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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9921 | 2025-10-07 |
PAGE-based transfer learning from single-cell to bulk sequencing enhances model generalization for sepsis diagnosis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae661
PMID:39710434
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研究论文 | 提出基于单细胞转录组的迁移学习方法scPAGE2,通过整合单细胞和批量转录组数据构建脓毒症诊断模型 | 开发了改进的差异表达基因对分析方法,实现了从单细胞到批量转录组数据的知识迁移 | 模型在更广泛疾病类型和临床场景中的适用性需要进一步验证 | 提高脓毒症诊断模型的泛化能力 | 脓毒症患者和急性髓系白血病患者的转录组数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,批量转录组测序,荧光激活细胞分选 | 迁移学习 | 转录组数据 | 来自三个转录组平台和FACS的七个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
9922 | 2025-10-07 |
Metabolic Labeling and Digital Microfluidic Single-Cell Sequencing for Single Bacterial Genotypic-Phenotypic Analysis
2024-11, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202402177
PMID:39077951
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研究论文 | 开发了一种基于数字微流控的单细菌基因型-表型分析方法,用于抗生素耐药性分析 | 首次将代谢标记与数字微流控单细胞测序相结合,实现单细菌水平的基因型和表型同步分析 | NA | 开发能够同时分析细菌基因型和表型特征的方法,以全面了解抗生素耐药性 | 抗生素耐药性细菌 | 单细胞测序 | 细菌感染 | 全基因组测序,代谢标记,数字微流控 | NA | 基因组数据,荧光图像数据 | NA | NA | 单细胞全基因组测序 | 数字微流控平台 | 数字微流控自动化检测系统,用于单细菌分离和测序 |
9923 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing analysis of chronic subdural hematoma cell subpopulations and their potential therapeutic mechanisms
2024-06-01, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
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研究论文 | 通过单细胞测序分析慢性硬膜下血肿患者外周血和血肿中的细胞亚群及其潜在治疗机制 | 首次通过单细胞测序对慢性硬膜下血肿手术切除血肿中的细胞进行全面分类,并发现cDC2和M2巨噬细胞在病灶部位的富集与脑损伤相关 | 样本量有限,需要更大规模研究验证细胞亚群比例与疾病复发的相关性 | 分析慢性硬膜下血肿细胞亚群组成及其与疾病发生发展的关系 | 慢性硬膜下血肿患者的外周血和手术切除的血肿组织 | 单细胞测序分析 | 慢性硬膜下血肿 | 单细胞测序 | UMAP降维聚类分析 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9924 | 2025-04-04 |
Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence
2025-Apr-03, Advances in wound care
IF:5.8Q1
DOI:10.1089/wound.2024.0262
PMID:40177712
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研究论文 | 本研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析,探索了与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群 | 首次鉴定了影响瘢痕疙瘩复发的关键致病性成纤维细胞亚群FB1,并发现CD26+/CD117+/CD34+表型可作为复发预测标志物 | 研究样本来源为公共数据库,缺乏独立验证队列 | 鉴定参与瘢痕疙瘩复发的关键致病性细胞亚群 | 瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞亚群 | 单细胞组学 | 皮肤纤维化疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术(FCM) | 逻辑回归分析 | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 公共数据库中的瘢痕疙瘩组织样本(具体数量未说明) | NA | NA | NA | NA |
9925 | 2025-10-07 |
PKCδ Germline Variants and Genetic Deletion in Mice Augment Antitumor Immunity through Regulation of Myeloid Cells
2025-Apr-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0999
PMID:39808445
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研究论文 | 本研究通过分析种系变异发现PKCδ是癌症免疫治疗的潜在靶点,并证实其缺失可通过调节髓系细胞增强抗肿瘤免疫 | 首次将PKCδ种系变异与肿瘤免疫特征关联,并证明其通过调控巨噬细胞M1/M2表型转换增强抗PD-1/PD-L1疗效 | 主要基于小鼠模型,临床样本验证仍需扩展 | 探索新型癌症免疫治疗靶点 | PKCδ基因变异、髓系细胞、肿瘤微环境 | 癌症免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、基因敲除、条件性基因删除 | NA | 基因表达数据、临床样本数据 | 小鼠模型和临床样本(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9926 | 2024-12-30 |
Correction to: Unveiling the dynamics of B lymphocytes in systemic lupus erythematosus patients treated with belimumab through longitudinal single-cell RNA sequencing
2025-Apr-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae694
PMID:39731783
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
9927 | 2025-10-07 |
Machine Learning Unveils Sphingolipid Metabolism's Role in Tumour Microenvironment and Immunotherapy in Lung Cancer
2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70435
PMID:40159631
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法揭示鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境形成和免疫治疗中的作用机制 | 首次整合机器学习算法和单细胞测序技术系统分析鞘脂代谢基因在肺癌肿瘤微环境中的调控作用 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探究鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境免疫调控中的作用及其对免疫治疗的影响 | 肺腺癌(LUAD)和肺鳞癌(LUSC)患者样本 | 机器学习 | 肺癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序 | Lasso回归,生存SVM | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和GTEx数据库中的肺癌临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
9928 | 2025-10-07 |
Reference-informed evaluation of batch correction for single-cell omics data with overcorrection awareness
2025-Mar-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07947-7
PMID:40158033
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研究论文 | 提出一种参考信息指导的统计框架RBET,用于评估单细胞组学数据批次效应校正性能并识别过校正问题 | 首次提出能够敏感检测数据过校正的批次效应校正评估方法,解决了传统方法无法识别真实生物变异被误删的问题 | 方法在极端批次效应情况下的性能需要进一步验证,且仅针对单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据进行了测试 | 开发一个能够公平评估单细胞组学数据批次效应校正性能的统计框架 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 统计框架 | 单细胞组学数据 | 六个真实数据集,包含不同批次数量、批次效应大小和细胞类型数量的样本 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
9929 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing uncovers a high ESM1-expression endothelial cell subpopulation associated with bladder cancer progression and the immunosuppressive microenvironment
2025-Mar-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95731-2
PMID:40159545
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研究论文 | 通过单细胞测序发现膀胱癌中高表达ESM1的内皮细胞亚群与疾病进展和免疫抑制微环境相关 | 首次在膀胱癌中鉴定出高表达ESM1的内皮细胞亚群,揭示其与肿瘤进展和免疫抑制微环境的关联 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探究膀胱癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 膀胱癌组织中的CD45阴性单细胞 | 单细胞测序分析 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | 层次聚类分析,pySCENIC算法 | 单细胞转录组数据 | 7,519个CD45阴性单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9930 | 2025-10-07 |
SERPINA3 predicts long-term neurological outcomes and mortality in patients with intracerebral hemorrhage
2025-Mar-29, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07551-x
PMID:40157917
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析发现SERPINA3可作为脑出血患者长期神经功能预后和死亡率的预测生物标志物 | 首次在脑出血研究中结合空间转录组学、病理验证和临床队列分析,系统揭示SERPINA3的预后预测价值 | 需要更大规模的前瞻性队列验证,样本量相对有限 | 探索脑出血患者长期神经功能预后的可靠生物标志物 | 脑出血患者和健康对照人群 | 空间转录组学 | 脑出血 | 空间转录组学, 病理学研究, 血浆分析 | NA | 转录组数据, 病理图像, 临床数据 | 500人(250例脑出血患者和250例健康对照) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9931 | 2025-04-04 |
Determining composition and distribution of nicotinic acetylcholine receptors in mouse ventral tegmental area brain region with single-cell sequencing approach
2025-Mar-28, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco
IF:3.0Q2
DOI:10.1093/ntr/ntaf075
PMID:40177951
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序方法确定了小鼠腹侧被盖区(VTA)脑区中尼古丁乙酰胆碱受体(nAChRs)的组成和分布 | 首次在单细胞水平上揭示了VTA区nAChR亚基的组成和分布,并预测了不同神经元中nAChR亚基的潜在组合 | 研究仅基于小鼠模型,结果是否适用于人类尚需验证 | 探究尼古丁乙酰胆碱受体在腹侧被盖区单细胞水平的分布和组成 | C57BL/6小鼠的腹侧被盖区细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞核测序, scFEA, hdWGCNA | NA | 单细胞测序数据 | 6只小鼠的53,855个VTA细胞 | NA | NA | NA | NA |
9932 | 2025-10-07 |
Revealing a coherent cell state landscape across single cell datasets with CONCORD
2025-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.13.643146
PMID:40161827
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研究论文 | 提出CONCORD自监督对比学习框架,用于单细胞RNA测序数据的稳健降维和整合 | 采用概率性、数据集和邻域感知的采样策略,同时提高细胞状态分辨率和减少批次效应 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞状态景观解析的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9933 | 2025-10-07 |
Single-Cell Multiomics Identifies Glycan Epitope LacNAc as a Potential Cell-Surface Effector Marker of Peripheral T Cells in Bladder Cancer Patients
2024-12-20, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.4c00635
PMID:39582226
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术首次系统整合了膀胱癌患者外周血中单细胞转录组、T细胞受体谱和糖基化表位LacNAc的分析 | 首次系统整合单细胞转录组、TCR谱和糖基化表位LacNAc分析,开发了不改变免疫细胞转录状态的单细胞糖组学多组学平台 | 研究仅限于膀胱癌患者,样本来源仅为外周血,未涉及肿瘤组织 | 探索外周血免疫细胞在癌症中的表型变化,发现潜在的生物标志物 | 膀胱癌患者的外周血T细胞 | 单细胞多组学 | 膀胱癌 | 单细胞多组学,化学酶标记,DNA条形码 | NA | 单细胞转录组数据,TCR谱数据,糖基化数据 | 膀胱癌患者外周血样本 | NA | 单细胞多组学 | NA | 化学酶标记与DNA条形码结合的单细胞糖组学多组学平台 |
9934 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomic Dataset of RPGR-associated Retinitis Pigmentosa Patient-Derived Retinal Organoids
2024-Nov-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-04124-z
PMID:39592612
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研究论文 | 本研究利用正常和RPGR突变的人诱导多能干细胞来源的视网膜类器官,通过单细胞RNA测序分析了71,096个细胞,探索RPGR相关视网膜色素变性的发病机制 | 首次提供了RPGR相关视网膜色素变性患者来源视网膜类器官的单细胞转录组数据集,涵盖了四个发育阶段 | 研究机制尚未完全阐明,有效治疗方法仍有待开发 | 探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制,为靶向治疗开发提供支持 | 正常和RPGR突变的人诱导多能干细胞来源的视网膜类器官 | 单细胞转录组学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 71,096个细胞(对照组33,839个,RPGR组37,257个),涵盖40、90、150和200天四个发育阶段 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9935 | 2025-10-07 |
Loss of PADI2 and PADI4 ameliorates sepsis-induced acute lung injury by suppressing NLRP3+ macrophages
2024-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181686
PMID:39405117
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研究论文 | 本研究揭示了PADI2和PADI4缺失通过抑制NLRP3+巨噬细胞改善脓毒症诱导的急性肺损伤的机制 | 首次发现PADI2和PADI4双敲除通过调节NLRP3/Ym1轴促进抗炎巨噬细胞分化 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 探究PADI2和PADI4在脓毒症诱导急性肺损伤中的具体作用机制 | 铜绿假单胞菌肺炎诱导的脓毒症小鼠模型 | 单细胞组学 | 脓毒症诱导急性肺损伤 | 单细胞RNA测序,基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
9936 | 2025-10-07 |
A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation
2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.18.624210
PMID:39605632
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现PIEZO2机械敏感离子通道在脂肪感觉神经支配中起关键作用 | 首次发现PIEZO2作为脂肪组织感觉神经支配的主要机械受体,揭示了非传统机械活性器官中的机械感觉机制 | 未明确PIEZO2在脂肪组织中的具体机械刺激来源及其下游信号通路 | 探究脂肪组织感觉神经支配的分子机制 | 脂肪组织神经支配的背根神经节神经元 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 器官靶向单细胞RNA测序 |
9937 | 2025-10-07 |
Multidimensional profiling of human T cells reveals high CD38 expression, marking recent thymic emigrants and age-related naive T cell remodeling
2024-10-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.019
PMID:39321807
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析鉴定人类近期胸腺迁出细胞并揭示年龄相关的幼稚T细胞重塑动态 | 首次通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq联合分析确定SOX4、IKZF2、TOX和CD38作为人类RTEs的分子标志物,并发现CD38表面表达可普遍识别CD8和CD4 RTEs | 研究队列规模有限(158名个体),需要更大样本验证 | 阐明人类近期胸腺迁出细胞的分子特征及其在免疫衰老过程中的动态变化 | 人类T细胞,特别是幼稚T细胞和近期胸腺迁出细胞 | 免疫学 | 免疫衰老 | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,单细胞表观基因组数据,流式细胞数据 | 158名个体 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
9938 | 2025-10-07 |
Enhancing Endogenous Hyaluronic Acid in Osteoarthritic Joints with an Anti-Inflammatory Supramolecular Nanofiber Hydrogel Delivering HAS2 Lentivirus
2024-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202400542
PMID:38593309
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研究论文 | 开发了一种超分子纳米纤维水凝胶用于递送HAS2慢病毒,以增强骨关节炎关节内源性透明质酸产生 | 首次使用地塞米松磷酸钠作为载体构建超分子纳米纤维水凝胶递送HAS2慢病毒,实现内源性HA增强和滑膜炎症抑制的双重功能 | 研究仅在前交叉韧带横断诱导的OA小鼠模型中进行,尚未在更大型动物或临床环境中验证 | 开发新型骨关节炎治疗策略,通过增强内源性透明质酸产生和抑制炎症来延缓疾病进展 | 骨关节炎小鼠模型和滑膜组织细胞 | 生物医学工程 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,慢病毒递送技术 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | 前交叉韧带横断诱导的OA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9939 | 2025-10-07 |
Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614811
PMID:39386686
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研究论文 | 本研究探讨了TREM2缺陷在不同体重状态下对乳腺癌肿瘤生长的影响及其与T细胞克隆群体的关联 | 首次揭示TREM2缺陷在瘦小鼠而非肥胖或减重小鼠中抑制肿瘤生长,并发现肿瘤与周围脂肪组织间存在共享的T细胞克隆型 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究肥胖与乳腺癌预后的关联机制及TREM2在其中的作用 | 绝经后乳腺癌小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, VDJ测序 | 基因敲除模型 | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 不同饮食干预组的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9940 | 2025-10-07 |
Analyses of combined Merkel cell carcinomas with neuroblastic components suggests that loss of T antigen expression in Merkel cell carcinoma may result in cell cycle arrest and neuroblastic transdifferentiation
2024-09, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6304
PMID:39049595
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研究论文 | 本研究通过对两例合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌进行多组学分析,探讨了T抗原表达缺失导致细胞周期停滞和神经母细胞转分化的机制 | 首次对合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌进行全面的形态学、免疫组化、转录组、遗传和表观遗传特征分析,揭示了T抗原表达缺失与神经母细胞转分化的关联 | 仅分析了两例罕见病例,样本量有限 | 探究默克尔细胞癌中神经母细胞分化的分子机制 | 两例合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌病例 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 全外显子测序,空间转录组学,DNA甲基化分析,免疫组化 | NA | 基因组数据,转录组数据,表观遗传数据,病理图像 | 2例老年男性患者的肿瘤样本 | NA | 全外显子测序,空间转录组学,DNA甲基化分析 | NA | NA |