单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9921	2024-09-04	DEPDC1 as a metabolic target regulates glycolysis in renal cell carcinoma through AKT/mTOR/HIF1α pathway 2024-Jul-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06913-1 PMID:39068164	研究论文	本研究探讨了DEPDC1作为代谢靶点在肾细胞癌中通过AKT/mTOR/HIF1α途径调控糖酵解的作用	发现了DEPDC1在肾细胞癌中的新作用，并证明了其作为TKI联合靶向代谢治疗的潜在靶点	研究样本量相对较小，需要进一步的大规模临床研究验证	探索肾细胞癌中的代谢调控机制及潜在治疗靶点	肾细胞癌及其药物抵抗性	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）、非靶向代谢组学测序	NA	RNA序列、蛋白质水平数据	14名肾细胞癌患者（包括3份TKI耐药的针刺活检样本）及98份临床组织样本
9922	2024-09-04	Decoding single-cell molecular mechanisms in astrocyte-to-iN reprogramming via Ngn2- and Pax6-mediated direct lineage switching 2024-Jul-27, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01989-z PMID:39068473	研究论文	本研究通过Ngn2和Pax6介导的直接谱系转换，探讨了星形胶质细胞向诱导神经元（iN）重编程的单细胞分子机制	本研究揭示了星形胶质细胞向诱导神经元重编程的关键基因和通路，为优化重编程过程提供了新的见解	NA	阐明星形胶质细胞向诱导神经元重编程的分子动力学	星形胶质细胞和诱导神经元	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用10×Genomics平台进行了单细胞RNA测序，涉及的细胞数量未明确提及
9923	2024-09-04	CHAI: consensus clustering through similarity matrix integration for cell-type identification 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae411 PMID:39207729	研究论文	本文介绍了CHAI方法，通过集成相似性矩阵的共识聚类技术来识别单细胞RNA测序数据的细胞类型	CHAI方法集成了七种最先进的聚类方法，并展示了在多个基准数据集上的优越性能	NA	解决在单细胞RNA测序数据中选择最佳聚类方法的问题	单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	RNA测序数据	多个基准数据集
9924	2024-09-04	Systemic and skin-limited delayed-type drug hypersensitivity reactions associate with distinct resident and recruited T cell subsets 2024-Jul-23, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178253 PMID:39042477	研究论文	本研究利用先进技术探讨了不同类型的药物过敏反应中皮肤驻留记忆T细胞（TRMs）和招募T细胞亚群的起源、表型和功能	通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和细胞内转录组和表位的测序（CITE-Seq）以及T细胞受体测序（TCR-Seq），揭示了系统性和皮肤局限性药物过敏反应中T细胞亚群的差异	NA	探究不同严重程度的药物过敏反应中致病性T细胞的起源、表型和功能	皮肤驻留记忆T细胞（TRMs）和招募T细胞亚群	免疫学	药物过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），细胞内转录组和表位的测序（CITE-Seq），T细胞受体测序（TCR-Seq）	NA	转录组数据	NA
9925	2024-09-04	Disease-specific T cell receptors maintain pathogenic T helper cell responses in postinfectious Lyme arthritis 2024-Jul-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179391 PMID:38963700	研究论文	本研究通过流式细胞术、高通量T细胞受体（TCR）测序和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了来自欧洲抗生素耐药性莱姆关节炎（ARLA）患者关节中的CD4+ Th细胞，旨在揭示疾病特异性Th细胞的分子程序。	研究发现了在ARLA患者中特异性的TCR-β基序，并将其与特定的HLA-DRB111或13等位基因相关联，这些等位基因在欧洲患者中更为常见，为ARLA的诊断提供了新的生物标志物。	研究主要集中在欧洲患者群体，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他地区或不同遗传背景的患者。	阐明抗生素耐药性莱姆关节炎中疾病特异性Th细胞的分子机制。	来自欧洲ARLA患者关节中的CD4+ Th细胞。	免疫学	莱姆关节炎	流式细胞术、高通量T细胞受体（TCR）测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	T细胞受体（TCR）序列、RNA序列	来自欧洲ARLA患者的关节样本
9926	2024-09-04	DIS3 ribonuclease is essential for spermatogenesis and male fertility in mice 2024-Jul-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202579 PMID:38953252	研究论文	本文研究了RNA外泌体相关DIS3核糖核酸酶在维持精子发生和雄性生育力中的关键作用	首次揭示了DIS3核糖核酸酶在精子发生中的关键作用，特别是在维持精子干细胞稳态和促进生殖细胞分化方面	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人类研究来验证这些发现	探讨DIS3核糖核酸酶在精子发生和雄性生育力中的作用	精子干细胞和生殖细胞	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	建立了雄性生殖细胞Dis3条件性敲除小鼠模型
9927	2024-09-04	Molecular heterogeneity of quiescent melanocyte stem cells revealed by single-cell RNA-sequencing 2024-07, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13169 PMID:38613320	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了静止期黑色素细胞干细胞的分子异质性	发现了静止期黑色素细胞干细胞的新亚群，并预测了其黑色素细胞分化潜能、神经嵴潜能和静止深度	研究样本仅来自成年雌性C57BL/6J小鼠的休止期皮肤，可能限制了结果的普遍性	评估静止期黑色素细胞干细胞的高分辨率转录组景观	静止期黑色素细胞干细胞及其亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自成年雌性C57BL/6J小鼠的休止期皮肤样本
9928	2024-09-04	De novo identification of CD4+ T cell epitopes 2024-May, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02255-0 PMID:38658646	研究论文	本文介绍了使用SABR-IIs平台进行CD4 T细胞抗原发现的方法，该平台能够展示共价连接的肽段并诱导信号传导	开发了一种新的SABR-IIs平台，用于快速、灵活、可扩展和多功能的CD4 T细胞配体从头鉴定	NA	探索和鉴定CD4 T细胞的抗原特异性	CD4 T细胞及其抗原识别	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
9929	2024-09-04	CHAI: Consensus Clustering Through Similarity Matrix Integration for Cell-Type Identification 2024-Mar-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585758 PMID:38562750	研究论文	本文介绍了CHAI方法，通过集成相似矩阵的共识聚类来识别单细胞RNA测序数据的细胞类型	CHAI采用了一种众包方法，结合了七种最先进的聚类方法的结果，提供了改进的性能，并支持多组学数据的集成	NA	解决在单细胞RNA测序数据分析中选择最佳聚类方法的挑战	单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识聚类	基因表达数据	多种基准数据集
9930	2024-09-04	Reclassify High-Grade Serous Ovarian Cancer Patients Into Different Molecular Subtypes With Discrepancy Prognoses and Therapeutic Responses Based on Cancer-Associated Fibroblast-Enriched Prognostic Genes 2024, Biomedical engineering and computational biology IF:2.3Q3 DOI:10.1177/11795972241274024 PMID:39221174	研究论文	本研究基于癌症相关成纤维细胞富集的预后基因，将高级别浆液性卵巢癌患者重新分类为具有不同预后和治疗反应的分子亚型	首次基于癌症相关成纤维细胞富集的预后基因对高级别浆液性卵巢癌患者进行重新分类，并发现这些亚型对传统化疗和免疫治疗的反应存在差异	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚	旨在通过癌症相关成纤维细胞富集的预后基因，筛选出预后不良和治疗反应不佳的高级别浆液性卵巢癌患者	高级别浆液性卵巢癌患者及其治疗反应	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	NA	RNA数据	肿瘤组织样本来自TCGA和GEO数据库
9931	2024-09-04	Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in spatial transcriptomics by aligning spot level transcriptome to nuclear morphology 2023-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.17.572084 PMID:38187541	研究论文	本文提出了一种名为STIE的EM算法，通过将空间转录组数据与基于组织学图像的核形态对齐，实现了单细胞水平的空间转录组解卷积、卷积和聚类。	STIE算法通过核形态相似性和邻域信息，填补了高达70%的间隙区域，实现了真正的单细胞水平和全切片尺度的解卷积/卷积和聚类。	NA	实现单细胞水平的空间转录组分析，提高空间转录组数据的分辨率和准确性。	空间转录组数据与组织学图像的核形态对齐，以及单细胞水平的解卷积、卷积和聚类。	空间转录组学	NA	空间转录组学	EM算法	空间转录组数据	NA
9932	2024-09-04	Convergent alterations in the tumor microenvironment of MYC-driven human and murine prostate cancer 2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.07.553268 PMID:37905029	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和分子病理学方法，探讨了MYC驱动的肿瘤微环境在人类和小鼠前列腺癌中的变化	首次在MYC驱动的肿瘤微环境中，通过单细胞RNA测序技术揭示了人类和小鼠前列腺癌中细胞状态的保守性	研究主要依赖于基因工程小鼠模型，可能与人类前列腺癌的实际情况存在差异	探究MYC信号激活在前列腺癌肿瘤微环境变化中的作用	人类和小鼠的前列腺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	RNA	涉及人类和小鼠的前列腺癌组织样本
9933	2024-09-04	Single-cell RNA sequencing deciphers the mechanism of sepsis-induced liver injury and the therapeutic effects of artesunate 2023-Sep, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-023-01065-y PMID:37041228	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了脓毒症诱导的肝脏损伤机制及青蒿琥酯的治疗效果	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了脓毒症对肝脏细胞的具体影响，并评估了青蒿琥酯的肝保护作用	研究仅限于小鼠模型，尚未进行临床试验验证	探讨脓毒症对肝脏的影响及青蒿琥酯的肝保护机制	小鼠肝脏在脓毒症感染后的细胞反应及青蒿琥酯的治疗效果	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
9934	2024-09-04	miRSCAPE - inferring miRNA expression from scRNA-seq data 2022-Sep-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104962 PMID:36060076	研究论文	介绍了一种名为miRSCAPE的新工具，用于从scRNA-seq数据中推断miRNA表达	miRSCAPE能够准确推断细胞类型特异性的miRNA活性，并在多个肿瘤和正常队列中展示了其优于其他方法的准确性	NA	旨在解决标准scRNA-seq协议无法捕获miRNA的问题，并推断miRNA表达	miRNA在细胞分辨率下的活性	生物信息学	胰腺癌, 肺癌	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	10个肿瘤和正常队列，两个独立的scRNA-seq数据集，56种人类细胞景观中的细胞类型
9935	2024-09-04	Integrative analysis of spatial transcriptome with single-cell transcriptome and single-cell epigenome in mouse lungs after immunization 2022-Sep-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104900 PMID:36039299	研究论文	本研究利用10x Genomics Chromium和Visium平台，对免疫后小鼠肺细胞进行空间转录组与单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的整合分析	构建了优化的解卷积流程，准确解析了特定细胞类型的解剖位置组成，发现结合scATAC-seq和scRNA-seq数据能更稳健地识别细胞类型，特别是谱系特异性辅助T细胞	本研究为初步研究，样本量较小，未来需在大规模样本中验证结果	揭示肺部免疫的空间和细胞类型依赖机制	免疫后小鼠肺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	NA	转录组数据	免疫后小鼠肺细胞
9936	2024-09-04	Identifying potential signatures for atherosclerosis in the context of predictive, preventive, and personalized medicine using integrative bioinformatics approaches and machine-learning strategies 2022-Sep, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-022-00289-y PMID:36061826	研究论文	本研究利用综合生物信息学方法和机器学习策略，在预测、预防和个性化医学背景下，识别动脉粥样硬化的潜在遗传标志物	首次报道DHRS9在动脉粥样硬化形成中的作用，并通过免疫机制揭示其致动脉粥样硬化的效应	NA	旨在识别动脉粥样硬化的关键遗传标志物，并探索其潜在的分子免疫机制	动脉粥样硬化的遗传标志物及其免疫细胞相关性	生物信息学	心血管疾病	基因表达综合数据库(GEO)、细胞类型识别(CIBERSORT)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习	基因表达数据	611个差异表达基因，包括361个上调基因和250个下调基因，以及人类和小鼠实验验证
9937	2024-09-04	Vesalius: high-resolution in silico anatomization of spatial transcriptomic data using image analysis 2022-09, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202211080 PMID:36065846	research paper	本文开发了Vesalius工具，通过应用图像处理技术从空间转录组数据中解析组织解剖结构	Vesalius能够独特地检测由多种细胞类型组成的区域，并成功恢复了高分辨率空间转录组数据中的组织结构	NA	旨在通过空间转录组数据解析组织解剖结构，以深入理解细胞通信、发育和疾病	主要研究对象包括小鼠的大脑、胚胎、肝脏和结肠组织	digital pathology	NA	image processing technology	NA	spatial transcriptomics data	涉及小鼠大脑、胚胎、肝脏和结肠的高分辨率空间转录组数据
9938	2024-09-04	Single cell RNA-seq analysis reveals temporally-regulated and quiescence-regulated gene expression in Drosophila larval neuroblasts 2022-08-24, Neural development IF:4.0Q2 DOI:10.1186/s13064-022-00163-7 PMID:36002894	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了果蝇幼虫神经母细胞在发育关键时间点的基因表达调控特征	发现了多种前体细胞亚型在幼虫发育过程中的基因表达变化，并报道了每类前体细胞的新候选标记物	NA	探究神经多样性在发育过程中的生成机制	果蝇幼虫中枢神经系统的神经母细胞及其基因表达调控	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个发育关键时间点的果蝇幼虫中枢神经系统样本
9939	2024-09-04	Macrophage-Specific, Mafb-Deficient Mice Showed Delayed Skin Wound Healing 2022-Aug-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23169346 PMID:36012611	研究论文	研究了巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠的皮肤伤口愈合过程	首次揭示了MAFB在巨噬细胞中的表达对伤口愈合过程的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨MAFB在巨噬细胞中的作用及其对伤口愈合的影响	巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠和对照小鼠的皮肤伤口愈合	NA	NA	流式细胞术，免疫组织化学染色，蛋白质组分析，RT-qPCR	NA	细胞	巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠和对照小鼠
9940	2024-09-04	Integrated Analysis of Cortex Single-Cell Transcriptome and Serum Proteome Reveals the Novel Biomarkers in Alzheimer's Disease 2022-Aug-01, Brain sciences IF:2.7Q3 DOI:10.3390/brainsci12081022 PMID:36009085	研究论文	本研究通过整合阿尔茨海默病（AD）中的单核RNA测序和血清蛋白质组数据，识别出与AD相关的新型细胞类型特异性生物标志物	本研究首次通过整合多组学数据，从大脑和血清中识别出与AD相关的新型细胞类型特异性生物标志物，并通过ELISA验证	NA	旨在通过整合多组学方法，探索阿尔茨海默病的新型潜在生物标志物	阿尔茨海默病中的神经细胞和血清蛋白质	生物信息学	阿尔茨海默病	单核RNA测序（snRNA-seq）、血清蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	30个人类大脑皮质样本和11个血清样本