单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-14	Single-cell RNA sequencing reveals altered placental microenvironment due to maternal high-fat diet 2025-Jun-26, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.04.011 PMID:40381453	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了母体高脂饮食对胎盘微环境的改变	首次使用单细胞RNA测序技术详细分析了母体高脂饮食对胎盘细胞组成和功能的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究母体高脂饮食对胎盘微环境的影响及其与子代代谢疾病的关联	C57BL/6J小鼠的胎盘组织	基因组学	代谢疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	高脂饮食组和对照组小鼠的胎盘组织
82	2025-06-14	New insights into the pharmacological mechanisms of Jinqi Jiangtang Tablets in the treatment of type 2 diabetes mellitus: A multi-omics approach combined with experimental validation 2025-Jun-26, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120020 PMID:40449695	research paper	本研究采用多组学方法结合实验验证，探讨了金芪降糖片治疗2型糖尿病的药理机制	首次结合多组学方法和实验验证，全面解析金芪降糖片的药理活性成分及其在2型糖尿病中的多靶点、多通路作用机制	研究虽然发现了多个潜在靶点和通路，但具体分子机制仍需进一步实验验证	阐明金芪降糖片在2型糖尿病治疗中的药理活性成分和作用机制	金芪降糖片及其在2型糖尿病治疗中的作用	药理学	2型糖尿病	LC-MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, 代谢组学, 16S rDNA测序	NA	化学分析数据, 基因表达数据, 代谢组数据, 微生物组数据	161种化合物被鉴定, 56种差异代谢物被发现
83	2025-06-14	The Dynamically Evolving Cell States and Ecosystem from Benign Nevi to Melanoma 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2971 PMID:40094420	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了从良性痣到黑色素瘤的动态演变过程中黑色素细胞亚群的四种不同状态及其功能和调控通路的动态变化	首次在单细胞水平上描绘了从痣到黑色素瘤的恶性转化图谱，并识别了关键调控因子和免疫逃逸机制	样本量较小（仅5例患者），且仅针对先天性黑色素细胞痣来源的黑色素瘤	探究从良性痣到黑色素瘤恶性转化的动态变化机制	先天性黑色素细胞痣发展为黑色素瘤的患者组织样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞转录组测序	恶性进展预测模型	RNA测序数据	5例患者的多个配对组织位点
84	2025-06-14	Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	通过代谢组学和空间细胞转录组学分析胰腺癌前病变，揭示多胺代谢异常作为疾病进展的生物标志物	首次整合代谢组学和空间转录组学技术，识别出多胺代谢途径在胰腺癌前病变恶性转化中的关键作用	样本量相对有限（125例），且未进行长期随访验证生物标志物的预测效能	开发用于评估胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）恶性风险的生物标志物	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）患者的囊液和组织样本	癌症生物学	胰腺癌	非靶向代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例患者（低度异型增生/高度异型增生伴或不伴胰腺导管腺癌）
85	2025-06-14	Cambridge Neoadjuvant Cancer of the Prostate (CANCAP03): A Window Study into the Effects of Olaparib ± Degarelix in Primary Prostate Cancer 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1304 PMID:40358364	研究论文	本研究探讨了PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	在缺乏同源重组修复通路突变的情况下，研究了PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗的临床效果及其生物学机制	样本量较小，且仅针对原发性前列腺癌患者	研究PARP抑制剂和雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	原发性前列腺癌患者	肿瘤学	前列腺癌	IHC、肿瘤基因测序、突变分析、RNA-seq（包括bulk和single-cell RNA-seq）	NA	组织样本、基因测序数据	参与者接受奥拉帕尼治疗2周后进行前列腺切除术，随机分配或不分配地加瑞克（1:1）
86	2025-06-14	Azacitidine, Venetoclax, and Magrolimab in Newly Diagnosed and Relapsed Refractory Acute Myeloid Leukemia: Phase Ib/II Study and Correlative Analysis 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0229 PMID:40198272	研究论文	评估阿扎胞苷、维奈托克和Magrolimab三联疗法在新诊断和复发难治性急性髓系白血病中的安全性和有效性	首次在临床研究中评估了Magrolimab（一种针对CD47的单克隆抗体）与阿扎胞苷-维奈托克联合使用的效果	三联疗法未带来显著的生存改善	评估三联疗法在急性髓系白血病患者中的安全性和有效性	新诊断（不适合强化化疗）和复发难治性急性髓系白血病成年患者	临床医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	临床数据	一线队列54名患者（中位年龄70.1岁），复发难治性队列52名患者
87	2025-06-14	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jun-13, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	研究论文	本研究通过单细胞测序技术识别了果蝇中调控睡眠与代谢状态整合的神经元及其转录响应	首次在单神经元水平解析了饥饿状态下调控睡眠的转录变化，并鉴定出多个功能验证的新基因	研究仅针对果蝇的LHLK神经元，哺乳动物系统的普适性有待验证	探究神经元如何整合睡眠与代谢状态的分子机制	果蝇(Drosophila melanogaster)的Lateral Horn Leucokinin (LHLK)神经元	神经生物学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	单细胞转录组数据	比较喂食与24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
88	2025-06-14	Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy 2025-Jun-13, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924 PMID:40509996	research paper	通过血浆蛋白质组学研究揭示了LMNA心肌病发展过程中的失调通路	发现了与LMNA DCM相关的多个新蛋白质，并揭示了这些蛋白质在心肌细胞中的差异基因表达	样本量相对较小，且研究结果需要在更大规模的队列中验证	探索LMNA DCM的发病机制和进展过程	LMNA DCM患者、肌节蛋白DCM患者及表型阴性个体	蛋白质组学	心血管疾病	OLINK平台蛋白质组学分析、单细胞测序	NA	血浆蛋白质组数据、RNA表达数据	LMNA DCM患者41例、肌节蛋白DCM患者18例、表型阴性个体55例
89	2025-06-14	Differentiable Graph Clustering with Structural Grouping for Single-cell RNA-seq Data 2025-Jun-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf347 PMID:40511990	研究论文	提出一种名为DGCSG的新型可微分图聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，通过结合图聚类信息优化细胞特征表示	设计了可微分聚类机制，将K-way归一化切割从离散优化问题转化为可微分学习目标，并通过谱松弛联合优化图注意力自编码器	未明确提及具体局限性	优化单细胞RNA测序数据的聚类分析，以支持细胞水平的生物学研究	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图注意力自编码器(GATE), 自编码器(AE)	基因表达数据	14个scRNA-seq基准数据集
90	2025-06-14	Gene Spatial Integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本文提出了一种名为Gene Spatial Integration (GSI)的深度学习方法，用于整合和分析空间转录组学数据，特别关注基因的空间分布特征	利用表示学习方法将基因的空间分布特征与基因表达特征整合到同一特征空间，并采用Autoencoder网络提取空间嵌入，有效解决了批次效应问题	目前仅在人类DLPFC数据集上进行了验证，需要更多样本来验证方法的普适性	提升空间转录组学数据分析的准确性和整合能力	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	Autoencoder	基因表达数据和空间分布数据	人类DLPFC数据集(具体样本包括151673和151672)
91	2025-06-14	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-Jun-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	本文介绍了一种名为WISpR的机器学习算法，用于在空间转录组学中准确预测细胞类型分布	WISpR算法整合了spot-specific超参数和稀疏驱动建模，克服了现有方法忽略生物学基础约束的局限性	NA	提高空间转录组学中细胞类型分布的预测准确性	空间转录组学数据中的细胞类型分布	空间转录组学	癌症	空间转录组学	WISpR	空间转录组数据	十个数据集
92	2025-06-14	A review of spatial transcriptomics in psoriasis: new insights into cellular contributions 2025-Jun-11, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2025.102585 PMID:40505496	综述	本文综述了空间转录组学在银屑病研究中的应用及其对理解细胞类型和相互作用的贡献	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了银屑病皮肤中特定细胞群和失调通路的新见解	NA	总结空间转录组学在银屑病研究中的应用及其对理解细胞类型和相互作用的影响	银屑病皮肤组织	数字病理学	银屑病	空间转录组学(ST), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
93	2025-06-14	Sex-specific neurotoxicity induced by long-term bisphenol A exposure: Single-cell sequencing reveals dual mechanisms involving hippocampal gliosis and neuronal apoptosis 2025-Jun-11, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.179810 PMID:40505511	研究论文	本研究探讨了长期暴露于双酚A（BPA）对成年小鼠行为记忆和神经系统的影响，揭示了性别特异性的神经毒性机制	首次结合行为学、形态学分析和单细胞测序技术，揭示了BPA暴露导致的性别特异性神经毒性机制，包括雌性小鼠海马胶质增生和雄性小鼠海马齿状回颗粒神经元凋亡	研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类外推需谨慎	探究长期BPA暴露对神经系统的影响及其性别特异性机制	成年小鼠	神经毒理学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	行为学数据、形态学数据、单细胞测序数据	未明确说明小鼠数量
94	2025-06-14	ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability 2025-Jun-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877 PMID:40505628	研究论文	通过建立包含63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系的生物资源，研究自闭症谱系障碍(ASD)的细胞类型特异性共同特征	建立了首个包含63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系的ASD遗传模型资源库，并发现神经元中翻译终止和NMD核心成员Upf3b表达减少的共同表型	研究主要基于小鼠模型，与人类ASD可能存在差异	理解ASD的细胞类型特异性病理机制	63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	小鼠胚胎干细胞模型	基因表达数据	63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系，其中12个代表性细胞系进行神经分化分析
95	2025-06-14	Two types of regenerative cell populations appear in acute liver injury 2025-Jun-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102503 PMID:40345206	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究发现急性肝损伤中同时出现两种不同的再生细胞群	揭示了在急性肝损伤中同时出现两种形态、分化、定位、增殖速率和信号响应显著不同的再生细胞群，其中一种群体与坏死组织接触后诱导产生，具有更高的增殖能力和去分化特征	研究基于公开的小鼠数据，可能无法完全反映人类临床情况	探究急性肝损伤中的肝再生机制	对乙酰氨基酚处理的小鼠肝脏再生过程	生物医学	肝病	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	公开可用的对乙酰氨基酚处理小鼠数据
96	2025-06-14	Impact of HLA alloimmunization on clinical outcomes of severe aplastic anemia treated with immunosuppressive therapy 2025-Jun-10, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015301 PMID:40085951	研究论文	研究HLA同种免疫对接受免疫抑制治疗的严重再生障碍性贫血患者临床结果的影响	首次在大规模患者队列中研究HLA同种免疫与疾病结果的相关性，并使用单细胞RNA测序揭示免疫系统激活机制	研究基于观察性数据，无法确定因果关系	探讨HLA同种免疫对严重再生障碍性贫血患者预后的影响	444名接受免疫抑制治疗的严重再生障碍性贫血患者	血液病学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	444名患者（其中99名存在HLA同种免疫）
97	2025-06-14	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2025-Jun-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.05.004 PMID:40449485	research paper	该研究探讨了抗体Fab和Fc特征在促进结核分枝杆菌限制中的作用	研究发现抗体介导的结核分枝杆菌限制与组织水平免疫反应的重组相关，并依赖于抗体Fab和Fc的合作	研究机制仍不完全清楚，且仅在动物模型中进行验证	探究抗体在结核分枝杆菌控制中的作用机制	结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）	免疫学	结核病（tuberculosis, TB）	单克隆抗体筛选、Fc变体优化、单细胞转录组学	NA	生物分子数据	小鼠模型
98	2025-06-14	Multi-omics analysis of tumor necrosis factor superfamily 4 reveals its prognostic value with T cell exhaustion feature in cancer 2025-Jun-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02666-1 PMID:40493100	研究论文	通过多组学分析探讨肿瘤坏死因子超家族4（TNFSF4）在癌症中的预后价值及其与T细胞耗竭特征的关系	首次在泛癌水平上系统研究了TNFSF4的生物学功能及其与免疫治疗反应的关系	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证	探索TNFSF4在癌症进展和免疫调节中的作用	多种癌症类型及其相关临床数据	生物信息学	癌症	RNA-seq、免疫组化、单细胞RNA-seq	Cox回归模型、基因集富集分析（GSEA）	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库中的多种癌症样本及GEO数据库中的免疫治疗队列
99	2025-06-14	A single-cell RNA-seq dataset of synovial fluid from rheumatoid arthritis treated with TNF-α/JAK inhibitor 2025-Jun-10, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05339-4 PMID:40494845	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了类风湿关节炎患者滑膜液在TNF-α和JAK抑制剂治疗前后的细胞组成、分子信号通路和功能特性	首次提供了TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜液细胞的单细胞水平影响数据，填补了该领域的研究空白	研究仅针对滑膜液样本，未包括滑膜组织等其他相关组织的分析	探索TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎的治疗机制，推动精准医疗发展	接受tofacitinib或adalimumab治疗的类风湿关节炎患者的滑膜液样本	数字病理学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	100,387个高质量细胞
100	2025-06-14	Multi-omics analysis of canine aging markers and evaluation of stem cell intervention 2025-Jun-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08333-z PMID:40494876	研究论文	通过多组学技术分析犬类衰老标志物并评估干细胞干预效果	鉴定出9个与衰老相关的细胞群和9个跨物种保守的CD8+ T细胞衰老特异性标志物，开发了针对衰老犬的定制代谢评估系统和基于血液的评估框架，并证明过表达NMNAT1的间充质干细胞可延缓或逆转犬类衰老	NA	揭示衰老的分子机制并探索干细胞干预在延缓衰老中的应用	不同年龄段的犬类	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序、多组学技术	NA	RNA测序数据、蛋白质数据、代谢数据	NA