单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-08-08	Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells 2025-Jul, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70021 PMID:40120139	研究论文	本研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中通过促进效应调节性T细胞（eTregs）分化导致免疫抑制微环境及PD-1阻断治疗抵抗的机制	首次阐明JAG2+ TANs通过Notch信号通路驱动eTregs分化的分子机制，并提出LY3039478（Notch抑制剂）和JAG2中和抗体可逆转PD-1治疗抵抗	研究主要基于HGSOC模型，结论在其他癌症类型中的普适性需进一步验证	解析JAG2+ TANs在HGSOC免疫抑制微环境中的作用机制并探索克服PD-1治疗抵抗的策略	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本（304例）及患者来源肿瘤类器官（PDTOs）	肿瘤免疫学	卵巢癌	多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外共培养系统、荷瘤小鼠模型	PDTO模型、异种移植模型	组织样本、单细胞转录组数据	304例HGSOC样本（含274例队列样本和30例PDTO样本）
82	2025-08-08	Spatial transcriptomic applications in orthopedics 2025-Jul, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2025.2501703 PMID:40347072	综述	本文综述了空间转录组学在骨科研究中的变革性影响，重点解析了肌肉骨骼组织中复杂的基因表达模式	突出了空间转录组学在识别新型细胞群和细胞信号通路方面的创新应用	未明确提及具体限制，但暗示不同方法在分辨率和基因测序数量上存在权衡	探讨空间转录组学在骨科研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜）	数字病理学	骨科疾病	空间转录组学方法（10X Visium, 10X Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	29篇已发表论文涉及的数据
83	2025-08-08	miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08646-3 PMID:40593296	研究论文	本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别了miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素	开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，识别了miR-27b和FN1作为HPV阴性头颈部鳞状细胞癌转移的关键驱动因素，并验证了其在单细胞水平和体外实验中的作用	研究样本量虽大但仍可能存在一定的偏差，且体外实验结果需要在体内进一步验证	探究HPV阴性头颈部鳞状细胞癌转移的调控机制并开发预测模型	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	转录组测序，单细胞RNA-seq	miRNA调控网络模型	RNA-seq数据	333例HPV阴性HNSC肿瘤样本
84	2025-08-08	Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06733-7 PMID:40598539	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习算法，识别与基质硬度相关的HCC分子亚型	首次构建了包含57个基因的基质硬度相关特征，并验证了PPARG在HCC中的关键作用	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证	探索基质硬度在肝细胞癌(HCC)预后和治疗反应中的作用	肝细胞癌(HCC)患者	数字病理学	肝癌	多组学分析、scRNA-seq、空间转录组学	机器学习算法	多组学数据	未明确说明具体样本数量
85	2025-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia 2025-Jul, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01489-y PMID:40610752	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了近视中视网膜神经节细胞的凋亡信号激活及视觉皮层突触重塑	首次揭示了近视中前向跨突触变性(TSD)的作用及其对视网膜神经节细胞凋亡和视觉皮层突触重塑的影响	研究未涉及TSD在近视发展中的具体分子机制	探究近视中前向跨突触变性的作用及其对视网膜和视觉皮层的影响	视网膜神经节细胞和视觉皮层	生物医学	近视	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
86	2025-08-08	Identification of MACF1 as a causative gene of generalised epilepsy 2025-Jun-24, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2025-110699 PMID:40350249	研究论文	该研究通过全外显子测序等方法，发现MACF1基因是全身性癫痫的一个潜在致病基因	首次揭示了MACF1基因与全身性癫痫的关联，并阐明了不同变异类型与不同神经发育表型的基因型-表型关联	样本量较小（仅10例患者），需要更大规模的研究验证	探索MACF1基因在癫痫和神经发育中的作用	来自中国癫痫基因1.0项目的全身性癫痫患者队列	神经遗传学	全身性癫痫	全外显子测序（WES）、单细胞测序	NA	基因组数据、表达谱数据	10例无关患者
87	2025-08-08	Lineage-resolved analysis of embryonic gene expression evolution in C. elegans and C. briggsae 2025-Jun-19, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adu8249 PMID:40536976	研究论文	通过单细胞RNA测序比较秀丽隐杆线虫和布氏隐杆线虫胚胎发育过程中基因表达的进化差异	首次在两种线虫中系统地比较了胚胎发育过程中细胞类型特异性基因表达的进化差异	仅研究了两种线虫，结果可能不适用于其他物种	探究胚胎发育过程中基因表达模式的进化约束	秀丽隐杆线虫(C. elegans)和布氏隐杆线虫(C. briggsae)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing)	NA	基因表达数据	两种线虫的胚胎细胞
88	2025-08-08	Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue 2025-Jun-11, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022 PMID:40513557	研究论文	介绍了一种名为Perturb-Multi的配对成像和测序方法，用于在组织中构建大规模、多模态的基因型-表型图谱	开发了Perturb-Multi平台，结合成像和测序技术，能够在完整哺乳动物组织中进行大规模遗传筛选，并同时测量基因表达谱和亚细胞形态	目前仅在小鼠肝脏中应用，尚未扩展到其他组织或物种	解析组织中基因对细胞和组织表型的遗传控制	小鼠肝脏中的数百种遗传扰动	数字病理学	NA	成像技术、单细胞测序	NA	图像、基因表达数据	数百种遗传扰动的小鼠肝脏样本
89	2025-08-08	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-06, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外方法，用于监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒功能的影响	首次通过单细胞测序揭示了纳米材料对肥大细胞基因表达谱的影响，而传统功能免疫检测未能发现这些效应	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的验证	评估纳米颗粒对肥大细胞功能的影响	肥大细胞	纳米医学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	七种纳米材料（四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料）
90	2025-08-08	Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656486 PMID:40501968	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul区别于其他scRNA-seq分析包的特点在于其易用性、能够分析全长RNA测序数据以进行外显子覆盖和转录本异构体推断，以及支持批次校正	现有分析工具未提供专门的异构体水平分析或可变剪接检测工具	开发一个易于使用的工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
91	2025-08-08	Comprehensive single-cell profiling of T and B cell subsets in mice reveals impacts on memory immune responses in FMDV infection 2025-05, Virology IF:2.8Q3 DOI:10.1016/j.virol.2025.110496 PMID:40090183	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了FMDV感染对小鼠记忆免疫反应的影响	首次全面分析了FMDV感染对T和B细胞亚群的影响，并揭示了Fos相关基因的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究FMDV感染对记忆免疫反应的影响机制	小鼠脾脏中的T和B细胞亚群	免疫学	口蹄疫	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠脾脏细胞
92	2025-08-08	Activated polyreactive B cells are clonally expanded in autoantibody positive and patients with recent-onset type 1 diabetes 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115425 PMID:40117290	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和BCR测序分析了自身反应性B细胞在1型糖尿病中的克隆扩增和基因表达变化	首次揭示了自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者中胰岛抗原反应性B细胞的克隆扩增现象及其多反应性特征	样本量相对有限，且仅分析了外周血中的B细胞而未直接研究胰腺组织中的B细胞	探究1型糖尿病中自身反应性B细胞的作用机制	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的胰岛抗原反应性B细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、BCR测序	NA	单细胞转录组数据、BCR序列数据	包含非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的样本
93	2025-08-08	SIGMAR1 screened by a GPCR-related classifier regulates endoplasmic reticulum stress in bladder cancer 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06393-7 PMID:40211230	研究论文	本研究通过构建GPCR-TME分类器，识别了SIGMAR1作为调控膀胱癌内质网应激的关键因子，并验证了其在肿瘤生长和免疫细胞浸润中的作用	构建了GPCR-TME分类器，首次揭示了SIGMAR1在膀胱癌中调控内质网应激的具体机制及其对预后的影响	研究主要基于公共数据库和体外实验，临床样本验证和机制研究的深度有待进一步加强	探究GPCRs在膀胱癌中的作用机制，特别是SIGMAR1对肿瘤微环境和内质网应激的调控	膀胱癌组织样本、细胞系和裸鼠模型	癌症生物学	膀胱癌	scRNA-seq, WGCNA, GSEA, CIBERSORT, western blotting	GPCR-TME分类器	RNA测序数据、临床病理数据、免疫组化数据	公共数据库中的批量测序数据、单细胞RNA测序数据、免疫治疗反应数据和临床病理特征数据，以及体外实验和裸鼠模型
94	2025-08-08	Single-cell and spatial genomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastases 2025-Apr, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03530-z PMID:40016452	研究论文	本文通过多模态单核RNA和T细胞受体测序、单细胞空间转录组及全基因组测序，研究了非小细胞肺癌脑转移的基因组特征和肿瘤微环境	揭示了脑转移瘤中染色体不稳定性（CIN）的显著特征，并发现了一个在脑转移中显著富集的具有神经样转录程序的癌细胞亚群	研究主要基于治疗初期的NSCLC患者，未涉及治疗后复发的脑转移瘤	探索非小细胞肺癌脑转移的基因组和肿瘤微环境特征	非小细胞肺癌患者的脑转移瘤和原发肿瘤	基因组学	肺癌	单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组测序、全基因组测序、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	4,869名独立患者和12,275名NSCLC患者的新队列
95	2025-08-08	Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608 PMID:39879360	研究论文	提出了一种使用加权集成方法（WEST）增强空间转录组学算法鲁棒性和准确性的协议	利用集成技术提升现有算法的鲁棒性和准确性	未提及具体实验验证结果或性能比较	提升空间转录组学算法的鲁棒性和准确性	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	加权集成方法（WEST）	基因表达数据	NA
96	2025-08-08	A unified framework for cell-type-specific eQTL prioritization by integrating bulk and scRNA-seq data 2025-Feb-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2024.12.018 PMID:39824189	研究论文	本文提出了一个统计框架IBSEP，通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据来增强细胞类型特异性eQTL的优先级排序	IBSEP框架通过分层线性模型整合两种数据类型的汇总统计，克服了各自技术的局限性并利用了各自的优势	scRNA-seq研究受限于较小的样本量和技术限制	提高细胞类型特异性eQTL的优先级排序，以更深入地理解复杂疾病的遗传基础	外周血单个核细胞和大脑皮层数据集	基因组学	复杂疾病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	分层线性模型	RNA-seq数据	未明确说明具体样本量，但包括外周血单个核细胞和大脑皮层数据集
97	2025-08-08	The use of deidentified organ donor testes for research 2025-Feb-06, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70008 PMID:39912553	综述	本文探讨了使用去标识化的人类睾丸捐赠组织进行基础科学研究的方法和意义	强调了使用人类睾丸组织而非动物模型研究人类睾丸发育和功能的必要性，并介绍了相关研究方法	未提及具体研究样本数量或具体技术限制	增进对人类睾丸发育和功能的理解	人类睾丸组织	生殖医学	不育症	单细胞转录组分析、表观基因组分析	NA	组织样本	NA
98	2025-08-08	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025-Feb-05, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	review	本文探讨了灵长类动物大脑进化中星形胶质细胞基因表达的变化及其扩展作用	聚焦于灵长类动物星形胶质细胞基因表达和调控的进化，结合新技术如诱导多能干细胞和单细胞RNA测序	主要基于现有文献综述，缺乏新的实验数据	理解星形胶质细胞在灵长类动物大脑进化中的角色及其与神经退行性疾病的关联	灵长类动物的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病, 帕金森病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
99	2025-08-08	Integrative analysis of polyamine metabolism-related genes in gliomas: implications for prognosis and therapy 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1517557 PMID:40761256	研究论文	本文通过整合分析多胺代谢相关基因在胶质瘤中的作用，构建了一个预后风险模型，并探讨了其对治疗的潜在意义	首次基于多胺代谢相关基因构建了胶质瘤预后风险模型，并系统研究了肿瘤免疫微环境及药物敏感性	研究依赖于公共数据库数据，缺乏前瞻性临床验证	探索多胺代谢相关基因在胶质瘤预后评估和治疗中的潜在价值	胶质瘤患者	生物信息学	胶质瘤	LASSO Cox回归分析、WGCNA、单细胞RNA测序	风险预测模型	mRNA表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的胶质瘤样本
100	2025-08-08	Identification of novel molecular subtypes and construction of a prognostic signature via multi-omics analysis and machine learning in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1590216 PMID:40761262	研究论文	通过多组学分析和机器学习识别肺腺癌的新分子亚型并构建预后特征	应用10种不同的聚类算法识别新的分子亚型，并构建了一个基于多组学和机器学习的预后特征（MO-MLPS），该特征在多个独立数据集中验证并优于49个已发表的预后特征	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和多样性，且体外实验需要进一步在体内验证	增强肺腺癌（LUAD）患者的预后分层	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, 多组学分析, 机器学习	多种机器学习算法	多组学数据, 单细胞RNA测序数据	TCGA-LUAD数据集和六个独立的GEO数据集