单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-04-29	Proteomic Profiling of Nasal Fluids and Serum for Type 2 Nasal Polyps Diagnosis 2025-Apr-23, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007 PMID:40280274	研究论文	通过蛋白质组学分析和机器学习框架，识别鼻息肉中的炎症内型和复发模式，为T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉提供简单无创的诊断方法	首次结合蛋白质组学与机器学习，利用鼻腔液体和血清中的蛋白质表达预测T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉，并验证了四种生物标志物的诊断价值	样本量较小（82例患者），且需要进一步验证生物标志物在更广泛人群中的适用性	评估鼻腔液体和血清中蛋白质表达对T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的预测价值	T2型和非T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者	数字病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	邻近延伸分析、免疫组织化学（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR	机器学习（ML）	蛋白质表达数据	82例患者
82	2025-04-29	Atlas of temporal molecular pathological alterations after traumatic brain injury based on RNA-Seq 2025-Apr-21, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115270 PMID:40268159	研究论文	该研究通过RNA测序技术，全面揭示了创伤性脑损伤（TBI）后时间动态变化的分子病理学改变	首次在10个时间点对TBI后的分子病理学改变进行系统分析，并深入探讨了细胞焦亡在神经炎症过程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，人类TBI的分子病理学改变可能有所不同	揭示TBI后时间动态变化的分子病理学机制	C57/BL6小鼠的脑组织	生物信息学	创伤性脑损伤	RNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, Western blot, Immunofluorescence, 单细胞RNA测序	WGCNA, Mfuzz	RNA测序数据	C57/BL6小鼠在10个时间点（0h至7d）的脑组织样本
83	2025-04-29	Single-Cell Profiling Reveals Global Immune Responses During the Progression of Murine Epidermal Neoplasms 2025-Apr-21, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17081379 PMID:40282557	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面表征了小鼠皮肤肿瘤进展过程中的免疫细胞反应	首次在单细胞水平上揭示了皮肤肿瘤微环境中免疫细胞的全局响应模式，并发现巨噬细胞在肿瘤进展中的关键通信枢纽作用	研究仅限于小鼠模型，人类皮肤肿瘤的免疫反应可能存在差异	阐明表皮肿瘤进展过程中的免疫细胞动态变化	小鼠皮肤肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	皮肤肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	对照小鼠皮肤和皮肤肿瘤样本
84	2025-04-29	CKAP5 deficiency induces premature ovarian insufficiency 2025-Apr-18, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105718 PMID:40252251	研究论文	本研究探讨了CKAP5在卵巢功能和生育调控中的作用，发现CKAP5缺乏会导致人类和小鼠的早发性卵巢功能不全	首次发现CKAP5是卵巢衰老的关键枢纽基因，并揭示了其通过ATG7促进自噬和通过ATM支持DNA损伤修复的双重调控机制	研究样本量有限，且在小鼠模型中的发现需要进一步在人类中进行验证	阐明CKAP5在卵巢功能调控和生育中的作用	颗粒细胞、小鼠卵巢和卵母细胞、POI患者	生殖医学	早发性卵巢功能不全	RNA测序、下一代测序、单细胞转录组分析	Ckap5杂合敲除小鼠模型	RNA测序数据、单细胞转录组数据	未明确说明患者数量，使用小鼠模型进行研究
85	2025-04-29	Discovery of Genomic Targets and Therapeutic Candidates for Liver Cancer Using Single-Cell RNA Sequencing and Molecular Docking 2025-Apr-17, Biology DOI:10.3390/biology14040431 PMID:40282296	研究论文	利用单细胞RNA测序和分子对接技术发现肝癌的基因组靶点和治疗候选药物	结合单细胞RNA测序和分子对接技术，识别了36个与肝癌密切相关的hub-of-hub基因，并提出了10种潜在的治疗药物	研究依赖于有限的单细胞RNA测序数据集，且分子对接结果的临床有效性需进一步验证	揭示肝癌的基因组特征并发现潜在的治疗药物	肝癌的基因组特征和治疗药物	基因组学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	NA	单细胞RNA测序数据	四个单细胞RNA测序数据集
86	2025-04-29	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Apr-16, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨了急性肺移植物功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成及转录变化的关系	首次将ALAD的进展与小气道细胞组成及转录变化联系起来，并提出了分子表型分析作为诊断工具	样本量较小（n=20），且为初步研究，需要更大规模的验证	识别ALAD患者中可能进展为慢性肺移植物功能障碍（CLAD）的个体，并寻找适当的治疗方法	肺移植受者，包括ALAD患者和功能稳定的对照组	数字病理学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20例（8例对照，4例恢复，5例持续，3例进展）
87	2025-04-29	Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-14, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768 PMID:40232935	研究论文	提出了一种使用SIMS在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型标签转移的深度学习协议	开发了SIMS协议，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移，具有可扩展性和可解释性	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	开发一种用于单细胞RNA测序数据分析的深度学习协议	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	SIMS	单细胞RNA测序数据	NA
88	2025-04-29	Protocol for characterizing craniopharyngioma subtypes and their microenvironments using single-cell RNA sequencing and immunohistochemistry 2025-Apr-14, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103760 PMID:40238632	研究论文	本文提出了一种全面的单细胞RNA测序和免疫组织化学分析颅咽管瘤亚型及其微环境的方案	使用单细胞分辨率分析颅咽管瘤亚型及其微环境，详细描述肿瘤组织解离、单细胞分离、RNA测序文库制备和生物信息学分析流程	未提及样本量或实验验证的具体限制	区分颅咽管瘤的两种亚型（造釉细胞型和乳头型）及其微环境特征	颅咽管瘤及其微环境	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	NA
89	2025-04-29	Regulatory T Cell Mimicry by a Subset of Mesenchymal GBM Stem Cells Suppresses CD4 and CD8 Cells 2025-Apr-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14080592 PMID:40277917	research paper	该研究揭示了胶质母细胞瘤中一类具有免疫抑制特性的间充质胶质瘤干细胞（GSC）通过模仿调节性T细胞（Tregs）抑制CD4+和CD8+T细胞的机制	首次发现间充质GSC亚群通过表达Treg样免疫抑制效应分子形成免疫抑制状态，并明确该状态由TGFβ II型受体（TGFBR2）特异性驱动	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需进一步体内验证TGFBR2靶向治疗的临床效果	阐明胶质母细胞瘤免疫抑制微环境中GSC的分子机制并探索治疗靶点	患者来源的胶质瘤干细胞（GSC）和T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、生物信息学分析、转基因表达、shRNA干扰	NA	测序数据、临床样本数据	患者来源的GBM神经球和临床GBM标本（具体数量未明确说明）
90	2025-04-29	The integration of scRNA-seq with microarray and in-vivo experiments facilitates a comprehensive elucidation of the molecular mechanisms underlying endothelial cell involvement in myocardial infarction 2025-Apr-14, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151820 PMID:40288264	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，全面阐明了内皮细胞在心肌梗死中的分子机制	结合scRNA-seq、微阵列数据和体内实验，首次鉴定并验证了内皮细胞中DBP、NR1D1和TEF基因在心肌梗死发展中的关键作用	研究主要依赖于公开数据库的数据，体内实验样本量可能有限	阐明内皮细胞在心肌梗死发展中的分子机制	内皮细胞及其与成纤维细胞的相互作用	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 微阵列, WB, qPCR, 免疫荧光	hdWGCNA, scCODE, FindMarkers, PPI分析	基因表达数据	16个不同的细胞簇，包含7种独特的细胞类型
