单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-22	Single-cell transcriptomics reveals hypoxia-driven iCAF_PLAU is associated with stemness and immunosuppression in anorectal malignant melanoma 2025-Oct, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02273-5 PMID:40613916	研究论文	通过单细胞转录组学揭示缺氧驱动的iCAF_PLAU在肛管恶性黑色素瘤中与干性和免疫抑制相关	首次在ARMM中发现独特的iCAF_PLAU成纤维细胞亚群，并阐明其通过WNT5A_FZD3_LRP6和NRG1_ERBB3途径增强癌细胞干性，以及通过CCL2-CCR1轴介导免疫抑制的新机制	样本量较小（仅3例患者），需更大队列验证	解析肛管恶性黑色素瘤的肿瘤微环境特征及其治疗抵抗机制	肛管恶性黑色素瘤患者肿瘤组织和血液样本	数字病理学	肛管恶性黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据，基因表达数据	3例ARMM患者肿瘤和血液样本，结合GEO数据库皮肤黑色素瘤数据集
82	2025-09-22	Identification of a unique subpopulation of mucosal fibroblasts in colorectal cancer with tumor-restraining characteristics 2025-Oct, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2025.100263 PMID:40759242	研究论文	本研究通过多组学分析鉴定出结直肠癌中具有肿瘤抑制特性的独特黏膜成纤维细胞亚群	首次在结直肠癌中发现并表征ADAMDEC1/CXCL14/EDNRB/PROCR表达的肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞(Tr-CAFs)亚群	NA	探究结直肠癌中肿瘤抑制性成纤维细胞的存在及其特征	结直肠癌样本中的成纤维细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, TCGA RNA-seq, 免疫组化	NA	基因组数据, 表观遗传数据, 组织学图像	多个结直肠癌数据集（包含单细胞测序数据和TCGA数据）
83	2025-09-22	FAPI-engineered nanoprobe induces dual-cell ferroptosis therapy and enables light-up magnetic resonance imaging for gastric cancer peritoneal metastasis 2025-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102261 PMID:40969390	研究论文	开发了一种多功能诊疗纳米探针，用于胃癌腹膜转移的双细胞铁死亡治疗和点亮式磁共振成像	整合铁死亡诱导、CAF靶向递送和MRI成像的多功能纳米探针，首次实现针对癌症相关成纤维细胞的铁死亡治疗	NA	开发针对胃癌腹膜转移的精准治疗和成像策略	胃癌腹膜转移模型和癌症相关成纤维细胞	纳米医学	胃癌	单细胞RNA-seq，磁共振成像	NA	基因表达数据，影像数据	NA
84	2025-09-22	Delineating unique MASH-endothelial cells in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease using single-cell lensing 2025-Oct, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.dld.2025.07.035 PMID:40846560	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝病中独特的MASH内皮细胞特征及其在疾病中的作用	首次鉴定出五种独特的MASH内皮细胞亚群，发现关键turquoise模块在代谢通路中的作用，并通过机器学习识别出10个特征基因和两个新的因果基因ENTPD1和IFITM3	NA	阐明内皮细胞在代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)病理机制中的贡献	MASLD患者的内皮细胞亚群	生物信息学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞测序、批量测序、hdWGCNA、孟德尔随机化	机器学习算法	单细胞测序数据、批量测序数据	NA
85	2025-09-22	Tryptophan metabolic dysregulation drives immune activation and cartilage degradation in osteoarthritis: Functional validation integrated with transcriptomic and single-cell RNA sequencing 2025-Sep-30, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152497 PMID:40907267	研究论文	本研究探讨色氨酸代谢紊乱在骨关节炎发病机制中的作用，通过转录组和单细胞RNA测序分析揭示其驱动免疫激活和软骨降解的代谢机制	首次系统验证色氨酸代谢异常（特别是犬尿氨酸途径）在OA中的致病作用，并识别关键代谢酶IDO1、TDO2及特定软骨细胞亚群	NA	阐明色氨酸代谢在骨关节炎病理过程中的功能作用	骨关节炎软骨组织及IL-1β刺激的软骨细胞模型	生物医学研究	骨关节炎	转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
86	2025-09-22	UCP2 is identified as a therapeutic target for abdominal aortic aneurysm by comprehensive bioinformatic analysis and experimental validation 2025-Sep-30, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152589 PMID:40915059	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证，鉴定UCP2作为腹主动脉瘤的潜在治疗靶点	首次系统探索efferocytosis相关基因在AAA中的作用，并发现UCP2在巨噬细胞中高表达且其药理抑制可显著减缓疾病进展	研究主要基于生物信息学预测和小鼠模型，尚未进行临床干预试验	探究efferocytosis相关基因在腹主动脉瘤发病机制中的作用并寻找治疗靶点	人类和小鼠的AAA组织样本及弹性蛋白酶诱导的小鼠AAA模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq（单细胞RNA测序）、免疫荧光染色	LASSO、Random Forest、XGBoost	基因表达数据	多个数据集（GSE47472、GSE57691、GSE7084）及人类和小鼠组织样本
87	2025-09-22	A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate 2025-Sep-19, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101230 PMID:40974890	研究论文	本研究通过时空分析和小鼠模型，揭示了睾丸切除诱导的雄激素剥夺对小鼠前列腺细胞组成和基因表达的动态影响	发现了一种新型的ORX诱导成纤维细胞（OIF）亚型，并整合空间转录组学与单细胞分析，首次构建了高分辨率的前列腺响应图谱	研究基于小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究雄激素剥夺疗法（ADT）下前列腺的生物学响应机制，特别是非上皮成分的变化	小鼠前列腺（背叶、腹叶、侧叶和前叶）	数字病理	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	NA	基因表达数据，空间转录数据	小鼠前列腺组织（具体数量未明确说明）
88	2025-09-22	Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to attenuate cortical excitability during TDP-43-related neurodegeneration 2025-Sep-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.016 PMID:40975067	研究论文	本研究探讨了杆状小胶质细胞在TDP-43相关神经退行性疾病中通过调节神经元活动发挥神经保护作用的机制	首次发现杆状小胶质细胞亚群通过直接与神经元树突相互作用来抑制皮层过度兴奋，并揭示TREM2缺失会削弱这种保护作用	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证；机制细节仍需进一步探索	探究小胶质细胞在神经退行性疾病相关皮层兴奋性调节中的具体作用	TDP-43神经退行性病变小鼠模型（rNLS8转基因小鼠）的神经元和微胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	多通道探针记录、纵向体内钙成像、空间和单细胞RNA测序	NA	电生理记录、成像数据、基因表达数据	TDP-43神经退行性病变小鼠模型（具体数量未明确说明）
89	2025-09-22	A practical guide to spatial transcriptomics: lessons from over 1000 samples 2025-Sep-19, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.08.020 PMID:40975650	指南	本文基于1000多个空间样本的处理与分析经验，提供空间转录组学的实用操作指南	整合多平台大规模样本实践经验，系统总结实验设计与分析的最佳实践	NA	为研究人员提供可重复的空间转录组学工作流程指导	临床样本与多种空间转录组学平台	空间转录组学	NA	空间转录组学（ST）	NA	基因表达空间数据	超过1000个空间样本
90	2025-09-22	Multi-modal characterization of metabolic and immune gene clusters in adrenocortical carcinoma treatment 2025-Sep-18, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01092-4 PMID:40968257	研究论文	通过多模态分析开发并验证了肾上腺皮质癌（ACC）的类固醇相关免疫评分（SIS），用于指导免疫和激素治疗	结合基因组学、数字病理和AI技术开发SIS评分，发现其与淋巴细胞浸润相关并验证了DHCR7基因作为潜在治疗靶点	NA	实现肾上腺皮质癌的精准医疗并改善患者预后	肾上腺皮质癌（ACC）患者	数字病理	肾上腺皮质癌	scRNA-seq, 多模态分析, CAMs技术	ResNet50, Vision Transformer-B16	基因组数据, 病理图像数据	外部ACC队列验证
91	2025-09-22	Spatially resolved transcriptomics of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors 2025-Sep-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf016 PMID:39847441	研究论文	本研究利用空间转录组学分析良性和恶性外周神经鞘瘤，揭示其空间和生物学异质性	首次将空间转录组学应用于PNSTs，构建了空间细胞分化图谱并整合组织学特征与单细胞数据	初步研究，样本量有限，需进一步验证	确定外周神经鞘瘤的空间和生物学异质性，改善诊断和分类	福尔马林固定石蜡包埋的病变外周神经组织	数字病理学	外周神经鞘瘤	空间转录组学，免疫组织化学，加权相关网络分析	空间聚类分析	转录组数据，图像数据	未明确样本数量，使用FFPE组织样本
92	2025-05-02	Spatial transcriptomics: Advances and challenges in peripheral nerve sheath tumor 2025-Sep-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf116 PMID:40305521	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
93	2025-09-22	Predicting the structural impact of human alternative splicing 2025-Sep-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03744-x PMID:40963109	研究论文	利用AlphaFold2预测超过11,000种人类剪接异构体结构，研究可变剪接对蛋白质结构的影响	首次大规模预测人类剪接异构体结构，并系统分析剪接导致的结构变化	NA	研究可变剪接对蛋白质结构的影响	人类蛋白质剪接异构体	计算生物学	NA	AlphaFold2, 单细胞RNA-seq	神经网络	蛋白质序列数据	超过11,000种人类剪接异构体
94	2025-09-22	Elucidating anti-triple-negative breast cancer mechanisms and mitigating toxicity of Fritillaria thunbergii Miq.: A multi-omics and network pharmacology approach 2025-Sep-13, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120600 PMID:40953776	研究论文	本研究采用多组学和网络药理学方法探讨浙贝母抗三阴性乳腺癌的机制并评估其毒性风险	首次整合网络药理学、机器学习与单细胞RNA测序系统解析浙贝母抗TNBC机制，并通过结构优化降低毒性	基于计算模拟研究，缺乏体内外实验验证	评估传统中药浙贝母抗三阴性乳腺癌的治疗机制与安全性	浙贝母生物活性成分及其与三阴性乳腺癌靶点的相互作用	计算生物学	乳腺癌	网络药理学、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接与动力学模拟	机器学习算法	组学数据、化合物结构数据	识别42种生物活性成分和148个潜在靶点（基于数据库分析）
95	2025-09-22	Elevated P4HB expression in hepatocellular carcinoma and its role in UCA1-mediated malignant progression 2025-Sep-12, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112131 PMID:40945634	研究论文	本研究探讨P4HB在肝细胞癌中的高表达及其通过UCA1促进恶性进展的作用	首次发现P4HB与lncRNA UCA1的相互作用并揭示其通过增强糖酵解促进HCC恶性行为	NA	研究P4HB在肝细胞癌进展中的作用及其作为诊断生物标志物的潜力	肝细胞癌（HCC）细胞及患者样本	癌症研究	肝细胞癌	单细胞测序、ROC分析、体外和体内功能实验	NA	测序数据、血清数据、实验数据	HCC患者、健康对照及良性肝病患者血清样本
96	2025-09-22	DAESC+: High-performance, integrated software for single-cell allele-specific expression data 2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.03.674100 PMID:40964337	研究论文	开发了用于单细胞等位基因特异性表达数据分析的高性能集成软件DAESC+	提供了首个端到端的单细胞ASE分析工具，包含高精度预处理模块和基于GPU加速的差异分析模块	NA	解决单细胞等位基因特异性表达分析缺乏专用计算工具的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, GPU加速计算	NA	单细胞测序数据	可扩展至超过百万个细胞，应用案例包含OneK1K队列子集
97	2025-09-22	Spatiotemporal analysis of Crohn's disease reveals PECAM2 signaling at the basis of the inflammation-to-fibrosis transition 2025-Sep-07, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf130 PMID:40680170	研究论文	通过时空转录组学分析克罗恩病，揭示PECAM2信号在炎症向纤维化转变中的关键作用	结合空间转录组学和单细胞RNA测序，首次发现PECAM2通过PECAM1-CD38相互作用驱动纤维化，并验证CD38抑制剂的治疗潜力	样本量较小（13例手术标本），且依赖动物模型验证，需进一步临床研究确认治疗价值	解析克罗恩病从慢性炎症向纤维化转变的分子机制，并探索潜在治疗靶点	克罗恩病患者手术标本（包括炎症、纤维化组织及健康对照）及TNBS诱导的小鼠结肠炎模型	生物信息学	克罗恩病	空间转录组学、单细胞RNA测序、配体-受体相互作用分析、伪时间分析、免疫染色	计算分析流程（整合多工具）	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	13例手术标本（含患者组织及健康对照），独立验证队列及小鼠模型
98	2025-09-22	Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	研究论文	本研究通过空间转录组学分析CTNNB1突变子宫内膜癌中β-连环蛋白不同亚细胞定位导致的转录组差异	首次发现β-连环蛋白核定位与非核定位区域具有截然不同的转录谱，并鉴定出Wnt/β-连环信号通路新型治疗靶点TROP2	研究局限于CTNNB1外显子3突变型子宫内膜样子宫内膜癌，样本异质性可能影响结果普适性	探究β-连环蛋白亚细胞定位对下游基因表达的影响	CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌组织	肿瘤分子生物学	子宫内膜癌	空间转录组学，免疫组织化学	NA	空间转录组数据，蛋白质定位数据	具有肿瘤内异质性的子宫内膜癌组织样本（具体数量未明确说明）
99	2025-09-22	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2025-Sep, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00952-9 PMID:40897908	研究论文	本文揭示了神经相关巨噬细胞（NAMs）在调控脂肪组织稳态和抑制年龄相关炎症中的关键作用	首次发现并定义了CD169+CD11c+神经相关巨噬细胞（NAMs）亚群，并证明其随年龄减少会导致脂肪组织炎症和儿茶酚胺抵抗	研究仅限于小鼠模型，人类中的类似机制尚未验证	探究脂肪组织巨噬细胞在年龄相关炎症（inflammaging）中的分子机制和功能亚群	小鼠脂肪组织中的巨噬细胞亚群	免疫学	老年性疾病	单细胞测序、多参数流式细胞术、血管内标记	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据	小鼠生命周期不同阶段的脂肪组织样本
100	2025-09-22	Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE 2025-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02770-8 PMID:40954300	研究论文	提出iSCALE方法，用于重建大规模超分辨率基因表达图谱并自动注释超出当前空间转录组平台捕获范围样本的细胞级组织结构	突破现有空间转录组技术在小组织捕获区域、低分辨率等方面的限制，实现对大样本的无偏注释和细胞微环境解析	NA	开发能够分析大尺寸组织的空间转录组方法，以揭示传统技术无法检测的细胞特征和空间结构	人类多发性硬化症脑组织样本	空间转录组学	多发性硬化症	空间转录组技术，免疫组化染色	NA	基因表达数据，图像数据	NA