单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-21	Pathway-based cancer transcriptome deciphers a high-resolution intrinsic heterogeneity within bladder cancer classification 2025-Jun-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06682-1 PMID:40528211	研究论文	本研究通过基于通路的癌症转录组分析，揭示了膀胱癌内在异质性，并识别出四种具有不同分子、功能和表型特征的内在亚型	首次在膀胱癌中识别出四种内在亚型，这些亚型与现有转录分类重叠有限，并展现出前所未有的预测和预后价值	研究主要基于转录组数据，可能忽略了其他层面的异质性（如表观遗传或蛋白质组）	探索癌症内在基因表达谱对膀胱癌分类和预后的贡献程度及机制	膀胱癌患者样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组测序	机器学习算法	转录组数据	GSE135337和TCGA BLCA数据集中的样本
82	2025-06-21	Decoding hippocampal subfield and glial responses in ischemia using single-cell transcriptomics 2025-Jun-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06738-2 PMID:40528218	研究论文	通过单细胞转录组学解码缺血条件下海马亚区和胶质细胞的反应	揭示了全球脑缺血条件下海马CA1和CA3-DG亚区胶质细胞和血管细胞的分子特征和功能差异，发现了一种在缺血后海马中出现的独特少突胶质细胞亚型	研究仅使用了Sprague-Dawley大鼠模型，结果可能不能完全反映人类中风的情况	了解缺血前后海马不同区域的细胞和分子变化，以深入理解中风病理和恢复机制	Sprague-Dawley大鼠的海马CA1和CA3-DG区域	神经科学	中风	单细胞RNA测序	四血管闭塞(4-VO)手术模型	RNA测序数据	Sprague-Dawley大鼠（具体数量未提及）
83	2025-06-21	Mechanical tension-induced Dalrd3 elevation enhances osteogenic differentiation of bone suture stem cells by upregulating Id3 translation 2025-Jun-17, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04380-9 PMID:40528244	研究论文	本研究探讨了机械张力通过上调Dalrd3表达及其相关的tRNA m3C修饰，增强骨缝干细胞（SuSCs）成骨分化的机制	揭示了机械张力激活的SuSCs中Dalrd3通过上调Id3翻译促进成骨分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床中进行验证	探究机械张力如何通过Dalrd3调控SuSCs的成骨分化	骨缝干细胞（SuSCs）	骨生物学	颅面畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠快速上颌扩张（RME）模型	RNA测序数据	NA
84	2025-06-21	Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal MAZ(+) NPC-like clusters as key role contributing to glioma recurrence and drug resistance 2025-Jun-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06706-w PMID:40524155	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示MAZ(+) NPC样簇在胶质瘤复发和耐药性中的关键作用	首次在单细胞和空间转录组水平上鉴定出MAZ(+) NPC样簇是胶质瘤耐药的关键因素，并提出了联合用药策略	研究样本量有限，且未进行体内实验验证	探索胶质瘤对替莫唑胺耐药的分子机制并寻找潜在治疗策略	胶质瘤细胞	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、空间转录组测序、批量RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
85	2025-06-21	The high efficacy of claudin18.2-targeted CAR-T cell therapy in advanced pancreatic cancer with an antibody-dependent safety strategy 2025-Jun-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.012 PMID:39797399	研究论文	本研究报道了使用表达tEGFR的claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗3例晚期胰腺癌患者的高效性及抗体依赖性安全策略	首次展示了claudin18.2靶向CAR-T细胞在胰腺癌中的强大抗肿瘤活性，并提出了使用抗体依赖性安全开关策略控制CAR-T细胞引起的脱靶毒性	研究样本量较小（仅3例患者），且观察到胃黏膜损伤等脱靶毒性	评估claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗晚期胰腺癌的疗效和安全性	晚期胰腺癌患者	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	CAR-T细胞疗法、单细胞转录组测序、T细胞受体测序	NA	临床数据、测序数据	3例晚期胰腺癌患者
86	2025-06-21	Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome 2025-Jun-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中微血管增殖（MVP）的机制及其与免疫抑制和不良预后的关联	揭示了PDGFRB作为引导间充质干细胞向更成熟的血管周围基质细胞分化的驱动基因，并发现了PDGFRB+血管周围基质细胞与免疫抑制性髓系细胞亚群之间的相互作用	样本量较小（16例原发性胶质瘤患者样本），且研究结果需要在更大样本中验证	阐明胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其临床意义	胶质母细胞瘤患者的血管周围基质细胞和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
