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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-05-29 |
HELIX: a scalable model for predicting context-dependent regulation of RNA splicing and isoform usage
2026-May, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-026-00988-w
PMID:42156927
|
研究论文 | 提出HELIX分层深度学习框架,整合前体mRNA序列和RNA结合蛋白表达谱,预测组织与条件特异性剪接模式及转录本异构体使用 | 首次结合短读长和长读长RNA测序数据进行训练,实现同时预测差异性剪接事件、高调控剪接位点剪接强度及异构体使用,并通过迁移学习适配单细胞RNA测序数据预测细胞类型特异性异构体 | 未提及具体限制 | 预测上下文依赖性RNA剪接与异构体使用 | 前体mRNA序列、RNA结合蛋白表达、剪接模式、转录本异构体 | 机器学习 | 结肠癌 | RNA-seq | 分层深度学习 | 序列与表达数据 | 结肠癌队列样本 | NA | 短读长RNA-seq, 长读长RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-05-29 |
Sphingomonas paucimobilis-Driven Epithelial-Endothelial Transition in Adenomyosis Pathogenesis
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202516652
PMID:41861114
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示鞘氨醇单胞菌通过上皮-内皮转化促进子宫腺肌症发病机制 | 首次发现微生物(鞘氨醇单胞菌)驱动上皮-内皮转化作为子宫腺肌症的关键病理机制,并阐明了TNFα→NF-κB→MMP信号级联 | NA | 探究子宫腺肌症的病理机制,特别是微生物驱动的细胞转化机制 | 子宫腺肌症组织、小鼠模型、细胞培养 | 单细胞测序 | 子宫腺肌症 | 单细胞RNA测序、2bRAD-M、Western blot、免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2026-05-29 |
Single-Cell Computational Frameworks for Quantifying BET Bromodomain Inhibitor Resistance and Screening Re-Sensitizer Drugs in Triple-Negative Breast Cancer
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202513246
PMID:41933924
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序数据,开发了量化BET溴结构域抑制剂耐药性和筛选再敏化药物的计算框架 | 首次提出两个基于单细胞分辨率的计算框架FR20和D-FR20,分别用于量化BET溴结构域抑制剂耐药性和筛选再敏化药物,并揭示了铁死亡在耐药性演化中的作用 | 未在更大规模临床样本中验证框架的普适性,且依赖于scRNA-seq数据的可用性 | 量化三阴性乳腺癌中BET溴结构域抑制剂的耐药性并筛选再敏化药物 | 三阴性乳腺癌细胞及其对BET溴结构域抑制剂的耐药性 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 九个独立数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2026-05-29 |
Single-cell RNAseq identifies persistent epithelial and immune dysfunction in PwCF by mitigating inter-individual sampling heterogeneity
2026-May, Journal of cystic fibrosis : official journal of the European Cystic Fibrosis Society
IF:5.4Q1
DOI:10.1016/j.jcf.2026.01.009
PMID:41807181
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析囊性纤维化患者鼻上皮细胞的异质性,揭示持续的上皮和免疫功能障碍 | 首次通过单细胞转录组学揭示囊性纤维化患者鼻上皮细胞类型特异性基因表达变化,并发现伴侣组蛋白在低CFTR表达细胞中下调 | 样本量较小(9例患者和7例健康志愿者),且仅分析了鼻上皮组织,未直接研究下呼吸道 | 探讨囊性纤维化患者鼻上皮组织的细胞异质性及其对基因表达和细胞类型丰度的影响 | 囊性纤维化患者和健康志愿者的鼻上皮细胞 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9例囊性纤维化患者和7例健康志愿者的鼻刮取样本,以及5例患者和5例健康志愿者的配对批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-05-29 |
Sertoli Cell-Derived Extracellular Vesicles Orchestrate Cadmium-Induced Testicular Inflammation and Fibrosis
