单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32150 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-11-05 |
Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634791
PMID:39975330
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研究论文 | 开发了一种整合bulk DNA-seq和单细胞RNA-seq数据的方法TUSV-int，用于反卷积和系统发育推断 | 首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，同时支持SNV、CNA和SV多种变异类型的反卷积和系统发育树重建 | 依赖于数据质量，scDNA-seq成本和技术挑战限制了大规模应用 | 解决肿瘤系统发育重建中不同测序技术的局限性，提高克隆结构解析能力 | 肿瘤细胞克隆和变异类型 | 生物信息学 | 乳腺癌 | DNA测序, RNA测序, 整数线性规划 | 整数线性规划(ILP) | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | 已发表的乳腺癌数据集 | NA | bulk DNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2025-11-05 |
MetaLigand: A database for predicting non-peptide ligand mediated cell-cell communication
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633094
PMID:39868215
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研究论文 | 开发了一个用于预测非肽配体介导的细胞间通讯的数据库和工具MetaLigand | 首个专门针对非肽配体的数据库工具，整合了从头合成和补救合成途径，改进了预测准确性 | NA | 研究非肽配体介导的细胞间通讯机制 | 233种非肽配体及其生物合成酶、转运蛋白基因和受体基因 | 生物信息学 | 年龄相关性黄斑变性 | 转录组数据分析，单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据，scRNA-seq数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 83 | 2025-11-05 |
Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types
2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.02.530774
PMID:39803528
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研究论文 | 开发了一种结合统计和生物物理模型的混合方法，从基因表达模式预测皮层神经元类型的电生理活动 | 首次将统计模型与基于Hodgkin-Huxley的生物物理模型相结合，通过可解释的稀疏线性回归模型将离子通道基因表达与生物物理模型参数直接关联 | 面临数学模型与实验数据不匹配的挑战，模型验证依赖于多模态Patch-seq数据的质量和完整性 | 建立基因表达与皮层神经元类型生理特性之间的联系机制 | 多种皮层细胞类型的神经元 | 计算神经科学 | NA | 单细胞转录组学, Patch-seq, 模拟推理 | Hodgkin-Huxley模型, 稀疏线性回归模型 | 多模态电生理和基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2025-11-05 |
Deconvolution and phylogeny inference of diverse variant types integrating bulk DNA-seq with single-cell RNA-seq
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf234
PMID:41169710
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研究论文 | 提出TUSV-int框架，整合bulk DNA-seq和单细胞RNA-seq数据进行反卷积和系统发育推断 | 首次将bulk DNA-seq与scRNA-seq整合到单一框架中，同时支持SNV、CNA和SV多种变异类型的分析 | scDNA-seq数据获取成本高且技术挑战大，限制了在大规模队列中的常规应用 | 开发整合多种测序数据的肿瘤克隆系统发育重建方法 | 癌症基因组中的克隆谱系和突变历史 | 计算生物学 | 癌症 | bulk DNA测序, 单细胞RNA测序 | 整数线性规划(ILP) | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk DNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2025-11-05 |
Identification of Seven in absentia homolog 2 as a potential efferocytosis-related biomarker in diabetic foot ulcers
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0334163
PMID:41183121
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研究论文 | 本研究鉴定SIAH2作为糖尿病足溃疡中胞葬作用相关的潜在生物标志物 | 首次发现SIAH2在糖尿病足溃疡胞葬作用中的关键作用及其与预后的关联 | 样本量较小（20例患者），需更大规模研究验证 | 探索糖尿病足溃疡伤口愈合中胞葬作用的关键基因 | II型糖尿病患者的血液和皮肤样本 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | RNA-seq, 单细胞测序, 体外实验 | 聚类分析, 蛋白质相互作用网络分析 | 基因表达数据, 临床数据 | 20例II型糖尿病患者 | NA | 单细胞测序, RNA-seq | NA | NA |
| 86 | 2025-11-05 |
Identification of Dendritic Cell-Associated Genes in COPD Based on Bioinformatics
2025, International journal of chronic obstructive pulmonary disease
IF:2.7Q2
DOI:10.2147/COPD.S543753
PMID:41185886
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证识别COPD患者肺组织中树突状细胞相关基因 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，系统识别与COPD相关的树突状细胞基因标志物 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型和细胞实验 | 识别慢性阻塞性肺疾病中树突状细胞相关的关键基因 | COPD患者肺组织、烟雾诱导的肺气肿小鼠模型、骨髓来源树突状细胞 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析, RT-qPCR, Western blot | NA | 基因表达数据 | 多个公共数据集(GSE196638, GSE26296, GSE38974)和实验验证样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 87 | 2025-11-05 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病进展中的关键驱动作用 | 首次在ACM中发现炎症-纤维化空间生态位，并证实抗IL-1β抗体治疗可改善疾病表型 | 研究样本量有限，主要基于动物模型验证 | 探索ACM疾病进展机制并评估靶向IL-1β的治疗潜力 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | ACM患者和对照供者心肌样本 | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 88 | 2025-11-05 |
Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612119
PMID:39314416
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研究论文 | 通过纵向多组学分析揭示健康成年人年龄相关的免疫细胞动态变化 | 首次在300多名健康成年人中进行长达两年的纵向多组学免疫分析，建立了包含1600多万个PBMCs单细胞RNA测序数据的免疫健康图谱 | 研究样本仅包括健康成年人，未涵盖疾病状态或更广泛年龄范围的人群 | 探究健康人类免疫系统在生命周期中的基础性变化 | 300多名健康成年人，其中96名年轻和老年成年人接受为期两年的年度疫苗接种跟踪 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质组数据,流式细胞数据 | 300多名健康成年人，1600多万个PBMCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2025-11-05 |
A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603542
PMID:39071399
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小肠中罕见分泌细胞CHEs的命运特化机制 | 发现Notch信号通路在分泌谱系中发生第二波激活以特化CHEs细胞群体 | CHEs细胞在大鼠和人类中存在但小鼠中缺失，限制了部分实验模型的适用性 | 探究小肠分泌细胞谱系多样化的分子机制 | 大鼠和人类小肠中的C FTR高表达细胞(CHEs) | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序, 伪时间轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2025-11-05 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 评估Element Biosciences的亲和性测序技术在单细胞RNA-seq中准确读取同聚物序列并改进多聚腺苷酸化位点分析的能力 | 首次利用亲和性碱基化学测序技术准确读取单细胞RNA-seq文库中的同聚物引物序列，实现配对末端比对和多聚腺苷酸化位点的直接独立分配 | 与单端比对相比，配对末端比对并未持续提高读取映射率，且存在低水平伪影 | 改进单细胞RNA-seq文库的表征和分析方法 | 单细胞RNA-seq文库 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 亲和性测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq, DNA测序 | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti亲和性测序仪 |
| 91 | 2025-11-05 |
GZMK+CD8+ T cells Target A Specific Acinar Cell Type in Sjögren's Disease
2024-Jul-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3601404/v2
PMID:38196575
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析健康与疾病状态下的人类小唾液腺，揭示了干燥综合征中特定腺泡细胞被靶向的机制 | 首次发现新型浆黏液腺泡细胞类型，并鉴定出GZMK+CD8+ T细胞特异性靶向其中一类腺泡细胞的免疫机制 | 未明确说明样本数量和技术平台的详细配置信息 | 解析干燥综合征的发病机制和细胞靶向特性 | 人类小唾液腺组织 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 92 | 2025-11-05 |
Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects
2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.03.565463
PMID:37961672
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研究论文 | 本文提出了一种改进的条件变分自编码器方法，用于整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集 | 引入并比较了多种正则化约束策略，提出结合VampPrior和循环一致性损失的新模型，在保持生物学信息的同时改善批次效应校正 | 方法主要针对cVAE框架，对其他整合方法的适用性需要进一步验证 | 开发能够有效整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集的计算方法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器(cVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2025-11-05 |
Early events marking lung fibroblast transition to profibrotic state in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Apr-21, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02419-0
PMID:37085855
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学识别了特发性肺纤维化中成纤维细胞向促纤维化状态转变的早期事件 | 首次发现核糖体蛋白全局下调和铜结合蛋白显著上调标志着IPF转变，并识别了新的过渡性成纤维细胞亚群 | 研究样本量有限，且主要关注成纤维细胞而忽略了其他细胞类型在疾病进展中的作用 | 探究特发性肺纤维化中成纤维细胞从正常向促纤维化状态转变的早期分子事件 | 健康对照和IPF患者肺组织中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序，免疫荧光检测 | NA | 单细胞RNA测序数据，免疫荧光图像 | 健康对照和IPF患者肺组织样本（上下肺叶） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2025-11-04 |
Short-chain fatty acids regulate T cell heterogeneity to alleviate recurrent spontaneous abortion
2025-Dec, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.70155
PMID:40759431
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研究论文 | 本研究探讨肠道微生物源性短链脂肪酸通过调节T细胞异质性改善复发性流产的机制 | 首次揭示短链脂肪酸通过GPR43受体调控CD4+ T细胞分化在复发性流产中的作用机制，并开发了结肠靶向短链脂肪酸纳米递送系统 | 动物模型与人类病理生理存在差异，临床转化需要进一步验证 | 探究肠道微生物代谢产物短链脂肪酸在复发性流产免疫耐受中的作用 | 复发性流产患者和小鼠模型 | 免疫学 | 复发性流产 | 单细胞测序, 16S rDNA测序, 粪便微生物移植, 分子生物学方法 | NA | 单细胞数据, 微生物组数据 | 复发性流产患者和小鼠模型 | NA | 单细胞测序, 16S rDNA测序 | NA | NA |
| 95 | 2025-11-04 |
Single-cell aneuploidy and chromosomal arm imbalances define subclones with divergent transcriptomic phenotypes
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf138
PMID:41179709
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研究论文 | 开发了一种整合单细胞RNA测序和DNA测序的计算框架scAlign，用于在单个细胞分辨率下定义亚克隆细胞表型 | 开发了scAlign计算框架，首次实现了在单个细胞水平上整合scRNA-seq和scDNA-seq数据，通过基因剂量分析将细胞分配到特定亚克隆 | 仅使用G0/G1期细胞进行分析，可能忽略了其他细胞周期阶段的亚克隆特征 | 研究癌症中亚克隆的转录组表型差异 | 原发性和转移性癌症样本 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序, 多组学整合分析 | scAlign计算框架 | 单细胞基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell DNA-seq, single-cell multi-omics | NA | NA |
| 96 | 2025-11-04 |
Spatial Multiomics Defines a Shared Tumor Infiltrative Signature at the Resection Margin in High-Grade Gliomas
2025-Nov-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4708
PMID:40759029
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研究论文 | 本研究通过空间多组学技术定义了高级别胶质瘤切除边缘共享的肿瘤浸润特征 | 首次结合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学技术，系统分析高级别胶质瘤核心区与边缘区的分子特征差异 | 样本数量有限（4例单核测序+2例空间转录组学），需要更大规模验证 | 揭示高级别胶质瘤切除边缘残留疾病的生物学特征 | 高级别胶质瘤患者手术切除的核心区和边缘区组织 | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, CRISPR/Cas9基因编辑, 染色质免疫共沉淀测序 | 计算分析包括功能富集、差异分析、RNA速度和伪时间分析 | 基因组学数据, 表观基因组学数据, 空间转录组数据 | 4例不同分子亚型的4级高级别胶质瘤（36,811个单核RNA测序和30,705个单核ATAC测序核）, 外加2例空间转录组学样本 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 多组学整合 | NA | NA |
| 97 | 2025-11-04 |
Neoadjuvant Immunotherapy Promotes the Formation of Mature Tertiary Lymphoid Structures in a Remodeled Pancreatic Tumor Microenvironment
2025-Nov-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0387
PMID:40815230
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研究论文 | 本研究通过空间多组学分析揭示了新辅助免疫治疗在胰腺癌中促进成熟三级淋巴结构形成及肿瘤微环境重塑的机制 | 首次构建了接受新辅助免疫治疗的胰腺癌患者肿瘤和淋巴结的空间多组学图谱，并发现三级淋巴结构特异性空间基因表达特征与患者生存改善显著相关 | 研究样本量有限，且主要关注特定免疫治疗方案下的反应机制 | 探究三级淋巴结构在胰腺癌免疫治疗中的作用及其在肿瘤微环境中的空间关系 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织和肿瘤邻近淋巴结 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 成像质谱流式技术, 空间转录组学 | 机器学习分类模型, 无监督学习 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 98 | 2025-11-04 |
Cytotoxic CD8+ T Cells Downregulate GPX4 to Promote Ferroptosis in Melanoma That Drives Antitumor Immunity
2025-Nov-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1952
PMID:40828991
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现CD8+ T细胞通过下调GPX4促进黑色素瘤铁死亡，从而驱动抗肿瘤免疫反应 | 首次揭示CD8+ T细胞通过直接接触下调GPX4表达诱导肿瘤细胞铁死亡的新机制 | 主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步研究 | 探究铁死亡在抗肿瘤免疫中的作用机制 | 小鼠黑色素瘤模型和人类黑色素瘤样本 | 单细胞组学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成功和不成功免疫反应的小鼠黑色素瘤样本及人类黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2025-11-04 |
Evaluation of Proton Minibeam Radiotherapy on Antitumor Immune Responses in a Rat Model of Glioblastoma
2025-Nov-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0902
PMID:40833465
|
研究论文 | 评估质子微束放疗在胶质母细胞瘤大鼠模型中对抗肿瘤免疫反应的影响 | 首次在临床前胶质母细胞瘤模型中系统研究质子微束放疗的免疫调节作用，发现其比传统质子疗法更能有效增加肿瘤内淋巴细胞密度 | 研究基于大鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证 | 探索质子微束放疗对抗肿瘤免疫反应的影响机制 | 胶质母细胞瘤大鼠模型 | 放射肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 临床前大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2025-11-04 |
Identification of a CD138-Negative Therapy-Resistant Subpopulation in Multiple Myeloma with Vulnerability to Splicing Factor Inhibition
2025-Nov-03, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-24-0340
PMID:40890913
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别多发性骨髓瘤中CD138阴性的耐药亚群及其对剪接因子抑制的敏感性 | 发现CD138阴性多发性骨髓瘤细胞中存在耐药亚群，并首次揭示该亚群对剪接通路抑制具有特异性脆弱性 | 研究样本量有限，耐药机制需进一步验证 | 探索多发性骨髓瘤治疗抵抗的分子机制 | 从患者骨髓中纯化的原代多发性骨髓瘤细胞 | 单细胞测序 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, VDJ靶向测序, CRISPR/Cas9筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |