单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-04	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	research paper	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接H&E图像和转录组学数据	首次提出将组织学图像和转录组学数据整合的基础模型OmiCLIP，并开发了Loki平台提供五项关键功能	未提及具体局限性	整合组织学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析能力	组织学图像和转录组学数据	computational biology	NA	scRNA-seq, spatial transcriptomics (ST)	OmiCLIP	image, transcriptomic data	220万对组织图像和转录组学数据，涵盖32个器官
82	2025-06-04	Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells 2025-04-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425 PMID:40054472	research paper	该研究描述了从猪诱导多能干细胞高效生成光感受器主导的视网膜类器官的方法	开发了一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的方法，为视网膜退行性疾病的研究提供了新的临床前模型	NA	开发猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官，以补充人类异种移植研究的功能和安全性数据	猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官	干细胞研究	视网膜退行性疾病	免疫细胞化学 (ICC), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 图像数据	NA
83	2025-06-04	Impact of lymph node metastasis on immune microenvironment and prognosis in colorectal cancer liver metastasis: insights from multiomics profiling 2025-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02921-2 PMID:39753715	research paper	研究探讨了淋巴结转移（LNM）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后的影响，并通过多组学分析揭示了潜在的免疫机制	首次通过整合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，比较了有和无LNM患者的癌症特异性生存率（CSS）和免疫特征，揭示了非转移性TDLNs中免疫细胞的丰富性及其与抗肿瘤免疫反应的关联	研究依赖于回顾性队列数据，可能存在选择偏倚，且多组学数据的整合分析复杂，可能影响结果的解释	探讨LNM对CRLM患者预后的影响及其免疫机制	结直肠癌肝转移（CRLM）患者	digital pathology	colorectal cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing, proteomics	NA	RNA sequencing data, proteomics data, pathological evaluations	来自美国SEER队列和中国多中心队列的CRLM患者
84	2025-06-04	Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis 2025-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730 PMID:39965531	研究论文	通过整合和分析银屑病关节炎（PsA）患者滑液、衰老患者外周血及正常人群的单细胞RNA测序数据，探索PsA与衰老的共同分子机制	发现CD8-CM在PsA和衰老人群中表达上调，并鉴定出与PsA和衰老相关的关键基因TGFBR3、PPP3CC和APOBEC3G	NA	研究银屑病关节炎（PsA）与衰老的共同分子机制	银屑病关节炎（PsA）患者滑液、衰老患者外周血及正常人群的单细胞RNA测序数据	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化、KEGG通路分析	NA	RNA测序数据	NA
85	2025-06-04	20 years of stemness: From stem cells to hypertranscription and back 2025-03-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102406 PMID:39919752	评论	回顾过去20年干细胞转录组学的发展，从微阵列技术到单细胞RNA测序的应用，并探讨干细胞超转录状态的发现	揭示了干细胞超转录状态的存在，并指出2002年的干细胞特征基因签名实际上是超转录的标记	文章为回顾性分析，未涉及新的实验数据	探讨干细胞转录组学的发展历程及其在生理和疾病研究中的意义	胚胎干细胞和成体干细胞	转录组学	NA	微阵列技术、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
86	2025-06-04	Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.01.640701 PMID:40297507	研究论文	本文研究了眼部免疫特权如何通过独特的调节和无能基因签名影响致葡萄膜炎T细胞	使用单细胞转录组学和功能验证揭示了T调节细胞和无能T细胞的独特表型，以及它们从共同增殖前体平行而非顺序分化的轨迹	研究主要基于体内免疫特权模型，可能不完全反映人类眼部免疫调节的复杂性	探索眼部免疫特权对T细胞分化和功能的分子机制	视网膜特异性T细胞，特别是Foxp3+ T调节细胞和无能T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
87	2025-06-04	Profiling immune cell tissue niches in the spatial -omics era 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.001 PMID:39522655	综述	本文回顾了高通量空间组学技术在免疫细胞组织微环境研究中的应用及其对转化免疫学的新见解	提出了一个三步框架来定义和表征免疫微环境，并总结了空间解析方法分析适应性免疫库和淋巴细胞克隆扩增的当前方法	免疫微环境的定义标准存在不一致性	研究免疫细胞在组织中的空间分布及其功能意义	免疫细胞及其组织环境	空间组学	NA	空间转录组学	NA	空间组学数据	NA
88	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing and machine learning provide candidate drugs against drug-tolerant persister cells in colorectal cancer 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167693 PMID:39870146	研究论文	利用单细胞RNA测序和机器学习技术识别结直肠癌中的药物耐受持久性细胞，并筛选潜在治疗药物	结合单细胞RNA测序和机器学习模型识别药物耐受持久性细胞，并筛选出具有协同效应的候选药物	研究仅基于三个患者来源的类器官样本，样本量较小	开发针对结直肠癌中药物耐受持久性细胞的治疗方法	患者来源的类器官（PDOs）中的药物耐受持久性细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	机器学习（ML）	RNA测序数据	三个患者来源的类器官样本（良性肿瘤、恶性肿瘤和正常类器官）
89	2025-06-04	Integrated analyses uncover new features of atypical memory B cells and novel targets for intervention 2025-03, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152877 PMID:39938454	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和免疫表型分析，揭示了非典型记忆B细胞（AMB）的转录组特征、免疫表型及其在系统性风湿性疾病中的潜在作用	首次全面描述了AMB的转录组特征和免疫表型，并发现其在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者中的扩增现象	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证AMB在疾病中的具体作用机制	探究非典型记忆B细胞的免疫特征及其在系统性风湿性疾病中的致病作用	非典型记忆B细胞（AMB）及其在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者中的表现	免疫学	系统性红斑狼疮, 类风湿性关节炎, 干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 生物信息学分析, CyTOF免疫表型分析	NA	转录组数据, 免疫表型数据	未明确说明样本数量，但涉及系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者的血液和组织样本
90	2025-06-04	Lymphocyte Subpopulations in the Healthy Human Lacrimal Gland and Their Variations With Age and Sex, Systematic Review 1960-2023 2025-Mar, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70167 PMID:40105662	系统性综述	本文通过系统性综述和荟萃分析，探讨了健康人类泪腺中淋巴细胞亚群及其随年龄和性别变化的规律	首次系统性地总结了1960-2023年间关于健康人类泪腺淋巴细胞亚群的研究，并进行了年龄分组的荟萃分析	研究中40岁以下个体和女性样本代表性不足，各研究对淋巴细胞浸润的量化标准存在较大差异	明确人类泪腺中主要淋巴细胞亚群及其随年龄和性别的变化规律	774名健康个体（其中722具尸体）的泪腺组织	免疫学	NA	苏木精-伊红染色、免疫组织化学、免疫荧光	NA	组织学数据	774名健康个体（722具尸体样本）
91	2025-06-04	Single-cell and spatial characterization of plasmablast-like lymphoma cells in primary central nervous system lymphoma 2025-Feb, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2024.100058 PMID:40454408	research paper	该研究通过单细胞和空间多组学分析，揭示了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中具有浆母细胞样特征的淋巴瘤亚群的细胞和空间异质性及其与微环境的相互作用	首次在PCNSL中鉴定出具有浆母细胞（PBL）特征的淋巴瘤亚群，并揭示了其与微环境的独特分子和空间互作模式	样本量相对较小，且PBL特征亚群在患者中的分布频率（约40%）可能限制结论的普适性	解析PCNSL肿瘤异质性及其与微环境的关系	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者肿瘤组织	digital pathology	lymphoma	单细胞测序, 空间多组学分析, BCR分析, CD138免疫组化染色	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质表达数据	PCNSL患者队列（具体数量未明确提及）
92	2025-06-04	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2025-Jan-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01432-w PMID:39825401	meta-analysis	通过小鼠和人类前列腺单细胞转录组的荟萃分析，揭示了组织退化、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性	利用随机矩阵理论去噪数据集，建立了正常小鼠和人类前列腺的参考细胞类型分类，并使用最优传输比较了跨物种上皮细胞群的转录组相似性	研究主要基于单细胞转录组数据，可能未涵盖所有细胞状态和功能的复杂性	研究前列腺上皮细胞状态在组织稳态、肿瘤起始和进展中的动态变化	小鼠和人类前列腺组织	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	多个已发表和新生成的小鼠和人类前列腺scRNA-seq数据集
93	2025-06-04	Low fucosylation defines the glycocalyx of progenitor cells and melanocytes in the human limbal stem cell niche 2025-01-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.11.008 PMID:39706176	研究论文	本研究揭示了人类角膜缘干细胞微环境中前体细胞和黑色素细胞糖萼的低岩藻糖基化特征及其在干细胞自我更新和分化中的调控作用	首次发现角膜缘上皮前体细胞和黑色素细胞表面呈现低AAL结合特性，并证实岩藻糖基化调控对体外培养角膜缘上皮细胞增殖潜能的影响	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证岩藻糖基化调控的生理意义	探究成人干细胞糖萼的独特组成及其在干细胞功能调控中的作用	人类角膜缘、毛囊上皮和睑板腺导管的分层上皮基底细胞	干细胞生物学	眼科疾病	荧光激活细胞分选术（FACS）结合单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	人类角膜缘、毛囊和睑板腺组织样本
94	2025-06-04	Omics based technology application in poultry meat research 2025-Jan, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104643 PMID:39662255	研究论文	本文探讨了组学技术在禽肉研究中的应用，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学，旨在全面了解禽肉品质问题	综合运用多种组学技术和生物信息学方法，深入解析禽肉品质的分子机制，特别是针对鸡胸肌病变的研究	NA	提高禽肉产品的质量和组成	禽肉（特别是鸡肉）的品质和鸡胸肌病变	生物信息学	禽类疾病	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、质谱分析	NA	分子生物学数据	NA
95	2025-06-04	A novel Tc17 population recruited by tumor cells promotes tumor progression in gastric cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1592328 PMID:40452847	研究论文	本文研究了胃癌微环境中Tc17细胞的作用及其与肿瘤细胞的相互作用	首次揭示了Tc17细胞在胃癌中的免疫抑制作用及其通过CXCL16-CXCR6轴被肿瘤细胞招募的机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索Tc17细胞在胃癌微环境中的角色及其对肿瘤进展的影响	胃癌微环境中的Tc17细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞测序、空间转录组学、多色免疫组化染色、SCENIC分析、伪时间分析、细胞间相互作用分析	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	65个胃癌样本的296,879个细胞和10个胃癌样本的空间转录组数据
96	2025-06-04	Metabolic reprogramming signature predicts prognosis and immune landscape in small cell lung cancer: MOCS2 validation and implications for personalized therapy 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1592888 PMID:40452920	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了小细胞肺癌(SCLC)中代谢重编程的特征，并开发了一个基于梯度提升机的预后模型，验证了MOCS2在SCLC细胞生物学中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和多组学分析揭示了SCLC中化疗耐药与敏感样本间的代谢重编程差异，并建立了基于代谢特征的预后模型	研究主要基于公共数据集，需要进一步临床样本验证	探索代谢重编程在小细胞肺癌预后和免疫特征中的作用，并开发个性化治疗策略	小细胞肺癌患者样本和细胞系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，bulk RNA测序，WGCNA分析	GBM(梯度提升机)	RNA测序数据	来自GSE60052和cBioportal队列的批量RNA测序数据，以及未明确数量的单细胞RNA测序样本
97	2025-06-04	Single-Cell Analysis Reveals Aspirin Restores Intervertebral Disc Integrity via Ferroptosis Regulation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519218 PMID:40453974	研究论文	通过单细胞分析揭示阿司匹林通过调节铁死亡恢复椎间盘完整性	首次使用单细胞RNA测序技术揭示椎间盘退变中的细胞异质性，并发现阿司匹林通过靶向GPX4抑制铁死亡的治疗潜力	研究仅基于四个独立的单细胞测序数据集，样本量可能有限	探索椎间盘退变的分子机制及阿司匹林的治疗效果	椎间盘髓核细胞（NPC）亚群	数字病理学	椎间盘退变	单细胞RNA测序	Harmony算法	单细胞测序数据	四个独立的单细胞测序数据集
98	2025-06-04	To Explore the Key Subgroup and Their Immune Microenvironment During the Formation of Coronary Plaque With scRNA-seq 2025, Cardiology research and practice IF:1.8Q3 DOI:10.1155/crp/3221767 PMID:40454289	研究论文	通过单细胞RNA测序技术探索冠状动脉斑块形成过程中的关键亚群及其免疫微环境	利用多种技术（包括单细胞RNA测序、CytoTRACE、monocle、slingshot、CellChat和SCENIC）研究了NK细胞中的关键亚群C1 RACK1+ NK细胞在冠状动脉斑块形成中的作用	样本量较小，仅包含15个个体标本	理解冠状动脉斑块形成过程中的细胞异质性及其免疫微环境	NK细胞中的C1 RACK1+亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CytoTRACE、monocle、slingshot、CellChat、SCENIC	NA	单细胞RNA测序数据	15个个体标本
99	2025-06-04	Bulk and single-cell RNA-sequencing analyses revealed potential key genes and the role of CCL19/CCL21-CCR7 axis in hidradenitis suppurativa 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322565 PMID:40455785	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了化脓性汗腺炎（HS）中潜在的关键基因以及CCL19/CCL21-CCR7轴的作用	采用三种机器学习方法的整合分析，成功识别出AKR1B10、IGFL2、WNK2、SLAMF7和CCR7作为HS治疗的潜在枢纽基因和治疗靶点	未提及具体样本量，且研究结果需在独立数据集中进一步验证	识别HS病变和周围血液中的关键基因表达模式，并分析CCL19/CCL21-CCR7轴的潜在作用	化脓性汗腺炎（HS）病变组织和外周血	生物信息学	化脓性汗腺炎	批量RNA测序、单细胞RNA测序	机器学习方法（未具体说明模型类型）	RNA测序数据	NA
100	2025-06-04	Targeting myeloid cells in pancreatic ductal adenocarcinoma: from primary tumors to liver metastasis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1555036 PMID:40458409	综述	本文探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）中髓系细胞的作用，从原发肿瘤到肝转移的不同阶段，以及针对髓系细胞的免疫治疗策略	重点分析了转移性免疫微环境与原发肿瘤的差异，并探讨了针对髓系细胞的创新治疗策略，如CD40激动剂和CSF-1R抑制剂	临床研究多涉及晚期疾病患者，而临床前研究多集中于原发肿瘤，两者之间的差异可能导致对免疫治疗无效性的理解不足	探讨PDAC中髓系细胞在肿瘤微环境中的作用及针对它们的免疫治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）的原发肿瘤、转移前微环境和转移部位	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学	NA	NA	NA