单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-10-03	Spatiomolecular mapping reveals anatomical organization of heterogeneous cell types in the human nucleus accumbens 2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.10.675374 PMID:40964296	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，构建了人类伏隔核细胞类型和空间域的空间分子图谱	首次在人类大脑中发现连续的D1和D2中型多棘神经元空间表达梯度，揭示了比传统核心-壳层划分更复杂的组织结构	研究基于10名神经正常成年捐赠者的死后组织样本，样本量相对有限	解析人类伏隔核的细胞多样性和空间组织特征及其与神经精神疾病的关联	人类伏隔核组织中的细胞类型和空间域	空间转录组学	神经精神疾病	空间转录组学、单核RNA测序、分层连锁不平衡评分回归	NA	转录组数据	10名神经正常成年捐赠者的死后伏隔核组织
82	2025-10-03	High Treg and PMN-MDSC densities are a hallmark of tertiary lymphoid structures in fatal cases of cervical cancer 2025-Sep-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012613 PMID:40998518	研究论文	本研究探讨三级淋巴结构在HPV相关宫颈癌中的组成特征及其与患者预后的关系	首次揭示宫颈癌中三级淋巴结构富含Treg和PMN-MDSC的特征，并发现其组成而非数量与患者生存相关	研究样本量有限，且机制研究仍需进一步验证	分析三级淋巴结构在HPV诱导的宫颈癌和头颈鳞癌中的密度、组成及预后影响	宫颈癌和头颈鳞癌患者组织样本	数字病理学	宫颈癌	多重免疫荧光、免疫组织化学、空间转录组学、流式细胞术	NA	组织切片图像、基因表达数据、细胞表型数据	宫颈癌和头颈鳞癌患者组织样本（具体数量未明确说明）
83	2025-10-03	Myasthenia thymus reprograms class-switched B cells into BAFF-dependent survivors 2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.19.677075 PMID:41000735	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示重症肌无力胸腺中B细胞通过BAFF生存信号逃避免疫耐受检查点的新机制	首次发现胸腺中病理性的类别转换B细胞通过上调TNFRSF17转向BAFF依赖的生存机制，绕过正常的抗原特异性选择	研究主要基于人类胸腺样本，需要进一步验证这些机制在外周组织中的存在和功能	探究重症肌无力胸腺中B细胞逃避免疫耐受检查点的生存机制	人类胸腺样本中的B细胞和T滤泡辅助细胞	免疫学	重症肌无力	单细胞RNA测序、V(D)J repertoire分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	237,661个细胞，来自人类胸腺样本
84	2025-10-03	Network dynamics underlying activity-timescale differences between cortical regions 2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.19.677442 PMID:41000864	研究论文	本研究通过整合功能成像和空间转录组学数据，探索了小鼠大脑皮层不同区域在活动时间尺度上的差异及其网络动力学机制	首次将功能成像与空间转录组学数据共同配准，揭示了皮层时间尺度差异的转录调控基础，并通过光遗传学验证了不同皮层区域的网络响应特性	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于其他物种尚需验证	探究大脑皮层不同区域在网络动力学和时间尺度上的差异机制	小鼠大脑皮层，特别是短时间尺度的视觉区域VISp和长时间尺度的前额区域MOs	神经科学	NA	双光子成像、光遗传学、空间转录组学	NA	图像数据、转录组数据	小鼠大脑皮层多个区域
85	2025-10-03	Recent insights in the development and functions of insect hemocytes 2025-Sep-15, Current opinion in insect science IF:5.8Q1 DOI:10.1016/j.cois.2025.101434 PMID:40962030	综述	本文综述了昆虫血细胞发育和功能研究的最新进展	总结了单细胞RNA测序技术在识别血细胞过渡状态和免疫反应变化中的应用，扩展了对固着血细胞功能的理解	NA	探讨昆虫血细胞的个体发育和功能机制	果蝇、蚊子和鳞翅目昆虫的血细胞	昆虫免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
86	2025-10-03	Decoding the Tumor Microenvironment: Insights and New Targets from Single-Cell Sequencing and Spatial Transcriptomics 2025-Sep-09, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47090730 PMID:41020852	综述	本文探讨单细胞测序和空间转录组学技术在解析肿瘤微环境中的应用与进展	整合单细胞测序与空间转录组学技术，在单细胞分辨率下揭示肿瘤微环境的异质性和空间动态	NA	探索肿瘤微环境的分子机制并发现新的治疗靶点	肿瘤微环境中的信号通路和细胞相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序(SCS), 空间转录组学(ST)	NA	基因表达数据, 空间定位数据	NA
87	2025-10-03	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Sep, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本研究评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型表征中的应用效果	利用公开可用的scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例，并评估不同插补方法对反卷积准确性的影响	不同反卷积方法的准确性存在显著差异	开发改进复杂体外模型表征的新方法	基于干细胞的人类肠道类器官CIVM和新生啮齿动物睾丸CIVM	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积方法	NA	基因表达数据	两种复杂体外模型系统
88	2025-10-03	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Sep, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	本研究揭示了在吉西他滨治疗的胰腺导管腺癌中，p53功能获得性突变通过上调uPAR表达促进化疗耐药和癌细胞侵袭的机制	首次发现TP53功能获得性突变通过上调PLAUR/uPAR表达介导胰腺癌化疗耐药和侵袭性增强的具体信号通路	研究主要基于细胞系实验，需要更多体内实验验证；EGFR在uPAR信号通路中的具体作用机制尚未完全阐明	探究p53功能获得性突变在胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移中的分子机制	胰腺导管腺癌细胞系(PANC1和MIA PaCa-2)和人类PDAC单细胞测序数据	癌症生物学	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘	细胞系模型	基因表达数据、单细胞测序数据、临床生存数据	两个胰腺癌细胞系和TCGA数据库中的PDAC患者数据
89	2025-10-03	After the bite: cellular responses to mosquito blood feeding 2025-Sep, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2025.07.018 PMID:40803965	研究论文	通过单细胞转录组学和代谢组学分析埃及伊蚊中肠和脂肪组织在吸血后的细胞反应	首次在单细胞水平系统表征蚊子吸血后中肠和脂肪组织的转录组和代谢组响应，揭示了新型细胞类型和昆虫特异性病毒感染动态	NA	研究蚊子吸血后的细胞水平生理响应机制	埃及伊蚊的中肠和脂肪组织	单细胞组学	虫媒传染病	单细胞转录组学、代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	NA
90	2025-10-03	SMAD1/5-mediated recruitment of the histone demethylase KDM1A controls cell fate programs in embryonic stem cells 2025-Sep, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110591 PMID:40812426	研究论文	本研究揭示了SMAD1/5通过招募组蛋白去甲基化酶KDM1A调控小鼠胚胎干细胞命运程序的新机制	首次发现SMAD1/5通过招募KDM1A介导H3K4me1/2去甲基化，从而抑制特定基因表达的转录抑制机制	SMAD1/5缺失仅引起轻微转录组变化，其具体功能仍需进一步研究	探究SMAD信号通路在小鼠胚胎干细胞命运决定中的作用机制	小鼠胚胎干细胞(mESCs)	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)	Smad1/5双敲除(S1/5 dKO)小鼠胚胎干细胞模型	基因组学数据、转录组数据	野生型和Smad1/5双敲除小鼠胚胎干细胞
91	2025-10-03	Plant metabolism: Zoom in to the single-cell level 2025-Sep-01, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiaf375 PMID:40889291	综述	本文综述了单细胞水平植物代谢研究的最新进展，重点介绍了单细胞多组学技术在揭示代谢物积累模式和调控网络中的应用	强调从单组学向多组学方法的转变，利用单细胞分辨率技术直接可视化和量化代谢物与基因表达	NA	揭示植物代谢在细胞类型水平上的区室化调控机制	模式植物和药用植物中的稀有或特化细胞类型	植物代谢组学	NA	质谱成像、单细胞转录组学、多组学技术	NA	代谢组数据、转录组数据、表观遗传数据	多个模型和药用植物物种的案例研究
92	2025-10-03	Single-Cell Profiling of Pediatric High-Grade Gliomas Reveals OPC-Like Subpopulations Driving Tumorigenic Lineage Transitions 2025-Sep, Pediatric discovery DOI:10.1002/pdi3.70027 PMID:41036308	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示儿童高级别胶质瘤中少突胶质前体细胞样亚群在肿瘤发生和谱系转化中的关键作用	首次在儿童高级别胶质瘤中发现表达EGFR和PDGFRA的OPC样亚群具有肿瘤起源潜力，并揭示其驱动谱系转化的机制	研究排除了婴儿型半球胶质瘤，且样本来源和数量未明确说明	探究儿童高级别胶质瘤的肿瘤微环境特征和肿瘤细胞谱系转化机制	儿童高级别胶质瘤肿瘤细胞，特别是弥漫性中线胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤/胶质瘤	单细胞RNA测序、下一代测序、多重免疫荧光	生物信息学分析（包括Monocle2伪时间轨迹分析等）	单细胞转录组数据	NA
93	2025-10-03	Delving Into the Dialogue between Epigenetic Modifications and Immunometabolism in Cancer 2025-Sep, Advanced genetics (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/ggn2.202500034 PMID:41036475	综述	探讨肿瘤免疫代谢与表观遗传修饰之间的相互作用及其在肿瘤微环境重塑中的作用	整合了肿瘤免疫代谢与表观遗传修饰的交叉对话机制，并探讨新兴技术在解决该领域复杂性中的应用前景	肿瘤微环境的细胞复杂性、动态相互作用和时空异质性对当前研究构成重大挑战	深入理解肿瘤免疫代谢与表观遗传修饰的相互作用机制，推动该领域的机制认知和治疗创新	肿瘤微环境中的免疫细胞和表观遗传调控机制	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序、空间组学、人工智能	NA	多组学数据	NA
94	2025-10-03	TGF-β-Enriched Exosomes from Acute Myeloid Leukemia Activate Smad2/3-MMP2 and ERK1/2 Signaling to Promote Leukemic Cell Proliferation, Migration, and Immune Modulation 2025-Aug-27, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47090690 PMID:41020812	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和外泌体转录组分析，揭示急性髓系白血病来源的TGF-β富集外泌体通过激活Smad2/3-MMP2和ERK1/2信号通路促进白血病进展	首次整合单细胞转录组与外泌体分析，发现AML外泌体通过TGF-β介导的信号通路同时增强白血病侵袭性和免疫微环境重塑的双重作用机制	AML外泌体的精确功能尚未完全阐明，研究样本量有限	探究急性髓系白血病来源外泌体在疾病进展中的具体功能和分子机制	急性髓系白血病患者骨髓样本和外泌体	肿瘤生物学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、功能实验	NA	基因组数据、转录组数据、功能实验数据	AML患者和健康供者的骨髓样本
95	2025-10-03	Profibrotic monocyte-derived alveolar macrophages as a biomarker and therapeutic target in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.07.669006 PMID:40832362	研究论文	本研究探讨了促纤维化单核来源肺泡巨噬细胞在系统性硬化相关间质性肺病中的生物标志物和治疗靶点潜力	首次在SSc-ILD患者中发现MoAM与疾病严重程度相关，并证实其转录组变化与治疗反应相关	样本量较小（仅9例患者），需要更大规模研究验证	探究MoAM在SSc-ILD中的生物标志物价值和治疗靶点潜力	系统性硬化相关间质性肺病患者和健康对照	呼吸病学	系统性硬化相关间质性肺病	流式细胞术、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	支气管肺泡灌洗液、肺组织样本	9例SSc-ILD患者和13例健康对照
96	2025-10-03	Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated With Metastasis Risk in Colorectal Cancer 2025-Aug-11, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100866 PMID:40803647	研究论文	本研究开发了一种基于组织学图像的虚拟RNA推断方法，用于识别结直肠癌转移风险相关的通路	首次利用深度学习模型直接从H&E染色组织图像推断空间转录组水平的分子信息，无需进行昂贵的空间转录组测序	仅凭组织学图像无法完全捕获某些肿瘤相关通路	开发从标准H&E组织图像推断分子信息的方法，以改善结直肠癌的预后评估和疾病管理	结直肠癌患者组织样本	数字病理	结直肠癌	空间转录组学、虚拟RNA推断、深度学习	UNI、ResNet-50、Vision Transformer、Vision Mamba	组织图像、空间转录组数据	45名患者，超过300,000个Visium位点
97	2025-10-03	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	开发并验证了PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪技术，用于在体内高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	结合了单细胞测序和多模态成像方法，能够在保持组织细胞空间结构的同时联合分析细胞状态和谱系关系	NA	表征发育和疾病过程中细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的肿瘤细胞	生物技术	肿瘤转移	prime editing、MERFISH空间转录组分析、单细胞测序	NA	空间转录组数据、成像数据	同基因小鼠肿瘤转移模型
98	2025-10-03	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病供体的胰岛蛋白质差异	首次在人类胰岛中揭示1型糖尿病前期阶段蛋白质组变化特征，发现免疫反应增强与内质网应激和蛋白质翻译减弱并存的现象	样本量较小（mAAb+组n=3，对照组n=3），供体间变异较大限制了统计分析	识别1型糖尿病前期胰岛β细胞功能障碍的分子机制和通路变化	来自nPOD的胰岛自身抗体阳性器官供体（AAb+）和匹配的非糖尿病对照供体的胰岛组织	蛋白质组学	1型糖尿病	激光显微切割，质谱蛋白质组学，无标记定量分析	NA	蛋白质组数据	多抗体阳性供体3例，匹配非糖尿病对照3例
99	2025-10-03	Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis 2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC PMID:39642371	研究论文	本研究揭示了表观遗传调控因子CBX5在肺纤维化过程中通过调控成纤维细胞代谢重编程促进纤维化发展的机制	首次发现CBX5作为表观遗传调控因子连接代谢异常与肺成纤维细胞持续活化状态，并证明靶向CBX5可抑制纤维化发展	研究主要基于体外细胞实验和动物模型，在人体内的实际疗效仍需进一步验证	探究表观遗传调控在肺成纤维细胞代谢重编程和纤维化发展中的作用机制	肺成纤维细胞、IPF肺组织样本、博来霉素诱导的肺损伤模型	分子生物学	肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫组织化学、bulk RNA测序、代谢评估	NA	基因表达数据、代谢数据、组织图像	IPF成纤维细胞、IPF肺组织外植体、动物模型样本
100	2025-10-03	Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated with Metastasis Risk in Colorectal Cancer 2025-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.22.25326170 PMID:40313260	研究论文	本研究开发了一种基于组织学图像的虚拟RNA推断方法，用于识别结直肠癌转移风险相关的通路	首次利用匹配的结直肠癌空间转录组数据集训练模型，直接从H&E染色组织图像推断空间转录组水平的分子信息	仅凭组织学图像无法完全捕获某些肿瘤相关通路	开发从标准H&E组织图像推断空间分子信息的方法，用于结直肠癌转移风险评估	结直肠癌患者组织样本	数字病理	结直肠癌	空间转录组学，H&E染色	UNI, ResNet-50, ViT, VMamba	图像	45名患者，超过300,000个Visium位点