单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28099 篇文献，本页显示第 9961 - 9980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9961 | 2024-09-02 |
In Vivo Profiling of Individual Multiciliated Cells during Acute Influenza A Virus Infection
2022-07-27, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00505-22
PMID:35867557
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研究论文 | 本研究利用H1N1流感病毒编码的荧光报告基因、细胞系标记转基因小鼠和单细胞RNA测序技术，探索了急性流感A病毒感染期间易感上皮细胞群体的反应范围，特别是多纤毛细胞的反应。 | 研究首次识别了在感染前基础表达干扰素刺激基因的多纤毛细胞亚群，并假设这可能对早期感染反应至关重要。 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现如何转化为人类流感感染。 | 旨在理解流感A病毒感染期间上皮细胞的异质性反应及其对疾病建立的影响。 | 急性流感A病毒感染期间的多纤毛细胞和上皮细胞。 | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千个单个的小鼠肺上皮细胞 |
| 9962 | 2024-09-02 |
Single-cell multimodal analysis identifies common regulatory programs in synovial fibroblasts of rheumatoid arthritis patients and modeled TNF-driven arthritis
2022-07-26, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01081-3
PMID:35879783
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了类风湿性关节炎患者和TNF驱动关节炎模型中滑膜成纤维细胞的常见调控程序。 | 本研究首次通过单细胞多模态分析，揭示了从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并确定了跨物种保守的调控和转录网络。 | NA | 揭示从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并为理解关节病理生理学和治疗慢性炎症性及破坏性关节炎提供功能基因组蓝图。 | 滑膜成纤维细胞的转录组和表观基因组特征，以及其在健康和关节炎状态下的差异。 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | Seurat和ArchR软件包 | 转录组和表观基因组数据 | 来自健康和hTNFtg小鼠的滑膜成纤维细胞样本 |
| 9963 | 2024-09-02 |
ZetaSuite: computational analysis of two-dimensional high-throughput data from multi-target screens and single-cell transcriptomics
2022-07-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02729-4
PMID:35879727
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研究论文 | 介绍了一种新的统计方法Zeta及其软件包ZetaSuite，用于分析二维高通量数据，并在功能基因组学研究中展示了其广泛应用 | 开发了一种新的统计方法Zeta和相应的软件包ZetaSuite，用于处理二维高通量数据，特别是在识别全局剪接调控因子方面 | NA | 开发新的统计方法和软件工具，以应对功能基因组学中二维高通量数据分析的新挑战 | 二维高通量数据，包括大规模癌症依赖性筛选和单细胞转录组学研究的数据 | 功能基因组学 | 癌症 | 二维高通量筛选 | Zeta统计方法 | 二维高通量数据 | NA |
| 9964 | 2024-09-02 |
ccImpute: an accurate and scalable consensus clustering based algorithm to impute dropout events in the single-cell RNA-seq data
2022-Jul-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04814-8
PMID:35869420
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研究论文 | 本文提出了一种基于共识聚类的算法ccImpute，用于在单细胞RNA测序数据中准确且可扩展地填补丢失事件 | ccImpute算法利用新的相似性度量来填补单细胞RNA测序数据中的最可能丢失事件，其性能超过现有填补方法，并引入了最少的新噪声 | NA | 解决单细胞RNA测序技术中低表达基因的检测和准确记录问题 | 单细胞RNA测序数据中的丢失事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共识聚类 | 基因表达矩阵 | 包含M个基因和N个细胞样本的矩阵 |
| 9965 | 2024-09-02 |
Choroidal endothelial and macrophage gene expression in atrophic and neovascular macular degeneration
2022-07-21, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddac043
PMID:35181781
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了21个人类脉络膜样本，其中11个来自早期萎缩性或新生血管性年龄相关性黄斑变性（AMD）患者，鉴定了新的基因表达特征并免疫组化表征了脉络膜中的特定免疫细胞群体。 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了AMD中脉络膜内皮细胞和单核吞噬细胞的新分子特征，并发现了与AMD遗传风险因子相关的独特表达模式。 | 研究样本数量有限，且仅限于早期AMD患者，可能无法全面代表所有AMD阶段的分子特征。 | 旨在揭示年龄相关性黄斑变性（AMD）中脉络膜内皮细胞和单核吞噬细胞的分子特征。 | 人类脉络膜样本中的内皮细胞和单核吞噬细胞。 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 21个人类脉络膜样本，其中11个来自早期AMD患者 |
| 9966 | 2024-09-02 |
Spacemake: processing and analysis of large-scale spatial transcriptomics data
2022-07-19, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac064
PMID:35852420
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研究论文 | 本文介绍了一种名为spacemake的模块化、稳健且可扩展的空间转录组学数据处理和分析管道，该管道基于Snakemake和Python构建 | spacemake能够处理和分析来自不同技术的多种空间转录组学数据集，并提供样本合并、饱和度分析和长读取分析等额外功能 | NA | 开发一种能够处理和分析大规模空间转录组学数据的新工具 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 多种样本，包括来自不同实验方法的数据 |
| 9967 | 2024-09-02 |
Exfoliated Kidney Cells from Urine for Early Diagnosis and Prognostication of CKD: The Way of the Future?
2022-Jul-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23147610
PMID:35886957
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综述 | 本文综述了利用尿液中脱落的肾细胞进行慢性肾脏病（CKD）早期诊断和预后评估的现状与未来发展方向 | 介绍了多光谱自体荧光成像和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术在尿液脱落肾细胞临床应用中的潜力 | NA | 探讨尿液中脱落的近端小管细胞、足细胞、间质细胞、细胞外囊泡和干细胞/祖细胞作为CKD早期诊断和预后评估替代标记物的实用性 | 尿液中脱落的肾细胞及其在CKD诊断和预后中的应用 | 生物医学技术 | 慢性肾脏病 | 多光谱自体荧光成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酶联免疫吸附试验（ELISA）、免疫荧光技术 | NA | 细胞、蛋白质特异性信使RNA/微小RNA | NA |
| 9968 | 2024-09-02 |
Identification of Endoplasmic Reticulum Stress-Related Subtypes, Infiltration Analysis of Tumor Microenvironment, and Construction of a Prognostic Model in Colorectal Cancer
2022-Jul-08, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14143326
PMID:35884393
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研究论文 | 本研究分析了内质网应激相关基因模式在结直肠癌中的作用，并构建了一个预测患者生存的预后模型 | 首次识别出两种与内质网应激相关的基因模式，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞浸润模式和临床特征 | 研究主要基于Gene Expression Omnibus数据库的数据，可能存在样本选择偏倚 | 探讨内质网应激相关基因模式在结直肠癌发展和免疫逃逸中的作用 | 结直肠癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | 风险评分和诺模图 | 基因表达数据 | 884名结直肠癌患者 |
| 9969 | 2024-09-02 |
Evolution and developmental expression of the sodium-iodide symporter (NIS, slc5a5) gene family: Implications for perchlorate toxicology
2022-Jul, Evolutionary applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/eva.13424
PMID:35899258
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研究论文 | 本文研究了钠碘同向转运体（NIS或SLC5A5）基因家族的进化和发育表达模式，并探讨了高氯酸盐对性发育的影响机制。 | 发现了NIS基因家族在刺鱼和斑马鱼中的新表达域，并提出了高氯酸盐通过影响这些基因在生殖组织中的表达来影响性发育的假设。 | 文章未详细说明高氯酸盐影响性发育的具体分子机制。 | 探究NIS基因家族的进化历史及其在发育中的表达模式，以及高氯酸盐对性发育的影响。 | NIS基因家族及其在刺鱼和斑马鱼中的表达模式。 | NA | 甲状腺疾病 | 单细胞转录组学（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 刺鱼和斑马鱼的胚胎、幼体及成体样本 |
| 9970 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing of mouse heart cellular heterogeneity in hypercholesterolemia reveals the mechanism of myocardial damage
2022-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.951
PMID:35859355
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9971 | 2024-09-02 |
The CSF in neurosarcoidosis contains consistent clonal expansion of CD8 T cells, but not CD4 T cells
2022-06-15, Journal of neuroimmunology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.jneuroim.2022.577860
PMID:35405431
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和T及B细胞受体测序，分析了神经类肉瘤患者的脑脊液（CSF）和血液细胞，发现CSF中CD8 T细胞克隆扩增，而CD4 T细胞未见扩增 | 首次揭示了神经类肉瘤中CSF特异性的CD8 T细胞克隆扩增现象，并发现其与肺类肉瘤中CD4 T细胞驱动的机制不同 | 研究样本仅来自神经类肉瘤患者，可能限制了结果的普遍性 | 识别神经类肉瘤中脑脊液特异性的抗原驱动T和B细胞反应 | 神经类肉瘤患者的脑脊液和血液细胞 | 免疫学 | 神经类肉瘤 | 单细胞RNA测序，T和B细胞受体测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 9972 | 2024-09-02 |
Update Breast Cancer 2022 Part 1 - Early Stage Breast Cancer
2022-Jun, Geburtshilfe und Frauenheilkunde
IF:2.4Q2
DOI:10.1055/a-1811-6106
PMID:35903719
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综述 | 本文综述了近年来关于早期乳腺癌治疗的最新证据，特别是关于新药物如Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab的疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析（spatial transcriptomics）在临床试验中的应用 | 介绍了新药物Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab在早期乳腺癌患者中的良好疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析在临床试验中的应用 | 对于哪些激素受体阳性乳腺癌的绝经前患者可以避免不必要的治疗，以及化疗对肿瘤的直接细胞毒性作用或通过化疗减少卵巢功能的程度等问题仍未明确 | 总结近期科学会议和出版物中关于早期乳腺癌治疗的科学创新 | 早期乳腺癌患者及其治疗 | NA | 乳腺癌 | 空间基因表达分析（spatial transcriptomics） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9973 | 2024-09-02 |
Alignment and integration of spatial transcriptomics data
2022-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01459-6
PMID:35577957
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PASTE的方法，用于对齐和整合来自多个相邻组织切片的空间转录组数据 | PASTE方法通过使用最优传输公式，结合转录相似性和斑点间的物理距离，计算切片间的成对对齐，并进一步组合成对齐以构建组织的三维对齐 | NA | 开发一种方法来对齐和整合多个相邻组织切片的空间转录组数据 | 空间转录组数据的对齐和整合 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输模型 | 转录组数据 | 数千个来自组织切片的斑点 |
| 9974 | 2024-09-02 |
Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus
2022-04-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abf1970
PMID:35389781
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞，揭示了细胞类型特异性的分子和遗传关联 | 首次使用大规模单细胞RNA测序技术（mux-seq）对SLE患者的免疫细胞进行全面分析，并结合基因型数据进行细胞类型特异性的cis-表达数量性状位点映射 | NA | 探索系统性红斑狼疮（SLE）中免疫细胞类型特异性的分子和遗传关联 | 系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序（mux-seq） | NA | 基因表达数据 | 162例SLE患者和99例对照组的外周血单个核细胞，共计超过120万个细胞 |
| 9975 | 2024-09-02 |
Spatially Resolved Transcriptomes of Mammalian Kidneys Illustrate the Molecular Complexity and Interactions of Functional Nephron Segments
2022, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2022.873923
PMID:35872784
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研究论文 | 本研究使用空间转录组测序（ST-seq）技术，对正常小鼠和人类肾脏进行分析，揭示了功能性肾单位结构在分子层面的复杂性和相互作用 | 首次应用ST-seq技术于正常哺乳动物肾脏，提供了跨物种的生理学和细胞间通信的转录组学见解 | 研究仅限于正常肾脏，未涉及病理状态下的肾脏 | 深入理解哺乳动物肾脏功能性肾单位结构的复杂性 | 小鼠和人类的正常肾脏 | 数字病理学 | NA | 空间转录组测序（ST-seq） | NA | 转录组数据 | 6只小鼠和4个人类肾脏 |
| 9976 | 2024-09-02 |
Theories, laws, and models in evo-devo
2022-01, Journal of experimental zoology. Part B, Molecular and developmental evolution
DOI:10.1002/jez.b.23096
PMID:34570438
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综述 | 本文回顾了进化发育生物学（evo-devo）中的一些理论、模型和定律，包括历史上的重演理论、原型理论以及新的框架移位理论、发育工具箱、ABC模型等 | 文章提出了对von Baer定律的重新审视以及对时钟模型修正的可能性，并探讨了利用高通量测序数据发展新理论和模型的前景 | 文章指出evo-devo中所谓的“定律”实际上只是特定谱系趋势的概括，且“体计划”作为一种原型，其科学意义常被忽视 | 探讨和总结进化发育生物学中的理论、模型和定律，并展望未来的发展方向 | 进化发育生物学中的理论、模型和定律 | NA | NA | 高通量测序，单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 9977 | 2024-09-02 |
Mapping the genetic architecture of human traits to cell types in the kidney identifies mechanisms of disease and potential treatments
2021-09, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00909-9
PMID:34385711
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研究论文 | 本研究通过生成659个微切割人肾样本的表达数量性状位点（eQTL）综合图谱，并利用分层连锁不平衡得分回归方法整合全基因组关联研究（GWAS）与单细胞RNA测序及单核测序数据，揭示了肾功能和高血压发病机制中的细胞类型特异性遗传变异。 | 本研究首次生成了人肾样本的细胞类型特异性eQTL图谱，并通过贝叶斯共定位分析提名了200多个与肾功能和高血压相关的基因，为药物再利用提供了新机会。 | NA | 旨在通过解析人类特征的遗传结构与肾细胞类型的关系，揭示疾病机制并探索潜在治疗方案。 | 人肾样本的遗传变异及其在肾功能和高血压发病机制中的作用。 | 遗传学 | 肾脏疾病 | 全基因组关联研究（GWAS）、单细胞RNA测序、单核测序 | 分层连锁不平衡得分回归 | 基因组数据 | 659个微切割人肾样本 |
| 9978 | 2024-09-02 |
The developmental hourglass model is applicable to the spinal cord based on single-cell transcriptomes and non-conserved cis-regulatory elements
2021-Sep, Development, growth & differentiation
DOI:10.1111/dgd.12750
PMID:34473348
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研究论文 | 本研究通过数据挖掘和实验验证，证明了发育沙漏模型适用于脊髓这一简化元素 | 首次通过单细胞转录组数据和非保守的顺式调控元件验证了脊髓发育的沙漏模型 | 仅限于脊髓的发育过程，未涉及其他器官或组织的发育 | 验证发育沙漏模型在脊髓发育中的适用性 | 脊髓的发育过程及其分子机制 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 小鼠和斑马鱼的单细胞转录组数据 |
| 9979 | 2024-09-01 |
Comprehensive analysis of single-cell transcriptomics and genetic factors reveals the mechanisms and preventive strategies for the progression from pulmonary fibrosis to lung cancer
2024-Oct-25, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112803
PMID:39094357
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研究论文 | 本文通过综合分析单细胞转录组学和遗传因素，揭示了从肺纤维化到肺癌进展的机制和预防策略。 | 本文首次使用孟德尔随机化方法确定肺纤维化诱发的肺癌初期属于小细胞肺癌，并通过伪时间序列分析识别出具有致癌潜力的肺神经内分泌细胞。 | NA | 研究从肺纤维化到肺癌的进展机制及其预防策略。 | 肺纤维化细胞、肺神经内分泌细胞及其相互作用，以及肺纤维化微环境中纤维母细胞对免疫细胞的影响。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9980 | 2024-09-01 |
Alterations in intratumoral and peripheral immune status in recurrent gliomas and their prognostic implications for patients underwent reoperation
2024-Oct-25, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112797
PMID:39083926
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研究论文 | 本文分析了复发性胶质瘤中肿瘤内和外周免疫状态的特征及其对患者再次手术后生存的预测意义 | 发现复发性胶质瘤中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的浸润增加，并且TAMs在复发性胶质瘤中表现出显著的表型异质性和代谢重编程 | NA | 研究复发性胶质瘤中免疫状态的特征及其对患者再次手术后生存的预测意义 | 复发性胶质瘤患者的肿瘤内和外周免疫状态 | 数字病理学 | 脑瘤 | 免疫组织化学染色、血液学检查、批量和单细胞测序 | NA | 组织样本、血液样本、测序数据 | 使用自家的样本和公开来源的数据进行分析 |