单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-09	Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06301-5 PMID:40085211	病例报告	通过单细胞转录组测序揭示早期T细胞前体淋巴细胞白血病中成熟浆细胞样树突状细胞增殖的克隆起源	首次报告了与淋巴恶性肿瘤相关的MPDCP病例，并利用单细胞RNA测序技术揭示了T-ALL原始细胞与pDCs之间的转录连续性	需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义	探讨MPDCP在淋巴恶性肿瘤中的存在及其与淋巴细胞分化和发育的潜在联系	一名69岁男性患者，诊断为早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病伴MPDCP	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1例患者
82	2025-06-09	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	research paper	本研究评估了依那西普（一种TNF抑制剂）在老年COVID-19患者中的治疗效果，通过观察性分析同情用药案例，发现依那西普能改善临床指标并缓解自身免疫样表现	首次通过单细胞测序和转录组分析揭示老年COVID-19患者的自身免疫样表现，并证实依那西普通过抑制血小板因子4和TNF-α发挥治疗作用	样本量较小（仅7例接受依那西普治疗的患者），且为观察性研究而非随机对照试验	评估依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果及作用机制	老年COVID-19患者	NA	COVID-19	单细胞测序, 转录组分析, 分子对接	NA	临床指标数据, 单细胞测序数据, 转录组数据	7例接受依那西普治疗的COVID-19患者和2例未感染个体
83	2025-06-09	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	research paper	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇，并构建了一个风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者的不良预后与免疫微环境及治疗反应的关系，并通过单细胞RNA测序发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索LMRGs与DLBCL预后及免疫微环境的关系，构建风险预后模型	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	digital pathology	lymphoma	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的样本
84	2025-06-09	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	研究论文	本研究探讨了HCK在小鼠慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的作用机制	揭示了HCK作为非传统T细胞轴顶端调节因子在COPD中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需验证	阐明HCK在COPD发病机制中的作用	基因靶向小鼠模型	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	基因靶向技术、骨髓嵌合体、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	实验数据	未明确说明具体样本数量
85	2025-06-09	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析ICM中巨噬细胞自噬相关生物标志物，鉴定出6个具有诊断意义的hub基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的生物标志物及其相关通路	缺血性心肌病患者和大鼠模型的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	两个公共数据集(GSE46224和GSE116250)和大鼠模型
86	2025-06-09	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	该研究通过单细胞RNA和TCR库分析，识别了病毒特异性T细胞的标记物	发现了7个上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，并验证了其在早期分离病毒抗原反应性T细胞中的准确性	研究样本来自健康供体，未在患者群体中验证标记物的适用性	识别用于抗原特异性T细胞鉴定的生物标记物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞和CD3/CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析	NA	RNA测序数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞
87	2025-06-09	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	研究论文	本研究通过整合多组数据集和可解释的机器学习方法，揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）诊断、分型和免疫微环境重塑中的关键作用	首次将PANoptosis（一种由细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡协同作用的过程）与NAFLD的诊断和分型联系起来，并构建了高准确度的诊断模型（AUC=0.976）	研究依赖于现有数据集，可能未涵盖所有NAFLD亚型的多样性	探索PANoptosis在NAFLD中的诊断价值和治疗潜力	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者	机器学习	非酒精性脂肪肝病	可解释机器学习、单细胞测序、分子对接	诊断模型	基因表达数据、单细胞数据	多个数据集整合（具体样本数未明确说明）
88	2025-06-09	M-band wavelet-based multi-view clustering of cells 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013060 PMID:40408513	研究论文	本文提出了一种基于M-band小波的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据多视图聚类方法(WMC)，用于细胞类型、身份和功能状态的多视图聚类	该方法首次将M-band小波分析与UMAP相结合应用于scRNA-seq数据，能够以高分辨率发现稀有细胞类型	未提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性	开发新的scRNA-seq数据分析方法以提高细胞类型鉴别的分辨率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	小波分析, UMAP	基因表达数据	一组单细胞测序数据集(未说明具体数量)
89	2025-06-09	The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70347 PMID:40462502	研究论文	本文研究了去泛素化酶OTUD3通过稳定PLK1表达，减少脑缺血再灌注诱导的铁死亡，从而发挥神经保护作用的机制	首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床样本中验证	探究OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	小鼠神经元、原代皮层神经元	神经科学	脑缺血	免疫共沉淀-质谱分析、单细胞测序、氧糖剥夺模型(OGD/R)	小鼠脑缺血再灌注模型	蛋白质表达数据、测序数据	NA
90	2025-06-09	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	介绍了一种名为ScInfeR的高效方法，用于在单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学中注释细胞类型和亚型	ScInfeR是一种基于图的细胞类型注释方法，结合了scRNA-seq参考和标记集的信息，采用层次化框架和图形神经网络的消息传递层来准确识别细胞亚型，支持跨scRNA-seq、scATAC-seq和空间组学数据集的细胞注释	NA	解决单细胞和空间组学分析中细胞类型注释的主要挑战	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）和空间转录组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间组学	图神经网络（GNN）	单细胞RNA测序数据、ATAC测序数据、空间组学数据	多个图谱规模的scRNA-seq、scATAC-seq和空间数据集，包含329种细胞类型、2497个基因标记和28种组织类型
91	2025-06-09	Ectopic Expansion of Pulmonary Vasculature in Fibrotic Lung Disease and Lung Adenocarcinoma Marked by Proangiogenic COL15A1+ Endothelial Cells 2025-Apr, Pulmonary circulation IF:2.2Q3 DOI:10.1002/pul2.70102 PMID:40463493	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了多种进行性间质性肺疾病（ILD）和非小细胞肺癌（NSCLC）中血管内皮细胞（EC）群体的共同和独特特征	识别了在ILD和NSCLC中扩展的两种EC亚型'Bronch-1'和'Bronch-2'，并发现支气管循环的扩张是ILD和NSCLC中血管细胞组成的最显著变化之一	样本量相对较小，特别是NSCLC样本仅有8例	比较多种肺疾病中血管内皮细胞群体的特征，探索支气管血管在疾病进展中的作用	健康肺组织、间质性肺疾病（ILD）、慢性阻塞性肺疾病（COPD）和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	digital pathology	lung cancer, idiopathic pulmonary fibrosis	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	健康肺组织59例，ILD 97例，COPD 22例，NSCLC 8例
92	2025-06-09	The end of the genetic paradigm of cancer 2025-Mar, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003052 PMID:40100793	评论	本文挑战了癌症作为‘遗传疾病’的传统观点，探讨了基因组测序和单细胞转录组学发现的不一致之处	提出了超越遗传因果关系的观点，强调细胞状态动态和组织场在解释癌症数据不一致中的作用	未提供具体实验数据支持新理论，主要基于理论讨论	探讨癌症发病机制的非遗传因素，挑战体细胞突变理论(SMT)的局限性	癌症组织和正常组织的基因组测序数据	基因组学	癌症	基因组测序, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
93	2025-06-09	Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621867 PMID:39574747	research paper	该论文提出了一种名为spoon的统计框架，用于解决空间分辨转录组学数据中的均值-方差关系问题，以更准确地识别空间变异基因（SVGs）	使用Empirical Bayes技术消除技术偏差（均值-方差关系），从而更准确地优先排序SVGs	NA	解决空间分辨转录组学数据中的均值-方差关系问题，提高SVGs识别的准确性	空间分辨转录组学数据	生物信息学	NA	Empirical Bayes技术	NA	空间转录组学数据	模拟和真实空间转录组学数据
94	2025-06-09	Machine learning for the identification of neoantigen-reactive CD8 + T cells in gastrointestinal cancer using single-cell sequencing 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02737-0 PMID:38849478	研究论文	本研究开发了一种基于机器学习的26基因模型，用于从单细胞转录组中识别胃肠道癌症中的新抗原反应性CD8+T细胞	利用机器学习模型快速识别新抗原反应性T细胞及其T细胞受体，克服了传统方法耗时且复杂的缺点	NA	开发一种高效识别新抗原反应性T细胞的方法，以促进癌症免疫治疗	胃肠道癌症患者肿瘤浸润的新抗原反应性CD8+T细胞	机器学习	胃肠道癌症	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	数千个肿瘤浸润淋巴细胞
95	2025-06-09	Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs 2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66231 PMID:38345255	研究论文	本文介绍了从造血器官中分离高质量基质细胞的分步协议，适用于生成高质量单细胞多组学数据集	提供了针对小鼠和人类胸腺以及小鼠骨骼和骨髓的基质细胞分离协议，讨论了样本消化、造血谱系耗竭、FACS分析/分选等因素对单细胞测序兼容性的影响	未提及具体样本量或实验重复次数	开发从造血器官中分离高质量基质细胞的标准化方法	小鼠和人类胸腺、小鼠骨骼和骨髓中的基质细胞	单细胞测序	NA	单细胞测序、FACS分析/分选	NA	单细胞多组学数据	NA
96	2025-06-09	Analysis of community connectivity in spatial transcriptomics data 2024, Frontiers in applied mathematics and statistics IF:1.3Q3 DOI:10.3389/fams.2024.1403901 PMID:40475302	研究论文	本文提出了一种名为BANYAN的贝叶斯多层网络模型，用于分析空间转录组数据中的社区连通性	首次提出了社区连通性分析（ACC），填补了现有计算工具在分析细胞群落间相似性方面的空白	NA	开发一种能够表征空间转录组数据中细胞群落连通性的计算方法	空间转录组数据中的细胞群落	空间转录组学	黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌、小细胞肺癌	10× Visium、NanoString CosMx	贝叶斯多层网络模型（BANYAN）	空间转录组数据	小鼠脑部HST数据、黑色素瘤脑转移和浸润性导管癌的10× Visium数据、人小细胞肺癌的NanoString CosMx数据
97	2025-06-09	Feasibility of whole RNA sequencing from single-cell mRNA amplification 2013, Genetics research international DOI:10.1155/2013/724124 PMID:24455282	research paper	探讨单细胞RNA测序技术在基因组医学中的可行性	展示了单细胞RNA测序技术在检测基因剪接和高通量基因表达分析中的能力，相比差异显示技术能检测到更多的基因	灵敏度为76%，特异性为55%，且存在部分基因表达缺失（2/8基因）	评估单细胞RNA测序技术在基因组医学中的应用潜力	单细胞RNA测序技术及其在肿瘤和遗传疾病诊断中的应用	基因组学	肿瘤和遗传疾病	RNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
98	2025-06-08	Habitual Exercise Modulates Neuroimmune Interaction to Mitigate Aortic Stiffness 2025-Jun-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325656 PMID:40304034	research paper	研究探讨了习惯性运动如何通过调节神经免疫相互作用来减轻主动脉硬化	揭示了运动通过调节交感神经与免疫细胞的相互作用减轻主动脉硬化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究运动对主动脉硬化中神经免疫相互作用的调节作用	C57BL/6小鼠	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序，免疫组化，基因敲除	小鼠模型	基因表达数据，免疫组化数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6小鼠进行实验
99	2025-06-08	Dissection of the immune landscape in psoriatic arthritis defines immunoproteasome up-regulation in treatment resistance 2025-Jun-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adu0284 PMID:40478933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者的滑液免疫景观，揭示了治疗抵抗性患者中免疫蛋白酶体和MHC I类基因表达上调的现象	首次在治疗抵抗性银屑病关节炎患者中发现免疫蛋白酶体和MHC I类基因表达上调，并通过体内外实验验证了选择性免疫蛋白酶体抑制剂的治疗效果	样本量相对较小（41例PsA患者和9例OA对照），且研究结果需要在更大规模队列中验证	探索银屑病关节炎治疗抵抗性的免疫学机制并寻找新的治疗靶点	银屑病关节炎患者和骨关节炎对照患者的滑液免疫细胞	免疫学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	41例银屑病关节炎患者和9例骨关节炎对照
100	2025-06-08	Deficient FANCL Predisposes Endothelial Damage: A New Therapeutic Target for Pulmonary Hypertension 2025-Jun-06, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 PMID:40479584	research paper	该研究探讨了FANCL缺陷与肺动脉高压（PAH）之间的关系，并提出了FANCL作为治疗PAH的新靶点	首次揭示了FANCL缺陷通过DNA损伤和BMP/TGF-β信号通路失衡促进PAH的机制，并提出了基因补充和药物干预的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，临床转化仍需进一步验证	阐明FA通路、DNA损伤与PAH之间的相互作用机制	FANCL基因缺陷小鼠模型、PAH患者肺组织和肺动脉内皮细胞、野生成年小鼠肺微血管内皮细胞	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、腺相关病毒介导的基因过表达	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞功能实验数据	临床PAH患者样本、小鼠模型和体外培养细胞