单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 9881 - 9900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9881 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis of the epigenome and 3D chromatin architecture in the human retina
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.28.630634
PMID:39764062
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析构建人类视网膜的转录组、表观基因组和3D基因组图谱 | 首次在人类视网膜中同时分析基因表达、染色质可及性、DNA甲基化组和3D染色质结构，并开发了基于深度学习的非编码风险变异解释工具 | 研究仅聚焦于人类视网膜组织，未涉及其他物种或组织的比较分析 | 解析人类视网膜细胞类型的基因调控元件和染色质状态 | 人类视网膜、黄斑区和视网膜色素上皮/脉络膜组织 | 生物信息学 | 眼科疾病 | 单细胞多组学测序 | 深度学习 | 单细胞多组学数据 | 23个视网膜细胞亚类，420,824个候选调控元件 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 9882 | 2025-10-07 |
Integrating multiple spatial transcriptomics data using community-enhanced graph contrastive learning
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012948
PMID:40179111
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研究论文 | 提出一种基于社区增强图对比学习的空间转录组数据整合方法Tacos | 首次在基于图的方法中考虑切片内和切片间空间结构的异质性，并引入社区增强的图对比学习框架 | NA | 开发能够整合多平台空间转录组数据的方法 | 来自不同技术平台的多个空间转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序 | 图对比学习 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9883 | 2025-10-07 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1
PMID:40166015
|
研究论文 | 提出scMEDAL框架，使用深度混合效应自编码器分析单细胞转录组数据并可视化批次效应 | 通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析并能在细胞水平预测不同批次下的基因表达 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题 | 单细胞转录组数据 | 单细胞分析 | 自闭症,白血病,心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度混合效应自编码器,对抗学习,贝叶斯自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9884 | 2025-10-07 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609718
PMID:40166134
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研究论文 | 提出VISTA方法用于空间转录组数据的基因表达预测和空间信息分析 | 基于变分推断和几何深度学习联合建模scRNA-seq和SST数据，并整合不确定性量化 | NA | 解决空间转录组技术中基因检测数量有限的问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 变分推断, 几何深度学习 | 基因表达数据, 空间数据 | 四个SST数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9885 | 2025-10-07 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of small cerebral vessel disease
2025-Mar-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6198453/v1
PMID:40166012
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研究论文 | 本研究通过饮食诱导的高同型半胱氨酸血症模型，探讨星形胶质细胞信号对小鼠小胶质细胞表型的性别特异性影响 | 首次揭示星形胶质细胞信号通过CN/NFAT通路对小胶质细胞表型调控存在性别二态性 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠品系，样本量相对有限 | 探究星形胶质细胞信号在小脑血管疾病模型中对小胶质细胞表型的调控机制 | 7-8周龄雄性和雌性C57BL/6J小鼠 | 神经科学 | 小脑血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，腺相关病毒介导的基因表达 | NA | 基因表达数据，免疫染色图像 | 雄性和雌性C57BL/6J小鼠，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9886 | 2025-10-07 |
PLA2G4F is a metabolic checkpoint in triple-negative breast cancer: Insights from multiple omics analysis and experiments
2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology
DOI:10.1016/j.omton.2025.200963
PMID:40212962
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证，发现PLA2G4F是三阴性乳腺癌的代谢检查点基因 | 首次系统分析TNBC代谢异质性，鉴定出104个候选代谢检查点基因，并通过单细胞RNA测序发现PLA2G4F在恶性细胞中特异性表达 | 未明确说明样本量大小，部分机制研究仍需深入验证 | 探索三阴性乳腺癌的代谢异质性及潜在治疗靶点 | 三阴性乳腺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 共识聚类 | NA | 基因表达数据, 突变谱, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9887 | 2025-10-07 |
Roles of Adam8 in Neuroinflammation in experimental ischemic Stroke: Insights from single-cell and ribosome-bound mRNA sequencing
2025-Jun, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115207
PMID:40064361
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和核糖体结合mRNA测序技术揭示了Adam8在实验性缺血性卒中神经炎症中的关键作用 | 首次整合单细胞测序和核糖体结合mRNA测序数据，发现Adam8在转录和翻译水平均上调，并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证；样本量相对有限 | 探究缺血性卒中后神经炎症的分子机制，特别是小胶质细胞迁移的调控机制 | 小鼠远端大脑中动脉闭塞模型中的小胶质细胞 | 神经科学 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序, 核糖体结合mRNA测序, 蛋白质分析, 免疫荧光 | NA | 单细胞测序数据, 核糖体结合mRNA测序数据, 蛋白质数据 | 公共数据集GSE234052和GSE225110 | NA | 单细胞RNA测序, 核糖体结合mRNA测序 | NA | NA |
| 9888 | 2025-10-07 |
Organoid-based single cell sequencing revealed the lineage evolution during docetaxel treatment in gastric cancer
2025-Jun-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217617
PMID:40118243
|
研究论文 | 通过类器官单细胞测序揭示胃癌多西他赛治疗过程中的谱系演化 | 首次利用胃癌类器官模型结合单细胞RNA测序系统解析多西他赛耐药过程中的细胞群体动态变化和关键基因调控机制 | 研究主要基于类器官模型，需要进一步在临床样本中验证 | 探索胃癌多西他赛耐药的细胞分子机制 | 胃癌类器官和细胞系 | 单细胞测序 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 敏感和耐药胃癌类器官模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9889 | 2025-10-07 |
Unveiling the crucial role of CD8+ T cell and endothelial cell interaction in rheumatoid arthritis through the integrated analysis of spatial transcriptomics and bulk/single-cell RNA-seq
2025-Jun, Journal of translational autoimmunity
IF:4.7Q2
DOI:10.1016/j.jtauto.2025.100285
PMID:40212397
|
研究论文 | 通过整合分析空间转录组学和批量/单细胞RNA-seq数据，揭示CD8+ T细胞与内皮细胞相互作用在类风湿关节炎中的关键作用 | 首次通过三阶段分析框架整合多种转录组数据，系统揭示CD8+ T细胞与内皮细胞通过趋化因子信号通路的相互作用是RA进展的关键驱动因素 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据分析，缺乏实验验证 | 阐明类风湿关节炎发病机制中关键的细胞间相互作用 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织细胞 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 13个单细胞RNA测序数据集，包含多个GEO和EBI数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 9890 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and regulatory modules of cell-specific RNA-binding proteins in patients with systemic lupus erythematosus
2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101977
PMID:40212811
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示系统性红斑狼疮患者细胞特异性RNA结合蛋白的异质性和调控网络 | 首次在单细胞分辨率系统性分析SLE皮肤微环境中不同细胞类型的RBP表达异质性，并整合多组学数据构建RBP与可变剪接事件的调控网络 | 研究基于公开数据库的样本，样本量相对有限，且主要聚焦皮肤病变组织 | 阐明系统性红斑狼疮中RNA结合蛋白的细胞特异性表达模式和调控机制 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照者的皮肤活检组织 | 单细胞转录组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-Seq, 可变剪接分析 | 共表达网络分析 | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 来自公开数据库的SLE患者和健康对照皮肤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9891 | 2025-10-07 |
Joint analysis of single-cell RNA sequencing and bulk transcriptome reveals the heterogeneity of the urea cycle of astrocytes in glioblastoma
2025-May, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.106835
PMID:39938577
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性并建立预后模型 | 首次结合单细胞RNA测序UC评分和批量RNA测序数据构建胶质母细胞瘤预后模型，揭示星形胶质细胞亚群在尿素循环中的异质性 | 样本量较小（仅3对GB患者用于单细胞测序），需要更大规模数据验证 | 研究胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性并建立预后预测模型 | 胶质母细胞瘤患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Cox回归模型, LASSO回归 | 基因表达数据, 临床数据, 突变数据 | 3对GB患者（单细胞测序）+ TCGA、CGGA、GEO数据库样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 9892 | 2025-10-07 |
Dual and spatially resolved drought responses in the Arabidopsis leaf mesophyll revealed by single-cell transcriptomics
2025-May, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.20446
PMID:40033544
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研究论文 | 通过单细胞转录组技术揭示拟南芥叶肉细胞对轻度干旱的双重和空间分辨响应机制 | 首次在单细胞水平揭示叶肉细胞存在两种空间分离的细胞群体，分别富集不同的干旱响应基因通路 | 研究仅针对轻度干旱条件和年轻叶片，未涵盖不同干旱程度和发育阶段 | 解析植物在细胞水平对干旱胁迫的分子响应机制 | 拟南芥（Arabidopsis thaliana）叶片细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录抑制剂放线菌素D处理 | NA | 单细胞转录组数据 | 50,797个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9893 | 2025-10-07 |
Single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals that Pros1+ oligodendrocytes are involved in endogenous neuroprotection after brainstem stroke
2025-May, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.106855
PMID:40090471
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析发现Pros1+少突胶质细胞在脑干卒中后参与内源性神经保护机制 | 首次在脑干卒中背景下鉴定出新的少突胶质细胞亚群OLG8细胞，并发现Myo1e调控其分化过程 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究脑干卒中后少突胶质细胞的神经保护机制 | 脑干卒中小鼠模型中的少突胶质细胞 | 数字病理学 | 脑干卒中 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 脑干卒中小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9894 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals AP-1 downregulation remodels bone marrow environment and contributes to osteopenia in ovariectomized mice
2025-May, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.03.001
PMID:40213116