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202522278
PMID:41881035
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序与功能实验,揭示了镉诱导睾丸损伤中支持细胞来源细胞外囊泡介导的新型细胞间通讯途径 | 首次阐明支持细胞来源细胞外囊泡通过TLR4/NF-κB和TGF-β/Smad信号通路调控镉诱导的睾丸炎症和纤维化,揭示了支持细胞-细胞外囊泡-巨噬细胞-成纤维细胞轴 | NA | 探究镉诱导睾丸毒性的分子机制,特别是细胞外囊泡在细胞间通讯中的作用 | 小鼠睾丸组织、支持细胞、巨噬细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型,具体样本数量未明确提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 86 | 2026-05-29 |
Benchmarking alignment methods for spatial transcriptomics data
2026-May, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-026-00977-z
PMID:41933187
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研究论文 | 对空间转录组数据对齐方法进行系统性基准测试 | 首次对多种空间对齐方法进行大规模综合基准评估,覆盖295种不同对齐任务,并提出有效缓解当前工具限制的策略 | 当前工具在处理真实世界复杂场景时存在显著局限性 | 系统评估空间转录组切片对齐方法的准确性、效率、易用性和鲁棒性,并建立实用指南 | 多种空间转录组对齐方法 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 295种不同对齐任务 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 87 | 2026-05-29 |
RhoA deficiency in chondrocyte inhibits cartilage fibrosis and ameliorates osteoarthritis progression via SOX4/MMP2 axis
2026-May, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2026.101127
PMID:42205595
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研究论文 | 软骨细胞RhoA缺乏通过SOX4/MMP2轴抑制软骨纤维化并改善骨关节炎进展 | 首次发现RhoA通过β-catenin/SOX4/MMP2新通路促进软骨细胞向纤维化表型转变,并证明关节内注射过表达Sox4或Mmp2的腺相关病毒载体可逆转Rhoa缺陷小鼠的表型 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,其临床转化效果和安全性尚需进一步验证 | 探讨RhoA在骨关节炎软骨纤维化中的作用及其潜在治疗靶点 | 骨关节炎患者软骨、8周龄雄性C57BL/6J小鼠及Col2a1-CreERT-Rhoa-flox/flox小鼠 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫荧光、蛋白免疫印迹、显微CT | 条件性基因敲除小鼠、腺相关病毒过表达模型 | 单细胞RNA测序数据、bulk RNA测序数据、组织病理图像 | 公开数据集、OA患者软骨标本、8周龄小鼠 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2026-05-29 |
[Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneous features of cancer-associated fibroblasts in acral melanoma]
2026-May, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:42206704
|
研究论文 | 单细胞转录组分析揭示肢端黑色素瘤中癌症相关成纤维细胞的异质性特征及其功能角色 | 首次在单细胞水平系统解析肢端黑色素瘤中癌症相关成纤维细胞的异质性,鉴定出三种亚型并揭示FOSL1在CAF分化中的关键调控作用 | 样本量较小(5例患者),未进行功能验证实验确认亚型的具体作用机制 | 探究肢端黑色素瘤中癌症相关成纤维细胞的异质性特征及其在肿瘤微环境中的功能角色 | 肢端黑色素瘤患者肿瘤组织中的癌症相关成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 肢端黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 单细胞转录组数据 | 5例肢端黑色素瘤患者样本(4例原发肿瘤,1例淋巴结转移) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-05-29 |
MCT1 governs a metabolic checkpoint at pachytene during spermatogenesis
2026-Apr-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9544748/v1
PMID:42094045
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研究论文 | 本研究鉴定了MCT1依赖的代谢检查点,该检查点控制哺乳动物精子发生中的减数分裂进程 | 首次发现MCT1介导的代谢检查点调控减数分裂,揭示乳酸代谢通过组蛋白乳酰化表观遗传调控减数分裂基因表达的新机制 | 未明确MCT1在其他组织或物种中的保守性,且体外验证实验可能有限 | 阐明代谢流如何直接控制减数分裂进程,特别是MCT1在精子发生中的作用 | 哺乳动物精子发生过程中的生殖细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学, 代谢组学, 计算扰动建模, 多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 代谢组数据 | 涉及小鼠生殖细胞样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 90 | 2026-05-29 |
Targeting Mycotoxin Toxicity: From Molecular Mechanisms to Nutritional Interventions
2026-Apr-26, Veterinary sciences
IF:2.0Q2
DOI:10.3390/vetsci13050421
PMID:42188891
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综述 | 探讨霉菌毒素(黄曲霉毒素B1、脱氧雪腐镰刀菌烯醇和赭曲霉毒素A)通过氧化应激、细胞凋亡、自噬、炎症和菌群失调等机制引发毒性,以及营养干预在缓解这些毒性中的作用 | 结合分子机制与营养干预策略,系统综述抗氧化剂、抗炎物质及益生菌等在缓解霉菌毒素毒性中的潜力,并强调组学技术在揭示机制和制定个性化营养建议中的新应用 | 未提及具体研究数据或实验验证,缺乏对营养干预效果的定量评估或临床证据的支持 | 阐明霉菌毒素毒性的分子机制及营养因素的调节作用,为食品安全和健康保护提供理论基础 | 霉菌毒素(黄曲霉毒素B1、脱氧雪腐镰刀菌烯醇和赭曲霉毒素A)及营养因子(如番茄红素、姜黄素、百里香油、阿拉伯胶、生姜、益生菌和益生元) | NA | NA | 转录组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 91 | 2026-05-29 |
Study on the Mechanisms of Allogeneic NK Cells Combined with Myeloid Cells in Treating Acute Myeloid Leukemia
2026-Apr-24, Transplantation and cellular therapy
IF:3.6Q1
DOI:10.1016/j.jtct.2026.03.043
PMID:42035877
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research paper | 研究异体NK细胞与髓系细胞联合治疗急性髓系白血病的机制 | 通过单细胞RNA测序分析G-CSF动员的NK细胞与髓系细胞的相互作用,提出NK细胞可能通过间接方式支持抗肿瘤免疫的新假设 | 多变量调整后,NK细胞剂量与生存率的关联不显著,且KIR配体不匹配和供体激活受体数量无显著影响,需进一步验证体内相互作用 | 探讨G-CSF动员的NK细胞在微移植中抗肿瘤作用的机制 | 急性髓系白血病患者及供体的NK细胞 | machine learning | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 72名接受微移植的AML患者,8名供体NK细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 92 | 2026-05-29 |
Dedifferentiation-driven oncogenic stemness promotes tumor-sustaining adaptability in the intestinal epithelium
2026-Apr-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08669-2
PMID:41997917
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研究论文 | 利用Smad4功能缺失和β-catenin功能获得的小鼠模型,揭示去分化驱动的癌干细胞特性在肠道顶部向下肿瘤发生中促进肿瘤维持和适应性的机制 | 首次证明去分化来源的癌干细胞比内源突变干细胞更有效地维持肿瘤发生,并发现Notch信号异常和代谢可塑性是合作促进顶部向下肿瘤发生的机制 | 未提及 | 探究去分化驱动的癌干细胞特性在肠道顶部向下肿瘤发生中的生物学决定因素和机制 | Smad4功能缺失和β-catenin功能获得的小鼠模型及肠上皮细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未明确提及样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 93 | 2026-05-29 |
RAN-S100A10-EGFR axis facilitates papillary thyroid cancer metastasis by PI3K/AKT signaling
2026-Apr-16, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08649-6
PMID:41991927
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研究论文 | 揭示RAN-S100A10-EGFR轴通过PI3K/AKT信号促进甲状腺乳头状癌转移的机制 | 首次阐明S100A10在甲状腺乳头状癌中通过与RAN和EGFR相互作用形成调控轴,激活PI3K/AKT信号并促进上皮间质转化,从而增强肿瘤侵袭能力 | 未提及 | 探究S100A10在甲状腺乳头状癌转移中的功能及具体分子机制 | 甲状腺乳头状癌组织和细胞系 | 数字病理学 | 甲状腺乳头状癌 | 单细胞RNA测序,RT-qPCR,蛋白质印迹,质谱分析,免疫共沉淀,免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织样本,细胞系 | 来自公共数据库的单细胞RNA测序数据,以及PTC组织和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-05-29 |
Single-cell omics uncovers novel pathological mechanisms and therapeutic targets for congenital heart diseases: insights from integrated intercellular communication analysis
2026-Apr-16, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-026-05015-3
PMID:41992274
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综述 | 通过整合单细胞组学与细胞间通讯分析,揭示先天性心脏病各亚型的病理机制和治疗靶点 | 首次通过整合重新分析大规模单细胞核数据(157,273个细胞核),系统描绘五种先天性心脏病亚型(新生及婴儿左心发育不良综合征、法洛四联症、扩张型心肌病、肥厚型心肌病)的细胞间通讯网络重塑特征,发现各亚型具有独特的信号架构 | 尚未进行基于单细胞数据的基因功能验证实验,也未有体内或体外功能性研究证实所发现的信号通路变化与疾病机制之间的直接因果关系 | 利用单细胞组学技术探究先天性心脏病的细胞异质性和细胞间通讯机制,为精准治疗提供靶点 | 先天性心脏病患者(包括新生和婴儿左心发育不良综合征、法洛四联症、扩张型心肌病、肥厚型心肌病)及健康供体对照 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 网络拓扑分析、通路富集分析 | 单细胞核转录组数据 | 157,273个细胞核,来自162名儿科患者(5种诊断类别)和健康供体 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | NA |
| 95 | 2026-05-29 |
Microbial Monotherapy With Leuconostoc sp LB-P8 Improves Inflammation and Fibrosis in Mouse Primary Sclerosing Cholangitis by Inhibiting Transforming Growth Factor β1/SMAD Signaling
2026-Apr-15, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101789
PMID:41997362
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研究论文 | 本文鉴定了一种新型明串珠菌属菌株LB-P8,发现其通过抑制TGF-β1/SMAD信号通路改善小鼠原发性硬化性胆管炎的炎症和纤维化 | 首次揭示了明串珠菌属菌株LB-P8通过抑制TGF-β/SMAD信号通路发挥抗纤维化和抗炎作用,并将其作为PSC的潜在治疗策略 | 尚未在临床试验中验证LB-P8对人类PSC患者的疗效和安全性 | 研究微生物单药疗法LB-P8对原发性硬化性胆管炎的疗效及其作用机制 | 人肠道细胞、小鼠原代硬化性胆管炎模型(BDL、DDC喂养、Mdr2-/-小鼠)及DSS诱导的结肠炎模型 | NA | 原发性硬化性胆管炎 | 代谢组学分析、RNA测序、空间转录组学分析、实时荧光定量PCR | NA | 文本、图像 | 多个小鼠模型(具体数量未明确)及人肠道细胞培养系统 | NA | 空间转录组学 | NanoString GeoMX | NA |
| 96 | 2026-05-27 |
Exploration of the roles of SSR2 in hepatocellular carcinogenesis based on single-cell transcriptomics and spatial transcriptomics
2026-Apr-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05017-w
PMID:41979818
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研究论文 | 基于单细胞转录组和空间转录组数据,探索SSR2基因在肝细胞癌发生中的作用机制 | 首次结合单细胞转录组和空间转录组分析,发现SSR2在NK细胞中高表达伴随细胞质翻译通路增强,驱动肿瘤免疫微环境紊乱 | NA | 探索SSR2基因在肝细胞癌发生中的作用,为改善预后提供新的诊断和治疗靶点 | 肝细胞癌患者的肝脏组织 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序, 批量转录组测序 | 非负矩阵分解, 加权基因共表达网络分析, 集成机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 97 | 2026-05-29 |
Polyclonal selection of immune checkpoint mutations in thyroid autoimmunity
2026-Apr-14, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10493-9
PMID:41981327
|
研究论文 | 本研究通过全外显子测序和靶向NanoSeq技术,在自身免疫性甲状腺疾病中发现多个B细胞克隆获得免疫检查点基因TNFRSF14和CD274的失活突变,支持体细胞突变使自身反应性淋巴细胞逃避免疫检查点的假说 | 首次利用高精度单分子DNA测序技术系统搜索自身免疫性甲状腺疾病中的驱动突变,发现多克隆B细胞获得免疫检查点基因突变 | 每个突变克隆仅占细胞的极小部分(通常小于1%),且研究限于甲状腺自身免疫性疾病 | 探索体细胞突变如何使自身反应性淋巴细胞逃避免疫检查点并导致自身免疫疾病 | 自身免疫性甲状腺疾病患者的B细胞克隆 | 机器学习 | 自身免疫性甲状腺疾病 | 全外显子测序, 靶向NanoSeq, 激光显微切割, 甲基化测序, 空间转录组学, 免疫染色, 单核DNA测序, 抗体合成 | NA | DNA序列数据, 甲基化数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 多例自身免疫性甲状腺疾病患者的活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2026-05-29 |
Deciphering oxidative stress-related heterogeneity and developing a prognostic signature for colorectal cancer
2026-Apr-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-46560-4
PMID:41935137
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA-seq数据揭示氧化应激对结直肠癌肿瘤微环境的影响,并构建了基于氧化应激相关风险签名(OSRRS)的预后模型 | 首次整合单细胞与批量RNA-seq数据解析结直肠癌中氧化应激相关异质性,并基于LASSO Cox回归开发了12基因预后签名模型 | 研究依赖公共数据集(GSE132465、TCGA-CRC等),缺乏独立外部验证队列;qRT-PCR和IHC验证限于组织微阵列样本,临床转化需进一步验证 | 揭示氧化应激对结直肠癌肿瘤微环境的影响机制,并构建可预测预后的氧化应激相关风险签名模型 | 结直肠癌肿瘤细胞及肿瘤微环境中的恶性细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, 免疫组化 | LASSO Cox回归 | 基因表达数据(单细胞及批量RNA-seq) | TCGA-CRC数据集(批量RNA-seq)、GSE132465(单细胞RNA-seq)、GSE39582和GSE17538验证队列,以及组织微阵列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-05-29 |
MYC-induced USP10 stabilizes SOX4 to promote thymocyte proliferation and leukemia onset in mice
2026-Apr-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71084-w
PMID:41927540
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研究论文 | 整合去泛素化酶文库筛选和单细胞RNA测序,发现USP10通过稳定SOX4促进胸腺细胞增殖和白血病发生 | 首次发现USP10在胸腺细胞中通过去泛素化SOX4调控其稳定性,并揭示MYC诱导USP10表达促进白血病发生,提出USP10作为T-ALL潜在治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和公开单细胞数据,人体样本验证有限(仅外周血),且未深入探讨USP10在人类胸腺发育中的具体功能 | 探究胸腺细胞发育与白血病转化中连接发育信号、增殖信号和白血病发生的分子机制 | 小鼠胸腺细胞和T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)患者外周血 | 数字病理学 | T细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 小鼠胸腺细胞(具体数量未提及)和公开可用的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2026-05-29 |
Single-cell and haplotype-resolved transcriptomics reveal molecular signatures of orchid floral structures
2026-Apr-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2026.03.016
PMID:41928475
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研究论文 | 对兰花花朵的单细胞和单倍型分辨转录组分析揭示了其分子特征 | 首次在空间分辨率下对兰花花朵进行单细胞转录组普查,并整合单倍型分辨基因组与单细胞转录组数据,揭示了顺式调控结构变异在色素细胞中的等位基因特异性表达,以及细胞类型和等位基因特异性表达如何塑造种间杂交性状 | NA | 揭示兰花特化花朵结构中的细胞异质性和分子基础,探究种间杂交性状的形成机制 | 石斛兰Chaopraya Smile品种的花蕾 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单倍型分辨基因组整合 | NA | 文本 | 石斛兰Chaopraya Smile品种的花蕾样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |