本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-11-08 |
Multi-model analysis of gallbladder cancer reveals the role of OxLDL-absorbing neutrophils in promoting liver invasion
2024-May-31, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00521-7
PMID:38822440
|
研究论文 | 通过多模型分析揭示胆囊癌中吸收氧化低密度脂蛋白的中性粒细胞在促进肝脏侵袭中的作用 | 发现通过细胞间接触诱导的OLR1介导的oxLDL吸收中性粒细胞亚群在胆囊癌肝侵袭中的促瘤作用 | NA | 研究胆囊癌肝侵袭的肿瘤微环境特征及中性粒细胞的作用机制 | 胆囊癌患者样本 | 单细胞分析 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,蛋白质组学,多重免疫组化 | 多模型分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据,组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2025-11-08 |
Cellular senescence in white matter microglia is induced during ageing in mice and exacerbates the neuroinflammatory phenotype
2023-06-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05027-2
PMID:37353538
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析和多种小鼠模型,揭示了白质小胶质细胞在衰老过程中发生细胞衰老的现象及其对神经炎症表型的加剧作用 | 首次发现白质小胶质细胞在衰老过程中发生细胞衰老,并证实共生细菌促进衰老小胶质细胞积累,p16基因敲除可改善神经炎症表型 | 研究主要基于小鼠模型,人类中枢神经系统中的相关机制仍需进一步验证 | 探究中枢神经系统细胞衰老特征及其在神经功能障碍中的作用 | 小鼠大脑和脊髓中的小胶质细胞,特别是白质区域 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组分析,基因敲除模型 | 小鼠疾病模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2025-11-07 |
Transcriptomics- and 3D imaging-based characterization of the lymphatic vasculature in human skin
2026-Jan-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20242353
PMID:41186588
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和三维成像技术对人类皮肤淋巴管系统进行表征研究 | 首次在人类皮肤中发现CD24作为淋巴瓣膜上瓣叶特异性标志物,并揭示了人类皮肤淋巴网络与鼠类的关键差异 | 研究主要聚焦于人类皮肤组织,未涉及其他组织类型的淋巴管比较 | 深入理解人类皮肤淋巴管的结构特征和功能 | 人类皮肤和皮下脂肪组织中的淋巴内皮细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴系统疾病 | 单细胞RNA测序,三维成像 | NA | 基因表达数据,三维图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2025-11-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Potential Mechanism of RUNX3 Reshaping Tumor Microenvironment in Non-small-cell Lung Cancer
2025-Dec, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-025-18034-w
PMID:40916017
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示RUNX3在非小细胞肺癌中重塑肿瘤微环境的潜在机制 | 首次在单细胞水平上揭示RUNX3表达状态与NSCLC肿瘤微环境细胞组成的关系 | 样本量较小(仅7例患者),需要更大样本验证 | 探索RUNX3在非小细胞肺癌中调控肿瘤微环境的具体生物学机制 | 非小细胞肺癌患者的癌组织和癌旁组织 | 单细胞测序分析 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | Seurat分析流程 | 单细胞转录组数据 | 7例NSCLC患者(3例RUNX3阴性,4例RUNX3阳性),包含癌组织和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2025-11-07 |
ABCA4-mutant human retinal organoids sequencing reveals organoids application in inherited retinal diseases
2025-Dec, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110677
PMID:41038369
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序验证人视网膜类器官作为ABCA4突变引起的Stargardt病疾病模型的应用价值 | 首次使用人视网膜类器官模型研究Stargardt病,并在早期发育阶段成功捕捉患者与对照样本间的分子差异 | 样本量较小(仅2名STGD患者),且视网膜类器官模拟晚发性遗传性视网膜疾病特征的能力仍需进一步验证 | 验证视网膜类器官作为遗传性视网膜疾病的疾病模型 | 人视网膜类器官 | 单细胞测序 | Stargardt病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2名STGD患者和健康对照的视网膜类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2025-11-07 |
DEHP promotes psoriasis via immune modulation and direct molecular interactions: Evidence from epidemiology, multi-omics, and structural simulation
2025-Nov-10, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.180723
PMID:41124907
|
研究论文 | 本研究通过流行病学分析、多组学整合和分子模拟揭示了DEHP通过免疫调节和直接分子相互作用促进银屑病的机制 | 首次提供人群水平的DEHP与银屑病关联证据,整合多组学数据识别核心基因,并通过分子模拟验证DEHP与蛋白的稳定结合 | 研究主要基于美国NHANES数据,样本代表性有限;机制验证主要依赖计算模拟,需要实验进一步证实 | 阐明环境污染物DEHP在银屑病发病机制中的作用 | 美国成年人群体、银屑病相关基因和蛋白、免疫细胞 | 多组学整合分析 | 银屑病 | 流行病学分析、转录组测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟 | 机器学习、加权基因共表达网络分析 | 流行病学数据、基因表达数据、蛋白质结构数据 | 1523名美国成年人 | NA | 单细胞RNA测序、转录组测序 | NA | NA |
| 87 | 2025-11-07 |
Multiomics analysis reveals the genetic and epigenetic features of high-risk NK cell-type chronic active EBV infection
2025-Nov-06, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024026805
PMID:40737598
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示高危NK细胞型慢性活动性EBV感染的遗传和表观遗传特征 | 首次通过综合多组学分析鉴定出NK细胞型CAEBV的CIMP亚型,并发现其与NK/T细胞淋巴瘤相似的DNA甲基化模式 | 样本量相对有限(65例患者),需要更大规模研究验证 | 探索慢性活动性EBV感染的分子机制和潜在治疗方法 | 65例慢性活动性EBV感染患者 | 生物医学 | 慢性活动性EBV感染 | 基因组学、转录组学、表观基因组学、单细胞转录组学、表面蛋白质组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、单细胞数据 | 65例CAEBV患者 | NA | 单细胞转录组学、多组学分析 | NA | NA |
| 88 | 2025-11-07 |
Exploring the prognostic value of T cell exhaustion and mitochondrial dysfunction related genes in breast cancer through bioinformatics analysis and RT-qPCR validation
2025-Nov-06, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01888-5
PMID:41193924
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和RT-qPCR验证,探索T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关基因在乳腺癌中的预后价值 | 首次整合T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关基因构建乳腺癌预后模型,并通过单细胞转录组分析揭示免疫微环境机制 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证机制 | 识别乳腺癌中与T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关的预后基因并构建预后模型 | 乳腺癌患者样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组分析,RT-qPCR,单细胞转录组分析 | 回归分析,Cox回归分析,风险模型 | 转录组数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2025-11-07 |
Spatial and functional dissection of cancer-associated fibroblasts-mediated immune modulation in H. pylori-associated gastric cancer
2025-Nov-06, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02490-9
PMID:41194113
|
研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞RNA-seq分析,揭示了幽门螺杆菌相关胃癌中癌症相关成纤维细胞的空间分布和免疫调节功能 | 首次系统解析了幽门螺杆菌相关胃癌中CAF亚型的空间分布特征及其通过WNT5-FZD相互作用和ZFP36介导的转录后调控机制 | 研究样本量相对有限(71例),且主要基于回顾性队列分析 | 阐明癌症相关成纤维细胞在幽门螺杆菌相关胃癌中的空间组织和免疫调节功能 | 胃癌患者的肿瘤组织样本 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组学,单细胞RNA-seq,LACE-seq,CIBERSORT-ABS,Kaplan-Meier分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA-seq数据,临床数据 | 71例胃癌患者的FFPE肿瘤组织,整合三个独立队列(中国、美国、新加坡)的单细胞RNA-seq数据 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
| 90 | 2025-11-07 |
Mapping CMV-related immune signatures in blood, aorta and perivascular mediastinal adipose tissue
2025-Nov-06, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0401
PMID:41194668
|
研究论文 | 本研究通过免疫分析探索巨细胞病毒(CMV)感染在血液、主动脉和血管周围纵隔脂肪组织中引起的免疫特征变化 | 首次在人体组织中系统分析CMV感染对主动脉和血管周围组织的免疫影响,发现干扰素-α信号通路抑制和TNF-α信号通路增强的特征 | 样本量较小(仅11例),属于初步研究,需要更大规模研究验证 | 探究CMV感染驱动的系统和组织特异性免疫变化与心血管疾病的关联 | 心脏手术患者的血液、主动脉和血管周围纵隔脂肪组织 | 免疫学 | 心血管疾病 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,ELISA | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,血清学数据 | 11例心脏手术患者(4例CMV阴性,7例CMV阳性) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 91 | 2025-11-07 |
Stromal Cell-Mast Cell Communication Orchestrates Anti-Viral Immunity in the Meninges
2025-Nov-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514842
PMID:41195564
|
研究论文 | 本研究揭示了脑膜中肥大细胞通过与基质细胞通讯在抗病毒免疫中的关键作用 | 首次发现肥大细胞在脑膜血管周围的分布模式及断奶后成熟过程,并阐明IL-33受体介导的基质细胞-肥大细胞通讯机制 | NA | 探究肥大细胞在脑膜抗病毒免疫中的功能和作用机制 | 脑膜肥大细胞和基质细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2025-11-07 |
Hair follicle stem cell fate supports distinct clinical endotypes in hidradenitis suppurativa
2025-Nov-06, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.70152
PMID:41195937
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了毛囊干细胞在化脓性汗腺炎早期发病机制中的两种不同分化轨迹,并基于临床表型定义了三种疾病内型 | 首次发现毛囊干细胞存在两种不同的分化轨迹,分别与炎症和角化相关,并基于此定义了三种临床内型 | 样本量相对有限(49例患者),且仅分析了病灶周围皮肤 | 研究毛囊干细胞命运在化脓性汗腺炎早期发病机制中的作用 | 化脓性汗腺炎患者和健康捐赠者的毛囊细胞 | 单细胞生物学 | 化脓性汗腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 49例HS患者和健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2025-11-07 |
scRNA-Seq reveals anti-lymphoma immune responses in mogamulizumab-associated skin eruptions
2025-Nov-06, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.70154
PMID:41195968
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示莫格利珠单抗相关皮疹中抗淋巴瘤免疫反应的分子特征 | 首次在单细胞水平揭示MAR中残留恶性T细胞克隆的沉默状态及抗肿瘤免疫微环境特征 | 样本量较小(MAR组4例,CTCL组6例,健康对照组4例) | 对莫格利珠单抗相关皮疹进行全面的分子特征分析 | 皮肤活检样本(来自MAR患者、未经治疗的CTCL患者和健康对照) | 单细胞基因组学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14例皮肤活检(4例MAR,6例CTCL,4例健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2025-11-07 |
CD103-Positive Tumor-Infiltrating Lymphocytes Predict a Favorable Prognosis in Colorectal Cancer with Liver Metastasis
2025-Nov-06, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-025-17977-4
PMID:41196535
|
研究论文 | 本研究探讨CD103+肿瘤浸润淋巴细胞在结直肠癌肝转移中的空间分布特征及其预后价值 | 首次系统揭示CD103+TILs在结直肠癌原发灶和肝转移灶中的空间分布异质性及其不同的预后意义 | 样本量相对有限(84例患者),且为回顾性研究设计 | 阐明CD103+肿瘤浸润淋巴细胞在结直肠癌肝转移中的临床意义和功能特征 | 84例同时接受原发结直肠癌和肝转移灶手术切除的患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学,多重免疫荧光分析,单细胞RNA测序,空间转录组分析 | NA | 组织切片图像,基因表达数据 | 84例患者(包含原发肿瘤和肝转移灶配对样本) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 95 | 2025-11-07 |
TransGRN: a transfer learning-based framework for inferring gene regulatory networks across cell lines
2025-Nov-05, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3628564
PMID:41191474
|
研究论文 | 提出一种基于迁移学习的跨细胞系基因调控网络推断框架TransGRN | 采用跨细胞系预训练策略,结合多源细胞系scRNA-seq数据与大型语言模型获取的生物学知识,整合基因表达谱与语义信息 | NA | 解决目标细胞类型调控数据稀缺情况下的基因调控网络推断问题 | 跨细胞系的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 迁移学习, 大型语言模型 | 基因表达数据, 语义信息 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2025-11-07 |
scGCRC: Graph and Contrastive-Based Representation Learning for Single-Cell RNA-Seq Data Clustering
2025-Nov-05, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3629161
PMID:41191468
|
研究论文 | 提出一种基于局部自注意力网络和对比学习的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 通过局部自注意力网络自动聚合细胞关系图中的潜在信息,并采用双对比学习模块同时在细胞和簇级别优化细胞表征 | NA | 开发更有效的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 局部自注意力网络, 对比学习, Leiden社区发现算法 | 基因表达数据 | 160个子样本数据集,3个不同协议数据集,9个真实公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 97 | 2025-11-07 |
Rapid clonal selection within early hematopoietic cell compartments presages outcome to ivosidenib combination therapy
2025-Nov-05, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027948
PMID:41191518
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了ivosidenib联合疗法在IDH1突变髓系肿瘤患者中早期克隆选择的动力学特征 | 首次结合高灵敏度单细胞基因分型和单细胞RNA测序技术,在治疗早期识别出具有复发风险的克隆选择过程 | 样本量较小(仅8例患者),需要更大规模研究验证 | 探究靶向治疗中克隆选择的动力学特征和分子机制 | 8例IDH1突变髓系肿瘤患者 | 单细胞组学 | 髓系肿瘤 | 单细胞基因分型, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2025-11-07 |
A multi-dimensional bioinformatic dissection of the molecular mechanisms in high BMI-associated colorectal cancer: identification and validation of EGLN1 as a key target
2025-Nov-05, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003801
PMID:41191606
|
研究论文 | 通过多维度生物信息学分析揭示高BMI相关结直肠癌的分子机制,并验证EGLN1作为关键治疗靶点 | 首次通过整合多组学数据识别EGLN1作为高BMI相关结直肠癌的核心保护性靶点,并发现天然化合物Cianidanol作为其调节剂 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,需要进一步体内实验验证 | 系统研究高BMI与结直肠癌的遗传关联和分子机制,识别关键治疗靶点 | 结直肠癌患者数据、HCT116结直肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 孟德尔随机化分析、差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序、分子对接 | 预后模型、PPI网络 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA队列数据、全球疾病负担数据(1990-2021) | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2025-11-07 |
Ubiquitylation-oxaliplatin-related prognosis signature reveals the landscapes of immune responses, cell communication, and therapeutic sensitivity for colorectal cancer
2025-Nov-05, Anti-cancer drugs
IF:1.8Q3
DOI:10.1097/CAD.0000000000001778
PMID:41191789
|
研究论文 | 本研究构建了一个基于泛素化与奥沙利铂耐药相关的结直肠癌风险评分模型,揭示了免疫应答、细胞通讯和治疗敏感性的特征 | 首次整合泛素化修饰与奥沙利铂耐药性构建风险评分模型,并通过单细胞RNA测序鉴定耐药细胞群体和关键信号通路 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,需要进一步的体内实验验证 | 探索泛素化在结直肠癌奥沙利铂耐药中的作用机制,并开发预测模型和治疗策略 | 结直肠癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,药物敏感性预测 | 风险评分模型 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2025-11-07 |
From Gene to Scar: Proteome-Wide Causal Insights into Keloid Pathogenesis and Prevention
2025-Nov-05, Advances in wound care
IF:5.8Q1
DOI:10.1177/21621918251387987
PMID:41192836
|
研究论文 | 通过大规模孟德尔随机化研究和单细胞RNA测序分析,系统评估血浆蛋白及生活方式因素对瘢痕疙瘩发病风险的因果影响 | 首次建立多层因果推断框架,整合蛋白质组学、表型组学和单细胞转录组学数据,在单细胞分辨率上验证RSPO3作为瘢痕疙瘩致病因子 | 研究样本量相对有限,仅包含30名患者的单细胞数据 | 识别瘢痕疙瘩的新型治疗靶点和可改变风险因素 | 瘢痕疙瘩患者和4,907种血浆蛋白及8,155种生活方式相关特征 | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩 | 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序,中介分析 | 因果推断模型 | 基因组数据,蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 30名患者的194,366个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |