单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-18	Time-resolved single-cell atlas identifies the spatiotemporal transcription dynamics in vernalization response in Brassica rapa 2025-May-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115725 PMID:40378040	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，分析了Brassica rapa在春化过程中的响应机制，揭示了不同细胞类型在低温条件下的基因表达动态	首次在单细胞水平上解析了春化反应的时空转录动态，发现了叶片细胞和维管组织在低温响应中的不同作用模式	研究仅针对Brassica rapa一种植物，结果可能不适用于其他物种	探究植物春化过程中单细胞水平的基因表达动态	Brassica rapa植物	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
82	2025-05-18	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析了460个样本中的767,606个T细胞，揭示了T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	发现了基于扩增CD8克隆的响应特征，能够区分响应者和非响应者，并揭示了克隆转录状态与患者响应之间的差异	研究仅涵盖了6种癌症类型，可能无法代表所有癌症类型的T细胞克隆动态	探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	T细胞克隆	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序/T细胞受体测序	NA	单细胞RNA测序数据	460个样本中的767,606个T细胞，涵盖6种癌症类型
83	2025-05-18	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	研究论文	本文介绍了恒河猴免疫参考图谱（RIRA），这是首个以免疫为重点的恒河猴单细胞多组织图谱，旨在通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）增强对免疫细胞表型和功能的理解	首次构建了恒河猴免疫参考图谱（RIRA），并对比了转录谱与免疫谱系，利用表面蛋白和标记基因作为真实标准，识别了具有高区分/诊断价值的基因程序	在T细胞和自然杀伤（NK）细胞中，许多功能不同的亚群缺乏明确的标记，且强烈的共享表达程序（如细胞毒性）导致无监督聚类时出现系统性混合	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）增强对免疫细胞表型和功能的理解	恒河猴的免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多组织样本（具体数量未提及）
84	2025-05-18	Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON 2025-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59801-3 PMID:40368943	研究论文	介绍了一种名为PHOTON的方法，结合高分辨率成像与高通量测序，实现亚细胞水平空间转录组分析	PHOTON方法首次实现了在亚细胞分辨率下进行空间转录组分析，揭示了RNA在亚细胞结构中的分布及其功能	NA	开发一种新方法以研究RNA在亚细胞水平的空间分布及其功能	RNA在亚细胞结构中的分布，如核仁、线粒体和应激颗粒	空间转录组学	NA	高分辨率成像与高通量测序	NA	RNA空间分布数据	NA
85	2025-05-18	Differential memory enrichment of cytotoxic CD4 T cells in Parkinson's disease patients reactive to α-synuclein 2025-May-14, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00981-6 PMID:40368950	research paper	该研究探讨了帕金森病(PD)患者中对α-突触核蛋白(α-syn)有反应的细胞毒性CD4 T细胞的记忆富集差异	发现CELSR2在PD患者CD4效应记忆T细胞中的表达显著增加，并揭示了PD患者中细胞毒性T细胞的减少	研究样本量有限，且需要进一步验证细胞毒性T细胞在PD病理中的作用	深入了解对α-syn有反应的PD患者中T细胞亚群的扰动	帕金森病患者和健康对照组的CD4 T细胞	神经免疫学	帕金森病	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	PD患者和健康对照组
86	2025-05-18	Single-cell RNA sequencing reveals immunological link between house dust mite allergy and childhood asthma 2025-May-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01538-6 PMID:40368964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了儿童哮喘与屋尘螨过敏之间的免疫学联系，并探索了潜在的诊断标志物	首次在单细胞分辨率下揭示了屋尘螨过敏儿童哮喘的免疫特征，并鉴定了HLA-DR和HLA-DP作为主要标志受体	样本量较小（仅8名儿童），且年龄范围有限（4-11岁）	探索屋尘螨过敏儿童哮喘的免疫学特征，寻找潜在的诊断标志物	屋尘螨过敏的哮喘儿童	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	8名4-11岁的经医生诊断的哮喘儿童
87	2025-05-18	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域特异性	首次使用MERFISH技术结合深度学习核分割，在空间单细胞分辨率下研究人类胎儿皮层的分子、细胞和结构发育，发现了两种不同的皮层区域化模式	研究仅关注胎儿发育阶段，未涉及成人皮层	探索人类大脑皮层分层和区域化的分子机制	人类胎儿大脑皮层	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交），单核RNA测序	深度学习	空间转录组数据，图像数据	超过1800万个单细胞，涵盖7个发育时间点的8个皮层区域
88	2025-05-18	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	research paper	该研究揭示了人类特异性增强子HARE5如何通过调控神经前体细胞的增殖和神经发生能力，精细调节皮质发育和连接	首次证明人类特异性HARE5增强子通过调节WNT信号通路直接影响神经前体细胞行为，进而促进人类大脑皮层的扩张和复杂性	研究主要依赖基因编辑的小鼠和灵长类模型，与完整人类大脑发育过程可能存在差异	探究人类加速区域(HARs)在物种特异性皮质发育中的功能贡献	HARE5增强子及其调控的神经前体细胞	神经发育生物学	NA	基因编辑、单细胞RNA测序、活体成像、谱系分析	基因编辑小鼠模型、灵长类模型、皮质类器官	基因组数据、RNA测序数据、影像数据	多种基因编辑动物模型和体外培养的神经前体细胞
89	2025-05-18	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体(TAUT)轴在促进白血病干细胞(LSCs)生长和白血病发生中的关键作用	首次系统描绘了白血病进展过程中基质信号的时序变化，并鉴定出牛磺酸作为髓系恶性肿瘤的关键调节因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞(LSCs)和骨髓基质细胞	癌症生物学	急性髓系白血病(AML)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR筛选、多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据、CRISPR筛选数据、多组学数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
90	2025-05-18	The surface protein Gbp of Fusobacterium nucleatum inhibits osteogenic differentiation by inactivating the Wnt/β-catenin pathway via binding to Annexin A2 2025-May-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06569-1 PMID:40369630	研究论文	本研究揭示了具核梭杆菌及其效应蛋白Gbp通过结合ANXA2抑制Wnt/β-catenin通路，从而破坏成骨细胞分化的机制	首次发现具核梭杆菌的Gbp蛋白通过结合宿主蛋白ANXA2抑制Wnt/β-catenin通路，揭示了牙周炎中成骨功能障碍的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人体内的实际作用机制仍需进一步验证	阐明牙周炎中成骨细胞功能障碍的细胞和分子机制	具核梭杆菌(Fn)及其效应蛋白Gbp对成骨细胞分化的影响	分子生物学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析	小鼠实验性牙周炎模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	人类牙龈组织样本(牙周炎患者和健康对照)、小鼠模型、原代成骨细胞培养
91	2025-05-18	Disrupting lipid homeostasis with CAV2 in OSCC triggers apoptosis, lipolysis, and mitochondrial dysfunction by transcriptional repression of PPARγ 2025-May-14, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01399-6 PMID:40369665	研究论文	本研究探讨了CAV2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)脂质稳态和进展中的作用，揭示了其通过转录抑制PPARγ触发细胞凋亡、脂解和线粒体功能障碍的机制	首次揭示了CAV2通过PPARγ/NCOR1轴调控OSCC脂质代谢的分子机制，并发现PPARγ反向激动剂T0070907可增强CAV2敲除的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，临床转化潜力需要进一步验证	探究CAV2在OSCC脂质代谢异常和肿瘤进展中的分子机制	口腔鳞状细胞癌细胞系和裸鼠移植瘤模型	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	转录组测序、单细胞测序、RNA测序、脂质组学、分子对接、Seahorse线粒体功能分析	shRNA基因敲低模型	基因表达数据、脂质组数据、线粒体功能数据	未明确说明细胞系数量，使用裸鼠进行体内实验
92	2025-05-18	The impact of breast radiotherapy on the tumor genome and immune ecosystem 2025-May-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115703 PMID:40378044	研究论文	研究乳腺癌放疗对肿瘤基因组和免疫微环境的影响	通过单细胞DNA测序和RNA测序技术，揭示了放疗对ER阳性乳腺癌患者肿瘤微环境中免疫细胞和肿瘤细胞亚克隆的选择性影响	样本量较小（20例患者），且仅针对ER阳性乳腺癌患者	探索放疗如何调节乳腺癌肿瘤微环境	雌激素受体阳性（ER）乳腺癌患者	肿瘤学	乳腺癌	单细胞DNA测序（scDNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞测序数据	20例ER阳性乳腺癌患者，其中8例进行scDNA-seq，11例进行scRNA-seq
93	2025-05-18	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了大脑中蓝斑核（LC）及其周围区域神经元在调节觉醒和探索行为中的异质性和功能多样性	发现了LC周围区域转录、空间和功能多样化的GABA能神经元群体，这些神经元通过调节LC的放电模式来控制全局觉醒水平和相关行为	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索LC及其周围区域神经元在调节觉醒和回避状态中的分子、细胞和功能多样性	小鼠大脑中的蓝斑核（LC）及其周围区域的神经元	神经科学	神经精神疾病	病毒追踪、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、神经活动数据	NA
94	2025-05-18	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	research paper	该研究利用单细胞技术探究了3/4组髓母细胞瘤中癌基因变异和拷贝数变异在肿瘤演变和治疗抵抗中的作用	揭示了大规模染色体畸变是肿瘤发生的早期事件，而单基因癌基因事件发生在晚期且通常是亚克隆的，但MYC在疾病进展过程中可成为克隆性驱动因素	研究仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6变异的3/4组髓母细胞瘤病例，可能不适用于其他亚型	阐明3/4组髓母细胞瘤中癌基因变异和拷贝数变异在肿瘤发生发展中的作用机制	3/4组髓母细胞瘤患者肿瘤组织	digital pathology	medulloblastoma	single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq), single-nucleus ATAC-seq (snATAC-seq), spatial transcriptomics	population genetics model	single-cell omics data, spatial transcriptomics data	一组已知MYC/MYCN/PRDM6变异的3/4组髓母细胞瘤病例
95	2025-05-18	A Cold-Active Protease Tissue Dissociation Protocol for the Preservation of the Tendon Fibroblast Transcriptome 2025-May-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5293 PMID:40364987	research paper	本文提出了一种使用冷活性蛋白酶在4°C下解离组织的方案，以保护肌腱成纤维细胞的转录组	使用冷活性蛋白酶在低温下解离组织，减少转录细胞应激，提高RNA测序数据的质量	研究主要针对斑马鱼的肌腱和韧带，对其他组织和物种的适用性尚待验证	开发一种减少转录伪影的组织解离方法，以更好地反映体内组织微环境	斑马鱼的肌腱和韧带	digital pathology	NA	bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	斑马鱼肌腱和韧带组织
96	2025-05-18	Targeting HPV for the prevention, diagnosis, and treatment of cervical cancer 2025-May-02, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae046 PMID:39402008	综述	本文综述了人乳头瘤病毒（HPV）在宫颈癌预防、诊断和治疗中的关键作用，重点介绍了筛查和疾病干预的最新进展	整合HPV检测与现有方法（如宫颈细胞学和视觉检查）以提高筛查的敏感性和特异性，以及利用HPV感染相关生物标志物进行个性化干预	NA	探讨HPV在宫颈癌预防、诊断和治疗中的作用	宫颈癌及其与HPV感染的关系	医学研究	宫颈癌	单细胞RNA测序分析、类器官模型开发	NA	NA	NA
97	2025-05-18	Single-cell transcriptomics reveals extracellular matrix remodeling and collagen dynamics during lactation in sheep mammary gland 2025-May-02, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143669 PMID:40319976	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究了绵羊乳腺在哺乳期间的细胞结构和分子机制，特别是细胞外基质重塑和胶原蛋白动态变化	首次在绵羊乳腺中应用单细胞转录组学技术，揭示了哺乳期间细胞外基质重塑的关键机制和细胞间互作	研究仅针对产后60天和150天两个时间点，未能全面覆盖整个哺乳期的动态变化	探究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞结构和分子机制，特别是细胞外基质重塑过程	绵羊乳腺组织	单细胞生物学	NA	scRNA-seq(单细胞转录组测序)	NA	单细胞转录组数据	产后60天和150天的绵羊乳腺组织样本
98	2025-05-18	High-Viability Circulating Tumor Cells Sorting From Whole Blood at Single Cell Level Using Laser-Induced Forward Transfer-Assisted Microfiltration 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414195 PMID:39868845	research paper	该研究开发了一种激光诱导前向转移辅助微滤系统（LIFT-AMFS），用于从全血中高效富集和回收高活性的循环肿瘤细胞（CTCs）	采用激光诱导前向转移辅助微滤系统（LIFT-AMFS）和双步微滤器（DSMF）设计，实现了高捕获效率和高细胞活性的单细胞回收	NA	开发一种高效分离和分子分析循环肿瘤细胞（CTCs）的方法，以促进肿瘤转移研究和个性化治疗	循环肿瘤细胞（CTCs）	生物医学工程	肿瘤	激光诱导前向转移（LIFT）、微滤、RNA测序	NA	细胞样本、RNA测序数据	NA
99	2025-05-18	Dissecting the Spatial and Single-Cell Transcriptomic Architecture of Cancer Stem Cell Niche Driving Tumor Progression in Gastric Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413019 PMID:39950944	研究论文	本文通过空间和单细胞RNA测序技术，解析了胃癌中癌症干细胞（CSCs）微环境的转录组架构及其在肿瘤进展中的作用	揭示了CSCs微环境中肿瘤上皮的表型可塑性及从成熟胃主细胞到CSC状态的转录轨迹，发现了iCAFs通过AREG-ERBB2轴促进肿瘤干细胞性和耐药性的新机制	样本量相对较小（32例），且仅关注了胃癌，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	解析胃癌中CSCs微环境的转录组特征及其在肿瘤干细胞性和进展中的作用机制	人类胃黏膜组织（32例，不同恶性阶段）	数字病理学	胃癌	空间RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	32例人类胃黏膜组织
100	2025-05-18	Spatiotemporal Transcriptomic Profiling Reveals the Dynamic Immunological Landscape of Alveolar Echinococcosis 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405914 PMID:39985260	research paper	该研究通过整合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组技术，揭示了多房棘球蚴感染的宿主免疫反应机制	首次提供了多房棘球蚴感染病灶的高分辨率空间图谱，并阐明了中性粒细胞、Spp1巨噬细胞和成纤维细胞在疾病进展中的功能作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究多房棘球蚴感染的宿主免疫反应机制	感染多房棘球蚴的小鼠肝脏样本	digital pathology	echinococcosis	bulk RNA-seq, scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq数据	感染后多个时间点（最长15个月）的小鼠肝脏样本