单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-23	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-May, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	research paper	该研究利用空间转录组学探索了主动和被动Aβ免疫在阿尔茨海默病大脑中的作用机制	揭示了不同免疫方法下小胶质细胞状态的差异及其与Aβ清除的关系，发现了TREM2和APOE的上调与抗体反应和Aβ清除的正相关性	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	探究免疫疗法在阿尔茨海默病中清除Aβ的分子机制	接受主动和被动Aβ免疫的阿尔茨海默病患者、未免疫患者及神经健康对照者	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明
82	2025-05-23	Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08727-3 PMID:40108456	研究论文	该研究通过分析小鼠和人类肺部的组织学特征，揭示了抗纤维化因子在纤维化过程中的作用	首次绘制了肺部纤维化过程中基质变化的时空图谱，并鉴定了促进纤维化和抗纤维化的成纤维细胞亚型	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肺部纤维化过程中基质重塑的分子机制	小鼠和人类肺部组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序、空间转录组分析	NA	组织学图像、转录组数据	小鼠模型和人类特发性肺纤维化样本
83	2025-05-23	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	research paper	本文介绍了一种名为gsMap的方法，通过整合空间转录组数据和全基因组关联研究的摘要统计，以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状（包括疾病）	提出了一种新方法gsMap，能够以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状，揭示了与精神分裂症相关的谷氨酸能神经元的空间分布更接近于认知性状而非情绪性状	研究主要基于胚胎空间转录组数据集，可能无法完全代表成年组织的复杂性	开发一种方法，用于空间解析地映射与人类复杂性状相关的细胞	人类复杂性状相关的细胞，特别是精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究	gsMap	空间转录组数据, 基因组关联研究摘要统计	覆盖25个器官的胚胎空间转录组数据集
84	2025-05-23	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals a Stereoscopic Response of Rice Leaf Cells to Magnaporthe oryzae Infection 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416846 PMID:40123572	research paper	该研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的三维响应	首次构建了水稻叶片的单细胞转录组图谱，揭示了细胞特异性和多维度的免疫响应	NA	研究水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的免疫响应机制	水稻叶片细胞	植物病理学	稻瘟病	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	236708个单细胞转录组
85	2025-05-23	Halofuginone Disrupted Collagen Deposition via mTOR-eIF2α-ATF4 Axis to Enhance Chemosensitivity in Ovarian Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416523 PMID:40126173	research paper	该研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）与细胞外基质（ECM）之间的相互作用如何影响卵巢癌的进展、转移和治疗抵抗，并发现Halofuginone（HF）通过mTOR-eIF2α-ATF4轴抑制COL1A1产生，从而增强化疗敏感性	首次发现HF通过mTOR-eIF2α-ATF4轴抑制COL1A1产生，并揭示了其通过破坏胶原沉积和促进CD8+ T细胞浸润增强化疗敏感性的机制	研究主要基于单细胞RNA-seq数据，缺乏体内实验验证	探索靶向ECM重塑以增强卵巢癌化疗敏感性的策略	卵巢癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和细胞外基质（ECM）	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA-seq（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
86	2025-05-23	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了蛋白质精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在内皮细胞中的作用，特别是在慢性阻塞性肺病（COPD）发病机制中的角色	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	PRMT1在其他细胞类型中的作用及其在COPD中的具体机制仍需进一步研究	探究PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞和慢性阻塞性肺病（COPD）	生物医学	慢性阻塞性肺病（COPD）	RNA测序（bulk RNA sequencing和single-cell RNA sequencing）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了小鼠模型和肺内皮细胞
87	2025-05-23	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-May-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试以调整治疗方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试点研究，样本量较小（19例患者）	评估基于PDOs的NAC在BRPC患者中的临床疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq分析	NA	临床数据和转录组数据	19例符合条件的BRPC患者
88	2025-05-23	KLRG1 identifies regulatory T cells with mitochondrial alterations that accumulate with aging 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00855-9 PMID:40307497	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，提出了一种流式细胞术面板，用于识别小鼠中与年龄相关的T细胞亚群，并评估了这些亚群的线粒体和衰老标志物	发现了一种表达KLRG1的调节性T细胞亚群，该亚群随年龄增长在人和小鼠中积累，并表现出线粒体改变等衰老特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探究与年龄相关的T细胞亚群在衰老过程中的作用	CD4 T细胞亚群	免疫学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞数据	小鼠和人类样本（具体数量未明确说明）
89	2025-05-23	Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00857-7 PMID:40325195	research paper	该研究开发了一种名为FiNi-seq的方法，通过利用组织的物理特性富集与衰老相关的纤维化微环境，并进行单细胞RNA测序和单核ATAC测序分析，以探索衰老初期微环境	开发了FiNi-seq方法，利用组织对酶消化的抵抗性选择性富集纤维化微环境，实现了准空间分析，并发现了具有衰老表型的Wif1和Smoc1产生的间充质细胞群	由于衰老细胞稀少和当前组学工具的技术偏差，衰老细胞群在一般分析流程中常被忽略	探索衰老初期微环境中的细胞特性和多样性及其对组织微环境的影响	年轻和年老雄性小鼠的肝脏	digital pathology	geriatric disease	single-cell RNA sequencing, single-nuclei ATAC sequencing (ATAC-seq), fibrotic niche enrichment sequencing (FiNi-seq)	NA	RNA-seq, ATAC-seq	年轻和年老雄性小鼠的肝脏样本
90	2025-05-23	Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01441-z PMID:39779909	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞RNA测序分析，揭示了DN3和DN4胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的G2M细胞周期检查点，并发现GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞存活及TCRα/β库多样性的影响	发现了GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞在V(D)J重组过程中存活的关键作用，以及这一过程对TCRα/β库多样性的影响	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证	探究胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的细胞周期检查点和存活机制	小鼠DN3和DN4胸腺细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	个体分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞
91	2025-05-23	Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70591 PMID:40391581	研究论文	通过多组学分析铜代谢相关分子亚型，构建结肠腺癌预后风险分层模型	首次结合铜代谢相关基因（CMRG）构建结肠腺癌预后风险模型，并通过单细胞测序揭示CMRG在肿瘤微环境中的空间和细胞分布	研究主要基于TCGA和GEO数据库，需要进一步临床样本验证	探究铜代谢在结肠腺癌进展中的作用并寻找潜在治疗靶点	结肠腺癌（COAD）	生物信息学	结肠癌	多组学分析、单细胞测序、western blot、PCR、siRNA、集落形成实验、Transwell实验	CMRG-based风险模型	基因组数据、转录组数据	TCGA和GEO数据库样本
92	2025-05-23	Single-Cell RNA and Transcriptome Sequencing to Analyze the Role of Lactate Metabolism in Traumatic Brain Injury Astrocytes 2025-May, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70428 PMID:40395067	research paper	通过单细胞RNA和转录组测序分析乳酸代谢在创伤性脑损伤（TBI）星形胶质细胞中的作用	首次在单细胞水平上研究了TBI后乳酸代谢在星形胶质细胞中的角色，并识别出Ndufb9和Cox8a作为关键基因	研究仅使用了小鼠模型，结果可能需要进一步在人类样本中验证	探索TBI后乳酸代谢在脑细胞中的作用	10周龄雄性C57BL/6J小鼠的额叶皮层组织	digital pathology	traumatic brain injury	scRNA-seq, transcriptome sequencing	NA	RNA-seq data	小鼠模型，具体数量未明确说明
93	2025-05-23	SOX4 as a Key Oncogene Driving Tumor Invasion in Retinoblastoma 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.24 PMID:40402518	研究论文	本研究探讨了SOX4在视网膜母细胞瘤（RB）侵袭中的作用及其潜在的致癌途径	揭示了SOX4在RB侵袭中的关键作用，并发现其通过调控Wnt/β-catenin和cyclin D1信号通路促进肿瘤侵袭	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本的验证可能不足	探索SOX4在RB侵袭中的作用及其分子机制	人类视网膜、眼内RB和眼外RB样本，以及RB细胞系（Y79, WERI-RB1）	肿瘤学	视网膜母细胞瘤	RNA-seq, scRNA-seq, siRNA介导的敲除	正交异种移植模型	RNA测序数据	人类视网膜、眼内RB和眼外RB样本，以及两种RB细胞系
94	2025-05-23	Distinct Transcriptomic Profiles of Cultured Anterior and Posterior Populations of Human Infant Scleral Fibroblasts: Including Dopamine Receptors 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.29 PMID:40402520	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了婴儿巩膜成纤维细胞前后亚群的转录组差异，并探讨了多巴胺受体在巩膜重塑中的调控作用	首次全面描绘了婴儿巩膜成纤维细胞的转录组特征，揭示了前后亚群的异质性，并阐明了多巴胺受体活性在巩膜重塑中的调控机制	研究仅针对2岁以下婴儿样本，结果可能无法推广至其他年龄段人群	探究巩膜成纤维细胞的异质性及其在多巴胺信号调控下的分子机制	婴儿巩膜成纤维细胞（前部、赤道部、后部）	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq（10x Genomics平台）	NA	单细胞转录组数据	3个月至2岁婴儿的巩膜成纤维细胞
95	2025-05-23	Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury 2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401475R PMID:40270323	研究论文	本研究探讨了Lipoxin A4 (LxA)通过FPR2/NRF2信号通路减轻肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤(IRI)中的作用	首次揭示了LxA/FPR2信号通过NRF2依赖的途径减轻肺泡上皮细胞铁死亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，在人体中的效果需要进一步验证	探究LxA是否能够通过FPR2/NRF2通路保护肺组织免受IRI引起的铁死亡	肺泡II型上皮细胞(ATII cells)	呼吸系统疾病	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序	小鼠肺缺血再灌注模型和原位肺移植模型	基因表达数据、氧化脂质水平数据	C57BL/6野生型小鼠、Fpr2和Nrf2敲除小鼠、人肺移植患者组织样本
96	2025-05-23	An integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq data revealed metastasis-related regulators as prognostic indicators in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-482 PMID:40400936	research paper	通过整合scRNA-seq和RNA-seq数据，开发了一个预测肺腺癌患者预后的创新模型	整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于13个特征基因表达水平的预后模型	未提及样本量是否足够大以验证模型的普遍适用性	开发一个预测肺腺癌（LUAD）患者预后的列线图	肺腺癌（LUAD）患者	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, RNA-seq, WGCNA	prognostic model	RNA sequencing data	NA
97	2025-05-23	Single-cell analysis and machine learning-based integration develop an immune-responsive signature of antigen-presenting cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2024-2015 PMID:40400942	研究论文	该研究通过单细胞分析和机器学习整合，开发了一种与抗原呈递癌症相关成纤维细胞（apCAFs）相关的免疫响应特征，用于预测肺腺癌（LUAD）中免疫检查点抑制剂（ICIs）的疗效	发现了一种新的具有巨噬细胞样特征的apCAFs亚群，与ICIs的有利反应相关，并开发了基于机器学习的预测特征	apCAFs的丰度在个体间存在差异，可能影响预测特征的普适性	探索与ICIs疗效相关的CAF亚群，并开发预测ICIs反应的生物标志物	肺腺癌（LUAD）样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、bulk RNA测序	机器学习	RNA测序数据	多个LUAD数据集（具体样本数量未明确说明）
98	2025-05-23	Vagal Sensory Gut-Brain Pathways That Control Eating-Satiety and Beyond 2025-Apr, Comprehensive Physiology IF:4.2Q1 DOI:10.1002/cph4.70010 PMID:40229922	review	本文综述了迷走神经在肠道与大脑之间传递信息的多重作用，挑战了其仅作为饱腹感信号被动传递者的传统观点	揭示了迷走神经传入神经元（VANs）的多样化亚群、多种感觉模式及其在摄食行为、代谢和认知中的复杂作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或样本量的限制	探讨迷走神经感觉通路在肠道-大脑通信中的多重作用，超越饱腹感信号传递	迷走神经传入神经元（VANs）及其下游大脑回路	神经科学	NA	单细胞转录组学、神经回路映射、功能成像	NA	NA	NA
99	2025-05-23	Single-cell omics technologies - Fundamentals on how to create single-cell looking glasses for reproductive health 2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.041 PMID:40253074	综述	本文回顾了单细胞组学技术在妇科疾病和女性生命周期中的系统性生物适应研究中的应用	探讨了单细胞技术在生殖医学中的最新应用，包括测序和蛋白质组学方法，以及空间转录组学和高维蛋白质组成像	讨论了单细胞技术在数据分析和临床转化中的统计限制和计算挑战	研究单细胞技术在妇科疾病和女性生殖健康中的应用，以开发新的诊断方法和靶向治疗	女性生殖道组织、妊娠及妊娠相关疾病、妇科恶性肿瘤、子宫和卵巢生理及衰老	生物医学	妇科疾病	单细胞测序、蛋白质组学、空间转录组学、高维蛋白质组成像	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	NA
100	2025-05-23	Ophiopogonin C protects against acute lung injury by fatal sepsis through pyroptosis macrophage 2025-Mar-26, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156698 PMID:40397999	research paper	研究探讨了麦冬皂苷C通过抑制巨噬细胞焦亡来对抗致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	揭示了麦冬皂苷C通过抑制DDX3X和NLRP3之间的相互作用来减少巨噬细胞焦亡的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究麦冬皂苷C对致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护作用及机制	小鼠模型和脓毒症患者的单细胞数据	医学研究	急性肺损伤	单细胞RNA测序、分子对接模型	小鼠脓毒症模型	实验数据、单细胞数据	小鼠模型和脓毒症患者的单细胞数据