91	2025-04-29	G0S2 Promotes PD-L1 Expression in Monocytes and Influences the Efficacy of PD-1 Inhibitors in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-13, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16040448 PMID:40282408	研究论文	本研究探讨了G0S2在肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中调控单核细胞PD-L1表达的作用及其对PD-1抑制剂疗效的影响	首次揭示了G0S2通过上调单核细胞中的PD-L1表达抑制T细胞活性，从而导致HCC患者对PD-1抑制剂产生耐药性的机制	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏大规模临床样本验证	阐明G0S2在HCC免疫治疗耐药中的作用机制	肝细胞癌患者和THP-1单核细胞系	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序、免疫组化、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	HCC患者单细胞测序数据库样本、肝癌组织及癌旁组织样本、PBMCs样本
92	2025-04-29	Reduction in Liver Cancer Risk by Quercetin via Modulation of Urate Levels: Insights from Drug-Target Mendelian Randomization 2025-Apr-13, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16040449 PMID:40282409	研究论文	通过药物靶点孟德尔随机化方法，研究槲皮素通过调节尿酸水平降低肝癌风险的机制	首次利用药物靶点孟德尔随机化方法揭示槲皮素通过ABCG2介导的尿酸调节降低肝癌风险的分子机制	研究主要基于公共数据库的GWAS汇总数据，缺乏实验验证	探究槲皮素作为膳食补充剂预防肝脏疾病的潜在机制	肝癌（肝细胞癌和胆管癌）及肝纤维化	生物信息学	肝癌	药物靶点孟德尔随机化、单细胞转录组分析、免疫浸润分析	孟德尔随机化模型	GWAS汇总数据、单细胞RNA测序数据	公共数据库GWAS数据（如MRC-IEU）和GEO数据集（GSE138709、GSE179443）
93	2025-04-29	The effect of TIGIT and PD1 expression on T cell function and prognosis in adult patients with acute myeloid leukemia at diagnosis 2025-Apr-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04024-0 PMID:40214805	research paper	研究TIGIT和PD1在急性髓系白血病（AML）患者T细胞中的表达对T细胞功能及预后的影响	首次探讨了TIGIT在新诊断AML患者骨髓T细胞中的预后意义，并揭示了TIGIT+PD1+ CD8+ T细胞的高耗竭状态与不良预后的关联	样本量较小（71例AML患者和31例健康供者），且仅进行了体外T细胞活化实验	评估TIGIT和PD1在AML患者T细胞中的表达及其对T细胞功能和预后的影响	71例新诊断AML患者和31例健康供者的骨髓样本	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	71例AML患者和31例健康供者的骨髓样本，其中15例AML患者和6例健康供者进行了体外T细胞活化实验，3例AML患者进行了scRNA-seq
94	2025-04-29	Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors 2025-Apr-11, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316 PMID:40222423	综述	本文总结了乳腺癌患者样本和小鼠模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最新研究，重点关注通过单细胞RNA测序鉴定的CAF亚型及其对癌症预后的预测价值	揭示了Snail1在CAFs中的表达与恶性肿瘤的关联，并提出了一个未描述的与Snail1相关的基因特征，具有乳腺癌和其他实体瘤的预后潜力	主要基于患者样本和小鼠模型的研究，可能不完全反映人类肿瘤的复杂性	探讨CAFs在肿瘤进展中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	乳腺癌患者样本和小鼠模型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
95	2025-04-29	SIRPα + CD209 + cell: a specialized antigen-presenting cell that contributes to anti-SIRPα/RT therapy in colorectal cancer 2025-Apr-10, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04025-z PMID:40208335	研究论文	本研究探讨了SIRPα + CD209 + 细胞在结直肠癌免疫调节中的作用及其与放疗的潜在协同效应	发现SIRPα + CD209 + 细胞是一种特殊的抗原呈递细胞，在结直肠癌中具有免疫调节作用，并与放疗有协同效应	研究主要基于单细胞测序和体外实验，需要更多体内实验和临床验证	探索结直肠癌中抗原呈递细胞的作用及其与放疗的协同效应	结直肠癌患者肿瘤微环境中的SIRPα + CD209 + 细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明患者数量，但包括治疗前后肿瘤微环境和外周血样本
96	2025-04-29	distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647121 PMID:40291679	research paper	该研究提出了一种名为distQTL的新方法，利用群体规模的单细胞RNA测序数据识别分布定量性状位点（distQTLs）	利用Fréchet回归方法，将完整的经验分布作为响应对象，而非简单的均值统计量，从而更精细地解析转录调控	NA	研究遗传变异如何影响基因表达，特别是在单细胞水平上的调控异质性	外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Fréchet回归	单细胞RNA测序数据	来自982名捐赠者的外周血单个核细胞
97	2025-04-29	Tff2 marks gastric corpus progenitors that give rise to pyloric metaplasia/SPEM following injury 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.09.647847 PMID:40291734	research paper	该研究揭示了Tff2标记的胃体祖细胞在损伤后产生幽门化生/SPEM的机制	发现Tff2+祖细胞而非主细胞是SPEM的主要来源，并揭示Kras突变使这些祖细胞直接进展为不典型增生	研究主要基于小鼠模型，人类组织样本验证有限	探究胃体祖细胞在幽门化生和胃癌发生中的作用	Tff2+胃体祖细胞和主细胞	分子生物学	胃癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	Tff2-CreERT敲入小鼠模型	基因表达数据、组织学数据	小鼠模型和人类组织样本（具体数量未明确说明）
98	2025-04-29	Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.02.621562 PMID:40291654	研究论文	探讨人类基因组中高度多态性的串联重复序列（TRs）对血液细胞类型特异性基因表达的影响	首次大规模分析超过170万个多态性TR位点对血液细胞类型特异性基因表达的影响，并识别出62,000多个单细胞表达数量性状TR位点（sc-eTRs）	研究主要基于血液来源的细胞，可能无法完全代表其他组织或细胞类型的TR影响	理解串联重复序列在细胞类型特异性基因表达中的作用及其与免疫介导和血液学特征的关联	人类基因组中的串联重复序列及其对基因表达的调控	基因组学	免疫介导疾病和血液学特征	全基因组测序和单细胞RNA测序	NA	基因组和转录组数据	1,925名个体的超过540万个血液来源细胞
99	2025-04-29	Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647286 PMID:40291684	研究论文	本研究揭示了黏膜组织NK细胞在阴道组织中的独特功能，即在抗病原体活性和组织保护之间进行平衡	发现了阴道组织中NK细胞的独特特征，包括减少的效应表型和增加的与组织驻留及免疫调节相关的因子，以及在稳态和炎症状态下的不同反应能力	研究主要基于人类阴道组织和小鼠模型，可能不适用于其他黏膜组织	探究黏膜组织NK细胞在抗病原体活性和组织保护之间的平衡机制	人类阴道组织和小鼠模型中的NK细胞	免疫学	HSV-2感染	scRNA-seq和高参数流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	人类阴道组织和小鼠模型样本
100	2025-04-29	Integration of Microarray and Single-Cell RNA-Seq Data and Machine Learning Allows the Identification of Key Histone Modification Gene Changes in Spermatogonial Stem Cells 2025-Apr-08, Biology DOI:10.3390/biology14040387 PMID:40282252	研究论文	通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法，识别了精原干细胞中关键的组蛋白修饰基因变化	首次整合微阵列和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法，识别了与精原干细胞功能和衰老相关的关键组蛋白修饰基因变化	研究主要基于基因表达数据，缺乏对组蛋白修饰功能验证的实验数据	探索精原干细胞中组蛋白修饰基因的变化及其在男性生育力维持中的作用	精原干细胞(SSCs)和成纤维细胞	生物信息学	男性不育	微阵列、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、WGCNA、PPI网络分析	机器学习	基因表达数据	2509个差异表达基因(DEGs)