87	2025-06-21	The release of NETs during SFTSV infection downregulates the specific inflammatory factors that lead to liver and spleen damage 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf053 PMID:40275780	研究论文	本文研究了严重发热伴血小板减少综合征病毒感染过程中中性粒细胞胞外诱捕网的释放如何下调特定炎症因子，从而导致肝脏和脾脏损伤	揭示了严重发热伴血小板减少综合征病毒触发NETosis的机制，并发现中性粒细胞胞外诱捕网通过下调特定炎症因子阻碍免疫反应和器官修复过程	研究结果基于细胞和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨严重发热伴血小板减少综合征病毒感染导致组织损伤的分子机制	严重发热伴血小板减少综合征患者、细胞模型（Thp-1细胞）和动物模型	免疫学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞测序、转录组测序	NA	测序数据、组织样本	NA
88	2025-06-21	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	research paper	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征，联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架来控制错误发现率（FDR），在统计功效和计算效率上优于现有方法	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据上的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 流式细胞术	统计模型	单细胞RNA测序数据	NA
89	2025-06-21	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	本文研究了通过抑制基质机械感知来抑制心脏纤维化的机制	发现SRC激酶作为纤维化细胞富集的机械传感器，可通过药物抑制模拟基质软化效果，并与TGFβ抑制协同作用	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，人类临床应用效果尚需验证	探索治疗心血管纤维化的新型机械治疗策略	心脏成纤维细胞和肌成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、药物抑制实验	小鼠心衰模型、工程化心脏组织	基因表达数据、生理功能数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集
90	2025-06-21	Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410745 PMID:40397381	研究论文	本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞身份和功能	metaTF框架在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育和乳腺癌上皮细胞功能身份表征中表现出改进的效果，还发现了肿瘤免疫微环境中神经调节T细胞的新亚群	NA	通过推断转录因子活性来解密单细胞转录组数据中的细胞身份	小鼠造血干细胞、乳腺癌上皮细胞、肿瘤免疫微环境中的T细胞	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	metaTF	单细胞转录组数据	NA
91	2025-06-21	Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00652-y PMID:40461772	研究论文	研究低剂量IL-2在急性冠脉综合征患者中诱导BACH2抑制的效应调节T细胞克隆扩增的机制	结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示了IL-2如何克隆扩增效应T细胞，并发现这些细胞上调了关键的免疫抑制和代谢通路	研究未涉及IL-2长期治疗的安全性和有效性	探索IL-2在心血管疾病中的免疫调节作用及其治疗潜力	急性冠脉综合征患者的T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、T细胞受体分析	NA	单细胞RNA测序数据	急性冠脉综合征患者
92	2025-06-21	Single-Cell Analysis Reveals Fibroblast-Derived Migrasomes as CXCL12 Carriers Promoting Skin Wound Repair 2025-Jun, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70112 PMID:40527746	research paper	该研究揭示了成纤维细胞来源的迁移体作为CXCL12载体促进皮肤伤口修复的机制	首次报道迁移体在组织修复中的作用，并发现其通过传递CXCL12促进伤口愈合	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探索迁移体在皮肤伤口修复中的作用及其机制	人类和大鼠皮肤、口腔黏膜的成纤维细胞、HaCaT细胞、角质形成细胞和内皮细胞	细胞生物学	皮肤创伤	超分辨率共聚焦显微镜、聚焦离子束扫描电子显微镜、多重免疫荧光染色、活细胞成像、单细胞测序	NA	图像、测序数据	人类和大鼠皮肤及口腔黏膜样本
93	2025-06-21	Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654940 PMID:40475580	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病自然病程中胰腺及胰腺淋巴结的炎症反应	首次在1型糖尿病胰腺和区域淋巴结中发现淋巴毒素-β特征，并整合单细胞RNA测序数据进行多尺度分析	样本来源仅限于人类组织，未涉及动物模型验证	揭示1型糖尿病发病机制中的组织特异性炎症特征	非糖尿病患者和具有高易感性的非糖尿病自身抗体阳性个体的胰腺及胰腺淋巴结组织	数字病理学	1型糖尿病	空间转录组学(ST)，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	空间转录组数据	未明确说明具体样本数量（包含非糖尿病患者和高风险个体）
94	2025-06-21	Identification of core genes in acute kidney injury: evidence from multi-omics human transcriptomic data and in vivo models 2025-May-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2024-677 PMID:40529024	研究论文	通过整合多组学数据和实验验证，识别急性肾损伤（AKI）的核心基因并探索其机制	结合人类转录组数据和体内模型，识别出三个与AKI表型和临床肾脏参数显著相关的核心基因（EGF、VCAM1和SUGCT），并揭示了SUGCT在近端小管线粒体代谢和免疫平衡中的作用	样本量相对较小（67例AKI患者和20例对照），且仅在小鼠模型中进行了验证	识别AKI的核心基因并探索其机制，为诊断和治疗提供潜在靶点	急性肾损伤（AKI）患者和小鼠模型	生物信息学	急性肾损伤	转录组分析、WGCNA、CIBERSORT、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	nomogram模型	转录组数据	67例AKI患者和20例对照，以及小鼠模型
95	2025-06-21	Development of a prognostic model for overall survival in neuroblastoma based on Schwann cell-specific genes, clinical predictors, and MYCN amplification 2025-May-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-2048 PMID:40530123	研究论文	本研究开发了一个结合施万细胞特异性基因、临床因素和肿瘤微环境的神经母细胞瘤预后模型，以提高预测准确性和临床相关性	首次将施万细胞特异性基因与临床因素和肿瘤微环境结合，构建神经母细胞瘤预后模型	模型在测试集中的表现略低于训练集，可能需要更多数据验证	开发更准确的神经母细胞瘤总体生存预后模型	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	scRNA-seq, WGCNA, UMAP, Cox回归分析	预后预测模型	基因表达数据, 临床数据	训练集238例, 测试集106例, 单细胞数据16例患者(160,910个细胞)
96	2025-06-21	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-May-27, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性及其临床意义	提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性作为治疗挑战的新视角	这些机制的临床意义尚不明确，且相关数据有限	理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其影响	耳念珠菌	微生物学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
97	2025-06-21	3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.653559 PMID:40475416	研究论文	通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体	开发了一种新型3D器官样体模型，该模型同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程	未提及具体的样本量或实验重复次数	研究人脑发育和神经系统疾病中内皮细胞与神经细胞的相互作用	人iPSC衍生的胚胎体	干细胞与再生医学	神经系统疾病	scRNA-Seq, RNA-Seq, siRNA处理	3D器官样体模型	基因表达数据	NA
98	2025-06-21	Efficient profiling of total RNA in single cells with STORM-seq 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.03.14.484332 PMID:40475517	研究论文	本文介绍了一种名为STORM-seq的新型单细胞总RNA测序技术，能够高效检测非编码转录本、全长RNA覆盖并解析转录本水平的复杂性	STORM-seq是一种使用标准实验室设备的随机六聚体引物、核糖体减少的单细胞总RNA测序协议，能够构建迄今为止复杂度最高的scRNA-seq文库，并准确测量单细胞中的转录异构体和临床相关基因融合	NA	开发一种高效的单细胞总RNA测序技术，以解决现有技术在检测非编码转录本、全长RNA覆盖和解析转录本复杂性方面的不足	单细胞中的总RNA，包括非编码转录本、转录异构体、基因融合、转座子元件(TEs)和增强子RNA(eRNAs)	基因组学	NA	sc-total-RNA-seq	NA	RNA测序数据	人类输卵管上皮细胞
99	2025-06-21	Pseudoassembly of k-mers 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.11.653354 PMID:40463286	研究论文	介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法	提出了一种名为klue的程序，能够将k-mers组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列	NA	识别基因组序列中的变异	小鼠黑色素瘤模型中的单细胞RNA-seq数据	基因组学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	NA	基因组序列	NA
100	2025-06-21	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-May-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系谱系，恢复能够支持黏膜愈合的巨噬细胞群体，并发现了CD患者造血干细胞（HSCs）的功能异质性	样本量较小（n=19），且研究结果主要基于小鼠异种移植模型，需进一步临床验证	理解SCT后免疫系统重建机制，探索SCT作为细胞疗法恢复免疫细胞功能的潜力	难治性克罗恩病成人患者（n=19）的血液和肠道样本及HSCs	细胞治疗	克罗恩病	CyTOF、scRNA-seq、小鼠异种移植模型	NA	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞数据	19例难治性CD患者