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示AP-1下调通过重塑骨髓微环境导致卵巢切除小鼠骨量减少的机制 | 首次在单细胞分辨率揭示雌激素缺乏通过AP-1下调导致骨髓B细胞/中性粒细胞失衡和破骨细胞生成的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本验证 | 探究雌激素缺乏如何改变骨髓细胞组成和信号通路，重点关注AP-1的调控作用及其对破骨细胞生成的影响 | 假手术和卵巢切除(OVX)小鼠的骨髓细胞 | 单细胞组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠骨髓细胞（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9895 | 2025-10-07 |
LncRNA MIR181A1HG Deficiency Attenuates Vascular Inflammation and Atherosclerosis
2025-Apr-11, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325196
PMID:40047069
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研究论文 | 本研究揭示了长链非编码RNA MIR181A1HG通过诱骗Foxp1转录因子并激活NLRP3炎症小体驱动血管炎症和动脉粥样硬化的分子机制 | 首次发现MIR181A1HG通过非miR-181a1/b1依赖的方式诱骗Foxp1，并鉴定其作为动脉粥样硬化中血管炎症的核心驱动因子 | 研究主要聚焦于内皮细胞特异性机制，髓系细胞中MIR181A1HG缺失未显示影响 | 探究MIR181A1HG在调节血管炎症和动脉粥样硬化中的作用及分子机制 | 人和小鼠动脉粥样硬化病变、内皮细胞、MIR181A1HG-/-ApoE-/-基因敲除小鼠 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀 | 基因敲除小鼠模型、功能获得和功能缺失研究 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9896 | 2025-10-07 |
Mapping dynamic regulation of gene expression using single-cell transcriptomics and application to complex disease genetics
2025-Apr-10, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100397
PMID:39741416
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研究论文 | 开发了一种利用单细胞转录组数据量化基因表达动态遗传调控的框架，并应用于复杂疾病遗传学研究 | 建立了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，能够量化基因表达遗传调控的动态过程 | 面临单细胞RNA测序数据稀疏性、细胞状态表达模式复杂等挑战 | 研究遗传变异如何通过影响基因表达参与人类生理和疾病过程 | 中脑神经元分化过程中的基因表达调控 | 单细胞转录组学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | 遗传模型 | 单细胞转录组数据 | 涉及英国生物银行超过1,500种表型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9897 | 2025-10-07 |
Development of a breast cancer invasion score to predict tumor aggressiveness and prognosis via PI3K/AKT/mTOR pathway analysis
2025-Apr-09, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02422-y
PMID:40204712
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研究论文 | 本研究通过分析乳腺癌单细胞RNA测序数据，开发了乳腺癌侵袭评分模型来预测肿瘤侵袭性和预后 | 首次基于单细胞RNA测序数据开发乳腺癌侵袭评分(BCIS)，识别了9个关键区分基因，并验证其与PI3K/AKT/mTOR通路的相关性 | 研究样本量相对有限，仅分析了三个导管癌阶段的数据 | 开发预测乳腺癌侵袭性和预后的评分模型 | 乳腺癌细胞，特别是侵袭性和非侵袭性细胞群体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，LASSO Cox回归，功能实验验证 | LASSO Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据，临床生存数据 | TCGA-BRCA、GSE20685和METABRIC数据集中的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9898 | 2025-10-07 |
CCL3 correlates with ferroptosis in intervertebral disc degeneration and its prognostic significance
2025-Apr-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-94989-w
PMID:40204911
|
研究论文 | 本研究探讨CCL3与铁死亡在椎间盘退变中的相关性及其诊断和预后意义 | 首次揭示CCL3通过pAMPK/AMPK通路调控铁死亡影响椎间盘退变进程 | 需要进一步研究靶向CCL3的治疗策略 | 阐明铁死亡和CCL3在椎间盘退变中的机制及其诊断预后价值 | 椎间盘退变患者组织样本和单细胞测序数据 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞测序、qRT-PCR、Western blotting、共培养实验 | NA | 单细胞测序数据、人类组织样本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9899 | 2025-10-07 |
A single-cell atlas of bladder cancer unveils dynamic cellular composition and endothelial functional shifts during progression
2025-Apr-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02297-6
PMID:40205274
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析膀胱癌细胞组成，揭示内皮细胞在肿瘤进展中的功能转变 | 首次在膀胱癌中鉴定出阶段特异性内皮细胞亚群，特别是MIBC特异的ADAM10+内皮细胞亚群 | 基于公共数据集分析，样本量有限（47例患者），缺乏实验验证 | 阐明膀胱癌进展过程中内皮细胞的异质性和功能变化 | 47例膀胱癌患者的单细胞RNA测序数据 | 单细胞组学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | CellChat细胞通讯网络分析 | 单细胞转录组数据 | 47例膀胱癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9900 | 2025-10-07 |
Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data via machine learning and bioinformatics reveals the role of lysine metabolism-related genes in gastric carcinogenesis
2025-Apr-09, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14051-w
PMID:40205350
|
研究论文 | 通过机器学习和生物信息学方法综合分析单细胞和批量RNA测序数据，揭示赖氨酸代谢相关基因在胃癌发生中的作用 | 首次创新性地识别SLC7A7和VIM作为赖氨酸代谢相关基因参与胃癌发生，并建立了可靠的预后风险列线图 | NA | 研究赖氨酸代谢相关基因在胃癌发生中的作用机制 | 胃癌细胞、临床样本 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 细胞增殖实验, 细胞迁移实验, 细胞侵袭实验, 细胞周期分析 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |