单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-07	Study on Liver Sinusoidal Endothelial Cell Fenestrations Based on Cellular Omics-Structure Integration Technology and Its Application in Metabolic Diseases 2025-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653525 PMID:40475559	研究论文	本研究开发了一种新的细胞组学-结构整合（COSI）技术平台，用于在单细胞水平同时获取基因表达谱和超分辨率细胞结构信息	开发了能够同时获取单细胞基因表达谱和超分辨率荧光图像的COSI技术平台，填补了现有空间组学和细胞生物学研究的空白	技术主要针对缺乏特定标记物的细胞结构研究，可能不适用于所有细胞类型	研究肝脏窦状内皮细胞窗孔形成机制及其在代谢疾病中的应用	肝脏窦状内皮细胞	细胞生物学	代谢疾病	单细胞转录组学、超分辨率荧光显微镜、电子显微镜、深度学习分辨率增强	深度学习	基因表达数据、荧光图像、电子显微镜图像	原发性肝脏窦状内皮细胞、非酒精性脂肪性肝炎（NASH）和糖尿病小鼠模型
82	2025-06-07	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	research paper	该研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹及其在癌症中的重编程机制	揭示了干扰素-γ依赖的免疫刺激编程在肿瘤微环境中的作用，并发现D基因失活可阻碍TAMs向免疫抑制和促肿瘤状态的转变	研究主要基于小鼠模型和有限的人类癌症样本，可能无法完全反映人类癌症的复杂性	探索TAMs的发育轨迹及其在癌症免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	癌症免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠癌症模型和人类癌症患者样本
83	2025-06-07	DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS 2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.654044 PMID:40462892	研究论文	开发了一个名为ISOSCELES的新框架，用于量化细胞药物敏感性和耐药性景观，并识别胶质母细胞瘤中对靶向治疗敏感和耐药的细胞状态	提出了ISOSCELES框架，整合单细胞基因表达和L1000表达特征，预测不同细胞状态对治疗的敏感性差异	NA	识别胶质母细胞瘤中对靶向治疗敏感和耐药的细胞状态，并发现新的协同治疗组合	胶质母细胞瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	新诊断和复发的胶质母细胞瘤肿瘤样本
84	2025-06-07	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-May-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	research paper	该研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系谱系，恢复支持黏膜愈合的巨噬细胞，并发现了CD患者造血干细胞（HSCs）的功能异质性	样本量较小（n=19），且研究结果需要进一步验证	理解SCT后免疫系统如何重建，以及SCT是否可作为细胞疗法恢复适当的免疫细胞群	难治性克罗恩病（CD）患者	细胞疗法	克罗恩病	CyTOF, scRNA-seq, 小鼠异种移植模型	NA	血液和肠道样本	19名难治性CD患者
85	2025-06-07	M-band wavelet-based multi-view clustering of cells 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013060 PMID:40408513	research paper	该论文提出了一种基于M波段小波的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据多视图聚类方法(WMC)，用于细胞类型、身份和功能状态的多视图聚类	该方法首次将M波段小波分析与UMAP结合应用于scRNA-seq数据，能够以高分辨率发现稀有细胞类型	论文未提及该方法在大型数据集上的计算效率或可扩展性	开发新的scRNA-seq数据分析方法以提高细胞类型鉴定的分辨率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	M-band小波分析, UMAP	基因表达数据	一组单细胞测序数据集(未说明具体数量)
86	2025-06-07	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	提出了一种基于图的高效细胞类型注释方法ScInfeR，适用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用分层框架和图神经网络的消息传递层来准确识别细胞亚型，支持跨多种组学数据的细胞注释	未提及具体的技术限制或应用场景限制	解决单细胞和空间组学分析中细胞类型注释的挑战	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和空间转录组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间组学	图神经网络	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据、空间坐标信息	多个图谱规模的scRNA-seq、scATAC-seq和空间数据集，包含329种细胞类型、2497个基因标记和28种组织类型
87	2025-06-07	Stratifin is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	research paper	该研究探讨了Stratifin（SFN）在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的必要性	首次揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在急性损伤后主细胞转分化为SPEM中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM发展中的作用机制	小鼠胃主细胞和SPEM细胞	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序，免疫组化	Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	基因表达数据，组织图像数据	使用Mist1CreERT2; LSL-tdTomato小鼠和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型进行研究
88	2025-06-07	Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits 2025-Apr-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012 PMID:40081369	research paper	该研究提出了一种结合成像空间转录组学和并行光学检测引导RNA的方法（Perturb-FISH），用于在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学的遗传和分子关联	Perturb-FISH方法首次将高度多路复用的单细胞转录组读数与光学筛选结合，揭示了细胞内、细胞间及功能转录回路	NA	开发一种新方法来研究空间和功能生物学的遗传和分子关联	培养的单核细胞、三维异种移植模型、人类诱导多能干细胞（hIPSC）星形胶质细胞	分子生物学	自闭症谱系障碍	Perturb-FISH, 单细胞RNA测序（Perturb-seq）	NA	转录组数据、光学成像数据	NA
89	2025-06-07	Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082 PMID:39734035	research paper	该研究对一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变体与严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的关联	首次详细描述了PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的严重影响，包括对T细胞选择和多样性的影响	研究仅基于一名患者的数据，样本量较小，可能限制结论的普遍性	探讨PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的影响	一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿	免疫学	严重联合免疫缺陷和Omenn综合征	流式细胞术、免疫印迹、人工胸腺器官培养、单细胞RNA测序	NA	分子和细胞数据	1名患者及其父母
90	2025-06-07	Ectopic Expansion of Pulmonary Vasculature in Fibrotic Lung Disease and Lung Adenocarcinoma Marked by Proangiogenic COL15A1+ Endothelial Cells 2025-Apr, Pulmonary circulation IF:2.2Q3 DOI:10.1002/pul2.70102 PMID:40463493	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了多种进行性间质性肺病（ILD）和非小细胞肺癌（NSCLC）中血管内皮细胞（EC）群体的共同和独特特征	识别了在ILD和NSCLC中扩张的两种EC亚型'Bronch-1'和'Bronch-2'，并发现COL15A1作为支气管EC的泛标记物在IPF、SSc-ILD和NSCLC患者肺实质中呈阳性染色	样本量相对较小，特别是NSCLC组仅有8例样本，可能影响结果的普遍性	研究肺血管系统在纤维化肺病和肺腺癌中的异位扩张特征	健康肺组织、ILD、慢性阻塞性肺病和NSCLC患者的肺组织标本	digital pathology	lung cancer, idiopathic pulmonary fibrosis	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	健康肺组织59例，ILD 97例，慢性阻塞性肺病22例，NSCLC 8例
91	2025-06-07	Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038465 PMID:40094187	研究论文	通过靶向单核RNA测序数据集探索人类脂肪组织中保守的亚群	定义了人类脂肪组织中的祖细胞群体，并测试了人类壁细胞的成脂潜能，揭示了人类脂肪细胞群体与小鼠的不同	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群体并测试其成脂潜能	人类脂肪组织中的壁细胞（包括周细胞和平滑肌细胞）	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、图像数据	人类脂肪组织样本（包括血管周围、棕色和白色脂肪组织）
92	2025-06-07	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程	开发了新型计算工具ConnectionMiner，整合scRNAseq和连接组数据，揭示了转录因子和细胞粘附分子在运动神经元分子多样性中的作用	研究仅针对果蝇腿部运动系统，结果在其他生物系统中的普适性有待验证	解析运动神经元回路在发育过程中的建立机制	果蝇腿部运动神经元和前运动神经元	神经科学	NA	scRNAseq, 电子显微镜	ConnectionMiner	基因表达数据, 连接组数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元
93	2025-06-07	Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis 2025-03-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553 PMID:39991825	研究论文	通过双样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，识别与肝细胞癌（HCC）有因果关系的血浆蛋白	利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的大规模血浆蛋白质组数据，结合孟德尔随机化方法，识别出7种与HCC有潜在因果关系的血浆蛋白，并通过单细胞RNA测序数据和分子对接验证了这些蛋白的潜在药物靶点	研究依赖于现有数据库的数据，可能受限于样本量和数据覆盖范围	识别肝细胞癌的早期诊断和治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者和潜在的血浆蛋白标志物	生物信息学	肝细胞癌	双样本孟德尔随机化（MR）、整合转录组-蛋白质组分析、单细胞RNA测序、分子对接	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据及单细胞数据集GSE166635
94	2025-06-07	transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder 2025-Feb-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936 PMID:39798891	research paper	该论文提出了一种名为transCAE的算法，通过结合迁移学习和卷积自编码器来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性	transCAE算法整合了无监督降维和有监督细胞类型分类，充分利用参考和查询数据集的信息，显著提高了分类准确性并有效缓解了批次效应	算法的性能仍然依赖于参考数据集的质量，且在处理多平台数据时可能仍面临挑战	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	卷积自编码器(CAE)结合迁移学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个参考和查询数据集
95	2025-06-07	Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae103 PMID:39804726	研究论文	本文提出了一种名为STMSGAL的新框架，用于分析空间转录组数据，结合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类	STMSGAL框架通过构建细胞类型感知的共享最近邻图(ctaSNN)和使用图注意力自编码器及多尺度深度子空间聚类，显著提高了空间转录组数据的分析能力	NA	提高空间转录组数据的分析能力，以更好地理解组织结构和生物功能	空间转录组数据	生物信息学	乳腺癌	空间转录组学(ST)	图注意力自编码器(Graph Attention Autoencoder), 多尺度深度子空间聚类网络(Multiscale Deep Subspace Clustering Network)	空间转录组数据	4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集
96	2025-06-07	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	研究论文	本研究通过多重免疫荧光染色、高级图像分析和单细胞RNA测序技术，对小鼠健康和病变肝脏中的巨噬细胞进行了详细表征	发现坏死病变相关巨噬细胞亚群，并揭示其在坏死病灶清除中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，人类肝脏中的情况可能有所不同	探究健康和病变肝脏中巨噬细胞的异质性、空间分布及与其他细胞的相互作用	小鼠肝脏中的Kupffer细胞和单核来源巨噬细胞	免疫学	肝病	多重免疫荧光染色、高级图像分析、scRNA-seq	小鼠模型	图像数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，使用健康和ConA处理的小鼠肝脏
97	2025-06-07	Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70021 PMID:40458850	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法，探索了谷胱甘肽代谢在系统性红斑狼疮中的关键基因	结合多组学整合和多种机器学习模型，揭示了谷胱甘肽代谢通路在系统性红斑狼疮中的关键作用，并识别出LAP3基因的重要贡献	研究样本量有限，且未进行实验验证	探索系统性红斑狼疮的病因及潜在诊断和治疗靶点	系统性红斑狼疮患者及谷胱甘肽代谢相关基因	生物信息学	系统性红斑狼疮	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、机器学习	LASSO回归、CatBoost、XGBoost、NGBoost	多组学数据、scRNA-seq数据	1400种血清代谢物及多个数据集验证
98	2025-06-07	Single-cell transcriptomics reveals cellular dynamics and chemokine CXCL2-mediated smooth muscle cell proliferation in arterial repair 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591557 PMID:40463365	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了动脉修复中的细胞动态变化以及趋化因子CXCL2介导的平滑肌细胞增殖机制	识别了一个炎症性平滑肌细胞亚群(SMC2)，该亚群主动分泌趋化因子CXCL2，促进平滑肌细胞增殖并介导损伤后的动脉重塑	研究主要基于动物模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究PCI术后动脉修复的细胞机制及趋化因子CXCL2的作用	股动脉损伤模型中的细胞	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
99	2025-06-07	Succinylation-related molecular activities in cancer: metabolic adaptations, immune landscape, and prognostic significance in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571446 PMID:40463370	research paper	该研究探讨了琥珀酰化在癌症中的分子活动，特别是其在代谢调节、肿瘤免疫微环境和结直肠癌预后中的作用	首次系统性地进行了琥珀酰化相关分子活动的泛癌分析，并构建了一个基于琥珀酰化的预后模型，同时发现了PCED1A在结直肠癌中的潜在治疗靶点作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于结直肠癌和PCED1A基因	探索琥珀酰化在癌症中的分子机制及其临床意义	泛癌样本和结直肠癌特异性样本	肿瘤生物学	结直肠癌	转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析、免疫组化、Western blotting	预后模型	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据	来自TCGA、GEO、TISCH等多个数据库的泛癌样本和结直肠癌特异性队列
100	2025-06-07	Single-cell RNA sequencing identifies two fibroblast subtypes and a Trem2+ macrophage subtype as the possible specific cellular targets in abdominal aortic aneurysms 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1551308 PMID:40463378	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别出两种成纤维细胞亚型和一个Trem2+巨噬细胞亚型，作为腹主动脉瘤可能的特异性细胞靶点	首次在腹主动脉瘤中识别出特定的成纤维细胞亚型和巨噬细胞亚型，并揭示了它们在疾病发展中的协同作用	研究仅基于小鼠模型，临床治疗效果尚未验证	探究腹主动脉瘤发病机制并寻找新的治疗靶点	腹主动脉瘤小鼠模型中的细胞组成和功能表型	单细胞测序	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型样本（具体数量未提及）