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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-04-04 |
Deep Imputation Bi-Stochastic Graph Regularized Matrix Factorization for Clustering Single-Cell RNA-Sequencing Data
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3387911
PMID:38607719
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研究论文 | 本文提出了一种名为DSINMF的新方法,通过深度矩阵分解对单细胞RNA测序数据进行聚类分析 | 提出结合深度矩阵分解与双随机图正则化的新型聚类方法,并整合了特征选择、缺失值插补和降噪处理的多步骤流程 | 未在摘要中明确说明方法的局限性 | 开发用于单细胞RNA测序数据聚类分析的新算法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度矩阵分解 | 基因表达数据 | 九个数据集(未指定具体样本数量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-04-04 |
SAGE: Spatially Aware Gene Selection and Dual-View Embedding Fusion for Domain Identification in Spatial Transcriptomics
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520333
PMID:41486374
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研究论文 | 本文提出了一种名为SAGE的统一可重复框架,用于空间转录组学中的空间域识别,该框架结合了主题驱动的基因选择和双视图嵌入融合 | 提出了一种结合基于主题模型的基因选择和双视图(局部表达图与主题驱动的非局部图)嵌入融合的统一框架,以解决现有方法在捕获结构判别性基因和长程功能关系方面的不足 | 未明确说明 | 提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性和生物学可解释性 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌,黑色素瘤 | 空间转录组学 | 非负矩阵分解,对比图表示学习 | 空间基因表达数据 | 34个真实世界数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 83 | 2026-04-04 |
Spatially Resolved Multiomics Reveals Metabolic Remodeling and Autophagy Activation in Adamantinomatous Craniopharyngiomas
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202516965
PMID:41489092
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研究论文 | 本研究利用空间分辨多组学技术揭示了颅咽管瘤中的代谢重塑和自噬激活机制 | 首次结合单细胞空间转录组学和空间分辨代谢组学,揭示了颅咽管瘤中肿瘤上皮细胞亚群的空间分离、代谢轴形成及其与自噬激活的直接耦合 | 研究样本可能有限,且功能验证主要基于免疫组化,未来需更多体内实验验证 | 探究颅咽管瘤进展和复发的驱动因素 | 颅咽管瘤组织 | 数字病理学 | 颅咽管瘤 | 单细胞空间转录组学, 空间分辨代谢组学, 批量代谢组学, 免疫组化 | NA | 空间转录组数据, 代谢组数据, 图像数据 | NA | CosMx, AFADESI | 单细胞空间转录组学, 空间分辨代谢组学 | CosMx SMI, AFADESI-MSI | CosMx 单分子成像空间转录组学, AFADESI 质谱成像空间代谢组学 |
| 84 | 2026-04-04 |
Spatial Transcriptomics of TMJ Reveals a Remodeling Fibroblast-Immune Microenvironment Driving Arthritis Pain
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202519816
PMID:41498747
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研究论文 | 本研究应用seqFISH空间转录组学技术解析了颞下颌关节关节炎疼痛的细胞微环境重塑机制 | 首次应用seqFISH空间转录组学技术系统绘制成年小鼠TMJ细胞类型解剖图谱,揭示了关节炎诱导的成纤维细胞-免疫细胞微环境重塑及其通过Igf1-Il33轴驱动疼痛的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类患者组织验证样本量有限,机制研究尚未完全转化为临床治疗策略 | 探究颞下颌关节关节炎疼痛的细胞微环境重塑机制 | 成年小鼠颞下颌关节组织及患者滑膜组织 | 空间转录组学 | 关节炎 | seqFISH(顺序荧光原位杂交)空间转录组学 | 基因敲除小鼠模型(巨噬细胞特异性Igf1敲除、成纤维细胞特异性Il33敲除) | 空间转录组数据、组织切片图像 | 未明确说明具体样本数量,包括成年小鼠TMJ组织和患者滑膜组织 | NA | 空间转录组学 | seqFISH | 顺序荧光原位杂交空间转录组技术 |
| 85 | 2026-04-04 |
Early Radial Extracorporeal Shockwave Stimulation on Proximal Tibial Circular Osteotomy Site Enhanced Heterotopic Skin Wound Healing via Small Extracellular Vesicles
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202517257
PMID:41504389
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研究论文 | 本研究探索了径向体外冲击波疗法在胫骨环形截骨部位如何通过小细胞外囊泡增强大鼠足背伤口愈合 | 首次将径向体外冲击波疗法应用于胫骨截骨部位,并通过小细胞外囊泡介导的机制促进伤口愈合,揭示了ATP/P2X7R/p38MAPK通路在sEV释放中的作用以及Thrombospondin 1蛋白的关键功能 | 研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证,且具体机制细节需进一步探索 | 探索径向体外冲击波疗法在伤口愈合中的治疗潜力,特别是针对慢性伤口如糖尿病足溃疡 | 大鼠的胫骨环形截骨部位和足背皮肤伤口 | 再生医学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞测序、蛋白质组学分析 | 动物模型(大鼠) | 生物分子数据、细胞行为数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2026-04-04 |
ROS Activated NETosis of Bone Marrow CD55+ Intermediate Mature Neutrophils Through HIF1α-PADI4 Pathway to Initiate Bone Aging
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500046
PMID:41504495
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研究论文 | 本研究揭示了骨髓中CD55+中间成熟中性粒细胞通过ROS激活的NETosis,经由HIF1α-PADI4通路,在骨衰老启动中的关键作用 | 首次发现CD55+中间成熟中性粒细胞亚群在骨衰老中的核心角色,并揭示了ROS与HIF1α-PADI4通路协同调控NETosis的新机制 | 研究主要基于SAMP6小鼠模型,人类骨衰老中的直接相关性尚需进一步验证 | 探究骨髓中性粒细胞NETosis在骨衰老启动中的机制及潜在治疗靶点 | 3月龄雄性SAMP6小鼠的骨髓中性粒细胞及骨髓间充质干细胞 | 细胞生物学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3月龄雄性SAMP6小鼠骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-04-04 |
Reconstructing Coherent Functional Landscape From Multi-Modal Multi-Slice Spatial Transcriptomics by a Variational Spatial Gaussian Process
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520423
PMID:41521465
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研究论文 | 本文介绍了一种名为stVGP的变分空间高斯过程框架,用于从多模态、多切片空间转录组数据中对齐、整合和重建空间相干域 | stVGP通过结合空间高斯过程与空间分层变换器,实现了跨切片对齐、批次效应校正和虚拟组织切片生成,支持连续3D重建和基因表达插值 | NA | 开发一个统一、可扩展的框架,用于从多模态多切片空间转录组数据中建模复杂组织的3D空间景观 | 空间转录组数据集,包括人类乳腺癌样本 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 变分空间高斯过程框架(stVGP),结合空间分层变换器 | 空间转录组数据,组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 88 | 2026-04-04 |
HMGB2-RAD21 Axis Promotes Fibro/Adipogenic Progenitor Proliferation and Regulates Fat Infiltration
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514363
PMID:41524172
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析猪胚胎肌肉,揭示了HMGB2-RAD21轴在调控纤维/脂肪祖细胞增殖和脂肪浸润中的关键作用 | 首次构建了猪胚胎纤维/脂肪祖细胞的发育图谱,并鉴定出HMGB2亚群作为决定FAP池大小的关键因素,揭示了HMGB2通过靶向RAD21调控FAP体内增殖的新机制 | 研究主要基于猪和小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证,且机制研究在体内外环境中的差异需更深入探讨 | 探究肌间脂肪浸润的分子和细胞机制,以改善肉类品质并缓解骨骼肌中的病理脂肪浸润 | 猪胚胎肌肉组织、小鼠模型以及纤维/脂肪祖细胞 | 单细胞测序 | 肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 猪胚胎肌肉样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-04-04 |
Confidence-Based Batch Ordering in Continual Learning: A Curriculum Learning Approach for Single-Cell RNA Sequencing Data
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3654772
PMID:41543966
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研究论文 | 本研究提出了一种基于置信度的批量排序策略,用于单细胞RNA测序数据的持续学习,通过按置信度升序排列训练批次来提升分类性能 | 引入置信度估计来优先处理训练样本,首次在持续学习中系统研究批量排序对学习效率和模型性能的影响 | 未探讨自适应置信度指标在动态数据集中的应用,且策略在其他领域的扩展性有待验证 | 优化持续学习算法在数据密集型任务中的工作流程,提高模型在单细胞RNA测序数据上的分类性能和泛化能力 | 单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 持续学习算法 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-04-04 |
S3RL: Enhancing Spatial Single-Cell Transcriptomics With Separable Representation Learning
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202516178
PMID:41556263
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研究论文 | 本文提出了一种名为S3RL的可分离表示学习框架,旨在增强空间转录组原始数据的保真度,以解决数据稀疏性和技术噪声问题 | 提出S3RL框架,通过有效去噪稀疏测量和放大生物学相关信号,恢复精细的空间表达模式和调控关系,在空间域识别和多切片对齐方面实现了高达170%的ARI提升 | 未在摘要中明确说明 | 提升空间转录组数据的分析能力,以解码复杂的组织微环境 | 人类、小鼠和植物等多种生物组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肿瘤免疫交互 | 空间转录组学 | 可分离表示学习框架 | 空间转录组数据 | 未在摘要中明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 91 | 2026-04-04 |
scDGCL: A Dual-Level and Graph-Constrained Contrastive Learning Method for Single-Cell RNA Sequencing Data Clustering
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3655670
PMID:41557577
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDGCL的双层图约束对比学习方法,用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 该方法通过同时考虑细胞和簇级别的相似性与差异性,并利用图的关系先验对齐表示,从而优化细胞表示并提升聚类性能 | NA | 提升单细胞RNA测序数据的聚类性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习 | 基因表达数据 | 12个真实数据集和8个模拟数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-04-04 |
Immune Predictors of Radiotherapy Outcomes in Cervical Cancer
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509784
PMID:41560673
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研究论文 | 本研究整合单细胞转录组学和机器学习,揭示了宫颈癌放疗后免疫微环境的动态重塑,并开发了预测放疗预后的多层感知机模型 | 首次结合单细胞转录组学和机器学习识别宫颈癌放疗的免疫预测因子,并发现C3/C3AR1轴介导的上皮-髓系细胞互作在放疗响应中的关键作用 | 研究样本量有限,且主要基于单细胞数据,需进一步临床验证 | 探索宫颈癌放疗疗效的免疫预测因子,以指导精准放疗策略 | 宫颈癌患者及小鼠模型的免疫微环境 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞转录组学 | 多层感知机 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-04-04 |
Mitochondrial Calcium Uniporter Drives Chemoresistance in Pancreatic Cancer via Glutathione-Mediated Stemness Maintenance
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507346
PMID:41560687
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序,发现线粒体钙单向转运体(MCU)在胰腺导管腺癌(PDAC)中通过谷胱甘肽介导的干细胞性维持驱动化疗耐药 | 首次揭示MCU通过触发内质网应激和PERK-eIF2α通路,激活ATF4和NRF2,促进谷胱甘肽合成以清除活性氧并维持干细胞性,从而介导PDAC化疗耐药 | 研究主要基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证MCU抑制剂的疗效和安全性 | 探究胰腺导管腺癌(PDAC)化疗耐药的分子机制,并开发新的治疗策略 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤细胞,特别是化疗耐药相关的癌症干细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,高通量筛选 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2026-04-04 |
Single-Cell Mitochondrial Lineage Tracing Decodes Fate Decision and Spatial Clonal Architecture in Human Hematopoietic Organoids
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202518084
PMID:41560697
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研究论文 | 本研究开发了一种利用单细胞RNA测序中的线粒体转录本自然突变作为内源性遗传条形码的方法,以追踪人类多能干细胞在早期胚胎发生中的造血谱系命运决策和空间克隆结构 | 创新点包括利用线粒体突变作为非侵入性内源性条形码进行单细胞谱系追踪,整合线粒体条形码与合成谱系追踪以建模胚胎组织发育,以及扩展至空间转录组学以揭示NOTCH介导的基质细胞与造血祖细胞间交互作用驱动的空间分区 | NA | 研究目的是解码人类造血类器官中的命运决策和空间克隆结构,以理解组织自组织机制 | 研究对象是人类多能干细胞(hPSCs)及其衍生的造血类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学 | 动态系统模型 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 95 | 2026-04-04 |
Identification of a Force-Induced Sox9+Acan+ Transitional Subpopulation Linked to FGF2-FGFR2-ERK Signaling in Orthodontic Bone Remodeling
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202519330
PMID:41572365
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在小鼠模型中识别了一个力诱导的Sox9+Acan+过渡亚群,揭示了其在正畸骨重塑中通过FGF2-FGFR2-ERK信号通路调控破骨细胞分化和骨吸收的作用 | 首次在正畸骨重塑中识别并功能验证了一个新的力敏感过渡细胞亚群Sox9Acan细胞,并阐明了其与Mmp14巨噬细胞相互作用激活FGF2-FGFR2-ERK信号通路的机制 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证,且单细胞测序可能受样本量和技术限制 | 探究正畸力诱导的骨重塑机制,特别是间充质谱系细胞的异质性及其在正畸性炎症性牙根吸收中的作用 | 小鼠正畸牙移动模型中的间充质谱系细胞、免疫细胞及其他相关细胞类型 | 单细胞组学 | 牙科疾病 | 单细胞RNA测序, RNAscope, 多重免疫组化, 机械刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-04-04 |
PARPi Combining Nanoparticle LIN28B siRNA for the Management of Malignant Ascites
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510547
PMID:41572432
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向递送LIN28B siRNA的纳米颗粒联合PARP抑制剂BMN673的协同疗法,用于治疗恶性腹水,并在临床前卵巢癌模型中验证了其疗效 | 首次发现LIN28B高表达和DNA修复通路失调是恶性浆液性积液的关键特征,并创新性地提出了PARP抑制剂与靶向LIN28B的siRNA纳米递送系统联合治疗的协同策略 | 研究主要在临床前卵巢癌模型中进行,尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性 | 开发一种针对恶性腹水(恶性浆液性积液的一种)的新型治疗策略 | 恶性腹水(MA),特别是卵巢癌模型中的恶性腹水 | 数字病理 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 患者和临床前样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2026-04-04 |
Spatial Profiling Reveals Distinct Molecular and Immune Evolution of Mouse Lung Adenocarcinoma Precancers with or Without Carcinogen Exposure
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202512597
PMID:41580978
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研究论文 | 本文整合全外显子组测序、成像质谱流式细胞术和空间转录组学,研究了两种小鼠肺腺癌模型中分子演化和免疫反应的差异 | 首次在空间维度上比较了遗传工程和致癌物诱导的肺腺癌前病变的分子与免疫演化,揭示了吸烟相关与非吸烟相关肺癌的相似性 | 研究基于小鼠模型,结果向人类肺癌的转化需进一步验证 | 探究肺腺癌前病变在有无致癌物暴露下的分子与免疫演化差异 | 129S4/Sv-Kras遗传工程小鼠模型和129S4 U致癌物诱导的小鼠肺腺癌前病变模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 全外显子组测序, 成像质谱流式细胞术, 空间转录组学 | NA | 基因组序列, 蛋白质成像, 空间转录组数据 | 141只小鼠中的156个病变区域 | NA | 空间转录组学, 单细胞蛋白质成像 | NA | NA |
| 98 | 2026-04-04 |
HFFST: A Hierarchical Feature Fusion Algorithm for Spatial Gene Expression Prediction Using Histopathology Images
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3658320
PMID:41591852
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研究论文 | 本文提出了一种名为HFFST的分层特征融合算法,用于从H&E染色的病理图像预测空间基因表达 | 该方法首次充分利用病理图像中的分层信息,采用从粗到细的回归框架和多层次特征提取与融合技术来预测空间转录组图谱 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种从H&E染色病理图像预测空间基因表达的计算方法,以降低空间转录组技术的成本和复杂性 | H&E染色的全切片病理图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 分层特征融合算法(HFFST) | 图像 | 五个公共数据集和高分辨率Visium数据 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | 高分辨率Visium数据 |
| 99 | 2026-04-04 |
SiCmiR Atlas: Single-Cell miRNA Landscape Reveals Hub-miRNA and Network Signatures in Human Cancers
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514446
PMID:41691474
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SiCmiR的两层神经网络,用于从单细胞RNA测序数据预测miRNA表达谱,并构建了首个单细胞成熟miRNA表达数据库SiCmiR Atlas | 开发了SiCmiR神经网络,仅需977个LINCS L1000标志基因即可预测miRNA表达,降低了scRNA-seq数据中dropout的敏感性,并创建了首个单细胞miRNA表达数据库 | 未明确提及具体限制,但可能依赖于训练数据的质量和覆盖范围 | 研究单细胞水平miRNA的表达模式及其在癌症中的作用 | 人类癌症中的miRNA,包括肝细胞癌、胰腺导管癌、垂体腺瘤和胶质母细胞瘤 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 两层神经网络 | RNA-seq数据 | 6,462个TCGA配对miRNA-mRNA样本,涵盖362个公共数据集和936万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-04-04 |
Dual-Target ROS-Driven Spatiotemporal Senolysis for Vascular Repair and Immune Microenvironment Reprogramming in the Treatment of Ocular Fundus Neovascularization
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202523495
PMID:41698122
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研究论文 | 本文开发了一种ROS响应性衰老细胞清除水凝胶,用于治疗眼底新生血管,通过选择性清除衰老内皮细胞和小胶质细胞,改善血管修复和免疫微环境 | 开发了一种可注射的ROS响应性衰老细胞清除水凝胶,实现病灶激活的持续药物释放,选择性清除两种致病性衰老细胞亚群,打破血管与免疫衰老的恶性循环 | NA | 开发一种精准治疗眼底新生血管的多功能时空控制治疗策略 | 眼底新生血管(OFN) | 数字病理学 | 眼底新生血管 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |