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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9921 | 2025-10-07 | Identification of BHLHE40-Expressing CD4+ T Cells Producing GM-CSF in Rheumatoid Arthritis 
          2025-Apr, International journal of rheumatic diseases
          
          IF:2.4Q2
          
         
          DOI:10.1111/1756-185X.70219
          PMID:40223427
         | 研究论文 | 本研究分析了类风湿关节炎患者CD4+ T细胞中BHLHE40和CSF2基因的表达特征 | 首次在IL-1富集的炎症部位揭示了BHLHE40表达与GM-CSF产生的CD4+ T细胞在类风湿关节炎中的关联 | 研究基于已有数据库的二次分析,缺乏实验验证 | 探究BHLHE40和CSF2基因在类风湿关节炎CD4+ T细胞中的表达关系 | 类风湿关节炎患者和健康对照者的外周血和滑膜液CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 微阵列 | NA | 基因表达数据 | 来自公共数据库的类风湿关节炎患者和健康对照者样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 微阵列 | NA | NA | 
| 9922 | 2025-10-07 | Genome-wide association meta-analysis identifies 126 novel loci for diverticular disease and implicates connective tissue and colonic motility 
          2025-Mar-28, medRxiv : the preprint server for health sciences
          
         
          DOI:10.1101/2025.03.27.25324777
          PMID:40196262
         | 研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析荟萃分析发现了126个新的憩室病相关基因位点,并揭示了该疾病与结缔组织和结肠运动功能的关联 | 发现了126个新的憩室病相关基因位点,首次通过多种分析策略系统性地将憩室病与结缔组织生物学和结肠运动功能联系起来 | NA | 识别憩室病的遗传风险因素并阐明其生物学机制 | 憩室病患者群体 | 基因组学 | 憩室病 | 全基因组关联分析, 单细胞RNA测序, 组织富集分析, 统计精细定位, 等位基因特异性表达, 蛋白数量性状位点分析 | NA | 基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 手术标本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | NA | NA | 
| 9923 | 2025-10-07 | Multi-Manifolds fusing hyperbolic graph network balanced by pareto optimization for identifying spatial domains of spatial transcriptomics 
          2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
          
          IF:6.8Q1
          
         
          DOI:10.1093/bib/bbaf162
          PMID:40220278
         | 研究论文 | 提出一种融合双曲图网络的多流形方法,通过帕累托优化平衡,用于识别空间转录组学中的空间域 | 首次在空间转录组学分析中引入双曲流形,开发多流形编码器和基于注意力机制的融合方法,使用帕累托优化平衡多重重建损失 | 未在摘要中明确说明 | 识别空间转录组学中的空间域,以深入了解基因表达的发病机制 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 图神经网络,双曲神经网络,注意力机制,帕累托优化 | 双曲图网络,多流形编码器 | 空间转录组数据 | 常用基准数据集(未指定具体数量) | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 9924 | 2025-10-07 | Role of TGF-β/SMAD/YAP/TAZ signaling in skeletal muscle fibrosis 
          2025-Mar-01, American journal of physiology. Cell physiology
          
         
          DOI:10.1152/ajpcell.00541.2024
          PMID:39925133
         | 研究论文 | 本研究揭示了TGF-β通过SMAD/YAP/TAZ信号通路调控骨骼肌纤维化的分子机制 | 首次阐明TGF-β通过机械敏感性转录调节因子YAP/TAZ决定FAPs向肌成纤维细胞分化的新机制 | 对FAPs分化的核因子调控机制研究尚处于早期阶段 | 探究TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的作用机制 | 骨骼肌纤维化、纤维/脂肪生成祖细胞(FAPs)、肌成纤维细胞 | 分子生物学 | 肌肉萎缩症 | 空间转录组学分析、原代细胞培养 | NA | 基因表达数据、蛋白质活性数据 | 小鼠模型和原代FAPs细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 9925 | 2025-10-07 | Cohesin rad21 mutation dysregulates erythropoiesis and granulopoiesis output within the whole kidney marrow of adult zebrafish 
          2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology
          
         
          DOI:10.1152/ajpcell.00657.2024
          PMID:39548947
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了cohesin亚基rad21突变对成年斑马鱼肾脏骨髓中红细胞生成和粒细胞生成的调控作用 | 首次在成年斑马鱼模型中系统研究cohesin亚基rad21杂合突变对造血过程的特异性影响 | 未观察到明显的造血细胞形态学异常,突变的具体分子机制仍需进一步研究 | 探究cohesin突变对造血过程的影响机制 | 携带rad21杂合突变的成年斑马鱼 | 单细胞测序分析 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 斑马鱼疾病模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9926 | 2025-10-07 | Single-cell transcriptomics reveal distinctive patterns of fibroblast activation in heart failure with preserved ejection fraction 
          2024-12, Basic research in cardiology
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1007/s00395-024-01074-w
          PMID:39311911
         | 研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示射血分数保留型心衰中成纤维细胞激活的独特模式 | 首次在早期HFpEF模型中系统鉴定疾病特异性成纤维细胞表型,并发现血管生成素样4(ANGPTL4)的核心调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 解析HFpEF疾病进展中成纤维细胞的分子激活机制 | 小鼠心脏间质细胞(成纤维细胞和巨噬细胞)及人类心肌组织 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 小鼠HFpEF模型及两种HFrEF模型,人类心肌样本和血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9927 | 2025-10-07 | Single-cell transcriptome unveils unique transcriptomic signatures of human organ-specific endothelial cells 
          2024-12, Basic research in cardiology
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1007/s00395-024-01087-5
          PMID:39508863
         | 研究论文 | 构建了包含超过21万个来自24个人类组织38个区域的内皮细胞图谱,揭示了不同组织内皮细胞的转录组异质性 | 首次系统性描绘了人类组织特异性内皮细胞的转录组特征,发现了毛细血管内皮细胞的高度异质性和组织特异性衰老模式 | 研究主要基于转录组数据,可能未完全捕捉蛋白质水平和功能层面的异质性 | 探索人类不同组织中内皮细胞的异质性和转录组特征 | 人类24个组织38个区域的210,000多个内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 多种疾病(与不同组织内皮细胞相关) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | >210,000个内皮细胞,来自24个人类组织的38个区域 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9928 | 2025-10-07 | Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease 
          2024-09, NAR genomics and bioinformatics
          
          IF:4.0Q1
          
         
          DOI:10.1093/nargab/lqae098
          PMID:40162103
         | 研究论文 | 评估FFPE乳腺组织中细胞类型反卷积方法的性能,并开发用于良性乳腺疾病分析的R包 | 构建了乳腺组织单细胞RNA-seq参考数据,测试了多种反卷积方法在FFPE样本中的表现,发现深度学习方法的优越性 | FFPE伪影显著影响反卷积方法的准确性,RMSE误差范围在0.04-0.17之间 | 优化从FFPE样本中定义个体细胞类型组成的策略 | 良性乳腺疾病组织 | 生物信息学 | 乳腺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 数字病理学 | 深度学习, 细胞类型反卷积方法 | 转录组数据, 图像数据 | 62个良性乳腺疾病RNA-seq样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9929 | 2025-10-07 | Integrative single-cell and bulk transcriptomes analyses reveals heterogeneity of serine-glycine-one-carbon metabolism with distinct prognoses and therapeutic vulnerabilities in HNSCC 
          2024-06-17, International journal of oral science
          
          IF:10.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41368-024-00310-2
          PMID:38886346
         | 研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析揭示头颈鳞状细胞癌中丝氨酸-甘氨酸-一碳代谢异质性及其与预后和治疗脆弱性的关联 | 首次在HNSCC中系统揭示SGOC代谢异质性,构建4-SGOC基因预后特征,并鉴定IMPDH1作为潜在代谢治疗靶点 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步实验验证代谢通路的直接功能 | 解析HNSCC代谢异质性以推进精准肿瘤治疗 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,LASSO-COX回归分析 | 预后特征模型 | RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA | 
| 9930 | 2025-10-07 | Single cell analysis unveils B cell-dominated immune subtypes in HNSCC for enhanced prognostic and therapeutic stratification 
          2024-04-16, International journal of oral science
          
          IF:10.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41368-024-00292-1
          PMID:38622125
         | 研究论文 | 通过单细胞分析揭示头颈鳞状细胞癌中B细胞主导的免疫亚型,用于改善预后和治疗分层 | 首次通过单细胞RNA测序系统分析头颈鳞癌中肿瘤浸润B细胞的基因表达模式,并建立基于B细胞活化的新型肿瘤分类系统 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证B细胞在免疫微环境中的具体作用机制 | 探索肿瘤浸润B细胞在头颈鳞癌免疫微环境中的作用及其对免疫治疗反应的影响 | 头颈鳞状细胞癌患者样本和肿瘤浸润B细胞 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的头颈鳞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9931 | 2025-10-07 | Single-cell transcriptomics reveals cell atlas and identifies cycling tumor cells responsible for recurrence in ameloblastoma 
          2024-02-29, International journal of oral science
          
          IF:10.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41368-024-00281-4
          PMID:38424060
         | 研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示成釉细胞瘤的细胞图谱,并鉴定导致肿瘤复发的循环肿瘤细胞 | 首次在单细胞分辨率下揭示成釉细胞瘤的细胞景观,鉴定出具有干细胞特性的循环肿瘤细胞亚群及其EZH2介导的调控机制 | NA | 探究成釉细胞瘤肿瘤起始和复发的分子机制 | 成釉细胞瘤肿瘤细胞 | 数字病理学 | 成釉细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9932 | 2025-10-07 | Tim4 deficiency reduces CD301b+ macrophage and aggravates periodontitis bone loss 
          2024-02-28, International journal of oral science
          
          IF:10.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41368-023-00270-z
          PMID:38418808
         | 研究论文 | 本研究探讨Tim4缺陷通过减少CD301b+巨噬细胞加剧牙周炎骨丢失的机制 | 首次揭示Tim4作为CD301b+巨噬细胞的上游调控因子,通过p38 MAPK信号通路调控其在牙周炎中的作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究Tim4在牙周炎骨丢失中对CD301b+巨噬细胞的调控机制 | 小鼠牙周炎模型中的CD301b+巨噬细胞 | 免疫学 | 牙周炎 | 高通量RNA测序, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9933 | 2025-10-07 | PRX1-positive mesenchymal stem cells drive molar morphogenesis 
          2024-02-19, International journal of oral science
          
          IF:10.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41368-024-00277-0
          PMID:38369512
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪揭示了PRX1阳性间充质干细胞通过Wnt5a信号调控磨牙形态发生的机制 | 首次发现PRX1阳性间充质细胞在磨牙形态发生中的关键作用,并阐明Wnt5a通过WNT信号通路调控细胞增殖的分子机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究调控牙齿形态发生的关键因素和分子机制 | 小鼠磨牙发育过程中的间充质细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 谱系追踪 | NA | 基因表达数据, 细胞谱系数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9934 | 2025-10-07 | Spatial transcriptomics reveals that metabolic characteristics define the tumor immunosuppression microenvironment via iCAF transformation in oral squamous cell carcinoma 
          2024-01-30, International journal of oral science
          
          IF:10.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41368-023-00267-8
          PMID:38287007
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析揭示了口腔鳞癌中代谢特征通过iCAF转化定义肿瘤免疫抑制微环境的机制 | 首次在口腔鳞癌中通过空间转录组学揭示了代谢区域与免疫微环境的关系,并发现了上皮细胞-iCAF-Tregs的协同作用轴 | NA | 阐明口腔鳞癌中不同代谢区域与肿瘤免疫微环境的关系 | 口腔鳞癌组织 | 空间转录组学 | 口腔鳞癌 | 单细胞测序, 空间转录组测序 | SPOTlight反卷积, k-means聚类, CellPhoneDB, NicheNet | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA | 
| 9935 | 2025-10-07 | Glomerular mesangial cells derived complement factor H regulates complement activation, influences cell proliferation, and maintains actin cytoskeleton 
          2025-May-08, International immunopharmacology
          
          IF:4.8Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.intimp.2025.114544
          PMID:40157080
         | 研究论文 | 本研究探讨肾小球系膜细胞来源的补体因子H在补体激活调控、细胞增殖和细胞骨架维持中的功能 | 首次发现肾小球系膜细胞来源的CFH不仅具有经典的补体调控功能,还能通过调控KLF4/p21信号通路和Cdc42表达影响细胞增殖和细胞骨架 | 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;外源性补充CFH未能重现内源性CFH的非经典功能 | 探究肾小球系膜细胞来源的补体因子H的多重生物学功能 | 原代人肾小球系膜细胞(pHGMCs) | 细胞生物学 | IgA肾病 | 单细胞测序, 基因沉默, 基因过表达 | 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白沉积数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9936 | 2025-10-07 | Pan-HDAC inhibitor LAQ824 inhibits the progression of pancreatic ductal adenocarcinoma and suppresses immune escape by promoting antigen presentation 
          2025-May-08, International immunopharmacology
          
          IF:4.8Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.intimp.2025.114528
          PMID:40158429
         | 研究论文 | 本研究探讨了泛HDAC抑制剂LAQ824在胰腺导管腺癌中的抗肿瘤作用及其通过促进抗原呈递抑制免疫逃逸的机制 | 首次揭示LAQ824通过增强染色质可及性上调MHC-I表达,促进抗原呈递和CD8 T细胞成熟,连接表观遗传调控与免疫原性 | 仅使用小鼠皮下肿瘤模型,尚未在临床患者中验证 | 评估LAQ824对胰腺导管腺癌的治疗潜力及其调节免疫逃逸机制的作用 | 胰腺导管腺癌细胞和小鼠模型 | 癌症研究 | 胰腺癌 | 免疫组化、流式细胞术、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | C57BL/6J小鼠皮下肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9937 | 2025-10-07 | The characterization and validation of regulated cell death-related genes in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 
          2025-May-08, International immunopharmacology
          
          IF:4.8Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.intimp.2025.114509
          PMID:40158428
         | 研究论文 | 本研究系统分析了调控性细胞死亡相关基因在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的特征和功能 | 首次在CRSwNP中构建了细胞死亡指数(CDI),并揭示了8种RCD亚型的特异性激活模式 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,需要更多实验验证 | 探讨调控性细胞死亡机制在CRSwNP发病和进展中的作用 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者组织样本 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | LASSO回归, WGCNA, GSVA | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE136825等)和临床组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA | 
| 9938 | 2025-10-07 | Targeting inflammation and necroptosis in diabetic kidney disease: A novel approach via PPARα modulation 
          2025-May-08, International immunopharmacology
          
          IF:4.8Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.intimp.2025.114562
          PMID:40174339
         | 研究论文 | 本研究通过调控PPARα探索了其在糖尿病肾病中抑制炎症和坏死性凋亡的保护机制 | 首次揭示PPARα通过抑制RIP1/RIP3/MLKL介导的坏死性凋亡和NF-κB信号通路来延缓糖尿病肾病进展 | PPARα在糖尿病肾病中的具体下游靶点和完整信号网络仍需进一步阐明 | 阐明PPARα在糖尿病肾病中的保护作用机制 | 糖尿病肾病小鼠模型和肾小管上皮细胞 | 生物医学研究 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 病毒载体转染 | 动物疾病模型 | 基因表达数据 | 糖尿病肾病小鼠模型和对照组的肾脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA | 
| 9939 | 2025-10-07 | Leveraging machine learning for integrative analysis of T-cell receptor repertoires in colorectal cancer: Insights into MAIT cell dynamics and risk assessment 
          2025-May, Translational oncology
          
          IF:4.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.tranon.2025.102358
          PMID:40088748
         | 研究论文 | 通过机器学习整合分析结直肠癌患者T细胞受体库,揭示MAIT细胞动态与风险评估 | 发现跨不同数据集的共享TCR序列,识别MAIT细胞在转移和非转移患者中的升高现象,并验证TCR序列作为疾病结局生物标志物的潜力 | 样本量有限,单细胞数据集仅包含22例患者,且TCR序列重叠概率较低 | 研究结直肠癌中T细胞受体库的特征及其与疾病风险的关联 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | bulk测序, 单细胞测序 | 机器学习 | 序列数据 | 205例bulk测序患者 + 22例单细胞测序患者 | NA | 单细胞测序, bulk测序 | NA | NA | 
| 9940 | 2025-10-07 | The Potential Role of C4 MYH11+ Fibroblasts and the MDK-SDC2 Ligand-Receptor Pair in Lung Adenocarcinoma: Implications for Prognosis and Therapeutic Strategies 
          2025-May, Translational oncology
          
          IF:4.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.tranon.2025.102364
          PMID:40121996
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肺腺癌肿瘤微环境,揭示C4 MYH11+成纤维细胞亚型和MDK-SDC2配体-受体对在肿瘤进展中的作用 | 首次发现MDK-SDC2配体-受体对作为肺腺癌进展的关键调控机制,并构建了基于基因的预后预测模型 | 样本量较小(仅9例患者),需要更大规模研究验证 | 阐明肺腺癌肿瘤微环境特征和关键生物学过程 | 肺腺癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 单细胞转录组数据 | 9例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |