单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-08-04	Epiplakin expression is lost in psoriatic skin lesions and is downregulated by IFN-γ in ex vivo skin cultures 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1617737 PMID:40746860	research paper	该研究探讨了epiplakin（EPPK1）在银屑病皮肤病变中的表达缺失及其在体外皮肤培养中被IFN-γ下调的机制	首次揭示了EPPK1在银屑病皮肤病变中的特异性下调及其与IFN-γ的关联	研究主要基于体外实验和动物模型，未涉及大规模临床样本验证	探究EPPK1在炎症性皮肤病（特别是银屑病）中的作用及其调控机制	人类银屑病皮肤样本和小鼠表皮	皮肤病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光、细胞因子处理	NA	RNA测序数据、免疫染色图像	人类银屑病皮肤样本和小鼠表皮样本（具体数量未提及）
82	2025-08-04	Exploring the prognostic significance and therapeutic potential of SUCLG2 in prostate cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1592779 PMID:40747103	研究论文	本研究探讨了SUCLG2在前列腺癌中的预后意义和治疗潜力，并构建了一个基于脂质代谢的风险模型	首次从脂质代谢角度构建了前列腺癌的16基因风险模型，并验证了SUCLG2作为潜在标志物和治疗靶点的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证SUCLG2的具体作用机制	探索前列腺癌的分子发病机制并开发有效的诊断和治疗策略	前列腺癌样本和前列腺癌上皮细胞系22Rv1	数字病理学	前列腺癌	高通量RNA测序、单细胞RNA测序、定量实时聚合酶链反应、免疫荧光检测	Cox比例风险回归模型、LASSO回归	RNA测序数据	497个前列腺癌样本（来自TCGA数据库）和前列腺癌细胞系
83	2025-08-04	Transcriptome combined single-cell sequencing explores molecular mechanisms of ANGPTL4 in sepsis-induced acute lung injury 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328551 PMID:40743234	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，探索ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制	首次系统分析ANGPTL4在急性肺损伤进展中的时空表达模式和功能网络，并预测其与药物的相互作用	ANGPTL4与Q9BY76-Quercetin的相互作用需要进一步研究，且研究主要基于小鼠模型	阐明ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制	急性肺损伤患者和小鼠模型	分子生物学	急性肺损伤	转录组测序、单细胞测序、分子对接	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的急性肺损伤患者数据和小鼠模型
84	2025-08-04	Machine learning combining external validation to explore the immunopathogenesis of diabetic foot ulcer and predict therapeutic drugs 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328906 PMID:40749079	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞方法探索糖尿病足溃疡的免疫机制并识别潜在治疗药物	结合机器学习和单细胞测序技术，识别了糖尿病足溃疡的7个核心基因及潜在治疗药物	研究依赖于外部数据集验证，未进行实验验证	探索糖尿病足溃疡的免疫机制并预测治疗药物	糖尿病足溃疡患者	机器学习	糖尿病足溃疡	单细胞测序, WGCNA, 分子对接	机器学习算法	基因表达数据	GEO数据集和外部数据集GSE147890
85	2025-08-04	Integrating single-cell regulatory atlas and multi-omics data for differential treatment response and multimodal predictive modeling in CDK 4/6 inhibitor-treated breast cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1585574 PMID:40746611	研究论文	本研究整合单细胞调控图谱和多组学数据，解码CDK4/6抑制剂耐药机制并开发预测生物标志物	首次结合单细胞RNA-seq和多组学数据构建肿瘤预后调控因子指数(TPRI)，并开发多模态预测模型	甲基化数据整合的样本量有限	解码CDK4/6抑制剂治疗反应的异质性机制并开发预测模型	HR+/HER2-乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA-seq, qPCR, 多组学分析	logistic回归	基因表达数据, miRNA数据	单细胞RNA-seq数据14例, 批量多组学数据1149例(TCGA-BRCA 1059例 + GSE186901 90例)
86	2025-08-04	"Molecular pigeon" network of lncRNA and miRNA: decoding metabolic reprogramming in patients with lung cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1578927 PMID:40746614	综述	本文综述了长链非编码RNA（lncRNA）和微小RNA（miRNA）在肺癌患者代谢重编程中的关键作用，并阐明了相关的复杂lncRNA-miRNA网络	揭示了lncRNA和miRNA通过竞争性内源RNA机制在肺癌代谢重编程中的新作用，为肺癌的诊断和治疗提供了新的靶点和途径	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探讨lncRNA和miRNA在肺癌代谢重编程中的作用及其潜在的治疗和诊断价值	肺癌患者中的lncRNA和miRNA	分子生物学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
87	2025-08-04	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	本研究探讨了肿瘤微环境中低水平TNFα通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞自我更新的机制	揭示了低水平TNFα通过VASN介导的糖酵解促进胶质瘤干细胞自我更新的新机制，为GBM治疗提供了新靶点	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	探索TNFα在胶质瘤微环境中对胶质瘤干细胞自我更新的调控作用	胶质瘤干细胞(GSCs)和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤(GBM)	空间转录组学、免疫印迹、RNA测序、单细胞RNA测序、质谱分析	体外和体内模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量
88	2025-08-04	Integrated immuno-transcriptomic analysis of ovarian cancer identifies a four-chemokine-dominated subtype with antitumor immune-active phenotype and favorable prognosis 2024-Oct, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02803-7 PMID:39095528	研究论文	该研究通过整合免疫转录组学分析，识别出一种以四种趋化因子为主导的卵巢癌亚型，该亚型具有抗肿瘤免疫活性表型和良好的预后	发现了一个由四种趋化因子（CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13）组成的关键基因面板，这些趋化因子在建立活跃的T细胞浸润抗肿瘤表型中起关键作用，并引入了一种新的卵巢癌免疫分类	研究主要基于转录组数据，虽然进行了免疫组化验证，但仍需更多实验验证趋化因子的具体作用机制	探究卵巢癌中免疫活性表型与临床结果的关系，并识别新的免疫分类标志物	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	转录组测序、单细胞RNA测序、免疫组化	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	2850个卵巢癌样本（来自19个数据集）、39个卵巢癌样本（单细胞RNA测序）、39个样本（免疫组化验证）
89	2025-08-04	Basophils Play a Protective Role in the Recovery of Skin Barrier Function from Mechanical Injury in Mice 2024-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.12.024 PMID:38286187	研究论文	本研究探讨了嗜碱性粒细胞在小鼠皮肤机械损伤后屏障功能恢复中的保护作用	揭示了嗜碱性粒细胞通过下调Il17a表达对抗IL-17A对皮肤屏障功能恢复的负面影响的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中得到验证	探究皮肤机械损伤后屏障功能恢复的分子机制	小鼠皮肤机械损伤模型	免疫学	皮肤损伤	单细胞RNA测序、流式细胞术	动物模型	基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明小鼠数量
90	2025-08-04	Spock2 Functions as a Key Time-Series Gene of Endothelial Cells in Sepsis-Induced Cardiomyopathy 2024-Aug-01, Journal of cardiovascular pharmacology IF:2.6Q2 DOI:10.1097/FJC.0000000000001577 PMID:39115722	研究论文	本研究探讨了脓毒症诱导的心肌病中内皮细胞的关键时间序列基因Spock2的功能	通过时间序列分析和单细胞测序数据，鉴定了内皮细胞特异性时间依赖性差异表达基因Spock2，并验证了其在脓毒症中的保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证不足	研究脓毒症诱导的心肌病的发病机制	脓毒症小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	分子生物学	心血管疾病	转录组分析、单细胞测序、免疫荧光	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	GSE171546和GSE207363数据集中的小鼠样本和人脐静脉内皮细胞
91	2025-08-04	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae216 PMID:38725155	研究论文	本文介绍了一种名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据在轨迹推断中的适用性，并量化分析决策对轨迹特性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动评估减少轨迹推断分析中的不确定性和决策负担	未提及具体的数据集限制或框架的适用范围	解决单细胞RNA测序轨迹推断中方法选择和参数不确定性的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
92	2025-08-04	Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs) 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae230 PMID:38739758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞，揭示早期大脑发育的功能相关生物标志物及其调控网络	利用scRNA-seq技术识别早期神经元发育中的差异表达基因，并通过富集分析和构建基因调控网络揭示其功能角色和相互作用	研究仅基于体外培养的hESCs分化数据，可能无法完全反映体内发育的复杂性	阐明早期人类大脑发育的分子机制和转录动态	人类胚胎干细胞（hESCs）及其分化过程中的神经元	生物信息学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	hESCs体外分化至神经元第26天（D26）和第54天（D54）的scRNA-seq数据
93	2025-08-04	Error modelled gene expression analysis (EMOGEA) provides a superior overview of time course RNA-seq measurements and low count gene expression 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae233 PMID:38770716	研究论文	本文介绍了一种名为EMOGEA的框架，用于分析RNA-seq数据，该框架结合了测量不确定性，并特别适用于监测动态现象的数据	EMOGEA框架通过结合测量不确定性和特殊的时间序列数据建模方法，提供了对RNA-seq数据的更优分析，特别适用于低表达量转录本的研究	NA	改进RNA-seq数据的分析方法，特别是在时间序列和低表达量基因的研究中	时间序列RNA-seq数据，包括批量样本和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	EMOGEA	RNA-seq数据	斑马鱼胚胎发育的RNA-seq研究和小鼠植入前胚胎的scRNA-seq研究
94	2025-08-04	Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae202 PMID:38706319	研究论文	本文提出了一种名为IGAN的新方法，用于推断细胞间通讯（CCC）及其上下游通路	首次能够估计两个特定空间相邻单细胞之间的基因关联/网络，并探索配体/受体的上下游通路	NA	理解细胞间通讯的调控机制	细胞间通讯及其基因关联网络	空间转录组学	NA	空间转录组学	IGAN	空间转录组数据	多个公共数据集
95	2025-08-04	Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae209 PMID:38706317	research paper	该研究提出了一种基于双层特征传播的单细胞RNA测序数据插补方法，以解决数据稀疏性和技术噪声问题	提出了scBFP方法，通过两步图特征传播同时利用基因-基因和细胞-细胞关系进行数据插补和去噪	依赖于初始噪声数据构建的图结构，可能存在噪声传播风险	解决单细胞RNA测序数据中的技术噪声、丢失事件和稀疏性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图特征传播	基因表达数据	NA
96	2025-08-04	β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice 2024-Mar, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894 PMID:38311286	研究论文	本研究探讨了β细胞中Jagged1表达对肥胖小鼠胰岛Notch活性和胰岛素分泌缺陷的影响	揭示了Jagged1在肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中的增加及其对Notch信号的影响，并探索了Jagged1中和抗体的潜在治疗价值	遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的主要来源，这限制了Jagged1作为治疗靶点的潜力	研究肥胖小鼠和2型糖尿病患者中β细胞Jagged1表达对Notch信号和胰岛素分泌功能的影响	高脂饮食喂养的小鼠、瘦素受体缺陷小鼠(db/db)以及2型糖尿病患者的胰岛	糖尿病研究	2型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、葡萄糖耐量测试、葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)实验	诱导性β细胞特异性Jag1转基因小鼠(β-Jag1TG)和功能丧失小鼠(iβ-Jag1KO)	基因表达数据、生理功能测试数据	高脂饮食喂养小鼠、db/db小鼠和2型糖尿病患者的胰岛样本
97	2025-08-04	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572214 PMID:38187768	research paper	本文介绍了一个名为Escort的框架，用于评估单细胞RNA测序数据是否适合进行轨迹推断，并量化分析决策对轨迹特性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动的方法减少轨迹推断中的不确定性和决策负担	未提及具体的性能比较或实际应用案例	解决单细胞RNA测序轨迹推断中方法选择和参数不确定性的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
98	2025-08-04	Mitochondrial integrated stress response controls lung epithelial cell fate 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06423-8 PMID:37558881	研究论文	本研究探讨了线粒体综合应激反应在肺上皮细胞命运调控中的作用	揭示了线粒体复合物I通过NAD再生调控细胞命运的新机制，并发现酵母NADH脱氢酶可挽救发育缺陷	研究主要基于小鼠模型，人类细胞中的适用性尚需验证	探究肺上皮细胞命运决定的代谢调控机制	小鼠肺上皮细胞（AT1和AT2细胞）	细胞生物学	肺发育异常	条件性基因敲除、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（使用转基因小鼠）
99	2025-08-03	Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice 2025-Sep, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70035 PMID:40415727	研究论文	本研究通过空间转录组学分析揭示了HDAC抑制剂通过调节小胶质细胞动态来保护小鼠免受缺血性中风的损伤	首次揭示了HDAC抑制剂通过表观遗传调控改变小胶质细胞的转录组景观和形态表型，促使其向神经保护型转变	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索表观遗传干预调节小胶质细胞活性在缺血性中风中的治疗潜力	小鼠缺血性中风模型中的小胶质细胞	神经科学	缺血性中风	空间转录组学、3D形态重建技术	啮齿动物中风模型	转录组数据、形态数据	NA
100	2025-08-03	Spatial heterogeneity in glioblastoma: Decoding the role of perfusion 2025-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189383 PMID:40614878	综述	本文综述了胶质母细胞瘤（GBM）中灌注驱动的空间异质性及其对免疫调节和治疗抵抗的影响	探讨了灌注差异如何影响GBM的肿瘤内异质性，特别是免疫调节和治疗抵抗方面，并讨论了针对灌注诱导异质性的新兴治疗策略	NA	解码灌注在胶质母细胞瘤空间异质性中的作用，以改善治疗策略	胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境	肿瘤学	胶质母细胞瘤	第三代基因组学、高分辨率代谢组学、单细胞和空间转录组学	NA	分子和遗传数据	NA