单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-17	High-Viability Circulating Tumor Cells Sorting From Whole Blood at Single Cell Level Using Laser-Induced Forward Transfer-Assisted Microfiltration 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414195 PMID:39868845	研究论文	本研究开发了一种激光诱导前向转移辅助微滤系统（LIFT-AMFS），用于从全血中高效富集和回收高活性的循环肿瘤细胞（CTCs）	采用激光诱导前向转移技术结合双步微滤器设计，实现了高捕获效率和单细胞高存活率	未提及系统在大规模临床应用中的可行性和成本效益	开发一种高效分离和分子分析循环肿瘤细胞的技术，以促进肿瘤转移研究和个性化治疗	循环肿瘤细胞（CTCs）	生物医学工程	肿瘤	激光诱导前向转移（LIFT）、微滤、RNA测序	NA	细胞样本、RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但处理通量可达15.0 mL/min
82	2025-05-17	Dissecting the Spatial and Single-Cell Transcriptomic Architecture of Cancer Stem Cell Niche Driving Tumor Progression in Gastric Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413019 PMID:39950944	研究论文	本研究通过空间和单细胞RNA测序技术，解析了胃癌中癌症干细胞（CSCs）微环境的转录组架构及其在肿瘤进展中的作用	揭示了肿瘤上皮细胞的表型可塑性及从成熟胃主细胞到CSC状态的转录轨迹，发现了iCAFs通过AREG-ERBB2轴促进肿瘤干性和耐药性的新机制	样本量相对较小（32例），且仅关注了胃癌，未涉及其他癌症类型	解析胃癌中CSC微环境的转录组特征及其在肿瘤干性和进展中的作用	人类胃黏膜组织（不同恶性阶段的32例样本）	数字病理学	胃癌	空间和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	32例人类胃黏膜组织
83	2025-05-17	Spatiotemporal Transcriptomic Profiling Reveals the Dynamic Immunological Landscape of Alveolar Echinococcosis 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405914 PMID:39985260	研究论文	该研究通过整合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组技术，揭示了多房棘球蚴感染宿主的时空免疫应答机制	首次提供了多房棘球蚴感染灶的高分辨率空间图谱，并揭示了中性粒细胞、Spp1巨噬细胞和成纤维细胞在疾病进展中的功能作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明宿主对多房棘球蚴的免疫应答机制	感染多房棘球蚴的小鼠肝脏样本	空间转录组学	多房棘球蚴病	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA-seq数据	感染后15个月内多个时间点采集的小鼠肝脏样本
84	2025-05-17	Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413253 PMID:40087815	research paper	该研究揭示了PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65调控巨噬细胞极化的新机制，并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略	发现了NF-κB p65上的新瓜氨酸化位点R171，并开发了针对M1极化巨噬细胞的纳米药物递送系统	研究主要针对PA诱导的急性肺损伤，其他类型的ALI是否适用尚需验证	探索PAD2在巨噬细胞极化中的作用机制并开发靶向治疗策略	Pseudomonas aeruginosa诱导的急性肺损伤中的巨噬细胞	分子医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	未明确说明样本量（动物模型研究）
85	2025-05-17	PLXDC1+ Tumor-Associated Pancreatic Stellate Cells Promote Desmoplastic and Immunosuppressive Niche in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415756 PMID:40091495	research paper	本研究通过RNA测序和ATAC-seq技术分析了胰腺星状细胞（PSCs）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的转录和表观遗传激活，揭示了PSCs的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	首次鉴定了三种常见PSCs（CPSCs）和四种肿瘤相关PSCs（TPSCs），并揭示了PLXDC1 TPSCs在形成促纤维化和免疫抑制微环境中的关键作用	研究主要基于转录组和表观遗传数据，缺乏功能实验验证某些发现的直接机制	探究胰腺星状细胞在胰腺导管腺癌进展和治疗抵抗中的详细功能	胰腺星状细胞（PSCs）和胰腺导管腺癌（PDAC）组织	digital pathology	pancreatic cancer	RNA sequencing, ATAC-seq, single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, in situ sequencing	NA	RNA-seq data, ATAC-seq data, single-cell RNA-seq data, spatial transcriptomics data	来自邻近正常组织和PDAC组织的PSCs样本
86	2025-05-17	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal transcriptional cell lineage heterogeneity in extracranial arteriovenous malformation 2025-May, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.005 PMID:40118698	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示颅外动静脉畸形中转录细胞谱系的异质性	首次在单细胞水平上描绘了颅外动静脉畸形（eAVMs）的分子图谱，鉴定了MAFB+ nidus内皮细胞的存在，并揭示了血管周围细胞和免疫细胞之间的转录变异和失调的细胞间相互作用	样本量较小（9例eAVMs样本和2例非病变组织对照），且空间转录组分析仅在一个eAVM样本上进行	在单细胞水平上生成eAVMs的分子信息概览	颅外动静脉畸形（eAVMs）的组织样本	单细胞转录组学	血管畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq），10x Visium空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	9例eAVMs样本和2例非病变组织对照
87	2025-05-17	DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells 2025-May, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00215-5 PMID:40119174	research paper	该研究通过DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，探讨了COVID-19患者上呼吸道细胞的基因调控变化及其长期影响	揭示了COVID-19急性期DNA甲基化变化与长期转录失调的关联，特别是纤毛功能基因的持续抑制	样本量相对较小（n=19患者，n=14对照），且长期随访样本更少（3个月n=7，12个月n=5）	理解SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制	COVID-19患者和对照组的鼻上皮细胞	分子生物学	COVID-19	DNA甲基化测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，转录组数据	急性期：19例患者（14例scRNA-seq），14例对照（10例scRNA-seq）；随访期：3个月7例，12个月5例；验证队列：15例（感染后6个月）
88	2025-05-17	Neural ensembles that encode nocifensive mechanical and heat pain in mouse spinal cord 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01921-6 PMID:40128392	研究论文	该研究通过基因捕获、活动操纵和单细胞RNA测序技术，识别了成年小鼠脊髓中编码机械性和热痛的不同神经集合	揭示了脊髓神经回路如何区分不同性质的伤害性信息，并发现多模态Gal抑制神经元在疼痛传递中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索脊髓神经回路对伤害性信息质量差异的编码机制	成年小鼠脊髓神经回路	神经科学	疼痛相关疾病	基因捕获、活动操纵、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、行为数据	成年小鼠
89	2025-05-17	Neuronal activity modulates the expression of secretagogin, a Ca2+ sensor protein, during mammalian forebrain development 2025-May, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.70031 PMID:40165367	研究论文	研究揭示了分泌钙蛋白（secretagogin）在哺乳动物前脑发育过程中受神经元活动调节的表达模式	首次系统揭示了分泌钙蛋白表达受神经元活动动态调控的特性，并发现其在唐氏综合征胎儿中的表达延迟现象	研究主要集中于前脑区域，其他脑区的调控机制尚未完全阐明	阐明分泌钙蛋白作为神经元标记物的表达调控机制及其与神经元活动的关系	人类胎儿前脑、小鼠皮层神经元、SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞	神经科学	唐氏综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、体外神经元培养	Scgn-iCre::Ai9转基因小鼠模型	基因表达数据、组织切片图像	人类胎儿样本（含唐氏综合征病例）、转基因小鼠、体外培养细胞
90	2025-05-17	Epigenetic reprogramming of the host immune system during acute HIV 2025-May-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000935 PMID:40178436	review	探讨急性HIV感染期间表观遗传机制如何驱动免疫失调，重点关注HIV如何利用宿主表观遗传机制建立病毒持久性和逃避免疫清除	利用全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学和染色质可及性测定等新技术，揭示了HIV如何利用宿主表观基因组逃避免疫监视和促进病毒持久性的关键机制	NA	研究急性HIV感染期间表观遗传重编程对病毒持久性和免疫功能障碍的影响	宿主免疫系统在急性HIV感染期间的表观遗传变化	表观遗传学	HIV感染	全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学、染色质可及性测定	NA	表观遗传数据、转录组数据	NA
91	2025-05-17	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02148-8 PMID:40195561	研究论文	本文提出了一种名为CHOIR的新方法，用于改进单细胞数据中细胞类型和状态的显著性检测	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树上进行统计推断，显著提高了细胞群识别的准确性和可靠性	NA	改进单细胞数据聚类方法，提高细胞类型和状态识别的准确性	单细胞数据中的细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)、空间转录组学和多组学数据	随机森林	单细胞数据	230个模拟数据集和5个真实数据集
92	2025-05-17	Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02155-9 PMID:40200121	研究论文	本研究通过整合大量RNA测序数据和全基因组序列，构建了鸡28种组织的调控变异图谱	首次系统地描述了鸡基因组上的功能变异，揭示了调控变异的分子机制及其在复杂性状解释中的应用	研究仅基于鸡的基因组数据，未涉及其他非哺乳动物羊膜动物的比较	理解鸡基因组的基因调控机制及其在复杂性状中的作用	鸡的28种组织	基因组学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	7,015个RNA-seq样本, 127,598个单细胞, 2,869个全基因组序列
93	2025-05-17	Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08852-z PMID:40205047	研究论文	本研究探讨了免疫检查点分子TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用	揭示了TIM-3通过TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态的新机制，并提出了靶向小胶质细胞TIM-3治疗阿尔茨海默病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探究TIM-3在小胶质细胞中的功能及其与阿尔茨海默病的关系	小胶质细胞和阿尔茨海默病小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序、单细胞RNA测序	5×FAD转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，使用5×FAD小鼠模型
94	2025-05-17	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02163-9 PMID:40240879	research paper	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，特别是在皮肤黑色素瘤中，桥粒基因突变率超过70%，这些突变通过影响肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖	首次揭示了桥粒基因突变在皮肤黑色素瘤中的高频率及其通过微环境调控促进肿瘤增殖的新机制	研究主要关注原发性黑色素瘤，未在转移性黑色素瘤中观察到类似现象，且具体信号通路机制尚未完全阐明	探究桥粒基因突变对肿瘤微环境的影响及其在黑色素瘤发生发展中的作用	人类皮肤黑色素瘤组织样本及角质形成细胞	肿瘤生物学	皮肤黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光、基因敲除	角质形成细胞与黑色素瘤细胞共培养模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量（人类黑色素瘤活检组织）
95	2025-05-17	Circular RNA discovery with emerging sequencing and deep learning technologies 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02157-7 PMID:40247051	review	本文综述了环状RNA（circRNA）的发现、表征和功能分析算法的最新突破，并探讨了整合大规模circRNA测序数据的挑战及人工智能驱动算法的未来发展潜力	结合长读长和单细胞RNA测序技术与深度学习算法，以前所未有的分辨率和规模研究circRNA	circRNA的低表达水平和高序列相似性给检测和表征带来挑战	探索circRNA在基因调控和疾病发病机制中的作用	环状RNA（circRNA）	生物信息学	NA	长读长测序、单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	NA
96	2025-05-17	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	research paper	通过整合分析人类皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层发育细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成了500多个基因共表达网络，揭示了皮层发育的动态细胞亚型特异性，并验证了部分模块在细胞命运决定中的潜在作用	研究主要基于转录组数据，可能忽略了其他层面的调控机制	探究人类大脑皮层发育过程中细胞多样性产生的分子机制	人类皮层发育和成年期的单细胞转录组数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞转录组测序	基因共表达网络分析	转录组数据	7个发育期数据集和16个成年期数据集
97	2025-05-17	Single-cell transcription reveals hepatocyte-to-cholangiocyte reprogramming and biliary gene profile in biliary atresia 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000710 PMID:40366121	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示胆道闭锁中肝细胞向胆管细胞的重新编程及胆管基因特征	首次在胆道闭锁中通过单细胞RNA测序发现肝细胞向胆管细胞的重新编程现象，并鉴定出胆管特异性标志物和转录因子	样本量较小（4例BA和3例正常对照），需要在更大样本中验证发现	解析胆道闭锁中导管反应的细胞来源和功能	胆道闭锁患者的肝脏上皮细胞	单细胞组学	胆道闭锁	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化	NA	单细胞转录组数据	4例胆道闭锁和3例正常对照肝脏样本
98	2025-05-17	Decoupled GNNs based on multi-view contrastive learning for scRNA-seq data clustering 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf198 PMID:40366859	research paper	提出了一种基于多视角对比学习的解耦图神经网络（scDeGNN）方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类	通过构建两个邻接矩阵生成不同视角，使用解耦图神经网络训练，结合多层感知机和对比学习层优化特征表示，显著提高了聚类性能	未明确提及计算资源消耗或模型在大规模数据集上的可扩展性限制	解决单细胞RNA测序数据聚类中的高维度和复杂性挑战	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	GNN, MLP	基因表达数据	九个来自不同生物体和组织的真实scRNA-seq数据集
99	2025-05-17	Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon 2025-Apr-30, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf076 PMID:40305003	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究大西洋鲑鱼肝脏组织中全基因组复制（WGD）保留的重复基因对（ohnologs）在细胞类型特异性表达及对细菌感染的反应	首次在单细胞水平上解析了全基因组复制事件后保留的重复基因对在细胞类型特异性表达及其对细菌感染的转录反应	研究仅聚焦于肝脏组织，未涵盖其他组织或器官	探究全基因组复制事件后保留的重复基因对在细胞类型特异性表达及其功能与进化结果	大西洋鲑鱼（Salmo salar L）的肝脏组织	基因组学	细菌感染（Aeromonas salmonicida）	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
100	2025-05-17	Development and validation of tryptophan metabolism-related risk model and molecular subtypes for predicting postoperative biochemical recurrence in prostate cancer 2025-Apr-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-39 PMID:40376539	研究论文	开发并验证了与色氨酸代谢相关的风险模型和分子亚型，用于预测前列腺癌患者术后生化复发	首次将色氨酸代谢相关基因（TMRGs）与前列腺癌术后生化复发（BCR）风险预测模型和分子亚型相结合	研究主要基于TCGA-PRAD数据集，外部验证数据集未详细说明	预测前列腺癌患者根治性前列腺切除术（RP）后的生化复发（BCR）风险	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	差异表达分析、单变量Cox回归、LASSO回归、免疫组化（IHC）、单细胞测序	多变量Cox回归模型、共识聚类	基因表达数据、临床数据	421名前列腺癌患者（TCGA-PRAD数据集）