单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28099 篇文献，本页显示第 9941 - 9960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9941 | 2024-09-04 |
Ordered and deterministic cancer genome evolution after p53 loss
2022-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05082-5
PMID:35978189
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研究论文 | 本文通过小鼠模型研究了p53失活后的癌症基因组进化模式 | 发现p53失活后的癌症基因组进化具有可预测的顺序性和确定性 | NA | 探究p53失活后的癌症基因组进化模式及其对肿瘤发生的影响 | 小鼠胰腺导管腺癌模型中的单细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 9942 | 2024-09-04 |
Define and visualize pathological architectures of human tissues from spatially resolved transcriptomics using deep learning
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.029
PMID:36090815
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RESEPT的深度学习框架，用于从空间转录组学数据中表征和可视化组织结构 | RESEPT能够通过空间保留的图神经网络学习三维嵌入，并将嵌入映射到RGB图像中进行可视化，从而准确地推断和可视化组织结构 | NA | 开发一种新的计算框架，以从空间转录组学数据中揭示复杂人类疾病的病理结构和功能分区 | 人类和鼠类皮质组织的空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络，卷积神经网络 | 基因表达数据 | 基于10x Genomics Visium空间转录组学数据集的多个样本，包括人类和鼠类皮质组织以及自家的阿尔茨海默病样本和胶质母细胞瘤样本 |
| 9943 | 2024-09-04 |
Bioinformatics analysis identified apolipoprotein E as a hub gene regulating neuroinflammation in macrophages and microglia following spinal cord injury
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.964138
PMID:36091018
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析单细胞RNA测序数据集GSE159638，鉴定了载脂蛋白E（APOE）作为调节脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的关键基因 | 首次通过单细胞分析揭示了APOE在脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中的中心作用，并验证了其在小鼠模型中的转录变化 | 研究主要基于小鼠模型，未来需在更多种类的模型中验证APOE的作用 | 探讨脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的调节机制 | 巨噬细胞和微胶质细胞在脊髓损伤后的神经炎症反应 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 数据集GSE159638中的单细胞RNA测序数据 |
| 9944 | 2024-09-04 |
Deciphering colorectal cancer immune microenvironment transcriptional landscape on single cell resolution - A role for immunotherapy
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.959705
PMID:36032085
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结直肠癌（CRC）免疫微环境研究中的应用，探讨其在精准免疫治疗发展中的潜力 | 介绍了scRNA-seq技术在揭示复杂生物系统如癌症和免疫系统中细胞异质性的重要性，以及其在个性化药物开发中的应用 | NA | 探讨scRNA-seq在结直肠癌精准免疫治疗中的应用潜力 | 结直肠癌的免疫微环境和治疗抵抗机制 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 9945 | 2024-09-04 |
Sampling and ranking spatial transcriptomics data embeddings to identify tissue architecture
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.912813
PMID:36035139
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研究论文 | 本文开发了一种名为MP-MIM的嵌入评估方法，结合基于消息传递的嵌入转换和空间自相关分析，用于选择有效的嵌入以推断组织架构 | 提出了一种新的嵌入评估方法MP-MIM，该方法结合了消息传递和空间自相关分析，以提高空间转录组数据分析的准确性 | NA | 开发一种新的方法来选择新的测试数据的有效嵌入，并提高深度学习工具在空间转录组分析中的可用性 | 空间转录组数据嵌入的选择和排名 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络 | 基因表达数据 | 16个来自人类大脑的空间转录组样本 |
| 9946 | 2024-09-04 |
SETD2 regulates gene transcription patterns and is associated with radiosensitivity in lung adenocarcinoma
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.935601
PMID:36035179
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研究论文 | 研究探讨了SETD2在肺腺癌中的作用及其与放射敏感性的关联 | 首次揭示SETD2作为放射敏感性标志物，并通过多组学分析展示了SETD2增强染色质可及性和基因转录的模式 | 研究主要集中在细胞和分子层面，临床验证和实际应用效果需进一步研究 | 识别与肺腺癌放射敏感性相关的表观遗传生物标志物，以促进精准医学 | 肺腺癌及其放射敏感性 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及肺腺癌的批量RNA测序和单细胞RNA测序 |
| 9947 | 2024-09-04 |
Single-cell immunology of SARS-CoV-2 infection
2022-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01131-y
PMID:34931002
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研究论文 | 本文利用单细胞技术研究SARS-CoV-2感染的免疫学机制，并提供标准化数据集和可视化工具 | 采用单细胞技术深入分析个体细胞间的免疫反应异质性，揭示COVID-19发病机制的分子机制 | NA | 深入理解与SARS-CoV-2保护性或病理性免疫相关的免疫细胞亚群和分子因子，促进COVID-19疫苗和治疗药物的开发 | SARS-CoV-2感染的免疫细胞亚群和分子因子 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞转录组学、单细胞多组学分析 | NA | 单细胞数据 | 超过320万个细胞 |
| 9948 | 2024-09-03 |
Dynamic changes in pyroptosis following spinal cord injury and the identification of crucial molecular signatures through machine learning and single-cell sequencing
2024-Aug-26, Journal of pharmaceutical and biomedical analysis
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jpba.2024.116449
PMID:39217701
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研究论文 | 本文研究了脊髓损伤后细胞焦亡的动态变化，并通过机器学习和单细胞测序技术识别了关键的分子特征 | 本文首次通过机器学习算法和单细胞测序数据分析，揭示了脊髓损伤后细胞焦亡的时序动态变化和关键分子特征 | NA | 阐明脊髓损伤后细胞焦亡的主要细胞类型和相关关键基因 | 脊髓损伤后的细胞焦亡及其相关基因 | 机器学习 | 脊髓损伤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了BV2细胞和脊髓组织样本 |
| 9949 | 2024-09-03 |
Dissociation of Human and Mouse Tumor Tissue Samples for Single-cell RNA Sequencing
2024-Aug-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66766
PMID:39221955
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研究论文 | 本文介绍了一种快速通用的组织解离协议，用于从人和小鼠肿瘤组织样本中进行单细胞RNA测序（scRNAseq）。 | 开发了一种快速通用的解离协议，适用于多种类型的人和小鼠肿瘤样本，确保了单细胞悬液的纯净和活力。 | 解离过程可能影响单细胞的交叉污染和数据质量，以及可能导致敏感细胞群的消除和应激反应基因的上调。 | 旨在克服现有解离技术的局限性，提高单细胞RNA测序的质量和可靠性。 | 人及小鼠的肿瘤组织样本。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 细胞 | 多种类型的人和小鼠肿瘤样本 |
| 9950 | 2024-09-03 |
[Recent advances in capillary electrophoresis-mass spectrometry analysis of trace biomolecules]
2024, Nihon yakurigaku zasshi. Folia pharmacologica Japonica
DOI:10.1254/fpj.24036
PMID:39218679
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综述 | 本文综述了毛细管电泳-质谱（CE-MS）在痕量生物分子分析中的最新进展，特别是单细胞分析方面 | 结合高灵敏度的纳米电喷雾电离质谱（MS）和在线样品预浓缩方法，能够检测到纳摩尔至亚纳摩尔级别的生物分子 | NA | 探讨和总结CE-MS在痕量生物分子分析中的应用，特别是单细胞分析 | 痕量生物分子，特别是单细胞中的代谢物、蛋白质、脂质等 | 分析化学 | NA | 毛细管电泳（CE）、纳米电喷雾电离质谱（MS） | NA | 生物分子 | 单细胞级别 |
| 9951 | 2024-09-02 |
PPIC-labeled CAFs: Key players in neoadjuvant chemotherapy resistance for gastric cancer
2024-Oct, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.102080
PMID:39116799
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研究论文 | 本文研究了胃癌中与新辅助化疗耐药性相关的癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特定亚群，特别是PPIC标记的CAFs。 | 首次揭示了PPIC标记的CAF亚群在胃癌新辅助化疗耐药性中的关键作用，并探讨了其可能的信号通路机制。 | 需要进一步研究PPIC标记的CAF在胃癌药物耐药性中的确切机制。 | 探讨胃癌中新辅助化疗耐药性的机制，特别是与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的关系。 | 胃癌患者的新辅助化疗耐药性和癌症相关成纤维细胞（CAFs）。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 109例耐药组和55例敏感组胃癌患者 |
| 9952 | 2024-09-02 |
Navigating the Landscape of Intestinal Regeneration: A Spotlight on Quiescence Regulation and Fetal Reprogramming
2024-Aug-30, International journal of stem cells
IF:2.5Q3
DOI:10.15283/ijsc23176
PMID:38267367
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综述 | 本文综述了肠道再生过程中静息状态调节和胎儿重编程的关键作用 | 强调了静息干细胞和复苏干细胞在肠道再生中的重要性，并探讨了其潜在的临床应用 | NA | 探讨肠道再生过程中干细胞的调控机制及其临床应用潜力 | 肠道组织再生中的静息干细胞和复苏干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 类器官系统 | NA | NA | NA |
| 9953 | 2024-09-02 |
μ-Opioid receptor transcriptional variants in the murine forebrain and spinal cord
2024-Aug-24, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2024.148890
PMID:39187136
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研究论文 | 本文通过长读RNA测序、空间和单细胞转录组学技术，全面研究了小鼠中枢神经系统中μ-阿片受体编码基因Oprm1的转录变体 | 发现了小鼠Oprm1基因的主要转录本具有一个长的3'非翻译区，这与人类OPRM1主要转录本同源，并编码相同的保守C端氨基酸序列 | NA | 探索Oprm1基因在小鼠中枢神经系统中的转录变体及其功能意义 | 小鼠的前脑和脊髓中的μ-阿片受体转录变体 | 分子生物学 | NA | 长读RNA测序、RNAscope原位杂交 | NA | RNA序列 | 小鼠的丘脑、纹状体、皮质和脊髓组织 |
| 9954 | 2024-09-02 |
Advances in Melanoma: From Genetic Insights to Therapeutic Innovations
2024-Aug-14, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12081851
PMID:39200315
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综述 | 本文综述了黑色素瘤研究中的遗传和分子机制，以及由此带来的治疗创新 | 介绍了单细胞测序、CRISPR-Cas9和AI驱动的诊断等新兴技术在黑色素瘤研究中的应用，以及免疫检查点抑制剂和个性化mRNA疫苗等免疫疗法的革命性进展 | 尽管取得了进展，但耐药机制仍然是一个挑战，需要结合疗法和持续研究以实现持久的治疗反应 | 探讨黑色素瘤的遗传和分子机制，以及这些机制如何影响肿瘤生长和治疗反应 | 黑色素瘤的遗传变异、信号通路、表观遗传修饰、肿瘤微环境以及新兴治疗技术 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞测序、CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA |
| 9955 | 2024-09-02 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4863813/v1
PMID:39184105
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研究论文 | 本文开发了PURE-seq技术，用于高效测序稀有细胞，并利用该技术研究了小鼠长期造血干细胞在造血衰老过程中的转录组变化，发现了Egr1作为潜在的主调控因子。 | 开发了PURE-seq技术，该技术能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中，减少细胞处理和损失，可靠地捕获稀有细胞。 | NA | 研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老过程中的转录组变化，并识别潜在的主调控因子。 | 小鼠长期造血干细胞及其在造血衰老过程中的转录组。 | 单细胞测序 | NA | PURE-seq | NA | 转录组数据 | 数十个稀有细胞，稀有度为1/1,000,000 |
| 9956 | 2024-09-02 |
A Comparison of Tools That Identify Tumor Cells by Inferring Copy Number Variations from Single-Cell Experiments in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2024-Aug-05, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12081759
PMID:39200223
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研究论文 | 本文比较了sciCNV、InferCNV、CopyKAT和SCEVAN工具通过推断单细胞实验中的拷贝数变异来识别胰腺导管腺癌中的肿瘤细胞的性能 | 本文揭示了现有工具在识别肿瘤细胞时的局限性，强调了开发更可靠算法的重要性 | 现有工具的预测结果与肿瘤生物标志物的预测存在大量假阳性，且预测结果高度依赖于样本和使用的软件 | 比较不同工具在识别胰腺导管腺癌肿瘤细胞中的性能，并评估其可靠性 | sciCNV、InferCNV、CopyKAT和SCEVAN工具的性能 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 胰腺导管腺癌患者、邻近和健康组织的测序数据 |
| 9957 | 2024-09-02 |
circADAMTS6 via stabilizing CAMK2A is involved in smoking-induced emphysema through driving M2 macrophage polarization
2024-Aug, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2024.108832
PMID:38936066
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了吸烟相关肺气肿中M2巨噬细胞比例的增加，并发现circADAMTS6通过稳定CAMK2A mRNA促进M2巨噬细胞极化，从而参与吸烟诱导的肺气肿。 | 本研究首次揭示了circADAMTS6在吸烟相关肺气肿中的新机制，即通过稳定CAMK2A mRNA促进M2巨噬细胞极化。 | 研究主要集中在细胞和动物模型上，需要进一步的人体临床研究来验证这些发现。 | 探索吸烟诱导肺气肿的分子机制，并寻找潜在的诊断和治疗标志物。 | 吸烟相关肺气肿中的M2巨噬细胞极化和circADAMTS6的作用机制。 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括人类和鼠类的肺组织样本 |
| 9958 | 2024-09-02 |
Single-Cell RNA-seq Analysis Reveals a Positive Correlation between Ferroptosis and Beta-Cell Dedifferentiation in Type 2 Diabetes
2024-Jul-29, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12081687
PMID:39200152
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了铁死亡与2型糖尿病中β细胞去分化之间的潜在关联 | 首次揭示了铁死亡在2型糖尿病β细胞去分化过程中的作用，并识别了关键的转录因子和长非编码RNA | 研究仅基于公共数据集，未进行体内实验验证所有发现 | 探究铁死亡在2型糖尿病β细胞去分化中的作用 | 2型糖尿病患者的β细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六个公共数据集 |
| 9959 | 2024-09-02 |
Identifying cell states in single-cell RNA-seq data at statistically maximal resolution
2024-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012224
PMID:38995959
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法Cellstates，用于在单细胞RNA测序数据中以统计上最大分辨率识别细胞状态 | Cellstates工具直接操作原始数据，自动确定最佳分区和聚类数量，无需可调参数，并且能够从第一原理推导出唯一解 | NA | 旨在解决在单细胞RNA测序数据中准确识别不同基因表达状态的挑战 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9960 | 2024-09-02 |
MR1-restricted T cell clonotypes are associated with "resistance" to Mycobacterium tuberculosis infection
2024-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166505
PMID:38716731
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研究论文 | 研究探讨了MR1限制性T细胞克隆型与抵抗结核分枝杆菌感染之间的关系 | 发现MR1限制性T细胞克隆型与抵抗结核分枝杆菌感染有关，揭示了人类MR1T细胞TCR谱系的捐赠者特异性多样性 | NA | 研究MR1限制性T细胞与抵抗结核分枝杆菌感染的关联 | MR1限制性T细胞克隆型及其与结核分枝杆菌感染的关系 | NA | 结核病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 18,251个MR1T细胞，来自8名捐赠者 |