后、肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的EC亚组，并开发了一个基于七个关键PCD相关基因的新型预后评分系统	当前预测免疫治疗反应和预后的方法和生物标志物仍然有限	探索子宫内膜癌中程序性细胞死亡通路的作用，并寻找预测免疫治疗反应和预后的生物标志物	子宫内膜癌患者	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序分析	NA	多组学数据	来自TCGA-EC和GEO数据库的数据
90	2025-07-04	Potential role of TNFRSF12A in linking glioblastoma and alzheimer's disease via shared tumour suppressor pathways 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08000-7 PMID:40595248	研究论文	该研究通过整合分析发现TNFRSF12A在胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病中均存在失调，并可能通过免疫相关通路和转录程序在两种疾病中发挥作用	首次发现TNFRSF12A作为跨疾病候选基因在胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病中的潜在作用	仅进行了部分功能验证，需要进一步的机制研究	探索肿瘤抑制基因在神经退行性疾病和癌症中的共同分子机制	胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病	癌症生物学与神经退行性疾病	胶质母细胞瘤与阿尔茨海默病	孟德尔随机化、转录组分析（bulk和单细胞RNA-seq）、细胞间通讯推断、体外验证	NA	转录组数据	1,217个肿瘤抑制基因筛查
91	2025-07-04	Reprogramming of human urine cells into cardiomyocytes via a small molecule cocktail in xeno-free conditions 2025-Jul-01, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00963-y PMID:40595290	研究论文	本研究通过小分子混合物在无外源条件下将人类尿液细胞重编程为心肌细胞，展示了其在心脏修复中的治疗潜力	首次在无外源条件下使用15种小分子混合物将人类尿液细胞直接重编程为功能性心肌细胞，并验证了其在心肌梗死模型中的治疗效果	研究仅在小鼠和猪的心肌梗死模型中进行了验证，尚未进行人体临床试验	开发一种高效、经济的心肌细胞重编程方法，用于心脏修复治疗	人类尿液来源细胞(hUCs)和重编程获得的心肌细胞样细胞(hCiCMs)	再生医学	心血管疾病	免疫荧光、透射电子显微镜(TEM)、qPCR、单细胞RNA测序、膜片钳记录、细胞内Ca²+测量	NA	细胞生物学数据、电生理数据、基因表达数据	人类尿液细胞样本，小鼠和猪的心肌梗死模型
92	2025-07-04	Single-cell transcriptomics reveals BMP4-BMPR2 signaling promotes radiation resistance in hematopoietic stem cells following injury 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60557-z PMID:40595466	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了BMP4-BMPR2信号在造血干细胞辐射抗性中的作用	揭示了BMP4-BMPR2信号通路在造血干细胞辐射抗性中的新机制，并发现BMPR2 HSCs具有独特的表观遗传特征	研究主要基于小鼠模型，人体内的适用性需要进一步验证	探究造血干细胞在辐射损伤后的异质性及其抗性机制	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)及骨髓微环境	分子生物学	辐射损伤	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型进行研究
93	2025-07-04	Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60882-3 PMID:40595535	研究论文	介绍了一种名为空间FFPE-ATAC-seq的新方法，用于在原位分析存档组织中的染色质可及性	克服了福尔马林诱导的交联挑战，实现了在保存组织结构的同时高分辨率映射染色质景观	NA	开发一种新方法以利用FFPE样本进行表观基因组研究，研究基因调控和疾病机制	小鼠和人类组织，包括脑和胸腺，以及人类黑色素瘤	表观基因组学	黑色素瘤	空间FFPE-ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	染色质可及性数据	小鼠和人类组织样本，包括脑、胸腺和黑色素瘤
94	2025-07-04	Facilitate integrated analysis of single cell multiomic data by binarizing gene expression values 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60899-8 PMID:40595539	研究论文	本文提出了一种通过二值化基因表达值来促进单细胞多组学数据整合分析的方法	直接拼接二值化的scRNA-seq数据和标准scATAC-seq数据，结合TF-IDF和LSI算法，无需将scATAC-seq数据转换为基因活性分数即可进行整合聚类分析	NA	促进单细胞多组学数据的整合分析	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, TF-IDF, LSI	NA	基因表达数据	NA
95	2025-07-04	Single cell transcriptomics of human kidney organoid endothelium reveals vessel growth processes and arterial maturation upon transplantation 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00418-x PMID:40595660	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了人类肾脏类器官内皮细胞在移植后的血管生长过程和动脉成熟	揭示了移植后内皮细胞的表型变化和动脉化过程，并识别了SOX7转录因子在血管化中的关键作用	研究仅基于鸡胚胎移植模型，可能不完全反映人类体内环境	探索人类肾脏类器官内皮细胞在移植后的分子变化和血管化机制	人类诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官内皮细胞	单细胞转录组学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	约12,000个类器官内皮细胞
96	2025-07-04	Unraveling the role of HIF2α in melanoma progression and epithelial-mesenchymal transition 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02384-2 PMID:40595758	research paper	本研究探讨了HIF2α在黑色素瘤进展和上皮-间质转化（EMT）中的作用	揭示了HIF2α在调节肿瘤微环境和相关代谢途径中的关键作用，并提出了其作为潜在生物标志物和治疗靶点的新见解	研究主要基于体外实验和转录组分析，缺乏体内实验验证	阐明HIF2α在黑色素瘤进展中的分子机制及其临床意义	黑色素瘤患者样本和A375细胞系	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、实时PCR、转录组分析	NA	RNA测序数据、基因表达数据	黑色素瘤患者样本和对照样本，具体数量未明确说明
97	2025-07-04	Modulating immune-stem cell crosstalk enables robust bone regeneration via tuning compositions of macroporous scaffolds 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00421-2 PMID:40595820	研究论文	本研究通过调节巨噬细胞与间充质干细胞之间的相互作用，开发了一种可调控成分的大孔支架材料，实现了无需外源生长因子或细胞的快速内源性骨再生	首次报道了通过调节免疫-干细胞相互作用来增强骨再生的方法，并开发了具有特定比例明胶和硫酸软骨素的大孔支架材料	研究仅在临界尺寸骨缺损模型中进行验证，尚未进行临床应用评估	探索通过调节免疫-干细胞相互作用来增强骨再生的新方法	巨噬细胞(Mφ)和间充质干细胞(MSC)的相互作用	生物材料	骨缺损	单细胞测序(scRNAseq)和CellChat分析	3D MSC/Mφ共培养模型	基因表达数据	临界尺寸骨缺损模型
98	2025-07-04	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of Postn(+) fibroblasts in promoting the progression of myocardial fibrosis after myocardial infarction 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04990-6 PMID:40595870	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究发现Postn(+)成纤维细胞在心肌梗死后心肌纤维化进展中的潜在作用	识别了一个高度增殖的成纤维细胞亚群C1 Postn+ Fibroblasts，并揭示了其通过特定信号通路与其他细胞相互作用促进心肌纤维化的机制	需要进一步的实验验证Tead1和Hdac2作为抑制心肌纤维化的潜在靶点	探索心肌梗死后成纤维细胞的细胞景观及其在心肌纤维化和心力衰竭进展中的作用	心肌梗死后心脏中的成纤维细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
99	2025-07-04	Leveraging autoencoder models and data augmentation to uncover transcriptomic diversity of gingival keratinocytes in single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08027-w PMID:40596529	研究论文	本研究利用自编码器模型和数据增强技术，探索牙龈角质形成细胞在单细胞水平上的转录组多样性	采用自编码器模型和数据增强技术分析单细胞RNA测序数据，揭示了牙龈角质形成细胞的转录组多样性和不同亚群	研究仅基于GSE266897数据集，样本来源和数量可能有限	深入了解牙龈角质形成细胞的转录组多样性及其在牙周健康和炎症反应中的作用	牙龈角质形成细胞	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序	自编码器(AE), 变分自编码器(VAE), 去噪自编码器(DAE)	RNA-seq数据	GSE266897数据集中的单细胞RNA测序数据
100	2025-07-04	A novel necroptosis related prognostic signature for skin cutaneous melanoma based on transcriptome and single cell sequencing analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07829-2 PMID:40596554	研究论文	该研究基于转录组和单细胞测序分析，构建了一个与坏死性凋亡相关的皮肤黑色素瘤预后特征模型	首次在皮肤黑色素瘤中构建基于坏死性凋亡相关基因的预后模型，并探索其与肿瘤异质性、微环境和免疫治疗敏感性的关系	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	探索坏死性凋亡在皮肤黑色素瘤中的作用并构建预后预测模型	皮肤黑色素瘤患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	转录组测序, 单细胞测序, 实时PCR	COX和LASSO回归模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的SKCM-TCGA、GSE65904和GSE215120数据集