单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-08-10	CYBB as a potential therapeutic target through influencing ferroptosis and macrophage in ovarian cancer 2025-Aug-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02891-8 PMID:40782134	研究论文	本研究探讨了CYBB基因在卵巢癌中通过调节铁死亡和巨噬细胞浸润的作用及其机制	首次发现CYBB基因在卵巢癌中通过调节巨噬细胞极化和铁死亡发挥关键作用，并验证其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CYBB基因在卵巢癌进展中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	卵巢癌相关基因CYBB及其对巨噬细胞和铁死亡的影响	肿瘤免疫学	卵巢癌	生物信息学分析、单细胞测序、体外细胞实验	TAMs共培养模型	基因表达数据、单细胞测序数据	4410个免疫相关卵巢基因和483个铁死亡相关基因
82	2025-08-10	Single cell approaches define the murine leptomeninges:cortical brain interface as a distinct cellular neighborhood comprised of neural and nonneural cell types 2025-Aug-08, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0046-25.2025 PMID:40780964	研究论文	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，描述了成年小鼠皮层界面屏障的细胞组成及其相互作用	首次定义了皮层界面屏障由三种主要细胞类型组成，并揭示了这些细胞间的生长因子mRNA富集及相互作用机制	研究仅限于成年小鼠模型，人类或其他物种的适用性尚不明确	阐明大脑表面与相邻脑膜之间界面屏障的细胞组成及其调控机制	成年小鼠皮层界面屏障的细胞类型	神经科学	NA	scRNA-seq, 单细胞空间转录组学, 形态学谱系追踪, 免疫染色	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	成年小鼠皮层组织
83	2025-08-10	Durable B-Cell Impairment While Sparing IgA B Cells After Ocrelizumab Therapy in Multiple Sclerosis 2025-Aug-08, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.70135 PMID:40781066	research paper	该研究评估了多发性硬化症患者在ocrelizumab治疗前、治疗期间及治疗停止15个月后的早期B细胞谱变化	揭示了ocrelizumab治疗期间部分保留记忆IgA B细胞的现象，并发现治疗后重新出现的B细胞主要为具有炎症和迁移表型的幼稚B细胞	样本量较小，特别是治疗停止后仅分析了3名患者的数据	探究ocrelizumab在多发性硬化症中的作用机制及疾病病理生理学	早期未经治疗的多发性硬化症患者和健康志愿者	免疫学	多发性硬化症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞表型数据、基因表达数据	18名多发性硬化症患者和10名健康志愿者，其中3名患者在治疗停止后进行了进一步分析
84	2025-08-10	SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors 2025-Aug-08, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-01006-0 PMID:40781193	研究论文	本文介绍了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程，用于分析多发性骨髓瘤及其前体中的循环肿瘤细胞（CTCs）	开发了SWIFT-seq单细胞测序工作流程，能够对少量肿瘤细胞进行全面的转录组分析，并提出了基于测序的CTC计数策略和CTC分类器	未明确提及具体局限性	推进基于血液的多发性骨髓瘤诊断、监测和预后评估，并揭示肿瘤扩散的生物学机制	多发性骨髓瘤及其前体中的循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，B细胞受体测序	CTC分类器	单细胞转录组数据	101名患者和健康捐赠者的配对骨髓和CTC样本
85	2025-08-10	LSGI: interpretable spatial gradient analysis for spatial transcriptomics data 2025-Aug-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03716-1 PMID:40781324	research paper	介绍了一种名为LSGI的计算框架，用于从空间转录组数据中系统识别具有显著且可解释的空间转录组梯度的空间位置	提出了一种新的计算框架LSGI，能够系统地识别和解释空间转录组梯度，揭示了肿瘤生物学中的新见解	未提及具体的样本量或数据集的多样性限制	研究空间转录组梯度在肿瘤异质性中的作用	肿瘤空间转录组数据	digital pathology	肿瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
86	2025-08-10	Combining single-cell and bulk RNA sequencing to identify CAF-related signature for prognostic prediction and treatment response in patients with melanoma 2025-Aug-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14979-w PMID:40781483	研究论文	结合单细胞和批量RNA测序技术，识别与癌症相关成纤维细胞（CAF）相关的特征，用于黑色素瘤患者的预后预测和治疗反应评估	首次通过单细胞RNA测序数据识别黑色素瘤患者中的CAF，并构建了一个28基因的CAF特征模型，该模型在预测生存率和治疗反应方面表现出色	研究依赖于公开数据集和有限的独立验证队列，可能需要更大样本量的进一步验证	探索CAF在黑色素瘤肿瘤微环境中的作用，并开发预后预测模型	黑色素瘤患者和相关的CAF	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）、批量RNA测序、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）、定量PCR（qPCR）	LASSO回归	RNA测序数据、临床样本	TCGA数据集和独立验证队列GSE65904，具体样本数量未明确说明
87	2025-08-10	Targeting immune microenvironment in cervical cancer: current research and advances 2025-Aug-08, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06896-3 PMID:40781691	综述	本文全面探讨了宫颈癌肿瘤免疫微环境（TIME）的细胞和分子组成，包括免疫细胞浸润模式、免疫检查点分子和细胞因子/趋化因子网络	重点介绍了通过高分辨率空间映射和单细胞测序技术理解TIME异质性的最新进展，以及针对不同疾病阶段和治疗方法的差异	NA	旨在提供针对TIME的转化视角，以改善宫颈癌患者的治疗效果	宫颈癌的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	宫颈癌	高分辨率空间映射、单细胞测序	NA	分子和细胞数据	NA
88	2025-08-10	Single-cell transcriptome profiling reveals blast cell heterogeneity and identifies novel therapeutic target IKZF2 in t(8;21) acute myeloid leukaemia 2025-Aug-08, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.70077 PMID:40781784	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了t(8;21)急性髓系白血病中的白血病细胞异质性，并鉴定出IKZF2作为潜在治疗靶点	首次在单细胞水平上揭示了t(8;21)AML的白血病细胞异质性，并发现IKZF2是调控HSC样亚群的主调控因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证IKZF2的临床治疗潜力	探索t(8;21)急性髓系白血病的细胞异质性并寻找新的治疗靶点	t(8;21)急性髓系白血病患者样本和小鼠模型	单细胞组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，包括患者原代样本和小鼠模型
89	2025-08-10	Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids 2025-Aug-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041 PMID:40592324	研究论文	本研究通过共分化中胚层和内胚层在同一个球体中，利用诱导多能干细胞（iPSCs）实现了肺和肠道类器官的血管化	利用BMP信号调节内胚层与中胚层的比例，生成具有组织特异性的内皮和上皮祖细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了内皮和间充质的器官特异性基因特征	研究中使用的类器官移植到小鼠体内后的长期效果和功能整合尚未完全阐明	研究人类器官发生和疾病中复杂的细胞间通讯	肺和肠道类器官	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
90	2025-08-10	Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach 2025-Aug-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793 PMID:40691053	研究论文	本研究旨在揭示胃不完全性肠化生（Inc IM）的分子特征、分化潜能及其与胃癌的相关性	揭示了Inc IM具有混合转录组特征和双重谱系潜能，并发现其与胃癌的分子相似性	Inc IM作为胃癌前病变的确切作用仍存在不确定性	阐明Inc IM的分子特征、分化潜能及其致癌相关性	胃不完全性肠化生（Inc IM）和胃癌组织	分子病理学	胃癌	空间转录组学、DNA甲基化分析、染色质可及性分析、单细胞RNA测序	器官样模型	转录组数据、甲基化数据、单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括GIM和GC组织样本
91	2025-08-10	Unlocking the secret of glioblastoma multiforme: the role of lactylation in tumor progression, drug resistance and immune microenvironment 2025-Aug-07, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03933-5 PMID:40770332	研究论文	本研究探讨了乳酸化修饰在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展、替莫唑胺耐药和免疫微环境中的作用，并基于乳酸化相关基因建立了风险预测模型	首次系统研究了乳酸化在GBM中的作用，并基于乳酸化相关基因构建了预后预测模型，为GBM治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于公共数据库的单细胞RNA测序数据，实验验证部分仍需进一步扩大样本量	阐明乳酸化修饰在GBM恶性生物学行为、药物耐药和免疫微环境中的作用机制	胶质母细胞瘤细胞和患者样本	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq、基因敲除、体内外实验	风险预测模型	基因表达数据	公共数据库scRNA-seq数据及实验验证样本
92	2025-08-10	Empagliflozin targeted the immune-related gene PIK3CA in type 2 diabetes mellitus treatment: network pharmacology analysis and experimental evidence 2025-Aug-07, Diabetology & metabolic syndrome IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13098-025-01895-2 PMID:40770763	研究论文	本研究通过网络药理学分析和实验证据探讨了恩格列净在2型糖尿病治疗中通过靶向免疫相关基因PIK3CA的机制	首次揭示了恩格列净通过调节PI3K/AKT信号通路中的PIK3CA基因发挥免疫调节作用的分子机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏临床样本验证	探究恩格列净在2型糖尿病治疗中的免疫相关机制	2型糖尿病相关的免疫机制和恩格列净的药理作用	网络药理学与分子生物学	2型糖尿病	基因表达谱分析、分子对接、单细胞RNA测序、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞RNA测序数据	109个免疫相关差异表达基因(IRDEGs)和RAW264.7巨噬细胞系
93	2025-08-10	Biallelic BRF2 Mutations Disrupt Redox Homeostasis as Etiological Factors in Syndromic Immunodeficiency and Developmental Disorders 2025-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.006 PMID:40781771	研究论文	本研究发现了双等位基因BRF2突变通过破坏氧化还原稳态导致综合征性免疫缺陷和发育障碍的病因学机制	首次建立了BRF2功能障碍与氧化还原稳态破坏之间的致病联系，为相关血液免疫和发育异常提供了机制解释	研究仅基于一个家系病例，样本量有限	阐明BRF2基因突变导致多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷的分子发病机制	携带双等位BRF2变异的家系患者	遗传学	免疫缺陷疾病	全外显子组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	1个家系病例
94	2025-08-10	Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis 2025-Aug-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004 PMID:40340245	研究论文	本研究通过多组学技术探讨了结直肠癌肝转移（CRLM）中关键微观区域的作用，特别是癌症相关成纤维细胞（CAFs）在促进肿瘤进展中的关键角色	发现了SPP1+成纤维细胞在CRLM中的空间区域，揭示了其代谢重编程能力和免疫抑制特性，以及与肿瘤细胞的相互作用	样本量较小（仅2名未治疗CRLM患者的12个新鲜手术样本），可能限制结果的普遍性	为CRLM的诊断和治疗提供分子和代谢水平的见解	结直肠癌肝转移（CRLM）患者的手术样本和冷冻组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）、空间代谢组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、RT-qPCR、非靶向代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据、单细胞RNA测序数据	12个新鲜手术样本（来自2名患者）和92个冷冻组织样本（来自40名患者）
95	2025-08-10	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Aug-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	通过时空转录组学分析R6/2亨廷顿病小鼠脑部的分子模式	整合了10× Genomics Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了区域、时间和细胞类型特异的调控通路	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类亨廷顿病	理解亨廷顿病的发病机制	R6/2亨廷顿病小鼠脑部	转录组学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑部(出生后0天[P0]、4周和12周)
96	2025-08-10	From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data 2025-Aug-06, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898 PMID:40754044	综述	本文综述了一种结合天然产物、人工智能和多组学技术的创新方法，用于治疗心脏肥厚症	结合人工智能和多组学技术，利用天然产物的多靶点药理作用，提出了一种从症状管理转向潜在疾病逆转的精准药物治疗策略	NA	探讨心脏肥厚症的精准药物治疗策略	心脏肥厚症的分子机制和药物治疗	精准医学	心血管疾病	单细胞空间转录组学、机器学习算法	NA	多组学数据	NA
97	2025-08-10	Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 2025-Aug-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101918 PMID:40767624	research paper	该研究通过深度全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）区分了人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态，并识别了与视网膜母细胞瘤发生相关的视锥细胞特异性特征	揭示了以前未解决的视锥细胞前体状态，并提出了早期视锥前体内在表达在视网膜母细胞瘤起始中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有细胞状态或功能	理解人类视锥细胞和视杆细胞发育的差异及其与视网膜母细胞瘤发生的关系	人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态	digital pathology	retinoblastoma	full-length single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq)	NA	RNA-seq data	NA
98	2025-08-10	WGCNA and single-cell analysis reveal ferroptosis-related gene signatures for hepatocellular carcinoma prognosis and therapy 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03335-z PMID:40767898	研究论文	通过WGCNA和单细胞分析揭示铁死亡相关基因特征在肝细胞癌预后和治疗中的作用	首次结合WGCNA和单细胞RNA测序技术分析铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达异质性及其与临床预后的关联	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	探索铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达特征及其临床意义	肝细胞癌患者及其基因表达数据	生物信息学	肝细胞癌	WGCNA, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本
99	2025-08-10	Aging affects reprogramming of pulmonary capillary endothelial cells after lung injury in male mice 2025-Aug-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62431-4 PMID:40769983	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了年轻和老年雄性小鼠在肺损伤后肺毛细血管内皮细胞（PCEC）的转录组变化，探讨了衰老如何影响肺损伤后的再生过程	首次揭示了衰老如何通过改变特定PCEC亚群的转录组特征，干扰肺祖细胞分化过程，从而促进纤维化病理过程	研究仅针对雄性小鼠，未考虑性别差异的影响	探究衰老对肺损伤后组织再生的影响机制	年轻和老年雄性小鼠的肺毛细血管内皮细胞	分子生物学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	年轻和老年雄性小鼠在三个时间点的肺组织样本（纤维化高峰期、再生期和消退期）
100	2025-08-10	The role of cellular heterogeneity in thyroid cancer: a multi-modal analysis approach with Mendelian randomization 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03348-8 PMID:40770155	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，探讨了炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系，并描述了甲状腺癌微环境中的细胞组成和分化轨迹	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，首次揭示了AXIN1_AXIN1表达与甲状腺癌风险的正向因果关系，并详细描述了甲状腺癌微环境中的细胞异质性	研究样本量未明确说明，且仅针对特定炎症蛋白基因进行分析，可能遗漏其他重要基因	探究炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系，并分析甲状腺癌微环境中的细胞异质性	甲状腺癌患者样本	生物医学	甲状腺癌	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	MR Egger, 加权中位数, 逆方差加权, 简单模式, 加权模式	基因表达数据	NA